Isolation and analysis of a corprinus cinereus DNA fragment showing homology to a fimbrial cDNA from ustilago violacea

Surface proteinaceous fibrils, termed fimbriae, were first identified on gram negative bacteria in the 1940s. Fungal fimbriae, discovered some 25 years later, are found on members of all fungal classes. In the present study, polyclonal antiserum raised against the fimbrial proteins of U. vio/acea were used in order to identify antigenically related proteins from Coprinus cinereus and Schizophy//um commune. Two polypeptides with molecular masses of 37 and 39 kDa from C. cinereus were observed and confirm earlier results. A single previously unidentified 50 kDa polypeptide in S. commune crossreacted with the antiserum. The 50 kDa protein was found to consist of 3 isoforms with isoelectric points ranging from 5.6 to 5.8. A fimbrial cDNA derived from U. vio/acea was used to identify DNA restriction fragments from C. cinereus and S. commune showing homology to the fimbrial transcript of U. vio/acea. Heterologous hybridization with this cDNA was used in order to screen a C. cinereus genomic DNA library. A single clone, A2-3A, with a 14 kbp insert showed strong homology to the pfim3-1 cDNA. The region of homology, a 700 bp Xba I fragment, was subcloned into pUG19. This plasmid was refered to as pXX8. DNA sequence determinations of pXX8 and adjacent fragments from A2-3A suggested that the cloned DNA was a portion of the rONA repeat encoding the small subunit rRNA. DNA sequence analysis of pfim3-1 yielded an incomplete open reading frame. The predicted amino acid sequence codes for a 206 amino acid, 22 kDa polypeptide which contains a domain similar to a transmembrane domain from rat leukocyte antigen, GDS3. As well, an untranslated 576 nucleotide domain showed 81 % homology to pXX8 and 830/0 homology to the 188 rRNA sequence of Ustilago maydis. This sequence was found adjacent to a region of adenine-thymine base pairs presumed to represent the polyadenylation sequence of the fimbrial transcript. The size and extent of homology is sufficient to account for the hybridization of pfim3-1 to rDNA. It is suggested that this domain represents a completely novel regulatory domain within eukaryotes that may enable the observed rapid regeneration of fimbriae in U. violacea.

An unusual postharvest spotting disease of the comercial mushroom, Agaricus bisporus, caused by a novel pathovar of Pseudomonas tolaasii

An unusual postharvest spotting disease of the commercial mushroom, Agaricus bisporus, which was observed on a commercial mushroom farm in Ontario, was found to be caused by a novel pathovar of Pseudomonas tolaasii. Isolations from the discoloured lesions, on the mushroom pilei, revealed the presence of several different bacterial and fungal genera. The most frequently isolated genus being Pseudomonas bacteria. The most frequently isolated fungal genus was Penicillium. Of the bacteria and fungi assayed for pathogenicity to mushrooms, only Pseudomonas tolaasii was able to reproduce the postharvest spotting symptom. This symptom was typically reproduced 1 to 7 days postharvest, when mushroom pilei were inoculated with 101 to 105 cfu. Of the fungi tested for pathogenicity only a Penicillium sp. and Verticillium fungicola were shown to be pathogenic, however, neither produced the postharvest spotting symptom. The Pseudomonas tolaasii strain isolated from the postharvest lesions differed from a type culture (Pseudomonas tolaasii ATCC 33618) in the symptoms it produced on Agaricus bisporus pilei under the same conditions and at the same inoculum concentration. It was therefore designated a pathovar. This strain also differed from the type culture in its cellular protein profile. Neither the type culture, nor the mushroom pathogen was found to contain plasmid DNA. The presence of plasmid DNA is therefore not responsible for the difference in pathogenicity between the two strains.

Adenovirus-based exogenous gene expression in mammalian cells

Thesis (Ph.D.)--Brock University, 2010.

STRATEGIES FOR PREVENTION AND TREATMENT OF HEPATITIS C VIRUS INFECTION

Hepatitis C virus (HCV) is the causative agent of Hepatitis C, a serious global health problem which results in liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. Currently there is no effective treatment or vaccine against the virus. Therefore, development of a therapeutic vaccine is of paramount importance. In this project, three alternative approaches were used to control HCV including a DNA vaccine, a recombinant viral vaccine and RNA interference. The first approach was to test the effect of different promoters on the efficacy of a DNA vaccine against HCV. Plasmids encoding HCV-NS3 and E1 antigens were designed under three different promoters, adenoviral E1A, MLP, and CMV ie. The promoter effect on the antigen expression in 293 cells, as well as on the antibody level in immunized BALB/c mice, was evaluated. The results showed that the antigens were successfully expressed from all vectors. The CMV ie promoter induced the highest antigen expression and the highest antibody level. Second, the efficiency of a recombinant adenovirus vaccine encoding HCV-NS3 was compared to that of a HCV-NS3 plasmid vaccine. The results showed that the recombinant adenovirus vaccine induced higher antibody levels as compared to the plasmid vaccine. The relationship between the immune response and miRNA was also evaluated. The levels of mir-181, mir-155, mir-21 and mir-296 were quantified in the sera of immunized animals. mir-181 and mir-21 were found to be upregulated in animals injected with adenoviral vectors. Third, two recombinant adenoviruses encoding siRNAs targeting both the helicase and protease parts of the NS3 region were tested for their ability to inhibit NS3 expression. The results showed that the siRNA against protease was more effective in silencing the HCV-NS3 gene in a HCV replicon cell line. This result confirmed the efficiency of adenovirus for siRNA delivery. These results confirmed that CMV ie is optimum promoter for immune response induction. Adenovirus was shown to be an effective delivery vector for antigens or siRNAs. In addition, miRNAs were proved to be involved in the regulation of immune response.

