Molecular modeling study of the binding and signaling properties of the TCRpMHC complex

The activation of the specific immune response against tumor cells is based on the recognition by the CD8+ Cytotoxic Τ Lymphocytes (CTL), of antigenic peptides (p) presented at the surface of the cell by the class I major histocompatibility complex (MHC). The ability of the so-called T-Cell Receptors (TCR) to discriminate between self and non-self peptides constitutes the most important specific control mechanism against infected cells. The TCR/pMHC interaction has been the subject of much attention in cancer therapy since the design of the adoptive transfer approach, in which Τ lymphocytes presenting an interesting response against tumor cells are extracted from the patient, expanded in vitro, and reinfused after immunodepletion, possibly leading to cancer regression. In the last decade, major progress has been achieved by the introduction of engineered lypmhocytes. In the meantime, the understanding of the molecular aspects of the TCRpMHC interaction has become essential to guide in vitro and in vivo studies. In 1996, the determination of the first structure of a TCRpMHC complex by X-ray crystallography revealed the molecular basis of the interaction. Since then, molecular modeling techniques have taken advantage of crystal structures to study the conformational space of the complex, and understand the specificity of the recognition of the pMHC by the TCR. In the meantime, experimental techniques used to determine the sequences of TCR that bind to a pMHC complex have been used intensively, leading to the collection of large repertoires of TCR sequences that are specific for a given pMHC. There is a growing need for computational approaches capable of predicting the molecular interactions that occur upon TCR/pMHC binding without relying on the time consuming resolution of a crystal structure. This work presents new approaches to analyze the molecular principles that govern the recognition of the pMHC by the TCR and the subsequent activation of the T-cell. We first introduce TCRep 3D, a new method to model and study the structural properties of TCR repertoires, based on homology and ab initio modeling. We discuss the methodology in details, and demonstrate that it outperforms state of the art modeling methods in predicting relevant TCR conformations. Two successful applications of TCRep 3D that supported experimental studies on TCR repertoires are presented. Second, we present a rigid body study of TCRpMHC complexes that gives a fair insight on the TCR approach towards pMHC. We show that the binding mode of the TCR is correctly described by long-distance interactions. Finally, the last section is dedicated to a detailed analysis of an experimental hydrogen exchange study, which suggests that some regions of the constant domain of the TCR are subject to conformational changes upon binding to the pMHC. We propose a hypothesis of the structural signaling of TCR molecules leading to the activation of the T-cell. It is based on the analysis of correlated motions in the TCRpMHC structure. - L'activation de la réponse immunitaire spécifique dirigée contre les cellules tumorales est basée sur la reconnaissance par les Lymphocytes Τ Cytotoxiques (CTL), d'un peptide antigénique (p) présenté à la suface de la cellule par le complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (MHC). La capacité des récepteurs des lymphocytes (TCR) à distinguer les peptides endogènes des peptides étrangers constitue le mécanisme de contrôle le plus important dirigé contre les cellules infectées. L'interaction entre le TCR et le pMHC est le sujet de beaucoup d'attention dans la thérapie du cancer, depuis la conception de la méthode de transfer adoptif: les lymphocytes capables d'une réponse importante contre les cellules tumorales sont extraits du patient, amplifiés in vitro, et réintroduits après immunosuppression. Il peut en résulter une régression du cancer. Ces dix dernières années, d'importants progrès ont été réalisés grâce à l'introduction de lymphocytes modifiés par génie génétique. En parallèle, la compréhension du TCRpMHC au niveau moléculaire est donc devenue essentielle pour soutenir les études in vitro et in vivo. En 1996, l'obtention de la première structure du complexe TCRpMHC à l'aide de la cristallographie par rayons X a révélé les bases moléculaires de l'interaction. Depuis lors, les techniques de modélisation moléculaire ont exploité les structures expérimentales pour comprendre la spécificité de la reconnaissance du pMHC par le TCR. Dans le même temps, de nouvelles techniques expérimentales permettant de déterminer la séquence de TCR spécifiques envers un pMHC donné, ont été largement exploitées. Ainsi, d'importants répertoires de TCR sont devenus disponibles, et il est plus que jamais nécessaire de développer des approches informatiques capables de prédire les interactions moléculaires qui ont lieu lors de la liaison du TCR au pMHC, et ce sans dépendre systématiquement de la résolution d'une structure cristalline. Ce mémoire présente une nouvelle approche pour analyser les principes moléculaires régissant la reconnaissance du pMHC par le TCR, et l'activation du lymphocyte qui en résulte. Dans un premier temps, nous présentons TCRep 3D, une nouvelle méthode basée sur les modélisations par homologie et ab initio, pour l'étude de propriétés structurales des répertoires de TCR. Le procédé est discuté en détails et comparé à des approches standard. Nous démontrons ainsi que TCRep 3D est le plus performant pour prédire des conformations pertinentes du TCR. Deux applications à des études expérimentales des répertoires TCR sont ensuite présentées. Dans la seconde partie de ce travail nous présentons une étude de complexes TCRpMHC qui donne un aperçu intéressant du mécanisme d'approche du pMHC par le TCR. Finalement, la dernière section se concentre sur l'analyse détaillée d'une étude expérimentale basée sur les échanges deuterium/hydrogène, dont les résultats révèlent que certaines régions clés du domaine constant du TCR sont sujettes à un changement conformationnel lors de la liaison au pMHC. Nous proposons une hypothèse pour la signalisation structurelle des TCR, menant à l'activation du lymphocyte. Celle-ci est basée sur l'analyse des mouvements corrélés observés dans la structure du TCRpMHC.

TBS discrimine les femmes avec ostéoporose fracturaire des femmes non ostéoporotiques indépendamment de la DMO, de l'âge et de l'IMC : Etude de la cohorte Ostéo-Mobile Vaud

Introduction. - « Ostéo-Mobile Vaud » est un projet pilote visant àinformer et promouvoir les mesures générales de prévention del'ostéoporose chez les femmes vaudoises de 60 ans et plus. Son butest également d'évaluer le risque de fracture dans cette populationen associant les facteurs de risque cliniques, la mesure de la DMOpar DXA de la colonne lombaire et du fémur proximal (Hologic Discovery),la recherche des fractures vertébrales préexistantes parVFA et une appréciation de la « qualité osseuse » par TBS. Une phaseprospective de 5 ans est prévue. Le Trabecular Bone Score (TBS) estun procédé qui consiste à appliquer un traitement informatique àl'image 2D de projection de la DXA basé sur la quantification desvariations locales de niveaux de gris. Un modèle mathématiquerelie le paramètre TBS avec des paramètres de microarchitecture 3Dtels la connectivité 3D, le nombre de travées et l'espace inter-trabéculaire.Ce modèle fait de TBS une mesure indirecte de microarchitectureosseuse.Résultats. - Fin juillet 2011, 510 femmes de ± 67 ans, IMC ± 26 kg/m2,ont été évaluées. Une ou plusieurs fractures de fragilité ont été rapportéeschez 72 femmes, parmi lesquelles 39 avec fractures vertébrales.TBS diminue avec l'âge (-0.005 par année, p < 0,001) etdiminue en fonction de l'IMC (- 0,011 par kg/m2, p < 0,001). La corrélationentre TBS et la DMO de la colonne lombaire est faible(r = 0,4, p < 0,001) et un grand pourcentage de la variabilité du TBSest indépendant de la DMO (> 84%). TBS discrimine les femmes avecfractures vertébrales des femmes sans fracture vertébrale et lesfemmes avec OP clinique (fractures de fragilité) de celles sans OPclinique. Ce pouvoir discriminatif est indépendant de la DMO de lacolonne lombaire ou du T-score le plus bas, après ajustement pourl'âge et l'IMC.Odd ratio (OR, 95 % IC) pour une diminution d'une déviation standarddu TBS, ajusté pour l'âge, l'IMC et la mesure de DMO :Conclusion. - TBS représente une plus-value par rapport à la DMOdans l'appréciation du risque de fracture chez les femmes vaudoisesde 60 ans et plus.

