The Stealthy Superbug: the Role of Asymptomatic Enteric Carriage in Maintaining a Long-Term Hospital Outbreak of ST228 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus.

UNLABELLED: Whole-genome sequencing (WGS) of 228 isolates was used to elucidate the origin and dynamics of a long-term outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) sequence type 228 (ST228) SCCmec I that involved 1,600 patients in a tertiary care hospital between 2008 and 2012. Combining of the sequence data with detailed metadata on patient admission and movement confirmed that the outbreak was due to the transmission of a single clonal variant of ST228, rather than repeated introductions of this clone into the hospital. We note that this clone is significantly more frequently recovered from groin and rectal swabs than other clones (P < 0.0001) and is also significantly more transmissible between roommates (P < 0.01). Unrecognized MRSA carriers, together with movements of patients within the hospital, also seem to have played a major role. These atypical colonization and transmission dynamics can help explain how the outbreak was maintained over the long term. This "stealthy" asymptomatic colonization of the gut, combined with heightened transmissibility (potentially reflecting a role for environmental reservoirs), means the dynamics of this outbreak share some properties with enteric pathogens such as vancomycin-resistant enterococci or Clostridium difficile. IMPORTANCE: Using whole-genome sequencing, we showed that a large and prolonged outbreak of methicillin-resistant Staphylococcus aureus was due to the clonal spread of a specific strain with genetic elements adapted to the hospital environment. Unrecognized MRSA carriers, the movement of patients within the hospital, and the low detection with clinical specimens were also factors that played a role in this occurrence. The atypical colonization of the gut means the dynamics of this outbreak may share some properties with enteric pathogens.

Domo Hogar, Automatització de l'habitatge

En aquest projecte crearem un sistema per automatitzar els diferents dispositius que podem trobar en una casa. En primer lloc dissenyarem el hardware que serà el sistema nerviós des del que controlarem els dispositius a través del port USB d’un ordinador. Aquest sistema nerviós serà el punt d’interconnexió entre els dispositius de la casa i l’ordinador central que els controlarà. A nivell de hardware, a més a més del mòdul d’entrades i sortides d’interconnexió amb els dispositius que hem esmentat, ens trobem amb la necessitat d’instal•lar un ordinador central i diferents aparells repartits per la casa per poder realitzar les nostres necessitats (accions dels diferents dispositius) des de qualsevol punt de la casa. Amb aquests requeriments haurem d’estudiar les diferents possibilitats per fer el nostre sistema el màxim d’eficaç possible. Finalitzat l’estudi del hardware necessari pel nostre projecte, el següent pas és dissenyar el software. Aquest software serà l’aplicació encarregada de controlar tot el maquinari que hem dissenyat anteriorment i rebrà el nom de DOMO HOGAR. Aquest estarà format per dos programes diferents, DOMO HOGAR SERVER i DOMO HOGAR TERMINAL, cadascun d’ells amb unes funcions específiques. DOMO HOGAR SERVER serà l’aplicació que residirà a l’ordinador central i que permetrà a l’administrador gestionar totes les parts de les que forma part el nostre sistema: dispositius, tasques, pre-condicions, etc... També des d’aquesta aplicació editarem el panell tàctil que mostrarem des dels diferents terminals de l’habitatge. Per últim, aquesta aplicació també s’encarregarà de resoldre les peticions que farem, tant de l’ordinador central com dels terminals, i gestionar les diferents sortides en funció de l’acció a realitzar. Paral•lelament ens trobarem l’aplicació DOMO HOGAR TERMINAL que residirà en cada un dels terminals que hi hagi a la casa. Aquesta aplicació s’inicialitzarà llegint la configuració del panell tàctil de la base de dades de l’aplicació servidor resident a l’ordinador central i reconstruint una rèplica d’aquest panell tàctil. Finalment des d’aquesta aplicació terminal podrem donar ordres que seran emmagatzemades a la llista de tasques pendents de l’ordinador central perquè les resolgui des de l’aplicació del servidor. DOMO HOGAR ha estat creat per facilitar i confortar la vida quotidiana de les persones agilitzant el nostre dia a dia i permetent-nos invertir el nostre temps en les coses realment importants.

