Expressão e análise de proteínas recombinantes de Xanthomonas axonopodis pv. citri em E. coli, visando análise estrutural por cristalografia

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Predição computacional de promotores em Xanthomonas axonopodis pv. citri

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Metodologia de busca para gene de componente hormonal em Xanthomonas axonopodis pv. citri, bactéria causadora do cancro cítrico

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Resistência a cobre em Xanthomonas axonopodis pv. citri. Estudos de caracterização molecular e bioquímica de genes e proteínas

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise proteômica do fitopatógeno Xanthomonas axonopodis pv. citri

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise funcional de genes de Xanthomonas axonopodis pv. citri implicados na patogênese

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Absence of detection of xanthomonas axonopodis pv. malvacearum in cotton seeds used in the Northeast Region of Mato Grosso do Sul in a three-based crop season study

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Monitoramento da expressão gênica de Xanthomonas axonopodis pv. citri em diferentes condições ambientais

Pós-graduação em Ciências Biológicas (Biologia Celular e Molecular) - IBRC

Dynamic complex formation between HD-GYP, GGDEF and PilZ domain proteins regulates motility in Xanthomonas campestris

RpfG is a member of a class of wide spread bacterial two-component regulators with an HD-GYP cyclic di-GMP phosphodiesterase domain. In the plant pathogen Xanthomonas campestris, RpfG together with the sensor kinase RpfC regulates multiple factors as a response to the cell-to-cell Diffusible Signalling Factor (DSF). A dynamic physical interaction of RpfG with two diguanylate cyclase (GGDEF) domain proteins controls motility. Here we show that, contrary to expectation, regulation of motility by the GGDEF domain proteins does not depend upon their cyclic di-GMP synthetic activity. Furthermore we show that the complex of RpfG and GGDEF domain proteins recruits a specific PilZ domain adaptor protein, and this complex then interacts with the pilus motor proteins PilU and PiIT. The results support a model in which DSF signalling influences motility through the highly regulated dynamic interaction of proteins that affect pilus action. A specific motif that we identify to be required for HD-GYP domain interaction is conserved in a number of GGDEF domain proteins, suggesting that regulation via interdomain interactions is of broad relevance.

Development and validation of a Xanthomonas axonopodis pv. citri DNA microarray platform (XACarray) generated from the shotgun libraries previously used in the sequencing of this bacterial genome

Abstract Background From shotgun libraries used for the genomic sequencing of the phytopathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis pv. citri (XAC), clones that were representative of the largest possible number of coding sequences (CDSs) were selected to create a DNA microarray platform on glass slides (XACarray). The creation of the XACarray allowed for the establishment of a tool that is capable of providing data for the analysis of global genome expression in this organism. Findings The inserts from the selected clones were amplified by PCR with the universal oligonucleotide primers M13R and M13F. The obtained products were purified and fixed in duplicate on glass slides specific for use in DNA microarrays. The number of spots on the microarray totaled 6,144 and included 768 positive controls and 624 negative controls per slide. Validation of the platform was performed through hybridization of total DNA probes from XAC labeled with different fluorophores, Cy3 and Cy5. In this validation assay, 86% of all PCR products fixed on the glass slides were confirmed to present a hybridization signal greater than twice the standard deviation of the deviation of the global median signal-to-noise ration. Conclusions Our validation of the XACArray platform using DNA-DNA hybridization revealed that it can be used to evaluate the expression of 2,365 individual CDSs from all major functional categories, which corresponds to 52.7% of the annotated CDSs of the XAC genome. As a proof of concept, we used this platform in a previously work to verify the absence of genomic regions that could not be detected by sequencing in related strains of Xanthomonas.