La société sénégalaise et les enfants de la rue : approche socio-anthropologique des dynamiques d'exclusion et de survie : étude de cas à Dakar

Résumé : La société sénégalaise traverse une crise profonde qui touche tous les secteurs de la vie. Cette crise à la fois structurelle et conjoncturelle crée à son tour une sorte de société de la crise qui touche les populations les plus vulnérables. Le phénomène des enfants de la rue est l'expression parfaite de cette société de la crise. Le rythme dans lequel il se développe est la traduction de la dynamique d'exclusion qui sévit en milieu urbain sénégalais en général et dans la région de Dakar en particulier. Dans cette région, l'urbanisation s'est accompagnée de la montée des inégalités qui placent la société dans une sorte de dualisation entre centre et périphérie. A la ville de Dakar qui s'est constituée selon les normes de la planification urbaine, s'oppose les principales banlieues de Pikine, Guédiawaye et Rufisque qui offrent le visage de marges sociales urbaines. D'une certaine manière, la montée des inégalités remet en cause les politiques sociales, de la bonne gouvernance et de la redistribution des richesses. Ces banlieues constituent les principaux milieux d'accueil de la masse de migrants ruraux qui fuient la misère des villages. D'une part, l'hétérogénéité sociale de ces banlieues ne favorise pas l'émergence d'une conscience collective fondée sur l'appartenance à un fonds historique commun. Par contre, elle renforce l'anonymat et l'indifférence propres à la ville. D'autre part, les difficultés économiques et la précarité des conditions de vie conjuguées à l'explosion démographique et ses conséquences affaiblissent les systèmes de solidarité entraînant ainsi la montée de l'individualisme et la philosophie du chacun pour soi. Ce qui met en cause l'éducation des enfants qui devient difficile pour les parents d'assumer. En outre, la place importante accordée à l'imaginaire social dans la société sénégalaise explique le recours aux forces surnaturelles par l'intercession des marabouts, sorciers, devins, etc. D'autre part, la place accordée aux offrandes et aux sacrifices de même que le "besoin de donner" alimente et pérennise la pratique de la mendicité en général et celle des enfants en particulier. En outre, l'instrumentalisation de la mendicité par certains marabouts qui se traduit par une sorte de "business talibé" ou de "marché de l'aumône", rapproche les enfants de l'univers de là rue qui devient pour eux une sorte d'échappatoire face aux conditions de vie que leur imposent ces marabouts. Ainsi, pour eux, la rue remplit une fonction de socialisation. En effet, dans cet univers social, les enfants se forgent une personnalité, développent des compétences et des activités qui leur permettent de survivre, créent des repères et des codes collectifs qui leur permettent de mener une existence que la société assimile strictement à la déviance. Mots clé : crise, école, éducation, enfants de la rue, exclusion, inégalités, migration, pauvreté, socialisation, stratégies de survie, uibanisation.

Patients avec syndrome de Brugada et défibrillateur implanté : suivi clinique

Introduction :¦Le syndrome de Brugada (SB) se définit par une élévation du segment ST dans les dérivations précordiales droites (V1-V3) associée à une incidence élevée de mort subite par arythmies chez des patients sans cardiopathie structurelle. La prévention de la mort subite repose sur la pose d'un défibrillateur automatique implantable (DAI).¦Matériel et méthode :¦Cette étude est une analyse rétrospective de tous les patients avec SB implantés d'un DAI au CHUV entre 1998 et 2010. Le profil des patients, les complications, ainsi que les thérapies appropriées et inappropriées délivrées par le défibrillateur ont été évaluées. Une thérapie appropriée est définie par l'action appropriée du DAI (choc ou stimulation anti-tachycardie = ATP) en réponse à une TV ou une FV correctement détectée. La thérapie inappropriée est définie comme une thérapie délivrée par l'appareil en l'absence d'une arythmie ventriculaire.¦Résultats :¦Durant la période étudiée (01.01.1998 - 31.12.2010) nous avons collecté au total 23 patients soit 19 hommes (83%) et 4 femmes (17%) âgés de 12 à 60 ans (41 13 ans). Le rapport hommes/femmes est de 4.75. Le suivi quant à lui porte sur 21 patients: un patient, après échec de primo-implantation au CHUV, a été implanté d'un défibrillateur dans un autre canton et un second patient a été perdu de vue entre l'implantation et le premier contrôle prévu. Le suivi moyen des 21 patients restants est de 8432 mois (37-149 mois, médiane : 78 mois). Il y a eu au total 45 thérapies délivrées : 12 appropriées (8 chocs; 4 ATP) et 33 inappropriées. 18% des patients ont eu ≥ 1 thérapie appropriée alors que 43% ont eu ≥ 1 choc inapproprié. 14 des 23 patients (61%) ont eu ≥ 1 complication (9 avec chocs inappropriés, 7 avec complications opératoires après primo-implantations ou ré-interventions, 6 avec dysfonction de sonde ventriculaire et 1 avec explantation).¦Conclusion :¦Le profil de ce petit collectif de patients avec SB implantés d'un DAI au CHUV est comparable à celui décrit dans la littérature. Durant un suivi moyen de 7 ans après la primo-implantation, l'incidence d'arythmies ventriculaires malignes est faible, avec un taux annuel de 2.6%. Le taux de complication est quant à lui élevé (8.7%/an). Près des trois-quarts des thérapies délivrées par le DAI sont inappropriées et les patients avec thérapies inappropriées sont 2.4x plus fréquents que les patients avec thérapies appropriées.

Immunohistochemical expression of endothelial markers CD31, CD34, von Willebrand Factor and Fli-1 in normal human tissues

Résumé du travail de thèse Introduction : Les différentes cellules endothéliales du lit vasculaire ont de nombreuses similitudes fonctionnelles et morphologiques. Cependant, elles présentent également une importante hétérogénéité structurelle et fonctionnelle qui peut avoir des implications notamment dans l'angiogenèse et le développement des maladies cardio-vasculaires. Peu d'études ont été publiées au sujet de l'expression et de la distribution des marqueurs endothéliaux dans les tissus humain normaux. Objectif : Nous avons étudié l'expression immunohistochimique des marqueurs endothéliaux CD31, CD34, vWF et Fli-1 dans les vaisseaux périphériques du rein, du poumon, de la rate, du foie, du cour et des gros vaisseaux ; incluant l'aorte, la veine cave inférieure, l'artère rénale ainsi que les artères et veines pulmonaires et fémorales. Matériel et méthodes : Les échantillons tissulaires ont été obtenus à partir de matériel d'autopsie et de biopsies. Le matériel a été fixé en formaline et inclus en paraffine. Les coupes de paraffine ont été colorées immunohistochimiquement avec CD31, CD34 et vWF. Les biopsies ont également été colorées immunohistochimiquement avec Fli-1, D2-40 et Lyve-1. Résultats : L'expression immunohistochimique de ces marqueurs est hétérogène dans les différents organes étudiés. Dans le rein, l'endothélium fenêtré des glomérules exprime fortement CD31 et CD34. Par contre, il n'exprime pas ou alors de manière faible et focale vWF. Dans le poumon, les capillaires alvéolaires expriment fortement CD31 et CD34 mais sont habituellement négatifs pour le vWF. L'expression de vWF augmente graduellement avec le calibre vasculaire dans le poumon. Les sinusoïdes de la rate expriment CD31 de manière diffuse mais ils n'expriment pas CD34. Les sinusoïdes du foie expriment CD31 de part et d'autre des lobules. Par contre, CD34 est exprimé seulement dans la région périportale. L'expression de Fli-1 dans les cellules endothéliales est ubiquitaire et ne varie pas suivant le type de vaisseau ou d'organe. Fli-1 est également exprimé dans d'autres types de cellules, essentiellement des lymphocytes. D2-40 est exprimé seulement dans l'endothélium des vaisseaux lymphatiques. L'expression de Lyve-1 dans ce matériel de routine était inconstante et non reproductible. Conclusion : Ces résultats indiquent que l'expression des marqueurs endothéliaux CD31, CD34 et vWF est hétérogène dans le lit vasculaire et qu'elle varie entre différents vaisseaux et différents compartiments anatomiques du même organe. D2-40 ne marque que les cellules endothéliales lymphatiques.

