La calnexine: un élément clé dans l'apoptose chez la levure Schizosaccharomyces pombe.

La mort cellulaire programmée (PCD pour Programmed Cell Death) est un processus essentiel aux cellules. Le PCD a d’abord été caractérisé dans le développement cellulaire et peut être divisé en plusieurs groupes selon les caractéristiques observées. L’apoptose, un sous-groupe du PCD, est caractérisé par plusieurs distinctions morphologiques et signalétiques attribué tout d’abord aux organismes complexes pour son rôle dans le développement et dans le maintien de l’intégrité tissulaire. Depuis la dernière décennie, de nombreuses études font état de l’existence d’un programme apoptotique dans des organismes unicellulaires comme les levures. Ce programme apoptotique a surtout été étudié chez les levures Saccharomyces cerevisiae et Schizosaccharomyces pombe et partage certaines caractéristiques avec l’apoptose des mammifères. Par contre, l’apoptose associé aux levures est distinct à certains égards entre autre par l’absence de certains homologues présents chez les mammifères. L’intérêt au niveau de l’étude du phénomène apoptotique chez les levures est sans cesse grandissant par la facilité avec laquelle les levures peuvent être utilisées comme système modèle. L’apoptose peut être induit dans les cellules de différentes façons en réponse à des stimuli internes ou externes. L’accumulation de protéines mal repliées au niveau du réticulum endoplasmique (RE) causant un stress est un inducteur bien caractérisé de la voie apoptotique. La signalisation de l’apoptose dans un cas de stress au RE fait appel aux transducteurs des signaux de la voie du UPR ( Unfolded Protein Response). Récemment, il a été montré que la calnexine, une chaperone transmembranaire du RE connue et caractérisée surtout pour ses fonctions d’aide au repliement des protéines et au contrôle de qualité, joue un rôle dans la transduction du signal apoptotique en réponse au stress du RE chez mammifères. Le rôle de la calnexine dans ce cas consiste principalement en l’échafaudage pour le clivage par la caspase 8 de la protéine apoptotique Bap31. Nous avons tout d’abord démontré que le stress du RE et que la déficience en inositol, un précurseur essentiel de nombreuses molécules signalétiques, sont deux inducteurs de l’apoptose chez la levure S. pombe. Ces deux voies semblent induire l’apoptose par deux voies distinctes puisque seule la voie de la déficience en inositol induit l’apoptose de façon dépendante à la métacaspase Pca1p. La calnexine, essentielle à la viabilité chez la levure S. pombe, est impliquée dans ces deux phénomènes apoptotiques. L’apoptose induit par le stress du RE nécessite une version de la calnexine ancrée à la membrane du RE pour être optimal. De façon opposée, l’apoptose induit par une déficience en inositol nécessite la présence de la queue cytosolique ancrée à la membrane de la calnexine pour être retardé. Ces deux actions différentes imputables à une même protéine laisse croire à une double fonction pro et anti-apoptotique de celle-ci. Suite à la découverte de l’existence d’un clivage endogène de la calnexine en situation normale de croissance, un modèle a été élaboré expliquant les rôles distincts de la calnexine dans ces deux voies apoptotiques. Ce modèle fait état d’un rôle associé au clivage de la calnexine dans l’apoptose.

