La gestion concertée des milieux hydriques au Québec : la formation des comités d'usagers, l'étude des cas de la Table de concertation du lac Taureau, du COGEBY et du COBARIC

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Perceptions des enseignants et des parents au sujet des difficultés en lecture des élèves d'origine haïtienne des milieux défavorisés de Montréal

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La gestion concertée des milieux hydriques au Québec : la formation des comités d'usagers, l'étude des cas de la Table de concertation du lac Taureau, du COGEBY et du COBARIC

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Perceptions des enseignants et des parents au sujet des difficultés en lecture des élèves d'origine haïtienne des milieux défavorisés de Montréal

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Stratégies reproductives et sex-ratio chez le termite Cavitermes tuberosus (Emerson, 1925) -- Biologie des Organismes et Ecologie

Recently shown in some termites, Asexual Queen Succession (AQS) is a reproductive strategy in which the primary queen is replaced by numerous parthenogenetically-produced neotenic queens that mate with the primary king. In contrast, the workforce and alate dispersers are produced sexually. If the primary king is replaced by a sexually-produced neotenic son, the matings between neotenic male and females beget asymmetries in the reproductive value of alates, promoting a female-biased alate sex-ratio. Cavitermes tuberosus (Termitidae: Termitinae) is a soil-feeding tropical species, which shows parthenogenetically-produced neotenics and an AQS syndrome. Our work aims to characterize the reproductive strategies in this species by determining (i) the developmental scheme, (ii) the genetic origin of sexuals, (iii) the level of genetic structure (analysis of 65 nests distributed in 14 sites) and (iv) the alate sex-ratio.Our results show that (i) neotenic females develop from the third or fourth nymphal instar; (ii) the majority of neotenic females (82%) are parthenogenetically-produced while only 2% of female alates are so; (iii) nests are differentiated within sites, indicating that the foundation of new nests mainly occurs by nuptial flights; (iv) numerical sex-ratio of alate-destined sexuals is balanced (SRN=0.509, IC95%=0.497-0.522) while investment sex-ratio is slightly female-biased (SRE=0.529, IC95%=0.517-0.542). Altogether, our results demonstrate AQS and its implications in C. tuberosus, and reveal particularities compared to other species in which AQS has been demonstrated: neotenic-headed nests are less frequent than primary-headed ones and neotenic females never become physogastric. AQS is found in various ecological contexts and seems phylogenetically more widespread than previously thought. This strategy shows some evolutionary advantages but these seem to differ depending on species.

Stratégie d'élaboration d'un plan de conservation des milieux humides de la MRC des Pays-d'en-Haut

La municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut, située dans les Laurentides possède, sur son territoire, de nombreux milieux humides. Ils subissent une forte pression anthropique due au développement domiciliaire et à la croissance démographique dans la région, ayant pour conséquence la perte continue de superficie de milieux humides. Les biens et services écologiques qu’ils procurent à la société, qu’ils soient d’ordre économique, écologique, culturel ou social, sont autant d’arguments ayant poussé la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut à mieux connaitre et protéger ces milieux sensibles. Dans l’optique de réaliser une meilleure gestion du territoire, en dotant toutes ses municipalités d’un outil d’information et d’aide à la décision fiable et à jour, répondant de manière adéquate aux besoins des gestionnaires du territoire impliqués dans l’aménagement, la protection et la mise en valeur des espaces naturels, la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut veut réaliser un plan de conservation des milieux humides sur l’ensemble de son territoire. Un tel plan permet non seulement de favoriser l’intégration des milieux humides d’intérêt à la planification territoriale, mais peut également faciliter la préparation des demandes d’autorisations exigées par le Ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, en vertu de la Loi sur la qualité de l’environnement et de la Loi concernant des mesures de compensation pour la réalisation de projets affectant un milieu humide ou hydrique. Afin de rédiger ce plan de conservation, plusieurs étapes sont nécessaires. Premièrement, des campagnes d’inventaire et de caractérisation ont eu lieu lors des dernières années. Deuxièmement, une cartographie détaillée des milieux humides a été réalisée. L’étape suivante consistait à développer une manière d’évaluer la valeur des écosystèmes humides dans le but de les prioriser. La démarche méthodologique d’évaluation des milieux humides représente le cœur d’un plan de conservation. Il fallait qu’elle se base sur des critères fiables et quantifiables. Un des objectifs principaux de cet essai était de proposer une méthodologie en se basant sur des sources scientifiques reconnues et crédibles. Aussi, la méthodologie proposée repose sur l’évaluation des valeurs écologique, économique et socioculturelle par la prise en compte des biens et services écosystémiques. L’autre objectif de l’essai était de mieux comprendre et apprivoiser les aspects législatifs relatifs à la protection des milieux humides. Une revue des lois et règlements fédéraux, provinciaux et municipaux a été faite. Un examen de la doctrine juridique est venu compléter l’analyse. Finalement, des constats sur la démarche et sur les aspects juridiques ont été faits, et des recommandations ont été formulées afin que la municipalité régionale de comté des Pays-d'en-Haut et les municipalités poursuivent leur démarche visant la protection et la conservation des milieux humides.