Sécurité routière: moins de morts et de blessés grâce aux radars?

[Introduction (extrait)] Si l'on connaît généralement les revues systématiques dans le domaine médical ou des soins, l'évaluation de l'efficacité d'une intervention technique ou structurelle en dehors de ces domaines est moins connue. Le but est cependant similaire : quelles preuves a-t-on qu'une intervention soit efficace pour améliorer la santé de la population ou d'une personne ? L'article ci-dessous présente une revue systématique en prévention et santé publique

Les interventions des institutions de Bretton Woods dans la sous-région d'Afrique Centrale : les exemples du Cameroun et du Gabon (1987-2007)

RESUME DE LA THESE Le but de cette thèse est d'analyser la réforme générale de l'Etat au Cameroun et au Gabon par les institutions de Bretton Woods sur une période de vingt ans (1987-2007). Pour ce faire, mon travail consiste à étudier le rôle majeur joué par les différentes mesures économiques impulsées dans les pays par le Fonds Monétaire International (FMI) et la Banque Mondiale. Il s'agit de voir si les différentes réformes d'ajustement que ces institutions ont imposé au Cameroun et au Gabon ont produit des effets positifs en vue de solution la crise économique qui s'y installait durablement et remettre ces Etats sur le sentier de la croissance et du développement. L'avènement de la crise économique qui sévissait dans les pays au milieu des années 1980 montrait que le modèle développementaliste expérimenté par ces Etats n'avait expérimenté contribué qu'à provoquer la paralysie de l'appareil de production. Les causes profondes résidaient dans l'omniprésence de l'Etat qui privilégiait une logique administrative au dépend de celle de production au point de nuire gravement aux politiques interventionnistes étatiques. A cela, s'ajoutaient d'autres facteurs endogènes et exogènes aux Etats comme la mauvaise gestion couplée à la forte corruption et au clientélisme politique, la contrebande et le dumping, l'effritement du secteur agricole dû au vieillissement des plantations et à la sous-mécanisation, l'explosion démographique, la détérioration des termes de l'échange, le chômage endémique et galopant, etc. En ayant recours aux réformes d'ajustement structurel du FMI et de la Banque Mondiale, les gouvernements camerounais et gabonais entendaient lutter contre les rigidités institutionnelles et les distorsions structurelles qui empêchaient leurs économies de répondre aux signaux du marché et d'accroître l'offre d'une part. Et, d'autre part, les réformes d'ajustement devaient permettre de renforcer la concurrence des produits sur les marchés, accroître les capacités d'adaptation des marchés de facteurs et améliorer l'efficacité et l'efficience du secteur public. Mais avant d'analyser les réformes d'ajustement dans les pays j'ai d'abord présenté dans une première partie, l'évolution sociopolitique et économique des deux pays. Cette partie donne à l'analyse une profondeur historique indispensable et rend compte de l'évolution des politiques sectorielles des Etats marquée par une phase de croissance (1960-1984), puis par une phase de décroissance ou de crise qui commence à partir de 1985. La seconde partie met en évidence les politiques d'ajustement structurelle principalement axées sur la régulation monétaire, financière et budgétaire, la réforme de la fonction publique, la réforme agricole, le désengagement de l'Etat du secteur productif national et les privatisations. Je termine cette seconde partie par un bilan contrasté que je dresse de l'impact de ces réformes dans les économies camerounaises et gabonaises. La troisième partie met en évidence les nouvelles orientations stratégiques des institutions de Bretton Woods en partant de l'agenda politique des réformes au Cameroun et au Gabon. Elle fait intervenir une batterie de réformes portant sur l'initiative Pays Pauvres Très Endettés (PPTE), les Documents de Stratégie pour la Réduction de la Pauvreté (DSRP), l'Evaluation Politique et Institutionnelle du Pays (EPIP) et la «Bonne Gouvernance». Cette thèse s'achève par une conclusion exhaustive mettant en évidence les insuffisances des modèles théoriques et conceptuels fondant l'ajustement structurel et la remise en cause des nouvelles stratégies de lutte contre la pauvreté impulsées par le FMI et la Banque Mondiale dans les pays d'une part. D'autre part, j'observe une faiblesse institutionnelle de l'Etat dans ces pays qui se résume à la mauvaise gouvernance ; à l'absence d'un cadre et des outils appropriés pour la gestion économique et stratégique du développement à long terme ; à l'impunité généralisée et à l'inefficacité des mesures de lutte contre la pauvreté ; à l'absence d'un Etat de droit et à l'autoritarisme des régimes en place.

Face à l'insoutenable. Vivre et se construire avec des souvenirs d'abus sexuels

L'objectif de cette recherche est d'explorer l'impact des abus sexuels tel que perçu par des personnes adultes ayant été victimes dans leur enfance. Une attention particulière est portée sur l'évolution de cette perception. A cette fin, deux groupes de personnes ont été sollicités : des patients suivis en thérapie de groupe dans un centre spécialisé et des personnes ayant terminé une thérapie centrée sur les abus sexuels depuis au moins cinq ans.Des entretiens semi-structurés ont été menés tous les six mois pendant deux ans avec six femmes en thérapie, ainsi qu'avec trois femmes et un homme ayant terminé leur travail thérapeutique à ce sujet.L'analyse qualitative, inspirée de l'IPA, a révélé huit thèmes. A la recherche de la normalité, Vie intime et sexualité, et Du secret à la reconnaissance sont trois des problématiques majeures présentées par les femmes aux premiers entretiens. L'analyse révèle l'évolution de ces thèmes au cours des deux ans et les « témoins de l'après-thérapie » donnent des pistes quant aux suites possibles. Les participants témoignent également de leurs diverses Démarches thérapeutiques. Question de survie est un thème faisant trait à la dissociation structurelle de la personnalité telle qu'elle apparaît dans le discours des participants et telle qu'ils la décrivent. De la réviviscence au souvenir, Attribution de sens et Vivre après amènent chacun des aspects spécifiques liés à la résilience et ultimement à l'épanouissement.Ces résultats font ressortir des thématiques qui se révèlent être particulièrement difficiles pour ces personnes ayant été abusées sexuellement dans leur enfance, tout en soulignant l'évolution possible au fil du temps et à l'aide des thérapies. Ils révèlent également les manières dont le traumatisme est peu à peu intégré par les participants dans leur histoire de vie.This study's aim is to explore how survivors perceive the impact on their adult life of child sexual abuse and how it changes over time. To this effect, two groups of people were solicited: patients involved in group therapy in a specialised treatment centre and people who had finished therapy focused on the trauma caused by the abuse at least five years prior to this study.Semi-structured interviews were conducted at 6-month intervals over two years with six women in therapy. Three women and one man who had finished therapy accepted to share their experience.Qualitative analysis inspired by IPA revealed eight themes. Searching for normality, Tuning feelings with sexual life, and From secrecy to acknowledgment are three of the main issues presented by the women at the initial interviews. The analysis reveals how these themes evolve over the two years, while the participants who have finished their therapy give insights of possible futures. Participants also reflected on their various Therapeutical experiences. A matter of survival relates to structural dissociation of the personality as it appears in the participants' discourse and as they describe it. Placing the memory in the past, Making meaning, and And life goes on each bring out specific aspects linked to resiliency and finally to thriving.These results highlight the issues that are particularly difficult in dealing with the aftermaths of child sexual abuse and underline their possible transformation with time and therapy. They also reveal the ways in which the trauma is gradually integrated by the participants into their life-history.