Training deep convolutional architectures for vision

Les tâches de vision artificielle telles que la reconnaissance d’objets demeurent irrésolues à ce jour. Les algorithmes d’apprentissage tels que les Réseaux de Neurones Artificiels (RNA), représentent une approche prometteuse permettant d’apprendre des caractéristiques utiles pour ces tâches. Ce processus d’optimisation est néanmoins difficile. Les réseaux profonds à base de Machine de Boltzmann Restreintes (RBM) ont récemment été proposés afin de guider l’extraction de représentations intermédiaires, grâce à un algorithme d’apprentissage non-supervisé. Ce mémoire présente, par l’entremise de trois articles, des contributions à ce domaine de recherche. Le premier article traite de la RBM convolutionelle. L’usage de champs réceptifs locaux ainsi que le regroupement d’unités cachées en couches partageant les même paramètres, réduit considérablement le nombre de paramètres à apprendre et engendre des détecteurs de caractéristiques locaux et équivariant aux translations. Ceci mène à des modèles ayant une meilleure vraisemblance, comparativement aux RBMs entraînées sur des segments d’images. Le deuxième article est motivé par des découvertes récentes en neurosciences. Il analyse l’impact d’unités quadratiques sur des tâches de classification visuelles, ainsi que celui d’une nouvelle fonction d’activation. Nous observons que les RNAs à base d’unités quadratiques utilisant la fonction softsign, donnent de meilleures performances de généralisation. Le dernière article quand à lui, offre une vision critique des algorithmes populaires d’entraînement de RBMs. Nous montrons que l’algorithme de Divergence Contrastive (CD) et la CD Persistente ne sont pas robustes : tous deux nécessitent une surface d’énergie relativement plate afin que leur chaîne négative puisse mixer. La PCD à "poids rapides" contourne ce problème en perturbant légèrement le modèle, cependant, ceci génère des échantillons bruités. L’usage de chaînes tempérées dans la phase négative est une façon robuste d’adresser ces problèmes et mène à de meilleurs modèles génératifs.

Paraphilic Coercive Disorder : Behavioral Markers and Validity of Diagnostic Criteria

Le présent projet doctoral vise à considérer les lacunes dans la documentation scientifique sur le Trouble Paraphilique Coercitif (TPC) en mettant l’accent sur la validité des critères diagnostiques proposés pour inclusion dans le DSM-5 et les marqueurs comportementaux. À ce fait, les données archivées d’individus ayant sexuellement agressé des femmes adultes ont été étudiées. La thèse est constituée de trois articles empiriques. Le premier article présente des résultats clés découlant des analyses, élaborés dans les articles subséquents. Le second (N = 47) évalue les fréquences observées du TPC, la validité et l’impact du recours au nombre minimal de victimes comme critère diagnostique, ainsi que les indices prédisant la récidive sexuelle. Le troisième article (N = 52) compare les groupes diagnostiques sur une série de comportements délictuels, tels que les gestes sexuels et les comportements violents, dans le but d’identifier les marqueurs comportementaux associés avec la propension au viol qui pourraient assister dans le processus diagnostique. Dans le même ordre d’idées, nous avons créé des typologies de violeurs à partir des gestes sexuels commis, d’un côté, et des comportements violents, de l’autre côté. Conséquemment, les caractéristiques des typologies ainsi obtenues et leur association avec le TPC furent examinées. Dans l’ensemble, nos résultats ne soutiennent pas le recours au nombre de victimes. Nos données suggèrent que, globalement, les violeurs avec le TPC utilisent un niveau de gestes sexuels plus envahissant et un niveau de violence moindre que les violeurs n’ayant pas ce diagnostic, et que l’exhibitionnisme et l’attouchement pourraient servir de marqueurs comportementaux pour le TPC. En outre, les violeurs avec le TPC sont caractérisés davantage par demande indécente, exhibitionnisme, attouchement, masturbation, tentative de pénétration et pénétration digitale que par pénétration vaginale et sodomie. De plus, ces derniers font moins recours à l’utilisation d’armes, semblent ne pas frapper/donner des coups à la victime et sont caractérisés par la manipulation plutôt que par le recours aux menaces de mort, force excessive et utilisation d’armes. En somme, nos données soulignent la nécessité de s’appuyer sur une combinaison de méthodes d’évaluation afin d’améliorer la validité diagnostique et discriminante du TPC.

Photoconductivity studies on some semiconducting thin films for photovoltaic applications

