Strain variability in the DNA immigration control region (ICR) of Xylella fastidiosa

The genome of the bacterium Xylella fastidiosa contains four ORFs (XF2721, XF2725, XF2739 and XF0295) related to the restriction modification type I system, ordinarily named R-M. This system belongs to the DNA immigration control region (ICR). Each CIRF is related to different operon structures, which are homologues among themselves and with subunit Hsd R from the endonuclease coding genes. In addition, these ORFs are highly homologous to genes in Pseudomonas aeruginosa, Methylococcus capsulatus str. Bath, Legionella pneumophila, Helicobacter pylori, Xanthomonas oryzae pv. Oryzae and Silicibacter pomeroyi, as well as to genes from X. fastidiosa strains that infect grapevine, almond and oleander plants. This study was carried out on R-M ORFs from forty-three X. fastidiosa strains isolated from citrus, coffee, grapevine, periwinkle, almond and plum trees, in order to assess the genetic diversity of these loci through PCR-RFLP. PCR-RFLP analysis of the four ORFs related to the R-M system from these strains enabled the detection of haplotypes for these loci. When the haplotypes were defined, wide genetic diversity and a large range of similar strains originating from different hosts were observed. This analysis also provided information indicating differences in population genetic structures, which led to detection of different levels of gene transfer among the groups of strains. (c) 2005 Elsevier SAS. All rights reserved.

Sistema de reprodução em pequenas populações fragmentadas e em árvores isoladas de Hymenaea stigonocarpa

Six microsatellite loci were used to quantify the mating system of two small fragmented populations (Selviria - SEL and Aparecida do Tabuado APT, Mato Grosso do Sul State) and isolated trees in pastures, of the bat-pollinated tropical tree Hymenaea stignocarpa, growing in the Center-west region of Brazil. In SEL population, seeds were collected from 11 mother-trees; in APT, from three trees and, in the case of isolated trees, from six individuals growing at least 500 m apart in pastures. To investigate if there are differences on mating system between trees in populations and isolated trees, trees from populations were pooled as a group and, likewise, the isolated trees were pooled to another group. The outcrossing rate was higher in the populations ((t) over cap (m)=0.873) than in isolated trees ((t) over cap (m)=0.857), but the difference was not significant. Significant and high differences between multi-locus and single-locus outcrossing rate were detected in populations ((t) over cap (m)-(t) over cap (s)=0.301, P<0.05) and isolated trees (<(t)over cap>(m)-(t) over cap (s) = 0.276, P < 0.05), suggesting mating between relatives. Higher paternity correlation was observed in trees from population (<(r)over cap>(p)=0.636) than in isolated trees ((r) over cap (p)=0.377), indicating the occurrence of some correlated matings and that part of offspring are full-sibs. It was not observed increased in self-fertilization rate in isolated trees in pastures. In general terms, the unique observed difference in mating system between populations and isolate trees was the high rate of correlated matings in trees from populations, due probably to the small distance among coespecifics and the pollinator behavior, visiting near trees.

Beta: uma ferramenta para geração de testes de unidade a partir de especificações B

Formal methods and software testing are tools to obtain and control software quality. When used together, they provide mechanisms for software specification, verification and error detection. Even though formal methods allow software to be mathematically verified, they are not enough to assure that a system is free of faults, thus, software testing techniques are necessary to complement the process of verification and validation of a system. Model Based Testing techniques allow tests to be generated from other software artifacts such as specifications and abstract models. Using formal specifications as basis for test creation, we can generate better quality tests, because these specifications are usually precise and free of ambiguity. Fernanda Souza (2009) proposed a method to define test cases from B Method specifications. This method used information from the machine s invariant and the operation s precondition to define positive and negative test cases for an operation, using equivalent class partitioning and boundary value analysis based techniques. However, the method proposed in 2009 was not automated and had conceptual deficiencies like, for instance, it did not fit in a well defined coverage criteria classification. We started our work with a case study that applied the method in an example of B specification from the industry. Based in this case study we ve obtained subsidies to improve it. In our work we evolved the proposed method, rewriting it and adding characteristics to make it compatible with a test classification used by the community. We also improved the method to support specifications structured in different components, to use information from the operation s behavior on the test case generation process and to use new coverage criterias. Besides, we have implemented a tool to automate the method and we have submitted it to more complex case studies