Woody Gall symptoms in different citrus species and varieties artificially colonized by the citrus brown aphid Toxoptera citricidus

Seedlings of 41 different citrus species and varieties were massively colonized with the citrus brown aphid Toxoptera citricidus, obtained from Pêra sweet orange (Citrus sinensis) trees, presenting symptoms of the "Capão Bonito" complex of the Citrus tristeza virus (CTV). The objective was to evaluate resistance or tolerance of the varieties to that virus complex, but even after eight months of inoculation no stem pitting was observed in the plants. Otherwise, the presence of galls similar to those induced by the vein enation-woody gall disease was observed in 73% of the plants of Volkamer Palermo (Citrus volkameriana), 60% of the Volkamer Catania 2, 2% of the Rangpur Lime D.22.30 (Citrus limonia), 13% of the Volkamer Australian Red, the Rangpur Lime hybrid, the Orlando tangelo (Citrus reticulata x Citrus paradisi) and the Florida Rough lemon (C. jambhiri), and 7% of the Carrizo citrange (Poncirus trifoliata x Citrus sinensis). The highest incidence and the largest gall size were observed in the Palermo Volkamer showing that this clone would be the most suitable to be used as an indicator plant in biological indexing tests for the disease. There are no previous reports in the literature about the occurrence of woody galls in Orlando tangelo and Carrizo citrange.

Histologia da interação Colletotrichum guaranicola e Paullinia cupana var. sorbilis em clones resistente e suscetível

Foi estudado o processo de infecção de Colletotrichum guaranicola em clones de guaranazeiro (Paullinia cupana var. sorbilis) resistente e suscetível, por meio de microscopia de luz. Avaliaram-se quantitativamente os eventos de pré-penetração em folhas novas e velhas dos clones. Observou-se diferença quantitativa quanto à formação de apressório em folhas novas e velhas dos clones, sendo maior em folhas novas do clone suscetível. Estruturas de pré-penetração e infecção foram semelhantes nos dois clones. O processo de infecção teve inicio após a germinação do fungo e formação de apressório na superfície do hospedeiro, seguido de penetração direta da cutícula e da parede celular das células epidérmicas. Dentro da célula, a hifa de infecção deu origem a uma vesícula, que em seguida formou a hifa primária que se ramificou, originando a hifa secundária, que colonizou intra e intercelularmente a epiderme e o parênquima, causando desorganização dos tecidos e necrose. Observou-se uma diferença temporal na colonização dos tecidos dos clones. No clone suscetível, com 48 h após a inoculação, as células da epiderme e do parênquima estavam colonizadas por hifas intra e intercelulares. No quinto dia após a inoculação, observou-se o surgimento dos sintomas. No clone resistente, a colonização só foi observada no quarto dia após a inoculação. Somente no sétimo dia após a inoculação, foram observados os primeiros sintomas típicos da doença.

Natural colonization of leaves of 'Pêra' sweet orange and related varieties by Guignardia citricarpa

The purpose of this research was to evaluate the differences in the colonization and production of structures in the leaves of 'Pêra' sweet orange (Citrus sinensis) clones and related varieties by Guignardia citricarpa. The natural colonization and the production of reproductive structures in the leaves and in vitro of ten 'Pêra' sweet orange was quantified in the following clones: Bianchi, Dibbern C.V., EEL, IAC 2000, Olímpia 15161, Premunizada 1212, Premunizada 1743/82, R. Gullo 1569/244, R. Gullo 1570/246 and Vimusa; and in five related varieties: Redonda C.N, Ovale 968, Ovale San Lio 969, Lamb Summer and Corsa Tardia. The quantification of the colonization density of G. citricarpa in the leaves was obtained through isolation. Incidence and colonization density (cm²) were calculated for each clone. The production of reproductive structures was accomplished through the moistening and drying process of the leaves. The incidence (percentage of affected leaves) and the leaf surface percentage occupied by the reproductive fungus structures were quantified. The in vitro production of reproductive structures was accomplished in water-agar medium. The number of immature and total reproductive fungus structures (cm²), and the percentage of picnidia with liberation of spores were quantified. Significant differences were not observed among clones related to the colonization of the leaves. But there were differences in the induction experiments, i.e., in the leaf surface percentage occupied by the reproductive fungus structures and the in vitro production of reprodutive fungus structures.