L'aménagement durable des milieux ruraux québécois

Au Québec, comme ailleurs au Canada et sur la planète, le monde s’urbanise et c’est maintenant plus de la moitié de la population qui habite en ville. Malgré tout, c’est plus du quart de la population québécoise qui vit encore aujourd’hui dans un milieu rural. Cet essai a comme objectif général de dégager les critères nécessaires à la réussite pour un aménagement durable des milieux ruraux québécois. Les critères ainsi dégagés sont présentés en fonction des différentes échelles d’intervention en aménagement du territoire qui ont été développées en tenant compte du contexte rural dans lequel s’inscrit cet essai. De nos jours, les milieux ruraux québécois sont en pleine mutation. Au-delà des importants changements démographiques et économiques, c’est tout l’aménagement, l’occupation et le rapport au territoire qui se métamorphose. Dévitalisation, pressions sur les écosystèmes et sur la zone agricole, banalisation des paysages, dégradation du patrimoine, perte du sentiment d’appartenance et diminution du bien-être collectif sont quelques-uns des éléments annonciateurs d’un aménagement territorial qui n’est pas soutenable. Malgré les menaces qui planent, la viabilité de l’occupation du territoire ne semble pas être une priorité pour les décideurs et bon nombre de citoyens, qu’ils soient ruraux ou urbains. Or, bien que les impacts liés à l’aménagement et l’occupation du territoire sur la qualité de vie des citoyens et sur les milieux naturels soient différents à la campagne qu’en ville, les municipalités et les régions rurales ont elles aussi la possibilité de se développer de façon durable. Après la réalisation d’un portrait du milieu rural québécois, une mise en contexte définissant quelques concepts clés est faite, où sont notamment expliquées les échelles d’intervention en matière d’aménagement du territoire. Par la suite, un état des lieux est réalisé et les problématiques de l’aménagement actuel des milieux ruraux québécois sont dégagées. Puis, en fonction des échelles d’intervention retenues, un recensement des bonnes pratiques en matière d’aménagement durable des milieux ruraux québécois est réalisé. Ainsi, pour les collectivités rurales, il est tout d’abord préconisé de mettre en œuvre les bonnes pratiques exposées. D’autres recommandations s’attardent à certains éléments jugés nécessaires à la mise en œuvre de ces bonnes pratiques. Parmi celles-ci, on note la reconnaissance de l’importance des milieux ruraux, la puissance de la mobilisation, la force du caractère rural patrimonial, puis la conjugaison souhaitable de l’innovation et de l’adaptation. Sans aucun doute, cette nouvelle approche visant une occupation et un aménagement durable du territoire rural peut représenter un changement de paradigme pour la collectivité. C’est pourquoi l’aménagement des milieux ruraux québécois doit se faire de façon solidaire, avec intelligence et cohérence.

La protection des milieux humides et hydriques dans le cadre du régime d'autorisation environnementale du ministère du Développement durable, de l'Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques : le cas de la Montérégie

