Diagnóstico molecular por PCR-RFLP e gene LYS2 para identificação de Fusarium decemcellulare.

Fusarium decemcellulare é encontrado como agente causal de doenças com diferentes sintomas em diversas espécies de plantas em regiões tropicais e subtropicais. Em guaranazeiro, espécie nativa da Amazônia de importância econômica e social, a doença denominada de complexo superbrotamento é atualmente um dos principais problemas da cultura. Técnicas moleculares são cada vez mais requeridas para identificação rápida e segura de patógenos como complemento as técnicas convencionais. O objetivo do trabalho foi desenvolver métodos moleculares por PCR e PCR-RFLP para rápida identificação de F. decemcellulare.

Variação anual de características morfológicas e da temperatura de superfície do pelame de vacas da raça Holandesa em ambiente semiárido

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Toxoplasma gondii isolates: Multi locus RFLP-PCR genotyping from human patients in Sao Paulo State, Brazil identified distinct genotypes

This study investigated the genetic characteristics of Toxoplasma gondii samples collected from 62 patients with toxoplasmosis in Sao Paulo State, Brazil. DNA samples were isolated from blood, cerebrospinal fluid and amniotic fluids of 25 patients with cerebral toxoplasmosis and AIDS, two patients with acute toxoplasmosis, 12 patients with ocular toxoplasmosis, six newborns with congenital toxoplasmosis and 17 pregnant women with acute infection. Diagnosis of toxoplasmosis was based in clinical, radiological and laboratory features. Genotyping was performed using multilocus PCR-RFLP genetic markers including SAG1, SAG2, 5`- and 3`-SAG2, alt.SAG2, SAG3, BTUB, GRA6, C22-8, c29-2, L358, PK1 and Apico. Among the 62 clinical samples, 20 (32%) were successfully genotyped at eight or more genetic loci and were grouped to three distinct genotypes. Eighteen samples belonged to ToxoDB Genotype #65 and the other two samples were identified as ToxoDB Genotypes #6 and #71, respectively (http://toxodb.org/toxo/). Patients presenting Genotypes #6 and #71 had severe and atypical cerebral toxoplasmosis, characterized by diffuse encephalitis without extensive brain lesions. These results indicate that T. gondii Genotype #65 may have a high frequency in causing human toxoplasmosis in Sao Paulo State, Brazil. This unusual finding highlights the need to investigate the possible association of parasite genotypes with human toxoplasmosis. (C) 2011 Elsevier Inc. All rights reserved.

Cutaneous and visceral leishmaniasis co-infection in dogs from Rio de Janeiro, Brazil: evaluation by specific PCR and RFLP-PCR assays

Introduction During a diagnostic evaluation of canine visceral leishmaniasis (VL), two of seventeen dogs were found to be co-infected by Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Leishmania) chagasi. Methods Specific polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism-PCR (RFLP-PCR) assays were performed. Results PCR assays for Leishmania subgenus identification followed by RFLP-PCR analysis in biopsies from cutaneous lesions and the spleen confirmed the presence of Leishmania (Viannia) braziliensis and Leishmania (Leishmania) chagasi in those fragments. Conclusions This report reinforces the importance of using serological and molecular techniques in the epidemiological surveillance of canine populations in endemic areas in which both diseases are known to co-exist. In such cases, a reassessment of the control measures is required.

RFLP analysis of a PCR-amplified fragment of the 16S rRNA gene as a tool to identify Enterococcus strains

Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of a PCR-amplified fragment of the 16S rRNA gene was performed on reference strains belonging to 21 different enterococcal species and on 75 Enterococcus isolates recovered from poultry meat, pasteurised milk and fresh cheese. PCR amplification generated a 275 bp fragment, which was digested with three restriction endonucleases (DdeI, HaeIII, HinfI). The strains were divided into five groups (groups A-E) on the basis of their restriction patterns. Five biochemical tests (arabinose, arginine, manitol, methyl-β-D-glucopyranoside and raffinose) were then performed in addition to RFLP analysis to narrow the identification of enterococcal strains to the species level. PCR-RFLP, in conjunction with the selected biochemical tests, allowed the precise identification of the 21 species of Enterococcus included in the present study. This proposed method is relatively simple and rapid and can be useful as an adjunct tool for accurate identification of Enterococcus.

