Détermination du béryllium dans les cheveux humains non exposés, les poils et les os de souris exposées à des poussières de béryllium

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les «Turcs» de Parc-Extension l'exemple d'un «ordre» communautaire

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

The association between caries and periodontal diseases

Objectifs: Le but de cette étude clinique était de comparer un groupe d’adultes ayant un parodonte sain avec un groupe d’adultes atteints de parodontite chronique en terme de risque carieux et mesures cliniques et microbiologiques de la carie. Méthodes: Quatre-vingt-seize individus ont été divisés en deux groupes en fonction de leur état de santé parodontal et ont été appariés pour l'âge, le sexe et l'origine ethnique. Trente-huit sujets étaient atteints de parodontite chronique définie comme ayant au moins quatre dents avec ≥ 1 site avec une profondeur de sondage ≥ 4 mm et une perte d'attache clinique ≥ 2 mm, et 58 sujets présentaient un parodonte sain. Par la suite, les groupes ont été subdivisés en deux groupes en fonction de leur statut carieux : les participants ayant au moins une lésion carieuse non traitée sur une surface dentaire et ceux n’ayant pas de lésion carieuse non traitée. Les données ont été recueillies par le biais d’un questionnaire, un examen clinique et des échantillons de plaque supra- et sous-gingivale. L’évaluation de la charge buccale de Streptococcus mutans et de six agents pathogènes parodontaux a été réalisée par la technique d'amplification de la réaction en chaine de la polymérase (PCR). Les données ont été analysées à l'aide d’analyses statistiques descriptives et bivariées. Résultats: Les individus atteints de parodontite chronique étaient 3,5 fois plus susceptibles d'avoir des caries que les individus en bonne santé (OR 3,5 ; IC: 1,5 - 8,3 ; P = 0,006). Les sujets à la fois atteints de parodontite chronique et de caries dentaires ont eu un niveau d’éducation significativement plus faible que les sujets ayant un parodonte sain et sans caries dentaires (OR 6,0 ; IC: 1,7 à 21,7 ; P = 0,04). La proportion de sujets ayant une charge buccale élevée de Porphyromonas gingivalis (P. g.) et Treponema denticola (T. d.) était significativement plus élevée chez les patients atteints de parodontite chronique et de carie que chez les patients sains présentant des caries (P. g.: OR 8,6 ; IC: 2,4 - 30,3 ; P = 0,004 et T. d.: OR 10,0 ; CI: 2,6 - 38.1 ; P = 0,003). Conclusions: Les résultats de cette étude suggèrent que, chez les sujets adultes atteints de la parodontite chronique, la fréquence des caries est plus élevée que chez les sujets ayant un parodonte sain. De plus, le faible niveau d'éducation influence négativement le statut parodontal des individus.

Mises à distances. Ethnographie des places publiques centrales de Cluj-« Napoca » (Roumanie) dans le postsocialisme

Cette recherche porte sur le changement social dans la période postsocialiste à Cluj-« Napoca », une ville transylvaine de Roumanie. En mobilisant une approche en termes de rapports sociaux à l’espace, l’étude explore les principes de différenciation tant spatialement que socialement. Les concepts d’« espace public » et de « lieu » ont permis une analyse aux multiples facettes menée selon quatre axes : matérialité et la visibilité des espaces, sphère publique-politique, vie sociale publique, investissements et appropriations individuelles. La thèse examine ainsi les activités qui se déroulent dans les places publiques centrales, les investissements spatiaux, les rituels quotidiens et les manifestations contestataires, les multiples attachements ethniques et religieux des habitants. L’ethnographie des places publiques centrales de Cluj-« Napoca » a mis en évidence une « faible classification des espaces » centraux de la ville, traduite par une grande diversité sociale. Les marques ethnicisantes parsemées à Cluj-« Napoca » renvoient aux groupes ethniques, mais aussi à d’autres enjeux qui relèvent du processus de restructuration du champ politique dans le postsocialisme. Dans le même registre, les stratégies de type ethnique sont mobilisées pour désigner de nouveaux critères de différenciation sociale et pour redéfinir d’anciennes catégories sociales. Oublis, silences et exigences d’esthétisation reflètent des demandes implicites des habitants pour redéfinir les cadres de la politique. Finalement, la thèse montre comment l’espace public à Cluj-« Napoca » pendant la période postsocialiste relève d’un processus continuel de diversification sociale et d’invention des Autres par d’incessantes mises à distance. L’espace public n’est pas la recherche de ce que pourrait constituer le vivre ensemble, mais la quête de ce qui nous menace et qu’il faut mettre à distance.

