Estimation de l'impact économique de l'introduction d'un test diagnostique rapide pour le dépistage des MRSA au CHUV

Contexte : Parmi les infections nosocomiales, le Staphylocoque méticilline résistant (MRSA) est le germe pathogène le plus couramment identifié dans les hôpitaux du monde entier. La stratégie de contrôle des MRSA au CHUV implique le dépistage des patients à risque. Avec la méthode de dépistage par culture, le temps d'attente est de plusieurs jours. Ceci occasionne des problèmes dans la gestion des flux des patients, principalement à cause des mesures d'isolement. Pour réduire le temps d'attente, l'hôpital envisage d'utiliser une méthode de diagnostic rapide par "polymerase chain reaction" (PCR). Méthodologie : Les données concernant les dépistages réalisés, dans trois services durant l'année 2007, ont été utilisées. Le nombre de jours d'isolement a d'abord été déterminé par patient et par service. Ensuite une analyse des coûts a été effectuée afin d'évaluer la différence des coûts entre les deux méthodes pour chaque service. Résultats : Le principal impact économique de la méthode par PCR dépend principalement du nombre de jours d'isolements évités par rapport à la méthode de culture. Aux services de soins, l'analyse a été menée sur 192 dépistages. Quand la différence de jours d'isolement est de deux jours, le coût des dépistages diminue de plus de 12kCHF et le nombre de jours d'isolement diminue de 384 jours. Au centre interdisciplinaire des urgences, sur 96 dépistages, le gain potentiel avec la méthode PCR est de 6kCHF avec une diminution de 192 jours d'isolement. Aux soins intensifs adultes, la méthode de dépistage par PCR est la méthode la plus rentable avec une diminution des coûts entre 4KCHF et 20K CHF et une diminution des jours d'isolement entre 170 et 310. Pour les trois services analysés, les résultats montrent un rapport coût-efficacité favorable pour la méthode PCR lorsque la diminution des jours d'isolement est supérieure à 1.3 jour. Quand la différence de jours d'isolement est inférieure à 1.3, il faut tenir compte d'autres paramètres, comme le coût de matériel qui doit être supérieur à 45.5 CHF, et du nombre d'analyses par dépistage, qui doit être inférieur à 3, pour que la PCR reste l'alternative la plus intéressante. Conclusions : La méthode par PCR montre des avantages potentiels importants, tant économiques qu'organisationnels qui limitent ou diminuent les contraintes liées à la stratégie de contrôle des MRSA au CHUV. [Auteure, p. 3]

Valeur diagnostique du rapport CD103+CD4+/CD4+ pour différencier la sarcoïdose d'autres causes de lymphocytose alvéolaire.

Introduction: CD103 is a specific integrin present on some CD4+ lymphocytes of the mucosal immune system. It has been hypothesized that most CD4+ lymphocytes in pulmonary sarcoidosis do not originate from mucosal sites but from redistribution from the peripheral blood, and therefore do not bear the CD103 integrin. Several studies have suggested that a low CD103+ percentage among bronchoalveolar lavage (BAL) CD4+ lymphocytes discriminates between sarcoidosis and other causes of lymphocytic alveolitis, but contradictory data exist. Methods: We reviewed 1151 consecutive patients with BAL lymphocytosis >10% and flow cytometry performed between 2006 and 2014. 944 cases were excluded due to poor BAL quality (n= 97), unavailable clinical data (n= 760), or unclear diagnosis (n= 87). The remaining 207 patients were grouped into 9 diagnostic categories. To assess the discriminative value of the CD103+CD4+/CD4+ ratio to distinguish sarcoidosis from the other entities, area under ROC curves (AUC) were determined. Results: Sarcoidosis patients (n=53) had a lower CD103+CD4+/CD4+ ratio than the other diagnostic categories. AUC was 62% for sarcoidosis compared to all other patients and 69% for sarcoidosis compared to other interstitial lung diseases. When combining CD103+CD4+/CD4+ and CD4+/CD8+ ratios, AUC increased to 76% and 78% respectively. When applying published cut-offs from 4 previous studies to our population, AUC varied between 54 and 73%. Conclusions: The CD103+CD4+/CD4+ ratio does not accurately discriminate between sarcoidosis and other causes of lymphocytic alveolitis, neither alone nor in combination with CD4+/CD8+ ratio, and is not a relevant marker for the diagnosis of sarcoidosis.