Investigating the role of apoptosis regulator EndoG on exogenous DNA uptake, stability, replication and recombination

Endonuclease G (EndoG) is a well conserved mitochondrial nuclease with dual lethal and vital roles in the cell. It non-specifically cleaves endogenous DNA following apoptosis induction, but is also active in non-apoptotic cells for mitochondrial DNA (mtDNA) replication and may also be important for replication, repair and recombination of genomic DNA. The aim of our study was to examine whether EndoG exerts similar activities on exogenous DNA substrates such as plasmid DNA (pDNA) and viral DNA vectors, considering their importance in gene therapy applications. The effects of EndoG knockdown on pDNA stability and levels of encoded reporter gene expression were evaluated in the cervical carcinoma HeLa cells. Transfection of pDNA vectors encoding short-hairpin RNAs (shRNAs) reduced levels of EndoG mRNA and nuclease activity in HeLa cells. In physiological circumstances, EndoG knockdown did not have an effect on the stability of pDNA or the levels of encoded transgene expression as measured over a four day time-course. However, when endogenous expression of EndoG was induced by an extrinsic stimulus (a cationic liposome transfection reagent), targeting of EndoG by shRNA improved the perceived stability and transgene expression of pDNA vectors. Therefore, EndoG is not a mediator of exogenous DNA clearance, but in non-physiological circumstances it may non-specifically cleave intracellular DNA regardless of its origin. To investigate possible effects of EndoG on viral DNA vectors, we constructed and evaluated AdsiEndoG, a first generation adenovirus (Ad5 ΔE1) vector encoding a shRNA directed against EndoG mRNA, along with appropriate Ad5 ΔE1 controls. Infection of HeLa cells with AdsiEndoG at a multiplicity of infection (MOI) of 10 p.f.u./cell resulted in an early cell proliferation defect, absent from cells infected at equivalent MOI with control Ad5 ΔE1 vectors. Replication of Ad5 ΔE1 DNA was detected for all vectors, but AdsiEndoG DNA accumulated to levels that were 50 fold higher than initially, four days after infection, compared to 14 fold for the next highest control Ad5 ΔE1 vector. Deregulation of the cell cycle by EndoG depletion, which is characterized by an accumulation of cells in the G2/M transition, is the most likely reason for the observed cell proliferation defect. The enhanced replication of AdsiEndoG is consistent with this conclusion, as Ad5 ΔE1 DNA replication is intimately related to cell cycling and prolongation or delay in G2/M greatly enhances this process. Furthermore, infection of HeLa with AdsiEndoG at MOI of 50 p.f.u./cell resulted in an almost complete disappearance of viable, adherent tumour cells from culture, whereas almost a third of the cells were still adherent after infection with control Ad5 ΔE1 vectors, relative to the non-infected control. Therefore, targeting of EndoG by RNAi is a viable strategy for improving the oncolytic properties of first generation adenovirus vectors. In addition, AdsiEndoG-mediated knockdown of EndoG reduced homologous recombination between pDNA substrates in HeLa cells. The effect was modest but, nevertheless demonstrated that the proposed role of EndoG in homologous recombination of cellular DNA also extends to exogenous DNA substrates.

Genome-wide location analysis and expression studies reveal a role for p110 CUX1 in the activation of DNA replication genes.

Proteolytic processing of the CUX1 transcription factor generates an isoform, p110 that accelerates entry into S phase. To identify targets of p110 CUX1 that are involved in cell cycle progression, we performed genome-wide location analysis using a promoter microarray. Since there are no antibodies that specifically recognize p110, but not the full-length protein, we expressed physiological levels of a p110 isoform with two tags and purified chromatin by tandem affinity purification (ChAP). Conventional ChIP performed on synchronized populations of cells confirmed that p110 CUX1 is recruited to the promoter of cell cycle-related targets preferentially during S phase. Multiple approaches including silencing RNA (siRNA), transient infection with retroviral vectors, constitutive expression and reporter assays demonstrated that most cell cycle targets are activated whereas a few are repressed or not affected by p110 CUX1. Functional classes that were over-represented among targets included DNA replication initiation. Consistent with this finding, constitutive expression of p110 CUX1 led to a premature and more robust induction of replication genes during cell cycle progression, and stimulated the long-term replication of a plasmid bearing the oriP replicator of Epstein Barr virus (EBV).