Peso para recuperação da atividade ovariana luteal cíclica em vacas leiteiras mestiças em anestro

Procurou-se conhecer o ganho de peso necessário e o peso mínimo para restabelecimento da atividade ovariana luteal cíclica (AOLC) em vacas adultas, mestiças Holandês x Zebu, não-lactantes, magras e com ovários inativos, anestro adquirido após longo período de restrição alimentar. Seis animais, com peso médio de 322,0 ± 27,0 kg, receberam dieta de mantença para o baixo peso apresentado (grupo I) e 12 animais, com peso médio de 315,0 ± 29,4 kg, foram alimentados para ganho de peso até a recuperação da AOLC (grupo II). O sangue foi coletado (dosagem de progesterona-RIA), e os animais, pesados semanalmente. A AOLC foi avaliada pela concentração de progesterona no sangue, exame dos ovários por palpação retal a cada 12 dias e observação visual do estro três vezes ao dia. O reinício da AOLC ocorreu nos animais do grupo II quando pesaram em média 392,7 ± 29,4 kg. A média do ganho de peso total nesse grupo foi de 77,7 ± 11,2 kg, correspondendo a 24,7 ± 4,5% do peso desses animais em anestro, ou 37,7% dos 206,2 kg perdidos na fase de restrição alimentar para adquirir anestro. Os seis animais do grupo I permaneceram em anestro. Os resultados mostram a influência do nível alimentar sobre a função luteal ovariana e a necessidade de ganho de peso para o restabelecimento do ciclo estral em vacas mestiças leiteiras, magras e em anestro.

Molecular identification of an endemic Alpine mammal, Apodemus alpicola, using a PCR-based RFLP method

The ability of a PCR-based restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of the cytochrome b (mtDNA) to distinguish Apodemus alpicola from two other Apodemus species was investigated. The partial sequencing of the cytochrome b allowed the identification of one enzyme as being potentially diagnostic. This was supported by an analysis of 131 specimens previously identified using morphometric and/or allozymic data, indicating that the PCR-based RFLP method provides a rapid and reliable tool for distinguishing A. alpicola from its two co-occurring congenerics. The method is applicable to samples taken in the field for ecological studies, and could easily be adapted to the identification of museum samples.

Identification of new flagellin-encoding fliC genes in Escherichia coli isolated from domestic animals using RFLP-PCR and sequencing methods

Identification of Escherichia coli requires knowledge regarding the prevalent serotypes and virulence factors profiles allows the classification in pathogenic/non-pathogenic. However, some of these bacteria do not express flagellar antigen invitro. In this case the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP-PCR) and sequencing of the fliC may be suitable for the identification of antigens by replacing the traditional serology. We studied 17 samples of E. coli isolated from animals and presenting antigen H nontypeable (HNT). The H antigens were characterized by PCR-RFLP and sequencing of fliC gene. Three new flagellin genes were identified, for which specific antisera were obtained. The PCR-RFLP was shown to be faster than the serotyping H antigen in E. coli, provided information on some characteristics of these antigens and indicated the presence of new genes fliC.

Polimorfismos genéticos da kappa-caseína e da beta-lactoglobulina e produção de leite em bovinos

As variantes gênicas da beta-lactoglobulina (β-LG) e da kappa-caseína (κ-CN) bovinas são associadas à produção, qualidade e características de processamento do leite. O objetivo deste trabalho foi analisar as frequências dos genótipos AA, AB e BB, por meio da técnica de PCR-RFLP, da β-LG e da κ-CN bovinas, e suas associações com a produção de leite (kg leite/dia) em bovinos das raças Girolanda, Holandesa e Jersey. Para a κ-CN, a frequência do genótipo AA foi maior nos animais das raças Holandesa (37%) e Girolanda (63%). Na raça Jersey, houve predomínio do genótipo BB (60%). Para a β-LG, o genótipo AB foi o mais encontrado nas raças Girolanda (54%) e Holandesa (58%), enquanto nos animais da raça Jersey houve predomínio do genótipo BB (45%). Houve associação do alelo B da κ-CN com maior produtividade leiteira nas raças Girolanda e Holandesa, e do alelo A da β-LG com maior produtividade de leite na raça Jersey. As variantes genéticas da κ-CN podem ser usadas como marcadores na seleção para a produtividade leiteira nas raças Girolanda e Holandesa. Para a raça Jersey, as variantes da β-LG seriam mais adequadas para essa seleção.