La destruction et la dégradation des milieux humides et hydriques dans les zones fortement peuplées font en sorte que les écosystèmes ne peuvent plus supporter les activités anthropiques. Conséquemment, la société ne peut plus bénéficier autant des biens et services écosystémiques rendus par ces milieux. Le ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques, qui occupe une place centrale dans la gestion des milieux naturels, ne les protège pas adéquatement. Pourtant, le régime d’autorisation environnementale est un levier significatif dans la protection des écosystèmes. Les analystes du secteur hydrique et naturel, qui analysent les demandes de certificat d’autorisation pour les projets réalisés dans les milieux naturels, sont bien positionnés pour répondre à cette problématique, mais ne possèdent pas tous les outils nécessaires pour ce faire. Le cas de la Montérégie est abordé en particulier pour témoigner de l’importance d’agir dans les régions du Québec où les pressions anthropiques sont les plus grandes. L’objectif de cet essai est de fournir des recommandations dans le but de protéger les milieux humides et hydriques à la hauteur de leur importance sur le plan écosystémique, social et économique. Les recommandations sont émises sur la base d’une analyse critique des concepts biologiques, du cadre légal et réglementaire, et du contexte organisationnel, qui ont une influence sur le régime d’autorisation environnementale du Ministère. L’analyse du contexte entourant ce régime d’autorisation démontre que plusieurs lacunes posent un frein à la protection adéquate des milieux humides et hydriques, et ce, à plusieurs niveaux. De cette analyse, il en ressort plusieurs recommandations pour protéger adéquatement ces milieux : réviser puis harmoniser la vision et la mission du Ministère, réviser et communiquer la définition de la notion d’environnement en tenant compte des enjeux actuels, acquérir des connaissances suffisantes pour dresser un portrait de la situation des milieux naturels, utiliser un mode de gestion adapté aux écosystèmes, améliorer les outils et leur application, profiter de la modernisation du régime d’autorisation environnementale pour améliorer le régime actuel sur le plan de la protection des écosystèmes et diffuser l’information pour mieux intégrer la population dans la gestion de l’environnement.

L'importance de la communication dans le le transfert des savoirs en milieux interculturels : une expérience de travail au Burkina Faso appuyée d'une recension d'écrits

Cet essai a pour objet de communiquer une expérience de travail vécue dans le cadre d'un projet de coopération échelonné sur trois ans, au Burkina Faso. Il a impliqué deux institutions d'enseignement de niveau pré-universitaire : l'École nationale de santé publique (ENSP) du Burkina Faso et ses professeurs, et le Cégep François-Xavier Garneau de Québec et deux professeurs de Soins infirmiers, dont moi-même. J'ai tenu à classer sous des aspects particuliers les propos qui vont suivre afin d'en faciliter la compréhension pour le lecteur. Je commencerai d'abord par identifier les plus grandes difficultés qui nous confrontent dès que l'on se situe dans un autre système de valeurs que le sien, le projet de coopération lui-même ainsi que mes préalables comme infirmière et professeurs pour cet engagement. Je traiterai ensuite du choc culturel qui nous attend inévitablement dans ce type d'intervention et comment ce choc de culture peut être exorcisé au profit d'un cheminement personnel. Cette réflexion tente également de démontrer l'efficacité d'un modèle d'intervention, dont les prémisses reposent sur le pilier culturel de l'Autre et aussi sur la volonté des partenaires à établir entre eux un climat de confiance et des liens qui laissent de l'espace pour l'amitié. Après seulement, si ces conditions sont présentes, il est réaliste de parler d'échanges et de transfert efficace des savoirs pour un développement durable. Un relevé d'écrits vient soutenir la problématique de ce travail. En appendices, un exposé sur le Burkina Faso est présenté en deux parties : la première partie traite des données officielles du pays et la seconde fait part de souvenirs personnels impérissables. Finalement, un court document traitant du dispositif de santé du Burkina Faso vient compléter le document.

Étude des interactions protéiques impliquant NPM-MLF1 dans la leucémie myéloïde aiguë.

