P. Ovidi Nasonis Fasti, Tristium libri, Ibis, Epistulae ex Ponto, Halieutica, fragmenta /

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The Ibis.

Beginning with v. 87, the series of 6 volumes is discontinued and the numbering continues the whole numbering.

The Scarlet Letter

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The White Ibis and Wood Stork as indicators for restoration of the everglades ecosystem

Large numbers of colonially nesting herons, egrets, ibises, storks and spoonbills were one of the defining natural phenomena of the historical Everglades. Reproduction of these species has been tracked over at least a century, and some clear responses to dramatic anthropogenic hydrological alterations have been established. These include a marked decline in nesting populations of several species, and a movement of colonies away from the over-drained estuarine region. Ponding in a large portion of the freshwater marsh has favored species that hunt by sight in deep water (egrets, cf. 25–45 cm), while tactile feeders (ibises and storks) that depend on concentrated prey in shallow water (5–25 cm) have become proportionately much less common. There has been a marked increase in the interval between exceptionally large breeding aggregations of White Ibises (Eudocimus albus). Loss of short hydroperiod wetlands on the margins of the Everglades have delayed nest initiations 1–2 months by Wood Storks (Mycteria americana) resulting in poor nesting success. These responses are consistent with mechanisms that involve foraging, and the availability and production of prey animals, and each of the relationships is highly dependent on hydrology. Here, we define a group of characteristics about wading bird dynamics (= indicators) that collectively track the specific ecological relationships that supported ibises and storks in the past. We suggest four metrics as indicators of restoration success: timing of nesting by storks, the ratio of nesting ibises + storks to Great Egrets, the proportion of all nests located in the estuarine/freshwater ecotone, and the interval between years with exceptionally large ibis nestings. Each of these metrics has historical (e.g., predrainage) data upon which to base expectations for restoration, and the metrics have little measurement error relative to the large annual variation in numbers of nests. In addition to the strong scientific basis for the use of these indicators, wading birds are also a powerful tool for public communication because they have strong aesthetic appeal, and their ecological relationships with water are intuitively understandable. In the interests of communicating with the public and decision-makers, we integrate these metrics into a single-page annual “traffic-light” report card for wading bird responses. Collectively, we believe these metrics offer an excellent chance of detecting restoration of the ecosystem functions that supported historical wading bird nesting patterns.

Tracing the Chromospheric and Coronal Magnetic Field with AIA, IRIS, IBIS, and ROSA Data

The aim of this study is to explore the suitability of chromospheric images for magnetic modeling of active regions. We use high-resolutionimages (≈0.2"-0.3"), from the Interferometric Bidimensional Spectrometer in the Ca II 8542 Å line, the Rapid Oscillations in the Solar Atmosphere instrument in the Hα 6563Å line, the Interface Region Imaging Spectrograph in the 2796Å line, and compare non-potential magnetic field models obtainedfrom those chromospheric images with those obtained from images of the Atmospheric Imaging Assembly in coronal (171 Å, etc.) and inchromospheric (304 Å) wavelengths. Curvi-linear structures are automatically traced in those images with the OCCULT-2 code, to which we forward-fitted magnetic field lines computed with the Vertical-current Approximation Nonlinear Force Free Field code. We find that the chromospheric images: (1) reveal crisp curvi-linear structures (fibrils, loop segments, spicules) that are extremely well-suited for constraining magnetic modeling; (2) that these curvi-linear structures arefield-aligned with the best-fit solution by a median misalignment angle of μ2 ≈ 4°–7° (3) the free energy computed from coronal data may underestimate that obtained from chromospheric data by a factor of ≈2–4, (4) the height range of chromospheric features is confined to h≲4000 km, while coronal features are detected up to h = 35,000 km; and (5) the plasma-β parameter is β ≈ 10^-5 - 10^-1 for all traced features. We conclude that chromospheric images reveal important magnetic structures that are complementary to coronal images and need to be included in comprehensive magnetic field models, something that is currently not accomodated in standard NLFFF codes.

