Global habitat suitability models of terrestrial mammals.

Detailed large-scale information on mammal distribution has often been lacking, hindering conservation efforts. We used the information from the 2009 IUCN Red List of Threatened Species as a baseline for developing habitat suitability models for 5027 out of 5330 known terrestrial mammal species, based on their habitat relationships. We focused on the following environmental variables: land cover, elevation and hydrological features. Models were developed at 300 m resolution and limited to within species' known geographical ranges. A subset of the models was validated using points of known species occurrence. We conducted a global, fine-scale analysis of patterns of species richness. The richness of mammal species estimated by the overlap of their suitable habitat is on average one-third less than that estimated by the overlap of their geographical ranges. The highest absolute difference is found in tropical and subtropical regions in South America, Africa and Southeast Asia that are not covered by dense forest. The proportion of suitable habitat within mammal geographical ranges correlates with the IUCN Red List category to which they have been assigned, decreasing monotonically from Least Concern to Endangered. These results demonstrate the importance of fine-resolution distribution data for the development of global conservation strategies for mammals.

Transfusion practice in early trauma management

Introduction: Blood transfusions carry risks and complications. At the University Hospital of Lausanne the need for transfusion in early trauma resuscitation is based on clinical judgment and standard laboratory tests. We aimed to assess the transfusion practice for trauma patients during their early management. Method: Based on 2008 data from the Lausanne Trauma Registry of Acute Care (TRAC), we analyzed all adult trauma patients admitted to the shock room who received blood products or pro-coagulants in shock room and/or during their emergency operation. Demographics, physiological parameters and lab tests were recorded at arrival and at the end of anesthesiologic management. Coagulopathy was defined as PT <70%, PTT >60 sec, Fibrinogen <1 g/l or Thrombocytes <100 x 109 g/l. Results: In 2008, 323 trauma-patients were included in TRAC. 55 patients (17%) received blood products or pro-coagulants. 44 (83%) had an ISS >15 (med 29, IQR 10-35.5). 43 (78.2%) needed an emergency intervention. Coagulopathy was present in 25 patients (45.5%) at arrival vs. 30 (54.5%) after resuscitation (p = 0.446).

Targeted sequence capture and Ultra High Throughput sequencing for gene discovery in inherited diseases

L'introduction des technologies de séquençage de nouvelle génération est en vue de révolutionner la médecine moderne. L'impact de ces nouveaux outils a déjà contribué à la découverte de nouveaux gènes et de voies cellulaires impliqués dans la pathologie de maladies génétiques rares ou communes. En revanche, l'énorme quantité de données générées par ces systèmes ainsi que la complexité des analyses bioinformatiques nécessaires, engendre un goulet d'étranglement pour résoudre les cas les plus difficiles. L'objectif de cette thèse a été d'identifier les causes génétiques de deux maladies héréditaires utilisant ces nouvelles techniques de séquençage, couplées à des technologies d'enrichissement de gènes. Dans ce cadre, nous avons développé notre propre méthode de travail (pipeline) pour l'alignement des fragments de séquence (reads). Suite à l'identification de gènes, nous avons réalisé une analyse fonctionnelle pour élucider leur rôle dans la maladie. Dans un premier temps, nous avons étudié et identifié des mutations impliquées dans une forme récessive de la rétinite pigmentaire qui est à ce jour la dégénérescence rétinienne héréditaire la plus fréquente. En particulier, nous avons constaté que des mutations faux-sens dans le gène FAM161A étaient la cause de la rétinite pigmentaire préalablement associé avec le locus RP28. De plus, nous avons démontré que ce gène avait des fonctions au niveau du cil du photorécepteur, complétant le large spectre des cilliopathies rétiniennes héréditaires. Dans un second temps, nous avons exploré la possibilité qu'un syndrome, relativement fréquent en pédiatrie de fièvre récurrente, appelé PFAPA (acronyme de fièvre périodique avec adénite stomatite, pharyngite et cervical aphteuse) puisse avoir une origine génétique. L'étiologie de cette maladie n'étant pas claire, nous avons tenté d'identifier le spectre génétique de patients PFAPA. Comme nous n'avons pas pu mettre à jour un nouveau gène unique muté et responsable de la maladie chez tous les individus dépistés, il semblerait qu'un modèle génétique plus complexe suggérant l'implication de plusieurs gènes dans la pathologie ait été identifié chez les patients touchés. Ces gènes seraient notamment impliqués dans des processus liés à l'inflammation ce qui élargirait l'impact de ces études à d'autres maladies auto-inflammatoires.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

