L’étude des stratégies de séparations préparatrices de protéines par électrophorèse capillaire

La protéomique est un sujet d'intérêt puisque l'étude des fonctions et des structures de protéines est essentiel à la compréhension du fonctionnement d'un organisme donné. Ce projet se situe dans la catégorie des études structurales, ou plus précisément, la séquence primaire en acides aminés pour l’identification d’une protéine. La détermination des protéines commence par l'extraction d'un mélange protéique issu d'un tissu ou d'un fluide biologique pouvant contenir plus de 1000 protéines différentes. Ensuite, des techniques analytiques comme l’électrophorèse en gel polyacrylamide en deux dimensions (2D-SDS-PAGE), qui visent à séparer ce mélange en fonction du point isoélectrique et de la masse molaire des protéines, sont utilisées pour isoler les protéines et pour permettre leur identification par chromatographie liquide and spectrométrie de masse (MS), typiquement. Ce projet s'inspire de ce processus et propose que l'étape de fractionnement de l'extrait protéique avec la 2D-SDS-PAGE soit remplacé ou supporté par de multiples fractionnements en parallèle par électrophorèse capillaire (CE) quasi-multidimensionnelle. Les fractions obtenues, contenant une protéine seule ou un mélange de protéines moins complexe que l’extrait du départ, pourraient ensuite être soumises à des identifications de protéines par cartographie peptidique et cartographie protéique à l’aide des techniques de séparations analytiques et de la MS. Pour obtenir la carte peptidique d'un échantillon, il est nécessaire de procéder à la protéolyse enzymatique ou chimique des protéines purifiées et de séparer les fragments peptidiques issus de cette digestion. Les cartes peptidiques ainsi générées peuvent ensuite être comparées à des échantillons témoins ou les masses exactes des peptides enzymatiques sont soumises à des moteurs de recherche comme MASCOT™, ce qui permet l’identification des protéines en interrogeant les bases de données génomiques. Les avantages exploitables de la CE, par rapport à la 2D-SDS-PAGE, sont sa haute efficacité de séparation, sa rapidité d'analyse et sa facilité d'automatisation. L’un des défis à surmonter est la faible quantité de masse de protéines disponible après analyses en CE, due partiellement à l'adsorption des protéines sur la paroi du capillaire, mais due majoritairement au faible volume d'échantillon en CE. Pour augmenter ce volume, un capillaire de 75 µm était utilisé. Aussi, le volume de la fraction collectée était diminué de 1000 à 100 µL et les fractions étaient accumulées 10 fois; c’est-à-dire que 10 produits de séparations étaient contenu dans chaque fraction. D'un autre côté, l'adsorption de protéines se traduit par la variation de l'aire d'un pic et du temps de migration d'une protéine donnée ce qui influence la reproductibilité de la séparation, un aspect très important puisque 10 séparations cumulatives sont nécessaires pour la collecte de fractions. De nombreuses approches existent pour diminuer ce problème (e.g. les extrêmes de pH de l’électrolyte de fond, les revêtements dynamique ou permanent du capillaire, etc.), mais dans ce mémoire, les études de revêtement portaient sur le bromure de N,N-didodecyl-N,N-dimethylammonium (DDAB), un surfactant qui forme un revêtement semi-permanent sur la paroi du capillaire. La grande majorité du mémoire visait à obtenir une séparation reproductible d'un mélange protéique standard préparé en laboratoire (contenant l’albumine de sérum de bovin, l'anhydrase carbonique, l’α-lactalbumine et la β-lactoglobulin) par CE avec le revêtement DDAB. Les études portées sur le revêtement montraient qu'il était nécessaire de régénérer le revêtement entre chaque injection du mélange de protéines dans les conditions étudiées : la collecte de 5 fractions de 6 min chacune à travers une séparation de 30 min, suivant le processus de régénération du DDAB, et tout ça répété 10 fois. Cependant, l’analyse en CE-UV et en HPLC-MS des fractions collectées ne montraient pas les protéines attendues puisqu'elles semblaient être en-dessous de la limite de détection. De plus, une analyse en MS montrait que le DDAB s’accumule dans les fractions collectées dû à sa désorption de la paroi du capillaire. Pour confirmer que les efforts pour recueillir une quantité de masse de protéine étaient suffisants, la méthode de CE avec détection par fluorescence induite par laser (CE-LIF) était utilisée pour séparer et collecter la protéine, albumine marquée de fluorescéine isothiocyanate (FITC), sans l'utilisation du revêtement DDAB. Ces analyses montraient que l'albumine-FITC était, en fait, présente dans la fraction collecté. La cartographie peptidique a été ensuite réalisée avec succès en employant l’enzyme chymotrypsine pour la digestion et CE-LIF pour obtenir la carte peptidique.