Photoconductivity (PC) processes may be the most suitable technique for obtaining information about the states in the gap. It finds applications in photovoItaics, photo detection and radiation measurements. The main task in the area of photovoltaics, is to increase the efficiency of the device and also to develop new materials with good optoelectronic properties useful for energy conversion, keeping the idea of cost effectiveness. Photoconduction includes generation and recombination of carriers and their transport to the electrodes. So thermal relaxation process, charge carrier statistics, effects of electrodes and several mechanisms of recombination are involved in photoconductivity.A major effect of trapping is to make the experimentally observed decay time of photocurrent, longer than carrier lifetime. If no trapping centers are present, then observed photocurrent will decay in the same way as the density of free carriers and the observed decay time will be equal to carrier lifetime. If the density of free carriers is much less than density of trapped carriers, the entire decay of photocurrent is effectively dominated by the rate of trap emptying rather than by the rate of recombination.In the present study, the decay time of carriers was measured using photoconductive decay (PCD) technique. For the measurements, the film was loaded in a liquid Helium cryostat and the temperature was controlled using Lakshore Auto tuning temperature controller (Model 321). White light was used to illuminate the required area of the sample. Heat radiation from the light source was avoided by passing the light beam through a water filter. The decay current. after switching off the illumination. was measured using a Kiethely 2000 multi meter. Sets of PCD measurements were taken varying sample temperature, sample preparation temperature, thickness of the film, partial pressure of Oxygen and concentration of a particular element in a compound. Decay times were calculated using the rate window technique, which is a decay sampling technique particularly suited to computerized analysis. For PCD curves with two well-defined regions, two windows were chosen, one at the fast decay region and the other at the slow decay region. The curves in a particular window were exponentially fitted using Microsoft Excel 2000 programme. These decay times were plotted against sample temperature and sample preparation temperature to study the effect of various defects in the film. These studies were done in order to optimize conditions of preparation technique so as to get good photosensitive samples. useful for photovoltaic applications.Materials selected for the study were CdS, In2Se3, CuIn2Se3 and CuInS2• Photoconductivity studies done on these samples are organised in six chapters including introduction and conclusion.

Sistematización de la experiencia del “Equipo Interdisciplinario de Estudios en Desarrollo local, Interacción - Formación - Investigación”

En el año 2007 el Instituto Rosarista de Acción Social y varios profesores de distintas facultades, en un esfuerzo por integrar la docencia, la investigación y la extensión, crean el Equipo interdisciplinario de estudios en desarrollo local. La iniciativa buscaba contribuir a la formulación de respuestas a problemáticas del desarrollo local por medio de la implementación de proyectos en una comunidad. Para ello, los profesores articularon sus capacidades y conocimientos en la construcción de un programa de intervención integral en el sector de El Codito. La búsqueda por construir, desde un análisis integral, procesos que atiendan los retos que impone el subdesarrollo, hace que la propuesta del Equipo Interdisciplinario sea muy interesante. Es por eso que en el capítulo 1de esta sistematización se considera pertinente rescatar las acciones del equipo a través de una sistematización de su experiencia desde sus inicios en el año 2007, hasta su desintegración en el 2013. En los capítulos 2 y 3, de manera detallada, se recoge el diagnóstico, la planificación y la ejecución de dos de los proyectos que se implementaron en el sector de El Codito: la “Escuela juvenil de formación en democracia, proyectos sociales y trabajo comunitario para el sector El Codito” e “Imaginarios y representaciones sociales en torno a la discapacidad en comunidades vulnerables. Estudio de caso sector El Codito, Bogotá.”. Por último, se presentan algunas conclusiones, lecciones aprendidas y recomendaciones de esta experiencia de trabajo comunitario.

Avaluaci?? de la qualitat docent i promoci?? del professorat : legislaci?? universit??ria espanyola : modificaci?? de la Llei Org??nica d'Universitats

Resumen basado en el de la publicaci??n

Glucosinolate-accumulating S-cells in Arabidopsis leaves and flower stalks undergo programmed cell death at early stages of differentiation

Plant secondary metabolites glucosinolates (GSL) have important functions in plant resistance to herbivores and pathogens. We identified all major GSL that are accumulated in S-cells in Arabidopsis by MALDI-TOF MS, and estimated by LC-MS that the total GSL concentration in these cells is above 130 mM. The precise locations of the S-cells outside phloem bundles in rosette and cauline leaves and in flower stalks were visualised using sulphur mapping by cryo-SEM/EDX. S-cells contain up to 40% of total sulphur in flower stalk tissues. S-cells in emerging flower stalks and developing leaf tissues show typical signs of Programmed Cell Death (PCD) or apoptosis, such as chromatin condensation in the nucleus and blebbing of the membranes. TUNEL staining for DNA double strand breaks confirmed PCD in S-cells in postmeristematic tissues in the flower stalk as well as in the leaf. Our results show that S-cells in postmeristematic tissues proceed to an extreme degree of metabolic specialisation besides PCD. Accumulation and maintenance of a high concentration of GSL in these cells are accompanied by degradation of a number of cell organelles. The substantial changes in the cell composition during S-cell differentiation indicate the importance of this particular GSL-based phloem defence system. The specific anatomy of the S-cells and ability to accumulate specialised secondary metabolites is similar to that of the non-articulated laticifer cells in latex plants and thus indicates a common evolutionary origin.