Variabilidade de isolados de Microcyclus ulei no Sudeste da Bahia

O fungo Microcyclus ulei, causador do mal-das-folhas da seringueira (Hevea brasiliensis), é o maior responsável pelo insucesso da heveicultura nas áreas tradicionais de cultivo no Brasil. Com o objetivo de conhecer melhor a diversidade desse patógeno foram estudados 50 isolados, obtidos nos anos 1997 e 1998, de uma área de 5.000 ha de seringueira da "Plantações Michelin da Bahia", no Sudeste da Bahia, através do tipo de reação de 12 clones de seringueira. As inoculações foram realizadas na face inferior dos folíolos jovens, repetidas três ou mais vezes em plantas diferentes, em câmara úmida com umidade superior a 95% e temperatura variando de 23 a 26 ºC. Após 12 dias efetuaram-se as avaliações, utilizando-se uma escala de notas de 1 a 6, que mede a virulência e a intensidade de esporulação. Foram identificados 36 padrões de virulência entre os 50 isolados testados, sendo que 21 apresentaram virulência a mais de nove clones e nenhum foi virulento a todos os 12 clones diferenciadores. A agressividade dos isolados, avaliada através da intensidade de esporulação, variou bastante com o clone. A exceção dos isolados FTP 11 e FTP 44, que de modo geral apresentaram uma agressividade fraca, um mesmo isolado apresentou-se altamente agressivo a um determinado clone e fracamente agressivo a outro. Alguns isolados, entretanto, mostraram uma alta agressividade aos clones de Hevea benthamiana, e outros aos clones de H. brasiliensis. Quatro isolados pareceram especializados sobre o clone FX 2784.

Resistência de clones e híbridos de porta-enxertos de citros à gomose de tronco causada por Phytophthora parasitica

Sete grupos de híbridos entre porta-enxertos elite de citros (Citrus sp.) e seus genitores foram estudados quanto a reação à infecção de tronco por Phytophthora parasitica, em plantas adultas no campo. Inocularam-se artificialmente, em duas posições do tronco, 132 plantas nucelares dos genitores e 486 híbridos entre limão (Citrus limonia) Cravo 'Limeira' (C), Poncirus trifoliata 'Davis A' (T), tangerina (C.sunki) 'Sunki' (S) e laranja Azeda (C. aurantium) 'São Paulo' (A). A classificação do grau de resistência à gomose de tronco em plantas adultas no campo foi possível somente quando baseada na média do tamanho de lesões de mais de 30 plantas nucelares, devido às grandes variações observadas em plantas individuais do mesmo clone, impossibilitando a seleção precoce de híbridos baseada em valores de plantas individuais. O trifoliata e a laranja Azeda mostraram-se bastante resistentes, desenvolvendo, em geral, lesões de tamanho reduzido. A tangerina Sunki e o limão Cravo desenvolveram lesões maiores, embora a tangerina Sunki tenha mostrado uma tendência em desenvolver lesões maiores que às do limão Cravo. Híbridos de trifoliata apresentaram, no geral, lesões intermediárias. Os híbridos de Azeda apresentaram lesões de tamanhos bastante variáveis, porém a maioria, com lesões grandes. Da mesma forma comportaram-se os híbridos recíprocos entre Sunki e Cravo.