Analyse par spectrométrie de masse des antibiotiques vétérinaires liés à l’élevage porcin

L’élevage des porcs représente une source importante de déversement d’antibiotiques dans l’environnement par l’intermédiaire de l’épandage du lisier qui contient une grande quantité de ces molécules sur les champs agricoles. Il a été prouvé que ces molécules biologiquement actives peuvent avoir un impact toxique sur l’écosystème. Par ailleurs, elles sont aussi suspectées d’engendrer des problèmes sanitaires et de contribuer à la résistance bactérienne pouvant mener à des infections difficilement traitables chez les humains. Le contrôle de ces substances dans l’environnement est donc nécessaire. De nombreuses méthodes analytiques sont proposées dans la littérature scientifique pour recenser ces composés dans plusieurs types de matrice. Cependant, peu de ces méthodes permettent l’analyse de ces contaminants dans des matrices issues de l’élevage agricole intensif. Par ailleurs, les méthodes analytiques disponibles sont souvent sujettes à des faux positifs compte tenu de la complexité des matrices étudiées et du matériel utilisé et ne prennent souvent pas en compte les métabolites et produits de dégradation. Enfin, les niveaux d’analyse atteints avec ces méthodes ne sont parfois plus à jour étant donné l’évolution de la chimie analytique et de la spectrométrie de masse. Dans cette optique, de nouvelles méthodes d’analyses ont été développées pour rechercher et quantifier les antibiotiques dans des matrices dérivées de l’élevage intensif des porcs en essayant de proposer des approches alternatives sensibles, sélectives et robustes pour quantifier ces molécules. Une première méthode d’analyse basée sur une technique d’introduction d’échantillon alternative à l’aide d’une interface fonctionnant à l’aide d’une désorption thermique par diode laser munie d’une source à ionisation à pression atmosphérique, couplée à la spectrométrie de masse en tandem a été développée. L’objectif est de proposer une analyse plus rapide tout en atteignant des niveaux de concentration adaptés à la matrice étudiée. Cette technique d’analyse couplée à un traitement d’échantillon efficace a permis l’analyse de plusieurs antibiotiques vétérinaires de différentes classes dans des échantillons de lisier avec des temps d’analyse courts. Les limites de détection atteintes sont comprises entre 2,5 et 8,3 µg kg-1 et sont comparables avec celles pouvant être obtenues avec la chromatographie liquide dans une matrice similaire. En vue d’analyser simultanément une série de tétracyclines, une deuxième méthode d’analyse utilisant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS) a été proposée. L’utilisation de la HRMS a été motivée par le fait que cette technique d’analyse est moins sensible aux faux positifs que le triple quadripôle traditionnel. Des limites de détection comprises entre 1,5 et 3,6 µg kg-1 ont été atteintes dans des échantillons de lisier en utilisant un mode d’analyse par fragmentation. L’utilisation de méthodes de quantifications ciblées est une démarche intéressante lorsque la présence de contaminants est suspectée dans un échantillon. Toutefois, les contaminants non intégrés à cette méthode d’analyse ciblée ne peuvent être détectés même à de fortes concentrations. Dans ce contexte, une méthode d’analyse non ciblée a été développée pour la recherche de pharmaceutiques vétérinaires dans des effluents agricoles en utilisant la spectrométrie de masse à haute résolution et une cartouche SPE polymérique polyvalente. Cette méthode a permis l’identification d’antibiotiques et de pharmaceutiques couramment utilisés dans l’élevage porcin. La plupart des méthodes d’analyse disponibles dans la littérature se concentrent sur l’analyse des composés parents, mais pas sur les sous-produits de dégradation. L’approche utilisée dans la deuxième méthode d’analyse a donc été étendue et appliquée à d’autres classes d’antibiotiques pour mesurer les concentrations de plusieurs résidus d’antibiotiques dans les sols et les eaux de drainage d’un champ agricole expérimental. Les sols du champ renfermaient un mélange d’antibiotiques ainsi que leurs produits de dégradation relatifs à des concentrations mesurées jusqu’à 1020 µg kg-1. Une partie de ces composés ont voyagé par l’intermédiaire des eaux de drainage du champ ou des concentrations pouvant atteindre 3200 ng L-1 ont pu être relevées.

