Flora virginica, exhibens plantas quas v. c. Johannes Clayton in Virginia observavit atque collegit. Easdem methodo sexuali disposuit, ad genera propria retulit, nominibus specificis insignivit, & minus cognitas descripsit Joh. Fred. Gronovius ...

Paged continuously.

Eastern oysters (Crassostrea virginica) as an indicator for restoration of Everglades Ecosystems

The Comprehensive Everglades Restoration Plan (CERP) attempts to restore hydrology in the Northern and Southern Estuaries of Florida. Reefs of the Eastern oyster Crassostrea virginica are a dominant feature of the estuaries along the Southwest Florida coast. Oysters are benthic, sessile, filter-feeding organisms that provide ecosystem services by filtering the water column and providing food, shelter and habitat for associated organisms. As such, the species is an excellent sentinel organism for examining the impacts of restoration on estuarine ecosystems. The implementation of CERP attempts to improve: the hydrology and spatial and structural characteristics of oyster reefs, the recruitment and survivorship of C. virginica, and the reef-associated communities of organisms. This project links biological responses and environmental conditions relative to hydrological changes as a means of assessing positive or negative trends in oyster responses and population trends. Using oyster responses, we have developed a communication tool (i.e., Stoplight Report Card) based on CERP performance measures that can distinguish between responses to restoration and natural patterns. The Stoplight Report Card system is a communication tool that uses Monitoring and Assessment Program (MAP) performance measures to grade an estuary's response to changes brought about by anthropogenic input or restoration activities. The Stoplight Report Card consists of both a suitability index score for each organism metric as well as a trend score (− decreasing trend, +/− no change in trend, and + increasing trend). Based on these two measures, a component score (e.g., living density) is calculated by averaging the suitability index score and the trend score. The final index score is obtained by taking the geometric score of each component, which is then translated into a stoplight color for success (green), caution (yellow), or failure (red). Based on the data available for oyster populations and the responses of oysters in the Caloosahatchee Estuary, the system is currently at stage “caution.” This communication tool instantly conveys the status of the indicator and the suitability, while trend curves provide information on progress towards reaching a target. Furthermore, the tool has the advantage of being able to be applied regionally, by species, and collectively, in concert with other species, system-wide.

Seawater carbonate chemistry and survival of mollusks: Mercenaria mercenaria, Argopecten irradians, and Crassostrea virginica during experiments, 2009

We present experiments that examined the metamorphosis, growth, and survivorship of larvae from three species of commercially and ecologically valuable shellfish (Mercenaria mercenaria, Argopecten irradians, and Crassostrea virginica) at the levels of CO2 projected to occur during the 21st century and beyond. Under CO2 concentrations estimated to occur later this century (~66 Pa, 650 ppm), M. mercenaria and A. irradians larvae exhibited dramatic declines (>50%) in survivorship as well as significantly delayed metamorphosis and significantly smaller sizes. Although C. virginica larvae also experienced lowered growth and delayed metamorphosis at ~66 Pa CO2, their survival was only diminished at ~152 Pa CO2. The extreme sensitivity of larval stages of shellfish to enhanced levels of CO2 indicates that current and future increases in pelagic CO2 concentrations may deplete or alter the composition of shellfish populations in coastal ecosystems.

Seawater carbonate chemistry and calcification rate of eastern oyster Crassostrea virginica, 2011

Anthropogenic carbon dioxide (CO2) emissions reduce pH of marine waters due to the absorption of atmospheric CO2 and formation of carbonic acid. Estuarine waters are more susceptible to acidification because they are subject to multiple acid sources and are less buffered than marine waters. Consequently, estuarine shell forming species may experience acidification sooner than marine species although the tolerance of estuarine calcifiers to pH changes is poorly understood. We analyzed 23 years of Chesapeake Bay water quality monitoring data and found that daytime average pH significantly decreased across polyhaline waters although pH has not significantly changed across mesohaline waters. In some tributaries that once supported large oyster populations, pH is increasing. Current average conditions within some tributaries however correspond to values that we found in laboratory studies to reduce oyster biocalcification rates or resulted in net shell dissolution. Calcification rates of juvenile eastern oysters, Crassostrea virginica, were measured in laboratory studies in a three-way factorial design with 3 pH levels, two salinities, and two temperatures. Biocalcification declined significantly with a reduction of ~0.5 pH units and higher temperature and salinity mitigated the decrease in biocalcification.

