Linear prediction application for modelling the relationships between a large number of stand characteristics of Norway spruce stands

Abstract

Complexation to macromolecules with a large number of sites

This paper presents an approach based on the saddle-point approximation to study the equilibrium interactions between small molecules and macromolecules with a large number of sites. For this case, the application of the Darwin–Fowler method results in very simple expressions for the stoichiometric equilibrium constants and their corresponding free energies in terms of integrals of the binding curve plus a correction term which depends on the first derivatives of the binding curve in the points corresponding to an integer value of the mean occupation number. These expressions are simplified when the number of sites tends to infinity, providing an interpretation of the binding curve in terms of the stoichiometric stability constants. The formalism presented is applied to some simple complexation models, obtaining good values for the free energies involved. When heterogeneous complexation is assumed, simple expressions are obtained to relate the macroscopic description of the binding, given by the stoichiomeric constants, with the microscopic description in terms of the intrinsic stability constants or the affinity spectrum. © 1999 American Institute of Physics.

Evidence for daily and weekly rhythmicity but not lunar or seasonal rhythmicity of physical activity in a large cohort of individuals from five different countries.

Background Biological rhythmicity has been extensively studied in animals for many decades. Although temporal patterns of physical activity have been identified in humans, no large-scale, multi-national study has been published, and no comparison has been attempted of the ubiquity of activity rhythms at different time scales (such as daily, weekly, monthly, and annual). Methods Using individually worn actigraphy devices, physical activity of 2,328 individuals from five different countries (adults of African descent from Ghana, South Africa, Jamaica, Seychelles, and the United States) was measured for seven consecutive days at different times of the year. Results Analysis for rhythmic patterns identified daily rhythmicity of physical activity in all five of the represented nationalities. Weekly rhythmicity was found in some, but not all, of the nationalities. No significant evidence of lunar rhythmicity or seasonal rhythmicity was found in any of the groups. Conclusions These findings extend previous small-scale observations of daily rhythmicity to a large cohort of individuals from around the world. The findings also confirm the existence of modest weekly rhythmicity but not lunar or seasonal rhythmicity in human activity. These differences in rhythm strength have implications for the management of health hazards of rhythm misalignment. Key Messages Analysis of the pattern of physical activity of 2,328 individuals from five countries revealed strong daily rhythmicity in all five countries, moderate weekly rhythmicity in some countries, and no lunar rhythmicity or seasonal rhythmicity in any of the countries.

A map or chart of the Gulfs of Finland and Livonia with their respective ports and harbours, together with a large Plan of Kroonstad and St. Petersburg, taken from an original drawing lately sent from St. Petersburg

Sold by M. Senex at the Globe over against St. Dunstans Church in Fleetstreet London.

A new isoform of anti-lipopolysaccharide factor identified from the blue swimmer crab, Portunus pelagicus: Molecular characteristics and phylogeny

Anti-lipopolysaccharide factors are small proteins that bind and neutralize lipopolysaccharide and exhibit potent antimicrobial activities. This study presents the molecular characterization and phylogenetic analysis of the first ALF isoform (Pp-ALF1; JQ745295) identified from the hemocytes of Portunus pelagicus. The full length cDNA of Pp-ALF1 consisted of 880 base pairs encoding 293 amino acids with an ORF of 123 amino acids and contains a putative signal peptide of 24 amino acids. Pp-ALF1 possessed a predicted molecular weight (MW) of 13.86 kDa and theoretical isoelectric point (pI) of 8.49. Two highly conserved cysteine residues and putative LPS binding domain were observed in Pp-ALF1. Peptide model of Pp-ALF1 consisted of two α-helices crowded against a four-strand β-sheet. Comparison of amino acid sequences and neighbor joining tree showed that Pp-ALF1 has a maximum similarity (46%) to ALF present in Portunus trituberculatus followed by 39% similarity to ALF of Eriocheir sinensis and 38% similarity to ALFs of Scylla paramamosain and Scylla serrata. Pp-ALF1 is found to be a new isoform of ALF family and its characteristic similarity with other known ALFs signifies its role in protection against invading pathogens.