Homme immigrant cherche homme : (re)formations de subjectivités ethnosexuelles en contexte post-migratoire au Québec

Cette thèse invite à reconceptualiser le récit dominant quant au parcours d’hommes immigrants de sexualités non normatives. Loin d’être une migration de la tradition vers la modernité, de l’oppression vers la libération, leur parcours est davantage un récit complexe de mobilité et de visibilité inscrit dans des rapports sociaux inégaux. Loin d’être un déchirement entre une «communauté ethnique» homophobe et la «communauté gaie» raciste, leur récit en est un de liens affectifs (r)établis au fil d’interactions sociales significatives. À l’intersection de normes multiples et contradictoires, on constate un processus de (re)formation de subjectivités, à la fois contraintes et habilités par ces normes. Deux corpus sont conjugués, soit l’analyse critique des représentations visuelles et textuelles de la différence ethnique et religieuse dans trois principaux magazines gais québécois et l’analyse par théorisation ancrée d’entretiens semi-dirigés. Ces entretiens ont été menés à Montréal auprès de trente hommes immigrants ayant des relations amoureuses et/ou sexuelles avec d’autres hommes. Les images analysées montrent une tendance à réduire le corps d’hommes de couleur à des objets érotiques et exotiques sur les couvertures des magazines. De plus, les textes avancent un récit de libération sexuelle par la migration qui reproduit les dichotomies dominantes. Un récit beaucoup plus complexe émerge toutefois de l’analyse des entretiens. D’une part, l’expérience de la migration est modulée par divers phénomènes sociaux au-delà de la seule libération sexuelle et l’homophobie se révèle insuffisante pour comprendre le statut des sexualités non normatives, tant dans les pays d’origine que dans les «communautés ethniques» : c’est davantage l’hétéronormativité qui a pour effet de rendre inférieures certaines pratiques de genre et de sexualités. D’autre part, l’expérience de cette visibilité contrainte ne s’exprime que très partiellement par l’idée du «placard» : ces hommes expriment plutôt le vaste potentiel d’expérience d’un espace «tacite» permettant, pour plusieurs, de vivre leur sexualité non normative sans la dire explicitement. Au contraire du rejet des accommodements religieux exprimé dans les magazines gais, les entretiens montrent finalement un réel potentiel d’accommodation du religieux et du sexuel qui, en dépit de tensions, préserve la foi religieuse ou spiritualité tout en vivant la sexualité.

La paix adjar

On assiste en Géorgie, entre 1989 et 1994, à deux conflits civils couplés d’une violence politique majeure. L’Ossétie du Sud et l’Abkhazie, soit deux des trois régions dotées d’un statut autonome à l’intérieur de la Géorgie pendant la période soviétique, sont le théâtre de ces conflits. Les affrontements violents sont par ailleurs évités dans le cas de l’Adjarie, cette troisième région dotée d’un statut autonome. Les raisons de cette relative paix adjar ne sont pas évidentes à saisir à prime abord, surtout lorsqu’on observe la situation chaotique dans laquelle se trouve la Géorgie au moment de la chute de l’URSS. Il apparaît ainsi adéquat de se pencher plus spécifiquement sur l’Adjarie, en tant que région de la Géorgie, qui a certes entretenu de fortes tensions avec l’État géorgien nouvellement indépendant, mais sans pour autant que ces tensions politiques ne basculent en un conflit ouvert. Étant donné la similarité qui caractérise les territoires de l’Abkhazie et de l’Adjarie, les arguments géopolitiques ou encore les arguments concernant les structures institutionnelles n’apportent qu’une explication partielle. C’est plutôt un argument identitaire mettant de l’avant la relation entre les groupes qui apparaît déterminant pour expliquer l’absence de conflit en Adjarie.