The Role of Lipopolysaccharide on the Electrochemical Behavior of Titanium

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

O efeito da retração dos dentes anteriores sobre o ponto A em pacientes submetidos ao tratamento ortodôntico corretivo

OBJETIVO: avaliar o efeito da retração anterior sobre o ponto A sagital e verticalmente, bem como a correlação e a previsibilidade do comportamento dessas estruturas. METODOLOGIA: sessenta telerradiografias em norma lateral foram usadas, tomadas no início e no final do tratamento ortodôntico corretivo, a partir de 30 pacientes (22 feminino e 8 masculino) com idade entre 10 e 17 anos antes do tratamento, com má oclusão de Classe II, divisão 1 ou Classe I, que foram submetidos às extrações dos quatro primeiros pré-molares ou somente dois primeiros pré-molares superiores. Além das variáveis .1NA,1-NA, 1.PP e 1-A, mensurações lineares horizontais e verticais foram feitas em relação a uma linha de referência construída a partir da linha SN menos 7º e uma linha perpendicular a ela. Todos os dados foram mensurados duas vezes, e as médias foram submetidas ao teste t emparelhado, de correlação linear e de regressão. RESULTADOS: em média, o ponto A retraiu 0,71mm e movimentou para baixo 2,38mm, seguindo 1,03mm e 4,13mm de retração, respectivamente, do ápice radicular e da borda incisal, e 2,35mm de extrusão dentária. A retração do ponto A apresentou correlação positiva em relação ao ápice radicular (r = 0,75; alfa < 0,0001) e em relação à retração da borda incisal (r = 0,70; alfa < 0,0001), mostrando um comportamento ântero-posterior previsível. CONCLUSÕES: concluiu-se que o ponto A retraiu-se e movimentou-se para baixo seguindo o dente, e a retração do ponto A em relação aos incisivos foi previsível.

CORRELATING THE CURVE DISTANCE BETWEEN THE DISTAL of THE CANINES TO THE COMBINED WIDTH of THE SIX ANTERIOR TEETH WHEN SELECTING DENTURE TEETH FOR DIFFERENT ETHNIC GROUPS

Statement of problem. To select the width of denture teeth, the distance between the marks indicating the location of the canines is usually measured around the curvature of the wax occlusal rim; however, most manufacturers' mold charts provide the measurements of the artificial 6 anterior teeth as if they were on a straight line.Purpose. The purpose of this study was to investigate whether the curve distance between the distal surfaces of the maxillary canines can be related to the combined width (straight measurement) of the 6 anterior teeth in 4 ethnic groups.Material and methods. Maxillary stone casts were obtained for 160 dentate subjects of 4 ethnic groups (40 whites, 40 blacks, 40 multiracial - descendants of white and black parents, and 40 Asians). The width of each maxillary anterior tooth was measured on the casts with sliding calipers. The combined width of the 6 anterior teeth (CW) corresponded to the sum of the width of each anterior tooth. The curve distance between the distal surfaces of the canines (CD) was measured by using dental tape and sliding calipers. The Pearson correlation coefficient and regression analysis were used to evaluate the relationship between CD and CW in each ethnic group (alpha=.05).Results. The mean CD and CW values (in mm) obtained were: whites (CD=52.12; CW=45.65); blacks (CD=56.10; CW=48.13); multiracial (CD=53.58; CW=46.54); and Asians (CD=53.29; CW=46.60). Significant (P<.001) correlations between CD and CW measurements were observed for all ethnic groups studied (whites, r=0.957; blacks, r=0.803; multiracial, r=0.917; and Asians, r=0.881). The following linear regression equations were obtained: whites [CD=1.1(CW)+0.3]; blacks [CD=0.95(CW)+9.3]; multiracial [CD=1.2(CW)-1.1]; and Asians [CD=1.0(CW)+5].Conclusions. The curve distance between the distal surfaces of the maxillary canines can be accurately related to the combined width of the 6 anterior teeth in the selection of denture teeth for the studied ethnic groups. (J Prosthet Dent 2012;107:400-404)

GA4+7+ N-(Fenilmetil)-aminopurina na germinação de sementes e emergência de plântulas de Passiflora cincinnata Mast.