Doença de Kawasaki: experiência clínica em hospital universitário

OBJETIVO: A doença de Kawasaki é uma vasculite sistêmica aguda de etiologia desconhecida. Seu diagnóstico baseia-se em critérios clínicos. O objetivo deste estudo foi descrever os casos de pacientes com doença de Kawasaki internados no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo entre janeiro/2000 e junho/2008. MÉTODOS: Dentre todos os pacientes internados na Enfermaria de Pediatria no período acima, foram selecionados aqueles cujo CID de alta foi doença de Kawasaki. Realizou-se estudo descritivo por meio da análise dos prontuários dessas crianças. RESULTADOS: Foram encontrados 18 casos. A média de internações foi de 2,1 casos/ano. A idade variou de três meses a nove anos. A proporção meninos:meninas foi 1:1,25. Receberam outros diagnósticos prévios 17 pacientes, sendo escarlatina em 2/3 dos casos. O tempo de febre antes do diagnóstico variou de cinco a 11 dias. Nove crianças apresentaram quatro sinais sugestivos de doença de Kawasaki; oito apresentaram cinco sinais e uma apresentou dois sinais, o que foi considerado doença de Kawasaki incompleta. Receberam gamaglobulina 15 crianças (entre o sexto e o décimo dias de evolução) e 11 (73%) ficaram afebris após infusão da medicação. Os demais tiveram febre até 24 horas após a administração. Todos os pacientes realizaram ecocardiograma e três apresentaram aneurisma leve da coronária. CONCLUSÕES: A doença de Kawasaki é habitualmente confundida com outras doenças, o que causa retardo no tratamento e aumento no risco de complicações cardíacas.

Características clínico-epidemiológicas da doença Lyme-símile em crianças

OBJETIVO: Determinar a prevalência, distribuição etária, sazonalidade, características clínicas da doença Lyme-símile em menores de 15 anos. MÉTODOS: De julho/1998 a dezembro/2000 foi conduzido um estudo transversal em 333 pacientes, com exantema e febre. Foram coletadas amostras pareadas de sangue para a identificação de patógenos. Somente em 193 amostras, negativas aos outros patógenos (Parvovirus B19, Herpesvírus 6 humano, Sarampo, Rubéola, Dengue, Escarlatina e Enterovírus), foram realizadas a pesquisa da borreliose pelos métodos de Enzyme-Linked Immunosorbent Assay e Western-blotting. Outras variáveis clínicas, socioeconômicas, demográficas e climáticas foram estudadas. RESULTADOS: A prevalência da doença foi de 6,2%(12/193). Das variáveis estudadas, houve predomínio em <6anos(83,2%); sexo feminino (66,7%); procedência da cidade de Franco da Rocha (58,3%); com sazonalidade no outono-verão. O intervalo de atendimento foi de quatro dias. Sinais e sintomas com significância estatística: prurido, ausência da fissura labial e bom estado clínico. Outros dados presentes foram: irritabilidade (80%); febre (?38ºC) (58,3%) com duração de um a três dias. O exantema foi do tipo máculo-papular (33,3%), urticariforme (25%) e escarlatiniforme (16,7%); predominando em tronco (60%). Não houve apresentação clínica característica para diagnóstico da doença de Lyme-símile nestes pacientes. A sensibilidade e especificidade para o diagnóstico clínico contraposta com o diagnóstico laboratorial foi zero. O acompanhamento de 10 casos durante dois anos não evidenciou complicações cardiológicas ou neurológicas. Este é o primeiro estudo desta doença em crianças brasileiras. CONCLUSÃO: A prevalência da doença Lyme-símile foi baixa, não tendo sido lembrada no diagnóstico inicial dos exantemas, mas seu conhecimento é necessário, necessitando maior atenção médica.

Achieving the millennium development goals for health - Time to reassess strategies for improving health in developing countries

Making best use of resources is vital in developing countries that are struggling to improve public health with limited funds. The WHO-CHOICE project has developed standardised methods to,evaluate the efficiency of a broad range of interventions. Ibis series starts by assessing die problems with strategies for meeting the millennium development goals. Subsequent articles describe the methods, apply them to maternal and neonatal health, child health, HIV and AIDS, tuberculosis, and malaria, and consider the implications for an overall health strategy. All appear on bmj.com this week.