A Novel Isoform of the Hepatic Antimicrobial Peptide, Hepcidin (Hepc-CB1), from a Deep-Sea Fish, the Spinyjaw Greeneye Chlorophthalmus bicornis (Norman, 1939): Molecular Characterisation and Phylogeny

Hepcidin is cysteine-rich short peptide of innate immune system of fishes, equipped to perform prevention and proliferation of invading pathogens like bacteria and viruses by limiting iron availability and activating intracellular cascades. Hepcidins are diverse in teleost fishes, due to the varied aquatic environments including exposure to pathogens, oxygenation and iron concentration. In the present study, we report a 87-amino acid (aa) preprohepcidin (Hepc-CB1) with a signal peptide of 24 aa, a prodomain of 39 aa and a bioactive mature peptide of 24 aa from the gill mRNA transcripts of the deep-sea fish spinyjaw greeneye, Chlorophthalmus bicornis. Molecular characterisation and phylogenetic analysis categorised the peptide to HAMP2-like group with a mature peptide of 2.53 kDa; a net positive charge (?3) and capacity to form b-hairpin-like structure configured by 8 conserved cysteines. The present work provides new insight into the mass gene duplication events and adaptive evolution of hepcidin isoforms with respect to environmental influences and positive Darwinian selection. This work reports a novel hepcidin isoform under the group HAMP2 from a nonacanthopterygian deep-sea fish, C. bicornis

Molecular Characterisation and Phylogenetic Analysis of a Novel Isoform of Hepatic Antimicrobial Peptide, Hepcidin (Zc-hepc1), from the Coral Fish Moorish idol, Zanclus cornutus (Linnaeus,1758)

Hepcidin is a family of short cysteine-rich antimicrobial peptides (AMPs) participating in various physiological functions with inevitable role in host immune responses. Present study deals with identification and characterisation of a novel hepcidin isoform from coral fish Zanclus cornutus. The 81 amino acid (aa) preprohepcidin obtained from Z. cornutus consists of a hydrophobic aa rich 22 mer signal peptide, a highly variable proregion of 35 aa and a bioactive mature peptide with 8 conserved cysteine residues which contribute to the disulphide back bone. The mature hepcidin, Zc-hepc1 has a theoretical isoelectric point of 7.46, a predicted molecular weight of 2.43 kDa and a net positive charge of ?1. Phylogenetic analysis grouped Z. cornutus hepcidin with HAMP2 group hepcidins confirming the divergent evolution of hepcidin-like peptide in fishes. Zc-hepc1 can attain a b-hairpin-like structure with two antiparallel b-sheets. This is the first report of an AMP from the coral fish Z. cornutus.

Smart electricity networks based on large integration of renewable sources and distributed generation