Etude des modèles de Whittle markoviens probabilisés

Etude des modèles de Whittle markoviens probabilisés Résumé Le modèle de Whittle markovien probabilisé est un modèle de champ spatial autorégressif simultané d'ordre 1 qui exprime simultanément chaque variable du champ comme une moyenne pondérée aléatoire des variables adjacentes du champ, amortie d'un coefficient multiplicatif ρ, et additionnée d'un terme d'erreur (qui est une variable gaussienne homoscédastique spatialement indépendante, non mesurable directement). Dans notre cas, la moyenne pondérée est une moyenne arithmétique qui est aléatoire du fait de deux conditions : (a) deux variables sont adjacentes (au sens d'un graphe) avec une probabilité 1 − p si la distance qui les sépare est inférieure à un certain seuil, (b) il n'y a pas d'adjacence pour des distances au-dessus de ce seuil. Ces conditions déterminent un modèle d'adjacence (ou modèle de connexité) du champ spatial. Un modèle de Whittle markovien probabilisé aux conditions où p = 0 donne un modèle de Whittle classique qui est plus familier en géographie, économétrie spatiale, écologie, sociologie, etc. et dont ρ est le coefficient d'autorégression. Notre modèle est donc une forme probabilisée au niveau de la connexité du champ de la forme des modèles de Whittle classiques, amenant une description innovante de l'autocorrélation spatiale. Nous commençons par décrire notre modèle spatial en montrant les effets de la complexité introduite par le modèle de connexité sur le pattern de variances et la corrélation spatiale du champ. Nous étudions ensuite la problématique de l'estimation du coefficent d'autorégression ρ pour lequel au préalable nous effectuons une analyse approfondie de son information au sens de Fisher et de Kullback-Leibler. Nous montrons qu'un estimateur non biaisé efficace de ρ possède une efficacité qui varie en fonction du paramètre p, généralement de manière non monotone, et de la structure du réseau d'adjacences. Dans le cas où la connexité du champ est non observée, nous montrons qu'une mauvaise spécification de l'estimateur de maximum de vraisemblance de ρ peut biaiser celui-ci en fonction de p. Nous proposons dans ce contexte d'autres voies pour estimer ρ. Pour finir, nous étudions la puissance des tests de significativité de ρ pour lesquels les statistiques de test sont des variantes classiques du I de Moran (test de Cliff-Ord) et du I de Moran maximal (en s'inspirant de la méthode de Kooijman). Nous observons la variation de puissance en fonction du paramètre p et du coefficient ρ, montrant par cette voie la dualité de l'autocorrélation spatiale entre intensité et connectivité dans le contexte des modèles autorégressifs

Providing more informative projections of climate change impact on plant distribution in a mountain environment

Summary Due to their conic shape and the reduction of area with increasing elevation, mountain ecosystems were early identified as potentially very sensitive to global warming. Moreover, mountain systems may experience unprecedented rates of warming during the next century, two or three times higher than that records of the 20th century. In this context, species distribution models (SDM) have become important tools for rapid assessment of the impact of accelerated land use and climate change on the distribution plant species. In my study, I developed and tested new predictor variables for species distribution models (SDM), specific to current and future geographic projections of plant species in a mountain system, using the Western Swiss Alps as model region. Since meso- and micro-topography are relevant to explain geographic patterns of plant species in mountain environments, I assessed the effect of scale on predictor variables and geographic projections of SDM. I also developed a methodological framework of space-for-time evaluation to test the robustness of SDM when projected in a future changing climate. Finally, I used a cellular automaton to run dynamic simulations of plant migration under climate change in a mountain landscape, including realistic distance of seed dispersal. Results of future projections for the 21st century were also discussed in perspective of vegetation changes monitored during the 20th century. Overall, I showed in this study that, based on the most severe A1 climate change scenario and realistic dispersal simulations of plant dispersal, species extinctions in the Western Swiss Alps could affect nearly one third (28.5%) of the 284 species modeled by 2100. With the less severe 61 scenario, only 4.6% of species are predicted to become extinct. However, even with B1, 54% (153 species) may still loose more than 80% of their initial surface. Results of monitoring of past vegetation changes suggested that plant species can react quickly to the warmer conditions as far as competition is low However, in subalpine grasslands, competition of already present species is probably important and limit establishment of newly arrived species. Results from future simulations also showed that heavy extinctions of alpine plants may start already in 2040, but the latest in 2080. My study also highlighted the importance of fine scale and regional. assessments of climate change impact on mountain vegetation, using more direct predictor variables. Indeed, predictions at the continental scale may fail to predict local refugees or local extinctions, as well as loss of connectivity between local populations. On the other hand, migrations of low-elevation species to higher altitude may be difficult to predict at the local scale. Résumé La forme conique des montagnes ainsi que la diminution de surface dans les hautes altitudes sont reconnues pour exposer plus sensiblement les écosystèmes de montagne au réchauffement global. En outre, les systèmes de montagne seront sans doute soumis durant le 21ème siècle à un réchauffement deux à trois fois plus rapide que celui mesuré durant le 20ème siècle. Dans ce contexte, les modèles prédictifs de distribution géographique de la végétation se sont imposés comme des outils puissants pour de rapides évaluations de l'impact des changements climatiques et de la transformation du paysage par l'homme sur la végétation. Dans mon étude, j'ai développé de nouvelles variables prédictives pour les modèles de distribution, spécifiques à la projection géographique présente et future des plantes dans un système de montagne, en utilisant les Préalpes vaudoises comme zone d'échantillonnage. La méso- et la microtopographie étant particulièrement adaptées pour expliquer les patrons de distribution géographique des plantes dans un environnement montagneux, j'ai testé les effets d'échelle sur les variables prédictives et sur les projections des modèles de distribution. J'ai aussi développé un cadre méthodologique pour tester la robustesse potentielle des modèles lors de projections pour le futur. Finalement, j'ai utilisé un automate cellulaire pour simuler de manière dynamique la migration future des plantes dans le paysage et dans quatre scénarios de changement climatique pour le 21ème siècle. J'ai intégré dans ces simulations des mécanismes et des distances plus réalistes de dispersion de graines. J'ai pu montrer, avec les simulations les plus réalistes, que près du tiers des 284 espèces considérées (28.5%) pourraient être menacées d'extinction en 2100 dans le cas du plus sévère scénario de changement climatique A1. Pour le moins sévère des scénarios B1, seulement 4.6% des espèces sont menacées d'extinctions, mais 54% (153 espèces) risquent de perdre plus 80% de leur habitat initial. Les résultats de monitoring des changements de végétation dans le passé montrent que les plantes peuvent réagir rapidement au réchauffement climatique si la compétition est faible. Dans les prairies subalpines, les espèces déjà présentes limitent certainement l'arrivée de nouvelles espèces par effet de compétition. Les résultats de simulation pour le futur prédisent le début d'extinctions massives dans les Préalpes à partir de 2040, au plus tard en 2080. Mon travail démontre aussi l'importance d'études régionales à échelle fine pour évaluer l'impact des changements climatiques sur la végétation, en intégrant des variables plus directes. En effet, les études à échelle continentale ne tiennent pas compte des micro-refuges, des extinctions locales ni des pertes de connectivité entre populations locales. Malgré cela, la migration des plantes de basses altitudes reste difficile à prédire à l'échelle locale sans modélisation plus globale.