Impacts of Deepwater Horizon oil and associated dispersant on early development of the Eastern oyster Crassostrea virginica

The explosion of the Deepwater Horizon (DWH) oil platform resulted in large amounts of crude oil and dispersant Corexit 9500A® released into the Gulf of Mexico and coincided with the spawning season of the oyster, Crassostrea virginica. The effects of exposing gametes and embryos of C. virginica to dispersant alone (Corexit), mechanically (HEWAF) and chemically dispersed (CEWAF) DWH oil were evaluated. Fertilization success and the morphological development, growth, and survival of larvae were assessed. Gamete exposure reduced fertilization (HEWAF: EC201 h = 1650 μg tPAH50 L− 1; CEWAF: EC201 h = 19.4 μg tPAH50 L− 1; Corexit: EC201 h = 6.9 mg L− 1). CEWAF and Corexit showed a similar toxicity on early life stages at equivalent nominal concentrations. Oysters exposed from gametes to CEWAF and Corexit experienced more deleterious effects than oysters exposed from embryos. Results suggest the presence of oil and dispersant during oyster spawning season may interfere with larval development and subsequent recruitment.

Complete genomic sequence of a Rubus yellow net virus isolate and detection of genome-wide pararetrovirus-derived small RNAs

Rubus yellow net virus (RYNV) was cloned and sequenced from a red raspberry (Rubus idaeus L.) plant exhibiting symptoms of mosaic and mottling in the leaves. Its genomic sequence indicates that it is a distinct member of the genus Badnavirus, with 7932. bp and seven ORFs, the first three corresponding in size and location to the ORFs found in the type member Commelina yellow mottle virus. Bioinformatic analysis of the genomic sequence detected several features including nucleic acid binding motifs, multiple zinc finger-like sequences and domains associated with cellular signaling. Subsequent sequencing of the small RNAs (sRNAs) from RYNV-infected R. idaeus leaf tissue was used to determine any RYNV sequences targeted by RNA silencing and identified abundant virus-derived small RNAs (vsRNAs). The majority of the vsRNAs were 22-nt in length. We observed a highly uneven genome-wide distribution of vsRNAs with strong clustering to small defined regions distributed over both strands of the RYNV genome. Together, our data show that sequences of the aphid-transmitted pararetrovirus RYNV are targeted in red raspberry by the interfering RNA pathway, a predominant antiviral defense mechanism in plants. © 2013.

Transferability of cupped oyster EST (Expressed Sequence Tag)-derived SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers to related crassostrea and ostrea species

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are widely acknowledged as the marker of choice for many genetic and genomic applications because they show co-dominant inheritance, are highly abundant across genomes and are suitable for high-throughput genotyping. Here we evaluated the applicability of SNP markers developed from Crassostrea gigas and C. virginica expressed sequence tags (ESTs) in closely related Crassostrea and Ostrea species. A total of 213 putative interspecific level SNPs were identified from re-sequencing data in six amplicons, yielding on average of one interspecific level SNP per seven bp. High polymorphism levels were observed and the high success rate of transferability show that genic EST-derived SNP markers provide an efficient method for rapid marker development and SNP discovery in closely related oyster species. The six EST-SNP markers identified here will provide useful molecular tools for addressing questions in molecular ecology and evolution studies including for stock analysis (pedigree monitoring) in related oyster taxa.

Influencia del frijol común (Phaseolus vulgaris L.) sobre el comportamiento de la cenosis