Estereotipo, frontera y género : una lectura negociada de tres cintas de la India María

Jouée par María Elena Velasco depuis la fin des années 1960, la India María met en scène une indienne « authentique » qui, malgré son statut et ses limitations sociales, dénonce le traitement des institutions auxquelles elle est soumise : les systèmes politique, judiciaire, économique et religieux. Néanmoins, lors des premières projections des films sur le grand écran, la critique portait essentiellement sur les aspects superficiels et a réprouvé la façon dont les indiens et le Mexique étaient représentés, car jugée réactionnaire. Au début des années 1990, des chercheurs ont commencé à étudier ses films en proposant une lecture « négociée » : ils s’intéressent à l’effet humoristique produit sur le public par sa performance et ses aventures, en même temps qu’ils reconnaissent l’ambigüité du personnage et des narrations, tout en soulignant les discours ethnique et de classe. À travers l’analyse de Tonta, tonta pero no tanto (Bête, bête, mais pas trop) de Fernando Cortés (1972), Ni de aquí ni de allá (Ni d’ici ni de là-bas) de María Elena Velasco (1988), et Sor Tequila (Sœur Tequila) de Rogelio González (1977), mon mémoire contribue à cette lecture en étudiant trois sujets : le stéréotype cristallisé dans ce personnage, afin de démontrer comment celui-ci permet une critique de la société mexicaine ; les nouveaux enjeux culturels auxquels le système néolibéral affronte les autochtones ; et la transformation du masculin et du public à travers une construction alternative du féminin.

Inuit ethnobotany and ethnoecology in Nunavik and Nunatsiavut, northeastern Canada

Les habitats uniques de l'écotone forêt boréale-subarctique dans le nord du Canada subissent les contrecoups du changement climatique. Combinés aux effets de la mondialisation, les changements environnementaux touchent les Inuits de cette région et imposent des contraintes importantes sur leur mode de vie traditionnel, ce qui a des répercussions sur leur langue et les savoirs qui l'accompagnent. Cette étude compare deux aspects de l’ethnobiologie inuite : a) les noms et les utilisations des plantes par les Inuits de Nain, Nunatsiavut, suivis par une comparaison des utilisations avec la communauté inuite de Kangiqsualujjuaq, Nunavik, et b) une analyse des types de lieux ou d’habitats que les Inuits reconnaissent et nomment. Des interviews semi-dirigés ont été menés à Nain, Nunatsiavut et à Kangiqsualujjuaq, au Nunavik. Les plantes mentionnées sont utilisées comme aliment, thé, médecine, combustible, construction, nettoyage, et autres utilisations. Les deux communautés ont utilisé un nombre égal de plantes, avec des proportions équivalentes de taxons vasculaires/invasculaires, de formes de croissance (habitus), et d’espèces par catégorie d'utilisation. Les éléments du paysage les plus fréquemment rapportés sont d’ordre topographique, hydrologique ou écologique. L’intégration des concepts inuits, quant aux plantes et au paysage, à ceux de la science occidentale peut améliorer notre compréhension de l'écologie subarctique, aider à impliquer les acteurs locaux dans les décisions sur le développement de leur territoire et, conséquemment, modifier l'aménagement du territoire ainsi que les initiatives de conservation de la biodiversité. Ces concepts ont également des répercussions sur les stratégies d'adaptation face aux changements climatiques.