Das Grünbuch 2006 der Europäischen Kommission "Eine Europäische Strategie für nachhaltige, wettbewerbsfähige und sichere Energie" unterstreicht, dass Europa in ein neues Energie-Zeitalter eingetreten ist. Die vorrangigen Ziele europäischer Energiepolitik müssen Nachhaltigkeit, Wettbewerbsfähigkeit und Versorgungssicherheit sein, wobei sie eine zusammenhängende und logische Menge von Taktiken und Maßnahmen benötigt, um diese Ziele zu erreichen. Die Strommärkte und Verbundnetze Europas bilden das Kernstück unseres Energiesystems und müssen sich weiterentwickeln, um den neuen Anforderungen zu entsprechen. Die europäischen Stromnetze haben die lebenswichtigen Verbindungen zwischen Stromproduzenten und Verbrauchern mit großem Erfolg seit vielen Jahrzehnten gesichert. Die grundlegende Struktur dieser Netze ist entwickelt worden, um die Bedürfnisse großer, überwiegend auf Kohle aufgebauten Herstellungstechnologien zu befriedigen, die sich entfernt von den Verbraucherzentren befinden. Die Energieprobleme, denen Europa jetzt gegenübersteht, ändern die Stromerzeugungslandschaft in zwei Gesichtspunkten: die Notwendigkeit für saubere Kraftwerkstechnologien verbunden mit erheblich verbesserten Wirkungsgraden auf der Verbraucherseite wird es Kunden ermöglichen, mit den Netzen viel interaktiver zu arbeiten; andererseits müssen die zukünftigen europaweiten Stromnetze allen Verbrauchern eine höchst zuverlässige, preiswerte Energiezufuhr bereitstellen, wobei sowohl die Nutzung von großen zentralisierten Kraftwerken als auch kleineren lokalen Energiequellen überall in Europa ausgeschöpft werden müssen. In diesem Zusammenhang wird darauf hingewiesen, dass die Informationen, die in dieser Arbeit dargestellt werden, auf aktuellen Fragen mit großem Einfluss auf die gegenwärtigen technischen und wirtschaftspolitischen Diskussionen basieren. Der Autor hat während der letzten Jahre viele der hier vorgestellten Schlussfolgerungen und Empfehlungen mit Vertretern der Kraftwerksindustrie, Betreibern von Stromnetzen und Versorgungsbetrieben, Forschungsgremien und den Regulierungsstellen diskutiert. Die folgenden Absätze fassen die Hauptergebnisse zusammen: Diese Arbeit definiert das neue Konzept, das auf mehr verbraucherorientierten Netzen basiert, und untersucht die Notwendigkeiten sowie die Vorteile und die Hindernisse für den Übergang auf ein mögliches neues Modell für Europa: die intelligenten Stromnetze basierend auf starker Integration erneuerbarer Quellen und lokalen Kleinkraftwerken. Das neue Modell wird als eine grundlegende Änderung dargestellt, die sich deutlich auf Netzentwurf und -steuerung auswirken wird. Sie fordert ein europäisches Stromnetz mit den folgenden Merkmalen: – Flexibel: es erfüllt die Bedürfnisse der Kunden, indem es auf Änderungen und neue Forderungen eingehen kann – Zugänglich: es gestattet den Verbindungszugang aller Netzbenutzer besonders für erneuerbare Energiequellen und lokale Stromerzeugung mit hohem Wirkungsgrad sowie ohne oder mit niedrigen Kohlendioxidemissionen – Zuverlässig: es verbessert und garantiert die Sicherheit und Qualität der Versorgung mit den Forderungen des digitalen Zeitalters mit Reaktionsmöglichkeiten gegen Gefahren und Unsicherheiten – Wirtschaftlich: es garantiert höchste Wirtschaftlichkeit durch Innovation, effizientes Energiemanagement und liefert „gleiche Ausgangsbedingungen“ für Wettbewerb und Regulierung. Es beinhaltet die neuesten Technologien, um Erfolg zu gewährleisten, während es die Flexibilität behält, sich an weitere Entwicklungen anzupassen und fordert daher ein zuversichtliches Programm für Forschung, Entwicklung und Demonstration, das einen Kurs im Hinblick auf ein Stromversorgungsnetz entwirft, welches die Bedürfnisse der Zukunft Europas befriedigt: – Netztechnologien, die die Stromübertragung verbessern und Energieverluste verringern, werden die Effizienz der Versorgung erhöhen, während neue Leistungselektronik die Versorgungsqualität verbessern wird. Es wird ein Werkzeugkasten erprobter technischer Lösungen geschaffen werden, der schnell und wirtschaftlich eingesetzt werden kann, so dass bestehende Netze Stromeinleitungen von allen Energieressourcen aufnehmen können. – Fortschritte bei Simulationsprogrammen wird die Einführung innovativer Technologien in die praktische Anwendung zum Vorteil sowohl der Kunden als auch der Versorger stark unterstützen. Sie werden das erfolgreiche Anpassen neuer und alter Ausführungen der Netzkomponenten gewährleisten, um die Funktion von Automatisierungs- und Regelungsanordnungen zu garantieren. – Harmonisierung der ordnungspolitischen und kommerziellen Rahmen in Europa, um grenzüberschreitenden Handel von sowohl Energie als auch Netzdienstleistungen zu erleichtern; damit muss eine Vielzahl von Einsatzsituationen gewährleistet werden. Gemeinsame technische Normen und Protokolle müssen eingeführt werden, um offenen Zugang zu gewährleisten und den Einsatz der Ausrüstung eines jeden Herstellers zu ermöglichen. – Entwicklungen in Nachrichtentechnik, Mess- und Handelssystemen werden auf allen Ebenen neue Möglichkeiten eröffnen, auf Grund von Signalen des Marktes frühzeitig technische und kommerzielle Wirkungsgrade zu verbessern. Es wird Unternehmen ermöglichen, innovative Dienstvereinbarungen zu benutzen, um ihre Effizienz zu verbessern und ihre Angebote an Kunden zu vergrößern. Schließlich muss betont werden, dass für einen erfolgreichen Übergang zu einem zukünftigen nachhaltigen Energiesystem alle relevanten Beteiligten involviert werden müssen.