Con el objeto de determinar el tamaño de parcela (muestra) que nos señale el mayor número de especies de malezas que compiten con los cultivos en la finca experimental “la compañía”, describir e identificar las especies de, malezas que más proliferan en dicha finca, durante la primera de 1989, se realizó un trabajo de investigación en dicho centro experimental. Se utilizó la técnica propuesta por Braum-Blanquet de "parcela mínima”. Se muestrearon parcelas de I. 3, 9, 18. 27, y 36 m2. Se determinó que el área de parcela de la muestra debe ser de 18 m2, ya que esta representa el 95%de las especies existentes en la finca. A la par se desarrollaron experimentos de campo con el propósito de determinar las asociaciones de malezas: determinar y conocer el comportamiento de las malezas en presencia y ausencia del cultivo de frijol. Para lograr este objetivo se utilizó un área de 160 m2 donde se establecieron 4 parcelas de 40 m2, estas parcelas a su vez se sub-dividieron en 12 sub-parcelas de 0.5 m2 de superficie, distribuidas al azar. El arreglo de las parcelas fue de forma intercalada. Las parcela 1 y 3 fueron sembradas con frijol y las parcelas 2 y 4 sin frijol. En las sub-parcelas 1, 2, 3 y 4 se realizaron 9 muestreos realizados semanalmente, tomando los siguientes datos, altura de planta y número de individuos. Las sub-parcelas restantes se establecieron con el propósito de evaluar el peso fresco de las malezas, para ello se procedió a cortar las malezas a partir de los 14 días después de la siembra iniciando con la sub-parcela 5, continuando 21 días después de la siembra con la sub-parcela 6 y así sucesivamente hasta finalizar con la sub-parcela 12 a los 63 días después de la siembra. Para lograr este objetivo se separaron las especies principales, a las cuales se les torno el peso por separado, el resto de las especies se pesaron por grupo, siendo estos: otras hojas ancha, otras especies y Poaceas. Los resultados obtenidos se resumen de la manera siguiente: la vegetación natural estuvo conformado por 25 especies que corresponden a 22 generas y 10 familias. Las especies dicotiledóneas representan el 64 % del total de malezas y las especies monocotiledóneas conforman el 36 %. Las especies que alcanzaron mayor abundancia en su mayoría son dicotiledóneas a excepción de S. halepense que también presento abundancia en los muestreos realizados. La especies de mayor adaptabilidad en presencia del cultivo es Melampodium divaricatum. Especies como Melampodium divaricatum; Commelina diffussa y Sorghum halepense ejercieron mayor competencia por espacio con el cultivo, en cambio el resto de especies lograron desarrollarse mejor en ausencia del cultivo. La altura de las malezas se vio influenciada por la presencia del cultivo: la mayoría de las especies crecieron mejor en ausencia del cultivo, excepto Melampodium divaricatum, y Commelina difussa. Las especies presentes obtuvieron mayor peso en ausencia del cultivo a diferencia de Melampodium divaricatum.

Susceptibilidad de especies nobles a diferentes herbicidas, en diferentes dosis en café (Coffea arabica L.)

Con el propósito de evaluar la susceptibilidad de especies nobles a diferentes dosis de herbicidas en cafetales, se condujo el presente trabajo que se llevó a cabo en el Centro Experimental de Café del Pacifico "Mauricio López Munguía", ubicado en Municipio de Masatepe, departamento de Masaya y en la Finca "El doble" Municipio del Crucero, departamento de Managua, a partir de Mayo de1991a Enero de 1992. Las especies nobles estudiadas fueron Commelina díffusa, Panicun trichoides y Desmodium ovalifolium sembradas en las calles del cafeto. Commelina diffusa y Oplismenus burmannii, establecidas de forma natural en las calles del cafeto. Se probaron tres herbicidas: Paraquat (Gramoxone), Glifosato (Round up) y 2.4-D evaluándose en cada uno tres dosis que se escogieron partiendo de las dosis comerciales utilizadas por los caficultores. Se usó diseño de bloques completos al azar con arreglo en parcelas subdivididas con 4 repeticiones, 108 tratamientos para el experimento de coberturas sembradas y arreglo en parcelas divididas con 3 repeticiones, 27 tratamientos para Oplismenus burmannii y 3 repeticiones, 18 tratamientos para Commelina diffusa.Se evaluó porcentaje de susceptibilidad a los 8,15,30,45 y 60 días después de aplicación y porcentaje de recuperación a los 45 y 60 días después de aplicación para el experimento de coberturas sembradas. En los otros dos experimentos se tomó porcentaje de susceptibilidad a los 15,30 y 45 días después de aplicación y porcentaje de recuperación a los 45 días después de aplicación. Las diferentes dosis ensayadas no mostraron diferencias significativas. Oplismenus burmannii presentó el menor grado de susceptibilidad y el mayor porcentaje de recuperación a los herbicidas. Commelina diffusa presentó el mayor grado de susceptibilidad a los herbicidas ensayados. 2,4-D no ejerció ningún efecto sobre Oplismenus burmatmii y Panicum trichoides. De forma general en donde se aplicó Paraquat se observó el mayor porcentaje de recuperación de las especies nobles.