Facteurs génétiques de prédisposition à la maladie coeliaque et l'oesophagite éosinophilique

Les maladies immunitaires chroniques incluant les maladies auto-immunes et inflammatoires touchent 20 à 25% de la population des pays occidentaux. La comparaison des taux de concordance chez les jumeaux ou l’histoire familiale de sujets atteints de la maladie cœliaque (maladie auto-immune de l’intestin) ou de l’œsophagite éosinophilique (maladie inflammatoire de l’œsophage) indiquent que des facteurs génétiques et environnementaux interviennent dans la susceptibilité à ces maladies. Cependant, ces études ne distinguent pas de manière claire la prédisposition génétique selon l’hétérogénéité clinique (enfants versus adultes) ou ethnique (stratification des populations). Méthodes. Les haplotypes HLA de prédisposition à la maladie cœliaque et les polymorphismes des gènes candidats IL-13 (R130Q), IL-5 (-746 T/G) et IL-5R (-80A/G) impliqués dans la physiopathologie de l’œsophagite éosinophilique, ont été caractérisés par la technique PCR-SSP sur l’ADN génomique. Résultats: Nos études familiales et cas-contrôles réalisées chez une population Québécoises avec un fond génétique très homogène nous a permis : i) d’éviter le problème de stratification des populations, ii) de confirmer que les gènes HLA sont également associés à la maladie cœliaque (enfants et adultes) au Québec comme dans les autres populations Caucasiennes, iii) de mettre en évidence le rôle du gène IL-13 dans la prédisposition à l’œsophagite éosinophilique (garçons et filles) et d’exclure les gènes IL-5 et IL-5R comme facteurs de susceptibilité dans notre population. Conclusion: Ce travail confirme pour la première fois l’impact des gènes HLA dans la prédisposition à la maladie cœliaque et le rôle du facteur génétique dans l’œsophagite éosinophilique chez une population Canadienne Française avec un fond génétique ayant un fort effet fondateur.

Associations entre des polymorphismes génétiques des gènes CHRN et l'étourdissement ressenti lors de l'initiation à la nicotine

Objectifs: Plusieurs polymorphismes nucléaires localisés sur les gènes des récepteurs nicotiniques cholinergiques CHRN sont associés au tabagisme. Cependant, peu d’études ont examiné l’association entre les polymorphismes sur les gènes CHRN et l’étourdissement. Les polymorphismes et les symptômes subjectifs sont peu être lié à la dépendance à la nicotine et à l’étourdissement ressenti lors de l’initiation. Le but de cette étude est d’étudier l’association entre 61 polymorphismes sur huit gènes CHRN (CHRNA3 CHRNA4 CHRNA5, CHRNA6, CHRNA7, CHRNB2, CHRNB3, CHRNB4) et l’étourdissement ressenti lors de l’initiation. Méthodes: Les données provenant d'une étude de cohorte longitudinale composée de 1293 étudiants, ont été analysées selon un devis d'étude gène-candidat. Les données ont été collectées par le biais de questionnaires auto-reportés aux troix mois, durant 5 ans. L’ADN provenent de la salive ou du sang a été génotypé pour 61 polymosphismes localisés sur les gènes CHRN ont été génotypés, à l'aide d'une stratégie de couverture maximale du gène. L'équation d'analyse est une régression logistique, incluant un ajustement sur l’âge, le sexe et l’origine ethnique. Résultats: Trois SNPs sur le gène CHRNA6 (rs7812298, rs2304297, rs7828365) sont associés à notre phénotype (OR (95% CI)= 0.54 (0.36, 0.81), 0.59 (0.40, 0.86) and 0.58 (0.36, 0.95, respectivement),. Trois autres polymorphismes (rs3743077 (CHRNA3), rs755204 (CHRNA4), rs7178176 (CHRNA7)) sont également associés à phénotype (OR (95% CI)=1.40 (1.02, 1.90), 1.85 (1.05, 3.27) and 1.51 (1.06, 2.15), respectivement) Conclusion: Plusieurs SNPs localisés sur les gènes CHRN sont associés à l'étourdissement, un phénotype de l'initiation qui est peut-être associé à la dépendance à la nicotine.