A systematic analysis of the role of GGDEF-EAL domain proteins in virulence and motility in Xanthomonas oryzae pv. oryzicola

The second messenger c-di-GMP is implicated in regulation of various aspects of the lifestyles and virulence of Gram-negative bacteria. Cyclic di-GMP is formed by diguanylate cyclases with a GGDEF domain and degraded by phosphodiesterases with either an EAL or HD-GYP domain. Proteins with tandem GGDEF-EAL domains occur in many bacteria, where they may be involved in c-di-GMP turnover or act as enzymatically-inactive c-di-GMP effectors. Here, we report a systematic study of the regulatory action of the eleven GGDEF-EAL proteins in Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, an important rice pathogen causing bacterial leaf streak. Mutational analysis revealed that XOC_2335 and XOC_2393 positively regulate bacterial swimming motility, while XOC_2102, XOC_2393 and XOC_4190 negatively control sliding motility. The ΔXOC_2335/XOC_2393 mutant that had a higher intracellular c-di-GMP level than the wild type and the ΔXOC_4190 mutant exhibited reduced virulence to rice after pressure inoculation. In vitro purified XOC_4190 and XOC_2102 have little or no diguanylate cyclase or phosphodiesterase activity, which is consistent with unaltered c-di-GMP concentration in ΔXOC_4190. Nevertheless, both proteins can bind to c-di-GMP with high affinity, indicating a potential role as c-di-GMP effectors. Overall our findings advance understanding of c-di-GMP signaling and its links to virulence in an important rice pathogen.

Efeito de diferentes concentrações de andiroba na inibição do crescimento in vitro da bactéria Xanthomonas axonopodis pv. passiflorae.

Na composição química das plantas medicinais, algumas substâncias podem atuar como ativadoras do sistema defensor da planta hospedeira ou contra os patógenos fúngicos. Na constituição química. As amostras de óleo de andiroba utilizadas nos testes foram do Horto de Plantas Medicinais da Embrapa Amazônia Oriental, Belém- PA. Para o crescimento, os patógenos foram cultivados em meio de cultura MB1 sintético. A amostra utilizada na verificação da inibição fitopatogênica foi óleo puro de andiroba em três concentrações de 1%, 2% e 3% para a bactéria. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, sete tratamentos (uma espécie de bactéria X três concentrações do óleo de andiroba) e cinco repetições. A análise estatística foi realizada comparando as medidas pelo teste de Tukey a 5% de probabilidade utilizando o programa estatístico SISVAR. O óleo de andiroba apresentou efeito significativo na inibição do crescimento da bactéria em todas as concentrações utilizadas, onde a maior concentração do óleo de andiroba mostrou-se mais eficiente na inibição do crescimento da bactéria, em relação à testemunha.

Reação de variedades de mandioca (Manihot esculenta Crantz) a Xanthomonas axonopodis pv. manihotis.

O presente trabalho teve como objetivo avaliar 26 materiais de mandioca quanto à resistência a bacteriose em casa-de-vegetação. Plantas com 2 a 3 pares de folhas foram inoculadas com dois isolados de Xanthomonas axonopodis pv. manihotis (Xam) através da pulverização da suspensão bacteriana na face inferior das folhas. As avaliações da severidade da doença foram realizadas aos 4, 6, 8, 11, 13 e 15 dias após a inoculação do patógeno. O ensaio foi montado em esquema fatorial 2 x 26 (2 isolados x 26 variedades) e o delineamento foi em blocos casualizados com 3 repetições. Todos os materiais avaliados apresentaram sintomas característicos da bacteriose. No entanto, as variedades EAB 675, Inajá- PA, Orana, 34 Pretinha-3 e Pretona Erecta apresentaram menor severidade da doença, não apresentando diferença significativa quanto a virulência do patógeno. A variedade 37 Pretinha 4 se apresentou como mais suscetível para os dois isolados. Os isolados em estudo apresentaram variabilidade quanto à agressividade, sendo o isolado Xam P.225 o mais virulento.

Efecto de la densidad poblacional y fertilización sobre dos enfermedades foliares en cuatro variedades de Ajonjoli (Sesamum indicum L.)

