T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Platform pricing and consumer foresight: The case of airports

Airports have become platforms that derive revenues from both aeronautical and commercial activities. The demand for these services is characterized by a one-way complementarity in that only air travelers can purchase retail goods at the airport terminals. We analyze a model of optimal airport behavior in which this one-way complementarity is subject to consumer foresight, i.e., consumers may not anticipate in full the ex post retail surplus when purchasing a flight ticket. An airport sets landing fees, and, in addition, also chooses the retail market structure by selecting the number of retail concessions to be awarded. We find that, with perfectly myopic consumers, the airport chooses to attract more passengers via low landing fees, and also sets the minimum possible number of retailers in order to increase the concessions’ revenues, from which it obtains the largest share of profits. However, even a very small amount of anticipation of the consumer surplus from retail activities changes significantly the airport’s choices: the optimal airport policy is dependent on the degree of differentiation in the retail market. When consumers instead have perfect foresight, the airport establishes a very competitive retail market, where consumers enjoy a large surplus. This attracts passengers and it is exploited by the airport by charging higher landing fees, which then constitute the largest share of its profits. Overall, the airport’s profits are maximal when consumers have perfect foresight. Keywords: two-sided markets, platform pricing, one-way demand complementarity, consumer foresight. JEL classification: L1, L2, L93.

Els recursos electrònics a les biblioteques acadèmiques: Avenços recents en la cooperació a Europa

En els darrers vint anys la informació en línia ha esdevingut un factor decisiu per a l’activitat acadèmica i de recerca, i en conseqüència els recursos electrònics s’han anat “apropiant” progressivament d’una part cada vegada més important dels pressupostos de les biblioteques. La contractació dels recursos electrònics ha anat assumint una posició determinant en l’economia dels serveis bibliotecaris, a mesura que les publicacions en paper han anat perdent terreny davant les publicacions digitals. S’estima que les biblioteques universitàries italianes – malgrat no estar a l’avantguarda en aquest sector – inverteixen des de ja fa alguns anys més de la meitat dels seus pressupostos en l’adquisició de recursos electrònics. Com és sabut, el desenvolupament del mercat de la informació digital ha empès les biblioteques a associar-se en organitzacions i consorcis, fins i tot en aquells contextos tradicionalment reticents a la cooperació. El mètode cooperatiu es considera un element resolutiu dins el món de la informació electrònica i els consorcis són l’instrument organitzatiu més adient per tal que aquest enfocament sigui eficaç. En els darrers anys els consorcis han empès la seva iniciativa més enllà de les adquisicions i les negociacions de les llicències electròniques, per a invertir en els àmbits de l’accés obert, de la preservació digital, del data mining, de la gestió col·lectiva dels documents en paper, dels sistemes de gestió bibliotecària (ILS i eines de descoberta), de les plataformes d’accés, i molts altres. Més recentment ha sorgit una major disposició per part dels consorcis per a col·laborar amb altres organitzacions que treballen en diversos aspectes de l’àmbit de la comunicació científica i en la gestió i avaluació de la recerca (agències de finançament de la recerca, editorials, empreses de tecnologies de la informació, etc.) per tal de fer front a les noves necessitats de les biblioteques destinades a ampliar la seva intervenció més enllà del seu perímetre tradicional.

Ressenya: Sidereus Nuncius. O Mensageiro das Estrelas de Galileu Galilei. Tradução, estúdio e notas por Henrique Leitão

Acaba d"aparèixer març de 2010 de la mà d"Henrique Leitão, la primera traducció realitzada a Portugal del Sidereus Nuncius. O Mensageiro das Estrelas , de Galileo Galilei, editat per la Fundació Calouste Gulbenkian, en la seva col·lecció de clàssics. El volum és molt més que una traducció: en tapa dura amb sobre-coberta però lleuger i manejable, conté una nota d"obertura de Sven Dupré; un prefaci, estudi introductori, breu cronologia, traducció i notes, tot a càrrec d"Henrique Leitão; i, a més, el facsímil de l"edició original, publicada a Venècia, per Tommaso Baglioni, el 1610 ...

