Testicular Function in Biotin-Deficient Adult Rats

We have studied testicular function in the biotin- deficient rat biochemically and morphologically. Serum testosterone and luteinizing hormone (LH) levels were decreased significantly in the deficient rats. Administration of biotin or gonadotropins to the deficient rats reversed this decrease in serum testosterone. There was no difference in the serum cholesterol level between the control and biotin-deficient rats. A significant degree of sloughing of seminiferous tubule germinal epithelium was noticed in the biotin-deficient rat testes. Biotin treatment of biotindeficient rats reversed this condition whereas testosterone treatment was without any effect. The development and maintenance of morphological and functional integrity of the seminiferous tubules appears to require a biotin-mediated step in addition to testosterone.

Studies on the reproductive endocrinology of the penaeid prawn, Penaeus indicus H. Milne Edward

The present investigation has been carried out to understand the process and events leading to maturation of the ovary and testis in the Indian white prawn Penaeus indicus. The study includes the classification of the ovarian maturity stages based on its colour, gonadosomatic index, oocyte diameter and morphological changes in the oocyte. Further the process of oogenesis has been investigated using light and electron microscopic techniques. A histochemical study of the ovary has also been carried out to determine the sequence in which yolk substances are synthesized or sequestered in the oocytes and also to elicit the nature of the penaeid yolk material. The process of spermatogenesis and the development of the spermatophore has been studied in detail using light and electron microscopic methods. In addition a brief histochemical study on the testis was also made to understand the nature of the organic reserves in the sperm cells.

Untersuchungen zur Eliminierung und Resorption von Zink aus Säugerspermatozoen während der Nebenhodenpassage

Während der Spermatogenese wird das Element Zink an die Sulfhydrylreste der Cysteine in den Mantelfaserproteinen der Spermienflagellen gebunden. So kann in den noch unreifen Mantelfasern die ungerichtete Ausbildung von Disulfidbrücken verhindert werden. Im Zuge der Spermatozoenreifung während der Nebenhodenpassage wird dieses Zink androgenabhängig zu einem hohen Prozentsatz wieder eliminiert. Die nun gerichtete Ausbildung von Disulfidbrücken ermöglicht die Versteifung der Mantelfasern. Diese Rigidität stellt die Voraussetzung zur progressiven Motilität dar, ohne die eine Fertilisierung der Eizelle im weiblichen Genitaltrakt nicht möglich ist. Da eine negative Korrelation zwischen dem Zinkgehalt von Flagellen und ihrer Motilität besteht (Henkel et al., 1999), hat die Zinkeliminierung während der Nebenhodenpassage eine entscheidende Bedeutung in der Entwicklung der Spermatozoen. Die vorliegende Arbeit untersucht die Mechanismen der epididymalen Zinkeliminierung sowie die an diesem Prozess beteiligten Komponenten und den Verbleib des eliminierten Zinks am System des Bullen, der Ratte und des Menschen. Mittels proteinchemischer Verfahren kann im bovinen System ein zinkbindendes 60 kDa-Protein als Albumin identifiziert werden. Ein 80 kDa-Protein mit zinkbindenden Eigenschaften bleibt unidentifiziert. Die Zinkbindungskapazität der fraktionierten Proteine ist dabei im Caput epididymidis am stärksten ausgeprägt. Atomabsorptionsspektralphotometrische Untersuchungen zeigen die höchsten flagellären Zinkwerte in den Spermien des Rete testis und eine Abnahme des Zinkgehalts zwischen Nebenhodenkopf und -körper. Durch Autometallographie kann eine epitheliale Zinkresorption im Nebenhodenschwanz nachgewiesen werden. Dort erfolgt auch die basale Anreicherung des Zinks. Am Zinkstoffwechsel scheint auch der Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) beteiligt zu sein. Dieser ist ein Zytokin mit Oxidoreduktasecharakter und kommt unter anderem im Nebenhodenepithel sowie in den Vesikeln des Nebenhoden-Fluids der Ratte vor. MIF zeigt in den hier durchgeführten Untersuchungen sowohl in systemhomologer, als auch in rekombinanter Form in vitro eine Zink-eliminierende Wirkung auf Rattenspermatozoen des Caputs und der Cauda epididymidis und hat somit möglicherweise Einfluss auf den Reifungsprozess der Spermien im Nebenhoden. Lit.: Henkel R, Bittner J, Weber R, Hüther F, Miska W (1999). Relevance of zinc in human sperm flagella and its relation to motility. Fertil Steril 71: 1138-1143