Différentes translocations génomiques sont fréquemment associées à l'apparition de leucémies myéloïdes aiguës (LMA). Ces translocations génomiques résultent de l’assemblage de deux gènes conduisant à la production d'une protéine de fusion. C'est le cas de la translocation t (3; 5) (q25.1; q34) impliquant le suppresseur tumoral NPM et l'oncogène MLF1 donnant naissance à la protéine de fusion NPM-MLF1. Généralement, les gènes impliqués dans ces translocations contrôlent la croissance cellulaire, la différenciation ou la survie cellulaire. Cependant, pour NPM-MLF1 les causes du gain ou de la perte de fonction associée à la translocation demeurent inconnues car nous ne savons pas comment cette translocation peut favoriser ou participer à l'avènement de la LMA. Le but de ce travail est d’analyser le rôle de NPM-MLF1 dans le cancer et d’examiner comment son activité contribue à la leucémie en faisant des études d’interactions protéine/protéine. En effet, l’étude de la fonction d’une protéine implique souvent de connaître ses partenaires d’interactions. Pour ce faire, la technique de double hybride dans la souche de levure AH109 a été utilisée. Tout d’abord, les ADN complémentaires (ADNc) de MLF1, NPM1 et de NPM-MLF1, MLF1-Like (une partie de MLF1 de l’acide aminé 94 à 157) normaux et mutés du domaine MTG8-Like constitué des acides aminés (a.a.) 151 à 164 de MLF1 (excepté NPM) ont été clonés dans un vecteur d'expression de levure pGBKT7. Les ADNc de GFI-1, mSin3A, PLZF, HDAC1 et HDAC3 ont été clonés dans le plasmide pGADT7 de façon à créer des protéines de fusion synthétiques avec le domaine de liaison à l'ADN et de trans-activation de la protéine GAL4. Le plasmide pGBKT7 possède un gène TRP1 et pGADT7 un gène LEU2 qui permettent la sélection des clones insérés dans la levure. Aussi, le pGBKT7 a un épitope c-myc et pGADT7 un épitope HA qui permet de voir l’expression des protéines par buvardage de type Western. Après la transformation des levures les interactions protéine/protéine ont été observées en vérifiant l’expression des gènes rapporteurs HIS3, LacZ, MEL1, ADE2 de la levure en utilisant des milieux de sélection YPD/-Leu/-Trp, YPD/-Leu/-Trp/-His, YPD/-Leu/-Trp/-His/-Ade, YPD/-Leu/-Trp/+ X-Gal, YPD/-Leu/-Trp/ + X-α-Gal. Ensuite, les interactions trouvées par double-hybride ont été vérifiées dans les cellules érythroleucémiques K562 par immuno-précipitation (IP) de protéines suivies de buvardages Westerns avec les anticorps appropriés. NPM-MLF1, MLF1, MTG8, MLF1-Like surexprimés dans les cellules K562 ont été clonés dans le plasmide pOZ-FH-N. pOZ-FH-N possède un récepteur IL-2 qui permet de sélectionner les cellules qui l’expriment ainsi qu’un tag Flag-HA qui permet de voir l’expression des protéines par buvardage-Western. Les résultats du double-hybride suggèrent une interaction faible de NPM-MLF1 avec HDAC1, HDAC3 et mSin3A ainsi qu’une interaction qui semble plus évidente entre NPM-MLF1 et PLZF, GFI-1. NPM interagit avec GFI-1 et mSin3A. Aussi, MLF1 et MLF1-Like interagissent avec HDAC1, HDAC3, GFI-1, PLZF mais pas avec mSin3A. Les IP suggèrent que NPM-MLF1 interagit avec HDAC1, HDAC3, mSin3A et PLZF. MLF1 et MLF1-Like interagissent avec HDAC1, HDAC3 et mSin3A. L’interaction de NPM-MLF1 avec GFI-1, MLF1 et MLF1-Like avec PLZF et GFI-1 n’a pas encore été vérifiée par IP. Ainsi, nos observations permettent de suggérer que NPM-MF1, MLF1 et NPM pourraient jouer un rôle dans la transcription et la régulation de l’expression de certains gènes importants dans l’hématopoïèse et une variété de processus cellulaires parce qu’ils interagissent avec différents corépresseurs. En déterminant les partenaires protéiques de MLF1, NPM et NPM-MLF1, leurs fonctions et comment NPM-MLF1 influence et modifie le fonctionnement cellulaire normal; il sera possible de renverser le processus de LMA favorisé par la t (3; 5) NPM-MLF1 par la technologie d’interférence à l’ARN.

Mutagénèse semi-aléatoire au site actif de la DHFR humaine : création et caractérisation de variantes hautement résistantes au MTX.