Analysis of early synthetic dyes with HPLC-DAD-MS: an important database for analysis of colorants used in cultural heritage

Presented thesis at Faculdade de Ciências e Tecnologias, Universidade de Lisboa, to obtain the Master Degree in Conservation and Restoration of Textiles

Depositions of rulers in the later middle ages: on the theory of th "useless ruler" and its practical utilization

pp. 157-168

Estereologia do miocárdio de ratos jovens e idosos

OBJETIVO: Comparar as diferenças quantitativas na composição e estrutura do miocárdio de ratos jovens e idosos utilizando a estereologia. MÉTODOS: Foram estudados 30 ratos machos da raça Wistar (15 animais jovens de 3 meses de idade e 15 animais idosos de 15 meses). Os corações foram retirados, pesados, perfundidos com solução de Bouin e posteriormente fixados em formol tamponado a 10% por 24h, processados por técnica histológica, incluídos em parafina, seccionados e corados pelo HE e picro-sirius. Foram analisados 15 campos aleatórios por grupo e foram determinados os seguintes parâmetros estereológicos: densidade de volume do miócito (Vv[miócito]) e densidade de volume do interstício cardíaco (Vv[interstício]) e densidade numérica dos miócitos (Nv[miócito]) (1/mm³), estimados pelo método disector. O número total de miócitos (N[miócitos]) e a média do volume do miócito (Vol[miócito]) dos corações dos dois grupos também foram determinados. As diferenças estatísticas entre os animais jovens e idosos foram testadas pelo teste não paramétrico de Mann-Whitney. RESULTADOS: Comparando os animais dos grupos jovem e idoso temos, respectivamente, os seguintes dados: o peso cardíaco aumentou de 1,1 para 1,7g, o Vv(miócito) diminuiu de 76,7 para 72,2%, Vv(interstício) aumentou de 23,3 para 27,8%, enquanto o Nv(miócito) diminuiu de 14,76x10(4) para 6,19x10(4)/mm³. O Vol(miócito) aumentou de 5,42x10³ para 13,26x10³mm³ e o N(miócito) diminuiu de 15,64x10(4) para 10,72x10(4) miócitos. Estas diferenças foram estatisticamente significativas (p<0,05). CONCLUSÃO: Os resultados obtidos mostram que no envelhecimento ocorre perda de miócitos cardíacos e hipertrofia das células remanescentes.

Produtividade do rabanete (Raphanus sativus L.) relacionado com a densidade de população

Com a finalidade de se verificar o efeito da densidade de população na produtividade final do rabanete (Raphanus sativus L.), conduziu-se um ensaio de campo na Área Experimental do Setor de Horticultura, ESALQ, Piracicaba (SP - Brasil), utilizando-se a cultivar 'Early Scarlet Globe'. Combinando-se os espaçamentos entre linhas (5, 10, 15 e 20 cm) e entre plantas (sem desbaste), 4 e 8 cm), estudou-se a produtividade biológica e econômica, em 12 tratamentos diferentes. Dos resultados pode-se concluir que: quanto maior o espaçamento entre plantas (menor densidade), maior o desenvolvimento da planta e a produção econômica de raiz por área, até o ponto que começa a diminuir; a produção biológica- por área diminui com a diminuição da densidade. Para o rabanete, a maior produção econômica obtida foi no espaçamento de 15 cm entre linhas e 8 cm entre plantas.

Development of metabolic labeling strategies to study changes in protein expression