Multiclass Classification of SRBCTs

A novel approach to multiclass tumor classification using Artificial Neural Networks (ANNs) was introduced in a recent paper cite{Khan2001}. The method successfully classified and diagnosed small, round blue cell tumors (SRBCTs) of childhood into four distinct categories, neuroblastoma (NB), rhabdomyosarcoma (RMS), non-Hodgkin lymphoma (NHL) and the Ewing family of tumors (EWS), using cDNA gene expression profiles of samples that included both tumor biopsy material and cell lines. We report that using an approach similar to the one reported by Yeang et al cite{Yeang2001}, i.e. multiclass classification by combining outputs of binary classifiers, we achieved equal accuracy with much fewer features. We report the performances of 3 binary classifiers (k-nearest neighbors (kNN), weighted-voting (WV), and support vector machines (SVM)) with 3 feature selection techniques (Golub's Signal to Noise (SN) ratios cite{Golub99}, Fisher scores (FSc) and Mukherjee's SVM feature selection (SVMFS))cite{Sayan98}.

Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research. Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchers working on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences, biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information is encoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problems in cancer research in which analysis of compositions plays an important role. The problems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection of lung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostic tumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it's role in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partial solution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas in which additional statistical development is needed with the hope of encouraging more compositional data analysts to become involved in biomedical research

“Unmixing” Tissue Gene Expression Signatures from Tumor Biopsies

Emergent molecular measurement methods, such as DNA microarray, qRTPCR, and many others, offer tremendous promise for the personalized treatment of cancer. These technologies measure the amount of specific proteins, RNA, DNA or other molecular targets from tumor specimens with the goal of “fingerprinting” individual cancers. Tumor specimens are heterogeneous; an individual specimen typically contains unknown amounts of multiple tissues types. Thus, the measured molecular concentrations result from an unknown mixture of tissue types, and must be normalized to account for the composition of the mixture. For example, a breast tumor biopsy may contain normal, dysplastic and cancerous epithelial cells, as well as stromal components (fatty and connective tissue) and blood and lymphatic vessels. Our diagnostic interest focuses solely on the dysplastic and cancerous epithelial cells. The remaining tissue components serve to “contaminate” the signal of interest. The proportion of each of the tissue components changes as a function of patient characteristics (e.g., age), and varies spatially across the tumor region. Because each of the tissue components produces a different molecular signature, and the amount of each tissue type is specimen dependent, we must estimate the tissue composition of the specimen, and adjust the molecular signal for this composition. Using the idea of a chemical mass balance, we consider the total measured concentrations to be a weighted sum of the individual tissue signatures, where weights are determined by the relative amounts of the different tissue types. We develop a compositional source apportionment model to estimate the relative amounts of tissue components in a tumor specimen. We then use these estimates to infer the tissuespecific concentrations of key molecular targets for sub-typing individual tumors. We anticipate these specific measurements will greatly improve our ability to discriminate between different classes of tumors, and allow more precise matching of each patient to the appropriate treatment

Nivel de concordancia en la interpretación de calcificaciones mamarias en las pacientes que fueron llevadas a biopsia por esterotaxia en la FCI –IC entre noviembre de 2004 a noviembre de 2008

Propósito: establecer la variabilidad inter observador en la categorización de las microcalcificaciones mamográficas según la clasificación vigente (BIRADS 4 edicion) entre dos evaluadores mediante un estudio de concordancia de consistencia. Determinar las razones de probabilidad y el valor predictivo positivo de categoría de microcalcificaciones. Materiales y métodos: este estudio incluye 108 placas mamográficas de 107 pacientes , mujeres con edades entre los 31 y 90 años a quienes se les había practicado biopsia guiada con esterotaxia por calcificaciones mamarias en la FCI – IC entre noviembre de 2004 a noviembre de 2008 y cuyos registros mamograficos se encontraran disponibles para análisis. Se diseñó una hoja de recolección de datos con la cual dos examinadores calificaban las calcificaciones según se describen en el BIRADS 4 edición sin conocer el resultado de la patología ni la calificación del otro examinador (doble ciego). Posteriormente se aplico un análisis Kappa Ponderado para determinar el nivel de concordancia más allá del azar entre los dos examinadores. Se Calcularon los valores predictivos positivos y las razones de probabilidad para cada categoría de calcificaciones.