Historia de la Guerra de América, entre Chile, Perú y Bolivia

UANL

The Aesthetics of Madame de Staël and Mary Shelley

L’esthétique de Madame de Staël and Mary Shelley discute l’art de l’improvisation et le concept de l’enthousiasme dans les écrits de ces deux auteurs. Dans ce projet, j’explore l’esthétique d’improvisation et d’enthousiasme de Madame de Staël dans Corinne, en me référant à son autre roman Delphine, à sa pièce de théâtre Sapho, et à ses nouvelles ainsi qu’à ses textes philosophiques comme De l’Allemagne, De l’influence des passions, et De la littérature. J’argumente que Madame de Staël représente à travers le caractère de Corinne une esthétique anti-utilitaire. J’explique qu’elle évoque des valeurs cosmopolites qui valorisent une culture indigène qui est en opposition avec l’impérialisme de Napoléon. De plus, j’examine comment les improvisations de Corinne dérivent d’un enthousiasme qui est associé à la définition que Platon offre du terme. Ceci est évident par la signification que Madame de Staël présente du terme dans De L’Allemagne. J’interprète la maladie de Corinne comme étant d’origine psychosomatique qui est manifesté par la perte de son génie et par un suicide lent qui est une expression de colère contre la patriarchie. Le caractère de Corinne permet à Madame de Staël d’explorer le conflit que les femmes artistes éprouvaient entre ayant une carrière artistique et adhérant à l’idéologie domestique. Chapitre deux se concentre sur l’intérêt que Shelley démontre sur l’art de l’improvisation comme elle l’exprime dans ses lettres à propos de l’improvisateur Tommaso Sgricci. Malgré sa fascination avec la poésie extemporanée, Shelley regrette que cette forme d’art soit évanescente. Aussi, j’examine son enthousiasme pour un autre artiste, Nicolò Paganini. Son enchantement avec se violoniste virtuose est lié à des discours concernant le talent surnaturel des improvisateurs. J’argumente qu’il y a un continuum d’improvisation entre les balades orales du peuple et les improvisations de culture sophistiqué des improvisateurs de haute société. J’estime que les Shelleys collaboraient à définir une théorie d’inspiration à travers leurs intérêts pour l’art de l’improvisation. Chapitre trois considère le lien entre cosmologie et esthétique d’inspiration à travers la fonction de la musique, spécialement La Création de Joseph Haydn, dans The Last Man de Shelley. J’examine la représentation du sublime des Alpes dans le roman à travers de discours qui associent les Alpes avec les forces primordiales de la création. Les rôles de la Nécessité, Prophétie, et du Temps peuvent être compris en considérant la musique des sphères. Chapitre quatre explore les différentes définitions de terme enthousiasme dans les écrits de Shelley, particulièrement Valperga et The Last Man. Je discute l’opinion de Shelley sur Madame de Staël comme suggéré dans Lives. J’analyse les caractères qui ressemblent à Corinne dans les écrits de Shelley. De plus, je considère les sens multiples du mot enthousiasme en relation avec la Guerre civil d’Angleterre et la Révolution française. Je présente comment le terme enthousiasme était lié au cours du dix-septième siècle avec des discours médicales concernant la mélancolie et comment ceci est reflété dans les caractères de Shelley.

La influencia del utopismo renacentista en la consolidación de la identidad internacional de Hispanoamérica. Estudio de caso : Tomaso de Campanella y la Teología de la Liberación

El descubrimiento de América significó el ensanchamiento de las fronteras mentales que sobre el universo tenían los europeos renacentistas. La existencia de un Nuevo Mundo produjo la necesidad en filósofos y escritores de crear sociedades imaginarias que debían ser implantadas allende el océano como ideales de perfección o utopías. Esta corriente de creadores utópicos que prometían construir una América virtuosa y libre de los vicios de la desgastada Europa, conocido ahora como el Utopismo Renacentista, selló para siempre el destino histórico de la América Hispánica. El Nuevo Mundo sería desde su más temprana colonización el crisol de los anhelos humanos y el origen mismo de las utopías. Fenómenos tales como el caudillismo, el populismo, la Teología de la Liberación, entre otros, profundamente enraizados en el espíritu hispanoamericano, pueden ser también comprendidos a partir del carácter utópico del continente, y por tanto, el utopismo se convierte en rasgo fundamental de la identidad internacional de Hispanoamérica. El caso de la Teología de la Liberación es analizado a la luz de la obra del filósofo italiano Tomaso de Campanella, La Ciudad del Sol, donde se encuentra que aspectos como el comunitarismo, la religión como fuente de lo político y el establecimiento de ideales de perfección social son parte fundamental de la esencia identitaria de la América Española.

Who benefits from reducing the cost of formality? Quantile regression discontinuity analysis

This paper studies the effects of increasing formality via tax reduction and simplification schemes on micro-firm performance. It uses the 1997 Brazilian SIMPLES program. We develop a simple theoretical model to show that SIMPLES has an impact only on a segment of the micro-firm population, for which the effect of formality on firm performance can be identified, and that can be analyzed along the single dimensional quantiles of the conditional firm revenues. To estimate the effect of formality, we use an econometric approach that compares eligible and non-eligible firms, born before and after SIMPLES in a local interval about the introduction of SIMPLES. We use an estimator that combines both quantile regression and the regression discontinuity identification strategy. The empirical results corroborate the positive effect of formality on microfirms' performance and produce a clear characterization of who benefits from these programs.

Non-existence of competitive equilibria with dynamically inconsistent preferences

This paper shows the robust non-existence of competitive equilibria even in a simple three period representative agent economy with dynamically inconsistent preferences. We distinguish between a sophisticated and naive representative agent. Even when underlying preferences are monotone and convex, at given prices, we show by example that the induced preference of the sophisticated representative agent over choices in first-period markets is both non-convex and satiated. Even allowing for negative prices, the market-clearing allocation is not contained in the convex hull of demand. Finally, with a naive representative agent, we show that perfect foresight is incompatible with market clearing and individual optimization at given prices.