Integration and visualization of systems biology data in context of the genome

Background: High-density tiling arrays and new sequencing technologies are generating rapidly increasing volumes of transcriptome and protein-DNA interaction data. Visualization and exploration of this data is critical to understanding the regulatory logic encoded in the genome by which the cell dynamically affects its physiology and interacts with its environment. Results: The Gaggle Genome Browser is a cross-platform desktop program for interactively visualizing high-throughput data in the context of the genome. Important features include dynamic panning and zooming, keyword search and open interoperability through the Gaggle framework. Users may bookmark locations on the genome with descriptive annotations and share these bookmarks with other users. The program handles large sets of user-generated data using an in-process database and leverages the facilities of SQL and the R environment for importing and manipulating data. A key aspect of the Gaggle Genome Browser is interoperability. By connecting to the Gaggle framework, the genome browser joins a suite of interconnected bioinformatics tools for analysis and visualization with connectivity to major public repositories of sequences, interactions and pathways. To this flexible environment for exploring and combining data, the Gaggle Genome Browser adds the ability to visualize diverse types of data in relation to its coordinates on the genome. Conclusions: Genomic coordinates function as a common key by which disparate biological data types can be related to one another. In the Gaggle Genome Browser, heterogeneous data are joined by their location on the genome to create information-rich visualizations yielding insight into genome organization, transcription and its regulation and, ultimately, a better understanding of the mechanisms that enable the cell to dynamically respond to its environment.

The effects of information request ambiguity and construct incongruence on query development

This paper examines the effects of information request ambiguity and construct incongruence on end user's ability to develop SQL queries with an interactive relational database query language. In this experiment, ambiguity in information requests adversely affected accuracy and efficiency. Incongruities among the information request, the query syntax, and the data representation adversely affected accuracy, efficiency, and confidence. The results for ambiguity suggest that organizations might elicit better query development if end users were sensitized to the nature of ambiguities that could arise in their business contexts. End users could translate natural language queries into pseudo-SQL that could be examined for precision before the queries were developed. The results for incongruence suggest that better query development might ensue if semantic distances could be reduced by giving users data representations and database views that maximize construct congruence for the kinds of queries in typical domains. (C) 2001 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Configuração e interrogação com sistemas federados

Apesar da existência de produtos comerciais e da investigação na área, a construção de sistemas de informação com diversos componentes distribuídos, heterogéneos e autónomos - conhecidos como sistemas de informação federados - é ainda um desafio. Estes sistemas de informação oferecem uma visão global unificada sobre os vários modelos de dados (parciais). No entanto, a modelação destes sistemas é um desafio, já que modelos de dados como o relacional não incluem informação sobre a distribuição e tratamento de heterogeneidade. É também necessário interagir com estes sistemas de informação, através de interrogações sobre os diversos componentes dos sistemas, sem ser necessário conhecer os detalhes dos mesmos. Este trabalho propõe uma abordagem a estes desafios, através da utilização de modelos para descrição semântica, e.g. linguagem OWL (Ontology Web Language), para construir uma descrição unificada dos seus diversos modelos parciais. O modelo criado para dar suporte a esta descrição é, em parte, baseado em ontologias existentes, que foram alteradas e extendidas para resolver diversos desafios de modelação. Sobre este modelo, é criado um componente de software que permite a execução de interrogações SQL (Structured Query Language) sobre o sistema federado, resolvendo os problemas de distribuição e heterogeneidade existentes.

Aplicação web para tratamento estatístico de dados de teste

Mestrado em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

Optimização da lista de células vizinhas em redes LTE

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Electrónica e Telecomunicações

SGBD de alta escalabilidade com suporte a dados georreferenciados

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores

Using a prioritized MAC protocol to execute the database operation join in networked embedded computer systems

Database query languages on relations (for example SQL) make it possible to join two relations. This operation is very common in desktop/server database systems but unfortunately query processing systems in networked embedded computer systems currently do not support this operation; specifically, the query processing systems TAG, TinyDB, Cougar do not support this. We show how a prioritized medium access control (MAC) protocol can be used to efficiently execute the database operation join for networked embedded computer systems where all computer nodes are in a single broadcast domain.

Copper-organic frameworks assembled from in situ generated 5-(4-pyridyl) tetrazole building blocks: synthesis, structural features, topological analysis and catalytic oxidation of alcohols

Two new metal- organic compounds {[Cu-3(mu(3)-4-(p)tz)(4)(mu(2)-N-3)(2)(DMF)(2)](DMF)(2)}(n) (1) and {[Cu(4ptz) (2)(H2O)(2)]}(n) (2) {4-ptz = 5-(4-pyridyl)tetrazolate} with 3D and 2D coordination networks, respectively, have been synthesized while studying the effect of reaction conditions on the coordination modes of 4-pytz by employing the [2 + 3] cycloaddition as a tool for generating in situ the 5-substituted tetrazole ligands from 4-pyridinecarbonitrile and NaN3 in the presence of a copper(II) salt. The obtained compounds have been structurally characterized and the topological analysis of 1 discloses a topologically unique trinodal 3,5,6-connected 3D network which, upon further simplification, results in a uninodal 8-connected underlying net with the bcu (body centred cubic) topology driven by the [Cu-3(mu(2)-N-3)(2)] cluster nodes and mu(3)-4-ptz linkers. In contrast, the 2D metal-organic network in 2 has been classified as a uninodal 4-connected underlying net with the sql [Shubnikov tetragonal plane net] topology assembled from the Cu nodes and mu(2)-4-ptz linkers. The catalytic investigations disclosed that 1 and 2 act as active catalyst precursors towards the microwave-assisted homogeneous oxidation of secondary alcohols (1-phenylethanol, cyclohexanol, 2-hexanol, 3-hexanol, 2-octanol and 3-octanol) with tert-butylhydroperoxide, leading to the yields of the corresponding ketones up to 86% (TOF = 430 h(-1)) and 58% (TOF = 290 h(-1)) in the oxidation of 1-phenylethanol and cyclohexanol, respectively, after 1 h under low power ( 10 W) microwave irradiation, and in the absence of any added solvent or additive.