Amélioration de l'exactitude de l'inférence phylogénomique

L’explosion du nombre de séquences permet à la phylogénomique, c’est-à-dire l’étude des liens de parenté entre espèces à partir de grands alignements multi-gènes, de prendre son essor. C’est incontestablement un moyen de pallier aux erreurs stochastiques des phylogénies simple gène, mais de nombreux problèmes demeurent malgré les progrès réalisés dans la modélisation du processus évolutif. Dans cette thèse, nous nous attachons à caractériser certains aspects du mauvais ajustement du modèle aux données, et à étudier leur impact sur l’exactitude de l’inférence. Contrairement à l’hétérotachie, la variation au cours du temps du processus de substitution en acides aminés a reçu peu d’attention jusqu’alors. Non seulement nous montrons que cette hétérogénéité est largement répandue chez les animaux, mais aussi que son existence peut nuire à la qualité de l’inférence phylogénomique. Ainsi en l’absence d’un modèle adéquat, la suppression des colonnes hétérogènes, mal gérées par le modèle, peut faire disparaître un artéfact de reconstruction. Dans un cadre phylogénomique, les techniques de séquençage utilisées impliquent souvent que tous les gènes ne sont pas présents pour toutes les espèces. La controverse sur l’impact de la quantité de cellules vides a récemment été réactualisée, mais la majorité des études sur les données manquantes sont faites sur de petits jeux de séquences simulées. Nous nous sommes donc intéressés à quantifier cet impact dans le cas d’un large alignement de données réelles. Pour un taux raisonnable de données manquantes, il appert que l’incomplétude de l’alignement affecte moins l’exactitude de l’inférence que le choix du modèle. Au contraire, l’ajout d’une séquence incomplète mais qui casse une longue branche peut restaurer, au moins partiellement, une phylogénie erronée. Comme les violations de modèle constituent toujours la limitation majeure dans l’exactitude de l’inférence phylogénétique, l’amélioration de l’échantillonnage des espèces et des gènes reste une alternative utile en l’absence d’un modèle adéquat. Nous avons donc développé un logiciel de sélection de séquences qui construit des jeux de données reproductibles, en se basant sur la quantité de données présentes, la vitesse d’évolution et les biais de composition. Lors de cette étude nous avons montré que l’expertise humaine apporte pour l’instant encore un savoir incontournable. Les différentes analyses réalisées pour cette thèse concluent à l’importance primordiale du modèle évolutif.

Exactitude du rappel de la qualité de vie préopératoire chez les femmes opérées pour une incotinence urinaire à l'effort

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

La validité diagnostique des tests cliniques et l’efficacité des traitements en réadaptation pour l’instabilité gléno-humérale: Une revue systématique

Travail d'intégration réalisé dans le cadre du cours PHT-6113.

Étude exploratoire du potentiel diagnostique des questions d’un test de concordance de scripts (TCS) pour évaluer le raisonnement clinique infirmier (RCI)

L'enseignement, l'apprentissage et l'évaluation du raisonnement clinique en sciences infirmières est un défi pour les éducateurs de cette profession et leurs étudiants. Depuis plusieurs décennies, les chercheurs et les éducateurs dans le domaine des sciences de la santé ont travaillé pour élaborer des instruments d'évaluation dans le but de pouvoir mesurer le raisonnement clinique (Charlin, Bordage & Van der Vleuten, 2003). Plusieurs études semblent appuyer le test de concordance de script (TCS) en termes de validité, fiabilité, faisabilité et applicabilité pour plusieurs disciplines et différents contextes (Carrière & al, 2009). Deschênes et ses collaborateurs (2006; Deschênes, Charlin, Gagnon & Goudreau, 2011) ont mis au point et validé un TCS spécifiquement pour le raisonnement clinique en sciences infirmières (RCI). Comme l'évaluation a un impact important sur les stratégies d'apprentissage des étudiants (Sibert et al, 2001; Durak, Caliskan & Bor, 2007), les outils d'évaluation valides et fiables qui permettraient l'identification des problèmes spécifiques dans le développement du raisonnement clinique en sciences infirmières seraient très utiles pour guider les décisions concernant l'éducation (Gierl, 2007). Nous avons donc mené une étude pour explorer le potentiel diagnostique des questions d'un TCS. La question de recherche est la suivante: «Dans quelle mesure chaque question d’un TCS visant à évaluer le RCI peut-elle être reliée à des catégories et des stratégies de pensée spécifiques?" Avec une sous-question: «Comment peut-on décrire le potentiel diagnostique d’un TCS pour évaluer le RCI?". Nous avons fait une deuxième analyse de contenu des données qui ont été obtenues dans une étude précédente dans laquelle cinq vignettes (15 questions) du TCS de Deschênes (2006) ont été utilisées. Les résultats ont montré les catégories et stratégies de pensées utilisées pour répondre à certaines questions du TCS selon les groupes de participants. Aussi, nos résultats ont permis de découvrir des disparités importantes entre les groupes, notamment que le RCI des expertes est si différent des étudiantes, qu’il ne peut servir de référence. Enfin, cette étude démontre que le TCS a un potentiel diagnostique niveau par niveau (1ère, 2e, 3e année et expertes) et non d’un niveau à un autre.