Conservation of the Eurasian Lynx (Lynx lynx) in a fragmented landscape - habitat models, dispersal and potential distribution

Abstract: The expansion of a recovering population - whether re-introduced or spontaneously returning - is shaped by (i) biological (intrinsic) factors such as the land tenure system or dispersal, (ii) the distribution and availability of resources (e.g. prey), (iii) habitat and landscape features, and (iv) human attitudes and activities. In order to develop efficient conservation and recovery strategies, we need to understand all these factors and to predict the potential distribution and explore ways to reach it. An increased number of lynx in the north-western Swiss Alps in the nineties lead to a new controversy about the return of this cat. When the large carnivores were given legal protection in many European countries, most organizations and individuals promoting their protection did not foresee the consequences. Management plans describing how to handle conflicts with large predators are needed to find a balance between "overabundance" and extinction. Wildlife and conservation biologists need to evaluate the various threats confronting populations so that adequate management decisions can be taken. I developed a GIS probability model for the lynx, based on habitat information and radio-telemetry data from the Swiss Jura Mountains, in order to predict the potential distribution of the lynx in this mountain range, which is presently only partly occupied by lynx. Three of the 18 variables tested for each square kilometre describing land use, vegetation, and topography, qualified to predict the probability of lynx presence. The resulting map was evaluated with data from dispersing subadult lynx. Young lynx that were not able to establish home ranges in what was identified as good lynx habitat did not survive their first year of independence, whereas the only one that died in good lynx habitat was illegally killed. Radio-telemetry fixes are often used as input data to calibrate habitat models. Radio-telemetry is the only way to gather accurate and unbiased data on habitat use of elusive larger terrestrial mammals. However, it is time consuming and expensive, and can therefore only be applied in limited areas. Habitat models extrapolated over large areas can in turn be problematic, as habitat characteristics and availability may change from one area to the other. I analysed the predictive power of Ecological Niche Factor Analysis (ENFA) in Switzerland with the lynx as focal species. According to my results, the optimal sampling strategy to predict species distribution in an Alpine area lacking available data would be to pool presence cells from contrasted regions (Jura Mountains, Alps), whereas in regions with a low ecological variance (Jura Mountains), only local presence cells should be used for the calibration of the model. Dispersal influences the dynamics and persistence of populations, the distribution and abundance of species, and gives the communities and ecosystems their characteristic texture in space and time. Between 1988 and 2001, the spatio-temporal behaviour of subadult Eurasian lynx in two re-introduced populations in Switzerland was studied, based on 39 juvenile lynx of which 24 were radio-tagged to understand the factors influencing dispersal. Subadults become independent from their mothers at the age of 8-11 months. No sex bias neither in the dispersal rate nor in the distance moved was detected. Lynx are conservative dispersers, compared to bear and wolf, and settled within or close to known lynx occurrences. Dispersal distances reached in the high lynx density population - shorter than those reported in other Eurasian lynx studies - are limited by habitat restriction hindering connections with neighbouring metapopulations. I postulated that high lynx density would lead to an expansion of the population and validated my predictions with data from the north-western Swiss Alps where about 1995 a strong increase in lynx abundance took place. The general hypothesis that high population density will foster the expansion of the population was not confirmed. This has consequences for the re-introduction and recovery of carnivores in a fragmented landscape. To establish a strong source population in one place might not be an optimal strategy. Rather, population nuclei should be founded in several neighbouring patches. Exchange between established neighbouring subpopulations will later on take place, as adult lynx show a higher propensity to cross barriers than subadults. To estimate the potential population size of the lynx in the Jura Mountains and to assess possible corridors between this population and adjacent areas, I adapted a habitat probability model for lynx distribution in the Jura Mountains with new environmental data and extrapolated it over the entire mountain range. The model predicts a breeding population ranging from 74-101 individuals and from 51-79 individuals when continuous habitat patches < 50 km2 are disregarded. The Jura Mountains could once be part of a metapopulation, as potential corridors exist to the adjoining areas (Alps, Vosges Mountains, and Black Forest). Monitoring of the population size, spatial expansion, and the genetic surveillance in the Jura Mountains must be continued, as the status of the population is still critical. ENFA was used to predict the potential distribution of lynx in the Alps. The resulting model divided the Alps into 37 suitable habitat patches ranging from 50 to 18,711 km2, covering a total area of about 93,600 km2. When using the range of lynx densities found in field studies in Switzerland, the Alps could host a population of 961 to 1,827 residents. The results of the cost-distance analysis revealed that all patches were within the reach of dispersing lynx, as the connection costs were in the range of dispersal cost of radio-tagged subadult lynx moving through unfavorable habitat. Thus, the whole Alps could once be considered as a metapopulation. But experience suggests that only few disperser will cross unsuitable areas and barriers. This low migration rate may seldom allow the spontaneous foundation of new populations in unsettled areas. As an alternative to natural dispersal, artificial transfer of individuals across the barriers should be considered. Wildlife biologists can play a crucial role in developing adaptive management experiments to help managers learning by trial. The case of the lynx in Switzerland is a good example of a fruitful cooperation between wildlife biologists, managers, decision makers and politician in an adaptive management process. This cooperation resulted in a Lynx Management Plan which was implemented in 2000 and updated in 2004 to give the cantons directives on how to handle lynx-related problems. This plan was put into practice e.g. in regard to translocation of lynx into unsettled areas. Résumé: L'expansion d'une population en phase de recolonisation, qu'elle soit issue de réintroductions ou d'un retour naturel dépend 1) de facteurs biologiques tels que le système social et le mode de dispersion, 2) de la distribution et la disponibilité des ressources (proies), 3) de l'habitat et des éléments du paysage, 4) de l'acceptation de l'espèce par la population locale et des activités humaines. Afin de pouvoir développer des stratégies efficaces de conservation et de favoriser la recolonisation, chacun de ces facteurs doit être pris en compte. En plus, la distribution potentielle de l'espèce doit pouvoir être déterminée et enfin, toutes les possibilités pour atteindre les objectifs, examinées. La phase de haute densité que la population de lynx a connue dans les années nonante dans le nord-ouest des Alpes suisses a donné lieu à une controverse assez vive. La protection du lynx dans de nombreux pays européens, promue par différentes organisations, a entraîné des conséquences inattendues; ces dernières montrent que tout plan de gestion doit impérativement indiquer des pistes quant à la manière de gérer les conflits, tout en trouvant un équilibre entre l'extinction et la surabondance de l'espèce. Les biologistes de la conservation et de la faune sauvage doivent pour cela évaluer les différents risques encourus par les populations de lynx, afin de pouvoir rapidement prendre les meilleuresmdécisions de gestion. Un modèle d'habitat pour le lynx, basé sur des caractéristiques de l'habitat et des données radio télémétriques collectées dans la chaîne du Jura, a été élaboré afin de prédire la distribution potentielle dans cette région, qui n'est que partiellement occupée par l'espèce. Trois des 18 variables testées, décrivant pour chaque kilomètre carré l'utilisation du sol, la végétation ainsi que la topographie, ont été retenues pour déterminer la probabilité de présence du lynx. La carte qui en résulte a été comparée aux données télémétriques de lynx subadultes en phase de dispersion. Les jeunes qui n'ont pas pu établir leur domaine vital dans l'habitat favorable prédit par le modèle n'ont pas survécu leur première année d'indépendance alors que le seul individu qui est mort dans l'habitat favorable a été braconné. Les données radio-télémétriques sont souvent utilisées pour l'étalonnage de modèles d'habitat. C'est un des seuls moyens à disposition qui permette de récolter des données non biaisées et précises sur l'occupation de l'habitat par des mammifères terrestres aux moeurs discrètes. Mais ces méthodes de- mandent un important investissement en moyens financiers et en temps et peuvent, de ce fait, n'être appliquées qu'à des zones limitées. Les modèles d'habitat sont ainsi souvent extrapolés à de grandes surfaces malgré le risque d'imprécision, qui résulte des variations des caractéristiques et de la disponibilité de l'habitat d'une zone à l'autre. Le pouvoir de prédiction de l'Analyse Ecologique de la Niche (AEN) dans les zones où les données de présence n'ont pas été prises en compte dans le calibrage du modèle a été analysée dans le cas du lynx en Suisse. D'après les résultats obtenus, la meilleure mé- thode pour prédire la distribution du lynx dans une zone alpine dépourvue d'indices de présence est de combiner des données provenant de régions contrastées (Alpes, Jura). Par contre, seules les données sur la présence locale de l'espèce doivent être utilisées pour les zones présentant une faible variance écologique tel que le Jura. La dispersion influence la dynamique et la stabilité des populations, la distribution et l'abondance des espèces et détermine les caractéristiques spatiales et temporelles des communautés vivantes et des écosystèmes. Entre 1988 et 2001, le comportement spatio-temporel de lynx eurasiens subadultes de deux populations réintroduites en Suisse a été étudié, basé sur le suivi de 39 individus juvéniles dont 24 étaient munis d'un collier émetteur, afin de déterminer les facteurs qui influencent la dispersion. Les subadultes se sont séparés de leur mère à l'âge de 8 à 11 mois. Le sexe n'a pas eu d'influence sur le nombre d'individus ayant dispersés et la distance parcourue au cours de la dispersion. Comparé à l'ours et au loup, le lynx reste très modéré dans ses mouvements de dispersion. Tous les individus ayant dispersés se sont établis à proximité ou dans des zones déjà occupées par des lynx. Les distances parcourues lors de la dispersion ont été plus courtes pour la population en phase de haute densité que celles relevées par les autres études de dispersion du lynx eurasien. Les zones d'habitat peu favorables et les barrières qui interrompent la connectivité entre les populations sont les principales entraves aux déplacements, lors de la dispersion. Dans un premier temps, nous avons fait l'hypothèse que les phases de haute densité favorisaient l'expansion des populations. Mais cette hypothèse a été infirmée par les résultats issus du suivi des lynx réalisé dans le nord-ouest des Alpes, où la population connaissait une phase de haute densité depuis 1995. Ce constat est important pour la conservation d'une population de carnivores dans un habitat fragmenté. Ainsi, instaurer une forte population source à un seul endroit n'est pas forcément la stratégie la plus judicieuse. Il est préférable d'établir des noyaux de populations dans des régions voisines où l'habitat est favorable. Des échanges entre des populations avoisinantes pourront avoir lieu par la suite car les lynx adultes sont plus enclins à franchir les barrières qui entravent leurs déplacements que les individus subadultes. Afin d'estimer la taille de la population de lynx dans le Jura et de déterminer les corridors potentiels entre cette région et les zones avoisinantes, un modèle d'habitat a été utilisé, basé sur un nouveau jeu de variables environnementales et extrapolé à l'ensemble du Jura. Le modèle prédit une population reproductrice de 74 à 101 individus et de 51 à 79 individus lorsque les surfaces d'habitat d'un seul tenant de moins de 50 km2 sont soustraites. Comme des corridors potentiels existent effectivement entre le Jura et les régions avoisinantes (Alpes, Vosges, et Forêt Noire), le Jura pourrait faire partie à l'avenir d'une métapopulation, lorsque les zones avoisinantes seront colonisées par l'espèce. La surveillance de la taille de la population, de son expansion spatiale et de sa structure génétique doit être maintenue car le statut de cette population est encore critique. L'AEN a également été utilisée pour prédire l'habitat favorable du lynx dans les Alpes. Le modèle qui en résulte divise les Alpes en 37 sous-unités d'habitat favorable dont la surface varie de 50 à 18'711 km2, pour une superficie totale de 93'600 km2. En utilisant le spectre des densités observées dans les études radio-télémétriques effectuées en Suisse, les Alpes pourraient accueillir une population de lynx résidents variant de 961 à 1'827 individus. Les résultats des analyses de connectivité montrent que les sous-unités d'habitat favorable se situent à des distances telles que le coût de la dispersion pour l'espèce est admissible. L'ensemble des Alpes pourrait donc un jour former une métapopulation. Mais l'expérience montre que très peu d'individus traverseront des habitats peu favorables et des barrières au cours de leur dispersion. Ce faible taux de migration rendra difficile toute nouvelle implantation de populations dans des zones inoccupées. Une solution alternative existe cependant : transférer artificiellement des individus d'une zone à l'autre. Les biologistes spécialistes de la faune sauvage peuvent jouer un rôle important et complémentaire pour les gestionnaires de la faune, en les aidant à mener des expériences de gestion par essai. Le cas du lynx en Suisse est un bel exemple d'une collaboration fructueuse entre biologistes de la faune sauvage, gestionnaires, organes décisionnaires et politiciens. Cette coopération a permis l'élaboration du Concept Lynx Suisse qui est entré en vigueur en 2000 et remis à jour en 2004. Ce plan donne des directives aux cantons pour appréhender la problématique du lynx. Il y a déjà eu des applications concrètes sur le terrain, notamment par des translocations d'individus dans des zones encore inoccupées.