Caractérisation de la SERPINA1, une antiprotéase différentiellement exprimée dans le cancer épithélial de l’ovaire

Le cancer épithélial de l’ovaire est le cancer gynécologique le plus létal. La survie à 5 ans est de 30-40% chez les patientes atteintes d’une tumeur invasive (TOV), comparativement à 95% chez les patientes diagnostiquées pour une tumeur à faible potentiel de malignité ou borderline (LMP). Au laboratoire, l’analyse de l’expression des gènes de la micropuce à ADN U133 d’Affymetrix a révélé que la SERPINA1 est un gène dont l’expression varie entre les tumeurs LMP et TOV. La validation par Q-PCR nous a confirmé que cette antiprotéase est majoritairement surexprimée dans les tumeurs LMP, par rapport aux tumeurs bénignes (BOV) et aux tumeurs TOV. Nous avons donc surexprimé la SERPINA1 dans les lignées cellulaires invasives TOV 112D et TOV 1946 du cancer de l’ovaire et dérivé des clones stables. Les résultats obtenus nous indiquent que la surexpression de la SERPINA1 a un effet sur la capacité d’invasion et de migration cellulaire et non au niveau de la croissance cellulaire et la formation de structures tridimensionnelles. Les résultats issus de l’étude in vivo dans les souris SCID nous permettront de déterminer si la surexpression de la SERPINA1 a un effet sur la tumorigénèse ovarienne. Ainsi, la SERPINA1 demeure à notre avis un candidat d’intérêt pour tenter de mieux comprendre les différences biologiques entre les tumeurs LMP et TOV, ainsi que le rôle des protéases et de leurs inhibiteurs dans la progression tumorale du cancer de l’ovaire.

Étude de la fonction ovarienne chez les souris déficientes des enzymes hyaluronidases

Les mammifères femelles naissent avec un très grand nombre de follicules ovariens primordiaux (104-106); par contre, la grande majorité (99%) de ces follicules n’atteignent jamais la maturité et subissent l’atrésie, principalement par l’apoptose des cellules de la granulosa. Notre laboratoire a démontré que les hyaluronidases des mammifères induisent l’apoptose des cellules de la granulosa et sont impliquées dans l’atrésie des follicules mais que cet effet apoptotique ne serait pas dû à leur activité enzymatique. Notre modèle propose que les hyaluronidases aient un rôle dans les follicules non destinés à ovuler. Le but de la présente étude est d’évaluer la folliculogénèse et la fertilité des souris déficientes de ces enzymes. Les résultats montrent que la délétion de Hyal-3 ne semble pas affecter la fonction ovarienne des souris mais qu’il pourrait y avoir un effet compensatoire par Hyal-1 chez les souris déficientes de Hyal-3 étant donné que son expression est augmentée chez ces souris. La délétion de Hyal-1 a pour effet d’augmenter le nombre des follicules primordiaux, primaires et secondaires, particulièrement chez les souris de bas âge, et de diminuer le niveau d’apoptose des cellules de la granulosa. Afin d’évaluer la fonction de Hyal-1, -2 et -3 sans effet compensatoire entre elles, nous avons voulu créer une souris déficiente des ces 3 hyaluronidases spécifiquement dans les gonades en utilisant le système Cre/loxP. Un vecteur contenant la séquence Cre sous le contrôle du promoteur de Inhibin-α, qui conduit l’expression des gènes en aval chez les cellules somatiques des gonades, a été construit avec succès. En conclusion, cette étude nous révèle que Hyal-3 ne semble pas affecter la fonction ovarienne mais que la délétion de Hyal-1 augmente la folliculogénèse et diminue l’apoptose des cellules de la granulosa.

Rôle du système rénine-angiotensine intrarénal dans l’hypertension et les dommages rénaux chez les souris transgéniques diabétiques