Se evaluaron cuatro variedad de Ajonjolí, los objetivos fueron evaluar las reacciones de estas a las enfermedades foliares (Xanthomonas campestris pv sesami y Cercospora sesami) en dos densidades poblacionales y diferente fertilización. El ensayo se sembró en época de postrera, 1992, en Malpaisillo, región II. Las evaluaciones realizadas fueron: Intensidad de las enfermedades foliares, respuesta de las cuatro variedades a las prácticas del raleo y fertilización, además se evaluó el rendimiento de grano. La evaluación de la intensidad de las enfermedades foliares se realizó desde los 22 d.d.e. hasta los 80 d.d.e. La evaluación de las densidades poblacionales se realizo a los 29 y 80 d.d.e; y la aplicación de fertilizantes se evaluó en base al rendimiento de grano. Las variedades más resistentes fueron la Maporal y la Mexicana, y las menos resistentes la Cuyumaki y Venezuela 44. El análisis estadístico del rendimiento de grano mostro que las variedades que produjeron más grano en orden descendente fueron: Maporal y Mexicana, que fueron diferentes estadísticamente en relación a la Cuymaki y Venezuela 44. Los tratamientos con raleo y fertilización demostraron mayor rendimiento y resistencia a las enfermedades, en cada una de las variedades y lo contrario sucedió con las parcelas testigo. Se encontró que los aumentos de rendimiento se asocian a la intensidad de las enfermedades foliares y a la respuesta de las variedades a las practicas del raleo y fertilización, las cuales influyeron de manera significativa en la resistencia y rendimiento de las variedades.

Caracterización y evaluación de diecinueve variedades de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) en la Compañía, Carazo

En la Estación Experimental La Compañía, Carazo, en el ciclo de primera de 1997, se realizó un estudio de caracterización y ensayo de rendimiento de 19 genotipos de frijol (Phaseolus vulgaris L) de variedades comerciales, líneas promisorias y élites seleccionadas por el Sub Programa Nacional de Frijol. La caracterización se en marcó en un ensayo de rendimiento con parcelas distribuidas en un arreglo de B.C.A. con 4 repeticiones de 6 surcos y 5 m de longitud donde se seleccionaron 10 plantas por repetición. Para la caracterización se tomaron datos de 33 caracteres cualitativos y cuantitativos utilizando la metodología descrita por el Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) con algunas modificaciones, y otras variables fenológicas (vegetativa y reproductiva) y evaluación de enfermedades. Para los caracteres cuantitativos se reportan la media, valores mínimo, máximo y desviación estándar, coeficiente de variación, para rendimiento y variables relacionadas correlaciones de pearson y para caracteres cualitativos la moda estadística. El ensayo de rendimiento indica que hay diferencia significativa entre tratamientos Pr= O.0001 y un CV = 11.37 porciento. Se presentaron 6 categorías estadísticas según Tukey al 95 por ciento, el mayor rendimiento promedio fue obtenido por la línea Dor 576 con 1906.2 kg/ha y el menor por el testigo Estelí 150 con 1036.5 kg/ha. El testigo Dor 364 con rendimiento de 1635.4 kg/ha no fue superado estadísticamente por ninguno de los genotipos evaluados; de forma numérica es superado por 4 genotipos, 16 tratamientos presentaron un comportamiento estadísticamente similar a este testigo. El testigo Estelí 90A fue superado estadísticamente por los genotipos Dor 576 y Dor 531 y numéricamente por 15 líneas. El testigo Estelí 150 es superado estadísticamente por 11 tratamientos y numéricamente por 18 líneas. Se elaboró un catálogo descriptivo para los 19 genotipos estudiados, siguiendo los procedimientos internacionales de ordenamiento y codificación propuestas por el Consejo Internacional de Recursos Fito genéticos (IBPGR 1982) ver anexos. En la evaluación de enfermedades la línea Eap-4 presentó la menor severidad a la enfermedad presente, bacteriosis (Xanthomonas campestri pv phaseoli)(Smith)Dye.