« Représentations de la maltraitance infantile d'un groupe d'enseignantes d'une école primaire du canton de Vaud, leur rôle dans ce domaine et leurs connaissances sur les procédures de signalement. »

Le rapport international le plus récent concernant la maltraitance infantile date de 2006 : il s'agit du Rapport mondial sur la violence contre les enfants, du Secrétaire général des Nations Unies (1). La définition retenue pour la maltraitance infantile s'inspire de celle du Rapport mondial sur la violence et la santé, de l'OMS en 2002 (2) : «La menace ou l'utilisation intentionnelle de la force physique ou du pouvoir contre un enfant par un individu ou un groupe qui entraîne ou risque fortement de causer un préjudice à la santé, à la survie, au développement ou à la dignité de l'enfant.». Il existe différentes formes de maltraitance : - la maltraitance physique (brutalités, coups, blessures, brûlures, etc.)  la maltraitance psychologique (insultes, humiliation, isolement, terroriser l'enfant, etc.) - la maltraitance sexuelle (exhibitionnisme, attouchements, relations sexuelles, etc.) - les négligences (manque d'attention et de soins) Dans la majorité des cas, plusieurs formes de maltraitances sont présentes chez un enfant victime de mauvais traitements ; elles se chevauchent (3). L'Observatoire national de l'Action Sociale Décentralisée (ODAS) a réalisé une classification des enfants à protéger, les définitions sont les suivantes (4): L'enfant maltraité est « celui qui est victime de violences physiques, d'abus sexuels, de cruauté mentale, de négligences lourdes ayant des conséquences sur son développement physique et psychologique. » L'enfant en risque est « celui qui connaît des conditions d'existence qui risquent de mettre en danger sa santé, sa sécurité, sa moralité, son éducation ou son entretien, mais qui n'est pas pour autant maltraité. » L'enfant en souffrance est « un enfant aimé et soigné mais qui souffre des conditions d'existences qui fragilisent ou menacent son développement et son épanouissement personnel. » En Suisse, peu de données sont disponibles concernant la prévalence de la maltraitance étant donné la difficulté à récolter des données. Selon l'Office Fédéral de la Statistique suisse, les résultats d'une étude de 2004 montre une diminution des châtiments corporels par rapport à une étude semblable réalisée 12 ans auparavant (5). Cependant, la maltraitance infantile est un problème de santé publique du fait de la gravité de ses conséquences sur la santé physique, mentale et sociale de l'individu et de son retentissement sur la communauté ainsi que de sa fréquence estimée dans la population suisse. Elle a des effets néfastes sur la santé de l'enfant par mortalité directe ou morbidité directe ou indirecte et représente également un facteur de risque pour la santé physique et mentale, le développement et les perspectives de réalisation personnelle du jeune adulte et de l'adulte (6). On sait aujourd'hui que le nombre de cas de maltraitance signalés en Suisse est en augmentation. Ceci démontre que la maltraitance est un phénomène courant. Cependant, les professionnels ne pensent pas MF / Travail de master en médecine / 2011-2012 3 que le phénomène de la maltraitance infantile soit en augmentation, mais que les cas de maltraitance sont mieux repérés, que les professionnels s'occupant d'enfants sont plus sensibles à cette problématique et qu'il y a donc davantage de signalements (7). La prévention de la maltraitance est nécessaire et possible. Des interventions ont établi leur efficacité et il a été démontré que plus l'intervention est précoce, plus elle a de chances de réussite (2). C'est la raison pour laquelle il est important de repérer les cas de maltraitance précocement afin de pouvoir intervenir, aider les familles et garantir la protection de l'enfant. Des mesures de prévention ont été mises en place au niveau international, comme au niveau fédéral, pour assurer la reconnaissance et la prise en charge de l'enfant victime de maltraitance. Au niveau international, la Convention internationale des droits de l'enfant a été adoptée par l'Assemblée Générale en 1989 (8). Elle reconnaît l'enfant comme personne indépendante ayant des droits propres. Cette convention est divisée en quatre parties comportant : les principes directeurs (la non-discrimination, viser les meilleurs intérêts pour l'enfant, le droit de vivre, de survivre et de se développer, le droit de participation), les droits de survie et de développement (le droit à avoir les ressources, les compétences et les contributions nécessaires pour pouvoir survivre et pouvoir profiter d'un développement complet), les droits de protection (de toutes les formes de maltraitance envers les enfants, négligences, exploitation et cruauté), les droits de participation (la liberté d'expression de leurs opinions, de parler de sujets qui concernent leur vie sociale, économique, religieuse, culturelle ou politique et d'être écouté, la liberté d'information et la liberté d'association). Les stratégies de prévention de la maltraitance infantile visent à réduire les causes sous- jacentes et les facteurs de risque, tout en renforçant les facteurs de protection, de façon à prévenir de nouveaux cas (9). Elles comprennent : les stratégies sociétales et communautaires (mise en place de réformes juridiques et des droits de la personne humaine, instauration des politiques sociales et économiques favorables, correction des normes sociales et culturelles, réduction des inégalités économiques, réduction du facteur de risque environnemental, formation des professionnels), les stratégies relationnelles (formation parentale et des adultes s'occupant d'enfants), les stratégies individuelles (apprendre aux enfants à reconnaître et à éviter les situations de violence potentielle). En plus des mesures structurelles mises en place par les états (scolarisation obligatoire, dispositif légal, service de protection des enfants et des jeunes, services de santé spécialisés, etc.), des associations de lutte contre la maltraitance infantile existent et jouent également un rôle important dans la prévention. Par exemple, la Fondation Suisse pour la Protection de l'Enfant s'emploie à analyser les causes de la violence envers les MF / Travail de master en médecine / 2011-2012 4 enfants et à les combattre, à protéger les enfants contre la violence physique, psychologique, sexuelle et structurelle ainsi que contre la négligence par le biais d'un travail de prévention ciblé à l'échelle nationale. Elle vise également à apprendre aux enfants comment se protéger eux-mêmes et demander de l'aide, à sensibiliser les adultes qui les entourent au fait que les enfants ont une personnalité propre et qu'ils ont le droit d'être protégés et encouragés et à demander au niveau politique que l'on mette en place des structures adaptées aux enfants (10).