Résumé : Les progrès techniques de la spectrométrie de masse (MS) ont contribué au récent développement de la protéomique. Cette technique peut actuellement détecter, identifier et quantifier des milliers de protéines. Toutefois, elle n'est pas encore assez puissante pour fournir une analyse complète des modifications du protéome corrélées à des phénomènes biologiques. Notre objectif était le développement d'une nouvelle stratégie pour la détection spécifique et la quantification des variations du protéome, basée sur la mesure de la synthèse des protéines plutôt que sur celle de la quantité de protéines totale. Pour cela, nous volions associer le marquage pulsé des protéines par des isotopes stables avec une méthode d'acquisition MS basée sur le balayage des ions précurseurs (precursor ion scan, ou PIS), afin de détecter spécifiquement les protéines ayant intégré les isotopes et d'estimer leur abondance par rapport aux protéines non marquées. Une telle approche peut identifier les protéines avec les plus hauts taux de synthèse dans une période de temps donnée, y compris les protéines dont l'expression augmente spécifiquement suite à un événement précis. Nous avons tout d'abord testé différents acides aminés marqués en combinaison avec des méthodes PIS spécifiques. Ces essais ont permis la détection spécifique des protéines marquées. Cependant, en raison des limitations instrumentales du spectromètre de masse utilisé pour les méthodes PIS, la sensibilité de cette approche s'est révélée être inférieure à une analyse non ciblée réalisée sur un instrument plus récent (Chapitre 2.1). Toutefois, pour l'analyse différentielle de deux milieux de culture conditionnés par des cellules cancéreuses humaines, nous avons utilisé le marquage métabolique pour distinguer les protéines d'origine cellulaire des protéines non marquées du sérum présentes dans les milieux de culture (Chapitre 2.2). Parallèlement, nous avons développé une nouvelle méthode de quantification nommée IBIS, qui utilise des paires d'isotopes stables d'acides aminés capables de produire des ions spécifiques qui peuvent être utilisés pour la quantification relative. La méthode IBIS a été appliquée à l'analyse de deux lignées cellulaires cancéreuses complètement marquées, mais de manière différenciée, par des paires d'acides aminés (Chapitre 2.3). Ensuite, conformément à l'objectif initial de cette thèse, nous avons utilisé une variante pulsée de l'IBIS pour détecter des modifications du protéome dans des cellules HeLa infectée par le virus humain Herpes Simplex-1 (Chapitre 2.4). Ce virus réprime la synthèse des protéines des cellules hôtes afin d'exploiter leur mécanisme de traduction pour la production massive de virions. Comme prévu, de hauts taux de synthèse ont été mesurés pour les protéines virales détectées, attestant de leur haut niveau d'expression. Nous avons de plus identifié un certain nombre de protéines humaines dont le rapport de synthèse et de dégradation (S/D) a été modifié par l'infection virale, ce qui peut donner des indications sur les stratégies utilisées par les virus pour détourner la machinerie cellulaire. En conclusion, nous avons montré dans ce travail que le marquage métabolique peut être employé de façon non conventionnelle pour étudier des dimensions peu explorées en protéomique. Summary : In recent years major technical advancements greatly supported the development of mass spectrometry (MS)-based proteomics. Currently, this technique can efficiently detect, identify and quantify thousands of proteins. However, it is not yet sufficiently powerful to provide a comprehensive analysis of the proteome changes correlated with biological phenomena. The aim of our project was the development of ~a new strategy for the specific detection and quantification of proteomé variations based on measurements of protein synthesis rather than total protein amounts. The rationale for this approach was that changes in protein synthesis more closely reflect dynamic cellular responses than changes in total protein concentrations. Our starting idea was to couple "pulsed" stable-isotope labeling of proteins with a specific MS acquisition method based on precursor ion scan (PIS), to specifically detect proteins that incorporated the label and to simultaneously estimate their abundance, relative to the unlabeled protein isoform. Such approach could highlight proteins with the highest synthesis rate in a given time frame, including proteins specifically up-regulated by a given biological stimulus. As a first step, we tested different isotope-labeled amino acids in combination with dedicated PIS methods and showed that this leads to specific detection of labeled proteins. Sensitivity, however, turned out to be lower than an untargeted analysis run on a more recent instrument, due to MS hardware limitations (Chapter 2.1). We next used metabolic labeling to distinguish the proteins of cellular origin from a high background of unlabeled (serum) proteins, for the differential analysis of two serum-containing culture media conditioned by labeled human cancer cells (Chapter 2.2). As a parallel project we developed a new quantification method (named ISIS), which uses pairs of stable-isotope labeled amino acids able to produce specific reporter ions, which can be used for relative quantification. The ISIS method was applied to the analysis of two fully, yet differentially labeled cancer cell lines, as described in Chapter 2.3. Next, in line with the original purpose of this thesis, we used a "pulsed" variant of ISIS to detect proteome changes in HeLa cells after the infection with human Herpes Simplex Virus-1 (Chapter 2.4). This virus is known to repress the synthesis of host cell proteins to exploit the translation machinery for the massive production of virions. As expected, high synthesis rates were measured for the detected viral proteins, confirming their up-regulation. Moreover, we identified a number of human proteins whose synthesis/degradation ratio (S/D) was affected by the viral infection and which could provide clues on the strategies used by the virus to hijack the cellular machinery. Overall, in this work, we showed that metabolic labeling can be employed in alternative ways to investigate poorly explored dimensions in proteomics.