Avaliação da variabilidade do Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 por análise de seqüências de nucleotídeos e polimorfismo conformacional de fita simples

As principais espécies de vírus envolvidas na etiologia do enrolamento da folha da videira (Vitis spp.) são Grapevine leafroll-associated virus 1 e 3 (GLRaV-1 e -3). Neste estudo da variabilidade desses vírus, foram amplificados dois fragmentos de DNA (396 bp do GLRaV-1 e 602 bp do GLRaV-3) por RT-PCR, a partir de RNA total extraído de nervuras e pecíolos de videiras infetadas, utilizando-se dois pares de oligonucleotídeos. Os DNAs amplificados foram clonados e reamplificados, a partir dos clones recombinantes, e comparados quanto às diferenças conformacionais das fitas simples desnaturadas (SSCP). Foram observados dois padrões distintos de perfis eletroforéticos para cada vírus, tendo sido seqüenciado pelo menos um clone viral correspondente a cada padrão. As duas seqüências de nucleotídeos obtidas para o GLRaV-1 apresentaram maior homologia (79,8% e 87,4%) com um isolado australiano e as duas seqüências relativas ao GLRaV-3 exibiram maior homologia (75,1% e 81,8%) com um isolado norte-americano. Os resultados demonstraram a ocorrência de seqüências variantes destes vírus nas videiras analisadas.

Transmissão por afídeos e afinidade a Buchnera sp. GroEL de um mutante deletério da proteína de RTD do Potato leafroll virus

Potato leafroll virus (PLRV), gênero Polerovirus, família Luteoviridae, é transmitido por afídeos de um modo persistente e circulativo. Membros da família Luteoviridae associam-se a um homólogo de GroEL produzido pelo endosimbionte primário (Buchnera sp.) de afídeos para evitar a degradação na hemolinfa. Partículas purificadas de luteovirus contêm dois tipos de proteínas: a capa protéica (CP) de ~22 kDa e um componente "capsidial" de 54 kDa, o qual é uma forma truncada de uma proteína de "transleitura" a partir do códon de terminação do gene da CP. O domínio de transleitura (RTD) contém determinantes responsáveis pela transmissão do vírus. Um clone de cDNA infeccioso do PLRV e um mutante deletério da RTD foram usados para analisar as interações entre esse luteovirus e seu afídeo vetor Myzus persicae. As partículas mutantes do PLRV, deficientes da proteína RTD inteira, não foram transmissíveis por M. persicae e não se ligaram a Buchnera GroEL. Adicionalmente, esse mutante foi menos persistente na hemolinfa do afídeo do que o vírus selvagem.

Caracterização de uma população de cacaueiro para mapeamento de genes de resistência à vassoura-de-bruxa e podridão-parda

O cacaueiro (Theobroma cacao) é alvo de diversas enfermidades, sendo que a podridão-parda, causada por Phytophthora spp. é a principal delas mundialmente. Entretanto, no Brasil, a vassoura-de-bruxa causada por Crinipellis perniciosa, é a mais devastadora. A busca de fontes de resistência às doenças é a etapa básica para programas de melhoramento genético e, nesse sentido, este estudo objetivou caracterizar quantitativamente uma progênie oriunda do cruzamento entre os clones SIC-864 e CCN-51, dois genótipos contrastantes para diversas características, inclusive para resistência à vassoura-de-bruxa e podridão-parda. Foram avaliados em condições de campo o número médio de frutos por planta por ano, porcentagem de frutos sadios, porcentagem de frutos com vassoura-de-bruxa, porcentagem de frutos com podridão-parda, número médio de vassouras vegetativas por planta por ano e número médio de vassouras de almofada floral por planta por ano, durante um período de quatro anos. As estatísticas descritivas da produtividade e da resistência a doenças foram calculadas considerando os valores máximo, médio e mínimo, o desvio padrão, o coeficiente de variação, e a distribuição da freqüência. O coeficiente de repetibilidade foi calculado para estimar a acurácia da variação fenotípica por efeitos ambientais pelos métodos da análise de variância, componentes principais e análise estrutural. Foi demonstrado o caráter segregante dessa progênie para resistência à vassoura-de-bruxa e à podridão-parda e para outras características, mostrando a utilidade da população para estudos de mapeamento genético utilizando marcadores moleculares, visando identificar genes de resistência e "quantitative trait loci" (QTLs) dissimilares dos encontrados no clone Scavina-6, tradicionalmente usado em programas de melhoramento genético do cacaueiro.