Plusieurs expériences et études cliniques ont démontré que l’activation du système rénine-angiotensine (RAS) peut induire l’hypertension, un facteur de risque majeur pour les maladies cardiovasculaires et rénales. L’angiotensinogène (Agt) est l’unique substrat du RAS. Cependant, il n’a pas encore été démontré si l’activation du RAS intrarénal peut à elle seule induire des dommages rénaux, indépendamment de l’hypertension systémique, et ainsi jouer un rôle prépondérant dans la progression de la néphropathie diabétique. Afin d’explorer le rôle du RAS intrarénal dans les dommages rénaux, un diabète a été induit par l’injection de streptozotocin chez des souris transgéniques (Tg) surexprimant l’Agt de rat dans les cellules des tubules proximaux du rein (RPTC). Les souris Tg diabétiques ont été traitées soit avec des inhibiteurs du RAS (perindopril et losartan), de l’insuline ou une combinaison des deux pour 4 semaines avant d’être euthanasiées. Pour une autre étude, des souris Tg non-diabétiques ont été traitées soit avec des inhibiteurs du RAS, l’hydralazine (vasodilatateur) ou l’apocynine (inhibiteur de la NADPH oxydase) pour une période de 8 semaines avant l’euthanasie. Des souris non-Tg ont été utilisées comme contrôles. Des cellules immortalisées de tubule proximal de rat (IRPTC) transfectées de manière stable avec un plasmide contenant l’Agt ou un plasmide contrôle ont été employées comme modèle in vitro. Nos résultats ont démontré que les souris Tg présentaient une augmentation significative de la pression systolique, l’albuminurie, l’apoptose des RPTC et l’expression de gènes pro-apoptotiques par rapport aux souris non-Tg. Les mêmes changements ont été observés chez les souris Tg diabétiques par rapport aux souris non-Tg diabétiques. L’insuline et/ou les inhibiteurs du RAS ont permis d’atténuer ces changements, sauf l’hypertension qui n’était réduite que par les inhibiteurs du RAS. Chez les IRPTC transfectées avec l’Agt in vitro, les hautes concentrations de glucose augmentent l’apoptose et l’activité de la caspase-3 par rapport aux cellules contrôles et l’insuline et/ou les inhibiteurs du RAS empêchent ces augmentations. En plus des changements physiologiques, les RPTC des souris Tg présentent aussi une augmentation significative de la production des espèces réactive de l’oxygène (ROS) et de l’activité de la NADPH oxydase, ainsi qu’une augmentation de l’expression du facteur de croissance transformant-beta 1 (TGF-β1), de l’inhibiteur activateur du plasminogène de type 1 (PAI-1), des protéines de la matrice extracellulaire, du collagène de type IV et de la sousunité p47 de la NADPH oxydase. Le traitement des souris Tg avec l’apocynine et le perindopril a permis d’améliorer tous ces changements, sauf l’hypertension qui n’était pas corrigée par l’apocynine. D’autre part, l’hydralazine a prévenu l’hypertension, sans modifier l’albuminurie, l’apoptose des RPTC ou l’expression des gènes pro-apoptotiques. Ces résultats montrent bien que l’activation du RAS intrarénal et l’hyperglycémie agissent de concert pour induire l’albuminurie et l’apoptose des RPTC, indépendamment de l’hypertension systémique. La génération des ROS via l’activation de la NADPH oxydase induit en partie l’action du RAS intrarénal sur l’apoptose des RPTC, la fibrose tubulo-interstitielle et l’albuminurie chez les souris Tg. D’autre part, une expérience en cours a tenté d’encore mieux délimiter les effets de l’activation du RAS intrarénal, tout en éliminant la néphrotoxicité du STZ. Pour cette étude, les souris Tg surexprimant l’Agt de rat dans leurs RPTC ont été croisées aux souris Ins2Akita, un modèle spontané de diabète de type I, afin de générer des souris Akita-rAgt-Tg. Les résultats préliminaires indiquent que le RAS intrarénal est activé dans les souris Akita et que la combinaison avec l’hyperglycémie induit du stress du réticulum endoplasmique (ER) dans les RPTC in vivo. Le stress du ER contribue à l’apoptose des RPTC observée dans le diabète, à tout le moins dans le modèle Akita. Le traitement avec des inhibiteurs du RAS permet d’atténuer certains des dommanges rénaux observés dans les souris Akita-rAgt-Tg.

Caractérisation phénotypique et génotypique d’isolats de Salmonella Typhimurium provenant de porcs sains ou septicémiques

