Algoritmos de agrupamento aplicados a dados de expressão gênica de câncer: um estudo comparativo

The use of clustering methods for the discovery of cancer subtypes has drawn a great deal of attention in the scientific community. While bioinformaticians have proposed new clustering methods that take advantage of characteristics of the gene expression data, the medical community has a preference for using classic clustering methods. There have been no studies thus far performing a large-scale evaluation of different clustering methods in this context. This work presents the first large-scale analysis of seven different clustering methods and four proximity measures for the analysis of 35 cancer gene expression data sets. Results reveal that the finite mixture of Gaussians, followed closely by k-means, exhibited the best performance in terms of recovering the true structure of the data sets. These methods also exhibited, on average, the smallest difference between the actual number of classes in the data sets and the best number of clusters as indicated by our validation criteria. Furthermore, hierarchical methods, which have been widely used by the medical community, exhibited a poorer recovery performance than that of the other methods evaluated. Moreover, as a stable basis for the assessment and comparison of different clustering methods for cancer gene expression data, this study provides a common group of data sets (benchmark data sets) to be shared among researchers and used for comparisons with new methods

Comitês de grupamento aplicados a dados de expressão gênica

The main goal of this work is to investigate the suitability of applying cluster ensemble techniques (ensembles or committees) to gene expression data. More specifically, we will develop experiments with three diferent cluster ensembles methods, which have been used in many works in literature: coassociation matrix, relabeling and voting, and ensembles based on graph partitioning. The inputs for these methods will be the partitions generated by three clustering algorithms, representing diferent paradigms: kmeans, ExpectationMaximization (EM), and hierarchical method with average linkage. These algorithms have been widely applied to gene expression data. In general, the results obtained with our experiments indicate that the cluster ensemble methods present a better performance when compared to the individual techniques. This happens mainly for the heterogeneous ensembles, that is, ensembles built with base partitions generated with diferent clustering algorithms

Determinação da expressão da molécula de adesão CD56 em plasmócitos no mieloma múltiplo através de estudo imuno-histoquímico

O papel das moléculas de adesão celular, na fisiopatologia do mieloma múltiplo (MM), tem sido alvo de vários estudos nos últimos anos. A expressão de CD56 pelos plasmócitos tumorais está associada a comportamento clínico menos agressivo da doença, e sua perda tem sido descrita na fase de leucemização plasmocitária. A determinação da expressão da molécula CD56 pelos plasmócitos tumorais pode ser obtida através de citometria em fluxo, revelando positividade em 55% a 78% dos casos. No presente estudo, objetivamos verificar a expressão da molécula CD56 por plasmócitos tumorais na medula óssea de portadores de MM, utilizando o estudo imuno-histoquímico das amostras histológicas obtidas ao diagnóstico. Analisamos as amostras de medula óssea de vinte portadores de MM, e realizamos o estudo imuno-histoquímico para determinação da expressão das cadeias leves kappa e lambda e da molécula CD56 pelos plasmócitos tumorais. A expressão da molécula CD56 foi importante em três casos, moderada em seis, discreta em quatro e negativa em sete. O estudo imuno-histoquímico mostrou-se válido para determinação da expressão de CD56 por plasmócitos tumorais em portadores de MM, fornecendo resultados semelhantes aos descritos para os obtidos por citometria em fluxo. Através do estudo imuno-histoquímico, foi possível observar variações da expressão da molécula CD56.

Relação da expressão de fatores de crescimento celular (IGF-1) e (SCF) com fatores prognósticos e o alvo da rapamicina em mamíferos (m-TOR) em mastocitomas cutâneos caninos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudo imuno-histoquímico da presença de miofibroblastos e da expressão do fator transformador de crescimento-beta1, interferon gama, metaloproteinase de matriz 13 e indutor de metaloproteinases de matriz em lesões odontogênicas epiteliais