CCP1/Nna1 functions in protein turnover in mouse brain: Implications for cell death in Purkinje cell degeneration mice

Purkinje cell degeneration (pcd) mice have a mutation within the gene encoding cytosolic carboxypeptidase 1 (CCP1/Nna1), which has homology to metallocarboxypeptidases. To assess the function of CCP1/Nna1, quantitative proteomics and peptidomics approaches were used to compare proteins and peptides in mutant and wild-type mice. Hundreds of peptides derived from cytosolic and mitochondrial proteins are greatly elevated in pcd mouse hypothalamus, amygdala, cortex, prefrontal cortex, and striatum. However, the major proteins detected on 2-D gel electrophoresis were present in mutant and wild-type mouse cortex and hypothalamus at comparable levels, and proteasome activity is normal in these brain regions of pcd mice, suggesting that the increase in cellular peptide levels in the pcd mice is due to reduced degradation of the peptides downstream of the proteasome. Both nondegenerating and degenerating regions of pcd mouse brain, but not wild-type mouse brain, show elevated autophagy, which can be triggered by a decrease in amino acid levels. Taken together with previous studies on CCP1/Nna1, these data suggest that CCP1/Nna1 plays a role in protein turnover by cleaving proteasome-generated peptides into amino acids and that decreased peptide turnover in the pcd mice leads to cell death.-Berezniuk, I., Sironi, J., Callaway, M. B., Castro, L. M., Hirata, I. Y., Ferro, E. S., Fricker, L. D. CCP1/Nna1 functions in protein turnover in mouse brain: Implications for cell death in Purkinje cell degeneration mice. FASEB J. 24, 1813-1823 (2010). www.fasebj.org

Qualidade de vida no trabalho para pessoas com deficiências: estude de caso numa montadora de automóveis

A implantação da lei 8.213 (BRASIL, 1991) contribuiu significativamente para o aumento da participação de Pessoas com Deficiência (PCD) nas empresas e inseriu a questão da diversidade nos programas de qualidade de vida no trabalho (QVT). Porém, pouco se sabe sobre a efetividade dos programas de QVT. Este artigo se baseou em um estudo empírico em uma empresa multinacional automobilística situada na Região do ABC, com 720 PCDs. Os resultados da pesquisa mostram indícios de que a QVT é viável nas organizações e pode proporcionar a satisfação em PCDs sob o atual contexto da diversidade no ambiente de trabalho.

Transcriptomics and systems biology analysis in identification of specific pathways involved in cacao resistance and susceptibility to witches' broom disease

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Identificação de áreas com precipitação pluvial homogênea no Estado do Rio Grande do Norte

O estudo da variabilidade da precipitação é importante para o planejamento das atividades econômicas, possibilitando o uso mais eficiente e racional dos recursos hídricos. Dessa forma, o objetivo desta pesquisa é caracterizar o estado do Rio Grande do Norte com relação à variabilidade temporal da precipitação, agrupá-lo em regiões homogêneas e comparar diferentes técnicas de agrupamento. Para o estudo da variabilidade pluvial foram utilizados os índices: Grau de Concentração de Precipitação (PCD), que representa o grau em que a precipitação é distribuída ao longo do ano; e o Período de Concentração de Precipitação (PCP), que reflete o período no qual a precipitação está mais concentrada. Para a realização dos agrupamentos foram escolhidas as variáveis: PCD, PCP, médias da precipitações anuais e médias das precipitações mensais. Posteriormente, foi aplicada a análise de agrupamento para obter grupos com características similares. Os resultados mostraram que as precipitações são melhor distribuídas na região leste do estado, neste caso, os meses mais chuvosos são de maio a agosto. Os municípios localizados nessa área possuem dois picos de chuvas, devido à atuação de dois sistemas: Perturbações Ondulatórias dos Alísios (POA s) e Zona de Convergência Intertropical (ZCIT). Nas regiões localizadas a oeste os meses que possuem maior concentração de chuvas são março e abril, neste caso temos apenas um pico de precipitação, devido a atuação da ZCIT. A identificação de áreas homogêneas favorece o planejamento adequado de acordo com as características de cada grupo formado e o RN pode foi dividido em 4 (quatro) regiões homogêneas. As técnicas de agrupamento utilizadas apresentaram resultados semelhantes, porém, sugere-se o uso de mais de uma técnica para que se possa analisar qual delas reflete melhor a realidade local. O estudo da variabilidade de precipitação, através dos índices estudados e do agrupamento realizado, são ferramentas adequadas ao planejamento ambiental e econômico

