Restoration of symmetry by radiative corrections

It is shown using an explicit model that radiative corrections can restore the symmetry of a system which may appear to be broken at the classical level. This is the reverse of the phenomenon demonstrated by Coleman and Weinberg. Our model is different from theirs, but the techniques are the same. The calculations are done up to the two-loop level and it is shown that the two-loop contribution is much smaller than the one-loop contribution, indicating good convergence of the loop expansion.

Lindley Family Collection 1907-1988

Charts of the various families related to the Lindley family: Lipschitz, Heimann, Edinger, Hochstaedter, Goldschmidt, Jakobson, Braunschweig.

Kymmenen koirarodun perinnöllinen monimuotoisuus

Tämän tutkimuksen tavoitteena oli selvittää koirarotujen sisäistä ja välistä perinnöllistä muuntelua ja populaatioiden rakenteita. Tutkimuksessa käytettiin Finnzymes Oy:ltä saatua koirien mikrosatelliittimerkkeihin perustuvaa genotyypitysaineistoa. Lopullisessa aineistossa oli 395 koiraa kymmenestä keskenään varsin erilaisesta rodusta. Koirien määrä rotua kohti vaihteli 31:stä 53:een. Tutkimuksessa käytettiin 18 mikrosatelliittilokusta. Alleelirikkaus vaihteli mikrosatelliittilokuksissa välillä 2,0 – 9,9. Kaikkein muuntelevin lokus oli AHT137 ja vähiten muunteleva AHTk211. Jackrussellinterrierin alleelirikkaus oli yli kaikkien lokusten tarkasteltuna suurinta ja cavalier kingcharlesinspanielin pienintä. Eniten Hardy-Weinbergin tasapainosta poikkeavia mikrosatelliittilokuksia oli schipperke- rodulla. Coton de tulearin, saksanpaimenkoiran ja suomenlapinkoiran kaikki mikrosatelliittilokukset olivat Hardy-Weinbergin tasapainossa. Cavalier kingcharlesinspanielin havaittu heterotsygotia-aste oli matalin kaikkien lokusten yli tarkasteltuna (0,50) ja suomenlapinkoiran korkein (0,73). Ainoat tilastollisesti merkitsevät FIS-arvot olivat schipperken lokuksessa INU030 (0,39) ja kaikkien lokusten yli tarkasteltuna (0,11). Eniten populaatioiden välisiin eroihin perustuvaa muuntelua oli cavalier kingcharlesinspanielin ja pitkäkarvaisen collien välillä (FST = 0,34) ja vähiten chihuahuan ja coton de tulearin välillä (FST = 0,07). Koko aineistossa noin 17,7 % populaatioiden välisestä geneettisestä muuntelusta johtui populaatioiden välisistä eroista. Rodut ovat tulosten perusteella selvästi erillisiä populaatioita. Coton de tulearin alleeliparit olivat selvästi eniten kytkentäepätasapainossa keskenään (94) ja tiibetinspanielin vähiten (15). Pitkäkarvaisen collien tehollinen populaatiokoko oli pienin (35) ja chihuahuan suurin (86). U seiden populaatiogeneettisten tunnuslukujen perusteella nousivat esiin cavalier kingcharlesinspanieli, pitkäkarvainen collie ja schipperke perinnöllisen muuntelun vähäisyyden perusteella ja chihuahua, jackrussellinterrieri ja suomenlapinkoira keskimääräistä suuremman perinnöllisen muuntelun perusteella. Selityksiä geneettisen monimuotoisuuden vaihteluun näillä roduilla löytyy rotujen historiasta.

Characterization of the sediments overlying the Floridan aquifer system in Alachua County, Florida

The primary purpose of this project is to attempt to improve the existing hydrogeologic information through lithologic and hydrogeologic characterizations of the sediments overlying the Floridan aquifer system in Alachua County. These sediments locally comprise both the intermediate aquifer system and associated confining beds and the surficial aquifer system. (PDF has 119 pages.)