The proportional distribution in a cooperative model with external opportunities

[cat] En aquest article es considera un problema de cooperació entre agents on cada agent realitza una contribució (diners, capital, treball, esforç) per tal d'obtenir un benefici comú a repartir. El repartiment proporcional respecte a les contribucions és una distribució que pertany al nucli del joc cooperatiu associat. A partir d'aquest model bàsic s'introdueix un agent extern que pot realitzar una determinada aportació que serveix per avaluar el potencial benefici de cada subcoalició d'agents si aquest nou agent finalment entrés. Aquesta anàlisi pot produir que el poder relatiu dels agents hagi variat. en concret s'avalua si la distribució proporcional és encara robusta des del punt de vista de la seva pertinença al conjunt de negociació. Amb aquest objectiu, analitzem el problema utilitzant el model de joc cooperatius amb estructura de coalició. Donat que, en general, la distribució proporcional, no pertany al conjunt de negociació, s'estudia una condició suficient per a que així sigui. També enunciem una condició necessària, i finalment es proposa una condició suficient que garanteix que el repartiment proporcional és la única distribució existent dins del conjunt de negociació.

The proportional distribution in a cooperative model with external opportunities

[cat] En aquest article es considera un problema de cooperació entre agents on cada agent realitza una contribució (diners, capital, treball, esforç) per tal d'obtenir un benefici comú a repartir. El repartiment proporcional respecte a les contribucions és una distribució que pertany al nucli del joc cooperatiu associat. A partir d'aquest model bàsic s'introdueix un agent extern que pot realitzar una determinada aportació que serveix per avaluar el potencial benefici de cada subcoalició d'agents si aquest nou agent finalment entrés. Aquesta anàlisi pot produir que el poder relatiu dels agents hagi variat. en concret s'avalua si la distribució proporcional és encara robusta des del punt de vista de la seva pertinença al conjunt de negociació. Amb aquest objectiu, analitzem el problema utilitzant el model de joc cooperatius amb estructura de coalició. Donat que, en general, la distribució proporcional, no pertany al conjunt de negociació, s'estudia una condició suficient per a que així sigui. També enunciem una condició necessària, i finalment es proposa una condició suficient que garanteix que el repartiment proporcional és la única distribució existent dins del conjunt de negociació.

Dysregulated ADAM10-Mediated Processing of APP during a Critical Time Window Leads to Synaptic Deficits in Fragile X Syndrome.

The Fragile X mental retardation protein (FMRP) regulates neuronal RNA metabolism, and its absence or mutations leads to the Fragile X syndrome (FXS). The β-amyloid precursor protein (APP) is involved in Alzheimer's disease, plays a role in synapse formation, and is upregulated in intellectual disabilities. Here, we show that during mouse synaptogenesis and in human FXS fibroblasts, a dual dysregulation of APP and the α-secretase ADAM10 leads to the production of an excess of soluble APPα (sAPPα). In FXS, sAPPα signals through the metabotropic receptor that, activating the MAP kinase pathway, leads to synaptic and behavioral deficits. Modulation of ADAM10 activity in FXS reduces sAPPα levels, restoring translational control, synaptic morphology, and behavioral plasticity. Thus, proper control of ADAM10-mediated APP processing during a specific developmental postnatal stage is crucial for healthy spine formation and function(s). Downregulation of ADAM10 activity at synapses may be an effective strategy for ameliorating FXS phenotypes.