A espécie Passiflora cincinnata Mast. é silvestre, não-comercial, conhecida popularmente como maracujá-do-mato. Pode ser aproveitada como planta ornamental ou medicinal, além de ser comestível e ser considerada potencialmente importante para uso como porta-enxerto. O trabalho foi realizado no Departamento de Botânica, Instituto de Biociências da Unesp, Câmpus de Botucatu-SP, e objetivou avaliar o efeito dos reguladores vegetais GA4+7 + N-(fenilmetil)-aminopurina na germinação de sementes, emergência e desenvolvimento de plântulas de P. cincinnata Mast.. As sementes foram obtidas junto à Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Semi-Árido a partir de plantas cultivadas no Campo Experimental da Caatinga, Petrolina-PE. Foram realizados dois experimentos, sendo o primeiro em laboratório, para estudo da germinação, e o segundo em casa de vegetação, para estudo da emergência e desenvolvimento das plântulas. em ambos os experimentos, foi utilizado o delineamento experimental inteiramente casualizado, cada um com 11 tratamentos de diferentes concentrações de GA4+7 + N-(fenilmetil)-aminopurina (zero; 100; 200; 300; 400; 500; 600; 700; 800; 900 e 1.000 mg L-1) e cinco repetições cada. Para análise dos dados, foram utilizadas análise de variância e análise de regressão. Com base nos resultados obtidos, concluiu-se que os reguladores vegetais, G A4+7 + N-(fenilmetil)-aminopurina, incrementaram o processo germinativo, bem como a emergência e o desenvolvimento de plântulas de P. cincinnata Mast..

Métodos de superação da dormência e temperatura na germinação de sementes de dioclea violácea

The aim of this experiment was to overcome the dormancy and the effect of different temperatures in Dioclea violacea seeds' germination. Two experiments were developed. In the first, it was studied the use of chemical and mechanical scarification in the overcome dormancy seeds. Therefore, were accomplished seven treatments with four replications of 15 seeds each. The experiment constituted of one testify treatment, five chemical scarification treatments (1, 2, 3, 4 and 5 hours of immersion in concentrated sulfuric acid - H(2)SO(4)) and one mechanical scarification treatment. In the second experiment, was studied the temperature effects on germination seeds; it was constituted on six treatments with four replications with 12 seeds each. The treatments constituted of constant temperatures 15 degrees C, 20 degrees C, 25 degrees C, 30 degrees C and 35 degrees C and the alternate temperature 20-30 degrees C ( 16 and 8 hours, respectively). Germination, died seeds, hard seeds percentages, medium time germination and germination speed index were determined. The data were submitted to the variance analysis, and the averages compared by the Tukey test to 5% of probability and regression analysis. It was observed that the dormancy overcome of Dioclea violacea seeds can be done with chemical scarification, 3 to 5 hours in H(2)SO(4), as much as with mechanical scarification. Also, it was possible to conclude that Dioclea violacea seeds germinate in a wide temperature strip, with constant temperatures of 20 degrees C, 25 degrees C and 35 degrees C benefit the germination process.

A review of complete albinism in bats with five new cases from Brazil

Complete albinism is a rare phenomenon that occurs in all vertebrate groups. In bats, albinism has been recorded in several species but this information has not previously been reviewed in detail nor has there been an analysis of its importance. In this study, cases of albinism from the literature are checked and new cases are presented. Complete albinism in bats is documented in eight families, 38 species, and at least 64 individuals (47.4% female female and 52.6% males; n = 38). of these, 39 individuals were observed and/or captured in sheltered roosts, such as caves (51.3%), mines and galleries (20.5%), buildings (17.9%), and hollow-trees and bird boxes (7.7%). Only one albino bat (2.6%) was captured in an external roost (foliage). This individual is the fruit bat, Artibeus planirostris, which is recorded here for the first time. Information on four additional cases of albino individuals of the common vampire bat, Desmodus rotundus, is also presented. It is suggested that sheltered roosts favour survival of albino bars, offering protection against sunlight, water loss, and visually hunting predators.