Impact of proximal cytoplasmic droplets on quality traits and in-vitro embryo production efficiency of cryopreserved bull spermatozoa

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Morfologia e morfometria das papilas mamárias de búfalas

Para este estudo, quinze papilas de fêmeas de búfalos e uma de fêmea bovina foram obtidas no matadouro. Estudos macro e microscópico foram realizados por meio de diferentes técnicas: morfológica, histológica e análises, biométrica, histométrica e mesoscópica. As médias foram: papila cranial direita (PCD) 20,95g; papila caudal direita (PCaD) 21,49g; papila cranial esquerda (PCE) 23,52g; papila caudal esquerda (PCaE) 21,35g. O comprimento médio do ducto papilar, do número de pregas e do comprimento das cisternas papilares foi respectivamente: 0,67/5,5 e 2,17cm para a PCD; 0,62/6,0 e 2,26cm para a PCaD; e para o antímero esquerdo, PCD: 0,71/6,0 e 2,26cm e para PCaD: 0,74/5,7 e 2,57cm. A análise de Pearson revelou uma correlação negativa entre o peso do corpo e o peso da glândula mamária. Foi feita a amostragem das três áreas proximal, média e distal e estas foram fixadas em formaldeído a 10%, seguindo-se a investigação mesoscópica em amostras de espessuras de 10, 20 e 40µm coradas pelas técnicas Azan, F3BA Picrosirus e Weigert - Van Gieson. As análises histológicas e morfométricas foram feitas em amostras de 5µm de espessura o que mostrou que a camada muscular estava disposta em dois arranjos, interna circular e externa longitudinal com epitélio cubóide bi-estratificado. A camada muscular bem desenvolvida estava relacionada com a porção média revelando uma espessura de 22,90mm com uma grande quantidade de tecido conectivo (7,10mm).

Improving the passive doppler geolocation system through extension of the data reception network

O objetivo deste trabalho e apresentar uma investigação preliminar da precisão nos resultados do sistema de localização geográfica de transmissores desenvolvido utilizando o software da rede brasileira de coleta de dados. Um conjunto de medidas de desvio Doppler de uma única passagem do satélite, considerando uma Plataforma de Coleta de Dados (PCD) e uma rede de estações de recepção terrestrês, e denominado uma rede de recepção de dados. Assim, a rede brasileira de coleta de dados com o uso de múltiplas estações de recepção permitira o incremento na quantidade de dados coletados com consequente melhora na precisão e na confiabilidade das localizações fornecidas. Consequentemente uma maior quantidade de localizações válidas e mais precisas. Os resultados e análises foram obtidos sob duas condições: na primeira foi considerada uma condição prática com dados reais e dados ideais simulados, para comparar os resultados considerando a mesma passagem do satélite, transmissor e duas estações de recepção conhecidas; na segunda foram consideradas as condições ideais simuladas a partir de medidas de um transmissor fixo, três estações de recepção e dois satélites. Os resultados utilizando a rede de recepção de dados foram bastante satisfatórios. O estudo realizado mostrou a importãncia da instalação de novas estações de recepção terrenas distribuídas no territorio nacional, para um aumento na quantidade de medidas e consequentemente uma maior quantidade de localizações válidas e mais precisas.

Errors due to the tropospheric and ionospheric effects on the geographic location of data collection platforms

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)