Robotic-Assisted Surgery Improves the Quality of Total Mesorectal Excision for Rectal Cancer Compared to Laparoscopy: Results of a Case-Controlled Analysis.

BACKGROUND: The use of a robotic surgical system is claimed to allow precise traction and counter-traction, especially in a narrow pelvis. Whether this translates to improvement of the quality of the resected specimen is not yet clear. The aim of the study was to compare the quality of the TME and the short-term oncological outcome between robotic and laparoscopic rectal cancer resections. METHODS: 20 consecutive robotic TME performed in a single institution for rectal cancer (Rob group) were matched 1:2 to 40 laparoscopic resections (Lap group) for gender, body mass index (BMI), and distance from anal verge on rigid proctoscopy. The quality of TME was assessed by 2 blinded and independent pathologists and reported according to international standardized guidelines. RESULTS: Both samples were well matched for gender, BMI (median 25.9 vs. 24.2 kg/m(2), p = 0.24), and level of the tumor (4.1 vs. 4.8 cm, p = 0.20). The quality of the TME was better in the Robotic group (complete TME: 95 vs. 55 %; p = 0.0003, nearly complete TME 5 vs. 37 %; p = 0.04, incomplete TME 0 vs. 8 %, p = 0.09). A trend for lower positive circumferential margin was observed in the Robotic group (10 vs. 25 %, p = 0.1). CONCLUSIONS: These results suggest that robotic-assisted surgery improves the quality of TME for rectal cancer. Whether this translates to better oncological outcome needs to be further investigated.

Usos retóricos del espacio público: la organización discursiva de un espacio en conflicto

En este artículo exploro la utilización discursiva del espacio público, entendido como un recurso retórico para la acción social localizada. A partir de extractos de documentos escritos y de entrevistas en profundidad, el análisis se centra en el uso retórico de formulaciones espaciales y construcciones de relaciones persona-lugar por parte de diversos agentes sociales e institucionales confrontados por la definición urbanística de un espacio en conflicto. La labor discursiva detectada incluye el manejo retórico de construcciones cultural e ideológicamente organizadas de la territorialidad urbana, usos argumentativos de categorías sociales localizadas y de guiones comportamentales para la elaboración de modos normativos de convivencia en el espacio público, y el empleo retórico de procesos simbólicos espacialmente arraigados. El propósito es contribuir a un examen crítico de los fenómenos socioespaciales conflictivos desde un enfoque discursivo, buscando visibilizar las tensiones sociales implicadas en el intento deliberado de controlar y ordenar el espacio urbano.

No androcentric perspective in studies of one parent families. Relections and methodological implications

This paper presents a discussion on the process that led us to a progressively developing of a specific methodological approach for research on one parent families. This process has been systematized and built from the contributions of feminist epistemologies to the methodological design and participatory forms of work. From it derives a scientific and technical contribution, internationally unpublisheduntil now: Single Parenthood and family diversity Survey (EMODIF), which we propose as a not androcentric measuring tool of single parenthood, their profiles,experiences, expectations and realities. With this article we want to offer a systematization of the implications that has had our implementation of the feminist perspective in studies of one parent families.

Distribuição da calda herbicida por pontas de pulverização agrícola utilizadas em áreas de reflorestamento com eucalipto