Concordancia del diagnostico radiológico vs biopsia en patología pulmonar

En Colombia, la patología pulmonar es una de las causas mas frecuentes de consulta y morbilidad de servicios de medicina general y de medicina interna. Algunas de las patologías que se presentan a nivel neumológico requieren de un diagnostico exacto para su adecuado tratamiento, ya sean estas de índole infeccioso, tumoral u ocupacional. El Hospital Santa Clara (ESE) es una institución pública de referencia en enfermedades neumológicas en Bogotá y durante muchos años en el país. El servicio de anatomía patológica cuenta con un archivo sistematizado desde 1997 en el cual se identificó cada paciente con los diagnósticos emitidos por estudio de lavado broncoalveolar (BAL), biopsia transbronquial y biopsia abierta. Con los datos de este archivo y teniendo acceso a las historias clínicas de los pacientes fue revisado el diagnostico radiológico previo a las pruebas de patología para evaluar el grado de correlación entre los mismos. Se encontró registro de 268 pacientes en la base de datos ya mencionada, sobre los cuales se realizo el análisis por variables encontrando que la mayoría de procedimientos se realizo en hombres, con una edad promedio de 51 anos y diagnóstico más frecuente con el estudio anatomopatológico son las neoplasias primarias y el menos frecuente como es de esperarse por el fácil diagnostico de la misma con estudios no invasivos es la TBC. Para el estudio de concordancia diagnostica solo se tubo acceso a la información completa de 58 pacientes sobre los cuales se hizo el análisis encontrando un grado de concordancia débil (Kappa de 0.3236). El bajo grado de concordancia diagnostica encontrado podría estar influenciado por los problemas metodológicos propios de un estudio en el cual la información es tomada de historias clínicas, teniendo en cuenta que no se pudo hacer control de sesgos tan importantes como el grado de entrenamiento y experiencia de los diferentes radiólogos que realizaron la lectura, lo cual tiene también gran influencia en los resultados. Es necesario realizar estudios futuros donde se tenga en cuenta las dificultades técnicas que se tuvieron durante el desarrollo de este trabajo por la metodología utilizada y la influencia que pueden tener en los resultados para mejorarlos.

Compromiso renal en artritis idiopática juvenil (AIJ) en una población de pacientes colombianos

La artritis idiopática juvenil AIJ es la entidad más frecuente de las enfermedades reumatológicas en la infancia. No se conoce la prevalencia global del compromiso renal en los pacientes con AIJ, considerándose de rara ocurrencia. Objetivo: Describir el compromiso renal en niños con diagnóstico de artritis idiopática juvenil (AIJ) en la Clínica Infantil Colsubsidio atendidos en el periodo comprendido entre marzo de 2006 y marzo de 2010 Materiales y métodos: Estudio retrospectivo descriptivo de serie de casos. Pacientes de la Clínica Infantil Colsubsidio con diagnóstico de AIJ, con posterior revisión sistemática de las historias clínicas. Se introdujeron los datos a una base creada en Excel 2007 y se realizó el análisis estadístico con el programa estadístico STATA 10.1 Resultados: 35 pacientes del género masculino (30.43%) y 80 del femenino (69.57%). Con una mediana de edad de 7 años . La prevalencia de compromiso renal para esta población fue de 30.43%. con diferencias estadísticamente significativas en las variables relación proteinuria / creatinuria y proteinuria de 24 horas .Se realizó biopsia renal en 3 pacientes (2.61% de la población) con nefropatía de cambios mínimos. Se encontraron diferencias estadísticamente significativas en cuanto al uso de prednisolona, metotrexate oral y metotrexate intravenoso. Conclusiones: El compromiso renal representa una complicación importante y no tan infrecuente en los paciente que padecen AIJ. Se observó una mayor prevalencia en los pacientes con AIJ que usaron prednisolona y metotrexate endovenoso, sin que esto represente una asociación causal. Se sugiere la realización de un estudio prospectivo.