Acidity and catalytic activity of rare earth modified Al/Zr pillared clays

The pillared montmorillonite has been prepared by exchanging Na+ in the interlayer of montmorillonite with Al hydroxy cation followed by calcination. Pillared clays are also prepared after exchanging Na' ions with Ce, La, Sm-ions and then pillarcd with aluminium oxides, The surface characterisation of the prepared catalysts has been done using XRD and surface area measurements. To probe the acidic property of the system, temperature programmed desorption (TPD) of NH, has been done. Toluene alkylation by benzyl chloride has been carried out for the evaluation of catalytic activity. The most active system is found to be mixed Al/Zr pillarcd montrnorillonite.

Effect of vanadia on physico-chemical and catalytic characteristics of dysprosia

Physico-chemical characterization of DY203/V2O5 systems prepared through wet impregnation method has been carried out using various techniques like EDX, XRD, FTIR. thermal studies, BET surface area, pore volume and pore size distribution analysis. The amount of vanadia incorporated has been found to influence the surface properties of dysprosia. The spectroscopic results combining with X-ray analysis reveal that vanadia species exist predominantly as isolated amorphous vanadyl units along with crystalline dysprosium orthovanadate. Basicity studies have been conducted by adsorption of electron acceptors and acidity and acid strength distribution by temperature programmed desorption of ammonia. Cyclohexanol decomposition has been employed as a chemical probe reaction to examine the effect of vanadia on the acid base property of Dy2O3. Incorporation of vanadia titrates thc Lewis acid and base sites of Dy2O3, while an enhancement of Bronsted acid sites has been noticed. Data have been correlated with the catalytic activity of these oxides towards the vapour phase methylation of phenol

Surface acidity and catalytic activity of mixed Fe-Al and Cr-Al pillared montmorillonites

The incorporation of transition metal oxide pillars such as those of iron and chromium along with Al2O3, pillars within the interlayers of a montmorillonite clay is investigated. The surface acidity of these catalysts has been evaluated for the first time employing the equilibrium adsorption of an electron donor, perylene, and the results are compared with those obtained by temperature programmed desorption of ammonia. The principle is based on the ability of a catalyst surface site to accept a single electron from an electron donor like perylene to form charge transfer complexes and the amount of adsorbed species is measured quantitatively by UV-vis spectroscopy. Fina1ly, an attempt has been made to correlate the acidity determined by the two independcnt methods and the catalytic activity of present systems in the benzoylation of toluene with benzoyl chloride. Incorporation of Fe and Cr has changed the properties of AI pitlared montmorillonite. Fe pillared systems have been found to be vcry good catalysts for benzoylation reaction

Synthesis, characterisation and benzylation activity of vanadia impregnated iron pillared montmorillonite

Iron pillared Montmorillonite has been synthesised and it is then wet impregnated with vanadia with different vanadia composition. These catalysts are characterised using conventional techniques such as XRD analysis,FTIR analysis and surface area and pore volume measurements. Acidity is measured using spectrophotometric monitoring of adsorption of perylene, thermogravimetric desorption of 2.6 dimethylpyridine and temperature programmed desorption of ammonia. Activity studies are done in the liquid phase. It has been concluded that Lewis acidic sites are responsible for the benzylation of toluene when the benzylating agent is benzyl chloride while Bronsted acidic sites are responsible when the reagent is benzyl alcohol.