O trabalho teve como objetivo avaliar a distribuição de calda por pontas de pulverização hidráulicas para a aplicação de herbicidas em pré-emergência das plantas daninhas, em função do espaçamento na barra utilizada em áreas de reflorestamento com eucalipto. O experimento foi realizado no Laboratório de Ciência das Plantas Daninhas do Departamento de Fitossanidade da UNESP, Câmpus de Jaboticabal. Foram utilizados os modelos com indução de ar AIUB 025, AI 110025, TTI 110015 e DB 12002, considerando o espaçamento de 0,8; 1,0; 1,2 e 1,5 m entre eles. A avaliação da distribuição da calda pulverizada foi realizada em mesa de deposição. Pulverizou-se água com 0,1% do adjuvante não iônico alquilfenol. Os valores observados foram utilizados para a obtenção das curvas de deposição e do coeficiente de variação. Para a sobreposição de dois exemplares de pontas, conclui-se que o modelo AIUB 025 possui menores coeficientes de variação, resultando em melhores características operacionais em relação à AI 110025, TTI 110015 e DB 12002. Para a utilização de três exemplares de pontas, seguindo somente o critério da distribuição da calda, a melhor combinação foi entre AIUB 025 e DB 12002, como intercalar. A utilização da ponta intercalar aumentou significativamente o consumo de calda.

Lycopene and ß-carotene protect in vivo iron-induced oxidative stress damage in rat prostate

It has been suggested that iron overload may be carcinogenic. In the present study, we evaluated the effect of plasma and prostate carotenoid concentration on oxidative DNA damage in 12-week-old Wistar rats treated with intraperitoneal (ip) ferric nitrilotriacetate (Fe-NTA) (10 mg Fe/kg). Plasma ß-carotene and lycopene concentrations were measured as a function of time after ip injection of carotenoids (10 mg kg-1 day-1 ß-carotene or lycopene) in rats. The highest total plasma concentration was reached 3 and 6 h after ip injection of lycopene or ß-carotene, respectively. After 5 days of carotenoid treatment, lycopene and ß-carotene were present in the 0.10-0.51 nmol/g wet tissue range in the prostate. Using a sensitive method to detected 8-oxo-7,8-dihydro-2'-deoxyguanosine (8-oxodGuo) by HPLC/EC, the level of 8-oxodGuo in rat prostate DNA was significantly higher (6.3 ± 0.6 residues/10(6) dGuo) 3 h after Fe-NTA injection compared with control rats (1.7 ± 0.3 residues/10(6) dGuo). Rats supplemented with lycopene or ß-carotene for 5 days prior to Fe-NTA treatment showed a reduction of about 70% in 8-oxodGuo levels to almost control levels. Compared with control rats, the prostate of Fe-NTA-treated animals showed a 78% increase in malondialdehyde accumulation. Lycopene or ß-carotene pre-treatment almost completely prevented lipid damage. Epidemiological studies have suggested a lower risk of prostate cancer in men reporting a higher consumption of tomato products. However, before associating this effect with tomato sauce constituents, more information is required. The results described here may contribute to the understanding of the protective effects of carotenoids against iron-induced oxidative stress.

Costos asociados al soporte nutricional enteral en la unidad de cuidados intensivos, revisión de literatura

Objetivo:Describir los costos asociados al soporte nutricional enteral en pacientes adultos hospitalizados en Unidades de Cuidados Intensivos (UCI), Metodología: La elaboración de este documento se realizó en una búsqueda exhaustiva de acuerdo a las especificaciones y recomendaciones de la revisión de literatura, en MEDLINE, PUBMED, SCIENCE DIRECT, EBSCO por considerarse como bases de datos reconocidas por contener artículos de mayor fiabilidad y más usadas en el ámbito académico. Se evidencio en los 70 artículosel cumplimiento de los criterios de inclusión, enel cual se realizó un análisis de costos en el manejo del soporte nutricional enteral y se identificó la importancia del manejo de la nutrición en pacientes adultos del servicio de UCI. Resultados: De tal manera la importancia del soporte nutricional enteral, en su proceso precoz se identifica la reducción de costos y de recursos que se puede manejar ante el paciente crítico. Dentro de este marco se resalta que el soporte nutricional enteral debe ser la primera opción en paciente. Conclusión:La nutrición enteral considerada un modelo de innovación al soporte nutricional en las últimas décadas, ha evolucionado contribuyendo una adecuada alternativa de intervención y sin efectos adversos clínicos relevantes, que además mejoran la calidad de vida y contribuyen a la toma de decisiones clínicas basadas en la evidencia y en los análisis de costes con el uso racional de los recursos, así mismo, es una práctica costo- efectiva,con componente de costo- beneficio para el usuario al mejorar calidad de vida, obteniendo mayores beneficios a un menor costo.