Análise de polimorfismos e de expressão do gene p16INK4a em neoplasias cervicais

O câncer de colo do útero é o segundo carcinoma mais frequente em mulheres no mundo e um dos cânceres femininos mais incidentes no Brasil. Em lesões pré-malignas e malignas do colo uterino, a proteína p16INK4a, que participa do controle do ciclo celular, apresenta um aumento considerável de sua expressão, devido possivelmente à presença de oncoproteínas do papilomavírus humano (HPV). Dois polimorfismos no gene p16INK4a, p16 500C>G e p16 540C>T, estão localizados na região 3 não traduzida (3UTR), que está envolvida na regulação pós-transcricional da expressão gênica. O objetivo deste estudo foi avaliar possíveis associações entre os polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T e o desenvolvimento de neoplasias cervicais e/ou a severidade das lesões, considerando os níveis de expressão da proteína p16INK4a nas lesões cervicais e certos fatores de risco clássicos para o câncer cervical, incluindo a infecção pelo HPV. Para isso, foram selecionadas 567 mulheres residentes no Rio de Janeiro, 319 com citologia cervical alterada (grupo de casos) e 248 sem história prévia de alteração citológica do colo uterino (grupo de comparação). Amostras de sangue periférico de todas as participantes foram utilizadas na análise molecular dos polimorfismos p16 500C>G e p16 540C>T através da técnica de PCR-RFLP (reação em cadeia da polimerase - polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição), usando as enzimas de restrição MspI e HaeIII, respectivamente. A expressão da proteína p16INK4a em 137 biópsias de mulheres pertencentes ao grupo de casos foi avaliada por imunohistoquímica. A detecção de DNA do HPV em células cervicais foi feita em todas as amostras do grupo de comparação e em 194 amostras do grupo de casos pela técnica de PCR, usando dois pares de oligonucleotídeos, MY09/MY11 e GP05+/GP06+. Os dois grupos de estudo se encontram em equilíbrio de Hardy-Weinberg. As distribuições genotípicas para p16 500C>G e p16 540C>T e as distribuições de combinações haplotípicas nos dois grupos não apresentaram diferenças significativas. A análise do subgrupo HSIL+câncer (casos com lesão intraepitelial de alto grau ou carcinoma invasivo) em comparação com o subgrupo LSIL (casos com lesão intraepitelial de baixo grau) revelou diferença significativa entre as distribuições das combinações haplotípicas (p = 0,036) e diferenças marginais entre as distribuições genotípicas para p16 500C>G (p = 0,071) e p16 540C>T (p = 0,051). O alelo p16 540G, em heterozigose ou homozigose (OR = 1,91, IC 95% = 1,08-3,37), e a combinação haplotípica p16 500C-540C 500G-540C (OR = 2,34, IC 95% = 1,202-4,555) mostraram-se associados com a severidade da lesões cervicais. Já o genótipo p16 540T/T (OR = 0,25, IC 95% = 0,08-0,79), e a combinação haplotípica p16 500C-540T 500C-540T (OR = 0,27, IC 95% = 0,088-0,827) exibiram papel protetor contra o desenvolvimento de lesões mais severas. As análises de interação entre os polimorfismos de p16INK4a e a expressão de p16 ou a infecção pelo HPV foram comprometidas pelo número reduzido de amostras analisadas. Não se observou qualquer interação entre os polimorfismos estudados e os fatores de risco clássicos para o câncer de colo uterino. Nossos resultados apontam para a importância dos polimorfismos do gene p16INK4a como marcadores de severidade da neoplasia cervical.

Desenvolvimento e validação de sistema multiplex X-STR para identificação humana por DNA

Novas metodologias de análise molecular voltadas para estudos populacionais, clínicos, evolutivos, da biodiversidade e identificação forense foram desenvolvidas com base em marcadores microssátelites ou STR Short Tandem Repeats. Os marcadores STR, que estão amplamente espalhados nos genomas e se caracterizam por apresentar alto grau de polimorfismo, podem ser analisados a partir da amplificação por PCR (Reação em Cadeia da polimerase). A análise foi facilitada a partir do desenvolvimento de sistemas de amplificação simultânea de múltiplos STR (multiplex STR) e com a detecção automatizada dos produtos de amplificação marcados por fluorescência. Recentemente, o uso de marcadores STR do cromossomo X (X-STR) tornou-se significativo na prática forense. Devido ao seu modo de transmissão, os X-STR são úteis em situações particulares de investigação de relações de parentesco, apresentando vantagens sobre o uso de STR autossômicos. Este estudo teve como principal objetivo o desenvolvimento e validação de sistema multiplex, denominado LDD (X-STR) Decaplex, capaz de amplificar dez loci X-STR (DXS7133, DXS7424, DXS8378, DXS6807, DXS7132, DXS10074, DXS7423, DXS8377, GATA172D05 e DXS10101) para aplicação em genética populacional, identificação e análises forenses. Utilizando o LDD (X-STR) Decaplex 170 indivíduos autodenominados afrodescendentes, não aparentados geneticamente, foram genotipados. As freqüências alélicas e genotípicas não apresentaram desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg e estão em concordância com aquelas observadas em outros estudos. Os haplótipos observados foram únicos em indivíduos de amostra masculina. A análise de desequilíbrio de ligação não revelou associação entre os marcadores X-STR. A diversidade genética foi elevada, variando entre 0,6218 para o locus DXS7133 a 0,9327 para o locus DXS8377. Os parâmetros de Probabilidade de Vinculação (PV), Índice de Vinculação (IV), Poder de Exclusão (PE), Poder de Discriminação e Razão de Verossimilhança foram também elevados, demonstraram que os dez X-STRs são altamente polimórficos e discriminativos na população estudada. A concentração mínima de DNA para a amplificação dos loci do LDD (X-STR) Decaplex é de 0,5 ng e verificamos que amplificação por PCR pode ser afetada quando são adicionados mais de 5 ng de DNA nas reações. Os percentuais de bandas stutter foram elevados para os loci DXS7132 e DXS8377. No teste de reprodutibilidade observamos consistência entre as tipagem de diferentes amostras biológicas, incluindo as de restos mortais. No teste de mistura a proporção limite em que observamos a coexistência de duas espécies biológicas foi de 2,5:1ng (feminino-masculino). Os resultados evidenciaram que os loci do LDD (X-STR) Decaplex são altamente informativos, consistindo, em conjunto, uma ferramenta importante em estudos de identificação humana e de relações de parentesco.