Progresso de epidemias e avaliação de danos da ferrugem em clones de álamo

A ferrugem do álamo (Melampsora medusae) causa sérios prejuízos no viveiro e tem sido cada vez mais freqüente em plantações, principalmente nos clones mais suscetíveis. O comportamento dos clones em relação a epidemias de ferrugem nas plantações brasileiras não é conhecido. Este trabalho teve como objetivos quantificar o progresso de epidemias em sete clones de álamo e correlacionar doença com produção por meio de relações entre incidência, severidade e índice de área foliar com o diâmetro do tronco do hospedeiro. As avaliações foram realizadas em sete clones de álamo: 'Argos'; 'Gaupiara'; 'Guarani'; 'JB'; 'Latorre'; 'SJ'; 'SM'. Cada clone compunha um talhão, todos com seis anos de idade. A severidade e a incidência da doença, o índice de área foliar (IAF) e o diâmetro à altura do peito (DAP) foram quantificados em dez plantas escolhidas aleatoriamente dentro de cada talhão de novembro a abril de 98/99, 99/00 e 00/01. Os clones mais suscetíveis à doença foram Latorre e Guarani, SJ foi resistente e Guapiara, SM, JB e Argos, intermediários. O modelo logístico apresentou um bom ajuste aos dados de severidade da ferrugem e a epidemia foi mais severa no ciclo de 99/00, onde as temperaturas variaram entre 15,5 e 26,5 ºC. Não houve relação significativa entre severidade da doença e diâmetro à altura do peito (DAP). Nos clones suscetíveis, a duração da área foliar (DAF), que é a integralização da curva do IAF, foi relacionada com o DAP com coeficientes de determinação da regressão linear de 0,73 e 0,56 para Guarani e Latorre, respectivamente. O clone Latorre mostrou-se relativamente tolerante à doença, com alta severidade (100 a 150 pústulas/cm²) e redução do DAP de 5%, enquanto no Guarani a redução do DAP foi de 17%.

Variáveis climáticas associadas à incidência de mofo-cinzento em eucalipto

Com base em dados de infecção natural avaliou-se a incidência do mofo-cinzento, causado por Botrytis cinerea, em 14 clones de Eucalyptus spp. em relação às condições climáticas predominantes em um viveiro clonal localizado em Belo Oriente, Minas Gerais. A temperatura máxima, mínima e média, precipitação pluviométrica e umidade relativa do ar foram coletadas entre 1991 e 2004. A incidência da doença foi avaliada mensalmente em 2004 em todas as fases de produção de mudas clonais de eucalipto. A presença do patógeno foi avaliada na água coletada do efluente de fertirrigação. A incidência do mofo-cinzento correlacionou-se melhor e negativamente com a temperatura máxima. Os resultados indicaram que a temperatura máxima é a variável a ser monitorada para fins de previsão da doença, a qual apresenta alto risco de incidência quando a temperatura máxima registrada for inferior a 27 ºC. Dentre os 14 clones propagados em 2004, o clone 957 (híbrido de Eucalyptus urophylla) apresentou menor incidência da doença, sob condições de infecção natural. Observou-se que o fungo encontra-se comumente associado a mudas de eucalipto e que o desenvolvimento da epidemia é regulado por temperaturas amenas, uma vez que, condições de alta umidade relativa e presença de água livre no hospedeiro ocorrem constantemente, em virtude das freqüentes irrigações requeridas para produção de mudas. Constatou-se que a água reutilizada, coletada no efluente de irrigação, contém inóculo do patógeno.

