76 resultados para RT—PCR
Resumo:
Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Resumo:
Pós-graduação em Agronomia (Proteção de Plantas) - FCA
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Pós-graduação em Agronomia (Proteção de Plantas) - FCA
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Pós-graduação em Microbiologia Agropecuária - FCAV
Resumo:
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
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No Brasil, estima-se que os rotavírus causem 3.352.053 episódios de diarreia, 655.853 ambulatoriais, 92.453 hospitalizações e 850 mortes envolvendo crianças menores de 5 anos de idade. Os rotavírus pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus. A partícula viral é constituída por três camadas proteicas concêntricas e pelo genoma viral reunindo 11 segmentos de RNA com dupla fita. Reconhecem-se 23 genótipos G e 31 genótipos P. Dentre os genótipos G detectados até o momento, o G2 atua como um dos mais importantes, estando geralmente associado ao genótipo P[4]. Nos últimos três anos se tem observado em larga escala global a reemergência do genótipo G2, sendo um dos mais detectados nos anos que sucederam a implantação da vacina contra rotavírus, particularmente no Brasil. Este estudo teve como objetivo a caracterização molecular de amostras do tipo G2 obtidas de crianças participantes de estudos em gastroenterites virais na região amazônica, Brasil, no período de 1992 a 2008. Foram selecionadas 53 amostras positivas para rotavírus genótipo G2 que foram sequenciadas para VP7 e 38 para VP4. Inicialmente, as amostras foram genotipadas por RT-PCR e seus produtos purificados, quantificados e sequenciados. As amostras também foram testadas quanto ao perfil de migração dos segmentos de RNA. As sequências obtidas dos genes VP4 e VP7 foram alinhadas e editadas no programa Bioedit (v.6.05) e comparadas a outras sequências de RV registradas no banco de genes utilizando o programa BLAST. A árvore filogenética foi feita utilizando o programa Mega 2.1. Do total de 53 amostras sequenciadas para o gene VP7, a análise filogenética revelou a existência de duas linhagens (II e III) e três sublinhagens (IIa, IIc, IId) que circularam em períodos diferentes na população. Amostras das sub-linhagem IIa e IIc apresentaram mutação na posição no aminoácido da posição 96 (Asp/ Asn) . Essa modificação pode resultar em uma alteração conformacional dos epítopos reconhecidos por anticorpos neutralizantes. As linhagens de G2 que circularam em Belém foram idênticas àquelas de outros Estados da região amazônica envolvidos no estudo. O gene VP[4] foi sequenciado na região da VP8*, sendo 36 pertencentes do genótipo P[4] e 3 ao P[6]. No genótipo P[4] foi identificada a circulação de duas linhagens, P[4]-4 ocorrendo nos anos de 1998-2000, e P[4]-5 que circulou nos períodos de 1993-1994 e 2006-2008. Nossos resultados reforçam dados de ocorrência continental que evidenciam a reemergência do genótipo G2 com a variante gênica IIc, a qual se estabeleceu na população em associação com o genótipo P[4]-5. A grande homologia entre as cepas de G2 que circularam entre os diferentes estados envolvidos no estudo sugere que as mutações registradas ultrapassaram barreiras geográficas e temporais.