Efecto del asocio de dos variedades y dos densidades de frijol común (Phaseolus vulgaris L.), sobre la dinámica de las malezas y el crecimiento y rendimiento del café (Coffea arabica L.) en diferentes épocas de siembra

Durante las épocas de primera y postrera del ciclo agrícola 1994/1995 , se llevó a cabo el presente trabajo con el objetivo de estudiar el efecto de dos variedades de frijol común (Phaseolus vulgaris L.) : Brunca y Dor 364 , así como de dos densidades: 30 y 45 semillas por metro cuadrado; sobre la dinámica de las malezas, el crecimiento y rendimiento del café (Coffea arabica L.) variedad Catuaí amarillo. de nueve años de edad, bajo sistema de asocio, el cual se realizó en el Centro Experimental del Café del Pacifico - Jardín Botánico - en Masatepe, Masaya Nicaragua. Al evaluarse las variables altura de planta, diámetro del tallo, longitud de bandolas, número de ramas pares y rendimiento del café. se encontró que no hubo diterencia estadística significativa en el efecto de variedades y densidades de frijol sobre el café. Los tratamientos mostraron abundancia de malezas al inicio. alrededor de 250 individuos por metro cuadrado y al final menores de 100 individuos por metro cuadrado y fue la variedad Brunca y la densidad 45 semillas por metro cuadrado las que menor diversidad permitieron con 10 y 9 especies por metro cuadrado. Sobresaliendo en el asocio las especies Panicum trichoides Swarts. Oplismenus burmannii Berg y Commelina diffusa Burm F. Con respecto a los rendimientos. fueron precisamente la misma variedad y densidad las que mostraron mejores resultados tanto para café con valores de 1 558.60 y 1 331 kg/ha: así como para el frijol con 435 y 329 kg/ha de asocio respectivamente en el periodo de primera. En postrera fue siempre la variedad Brunca la que obtuvo los mayores rendimientos de frijol con 430 kg/ha

Tratamiento silvicultural, monitoreo y repoblación con iguana (Iguana iguana) en bosque de galeria de la unidad productiva hacienda Las Mercedes sur del lago Xolotlán

El estudio fue realizado en la Unidad Productiva “Hacienda Las Mercedes” patrimonio de la Universidad Nacional Agraria (UNA). El objetivo fue contribuir a la conservación del Bosque de Galería mediante la aplicación del tratamiento silvicultural de enriquecimiento y repoblación con la especie Iguana iguana. La metodología se desarrolló iniciando con una visita de reconocimiento a La ribera de la Presa Los Sábalos (sitio de la plantación forestal) y a la ribera Presa Las Mercedes (sitio para la repoblación con iguanas). El experimento de de repoblación forestal inició con el establecimiento de seis parcelas con especies forestales ( Pithecellobium saman (jacq) Bent, Swietenia humilis Zucc, Guazuma ulmifolia Lam, Calycophyllum candidissimum (Vahl) DC, Albizzia caribeae (Urb).B&R y Dalbergia retusa Hemsl) en un área de 0.22 ha. Dentro de cada parcela se ubicó una parcela útil (16 individuos) para realizar el levantamiento de datos dasométricos (altura cm, diámetro basal mm y sobrevivencia) y análisis estadístico. Luego se identificaron las especies vegetales presentes en la plantación y se monitoreo (caracterización del sitio) de Iguana iguana (Iguana verde) y Ctenosaura similis (Garrobo negro también conocida como iguana rayada), para lo cual se establecieron seis transeptos (156 m, 200 m, 209 m, 212 m, 190 m y 198 m) en 4.9 ha con la aplicación del método de King. Posteriormente se estableció la repoblación con la especie Iguana iguana; para ello se introdujeron 18 hembras y 6 machos. Por último se realizo el procesamiento y análisis de la información obtenida. Los mayores incrementos promedios totales y mensuales en altura y diámetro basal se presentaron en C. candidissimum (Vahl) DC (21.93 cm y 3.655 cm y 0.34 mm y 0.057 mm). En la sobrevivencia los valores de excelente (100%) lo obtuvieron las especies C. candidissimum (Vahl) DC y D. retusa Hemsl y entre los buenos resultaron G. ulmifolia (76%) y S. humilis (67%). La sobrevivencia promedio de las especies forestales establecidas fue de (87 %). 10 especies vegetales fueron identificadas (Elitraria imbricata, Baltimora recta, Sida acuta, Lantara camara, Rowolfio tetrafila, Commelina difusa, Priva lappulaceae, Mimosa pudica, Datura stramonium y Solanum? americanum). En el primer monitoreo no se encontró Iguana iguana solo la Ctenosaura similis (52 individuos), observado en los transeptos 2, 4 y 6 (en sitios con árboles grandes y frondosos, distantes de la fuente de agua. Después de la repoblación, la especie Iguana iguana (51 individuos) se observó en los transectos 2, 5 y 6 (en sitios próximos a fuentes de agua, árboles pequeños. Y Ctenosaura similis (48 individuos) se observó en los transectos 2, 3, 4 y 6.