Liquid phase benzylation of o-xylene over pillared clays

Iron, aluminium and mixed iron aluminium pillared clays have been prepared by partial hydrolysis method and doped with IO% Mo, V and Cr. The samples have been characterised by XRD, FTIR and surface area and pore Volume measurements. The surface acid site distribution has been determined by temperature programmed desorption of ammonia. Vanadia incorporated systems show maximum acidity. Benzylation of o-xylene has been done as probe reaction to test catalytic activity. Benzyl chloride is a superior benzylating agent compared to benzyl alcohol in activity and selectivity. Cent percent selectivity towards monobenzylated product is obtained in all the cases. Fe pillared systems exhibit maximum activity. The catalytic activities of the systems can be correlated with the amount of strong add sites. The effects of various reaction variables on the reaction have been studied. Presence of moisture has a diminishing effect on the reaction rate.

Selective Methyl Tert-Butyl Ether Synthesis over Metal Exchanged Pillared Clays

Iron and mixed iron aluminium pillared montmorillonites prepared by partial hydrolysis method was subjected to room temperature exchange with transition metals of the first series. The materials exhibit good structural as well as thermal stability. Exchanged metals were found to be present inside the porous network, in the environs of the pillars. Mixed pillaring resulted in the intercalation of Al 13 like polymers in which Al is partially substituted by Fe. The acidic structure was followed by temperature programmed desorption of ammonia and cumene cracking test reaction. Weak and medium sites overshadow the strong sites in all systems. However, exchange with metals increases the number of strong sites. The prepared materials are efficient catalysts for gas phase MTBE synthesis. The catalytic activity can be well correlated with the total amount of weak and medium acid sites.

Liquid phase benzoylation of arenes over iron promoted sulphated zirconia

The present work undertakes the preparation and physico-chemical characterisation of iron promoted sulphated zirconia (SZ) with different amounts of iron loading and their application to Friedel-Crafts benzoylation of benzene, toluene and xylene under different experimental conditions, XRD and laser Raman techniques reveal the stabilisation of the tetragonal phase of zirconia and the existence of iron in highly dispersed form as Fe203 on the catalyst surface. The surface acidic properties were determined by ammonia temperature programmed desorption (TPD) and perylene adsorption, The results were supported by the TGA studies after adsorption of pyridine and 2,6-dimethylpyridine (2,6-DMP), Strong Lewis acid sites on the surface, which are evident from TPD and perylene adsorption studies. explain the high catalytic activity of the systems towards benzoylation. The experimental results provide evidence for the truly heterogeneous nature of the reaction. The studies also establish the resistance to deactivation in the metal incorporated sulphated systems.

Synthesis, characterization and benzylation activity of nanocrystalline chromia loaded sulfated titania prepared via sol–gel route

Chromia loaded sulfated titania has been synthesized via sol–gel route with different chromia loadings. These catalysts are characterized using conventional techniques such as XRD analysis, FTIR analysis, surface area and pore volume measurements, EDX, SEM and UV–Vis diffuse reflectance spectral analysis. Acidity is measured using spectrophotometric monitoring of adsorption of perylene, thermogravimetric desorption of 2,6-dimethylpyridine and temperature programmed desorption of ammonia. Activity studies are done in the liquid phase. It has been concluded that Lewis acid sites are responsible for the benzylation of arenes with benzyl chloride.

Influence of surface and acid properties of vanadia supported on ceria promoted with rice husk silica on cyclohexanol decomposition

Cyclohexanol decomposition activity of supported vanadia catalysts is ascribed to the high surface area, total acidity and interaction between supported vanadia and the amorphous support. Among the supported catalysts, the effect of vanadia over various wt% V2O5 (2–10) loading indicates that the catalyst comprising of 6 wt% V2O5 exhibits higher acidity and decomposition activity. Structural characterization of the catalysts has been done by techniques like energy dispersive X-ray analysis, X-ray diffraction and BET surface area. Acidity of the catalysts has been measured by temperature programmed desorption using ammonia as a probe molecule and the results have been correlated with the activity of catalysts.