Tratamiento de Artritis reumatoide con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa y su asociación con el desarrollo de melanoma cutáneo: revisión sistemática de la literatura y meta-análisis.

Introducción: El tratamiento con antagonistas del factor de necrosis tumoral alfa (anti TNF) ha impactado el pronóstico y la calidad de vida de los pacientes con artritis reumatoide (AR) positivamente, sin embargo, se interroga un incremento en el riesgo de desarrollar melanoma. Objetivo: Conocer la asociación entre el uso de anti TNF y el desarrollo de melanoma maligno en pacientes con AR. Metodología: Se realizó una búsqueda sistemática en MEDLINE, EMBASE, COCHRANE LIBRARY y LILACS para ensayos clínicos, estudios observacionales, revisiones y meta-análisis en pacientes adultos con diagnóstico de AR y manejo con anti TNF (Certolizumab pegol, Adalimumab, Etanercept, Infliximab y Golimumab). Resultados: 37 estudios clínicos cumplieron los criterios de inclusión para el meta-análisis, con una población de 16567 pacientes. El análisis de heterogeneidad no fue significativo (p=1), no se encontró diferencia en el riesgo entre los grupos comparados DR -0.00 (IC 95% -0.001; -0.001). Un análisis adicional de los estudios en los que se reportó al menos 1 caso de melanoma (4222 pacientes) tampoco mostró diferencia en el riesgo DR -0.00 (IC 95% -0.004 ; -0.003). Conclusión: En la evidencia disponible a la fecha no encontramos asociación significativa entre el tratamiento con anti TNF en pacientes con diagnóstico de AR y el desarrollo de melanoma cutáneo.

Análisis de supervivencia en pacientes con prótesis valvular biológica, Fundación Cardioinfantil-Instituto de Cardiología, Colombia, 2005-2013

Introducción: A partir de la década de los cincuenta el manejo de la enfermedad valvular presenta cambios significativos cuando se incorporan los reemplazos valvulares tanto mecánicos como biológicos dentro de las opciones de tratamiento quirúrgico (1). Las válvulas biológicas se desarrollaron como una alternativa que buscaba evitar los problemas relacionados con la anticoagulación y con la idea de utilizar un tejido que se comportara hemodinámicamente como el nativo. Este estudio está enfocado en establecer la sobrevida global y la libertad de reoperación de la válvula de los pacientes sometidos a reemplazo valvular aórtico y mitral biológicos en la Fundación Cardioinfantil - IC a 1, 3, 5 y 10 años. Materiales y métodos: Estudio de cohorte retrospectiva de supervivencia de pacientes sometidos a reemplazo valvular aórtico y/o mitral biológico intervenidos en la Fundación Cardioinfantil entre 2005 y 2013. Resultados: Se obtuvieron 919 pacientes incluidos en el análisis general y 876 (95,3%) pacientes con seguimiento efectivo para el análisis de sobrevida. La edad promedio fue 64años. La sobrevida a 1, 3, 5 y 10 años fue 95%,90%,85% y 69% respectivamente. El seguimiento efectivo para el desenlace reoperación fue del 55% y se encontró una libertad de reoperación del 99%, 96%, 93% y 81% a los 1, 3, 5 y 10 años. No hubo diferencias significativas entre la localización de la válvula ni en el tipo de válvula aortica empleada. Conclusiones: La sobrevida de los pacientes que son llevados a reemplazo valvular biológico en este estudio es comparable a grandes cohortes internacionales. La sobrevida de los pacientes llevados a reemplazo valvular con prótesis biológicas en posición mitral y aortica fue similar a 1, 3, 5 y 10 años.