Efeito das condições ambientais no nível de ruído emitido por leitões

Objetivou-se, com este trabalho, avaliar a influência das variáveis ambientais nos níveis de ruídos emitidos por suínos e quantificar as faixas em dB comparativamente às condições de conforto térmico estabelecidas pela literatura. O experimento foi conduzido em câmara climática, onde foram alojados cinco leitões em fase de creche, submetidos à variação na temperatura ambiente de 20°C a 38°C e umidade relativa de 50% a 80%. Decibelímetros foram instalados para o registro dos níveis de ruídos e sensores dataloggers para os dados de temperatura e umidade relativa. O nível de atividade foi utilizado para quantificar a movimentação dos animais por intermédio de análise de imagens. Análises de correlação e regressão foram aplicadas nos dados para análise estatística. As variáveis ambientais influenciam na emissão de ruídos pelos leitões quando expostos a diferentes condições térmicas. Os níveis de ruídos foram estabelecidos em faixas de acordo com a condição térmica a que animais foram submetidos. Para a condição de conforto (20 a 23°C), níveis de ruídos na faixa de 70 a 75dB; condição de alerta (23 a 30°C), níveis de ruídos na faixa de 60 a 70dB e para condição de estresse térmico (acima de 30°C), na faixa de 55 a 60dB.

Composição florística e estrutura da comunidade de plantas do estrato herbáceo em áreas de cultivo de árvores frutíferas

O objetivo do presente trabalho foi caracterizar, em três épocas, a comunidade de plantas presentes em áreas de cultivo de abacateiro e de nogueira pecan, localizadas na Fazenda Experimental Lageado, da FCA-UNESP, município de Botucatu-SP. em decorrência da arquitetura da copa e do caráter decíduo das nogueiras, esta área apresenta-se mais ensolarada, o que produz condições ambientais diferentes entre as duas áreas estudadas. Foi estabelecida uma grade retangular composta de 55 parcelas quadradas, contíguas, com 5 m de lado, havendo 40 parcelas sob os abacateiros e 15 sob as nogueiras. As coletas foram realizadas em março, maio e agosto de 1993, quando foram sorteados quadrados de 1x 1 m em cada parcela, de forma a não haver coincidência entre as amostragens realizadas em cada época. Foram levantadas as espécies ocorrentes, sua porcentagem de cobertura e freqüência. Os dados foram analisados através de métodos multivariados, utilizando-se a Análise de Agrupamento para as seis situações (3 épocas x 2 ambientes). Foram coletadas, no total, 54 espécies, distribuídas em 38 gêneros e 19 famílias, sendo Asteraceae e Poaceae as que contribuíram com o maior número de espécies. A riqueza em espécies foi maior na área sob as nogueiras; em ambas as áreas, a riqueza foi maior na estação úmida. Sob os abacateiros, a porcentagem de cobertura total da comunidade apresentou pouca variação temporal, diferindo da área sob as nogueiras onde se observou flutuação deste parâmetro. O padrão de distribuição espacial, para quase todas as populações, foi do tipo agrupado. A similaridade florística foi maior entre as duas áreas dentro de cada época de coleta. A presença constante de espécies como Commelina nudiflora que contribuiu com valores elevados de cobertura nas três épocas de coleta, mostra a necessidade de utilizar métodos de controle permanentes na área do pomar estudado.