Desenvolvimento de simulador para orçamentação de infraestruturas elétricas

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica Ramo de Energia

Core language for web applications

Trabalho apresentado no âmbito do Mestrado em Engenharia Informática, como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Engenharia Informática

Armazéns de dados em bases de dados NoSQL

Na atualidade, existe uma quantidade de dados criados diariamente que ultrapassam em muito as mais otimistas espectativas estabelecidas na década anterior. Estes dados têm origens bastante diversas e apresentam-se sobre várias formas. Este novo conceito que dá pelo nome de Big Data está a colocar novos e rebuscados desafios ao seu armazenamento, tratamento e manipulação. Os tradicionais sistemas de armazenamento não se apresentam como a solução indicada para este problema. Estes desafios são alguns dos mais analisados e dissertados temas informáticos do momento. Várias tecnologias têm emergido com esta nova era, das quais se salienta um novo paradigma de armazenamento, o movimento NoSQL. Esta nova filosofia de armazenamento visa responder às necessidades de armazenamento e processamento destes volumosos e heterogéneos dados. Os armazéns de dados são um dos componentes mais importantes do âmbito Business Intelligence e são, maioritariamente, utilizados como uma ferramenta de apoio aos processos de tomada decisão, levados a cabo no dia-a-dia de uma organização. A sua componente histórica implica que grandes volumes de dados sejam armazenados, tratados e analisados tendo por base os seus repositórios. Algumas organizações começam a ter problemas para gerir e armazenar estes grandes volumes de informação. Esse facto deve-se, em grande parte, à estrutura de armazenamento que lhes serve de base. Os sistemas de gestão de bases de dados relacionais são, há algumas décadas, considerados como o método primordial de armazenamento de informação num armazém de dados. De facto, estes sistemas começam a não se mostrar capazes de armazenar e gerir os dados operacionais das organizações, sendo consequentemente cada vez menos recomendada a sua utilização em armazéns de dados. É intrinsecamente interessante o pensamento de que as bases de dados relacionais começam a perder a luta contra o volume de dados, numa altura em que um novo paradigma de armazenamento surge, exatamente com o intuito de dominar o grande volume inerente aos dados Big Data. Ainda é mais interessante o pensamento de que, possivelmente, estes novos sistemas NoSQL podem trazer vantagens para o mundo dos armazéns de dados. Assim, neste trabalho de mestrado, irá ser estudada a viabilidade e as implicações da adoção de bases de dados NoSQL, no contexto de armazéns de dados, em comparação com a abordagem tradicional, implementada sobre sistemas relacionais. Para alcançar esta tarefa, vários estudos foram operados tendo por base o sistema relacional SQL Server 2014 e os sistemas NoSQL, MongoDB e Cassandra. Várias etapas do processo de desenho e implementação de um armazém de dados foram comparadas entre os três sistemas, sendo que três armazéns de dados distintos foram criados tendo por base cada um dos sistemas. Toda a investigação realizada neste trabalho culmina no confronto da performance de consultas, realizadas nos três sistemas.

Heterogeneous sensor database framework for the sensor observation service: integrating remote and in-situ sensor observations at the database backend

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies.

Sistema de localização de veículos para smartphone android

Atualmente os sistemas Automatic Vehicle Location (AVL) fazem parte do dia-a-dia de muitas empresas. Esta tecnologia tem evoluído significativamente ao longo da última década, tornando-se mais acessível e fácil de utilizar. Este trabalho consiste no desenvolvimento de um sistema de localização de veículos para smartphone Android. Para tal, foram desenvolvidas duas aplicações: uma aplicação de localização para smarphone Android e uma aplicação WEB de monitorização. A aplicação de localização permite a recolha de dados de localização GPS e estabelecer uma rede piconet Bluetooth, admitindo assim a comunicação simultânea com a unidade de controlo de um veículo (ECU) através de um adaptador OBDII/Bluetooth e com até sete sensores/dispositivos Bluetooth que podem ser instalados no veículo. Os dados recolhidos pela aplicação Android são enviados periodicamente (intervalo de tempo definido pelo utilizador) para um servidor Web No que diz respeito à aplicação WEB desenvolvida, esta permite a um gestor de frota efetuar a monitorização dos veículos em circulação/registados no sistema, podendo visualizar a posição geográfica dos mesmos num mapa interativo (Google Maps), dados do veículo (OBDII) e sensores/dispositivos Bluetooth para cada localização enviada pela aplicação Android. O sistema desenvolvido funciona tal como esperado. A aplicação Android foi testada inúmeras vezes e a diferentes velocidades do veículo, podendo inclusive funcionar em dois modos distintos: data logger e data pusher, consoante o estado da ligação à Internet do smartphone. Os sistemas de localização baseados em smartphone possuem vantagens relativamente aos sistemas convencionais, nomeadamente a portabilidade, facilidade de instalação e baixo custo.

Sistema de Informação Operacional para Empresa de Consultoria

Trabalho de projecto apresentado como requisito parcial para obtenção do grau de Mestre em Estatística e Gestão de Informação

Expressiveness improvements of OutSystems DSL query primitives

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática