Data-division-specific robustness and power of randomization tests for ABAB designs

This study deals with the statistical properties of a randomization test applied to an ABAB design in cases where the desirable random assignment of the points of change in phase is not possible. In order to obtain information about each possible data division we carried out a conditional Monte Carlo simulation with 100,000 samples for each systematically chosen triplet. Robustness and power are studied under several experimental conditions: different autocorrelation levels and different effect sizes, as well as different phase lengths determined by the points of change. Type I error rates were distorted by the presence of autocorrelation for the majority of data divisions. Satisfactory Type II error rates were obtained only for large treatment effects. The relationship between the lengths of the four phases appeared to be an important factor for the robustness and the power of the randomization test.

Diploid males support a two-step mechanism of endosymbiont-induced thelytoky in a parasitoid wasp.

BACKGROUND: Haplodiploidy, where females develop from diploid, fertilized eggs and males from haploid, unfertilized eggs, is abundant in some insect lineages. Some species in these lineages reproduce by thelytoky that is caused by infection with endosymbionts: infected females lay haploid eggs that undergo diploidization and develop into females, while males are very rare or absent. It is generally assumed that in thelytokous wasps, endosymbionts merely diploidize the unfertilized eggs, which would then trigger female development. RESULTS: We found that females in the parasitoid wasp Asobara japonica infected with thelytoky-inducing Wolbachia produce 0.7-1.2 % male offspring. Seven to 39 % of these males are diploid, indicating that diploidization and female development can be uncoupled in A. japonica. Wolbachia titer in adults was correlated with their ploidy and sex: diploids carried much higher Wolbachia titers than haploids, and diploid females carried more Wolbachia than diploid males. Data from introgression lines indicated that the development of diploid individuals into males instead of females is not caused by malfunction-mutations in the host genome but that diploid males are most likely produced when the endosymbiont fails to activate the female sex determination pathway. Our data therefore support a two-step mechanism by which endosymbionts induce thelytoky in A. japonica: diploidization of the unfertilized egg is followed by feminization, whereby each step correlates with a threshold of endosymbiont titer during wasp development. CONCLUSIONS: Our new model of endosymbiont-induced thelytoky overthrows the view that certain sex determination mechanisms constrain the evolution of endosymbiont-induced thelytoky in hymenopteran insects. Endosymbionts can cause parthenogenesis through feminization, even in groups in which endosymbiont-diploidized eggs would develop into males following the hosts' sex determination mechanism. In addition, our model broadens our understanding of the mechanisms by which endosymbionts induce thelytoky to enhance their transmission to the next generation. Importantly, it also provides a novel window to study the yet-poorly known haplodiploid sex determination mechanisms in haplodiploid insects.

The Next Step: Darwin, Brontë, Fowles

The present article proposes Heathcliff and Sarah Woodruff as monstrous beings who reclaim their desire to be agent subjects in a society and a narrative which deny such a possibility. It would be possible to argue, however, that their monstrosity might be that of the unique specimen, the potential first stage towards the improvement of species through natural selection as theorized by Charles Darwin in 1859. The multiple references to Darwin’s study in the novel by JohnFowles demonstrate that such a theory could clarify what Sarah represents in the novel. In a retroactive manner, Darwinian theory might be used to understand what Heathcliff is, who Heathcliff is, and why he is the object of general animosity. It might be concluded that what is really monstrous about these twocharacters is that both are new specimens, avant la lèttre, and they occupy a space to which language has no access.

Prediction of heat transfer on kraft recovery boiler

Työssä tutkittiin Andritz-Ahlstrom toimittamien soodakattiloiden lämmönsiirtoa ANITA 2.20- suunnitteluohjelmalla feedback- laskentaa apuna käyttäen. Data laskentaan saatiin kattiloiden takuukokeissa mitatuista arvoista. Mittaukset on suoritettiin Andritz-Ahlstromin henkilökunnan toimesta tehdashenkilökunnan avustuksella. Feedback -laskenta tapahtui mittaustulosten perusteella, joten tiettyä virhettä luonnollisesti esiintyi. Aluksi laskettiin taseet molempien ekojen yli erikseen sekä molemmat yhdessä Excel-taulukkolaskentaohjelmalla. Täältä saatiin oletettu savukaasuvirtaus kattilassa. Tämän jälkeen lämpöpintoja muokattiin todellisuutta vastaaviksi yleislikaisuuskerrointa muuttamalla (overall fouling factor). Kertoimet ovat liikkuivat noin 0.4 ja 1.6 välillä riipuen kattilan tyypistä ja ANITAn oletuksesta lämpöpintojen likaisuudelle. Havaittin että yhtä varsinaista syytä lämpöpintojen eroavaisuuteen oletetusta ei saatu. Syitä toiminnan poikkeamiseen oli monia. Mm. etukammion koolla havaittiin olevan suurtakin vaikutusta tulistimien, etenkin savukaasuvirrassa ensimmäisen tulistimen toimintaan. Yleisesti todettiin muiden tulistimien vastaavan oletettua toimintaa. Keittopinnan ja ekonomiserien toimintaa tutkittiin hivenen suppeammin ja havaittiin niiden toimivan huomattavasti stabiilimmin kuin tulistimien. Likaisuus kertoimet oletetusta vaihtelivat noin ±20 %.

Three-step pathway engineering results in more incidence rate and higher emission of nerolidol and improved attraction of Diadegma semiclausum

The concentration and ratio of terpenoids in the headspace volatile blend of plants have a fundamental role in the communication of plants and insects. The sesquiterpene (E)-nerolidol is one of the important volatiles with effect on beneficial carnivores for biologic pest management in the field. To optimize de novo biosynthesis and reliable and uniform emission of (E)-nerolidol, we engineered different steps of the (E)-nerolidol biosynthesis pathway in Arabidopsis thaliana. Introduction of a mitochondrial nerolidol synthase gene mediates de novo emission of (E)-nerolidol and linalool. Co-expression of the mitochondrial FPS1 and cytosolic HMGR1 increased the number of emitting transgenic plants (incidence rate) and the emission rate of both volatiles. No association between the emission rate of transgenic volatiles and their growth inhibitory effect could be established. (E)-Nerolidol was to a large extent metabolized to non-volatile conjugates.

Sopimusvalmistusverkon kehittäminen puutuotteiden järjestelmäratkaisuja varten

Työn tavoitteena oli luoda Yhtyneet Sahat Oy:lle dokumentoitu sopimusvalmistusohjeisto. Laadittu ohjeisto toimii keskeisenä apuvälineenä toimeksiantajalle, kun yhtiön eri tuotantolaitokset luovat uusia tuotannollisia yhteistyösuhteita. Ohjeiston laatimista varten tutustuttiin aluksi yhtiön sisäisiin alihankintakäytäntöihin. Tämän jälkeen sopimusvalmistusjärjestelmien tarkastelu laajennettiin mekaanisen metsäteollisuuden malleihin sekä elektroniikka- että metalliteollisuuden toimintajärjestelmiin. Yhtyneet Sahat Oy:n yhteistyömallin toimivuutta testattiin koetuotteilla potentiaalisten sopimusvalmistajien kanssa. Työn viimeisenä osa-alueena oli Yhtyneet Sahat Oy:n henkilökunnan asenteiden selvittäminen sopimusvalmistusyhteistyön hyödyntämisestä. Tutkimuksen tuloksena havaittiin, mm. että hyvä sopimusvalmistussuhde vaatii kirjallisen sopimuksen päähankkijan ja sopimusvalmistajan vastuista ja velvollisuuksista. Yhtenä päähankkijan tärkeänä tehtävänä on kannustaa sopimusvalmistajansa jatkuvaan kehitystyöhön. Jatkuvalla kehitystyöllä taataan yhteistyösuhteen pitkäaikainen kesto, jonka avulla yhteistyökumppanit voivat ylläpitää hintakilpailukykyään. Lisäksi yhteistyöyritysten välinen riskienhallinta korostuu valmistussuhteen syventyessä.

Sinkkirikasteen liuotusprosessin kineettinen mallinnus

Työssä on tehty kineettinen simulointimalli sinkkirikasteen liuotusprosessista. Prosessi on pieni osa Kokkolan sinkinvalmistusprosessia, jonka muita osia ovat: pasutus, neutraaliliuotus, konversio, liuospuhdistus ja elektrolyysi. Rikasteen liuotukseen tulee konversioprosessin liuos ja liuotuksesta lähtevä neste menee takaisin neutraaliliuotukseen. Saostunut jarosiitti läjitetään. Kokkolan liuotusprosessi koostuu liettoreaktorista ja kahdesta neljän liuotusreaktorin sarjasta. Liuotukseen syötetään paluuhappoa liettoreaktoriin ja liuotuspiirien ensimmäisiin liuotusreaktoreihin. Happea syötetään kaikkiin liuotusreaktoreihin. Prosessin mallintamiseen käytettiin Aspen Plus-simulointiohjelmaa, johon pystyttiin syöttämään kineettisiä yhtälöitä. Reaktionopeusyhtälöitä käytettiin raudan hapetuksen, sulfidien liuotuksen ja jarosiitiin saostumisen mallintamiseen, eli kaikkiin liuotusreaktoreissa tapahtuviin reaktioihin. Kineettiset yhtälöt etsittiin kirjallisuudesta. Liettoreaktori puolestaan mallinnettiin syöttämällä ohjelmaan reaktioyhtälöt ja antamalla niille etenemisasteet. Jarosiitin liukenemisesta työssä on tehty laboratoriokokeita, koska aiheesta ei kirjallisuudesta löytynyt kineettistä tietoa. Liuotuskokeissa käytetyn kiintoaineen kuitenkin todettiin sisältävän liikaa götiittiä, että tuloksista olisi voitu laskea kinetiikkaa jarosiitin liukenemiselle. Simulointimallilla laskettiin yksi tapaus vertailukohdaksi, johon malliin tehtyjä muutoksia verrattiin. Mallilla tutkittiin konversiosta tulevan jarosiitin määrän vaikutusta, reaktorikoon merkitystä ja rikasteen liuotuksen sekä jarosiitin saostuksen reaktionopeuksien muutoksen vaikutuksia. Käytetyillä kineettisillä yhtälöillä reaktioiden todettiin tarvitsevan vain ¾ käytetystä reaktiotilavuudesta, rikasteen liuotusnopeuden kohtalaisen pienellä hidastamisen todettiin vähentävän sinkin saantoa ja jarosiitin saostuksen reaktionopeuden kasvulla todettiin myös olevan negatiivinen vaikutus sinkin saantoon. Simulointimallissa käytettyjen reaktionopeusyhtälöiden varmentaminen kokeilla todettiin tarpeelliseksi, sillä jo kohtalaisen pienillä muutoksilla havaittiin olevan merkitystä prosessin toimivuuteen. Lisäksi todettiin jarosiitin liukenemisen huomioimisen olevan tarpeen.

Randomization tests for ABAB designs: Comparing-data-division-specific and common distributions

Monte Carlo simulations were used to generate data for ABAB designs of different lengths. The points of change in phase are randomly determined before gathering behaviour measurements, which allows the use of a randomization test as an analytic technique. Data simulation and analysis can be based either on data-division-specific or on common distributions. Following one method or another affects the results obtained after the randomization test has been applied. Therefore, the goal of the study was to examine these effects in more detail. The discrepancies in these approaches are obvious when data with zero treatment effect are considered and such approaches have implications for statistical power studies. Data-division-specific distributions provide more detailed information about the performance of the statistical technique.

The Confidence Information Ontology: a step towards a standard for asserting confidence in annotations.

Biocuration has become a cornerstone for analyses in biology, and to meet needs, the amount of annotations has considerably grown in recent years. However, the reliability of these annotations varies; it has thus become necessary to be able to assess the confidence in annotations. Although several resources already provide confidence information about the annotations that they produce, a standard way of providing such information has yet to be defined. This lack of standardization undermines the propagation of knowledge across resources, as well as the credibility of results from high-throughput analyses. Seeded at a workshop during the Biocuration 2012 conference, a working group has been created to address this problem. We present here the elements that were identified as essential for assessing confidence in annotations, as well as a draft ontology--the Confidence Information Ontology--to illustrate how the problems identified could be addressed. We hope that this effort will provide a home for discussing this major issue among the biocuration community. Tracker URL: https://github.com/BgeeDB/confidence-information-ontology Ontology URL: https://raw.githubusercontent.com/BgeeDB/confidence-information-ontology/master/src/ontology/cio-simple.obo