Myofibroblasts are cells that exhibit a hybrid phenotype, sharing the morphological characteristics of fibroblasts and smooth muscle cells, which is acquired during a process called differentiation. These cells then start to express -SMA, a marker that can be used for their identification. Studies suggest that myofibroblasts are related to the aggressiveness of different tumors and that TGF-1 and IFN- play a role in myofibroblast differentiation, stimulating or inhibiting this differentiation, respectively. The objective of this study was to investigate the role of myofibroblasts in epithelial odontogenic tumors, correlating the presence of these cells with the aggressiveness of the tumor. Immunohistochemistry was used to evaluate the expression of TGF-1 and IFN- in myofibroblast differentiation, as well as the expression of MMP-13, which is activated by myofibroblasts, and of EMMPRIN (extracellular matrix metalloproteinase inducer) as a precursor of this MMP. The sample consisted of 20 solid ameloblastomas, 10 unicystic ameloblastomas, 20 odontogenic keratocysts, and 20 adenomatoid odontogenic tumors. For evaluation of myofibroblasts, anti- -SMA-immunoreactive cells were quantified in connective tissue close to the epithelium. Immunoexpression of TGF-1, IFN-, MMP-13 and EMMPRIN was evaluated in the epithelial and connective tissue components, attributing scores of 0 to 4. The results showed a higher concentration of myofibroblasts in solid ameloblastomas (mean of 30.55), followed by odontogenic keratocysts (22.50), unicystic ameloblastomas (20.80), and adenomatoid odontogenic tumors (19.15) (p=0.001). No significant correlation between TGF-1 and IFN- was observed during the process of myofibroblast differentiation. There was also no correlation between the quantity of myofibroblasts and MMP-13 expression. Significant correlations were found between MMP-13 and TGF-1 (r=0.087; p=0.011), between MMP- 13 and IFN- (r=0.348; p=0.003), as well as between EMMPRIN and MMP-13 (r=0.474; p<0.001) and between EMMPRIN and IFN- (r=0.393; p=0.001). The higher quantity of myofibroblasts observed in solid ameloblastomas, odontogenic keratocysts and unicystic ameloblastomas suggests that these cells are one of the factors responsible for the more aggressive biological behavior of these tumors, although the myofibroblast population was not correlated with TGF-1, IFN-, MMP-13 or EMMPRIN. The correlation between MMP- 13 and TGF-1 suggests that the latter induces the expression of this metalloproteinase. The present results also support the well-established role of EMMPRIN as an inducer of MMP-13. Furthermore, the relationship between EMMPRIN and IFN- and between MMP-13 and IFN- suggests synergism in the antifibrotic effect of these markers

Análises estratigráfica e estrutural da Seção Rifte (Valanginiano ao Barremiano) na área do levantamento sísmico 3D de baixo vermelho, Bacia Potiguar emersa