Concordancia entre citologia cervico vaginal anormal, colposcopia y biopsia de cervix de usuarias de la Clinica Colombia

El cáncer de cuello uterino, es una de las principales causas de morbimortalidad por cáncer a nivel mundial, el cual se perfila como un problema de salud pública; que gracias a la introducción de la toma de citología cervico vaginal como prueba de tamizaje, para detección temprana de cáncer de cuello uterino, ha venido en descenso. La sociedad Americana de Cáncer en estado Unidos, estima 11.270 casos nuevos para el 2009 y a nivel mundial, casi 500.000 casos nuevos (1,2). Actualmente, según las últimas estadísticas del Instituto Nacional de Cancerología 2009, comprende un 19,1% de casos nuevos. En el siguiente estudio se realizó un análisis descriptivo de concordancia, entre la citología cervico vaginal anormal, con el reporte de colposcopia y el estudio histológico (biopsia de cérvix); así como las principales alteraciones citológicas, según la clasificación de Bethesda que se presentan en las pacientes que son remitidas a la consulta de Ginecología Oncológica de la clínica Colombia. Los resultados obtenidos del estudio, nos mostró una concordancia kappa pobre a débil entre las variables: citología cervico vaginal anormal, colposcopia y biopsia de cérvix, en la Clínica Universitaria Colombia. Se recomienda realizar nuevos estudios de concordancia, previa modificación del informe de colposcopia de la CUC, para así poder unificar todos los conceptos, con el sistema de Bethesda, y el histológico y obtener un mejor resultado de concordancia.

Impacto de un curso teórico de mamografía en la categorización de microcalcificaciones de acuerdo al BI-RADS 4ed

Introducción: Por medio del presente estudio se busca determinar el impacto de un curso teórico de mamografía en la categorización de microcalficaciones mamarias. Materiales y métodos: Se realizó un estudio doble ciego para evaluar la variación de los valores predictivos positivos (VPP) de los descriptores morfológicos y de distribución de calcificaciones del BI-RADS 4ed, luego de un curso teórico de mamografía de 6 horas distribuido en 12 charlas semanales de 30 minutos. Se utilizó la base de datos de un estudio previo, en el cual dos radiólogos clasificaron las calcificaciones presentes en 108 mamografías de pacientes con diagnóstico histológico. Se realizó una nueva categorización de las calcificaciones según los descriptores. Se calcularon además, los valores kappa ponderados de concordancia intra e inter-observador, la sensibilidad y especificidad. Resultados: Para las calcificaciones de alta probabilidad de malignidad (pleomórficas finas y lineales ramificadas en conjunto), se obtuvieron VPP de 41 y 40%, con aumento leve respecto a la lectura inicial. El índice kappa ponderado para el acuerdo inter-observador fue de 0,305 lo que indica concordancia débil, con discreto incremento respecto a la evaluación inicial 0,260. La concordancia intra-observador para el evaluador 1 dio un valor kappa 0,471, moderada; y para el evaluador 2 un valor kappa 0,400, débil. Discusión: Un módulo teórico corto permite mejorar ligeramente la concordancia inter-observador en la evaluación de microcalcificaciones mamarias mediante el BI-RADS 4ed, así como los valores predictivos positivos de microcalficaciones de alta probabilidad de malignidad.

ADN libre plasmático como marcador molecular en lesiones pre-neoplásicas de cuello uterino y su asociación con VPH

Introducción: La concentración de ADN libre en plasma ha sido investigada como un biomarcador tumoral en diferentes tipos de cáncer. Sin embargo, son pocos los estudios que evalúan la concentración ADN libre en pacientes con cáncer cervical y hasta la fecha no hay estudios en pacientes con lesiones pre-cancerosas cervicales. Objetivo: Establecer la asociación entre la concentración de ADN libre y el grado de la neoplasia cervical y evaluar su posible asociación con el tipo viral. Metodología: Estudio de prevalencia de tipo analítico con un muestreo no probabilístico. Se cuantifico el ADN libre en plasma por PCR en tiempo real de 92 pacientes que presentaban algún tipo de lesión intraepitelial cervical, confirmado por biopsia en diferentes instituciones de la ciudad de Bogotá. Adicional a esto se realizó la genotipificación del virus por Reverse Line Blot. Resultados: La concentración de ADN libre en plasma de pacientes con lesiones pre-cancerosas fue 4515 ± 16402 ng/ µl (media ± DS), LIEBG fue de 5188.7 ± 14876.5 ng/ µl (media ± DS), en pacientes con LIEAG fue de 830.3 ± 1515.508 ng/ µl (media ± DS), en pacientes con resultado negativo fue de 7024.7 ± 24107.5 ng/ µl (media ± DS). Los serotipos encontrados en la poblacion de estudio no presentaron asociacion con la concentracion de ADN libre. Discusión: Los resultados demostraron que la concentración absoluta de ADN libre en plasma no tiene un valor predictivo para diferenciar los tipos de lesión pre-neoplasica de cuello uterino, puesto que no se encontraron diferencias significativas en la concentración de ADN libre en plasma de las diferentes etapas progresivas de cáncer de cuello uterino (p;0.57, gl;3 alfa 0.05) de la misma forma el serotipo no contribuye a explicar la concentración de ADN libre.