Estudo do polimorfismo Ser49Gly do gene do receptor beta adrenérgico 1 (β-adr 1) na população do estado do Rio de Janeiro, Brasil estratificada por cor da pele e ancestralidade genômica

As doenças cardiovasculares possuem a maior taxa de óbitos no mundo, e notavelmente nos últimos anos as pesquisas genéticas sobre as mesmas estão baseadas em estudos de associação, no qual o gene suspeito que esteja em maior frequência entre os pacientes passa a ser considerado um possível fator causal. Os polimorfismos genéticos que ocorrem no receptor beta-adrenérgico podem resultar em mudanças significativas na função do receptor, podendo acarretar fisiopatologias. Neste trabalho, o objetivo foi estimar a diversidade e a frequência do polimorfismo Ser49Gly do gene do receptor beta-adrenérgico 1 a partir de uma amostra de 188 indivíduos da população do Estado do Rio de Janeiro. As frequências também foram analisadas a partir da estratificação da amostra por critério fenotípico em função do padrão de cor da pele em (negros e não negros) ou ancestralidade genética em (afrodescendente e não afrodescendente), definida através da informação dos marcadores de ancestralidade Indels e SNP de cromossomo Y, para avaliar se os padrões de ancestralidade ou cor da pele são fundamentais para a diferenciação e distanciamento genético. Fragmentos de interesse foram amplificados por PCR (reação de cadeia de polimerase) com primers específicos para o marcador Ser49Gly e as reações de genotipagem foram realizadas com enzimas de restrição Eco0109I. Os valores da heterozigosidade variaram entre 0,25-0,50 e 0,20-0,41 nos grupos estratificados por ancestralidade e cor da pele, respectivamente. No que diz respeito à análise do equilíbrio de Hardy-Weinberg, não houve um desvio significativo na distribuição do marcador nas amostras gerais do Estado do Rio de Janeiro, ou mesmo nas amostras estratificadas. A distribuição dos alelos na amostra dos 188 indivíduos da população geral do Rio de Janeiro (AC_RJ) mostrou uma frequência de 80,30% e 19,70% para o alelo selvagem e mutado Ser49Gly, respectivamente. A comparação das análises sobre a distribuição das frequências alélicas para este marcador mostrou a ocorrência de diferenças significativas na distribuição das frequências alélicas entre negros e não negros e afrodescendentes e não afrodescendentes. A diferença significativa observada entre os negros e afrodescendentes, foi em menor grau de distanciamento. A informação obtida em relação à ancestralidade foi crucial para a obtenção dos dados sobre o aumento da variável mutada do polimorfismo Ser49Gly nas populações negras e afrodescendentes do Estado Rio de Janeiro. Tal evidência, em combinação com estudos clínicos podem contribuir para uma análise pormenorizada do padrão de susceptibilidade à doença em questão, em falhas do mecanismo deste receptor.

Age- and length-at-maturity of female arrowtooth flounder (Atheresthes stomias) in the Gulf of Alaska