Baixo Vermelho area, situated on the northern portion of Umbuzeiro Graben (onshore Potiguar Basin), represents a typical example of a rift basin, characterized, in subsurface, by the sedimentary rift sequence, correlated to Pendência Formation (Valanginian-Barremian), and by the Carnaubais fault system. In this context, two main goals, the stratigraphic and the structural analysis, had guided the research. For this purpose, it was used the 3D seismic volume and eight wells located in the study area and adjacencies. The stratigraphic analysis of the Valanginian-Barremian interval was carried through in two distinct phases, 1D and 2D, in which the basic concepts of the sequence stratigraphy had been adapted. In these phases, the individual analysis of each well and the correlation between them, allowed to recognize the main lithofacies, to interpret the effective depositional systems and to identify the genetic units and key-surfaces of chronostratigraphic character. The analyzed lithofacies are represented predominantly by conglomerates, sandstones, siltites and shales, with carbonate rocks and marls occurring subordinately. According to these lithofacies associations, it is possible to interpret the following depositional systems: alluvial fan, fluvio-deltaic and lacustrine depositional systems. The alluvial fan system is mainly composed by conglomerates deposits, which had developed, preferentially in the south portion of the area, being directly associated to Carnaubais fault system. The fluvial-deltaic system, in turn, was mainly developed in the northwest portion of the area, at the flexural edge, being characterized by coarse sandstones with shales and siltites intercalated. On the other hand, the lacustrine system, the most dominant one in the study area, is formed mainly by shales that could occur intercalated with thin layers of fine to very fine sandstones, interpreted as turbidite deposits. The recognized sequence stratigraphy units in the wells are represented by parasequence sets, systems tracts and depositional sequences. The parasequence sets, which are progradational or retrogradational, had been grouped and related to the systems tracts. The predominance of the progradation parasequence sets (general trend with coarsening-upward) characterizes the Regressive Systems Tract, while the occurrence, more frequently, of the retrogradation parasequence sets (general trend with finning-upward) represents the Transgressive System Tract. In the seismic stratigraphic analysis, the lithofacies described in the wells had been related to chaotic, progradational and parallel/subparallel seismic facies, which are associated, frequently, to the alluvial fans, fluvial-deltaic and lacustrine depositional systems, respectively. In this analysis, it was possible to recognize fifteen seismic horizons that correspond to sequence boundaries and to maximum flooding surfaces, which separates Transgressive to Regressive systems tracts. The recognition of transgressive-regressive cycles allowed to identify nine, possibly, 3a order deposicional sequences, related to the tectonic-sedimentary cycles. The structural analysis, in turn, was done at Baixo Vermelho seismic volume, which shows, clearly, the structural complexity printed in the area, mainly related to Carnaubais fault system, acting as an important fault system of the rift edge. This fault system is characterized by a main arrangement of normal faults with trend NE-SO, where Carnaubais Fault represents the maximum expression of these lineations. Carnaubais Fault corresponds to a fault with typically listric geometry, with general trend N70°E, dipping to northwest. It is observed, throughout all the seismic volume, with variations in its surface, which had conditioned, in its evolutive stages, the formation of innumerable structural features that normally are identified in Pendencia Formation. In this unit, part of these features is related to the formation of longitudinal foldings (rollover structures and distentional folding associated), originated by the displacement of the main fault plan, propitiating variations in geometry and thickness of the adjacent layers, which had been deposited at the same time. Other structural features are related to the secondary faultings, which could be synthetic or antithetic to Carnaubais Fault. In a general way, these faults have limited lateral continuity, with listric planar format and, apparently, they play the role of the accomodation of the distentional deformation printed in the area. Thus, the interaction between the stratigraphic and structural analysis, based on an excellent quality of the used data, allowed to get one better agreement on the tectonicsedimentary evolution of the Valanginian-Barremian interval (Pendência Formation) in the studied area

Expressão em superfície do sistema de falhas Poço Verde-caraúbas, Bacia Potiguar

The structural knowledge of the western portion of the Potiguar Basin is still in its infancy, especially these related to NW-trending fault systems. This paper analyzes the Poço Verde-Caraúbas Fault System, which was initially recognized in subsurface. The activities involved in this study correspond to remote-sensing analysis and, in particular, to the geometric and kinematic analysis of post-rift sequences of the basin. In addition, the study aimed to determine the stress fields operating in the area. The studies were carried out in an area of 1,000 km², located in the western portion of Potiguar Basin along the Poço Verde-Caraúbas Fault System, Rio Grande do Norte State. The remote sensing imagery indicates a predominance of NW-SE-trending lineaments, consistent with the fault system under study, followed by the NE-SW, N-S and E-W directions. The tectonic structures mapped were analyzed only in outcrops of the Jandaíra Formantion. They are joints (filled or not) in all directions, but with predominance of the NW-trending joints. Faults are usually N-S-trending normal faults and NW-SE and NE-SW-trending strike-slip faults. Geodynamic analysis identified two tectonic stress fields: the first field, "Field 1" is represented by an N-S-trending horizontal compression and E-W-trending horizontal extension. This field affected the Potiguar Basin at least until the Miocene. The second field, "Field 2", is represented by an E-W-trending horizontal compression and N-S-trending horizontal extension. This is the present-day stress field and has affected the Potiguar basin since the Pliocene