Les infections à Salmonella Typhimurium constituent un problème de taille pour l’industrie porcine et la santé publique car cet animal est un réservoir pour les infections chez l’homme. De plus, on observe, chez des souches appartenant au lysotype (LT) 104, des résistances multiples aux antimicrobiens associées à des septicémies chez les porcs en engraissement, ce qui peut contribuer à la contamination des carcasses. Il faut donc contrôler l’infection au niveau du troupeau. Pour ce faire, il importe donc de mieux caractériser ces souches, comprendre la pathogénie de l’infection et identifier des facteurs de virulence. L’objectif principal de cette étude était de caractériser des isolats de S. Typhimurium provenant de porcs septicémiques et de les comparer avec ceux de porcs sains. Une banque d’isolats provenant de porcs septicémiques (ASC) et de porcs sains à l’abattoir (SSC) était constituée. Le lysotype des isolats a été identifié et ceux-ci ont été caractérisés selon le profil de résistance aux antimicrobiens, le SDS-PAGE et l’immunobuvardage et le PFGE. Chez les isolats ASC, LT 104 représentait 36.4% des isolats et chez les isolats SSC la proportion était de 51.5%. Les isolats pouvaient être résistants jusqu’à douze antimicrobiens, peu importe leur origine. Il n’a toutefois pas été possible d’associer une protéine spécifique au groupe d’isolats ASC. Parmi les souches LT 104, plusieurs groupes génétiques ont été identifiés. Les différentes étapes de la pathogénie de Salmonella ont ensuite été évaluées, dont l’adhésion et l’invasion des isolats des deux banques sur des cellules intestinales humaines. Nos résultats ont démontré que les isolats ASC avaient un pouvoir accru d’invasion comparés aux isolats SSC (P=0.003). Pour un sous-groupe d’isolats sélectionnés selon leur taux d’invasion, des tests de phagocytose, d’apoptose et d’adhésion au mucus intestinal ont été effectués en utilisant la cytométrie en flux. La survie des bactéries après la phagocytose a aussi été évaluée et la méthode MATS a été utilisée pour évaluer l'adhésion aux solvants. Les pourcentages de phagocytose chez les isolats SSC par les monocytes porcins étaient plus élevés que chez les isolats ASC à 15 minutes (P=0.02). Nous n’avons trouvé aucune différence significative pour les autres méthodes utilisées. Nous avons ensuite comparé le génome d’un isolat ASC (#36) à celui d’un isolat SSC (#1) par le SSH pour identifier des facteurs de virulence potentiels. Des clones correspondant à des gènes retrouvés sur le chromosome ainsi que sur des plasmides ont été identifiés. Ces résultats nous ont dirigés vers l’analyse des profils plasmidiques de tous les isolats. Les différents profils étaient retrouvés autant chez les isolats ASC que chez les isolats SSC. Deux profils (PL14 et PL20) étaient observés plus fréquemment chez les isolats LT 104 que chez les isolats d’autres lysotypes (P=0.01 et P=0.01, respectivement). Le séquençage d’un des plasmides de l’isolat ASC, démontrait la présence d’informations génétiques codant pour la réplication et une bêta-galactosidase-α. Il serait intéressant de préciser le rôle exact de ces gènes dans l’infection. Nos travaux suggèrent que les isolats de S. Typhimurium provenant de porcs septicémiques se distinguent par un pouvoir d’invasion accru ainsi que par des taux de phagocytose plus faibles dans les phases initiales de l’infection. Cette étude aura donc permis d’accroître les connaissances sur la pathogénie des infections à S. Typhimurium chez le porc.

Des femmes converties à l'islam en France et au Québec : religiosités d'un nouveau genre

En Europe et en Amérique du Nord, les phénomènes de conversion à l'islam suggèrent que modernité et sécularisation ont engendré de nouvelles formes de subjectivité, insolites au premier abord. Pourtant, l'apparente incompatibilité entre les identités musulmane d’un part, et québécoise ou française d’autre part, provient davantage du contexte sociopolitique dans lequel ces identités se produisent que d'une impossibilité inhérente aux paradigmes musulman et occidental en soi. Notre étude réalisée en France et au Québec montre que si le retour à l’islam s’inscrit dans un projet d’herméneutique du soi qui se réalise dans le cadre d’une démarche spirituelle, le geste de conversion est forgé par le contexte social et politique qui lui donne sens et portée. Ainsi, l’identité des nouvelles musulmanes se négocie dans les rapports sociaux qui traversent et dominent les univers du discours locaux; le projet social et politique qui en résulte vise à transcender ces modèles en proposant une alternative qui combine l’hérité et le choisi. Notre projet s’inscrit dans une perspective comparative au sein de deux espaces politiques se distinguant non seulement par leur mode de gestion de la diversité religieuse et ethnique, mais aussi par leur système de régulation du religieux dans l'espace public. Considérant que le changement de religion est un processus aussi subjectif que social, nous soutenons que la nouvelle identité du converti se distribue de façon continue et dynamique entre la réalisation du soi et la (re)construction de son appartenance sociale. Par conséquent, le geste de conversion traduit autant la quête d’une spiritualité et d’un mode de vie pieux, qu’il exprime un discours critique de son contexte social et politique, et constructif puisqu’il en propose une alternative. En nous inspirant des perspectives théoriques de Ricœur, de Foucault, et de Calhoun, nous examinons la formation du sujet et la construction de son identité, autant par la production d’un discours (récit de conversion), que par le modelage du corps (apprentissage des pratiques religieuses et sociales). Cette approche performative de la ritualité quotidienne met en évidence la fluidité, l'idiosyncrasie et l'historicité des appartenances et des subjectivités. Pour les femmes rencontrées, la mise en narration de la trajectoire de conversion joue un rôle clé dans le processus de constitution et d’actualisation du soi musulman. Par la réflexivité du sujet, elle produit en effet une nouvelle herméneutique du soi, motivée par un objectif d’accomplissement personnel, et travaillé par le médium de la spiritualité. Par ailleurs, nous identifions des discours standardisés qui constituent des points de tension autour desquels se forgent la piété, la subjectivité, et l’identité des converties. Parmi eux, le modèle de genre préconisé révèle le retour à une nouvelle morale de la pudeur, de l'intimité, du corps et du souci de soi qui revisite les rhétoriques polarisées entre le féminisme jugé extrême des sociétés occidentales, et les dérives patriarcales de l’islam politique. En ce sens, nous considérons les femmes converties à l’islam comme la figure archétype du sujet musulman féministe. La formation de ces identités originales révèle les forces sociales et politiques sous-jacentes les localités nationales et les dynamiques globales. En effet, les performances élaborées par les converties se situent en compétition avec certains discours construits, tant par les musulmans de naissance que par la société d'origine. La conversion induit ainsi une recomposition des identités genrées, religieuses, nationales ou biographiques des nouvelles musulmanes. Si les attributs de l’altérité désormais mêlés à ceux du soi sont travaillés aux limites des catégories de la modernité avancée (savoir, religion et genre), ils reconfigurent également les rapports sociaux et les frontières de nouveaux groupes d’inclusion et d’exclusion (ethnicité, piété, génération). Au Québec, l'attrait pour l'islam participe d’une reconquête du sens et d’une volonté d'adhésion à la rhétorique cosmopolite hégémonique, l’entrée dans l’islam célèbre alors le retour à des formes de solidarité communautaire, faisant suite à une phase de modernisation et de sécularisation accélérée. En France, elle manifeste une critique envers la différenciation sociale et un mode d'appartenance à une classe ghettoïsée. L’adhésion à la religion de la catégorie minoritaire et ostracisée met en évidence l’échec d'un modèle républicain qui a failli à sa prétention d’universalité. Cette voie alternative aux projets séculier et moderne dominants contribue à reconfigurer les domaines du privé et du public, et permet à ceux qui choisissent la marge, de révéler les apories du centre.