Mechanisms underlying functional recovery after in vivo focal cerebral ischemia : from preconditioning to diffusion MRI

Version abregée L'ischémie cérébrale est la troisième cause de mort dans les pays développés, et la maladie responsable des plus sérieux handicaps neurologiques. La compréhension des bases moléculaires et anatomiques de la récupération fonctionnelle après l'ischémie cérébrale est donc extrêmement importante et représente un domaine d'intérêt crucial pour la recherche fondamentale et clinique. Durant les deux dernières décennies, les chercheurs ont tenté de combattre les effets nocifs de l'ischémie cérébrale à l'aide de substances exogènes qui, bien que testées avec succès dans le domaine expérimental, ont montré un effet contradictoire dans l'application clinique. Une approche différente mais complémentaire est de stimuler des mécanismes intrinsèques de neuroprotection en utilisant le «modèle de préconditionnement» : une brève insulte protège contre des épisodes d'ischémie plus sévères à travers la stimulation de voies de signalisation endogènes qui augmentent la résistance à l'ischémie. Cette approche peut offrir des éléments importants pour clarifier les mécanismes endogènes de neuroprotection et fournir de nouvelles stratégies pour rendre les neurones et la glie plus résistants à l'attaque ischémique cérébrale. Dans un premier temps, nous avons donc étudié les mécanismes de neuroprotection intrinsèques stimulés par la thrombine, un neuroprotecteur «préconditionnant» dont on a montré, à l'aide de modèles expérimentaux in vitro et in vivo, qu'il réduit la mort neuronale. En appliquant une technique de microchirurgie pour induire une ischémie cérébrale transitoire chez la souris, nous avons montré que la thrombine peut stimuler les voies de signalisation intracellulaire médiées par MAPK et JNK par une approche moléculaire et l'analyse in vivo d'un inhibiteur spécifique de JNK (L JNK) .Nous avons également étudié l'impact de la thrombine sur la récupération fonctionnelle après une attaque et avons pu démontrer que ces mécanismes moléculaires peuvent améliorer la récupération motrice. La deuxième partie de cette étude des mécanismes de récupération après ischémie cérébrale est basée sur l'investigation des bases anatomiques de la plasticité des connections cérébrales, soit dans le modèle animal d'ischémie transitoire, soit chez l'homme. Selon des résultats précédemment publiés par divers groupes ,nous savons que des mécanismes de plasticité aboutissant à des degrés divers de récupération fonctionnelle sont mis enjeu après une lésion ischémique. Le résultat de cette réorganisation est une nouvelle architecture fonctionnelle et structurelle, qui varie individuellement selon l'anatomie de la lésion, l'âge du sujet et la chronicité de la lésion. Le succès de toute intervention thérapeutique dépendra donc de son interaction avec la nouvelle architecture anatomique. Pour cette raison, nous avons appliqué deux techniques de diffusion en résonance magnétique qui permettent de détecter les changements de microstructure cérébrale et de connexions anatomiques suite à une attaque : IRM par tenseur de diffusion (DT-IR1V) et IRM par spectre de diffusion (DSIRM). Grâce à la DT-IRM hautement sophistiquée, nous avons pu effectuer une étude de follow-up à long terme chez des souris ayant subi une ischémie cérébrale transitoire, qui a mis en évidence que les changements microstructurels dans l'infarctus ainsi que la modification des voies anatomiques sont corrélés à la récupération fonctionnelle. De plus, nous avons observé une réorganisation axonale dans des aires où l'on détecte une augmentation d'expression d'une protéine de plasticité exprimée dans le cône de croissance des axones (GAP-43). En appliquant la même technique, nous avons également effectué deux études, rétrospective et prospective, qui ont montré comment des paramètres obtenus avec DT-IRM peuvent monitorer la rapidité de récupération et mettre en évidence un changement structurel dans les voies impliquées dans les manifestations cliniques. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons décrit la manière dont la DS-IRM peut être appliquée dans le domaine expérimental et clinique pour étudier la plasticité cérébrale après ischémie. Abstract Ischemic stroke is the third leading cause of death in developed countries and the disease responsible for the most serious long-term neurological disability. Understanding molecular and anatomical basis of stroke recovery is, therefore, extremely important and represents a major field of interest for basic and clinical research. Over the past 2 decades, much attention has focused on counteracting noxious effect of the ischemic insult with exogenous substances (oxygen radical scavengers, AMPA and NMDA receptor antagonists, MMP inhibitors etc) which were successfully tested in the experimental field -but which turned out to have controversial effects in clinical trials. A different but complementary approach to address ischemia pathophysiology and treatment options is to stimulate and investigate intrinsic mechanisms of neuroprotection using the "preconditioning effect": applying a brief insult protects against subsequent prolonged and detrimental ischemic episodes, by up-regulating powerful endogenous pathways that increase resistance to injury. We believe that this approach might offer an important insight into the molecular mechanisms responsible for endogenous neuroprotection. In addition, results from preconditioning model experiment may provide new strategies for making brain cells "naturally" more resistant to ischemic injury and accelerate their rate of functional recovery. In the first part of this work, we investigated down-stream mechanisms of neuroprotection induced by thrombin, a well known neuroprotectant which has been demonstrated to reduce stroke-induced cell death in vitro and in vivo experimental models. Using microsurgery to induce transient brain ischemia in mice, we showed that thrombin can stimulate both MAPK and JNK intracellular pathways through a molecular biology approach and an in vivo analysis of a specific kinase inhibitor (L JNK1). We also studied thrombin's impact on functional recovery demonstrating that these molecular mechanisms could enhance post-stroke motor outcome. The second part of this study is based on investigating the anatomical basis underlying connectivity remodeling, leading to functional improvement after stroke. To do this, we used both a mouse model of experimental ischemia and human subjects with stroke. It is known from previous data published in literature, that the brain adapts to damage in a way that attempts to preserve motor function. The result of this reorganization is a new functional and structural architecture, which will vary from patient to patient depending on the anatomy of the damage, the biological age of the patient and the chronicity of the lesion. The success of any given therapeutic intervention will depend on how well it interacts with this new architecture. For this reason, we applied diffusion magnetic resonance techniques able to detect micro-structural and connectivity changes following an ischemic lesion: diffusion tensor MRI (DT-MRI) and diffusion spectrum MRI (DS-MRI). Using DT-MRI, we performed along-term follow up study of stroke mice which showed how diffusion changes in the stroke region and fiber tract remodeling is correlating with stroke recovery. In addition, axonal reorganization is shown in areas of increased plasticity related protein expression (GAP 43, growth axonal cone related protein). Applying the same technique, we then performed a retrospective and a prospective study in humans demonstrating how specific DTI parameters could help to monitor the speed of recovery and show longitudinal changes in damaged tracts involved in clinical symptoms. Finally, in the last part of this study we showed how DS-MRI could be applied both to experimental and human stroke and which perspectives it can open to further investigate post stroke plasticity.