Seleção recorrente para produtividade e qualidade de frutos em abobrinha braquítica

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Fotossíntese, condutância estomática e transpiração em pupunheira sob deficiência hídrica

Resultados de pesquisa envolvendo aspectos fisiológicos da pupunheira (Bactris gasipaes Kunth), fruteira nativa da América Tropical, são escassos. Procurando completar essa lacuna, um experimento sob deficiência hídrica foi conduzido em casa de vegetação, durante um período de 13 dias, utilizando plantas de 12 meses de idade. O objetivo principal foi avaliar as respostas da pupunheira à deficiência hídrica. As variáveis observadas foram: taxa de assimilação de CO2, transpiração, condutância estomática e potencial de água das folhas. As coletas dos dados foram realizadas diariamente em laboratório e sob fluxo de 1200 mim-2 s-1. Os resultados foram submetidos à análise de variância e de regressão. Verificou-se decréscimo no potencial de água da folha e nas trocas gasosas quando a irrigação foi interrompida por mais de seis dias. Valores mínimos foram obtidos no décimo dia, com redução de 92% da fotossíntese líquida, 87% da condutância estomática e 70% da transpiração. O menor potencial de água nas folhas (-1,9 MPa) foi também observado nesse período. Houve recuperação total de todas as variáveis dois dias após reirrigação, com exceção da condutância estomática. A diminuição da condutância estomática e a queda mais rápida da taxa de transpiração que a queda na fotossíntese, indicam a existência de mecanismos de aclimatação em pupunheira, no sentido de diminuir as perdas de água, quando sob condição de estresse hídrico moderado.

Avanços metodológicos na avaliação de alimentos e de exigências nutricionais para aves e suínos

A produção industrial de aves e suínos mostrou enormes avanços nos últimos anos, principalmente devido ao aumento dos conhecimentos na área de genética e de nutrição. Na área de avaliação dos alimentos e das exigências nutricionais de animais monogástricos, as melhoras se dão a passos largos, devido á seriedade com que os profissionais encaram a responsabilidade de fazer pesquisa de qualidade dentro e fora do país. Neste trabalho serão abordadas as metodologias que permitem melhorar a utilização dos alimentos de maneira mais eficiente e econômica. Serão citados alguns cuidados e procedimentos essenciais para executar adequadamente experimentos de desempenho com aves e suínos. Na atualidade, para a realização de experimentos com monogástricos, é necessário: definir claramente os objetivos, utilizar animais com peso inicial uniforme, usar número adequado de repetições e de animais por unidade experimental. Testes de médias devem ser usados para as variáveis qualitativas e quando a variável independente for quantitativa aplicar análise de regressão. O nível de significância utilizado (5, 7, 10%) pode variar conforme a importância econômica da característica estudada. A adequada condução dos ensaios, sejam de crescimento ou de digestibilidade, é fundamental para que as ferramentas apresentadas possam ter efetividade, resultando na melhora da produtividade e na redução dos custos e da excreção de nutrientes.

Níveis de energia metabolizável em rações para frangos de corte mantidos em ambiente de alta temperatura

Quatrocentas aves com peso médio de 675,00 g foram distribuídas em delineamento de blocos casualizados, com base no peso das aves, com cinco tratamentos e quatro repetições. As dietas experimentais foram constituídas de cinco níveis de energia metabolizável (2.800, 2.900, 3.000, 3.100 e 3.200 kcal de EM/kg de ração) formuladas para atender às exigências nutricionais, exceto de energia metabolizável. O aumento do nível de energia das rações foi obtido pela adição de óleo de soja. Realizaram-se análises de variância e de regressão, associando-se os níveis de energia aos valores das variáveis estudadas. As aves foram avaliadas quanto ao desempenho (consumo de ração, ganho de peso e conversão alimentar) e às características de carcaça nos períodos de 22 a 35 dias, 36 a 42 dias, 43 aos 49 dias e de 22 a 49 dias de idade. O ganho de peso e a conversão alimentar de frangos de corte da linhagem Hubbard mantidos em ambiente de alta temperatura não são influenciados pelos níveis de energia metabolizável da ração. Os níveis de energia da dieta não afetam os rendimentos de carcaça, coxa, sobrecoxa, asa, tulipa, moela coração fígado, proventrículo e intestino. Entretanto, a gordura abdominal aumenta e o rendimento de peito decresce proporcionalmente à elevação da energia da dieta em ambiente de altas temperaturas.