La dihydrofolate réductase humaine (DHFRh) est une enzyme essentielle à la prolifération cellulaire. Elle réduit le dihydrofolate en tétrahydrofolate, un co-facteur impliqué dans la biosynthèse des purines et du thymidylate. La DHFRh est une cible de choix pour des agents de chimiothérapie comme le méthotrexate (MTX), inhibant spécifiquement l’enzyme ce qui mène à un arrêt de la prolifération et ultimement à la mort cellulaire. Le MTX est utilisé pour le traitement de plusieurs maladies prolifératives, incluant le cancer. La grande utilisation du MTX dans le milieu clinique a mené au développement de mécanismes de résistance, qui réduisent l’efficacité de traitement. La présente étude se penche sur l’un des mécanismes de résistance, soit des mutations dans la DHFRh qui réduisent son affinité pour le MTX, dans le but de mieux comprendre les éléments moléculaires requis pour la reconnaissance de l’inhibiteur au site actif de l’enzyme. En parallèle, nous visons à identifier des variantes plus résistantes au MTX pour leur utilisation en tant que marqueurs de sélection en culture cellulaire pour des systèmes particuliers, tel que la culture de cellules hématopoïétiques souches (CHS), qui offrent des possibilités intéressantes dans le domaine de la thérapie cellulaire. Pour étudier le rôle des différentes régions du site actif, et pour vérifier la présence d’une corrélation entre des mutations à ces régions et une augmentation de la résistance au MTX, une stratégie combinatoire a été dévelopée pour la création de plusieurs banques de variantes à des résidus du site actif à proximité du MTX lié. Les banques ont été sélectionnées in vivo dans un système bactérien en utilisant des milieux de croissance contenant des hautes concentrations de MTX. La banque DHFRh 31/34/35 généra un nombre considérable de variantes combinatoires de la DHFRh hautement résistantes au MTX. Les variantes les plus intéressantes ont été testées pour leur potentiel en tant que marqueur de sélection dans plusieurs lignées cellulaires, dont les cellules hématopoïétiques transduites. Une protection complète contre les effets cytotoxiques du MTX a été observée chez ces cellules suite à leur infection avec les variantes combinatoires. Pour mieux comprendre les causes moléculaires reliées à la résistance au MTX, des études de structure tridimensionnelle de variantes liées au MTX ont été entreprises. La résolution de la structure de la double variante F31R/Q35E lié au MTX a révélé que le phénotype de résistance était attribuable à d’importantes différences entre le site actif de la double variante et de l’enzyme native, possiblement dû à un phénomème dynamique. Une compréhension plus générale de la reconnaissance et la résistance aux antifolates a été réalisée en comparant des séquences et des structures de variantes de la DHFR résistants aux antifolates et provenant de différentes espèces. En somme, ces travaux apportent de nouveaux éléments pour la comprehension des intéractions importantes entre une enzyme et un ligand, pouvant aider au développement de nouveaux antifolates plus efficaces pour le traitement de diverses maladies. De plus, ces travaux ont généré de nouveaux gènes de résistance pouvant être utilisés en tant que marqueurs de sélection en biologie cellulaire.

Analyse des attitudes envers les sciences chez des élèves du secondaire d'origine haïtienne de milieux défavorisés de la région de Montréal

Ayant en perspective la faible représentativité des élèves d’origine haïtienne issus des milieux défavorisés de la grande région de Montréal dans les filières scientifiques à l’école secondaire et dans les orientations de carrière, cette étude vise à examiner l’incidence de caractéristiques individuelles ainsi que de facteurs associés à l’environnement familial, scolaire, socioéconomique et culturel sur les attitudes de ces élèves envers les sciences. L’analyse des données est basée sur les résultats d’un questionnaire portant sur le profil sociodémographique d’un groupe d’élèves de quatrième et cinquième année fréquentant deux écoles secondaires multiethniques de la couronne-nord de Montréal ainsi que sur des entretiens avec quinze de ces élèves qui sont d’origine haïtienne. Des entretiens ont également été réalisés avec des parents, un membre d’un organisme communautaire, des membres du personnel des écoles ainsi que des professionnels et scientifiques haïtiano-québécois dans le but de porter un regard croisé sur les différentes positions exprimées par les quinze élèves. Le modèle écosystémique de Bronfenbrenner (1979, 1986) a servi de cadre de référence permettant de dégager les pôles les plus marquants dans les attitudes envers les sciences chez les élèves d’origine haïtienne. La synthèse des opinions exprimées par les différents répondants souligne l’existence d’un environnement peu valorisant des sciences autour des élèves d’origine haïtienne. Les conditions socioéconomiques, les pratiques familiales, le statut ethnoculturel ainsi que des représentations individuelles des sciences concourent à créer et à maintenir des attitudes très peu engageantes envers les sciences chez ces élèves. L’étude met en évidence l’urgence de démystifier les sciences en brisant certains stéréotypes qui empêchent certaines catégories d’élèves d’accéder aux sciences. Elle commande aussi les politiques en matière d’éducation d’être plus ouvertes aux différences ethnoculturelles et d’explorer des manières dynamiques de rendre la culture scientifique accessible à tous les groupes sociaux.