Stress et satisfaction au travail des cadres intermédiaires dans les hôpitaux de Suisse romande dans un contexte de réformes

L'article vise à identifier les déterminants du stress et de la satisfaction au travail parmi une population de cadres intermédiaires exerçant dans des établissements hospitaliers de Suisse romande. Il vise également à combler un vide dans les études sur les administrations publiques suisses: mieux saisir, au moyen d'une enquête par questionnaires, quels sont les principales variables qui se trouvent à l'origine de la satisfaction au travail et qui peuvent être des ressources pour les acteurs afin de faire face au stress. L'étude confirme des résultats de recherches internationales, montrant que des facteurs relationnels et des caractéristiques du travail sont les principaux déterminants du stress et de la satisfaction. Elle souligne dès lors l'importance d'adopter une lecture « structurelle » et « organisationnelle » du stress et de la satisfaction, soulignant aussi que les caractéristiques individuelles de la population étudiée n'expliquent qu'une très infime variance de ces phénomènes.

Multimodal MRI analysis of structural and functional networks in the human brain : application to two clinical studies : driving abilities under THC intoxication and early white matter changes in FXTAS

Les approches multimodales dans l'imagerie cérébrale non invasive sont de plus en plus considérées comme un outil indispensable pour la compréhension des différents aspects de la structure et de la fonction cérébrale. Grâce aux progrès des techniques d'acquisition des images de Resonance Magnetique et aux nouveaux outils pour le traitement des données, il est désormais possible de mesurer plusieurs paramètres sensibles aux différentes caractéristiques des tissues cérébraux. Ces progrès permettent, par exemple, d'étudier les substrats anatomiques qui sont à la base des processus cognitifs ou de discerner au niveau purement structurel les phénomènes dégénératifs et développementaux. Cette thèse met en évidence l'importance de l'utilisation d'une approche multimodale pour étudier les différents aspects de la dynamique cérébrale grâce à l'application de cette approche à deux études cliniques: l'évaluation structurelle et fonctionnelle des effets aigus du cannabis fumé chez des consommateurs réguliers et occasionnels, et l'évaluation de l'intégrité de la substance grise et blanche chez des jeunes porteurs de la prémutations du gène FMR1 à risque de développer le FXTAS (Fragile-X Tremor Ataxia Syndrome). Nous avons montré que chez les fumeurs occasionnels de cannabis, même à faible concentration du principal composant psychoactif (THC) dans le sang, la performance lors d'une tâche visuo-motrice est fortement diminuée, et qu'il y a des changements dans l'activité des trois réseaux cérébraux impliqués dans les processus cognitifs: le réseau de saillance, le réseau du contrôle exécutif, et le réseau actif par défaut (Default Mode). Les sujets ne sont pas en mesure de saisir les saillances dans l'environnement et de focaliser leur attention sur la tâche. L'augmentation de la réponse hémodynamique dans le cortex cingulaire antérieur suggère une augmentation de l'activité introspective. Une investigation des ef¬fets au niveau cérébral d'une exposition prolongée au cannabis, montre des changements persistants de la substance grise dans les régions associées à la mémoire et au traitement des émotions. Le niveau d'atrophie dans ces structures corrèle avec la consommation de cannabis au cours des trois mois précédant l'étude. Dans la deuxième étude, nous démontrons des altérations structurelles des décennies avant l'apparition du syndrome FXTAS chez des sujets jeunes, asymptomatiques, et porteurs de la prémutation du gène FMR1. Les modifications trouvées peuvent être liées à deux mécanismes différents. Les altérations dans le réseau moteur du cervelet et dans la fimbria de l'hippocampe, suggèrent un effet développemental de la prémutation. Elles incluent aussi une atrophie de la substance grise du lobule VI du cervelet et l'altération des propriétés tissulaires de la substance blanche des projections afférentes correspondantes aux pédoncules cérébelleux moyens. Les lésions diffuses de la substance blanche cérébrale peu¬vent être un marquer précoce du développement de la maladie, car elles sont liées à un phénomène dégénératif qui précède l'apparition des symptômes du FXTAS. - Multimodal brain imaging is becoming a leading tool for understanding different aspects of brain structure and function. Thanks to the advances in Magnetic Resonance imaging (MRI) acquisition schemes and data processing techniques, it is now possible to measure different parameters sensitive to different tissue characteristics. This allows for example to investigate anatomical substrates underlying cognitive processing, or to disentangle, at a pure structural level degeneration and developmental processes. This thesis highlights the importance of using a multimodal approach for investigating different aspects of brain dynamics by applying this approach to two clinical studies: functional and structural assessment of the acute effects of cannabis smoking in regular and occasional users, and grey and white matter assessment in young FMR1 premutation carriers at risk of developing FXTAS. We demonstrate that in occasional smokers cannabis smoking, even at low concentration of the main psychoactive component (THC) in the blood, strongly decrease subjects' performance on a visuo-motor tracking task, and globally alters the activity of the three brain networks involved in cognitive processing: the Salience, the Control Executive, and the Default Mode networks. Subjects are unable to capture saliences in the environment and to orient attention to the task; the increase in Hemodynamic Response in the Anterior Cingulate Cortex suggests an increase in self-oriented mental activity. A further investigation on long term exposure to cannabis, shows a persistent grey matter modification in brain regions associated with memory and affective processing. The degree of atrophy in these structures also correlates with the estimation of drug use in the three months prior the participation to the study. In the second study we demonstrate structural changes in young asymptomatic premutation carriers decades before the onset of FXTAS that might be related to two different mechanisms. Alteration of the cerebellar motor network and of the hippocampal fimbria/ fornix, may reflect a potential neurodevelopmental effect of the premutation. These include grey matter atrophy in lobule VI and modification of white matter tissue property in the corresponding afferent projections through the Middle Cerebellar Peduncles. Diffuse hemispheric white matter lesions that seem to appear closer to the onset of FXTAS and be related to a neurodegenerative phenomenon may mark the imminent onset of FXTAS.