Arrowtooth flounder (Atheresthes stomias) has had the highest abundance of any groundfish species in the Gulf of Alaska since the 1970s (Matarese et al., 2003; Turnock et al., 2005; Blood et al., 2007); however, commercial catches have been restricted because Pacific halibut (Hippoglossus stenolepis) are caught as bycatch in the fishery. Arrowtooth flounder plays a key role in the ecosystem because it is a dominant organism within the food web, both as an apex predator of fish and invertebrates, as well as an important prey for walleye pollock (Theragra chalcogramma; Aydin et al., 2002). Walleye pollock is the dominant groundfish in the Bering Sea, a principal groundfish in the Gulf of Alaska, and the primary prey for marine mammals. The distribution of arrowtooth flounder extends from Cape Navarin and the eastern Sea of Okhotsk in Russia, across the Bering Sea, Aleutian Islands, Gulf of Alaska, and south to the coast of central California (Shuntov, 1964; Britt and Martin, 2001; Chetvergov, 2001; Weinberg et al., 2002; Zenger, 2004). Because of the importance of arrowtooth flounder in the marine ecosystem of A laska, a maturity study of this species was undertaken to determine age-at-maturity, which is essential for age-based stock management models. Before these results, management has had to rely upon a length-at-maturity-based estimate (Zimmermann, 1997) to manage stocks in the Gulf of Alaska (GOA), Bering Sea, and Aleutian Islands. The central GOA was selected as the location for this maturity study Age- and length-at-maturity of female arrowtooth flounder (Atheresthes stomias) in the Gulf of Alaska because it contains approximately 70% of the total Gulf of Alaska arrowtooth flounder biomass (1.9×106 t, age 3 and older)— the highest percentage in the world (Shuntov, 1964; Britt and Martin, 2001; Weinberg et al., 2002; Wilderbuer and Nichol, 2006).

Whole-gear efficiency of a benthic survey trawl for flatfish

Whole-gear efficiency (the proportion of fish passing between the otter doors of a bottom trawl that are subsequently captured) was estimated from data collected during experiments to measure the herding efficiency of bridles and doors, the capture efficiency of the net, and the length of the bridles sufficiently close to the seafloor to elicit a herding response. The experiments were focused on four species of flatfish: arrowtooth flounder (Atheresthes stomias), flathead sole (Hippoglossoides elassodon), rex sole (Glyptocephalus zachirus), and Dover sole (Microstomus pacificus). Whole-gear efficiency varied with fish length and reached maximum values between 40% and 50% for arrowtooth flounder, flathead sole, and rex sole. For Dover sole, however, whole-gear efficiency declined from a maximum of 33% over the length range sampled. Such efficiency estimates can be used to determine catchability, which, in turn, can be used to improve the accuracy of stock assessment models when the time series of a survey is short.

Variation in trawl geometry due to unequal warp length

Survey standardization procedures can reduce the variability in trawl catch efficiency thus producing more precise estimates of biomass. One such procedure, towing with equal amounts of trawl warp on both sides of the net, was experimentally investigated for its importance in determining optimal trawl geometry and for evaluating the effectiveness of the recent National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA) national protocol on accurate measurement of trawl warps. This recent standard for measuring warp length requires that the difference between warp lengths can be no more than 4% of the distance between the otter doors measured along the bridles and footrope. Trawl performance data from repetitive towing with warp differentials of 0, 3, 5, 7, 9, 11, and 20 m were analyzed for their effect on three determinants of flatfish catch efficiency: footrope distance off-bottom, bridle length in contact with the bottom, and area swept by the net. Our results indicated that the distortion of the trawl caused by asymmetry in trawl warp length could have a negative inf luence on flatfish catch efficiency. At a difference of 7 m in warp length, the NOAA 4% threshold value for the 83112 Eastern survey trawl used in our study, we found no effect on the acous-tic-based measures of door spread, wing spread, and headrope height off-bottom. However, the sensitivity of the trawl to 7 m of warp offset could be seen as footrope distances off-bottom increased slightly (particularly in the center region of the net where flatfish escapement is highest), and as the width of the bridle path responsible for flatfish herding, together with the effective net width, was reduced. For this survey trawl, a NOAA threshold value of 4% should be considered a maximum. A more conservative value (less than 4%) would likely reduce potential bias in estimates of relative abundance caused by large differences in warp length approaching 7 m.

The effect of autotrawl systems on the performance of a survey trawl

Three aspects of a survey bottom trawl performance—1) trawl geometry (i.e., net spread, door spread, and headrope height); 2) footrope distance off-bottom; and 3) bridle distance off-bottom—were compared among hauls by using either of two autotrawl systems (equal tension and net symmetry) and hauls conducted with towing cables of equal length and locked winches. The effects of environmental conditions, vessel heave, crabbing (i.e., the difference between vessel heading and actual vessel course over ground), and bottom current on trawl performance with three trawling modes were investigated. Means and standard deviations of trawl geometry measures were not significantly different between autotrawl and locked-winch systems. Bottom trawls performed better with either autotrawl system as compared to trawling with locked winches by reducing the variance and increasing the symmetry of the footrope contact with the bottom. The equal tension autotrawl system was most effective in counteracting effects of environmental conditions on footrope bottom contact. Footrope bottom contact was most inf luenced by environmental conditions during tows with locked winches. Both of the autotrawl systems also reduced the variance and increased the symmetry of bridle bottom contact. Autotrawl systems proved to be effective in decreasing the effects of environmental factors on some aspects of trawl performance and, as a result, have the potential to reduce among-haul variance in catchability of survey trawls. Therefore, by incorporating an autotrawl system into standard survey procedures, precision of survey estimates of relative abundance