Catalysis by Transition Metal Modified Ceria and Ceria-Zirconia Mixed Oxides Prepared via Sol-Gel Route

The aim of catalysis research is to apply the catalyst successfully in economically important reactions in an environmentally friendly way. The present work focuses on the modification of structural and surface properties of ceria and ceria-zirconia catalysts by the incorporation of transition metals. The applications of these catalysts in industrially important reactions like ethylbenzene oxidation, alkylation of aromatics are also investigated.Sol-gel method is effective for the preparation of transition metal modified ceria and ceria-zirconia mixed oxide since it produces catalyst with highly dispersed incorporated metal. Unlike that of impregnation method plugging of pores is not prominent for sol-gel derived catalyst materials. This prevents loss of surface area on metal modification as evident for BET surface area measurements.The powder X-ray diffraction analysis confirms the cubic structure of transition metal modified ceria and ceria-zirconia catalysts. The thermal stability is evident from TGA/DTA analysis. DR UV-vis spectra provide information on the coordination environment of the incorporated metal. EPR analysis ofCr, Mn and Cu modified ceria and a ceria-zirconia catalyst reveals the presence of different oxidation states of incorporated metal.Temperature programmed desorption of ammonia and thermogravimetric desorption of 2,6-dimethyl pyridine confirms the enhancement of acidity on metal incorporation. High a-methyl styrene selectivity in cumene cracking reaction implies the presence of comparatively more number of Lewis acid sites with some amount of Bronsted acid sites. The formation of cyclohexanone during cyclohexanol decomposition confirms the presence of basic sites on the catalyst surface.Mn and Cr modified catalysts show better activity towards ethylbenzene oxidation. A redox mechanism through oxometal pathway is suggested.All the catalysts were found to be active towards benzylation of toluene and a-xylene. The selectivity towards monoalkylated products remains almost 100%. The catalytic activity is correlated with the Lewis acidity of the prepared systems.The activity of the catalysts towards methylation of phenols depends on the strength acid sites as well as the redox properties of the catalysts. A strong dependence of methylation activity on the total acidity is illustrated.

Studies on ecophysiology of pfnafus indicus h. milne edwards in the grow-out system

In the present study, the main emphasis was to find out it seasonal and ecosystem specific variations of calcium magnesium, phosphorus, copper and zinc in the water and the sediment has any role to play in altering the concentration of these elements in different tissues of intermoult p.indicus as evidenced by the seasonal studies in the grow out and the marine ecosystems

Characterization of an extracellular alkaline serine protease from marine Engyodontium album BTMFS10

An alkaline protease from marine Engyodontium album was characterized for its physicochemical properties towards evaluation of its suitability for potential industrial applications. Molecular mass of the enzyme by matrix-assisted laser desorption ionization-mass spectrometry (MALDI-MS) analysis was calculated as 28.6 kDa. Isoelectric focusing yielded pI of 3–4. Enzyme inhibition by phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF) and aprotinin confirmed the serine protease nature of the enzyme.Km, Vmax, and Kcat of the enzyme were 4.727 9 10-2 mg/ml, 394.68 U, and 4.2175 9 10-2 s-1, respectively. Enzyme was noted to be active over a broad range of pH (6–12) and temperature (15–65 C), withmaximumactivity at pH 11 and 60 C. CaCl2 (1 mM), starch (1%), and sucrose (1%) imparted thermal stability at 65 C. Hg2?, Cu2?, Fe3?, Zn2?, Cd?, and Al3? inhibited enzyme activity, while 1 mMCo2? enhanced enzyme activity. Reducing agents enhanced enzyme activity at lower concentrations. The enzyme showed considerable storage stability, and retained its activity in the presence of hydrocarbons, natural oils, surfactants, and most of the organic solvents tested. Results indicate that the marine protease holds potential for use in the detergent industry and for varied applications.

Inverse magnetocaloric effect in sol–gel derived nanosized cobalt ferrite

The magnetocaloric properties of cobalt ferrite nanoparticles were investigated to evaluate the potential of these materials as magnetic refrigerants. Nanosized cobalt ferrites were synthesized by the method of sol–gel combustion. The nanoparticles were found to be spherical with an average crystallite size of 14 nm. The magnetic entropy change ( Sm) calculated indirectly from magnetization isotherms in the temperature region 170–320 K was found to be negative, signifying an inverse magnetocaloric effect in the nanoparticles. The magnitudes of the Sm values were found to be larger when compared to the reported values in the literature for the corresponding ferrite materials in the nanoregime.