Les écoles privées à projet religieux ou spirituel : analyse de trois «communautés» éducatives : juive, musulmane et Steiner : à Montréal

La légitimité des écoles privées fondées sur un projet religieux ou spirituel fait l’objet de débats épineux tant au Québec qu’ailleurs, depuis plusieurs années (chapitre 1). À la différence des nombreux travaux normatifs déjà produits sur ces questions, cette thèse propose une contribution empirique sur la réalité de certaines de ces écoles à Montréal. Notre objectif général consiste donc à comprendre comment la dimension religieuse ou spirituelle d'écoles privées de groupes ou courants minoritaires (juives, musulmanes, Steiner) se traduit dans les discours et pratiques de l'école. La mise en lien d’écoles abritant des projets éducatifs minoritaires de différentes natures vise par ailleurs à poser un regard plus large sur l’identité, ethnique ou religieuse. Après avoir analysé les trois écoles, nous examinons les différences ou convergences significatives entre elles. Puis, nous tentons de mieux comprendre comment leurs discours et leurs pratiques nous renseignent sur les attentes parallèles relatives à l’éducation en contexte libéral. Nous portons alors attention (chapitre 2) aux interactions entre le curriculum « séculier » et une perspective religieuse ou spirituelle, à la conception de l'autonomie dans la scolarisation, à la formation du citoyen et à la hiérarchisation des valeurs éducatives. En nous inspirant entre autres de Juteau (1999), nous considérons ces écoles comme des « communautés » éducatives. Notre démarche méthodologique (chapitre 3), d’inspiration ethnographique, s’articule autour d'observations participantes en 5e et en 6e année du primaire et en 1re et 2e année du secondaire (environ 3 jours par classe) et à plus de 45 entrevues, menées auprès des enseignants, des directions d’école et des parents d’élèves. Même si notre dispositif ne consiste pas à faire « émerger » une théorie, nous nous inspirons de la méthode de la « théorisation ancrée » pour analyser nos données. Le premier chapitre d’analyse (chapitre 4) illustre d’abord un cas relativement « pur » de communalisation, puisque l’école Steiner produit du spirituel sans forcément se situer dans un rapport de force avec d’autres groupes sociaux. Cela reflète donc comment une lignée identitaire peut être construite grâce à l’enracinement dans une tradition et une mémoire « créées» par l’école. L’école musulmane (chapitre 5) adapte plutôt les références associées à la religion de manière à constituer un « pont » entre la socialisation primaire et celle de la société d’accueil. On constate en effet que la direction et les enseignants de l’école ne réinventent pas la lignée croyante, mais ne la reproduisent pas non plus à l’identique. En ce qui concerne l’école juive (chapitre 6), elle permet surtout d’attester une communauté ethnoreligieuse extérieure. La tradition juive enseignée à l’école, souvent qualifiée de « traditionalisme non religieux » par les acteurs scolaires, présente donc peu de réinterprétations ou de transformations dans ce contexte scolaire. Un dernier chapitre d’analyse (chapitre 7), abordant les trois écoles dans une perspective comparative, met notamment en perspective comment ces trois institutions transmettent une culture identitaire et un style de vie débordant le cadre scolaire, qui englobent les croyances religieuses et/ou spirituelles, mais ne s’y réduisent pas.

L’expérience socioscolaire d’élèves montréalais originaires de l’Asie du Sud : dynamiques familiales, communautaires et systémiques