Fonction de l'AmtB dans la régulation de la nitrogénase chez Rhodobacter capsulatus

La fixation de l’azote diatomique est un processus très important à la vie, vu sa nécessité dans la biosynthèse de plusieurs molécules de base; acides aminés, acides nucléiques, etc. La réduction de l’azote en ammoniaque est catalysée par la nitrogénase, une enzyme consommatrice de beaucoup d’énergie étant donné qu’elle nécessite 20 à 30 moles d’ATP pour la réduction d’une mole d’azote. De ce fait une régulation rigoureuse est exigée afin de minimiser le gaspillage d’énergie. Plusieurs systèmes de contrôle sont connus, aussi bien au niveau post-traductionnel que traductionnel. Chez la bactérie photosynthétique pourpre non-sulfureuse R. capsulatus, la régulation de l’activité de la nitrogénase nécessite une panoplie de protéines dont la protéine membranaire AmtB, qui est impliquée dans le transport et la perception d’ammonium, et les protéines PII qui jouent plusieurs rôles clés dans la régulation de l’assimilation d’azote. Suite à l’ajout de l’ammonium dans le milieu, une inhibition réversible de l’activité de la nitrogénase est déclenchée via un mécanisme d’ADP-ribosylation de la nitrogénase. La séquestration de GlnK (une protéine PII) par l’AmtB permet à DraT, une ADP-ribosyltransférase, d’ajouter un groupement ADP-ribose sur la protéine-Fe de la nitrogénase l’empêchant ainsi de former un complexe avec la protéine-MoFe. Donc, le transfert d’électrons est bloqué, engendrant ainsi l’inhibition de l’activité de la nitrogénase qui dure aussi long que la concentration d’azote fixé reste élevé, phénomène appelé le « Switch-off/Switch-on » de la nitrogénase. Dans ce mémoire, pour mieux comprendre ce phénomène de régulation, des mutations ponctuelles au niveau de certains résidus conservés de la protéine AmtB, dont D338, G367, H193 et W237, étaient générées par mutagénèse dirigée, afin d’examiner d’avantage leur rôle dans le transport d’ammonium, la formation du complexe AmtB-GlnK, ainsi que dans le « Switch-off » et l’ADP-ribosylation. Les résultats permettent de conclure l’importance et la nécessité de certains résidus telle que le G367 dans la régulation de la nitrogénase et le transport d’ammonium, contrairement au résidu D338 qui ne semble pas être impliqué directement dans la régulation de l’activité de la nitrogénase. Ces résultats suggèrent d’autres hypothèses sur les rôles des acides aminés spécifiques d’AmtB dans ses fonctions comme transporteur et senseur d’ammonium.

L’émir Abdelkader et la franc-maçonnerie française : de l’engagement (1864) au renoncement (1877)