Image classification for a large number of object categories

L'increment de bases de dades que cada vegada contenen imatges més difícils i amb un nombre més elevat de categories, està forçant el desenvolupament de tècniques de representació d'imatges que siguin discriminatives quan es vol treballar amb múltiples classes i d'algorismes que siguin eficients en l'aprenentatge i classificació. Aquesta tesi explora el problema de classificar les imatges segons l'objecte que contenen quan es disposa d'un gran nombre de categories. Primerament s'investiga com un sistema híbrid format per un model generatiu i un model discriminatiu pot beneficiar la tasca de classificació d'imatges on el nivell d'anotació humà sigui mínim. Per aquesta tasca introduïm un nou vocabulari utilitzant una representació densa de descriptors color-SIFT, i desprès s'investiga com els diferents paràmetres afecten la classificació final. Tot seguit es proposa un mètode par tal d'incorporar informació espacial amb el sistema híbrid, mostrant que la informació de context es de gran ajuda per la classificació d'imatges. Desprès introduïm un nou descriptor de forma que representa la imatge segons la seva forma local i la seva forma espacial, tot junt amb un kernel que incorpora aquesta informació espacial en forma piramidal. La forma es representada per un vector compacte obtenint un descriptor molt adequat per ésser utilitzat amb algorismes d'aprenentatge amb kernels. Els experiments realitzats postren que aquesta informació de forma te uns resultats semblants (i a vegades millors) als descriptors basats en aparença. També s'investiga com diferents característiques es poden combinar per ésser utilitzades en la classificació d'imatges i es mostra com el descriptor de forma proposat juntament amb un descriptor d'aparença millora substancialment la classificació. Finalment es descriu un algoritme que detecta les regions d'interès automàticament durant l'entrenament i la classificació. Això proporciona un mètode per inhibir el fons de la imatge i afegeix invariança a la posició dels objectes dins les imatges. S'ensenya que la forma i l'aparença sobre aquesta regió d'interès i utilitzant els classificadors random forests millora la classificació i el temps computacional. Es comparen els postres resultats amb resultats de la literatura utilitzant les mateixes bases de dades que els autors Aixa com els mateixos protocols d'aprenentatge i classificació. Es veu com totes les innovacions introduïdes incrementen la classificació final de les imatges.

The adrenal secretory serine protease AsP is a short secretory isoform of the transmembrane airway trypsin-like protease

To further elucidate the role of proteases capable of cleaving N-terminal proopiomelanocortin (N-POMC)-derived peptides, we have cloned two cDNAs encoding isoforms of the airway trypsin-like protease (AT) from mouse (MAT) and rat ( RAT), respectively. The open reading frames comprise 417 amino acids (aa) and 279 aa. The mouse AT gene was located at chromosome 5E1 and contains 10 exons. The longer isoform, which we designated MAT1 and RAT1, has a simple type II transmembrane protein structure, consisting of a short cytoplasmic domain, a transmembrane domain, a SEA (63-kDa sea urchin sperm protein, enteropeptidase, agrin) module, and a serine protease domain. The human homolog of MAT1 and RAT1 is the human AT ( HAT). The shorter isoform, designated MAT2 and RAT2, which contains an alternative N terminus, was formerly described in the rat as adrenal secretory serine protease (AsP) and has been shown to be involved in the processing of N-POMC-derived peptides. In contrast to the long isoform, neither MAT2 and RAT2 ( AsP) contain a transmembrane domain nor a SEA domain but an N-terminal signal peptide to direct the enzyme to the secretory pathway. The C terminus, covering the catalytic triad, is identical in both isoforms. Immunohistochemically, MAT/RAT was predominantly expressed in tissues of the upper gastrointestinal and the respiratory tract - but also in the adrenal gland. Moreover, isoform-specific RT-PCR and quantitative PCR analysis revealed a complex expression pattern of the two isoforms with differences between mice and rats. These findings indicate a multifunctional role of these proteases beyond adrenal proliferation.

Attaching and effacing lesions in the large intestine of an eight-month-old heifer associated with Escherichia coli O26 infection in a group of animals with dysentery

Escherichia coli O26:K60, with genetic attributes consistent with a potentially human enterohaemorrhagic E coli was isolated from the faeces of an eight-month-old heifer with dysentery. Attaching and effacing lesions were identified in the colon of a similarly affected heifer examined postmortem, and shown to be associated with E coli O26 by specific immunolabelling.

Large variability of proanthocyanidin content and composition in sainfoin (onobrychis viciifolia)

Proanthocyanidins (PAs) in sainfoin (Onobrychis viciifolia Scop.) are of interest to ameliorate the sustainability of livestock production. However, sainfoin forage yield and PA concentrations, as well as their composition, require optimization. Individual plants of 27 sainfoin accessions from four continents were analyzed with LC-ESI-QqQ-MS/MS for PA concentrations and simple phenolic compounds. Large variability existed in PA concentrations (23.0–47.5 mg g–1 leaf dry matter (DM)), share of prodelphinidins (79–96%), and mean degree of polymerization (11–14) among, but also within, accessions. PAs were mainly located in leaves (26.8 mg g–1 DM), whereas stems had less PAs (7.8 mg g–1 DM). Overall, high-yielding plants had lower PA leaf concentrations (R2 = 0.16, P < 0.001) and fewer leaves (R2 = 0.66, P < 0.001). However, the results show that these two trade-offs between yield and bioactive PAs can be overcome.