Rapport des parents aux devoirs à la maison : milieux favorisés et milieux défavorisés

Cette recherche vise à voir s’il existe une différence entre les familles favorisées et celles défavorisées en ce qui concerne le rapport qu’elles entretiennent avec les devoirs à la maison. D’après quelques écrits, la réalisation des devoirs peut être plus difficile en milieu défavorisé (Carvalho, 2009; Cooper, Lindsay et Nye, 2000; Dolle, 2007; Grolnick, Benjet, Kurowski, et Apostoleris, 1997 ; Hoover-Dempsey, Bassler et Brissie, 1992; Kronholz, 1997; Odum, 1994; Scott-Jones, 1984 ; Symeou, 2009), et c’est cette problématique qui est concernée dans ce travail. Les participants sont quatorze parents d’élèves du deuxième cycle du primaire de deux écoles, une dans la région montréalaise (milieu défavorisé) et une dans la région des Laurentides (milieu favorisé). Pour réaliser la comparaison, sept parents de chacun des milieux ont été interviewés à l’aide d’un questionnaire portant sur le processus des devoirs, sur la participation parentale et sur leur sentiment de compétence à aider leur enfant durant les devoirs. Les résultats ont montré que la réalisation des devoirs est plus longue en milieu défavorisé et que les conflits sont plus présents dans ce type de milieu. Aussi, la motivation des enfants à l’égard des devoirs en milieu défavorisé est plus faible, ce qui pourrait expliquer le fait que les parents de ce milieu semblent offrir plus de soutien lors des devoirs. Par ailleurs, le soutien des pères lors des devoirs semble être plus fréquent en milieu favorisé et cette situation pourrait s’expliquer par les conditions de travail plus favorables comparativement à celles des pères en milieu défavorisé.

Patrons saisonniers de transformation du carbone et efficacité métabolique des communautés bactériennes du golfe d’Amundsen, Arctique canadien