Figure majeure de l’histoire des relations coloniales franco-algériennes, l’émir Abdelkader est généralement présenté par ses compatriotes comme le modèle politique, militaire et religieux du résistant au colonialisme français du 19ième siècle. L’historiographie officielle algérienne en véhicule l’image du chef religieux qui a initié al-jihad de résistance conforme aux règles exotériques de la chari’ia. Il est décrit comme un guerrier loyal et magnanime, fin stratège, dont la défaite militaire a paradoxalement marqué la fondation de l’Algérie moderne en tant que Nation et État. La construction sociopolitique postcoloniale de ce mythe a permis de légitimer les différents régimes politiques, qui se sont succédé dans l’Algérie indépendante et qui ont toujours tenu, dans le cadre d’une lecture littérale de l’Islam. Ceci dans le but de taire la dimension spirituelle d’Abdelkader disciple, héritier et commentateur de l’œuvre du magister Magnus soufi, IbnʻArabî. Fascinés dès le début de l’occupation par cet adversaire hors du commun, les français, de plus en plus sécularisés, en ont érigé une image utilitaire, l’aliénant ainsi de ses compatriotes coreligionnaires et le découplant de sa foi islamique. Les mémoires concurrentes de l’ancienne puissance coloniale et de son ex-colonie, l’Algérie, ont généré plusieurs débats contemporains en ce qui a trait à l’écriture de l’histoire de la colonisation. Le personnage d’Abdelkader a été instrumentalisé par les uns et les autres. Deux évènements controversés de sa biographie sont devenus les objets d’une polémique souvent âpre et amère entre auteurs chercheurs algériens et français : l’adhésion de l’émir à la franc-maçonnerie française et sa séparation d’avec celle-ci. Nous allons présenter que la prémisse d’auteurs algériens, selon laquelle Abdelkader n’aurait pas pu adhérer au Grand Orient de France, pour cause d’incompatibilité doctrinale musulmane, est inconsistante. Nous essayerons de démontrer au contraire, que son initiation à la maçonnerie telle qu’elle s’était présentée à lui était en accord avec sa vision soufie et légaliste du dogme islamique. En nous basant sur le choix de la franc-maçonnerie française pour la laïcité au moment de la réception supposée de l’émir dans la fraternité, nous montrerons qu’il s’en éloigna pour des raisons de doctrine islamique. En effet, l’élimination de toute référence déiste des textes constitutifs du Grand Orient de France fut inacceptable pour le musulman qu’était Abdelkader, vaincu militairement mais raffermi spirituellement par sa proximité grandissante avec son maître spirituel IbnʻArabî. L’humanisme des francs-maçons français avait motivé une refondation basée sur les droits de l’homme issus de la révolution française. Tandis que celui de l’émir Abdelkader prenait sa source dans l’Unicité de l’Être, concept-cadre Akbarien de la compréhension de la relation de Dieu avec ses créatures. Nous allons montrer que les polémiques franco-algériennes sur les relations d’Abdelkader avec la franc-maçonnerie française, masquent un autre débat de fond qui dure depuis des siècles dans le monde musulman. Un débat opposant deux herméneutiques légalistes des textes islamiques, l’une exotérique s’incarnant dans l’œuvre du théologien musulman Ibn Taymiyya et l’autre ésotérique se trouvant au cœur des écrits du mystique IbnʻArabî.

Significations et perceptions en architecture dans l’œuvre de Christian Norberg-Schulz