Assessing genetic variability in bat species of Emballonuridae, Phyllostomidae, Vespertilionidae and Molossidae families (Chiroptera) by RFLP-PCR

A PCR-RFLP analysis of the restriction pattern in nuclear (RAG2) and mitochondrial (12S/16S) gene sequences of bat species from the Molossidae, Phyllostomidae, Vespertilionidae, and Emballonuridae families produced a large number of fragments: 107 for RAG2 and 155 for 12S/16S combined in 139 and 402 haplotypes, respectively. The values detected for gene variation were low for both sequences (0.13 for RAG2 and 0.15 for 12S/16S) and reflected their conservative feature, reinforced by high values of inter- and intraspecies genetic identity (70-100%). The species with a high gene divergence were variable in the analyses of RAG2 (Eumops perotis, Artibeus lituratus, and Carollia perspicillata) and of 12S/16S (Nyctinomops laticaudatus, C. perspicillata, and Cynomops abrasus), and furthermore, one of them, C. perspicillata, also showed the highest intraspecific variation. The species that exhibited the lowest variation for both genes was Molossus rufus. In the families, the highest variation was observed in the Molossidae and this can be attributed to variation exhibited by Eumops and Nyctinomops species. The variations observed were interpreted as a natural variability within the species and genus that exhibited a conserved pattern in the two gene sequences in different species and family analyzed. Our data reinforce the idea that the analyses of mitochondrial and nuclear genes contribute to our knowledge of the diversity of New World bats. The genetic variability found in different taxa suggests that an additional diversity, unnoticed by other methods, can be revealed with the use of different molecular strategies. ©FUNPEC-RP.

Polimorfismo nos genes da leptina e do receptor de melatonina em búfalas (Bubalus bubalis)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Caracterização de polimorfismos nos genes DGAT1 e leptina em uma população de novilhas nelore

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Efeito de protocolos de sincronização de ovulação na taxa de prenhez em vacas leiteiras mestiças mantidas a pasto no verão

Pós-graduação em Zootecnia - FMVZ

Desempenho produtivo de vacas recebendo dietas com capim-elefante submetido a diferentes adubações e níveis de concentrado

Os objetivos deste trabalho foram determinar o consumo de matéria seca total (MSDT), a produção e composição do leite de vacas lactantes quando submetidas a dietas à base de capim-elefante adubado quimicamente (CEAQ) ou organicamente (CEAO) e a energia líquida para lactação (ELL) e os nutrientes digestíveis totais (NDT) do capim-elefante na dieta. O CEAQ ou CEAO foi misturado ao concentrado em níveis de 400, 500 e 600 g na base da matéria seca (MS). Os tratamentos foram dispostos em delineamento em quadrado latino 6 x 6, esquema fatorial de 2 x 3 (adubação x nível de concentrado). Os teores médios de MSDT e os de FDN, PB, Ca e P da dieta na MS diferiram (P < 0,05) para os diferentes níveis de concentrado. O consumo da MSDT e dos nutrientes aumentou (P < 0,05) com a elevação dos níveis de concentrado, exceto para FDN. O capim adubado organicamente diminuiu o consumo da MSDT e da FDN da dieta total. A digestão da MS, MO e PB da dieta total não sofreu influência dos níveis de concentrado e foi para o CEAO. Houve queda (P < 0,05) na digestão da FDN da dieta com o aumento nos níveis de concentrado. A produção e composição do leite não variaram com os níveis de concentrado nem com as diferentes adubações. O valor energético (ELL e NDT) do capim-elefante decresceu (P < 0,05) à medida que os níveis de concentrado aumentaram na dieta e não foi influenciado pelo sistema de adubação. A eficiência de síntese de proteína microbiana em relação à PB da dieta consumida foi melhor para o nível de 400 g de concentrado.

Development and validation of PCR-based assays for diagnosis of American cutaneous leishmaniasis and identificatio nof the parasite species

In this study, PCR assays targeting different Leishmania heat-shock protein 70 gene (hsp70) regions, producing fragments ranging in size from 230-390 bp were developed and evaluated to determine their potential as a tool for the specific molecular diagnosis of cutaneous leishmaniasis (CL). A total of 70 Leishmania strains were analysed, including seven reference strains (RS) and 63 previously typed strains. Analysis of the RS indicated a specific region of 234 bp in the hsp70 gene as a valid target that was highly sensitive for detection of Leishmania species DNA with capacity of distinguishing all analyzed species, after polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorfism (PCR-RFLP). This PCR assay was compared with other PCR targets used for the molecular diagnosis of leishmaniasis: hsp70 (1400-bp region), internal transcribed spacer (ITS)1 and glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6pd). A good agreement among the methods was observed concerning the Leishmania species identification. Moreover, to evaluate the potential for molecular diagnosis, we compared the PCR targets hsp70-234 bp, ITS1, G6pd and mkDNA using a panel of 99 DNA samples from tissue fragments collected from patients with confirmed CL. Both PCR-hsp70-234 bp and PCR-ITS1 detected Leishmania DNA in more than 70% of the samples. However, using hsp70-234 bp PCR-RFLP, identification of all of the Leishmania species associated with CL in Brazil can be achieved employing a simpler and cheaper electrophoresis protocol.