Les réchauffements climatiques associés aux activités anthropiques ont soumis les écosystèmes arctiques à des changements rapides qui menacent leur stabilité à court terme. La diminution dramatique de la banquise arctique est une des conséquences les plus concrètes de ce réchauffement. Dans ce contexte, comprendre et prédire comment les systèmes arctiques évolueront est crucial, surtout en considérant comment les flux de carbone (C) de ces écosystèmes - soit des puits nets, soit des sources nettes de CO2 pour l'atmosphère - pourraient avoir des répercussions importantes sur le climat. Le but de cette thèse est de dresser un portrait saisonnier de l’activité bactérienne afin de déterminer l’importance de sa contribution aux flux de carbone en Arctique. Plus spécifiquement, nous caractérisons pour la première fois la respiration et le recours à la photohétérotrophie chez les microorganismes du golfe d’Amundsen. Ces deux composantes du cycle du carbone demeurent peu décrites et souvent omises des modèles actuels, malgré leur rôle déterminant dans les flux de C non seulement de l’Arctique, mais des milieux marins en général. Dans un premier temps, nous caractérisons la respiration des communautés microbiennes (RC) des glaces de mer. La connaissance des taux de respiration est essentielle à l’estimation des flux de C, mais encore limitée pour les milieux polaires. En effet, les études précédentes dans le golfe d’Amundsen n’ont pas mesuré la RC. Par la mesure de la respiration dans les glaces, nos résultats montrent des taux élevés de respiration dans la glace, de 2 à 3 fois supérieurs à la colonne d'eau, et une production bactérienne jusqu’à 25 fois plus importante. Ces résultats démontrent que la respiration microbienne peut consommer une proportion significative de la production primaire (PP) des glaces et pourrait jouer un rôle important dans les flux biogéniques de CO2 entre les glaces de mer et l’atmosphère (Nguyen et Maranger, 2011). Dans un second temps, nous mesurons la respiration des communautés microbiennes pélagiques du golfe d’Amundsen pendant une période de 8 mois consécutif, incluant le couvert de glace hivernal. En mesurant directement la consommation d'O2, nous montrons une RC importante, mesurable tout au long de l’année et dépassant largement les apports en C de la production primaire. Globalement, la forte consommation de C par les communautés microbiennes suggère une forte dépendance sur recyclage interne de la PP locale. Ces observations ont des conséquences importantes sur notre compréhension du potentiel de séquestration de CO2 par les eaux de l’Océan Arctique (Nguyen et al. 2012). Dans un dernier temps, nous déterminons la dynamique saisonnière de présence (ADN) et d’expression (ARN) du gène de la protéorhodopsine (PR), impliqué dans la photohétérotrophie chez les communautés bactérienne. Le gène de la PR, en conjonction avec le chromophore rétinal, permet à certaines bactéries de capturer l’énergie lumineuse à des fins énergétiques ou sensorielles. Cet apport supplémentaire d’énergie pourrait contribuer à la survie et prolifération des communautés qui possèdent la protéorhodopsine. Bien que détectée dans plusieurs océans, notre étude est une des rares à dresser un portrait saisonnier de la distribution et de l’expression du gène en milieu marin. Nous montrons que le gène de la PR est présent toute l’année et distribué dans des communautés diversifiées. Étonnamment, l’expression du gène se poursuit en hiver, en absence de lumière, suggérant soit qu’elle ne dépend pas de la lumière, ou que des sources de photons très localisées justifie l’expression du gène à des fins sensorielles et de détection (Nguyen et al., soumis au journal ISME). Cette thèse contribue à la compréhension du cycle du C en Arctique et innove par la caractérisation de la respiration et de l’efficacité de croissance des communautés microbiennes pélagiques et des glaces de mer. De plus, nous montrons pour la première fois une expression soutenue de la protéorhodopsine en Arctique, qui pourrait moduler la consommation de C par la respiration et justifier son inclusion éventuelle dans les modélisations du cycle du C. Dans le contexte des changements climatiques, il est clair que l'importance de l’activité bactérienne a été sous-estimée et aura un impact important dans le bilan de C de l'Arctique.

Dynamique saisonnière des communautés nitrifiantes dans un petit lac oligotrophe

Depuis la découverte d’archées capables d’oxyder l’ammoniac en milieu aérobie, de nombreuses études ont mesuré en simultané les taux de nitrification et la diversité des organismes oxydant l’ammoniac dans la colonne d’eau des milieux marins. Malgré l’importance globale des lacs d’eau douce, beaucoup moins d’études ont fait la même chose dans ces milieux. Dans cette étude, nous avons évalué l’importance de la nitrification et caractérisé la communauté microbienne responsable de la première étape limitante de la nitrification dans un lac tempéré durant une année entière. L’utilisation de traceur isotopique 15NH4 nous a permis de mesurer des taux d’oxydation d’ammoniac à deux profondeurs dans la zone photique tout au long de l’année. Les taux d’oxydation d’ammoniac varient de non détectable à 333 nmol L-1 j-1 avec un pic d’activité sous la glace. De toutes les variables environnementales mesurées, la concentration d’ammonium dans la colonne d’eau semble avoir le plus grand contrôle sur les taux d’oxydation d’ammoniac. Nous avons détecté la présence d’archées (AOA) et de bactéries oxydante d’ammoniac (BOA) à l’aide de tests par réaction en chaîne de la polymérase (PCR) ciblant une partie du gène ammoniac monoxygénase (amoA). Les AOA et les BOA ont été détectées dans la zone photique du lac, cependant seules les AOA étaient omniprésentes durant l’année. Le séquençage du gène amoA des archées révèle que la majorité des AOA dans le lac sont membres du groupe phylogénétique Nitrosotalea (également appelé SAGMGC-1 ou groupe I.1a associé), ce qui confirme la pertinence écologique de ce groupe dans les eaux douces oligotrophes. Globalement, nos résultats indiquent l’hiver comme étant un moment propice pour l’oxydation de l’ammoniac dans les lacs tempérés. Cette étude fournit un point de référence pour la compréhension du processus d’oxydation de l’ammoniac dans les petits lacs oligotrophes.