Pilot investigation of remote sensing for intertidal oyster mapping in coastal South Carolina: a methods comparison

South Carolina’s oyster reefs are a major component of the coastal landscape. Eastern oysters Crassostrea virginica are an important economic resource to the state and serve many essential functions in the environment, including water filtration, creek bank stabilization and habitat for other plants and animals. Effective conservation and management of oyster reefs is dependent on an understanding of their abundance, distribution, condition, and change over time. In South Carolina, over 95% of the state’s oyster habitat is intertidal. The current intertidal oyster reef database for South Carolina was developed by field assessment over several years. This database was completed in the early 1980s and is in need of an update to assess resource/habitat status and trends across the state. Anthropogenic factors such as coastal development and associated waterway usage (e.g., boat wakes) are suspected of significantly altering the extent and health of the state’s oyster resources. In 2002 the NOAA Coastal Services Center’s (Center) Coastal Remote Sensing Program (CRS) worked with the Marine Resources Division of the South Carolina Department of Natural Resources (SCDNR) to develop methods for mapping intertidal oyster reefs along the South Carolina coast using remote sensing technology. The objective of this project was to provide SCDNR with potential methodologies and approaches for assessing oyster resources in a more efficiently than could be accomplished through field digitizing. The project focused on the utility of high-resolution aerial imagery and on documenting the effectiveness of various analysis techniques for accomplishing the update. (PDF contains 32 pages)

Physical circulation measurements in Pamlico Sound, used to locate new oyster sanctuaries

The population of eastern oyster, C. virginica, has declined over the last century on most areas of the east and gulf coasts. North Carolina’s restoration efforts depend on the construction of subtidal oyster reefs to be used as broodstock sanctuaries in Pamlico Sound, NC. Successful restoration of the oyster population requires several thriving reefs connected as a meta-population. C. virginica has a 2-3 week larval stage, during which it gradually settles through the water column. Larvae that can travel from one reef to another during that stage form the basis of a meta-population. (PDF contains 3 pages)

Comparative study of hatching rates of African catfish (Clarias gariepinus Burchell 1822) eggs on different substrates

The hatching rates of African catfish (Clarias gariepinus) eggs on four natural substrates: the roots of Nile cabbage (Pistia stratiotes), water hyacinth (Eichhornia crassipes), pond weed (Ceratophyllum dermasum) and green grass leaves (Commelina sp.), and four artificial substrates: sisal mats, nylon mats, papyrus mats and kakaban mats, was assessed. Concrete slabs were used as control. The natural substrates performed better than the artificial ones. Pistia roots gave the best mean hatching rate of 66.2 ± 3.62%. Green grass leaves were second with a mean rate of 54.0 ± 3.46%, water hyacinth was third with 49.7 ± 3.16% and Ceratophyllum fourth with a mean of 13.0 ± 2.37%. Concrete slabs gave a mean rate of 18.6 ± 2.8%, sisal mats 18.6 ± 2.0%, papyrus 12.2 ± 1.2% and kakaban 11.8 ± 1.9%. Nylon mats were the last, with a mean rate of 4.0 ± 0.7%. The best performing natural substrates were those with the ability to float and thin fibrous roots that seemed to allow higher aeration of the eggs during incubation. The cost of using natural substrates was minimal.