Características clínicas y sociodemográficas de pacientes colombianos con Síndrome de Sjögren solo y asociado a otras enfermedades autoinmunes

Introducción: Dado que una de las principales comorbilidades asociadas al síndrome de Sjögren es la presencia de otra enfermedad autoinmune, el objetivo de este estudio fue investigar la frecuencia de poliautoinmunidad en pacientes con síndrome de Sjögren y evaluar sus factores asociados. Métodos: Este fue un estudio de corte transversal en el que 410 pacientes con síndrome de Sjögren (por criterios del Consenso Americano-Europeo, incluyendo biopsia positiva) fueron sistemáticamente incluidos e investigados para la presencia de otra enfermedad autoinmune. Los datos recogidos fueron evaluados mediante análisis de regresión logística y el índice de Rogers y Tanimoto para evaluar factores asociados y agrupamiento. Resultados: Hubo 134 (32.6%) de pacientes con síndrome de Sjögren y otra enfermedad autoinmune. La enfermedad tiroidea autoinmune, artritis reumatoide, lupus eritematosos sistémico y enfermedad inflamatoria intestinal fueron observados en un 21.5%, 8.3%, 7.6% y 0.7% respectivamente. Hubo 35 (8.5%) pacientes con síndrome autoinmune múltiple. El hábito de fumar, historia previa de abortos, positividad de los anticuerpos antinucleares (ANAS) y una mayor duración de la enfermedad fueron los factores de riesgo más fuertes para el desarrollo de poliautoinmunidad. Discusión: Este estudio da a conocer la alta prevalencia de poliautoinmunidad en una población bien definida de pacientes con síndrome de Sjögren, los factores asociados para el desarrollo de esta complicación y su patrón de agrupamiento. Estos resultados pueden servir para definir enfoques plausibles para estudiar los mecanismos comunes de las enfermedades autoinmunes.

Prevalencia de nefropatía de cambios mínimos en biopsia renal en niños con síndrome nefrótico idiopático en una institución en Bogotá

Introducción: El síndrome nefrótico idiopático es una entidad con una tasa de prevalencia de 16/100.000 niños, en la cual ocurre pérdida de proteínas a través del filtro glomerular; la proteinuria > 40mg/sc/hora, se acompaña de edema, hipoproteinemia, albumina < 2,5g/dL. La ausencia de datos de prevalencia de nefropatía de cambios mínimos en nuestro medio limita la perspectiva real para lograr un manejo integral de nuestros niños y el enfoque a seguir por parte del grupo de pediatría. Materiales y métodos: Estudio de corte transversal descriptivo, se revisan historias clínicas de los niños con síndrome nefrótico idiopático con biopsia renal, que asistieron a la consulta de nefrología pediátrica en la Fundación Cardio Infantil durante un período de 14 años. Resultados: La prevalencia de nefropatía de cambios mínimos en nuestro subgrupo de pacientes con biopsia renal es de 24,2%. En esta, se presentaron 50% con hematuria macroscópica y 43,7% con hematuria microscópica. La insuficiencia renal crónica se presentó en un sólo paciente con 6,25% y la corticoresistencia en 3 pacientes con 18,7%. Discusión: La prevalencia de nefropatía de cambios mínimos en nuestra población es la tercera parte de lo reportado en la literatura mundial en población general con síndrome nefrótico idiopático. Esta prevalencia menor en nuestro estudio se puede deber posiblemente por tratarse la población de nuestro estudio un subgrupo de pacientes con indicación de biopsia renal además de ser la Fundación Cardio Infantil, central de referencia que llegan remitidos patologías más complejas.

Citología de impresión para neoplasias de la superficie ocular

Se estimó la sensibilidad y especificidad de la citología de impresión como prueba diagnóstica en lesiones conjuntivales clínicamente sospechosas de neoplasia usando como patrón de oro la patología. Se estudiaron 60 pacientes, que ingresaron al azar a la Fundación Oftalmológica Nacional, con diagnóstico clínico de neoplasia de superficie ocular o lesión sospechosa de neoplasia, quienes fueron sometidos a citología de impresión y posterior resección quirúrgica completa, más estudio patológico de la lesión. Se realizó un análisis descriptivo, analizando la sensibilidad y la especificidad con el método clásico y análisis bayesiano.