A regionalização da saúde no Rio Grande do Norte: Elementos para a compreensão da dinâmica dos lugares

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Expressão antigênica em carcinomas do plexo coróide humano: relato de dois casos

Neoplasias provenientes do epitélio de revestimento do plexo coróide são inco-muns, tendo sido descritos 6 padrões morfológicos. O padrão anaplásico, também denominado carcinoma do plexo coróide, é o de menor freqüência e pode dar metastases fora do SNC. A distinção histológica desses tumores, particularmente da variedade anaplásica, com outras neoplasias primárias e metastáticas no SNC pode ser difícil. O uso de técnicas imunocitoquimicas em parafina tem-se mostrado útil no esclarecimento das linhagens tumorais. Os papilomas do plexo coróide têm, no entanto, sido objeto de controvérsia, por sua complexa expressão antigênica. Usando a técnica de imunoperoxidase (sistema avidina-biotina-peroxidase) pesquisaram-se, em dois casos da variedade anaplásica, os seguintes marcadores: proteína glial fibrilar ácida (GFAP) com anticorpo monoclonal e policlonal; ceratinas de 40-50kDa, ceratinas de 60-70kDa (callus ceratina), enolase neuronal específica (NSE) e proteína S-100, com anticorpos monoclonais. Os dois tumores mostraram positividade para NSE, proteína S-100 e ceratina de 40-50kDa; uma das duas neoplasias mostrou diferenciação glial, revelando positividade para GFAP tanto com anticorpo monoclonal quanto policlonal.

Avaliação da expressão da proteína bcl-2 no carcinoma de mama: estudo em punção aspirativa por agulha fina; correlação com grau histológico em espécimes cirúrgicos correspondentes

INTRODUÇÃO: O gene bcl-2 codifica uma proteína envolvida no processo de controle da apoptose. Inicialmente descrito em linfomas e posteriormente em tecidos epiteliais, sua expressão é freqüentemente encontrada em carcinomas de mama, associada a fatores de prognóstico favorável. Como a punção aspirativa por agulha fina (PAAF) tem sido utilizada como um método confiável na investigação de carcinomas de mama, acessamos a expressão de bcl-2 em material assim obtido e correlacionamos sua positividade com o grau histológico, avaliado em material cirúrgico correspondente, das respectivas pacientes, seguindo a classificação de SBR (Scarff, Bloom e Richardson). OBJETIVOS: Avaliar a expressão de bcl-2 em PAAF e correlacionar com grau histológico. METODOLOGIA: A positividade do bcl-2 foi analisada, por imunocitoquímica, em 118 casos consecutivos de PAAF e correlacionada com grau histológico em material cirúrgico correspondente, segundo classificação de SBR. RESULTADOS: A positividade para bcl-2 foi encontrada em 77 de 118 casos de PAAF (65,25%) e foi inversamente proporcional ao grau histológico (84,37%, p = 0,0022). CONCLUSÃO: A expressão de bcl-2 em PAAF correlaciona-se com fator de bom prognóstico. O índice de positividade encontrado, assim como a correlação inversa com grau histológico, está de acordo com dados publicados previamente. O fácil e rápido manejo do material obtido por PAAF permite a aplicação de técnicas complementares, de maneira confiável, como demonstra este estudo. A positividade do bcl-2 correlacionada com baixo grau histológico, assim como com outros fatores de bom prognóstico, pode, no futuro, proporcionar informação preditiva e prognóstica para pacientes candidatas a tratamento quimioterápico neo-adjuvante.