Resumo:
Amostras sanguineas de 188 touros bubalinos, criados em sistema extensivo em areas de varzea, sem controle sanitario e reprodutivo eficiente, com idade de dois a 15 anos, das racas Murrah, Mediterraneo e seus mesticos, foram coletadas em tubos vacutainer esterilizados de 5 mL e avaliadas quanto a presenca de anticorpos para HBV-1, atraves do teste de soroneutrlizacao. Dos 188 touros examinados, somente de 51 foi possivel obter amostras de semen, as quais foram submetidas a analise de RT-PCR. Informacoes acerca da idade, raca e escore de condicao corporal (ECC) dos animais foram observadas. A estatistica descritiva foi aplicada atraves da distribuicao proporcional e determinacao dos quadris e medianas de variaveis categoricas. O estudo foi realizado em animais de oito propriedades, localizadas nos estados do Para e Amapa, regiao Norte do Brasil, encontrando-se distribuidos da seguinte forma: nos municipios de Itaubal do Piriri (N=59), Cutias do Araguari (N=33), Tartarugalzinho (N=14) e Bailique, distrito de Macapa (N=21), totalizando 127 animais no Amapa. Os 73 restantes localizavam-se no estado do Para nos municipios de Soure (N=38) e Muana (N=23), Ilha do Marajo. A analise estatistica constou da aplicacao do teste Binomial para comparar a prevalencia do HBV-1 nas propriedades examinadas nos municipios, e comparar a prevalencia entre as classes de raca, escore corporal e idade. Para avaliar a distribuicao da titulacao de anticorpos para HBV-1, entre Amapa e Marajo, foi utilizado o teste estatistico de Mann- Whitney. Todos os procedimentos foram executados pelo programa BioEstat 5, com nivel de significancia α=0.05. Em todas as propriedades estudadas havia animais positivos, e 82,4% das 188 amostras foram sorologicamente positivas. Entre as racas mediterraneo e Murrah e seus mesticos, houve diferenca real de prevalencia somente entre as racas Mediterraneo e Murrah (p=0,0004). Houve influencia do ECC na prevalencia de touros sorologicamente positivos, sendo que os de ECC=3 apresentaram maior prevalencia que os de ECC < 3 (p=0.009). A prevalencia conforme a idade mostrou que existe uma diferenca significativa (p<0.0001) entre os animais com dois anos e os touros com mais de dois anos de idade, havendo um incremento gradativo das taxas de infeccao com o avancar da idade. A prevalencia no estado do Amapa foi significativamente maior que no Para. As propriedades localizadas nos municipios de Cutias do Araguari, Tartarugalzinho e Bailique (Macapa), apresentram 100% de prevalencia. Foi observado que a titulacao minima ocorreu na maioria dos animais no Marajo, entretanto em somente em 4.8% do rebanho procedente do Amapa teve baixas titulacoes. Todas as 51 amostras de semen apresentaram-se negativas no teste da RTPCR. Concluimos assim que a prevalencia da IBR e altissima em touros bubalinos criados extensivamente no estado do Amapa e Para, Brasil.
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O Virus Oropouche (VORO; Bunyaviridae, Orthobunyavirus) é um dos mais importantes arbovírus que infecta humanos na Amazônia brasileira, e é causador da febre do Oropouche. Entre 1961 e 2009, um grande número de epidemias foi registrado em diferentes centros urbanos dos Estados Brasileiros do Acre, Amapá, Amazonas, Maranhão, Pará, Rondônia e Tocantins, e também no Panamá, Peru e Trinidad & Tobago. Este trabalho teve por objetivo desenvolver um estudo retrospectivo dos aspectos epidemiológicos e moleculares do VORO enfatizando sua distribuição, a dinâmica das epidemias ocorridas no período, bem como a dispersão de diferentes genótipos na América Latina e no Brasil como contribuição à epidemiologia molecular do VORO. Para tanto 66 isolamentos do VORO pertencentes ao acervo do Instituto Evandro Chagas foram propagados em camundongos e em cultura de células VERO, seguida da extração do RNA viral e obtenção do cDNA por RTPCR; os amplicons foram purificados e submetidos ao sequenciamento nucleotídico para análises moleculares e evolução, incluindo o rearranjo genético, estudo de relógio molecular e análise de dispersão viral. Foi demonstrada a presença de quatro linhagens distintas do VORO na Amazônia brasileira (genótipos I, II, III e IV), sendo os genótipos I e II, respectivamente os mais frequentemente encontrados em áreas da Amazônia ocidental e oriental. Esses e o genótipo III estão constantemente evoluindo, mediante o mecanismo “boom and boost” que resulta na emergência seguida de substituição das sublinhagens (subgenótipos) circulantes por outras mais recentes. O genótipo III do VORO, previamente encontrado somente no Panamá, foi descrito na Amazônia e Sudeste do Brasil. Os dados obtidos pela análise filogenética comparativa das topologias para os segmentos PRNA e MRNA sugerem que o VORO utiliza o rearranjo genético como mecanismo de geração de biodiversidade viral, sendo o genótipo I o mais estável e o II o mais instável e, portanto, mais sensível às pressões evolutivas; foi reconhecido um novo genótipo do VORO neste estudo em amostras isoladas em Manaus no ano de 1980, que foi denominado de genótipo IV. O estudo do relógio molecular mostrou que a emergência do VORO se deu no Estado do Pará provavelmente há 223 anos e daí ao longo dos anos se dispersou pela PanAmazônia bem como para o Caribe, sendo que o genótipo I foi o que originou os demais genótipos do VORO.
Resumo:
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
Resumo:
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)
Resumo:
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)