La recherche explore les dynamiques influençant la réussite scolaire des élèves montréalais originaires de l’Asie du Sud (Inde, Pakistan, Sri Lanka et Bangladesh) à l’école secondaire publique de langue française. En effet, au Québec, à cet ordre d’enseignement, parmi tous les élèves immigrants de différentes origines ethniques, ces élèves présentent le plus fort taux de décrochage et ce, même si l’on tient compte de leur départ élevé de la province avant l’âge de 15 ans et de leur fréquentation importante du secteur de l’éducation des adultes. Cette recherche vise, d’une part, à fournir une meilleure connaissance des dynamiques familiales, communautaires et scolaires qui influencent l’expérience socioscolaire et plus particulièrement, la réussite scolaire de ces élèves et, d’autre part, à identifier les moyens les plus appropriés et les plus efficaces pour amoindrir leurs difficultés. Les données ont été recueillies par le biais d’une méthode mixte, consistant en des entretiens approfondis auprès d’élèves d’origine sud-asiatique et de différents acteurs du paradigme éducatif (les parents, les intervenants scolaires et communautaires), et en un questionnaire anonyme adressé exclusivement aux parents sud-asiatiques. Les données ont été analysées selon un cadre où l’élève d’origine immigrée réussit plus ou moins à l’école sous l’influence de cinq types de facteurs : socioéconomiques, linguistiques, culturels, sociostructurels et systémiques. Les résultats de la recherche soulignent le rôle de l’élève comme acteur de sa réussite, tout en insistant sur l’impact des différents milieux qu’il fréquente. La famille est particulièrement interpellée quant à son projet migratoire, ses valeurs et ses pratiques, ainsi que ses ressources linguistiques, socioéconomiques et relationnelles. La communauté ethnique est aussi interpellée quant à son niveau de complétude institutionnelle. La recherche souligne également l’influence du système scolaire quant à ses politiques, programmes et encadrements éducatifs, mais aussi quant aux pratiques et dynamiques au sein de l’école. L’impact du contexte d’accueil et d’intégration des nouveaux arrivants et du climat des relations interethniques au sein de la société d’accueil sont également mis en relief. « Ça prend tout un village pour éduquer un enfant »! Plus précisément, selon les résultats de notre recherche, les défis des parents sud-asiatiques face à l’insertion au marché de l’emploi, leur méconnaissance du français et le fait que certaines valeurs sud-asiatiques soient parfois en contradiction avec les valeurs québécoises sont les principales dynamiques familiales qui nuisent à la réussite scolaire des élèves d’origine sud-asiatique à l’école québécoise de langue française. En ce qui concerne les dynamiques communautaires, la faiblesse institutionnelle de la communauté sud-asiatique et le petit nombre d’organismes à vocation scolaire ont également un impact important à cet égard. De plus, le classement problématique des élèves à leur arrivée dans le système scolaire québécois, les relations presque inexistantes entre l’école et les parents ainsi que certaines pratiques inadaptées à la réalité des élèves (liées aux services d’accueil et d’orientation) sont les principales dynamiques systémiques qui défavorisent l’intégration socioscolaire des élèves d’origine sud-asiatique, mais aussi celle de l’ensemble des élèves issus de l’immigration.

De l’or et des putes : vie et mort d’un village de 'squatters' abitibien

Cette étude s’intéresse au village de squatters de Roc-d’Or, surnommé Putainville, qui apparaît en 1936 avant d’être détruit par le gouvernement provincial au milieu des années 1940. Notre but est de comprendre pourquoi cette agglomération, qui est érigée illégalement sur les terrains gouvernementaux et qui est réputée pour être un important foyer de déviance, est relativement tolérée pendant une décennie avant que les résidences soient détruites ou déménagées à Malartic. D’abord, nous expliquons pourquoi cette agglomération, sans reconnaissance légale et dans laquelle les résidents ne sont pas propriétaires des terrains sur lesquels leurs bâtiments sont érigés, apparaît en Abitibi-Témiscamingue au début des années 1930. Ensuite, nous nous intéressons à l’aspect physique et à la population de Roc-d’Or. Le taux de masculinité, la mobilité, la diversité d’emploi et l’origine ethnique des résidents sont analysés. De plus, nous nous penchons sur la mauvaise réputation de Putainville : autant le contrôle judiciaire que la présence du monde interlope sont étudiés. Finalement, comme les mœurs légères des résidents et l’influence du curé de Malartic sont souvent considérées comme étant à l’origine de la décision d’éliminer ce village, nous évaluons la pertinence de cette croyance et nous déterminons si d’autres motifs, notamment monétaire ou politique, sont aussi entrés en ligne de compte.