Expressão de MMP-2 e MMP-9 no endométrio de éguas saudáveis e portadoras de endometrite crônica

Avaliaram-se, por método imunoistoquímico, a expressão e distribuição das metaloproteinases (MMP) 2 e 9 em amostras de endométrio hígido e de éguas portadoras de endometrite crônica. Foram utilizadas 60 biópsias endometriais. A MMP-2 foi observada na parede vascular, nas células estromais e no epitélio glandular, e a imunorreatividade mais intensa foi obtida nas células do epitélio glandular nas endometrites da categoria III e na parede vascular nos endométrios da categoria I. A marcação imunoistoquímica para MMP-9 mostrou-se difusa pelo endométrio e foi observada no epitélio luminal e glandular, na região da parede vascular, nas células estromais, endoteliais e do infiltrado inflamatório. Houve diminuição da marcação imunoistoquímica na região da parede vascular conforme aumentou o grau das lesões endometriais concomitante à diminuição da intensidade da reação. Não houve relação na expressão imunoistoquímica das metaloproteinases estudadas com o tipo de endometrite

Expressão gênica dos REα, REβ e PR em tumores mamários de cadelas por meio do q-PCR

A expressão de receptores de estrógeno (ER) e progesterona (PR) por meio da técnica de q-PCR foi avaliada em 26 cadelas portadoras de neoplasias mamárias e cinco cadelas sem afecções mamárias (grupo controle). Os resultados mostraram que os três grupos de animais estudados - com tumor maligno ou benigno e controle - expressaram receptores de estrógeno alfa, beta e progesterona. A quantificação relativa mostrou tendência para uma expressão maior de receptores no grupo controle e menor no grupo de animais com neoplasias malignas. Além disso, observou-se expressão maior de ERα em relação ao ERβ, e as neoplasias malignas de origem mista apresentaram maiores concentrações dos receptores PR, ERα e ERβ que as neoplasias de origem epitelial.

Comparação entre os exames radiográficos convencional e digitalizado em relação ao plano de tratamento de superfícies oclusais

O objetivo deste estudo foi comparar as decisões de tratamento restaurador de superfícies oclusais, sem cavitação, quando realizadas através dos aspectos clínicos e radiográficos, convencional e digitalizado. Foram examinados, 33 sítios das superfícies oclusais de 30 molares permanentes extraídos, com e sem pigmentação. O plano de tratamento para cada região foi realizado por 5 cirurgiões-dentistas, professores universitários, utilizando dois tipos de exames: exame visual de fotografias e radiografia interproximal convencional (IV + RXC); e exame visual de fotografias e radiografia digitalizada (IV + DIGORA). O padrão de validação para os planos de tratamento foi realizado através do aspecto histológico. A sensibilidade em determinar a não-necessidade de tratamento restaurador foi, em média, tanto para a IV + RXC quanto para a IV + DIGORA, de 0,23. A especificidade foi, em média, de 0,83 e 0,86, para a IV + RXC e IV + DIGORA, respectivamente. Quando comparou-se os planos de tratamento intra-examinadores, não foi encontrada diferença estatisticamente significante à nível de 5%. Baseado nestes dados, pode-se concluir que os métodos radiográficos, convencional e digitalizado, não demonstraram diferenças na efetividade da determinação do plano de tratamento de superfícies oclusais sem cavitação.

Avaliação da alteração do plano oclusal em cirurgias ortognáticas combinadas com utilização de fixação interna rígida em pacientes com padrão facial de Classe II

OBJETIVO: avaliar a estabilidade de cirurgias bimaxilares com fixação interna rígida, na qual promoveu-se uma rotação anti-horária da mandíbula e conseqüente redução do ângulo do plano oclusal. METODOLOGIA: foram estudados 15 pacientes com padrão facial de Classe II e deficiência mandibular. Os movimentos cirúrgicos foram avaliados por meio de medidas lineares e angulares realizadas no programa CefX, obtidas de telerradiografias cefalométricas em norma lateral em três diferentes tempos: (T0) pré-operatório, (T1) pós-operatório imediato e (T2) pós-operatório de no mínimo 6 meses. RESULTADOS E CONCLUSÕES: os resultados demonstraram que a cirurgia bimaxilar promove mudanças faciais significativas e, principalmente, que a rotação anti-horária da mandíbula com redução do ângulo do plano oclusal mostrou-se estatisticamente estável, sendo uma opção confiável em cirurgias de pacientes com padrão facial de Classe II com deficiência mandibular.