Eficiência de fungicidas sistêmicos para o controle de Cylindrocladium candelabrum em eucalipto

Várias espécies de Cylindrocladium podem causar doenças em mudas de eucalipto, na propagação clonal. Apesar de, em algumas situações, fungicidas serem imprescindíveis no controle desses patógenos, faltam estudos para avaliar a efetividade desses produtos. Por isso, objetivou-se selecionar fungicidas sistêmicos para controlar C. candelabrum, determinar o efeito protetor, curativo e anti-esporulante dos fungicidas, sua translocação e persistência em plantas de eucalipto. Nos experimentos in vitro foram testados: azoxystrobin (AZO), triadimenol (TRI), boscalid (BOS), pyraclostrobin (PYR), carbendazim (CAR), tetraconazole (TET), tebuconazole (TEB), epoxiconazole+pyraclostrobin (EPO-PYR) e epoxiconazole (EPO) nas concentrações 0,1, 1, 5, 10, 50, 100 e 1000 µg de i.a/mL. Nos experimentos in vivo, utilizou-se um clone suscetível a C. candelabrum (Eucalyptus grandis x E. urophylla). Excetuando-se o estudo da atividade translaminar, aplicaram-se os fungicidas, em ambas as faces do limbo foliar. Após 24 h, as plantas foram inoculadas com suspensão de 10(5) conídios/mL de C. candelabrum. Testou-se o efeito protetor dos fungicidas, em diferentes concentrações: AZO (0,2; 0,25; 0,4; 0,65 e 0,8 g/L), EPO (0,75; 1,125; 1,5; 1,875 e 2,25 mL/L), EPO-PYR (1,25; 1,875; 2,5; 3,125 e 3,75 mL/L), PYR (0,75; 1,125; 1,5; 1,875 e 2,25 mL/L) e TEB (0,75; 1,125; 1,5; 1,875 e 2,25 mL/L), selecionados nos testes in vitro. Para avaliar o efeito curativo, anti-esporulante, a persistência e a atividade translaminar, utilizaram-se os fungicidas: AZO (0,4 g/L), EPO (1,5 mL/L), EPO-PYR (2,5 mL/L) e TEB (1,5 mL/L). Obteve-se efeito protetor, curativo e anti-esporulante com EPO, EPO-PYR e TEB, os quais tiveram atividade translaminar e persistência nos tecidos foliares.

Epidemiological analysis of clones and cultivars of potato in soil naturally infested with Ralstonia solanacearum biovar 2

The objectives of this study were to evaluate the progress of Ralstonia solanacearum bacterial potato wilt biovar 2 (race 3) in 14 potato (Solanum tuberosum L.) cultivars or clones, the resistance of potato clone MB 03 (selected in Brasília, Brazil) to race 1 of R. solanacearum, and the occurrence of the pathogen in tubers harvested from asymptomatic potato plants. During the spring (September to the end of November in the southern hemisphere) of 1999 and 2000, 14 cultivars or clones were grown in a field naturally infested with R. solanacearum biovar 2, in Caxias do Sul, RS. The number of wilted potato plants was recorded each week and a disease progress curve plotted, the resistance of the potato genotypes to bacterial wilt being evaluated by determining the area under the curve. Various models were evaluated to fit the curves, with the logistic model being the best fit. At the end of each growing season tubers produced by asymptomatic plants were harvested and stored until budding and then tested for the presence of R. solanacearum. Cultivar Cruza 148 and clone MB 03 were the most resistant but both showed tubers with latent infections. The epidemiological implications of the incidence of R. solanacearum biovar 2 (race 3) in potato crops, as well as the resistance of certain genotypes that may harbor latent infections, are important aspects to be considered in the integrated management of bacterial wilt.

Detecção do Sugarcane mosaic virus no Paraná e limpeza somaclonal por cultura de tecidos

Um isolado do Sugarcane mosaic virus (SCMV) causando sintomas de mosaico em plantas de cana-de-açúcar do clone RB925268 foi identificado no estado do Paraná. Gemas axilares extraídas de colmos infectados, medindo de 4 a 8 mm, foram utilizadas como explantes e regeneradas em plântulas em meio de cultura MS, suplementado ou não com o antiviral ribavirina, nas concentrações variando de 10-60 mg/L. O efeito fitotóxico da ribavirina foi constatado, resultando na morte dos explantes em concentrações iguais ou superiores a 30 mg/L. Após seis meses de aclimatação das plantas em estufa plástica, o vírus não foi detectado nas plantas provenientes do meio MS contendo ribavirina na concentração de 25 mg/L, confirmado através dos ensaios de inoculação mecânica em sorgo 'Rio' e de RT-PCR.