Les enjeux de la diversité ethnoculturelle dans les établissements scolaires : les sessions de formation interculturelle

Dans les dernières décennies, l’augmentation de l’immigration et sa diversification a mené le gouvernement québécois à s’adapter à cette nouvelle réalité de différentes manières. Dans cette optique, en 1998, le ministère de l'Éducation du Québec a mis sur pied la Politique d'intégration scolaire et d'éducation interculturelle de laquelle a découlé un Plan d’action qui propose différentes pistes afin de concrétiser les principes et orientations de cette même politique. Dans le but de soutenir le personnel du réseau scolaire québécois dans l’implantation de cette nouvelle vision, des sessions de formation interculturelle ont été créées à l'intention des enseignants, des professionnels non enseignants ainsi que des directions scolaires. L’étude des enjeux de la diversité ethnoculturelle dans les établissements scolaires via les formations interculturelles a permis de mettre en lumière la vision des intervenants scolaires ayant assisté à ces sessions. Leurs perceptions ont pu être mises en relation avec les diverses stratégies proposées par les chercheurs-formateurs afin d’analyser plus en profondeur la dynamique entre la diversité ethnoculturelle et les institutions scolaires. Divers enjeux sont ressortis des entrevues et formations et seront discutés: la pérennité de l'identité québécoise, l'éthique de l'enseignant ainsi que la complexité de la réflexion amorcée par les intervenants scolaires. Nous montrons comment la rencontre avec l'Autre force la réflexion sur le Soi quotidiennement notamment à travers le discours interculturel qu’entretiennent les intervenants scolaires, les différentes valeurs en présence dans leur milieu professionnel et la réflexivité préconisée par les formateurs.

Approches bio-informatiques appliquées aux technologies émergentes en génomique

Les études génétiques, telles que les études de liaison ou d’association, ont permis d’acquérir une plus grande connaissance sur l’étiologie de plusieurs maladies affectant les populations humaines. Même si une dizaine de milliers d’études génétiques ont été réalisées sur des centaines de maladies ou autres traits, une grande partie de leur héritabilité reste inexpliquée. Depuis une dizaine d’années, plusieurs percées dans le domaine de la génomique ont été réalisées. Par exemple, l’utilisation des micropuces d’hybridation génomique comparative à haute densité a permis de démontrer l’existence à grande échelle des variations et des polymorphismes en nombre de copies. Ces derniers sont maintenant détectables à l’aide de micropuce d’ADN ou du séquençage à haut débit. De plus, des études récentes utilisant le séquençage à haut débit ont permis de démontrer que la majorité des variations présentes dans l’exome d’un individu étaient rares ou même propres à cet individu. Ceci a permis la conception d’une nouvelle micropuce d’ADN permettant de déterminer rapidement et à faible coût le génotype de plusieurs milliers de variations rares pour un grand ensemble d’individus à la fois. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse vise le développement de nouvelles méthodologies et de nouveaux outils bio-informatiques de haute performance permettant la détection, à de hauts critères de qualité, des variations en nombre de copies et des variations nucléotidiques rares dans le cadre d’études génétiques. Ces avancées permettront, à long terme, d’expliquer une plus grande partie de l’héritabilité manquante des traits complexes, poussant ainsi l’avancement des connaissances sur l’étiologie de ces derniers. Un algorithme permettant le partitionnement des polymorphismes en nombre de copies a donc été conçu, rendant possible l’utilisation de ces variations structurales dans le cadre d’étude de liaison génétique sur données familiales. Ensuite, une étude exploratoire a permis de caractériser les différents problèmes associés aux études génétiques utilisant des variations en nombre de copies rares sur des individus non reliés. Cette étude a été réalisée avec la collaboration du Wellcome Trust Centre for Human Genetics de l’University of Oxford. Par la suite, une comparaison de la performance des algorithmes de génotypage lors de leur utilisation avec une nouvelle micropuce d’ADN contenant une majorité de marqueurs rares a été réalisée. Finalement, un outil bio-informatique permettant de filtrer de façon efficace et rapide des données génétiques a été implémenté. Cet outil permet de générer des données de meilleure qualité, avec une meilleure reproductibilité des résultats, tout en diminuant les chances d’obtenir une fausse association.