L’architecture au sens strict, qui renvoie à la construction, n’est pas indépendante des déterminations mentales, des images et des valeurs esthétiques, comme références, amenées par divers champs d’intérêt au problème du sens. Elle est, de par ce fait, un objet d’interprétation. Ce qu’on appelle communément « signification architecturale », est un univers vaste dans lequel sont constellées des constructions hypothétiques. En ce qui nous concerne, il s’agit non seulement de mouler la signification architecturale selon un cadre et des matières spécifiques de référence, mais aussi, de voir de près la relation de cette question avec l’attitude de perception de l’homme. Dans l’étude de la signification architecturale, on ne peut donc se détacher du problème de la perception. Au fond, notre travail montrera leur interaction, les moyens de sa mise en œuvre et ce qui est en jeu selon les pratiques théoriques qui la commandent. En posant la question de l’origine de l’acte de perception, qui n’est ni un simple acte de voir, ni un acte contemplatif, mais une forme d’interaction active avec la forme architecturale ou la forme d’art en général, on trouve dans les écrits de l’historien Christian Norberg-Schulz deux types de travaux, et donc deux types de réponses dont nous pouvons d’emblée souligner le caractère antinomique l’une par rapport à l’autre. C’est qu’il traite, dans le premier livre qu’il a écrit, Intentions in architecture (1962), connu dans sa version française sous le titre Système logique de l’architecture (1974, ci-après SLA), de l’expression architecturale et des modes de vie en société comme un continuum, défendant ainsi une approche culturelle de la question en jeu : la signification architecturale et ses temporalités. SLA désigne et représente un système théorique influencé, à bien des égards, par les travaux de l’épistémologie de Jean Piaget et par les contributions de la sémiotique au développement de l’étude de la signification architecturale. Le second type de réponse sur l’origine de l’acte de perception que formule Norberg-Schulz, basé sur sur les réflexions du philosophe Martin Heidegger, se rapporte à un terrain d’étude qui se situe à la dérive de la revendication du fondement social et culturel du langage architectural. Il lie, plus précisément, l’étude de la signification à l’étude de l’être. Reconnaissant ainsi la primauté, voire la prééminence, d’une recherche ontologique, qui consiste à soutenir les questionnements sur l’être en tant qu’être, il devrait amener avec régularité, à partir de son livre Existence, Space and Architecture (1971), des questions sur le fondement universel et historique de l’expression architecturale. Aux deux mouvements théoriques caractéristiques de ses écrits correspond le mouvement que prend la construction de notre thèse que nous séparons en deux parties. La première partie sera ainsi consacrée à l’étude de SLA avec l’objectif de déceler les ambiguïtés qui entourent le cadre de son élaboration et à montrer les types de legs que son auteur laisse à la théorie architecturale. Notre étude va montrer l’aspect controversé de ce livre, lié aux influences qu’exerce la pragmatique sur l’étude de la signification. Il s’agit dans cette première partie de présenter les modèles théoriques dont il débat et de les mettre en relation avec les différentes échelles qui y sont proposées pour l’étude du langage architectural, notamment avec l’échelle sociale. Celle-ci implique l’étude de la fonctionnalité de l’architecture et des moyens de recherche sur la typologie de la forme architecturale et sur sa schématisation. Notre approche critique de cet ouvrage prend le point de vue de la recherche historique chez Manfredo Tafuri. La seconde partie de notre thèse porte, elle, sur les fondements de l’intérêt chez Norberg-Schulz à partager avec Heidegger la question de l’Être qui contribuent à fonder une forme d’investigation existentielle sur la signification architecturale et du problème de la perception . L’éclairage de ces fondements exige, toutefois, de montrer l’enracinement de la question de l’Être dans l’essence de la pratique herméneutique chez Heidegger, mais aussi chez H. G. Gadamer, dont se réclame aussi directement Norberg-Schulz, et de dévoiler, par conséquent, la primauté établie de l’image comme champ permettant d’instaurer la question de l’Être au sein de la recherche architecturale. Sa recherche conséquente sur des valeurs esthétiques transculturelles a ainsi permis de réduire les échelles d’étude de la signification à l’unique échelle d’étude de l’Être. C’est en empruntant cette direction que Norberg-Schulz constitue, au fond, suivant Heidegger, une approche qui a pour tâche d’aborder l’« habiter » et le « bâtir » à titre de solutions au problème existentiel de l’Être. Notre étude révèle, cependant, une interaction entre la question de l’Être et la critique de la technique moderne par laquelle l’architecture est directement concernée, centrée sur son attrait le plus marquant : la reproductibilité des formes. Entre les écrits de Norberg-Schulz et les analyses spécifiques de Heidegger sur le problème de l’art, il existe un contexte de rupture avec le langage de la théorie qu’il s’agit pour nous de dégager et de ramener aux exigences du travail herméneutique, une approche que nous avons nous-même adoptée. Notre méthode est donc essentiellement qualitative. Elle s’inspire notamment des méthodes d’interprétation, de là aussi notre recours à un corpus constitué des travaux de Gilles Deleuze et de Jacques Derrida ainsi qu’à d’autres travaux associés à ce type d’analyse. Notre recherche demeure cependant attentive à des questions d’ordre épistémologique concernant la relation entre la discipline architecturale et les sciences qui se prêtent à l’étude du langage architectural. Notre thèse propose non seulement une compréhension approfondie des réflexions de Norberg-Schulz, mais aussi une démonstration de l’incompatibilité de la phénoménologie de Heidegger et des sciences du langage, notamment la sémiotique.

La dihydrofolate réductase R67, comme une cible d’antibiotiques et biocatalyseur potentiel

La dihyrofolate réductase de type II R67 (DHFR R67) est une enzyme bactérienne encodée par un plasmide donc aisément transmissible. Elle catalyse la réaction de réduction du dihydrofolate (DHF) en tétrahydrofolate (THFA) essentiel pour la prolifération cellulaire. La DHFR R67 est une enzyme qui dépend du cofacteur NADPH. La DHFR R67 est différente, structurellement et génétiquement, de l’enzyme DHFR chromosomale présente chez tous les organismes et elle est résistante au triméthoprime (TMP) qui est largement utilisé dans les traitements antibactériens chez l’Homme. Aucun inhibiteur sélectif contre la DHFR R67 n’est actuellement répertorié. Le but de cette étude a été d’identifier des molécules qui pourront inhiber la DHFR R67 sélectivement, sans affecter la DHFR humaine (DHFRh). La vérification de la qualité des essais enzymatiques en conditions déterminées pour le criblage d’inhibiteurs sur plusieurs lectrices à plaques a identifié des appareils appropriés pour l’analyse. L’étude de l’activité enzymatique de la DHFR R67 et de la DHFRh en présence des solvants organiques et liquides ioniques (LIs), comme des co-solvants pour le criblage rationnel d’inhibiteurs, a montré que certains LIs peuvent servir de milieu alternatif pour les essais enzymatiques. Le criblage rationnel basé sur l’approche du design d’un inhibiteur à partir de petites molécules, a révélé des molécules primaires qui inhibent la DHFR R67 de façon faible, mais sélective. Le test des composés biologiquement actifs qui comprennent des petits fragments, a montré l’augmentation de l’affinité entre la DHFR R67 et les composés testés. Trois composés ont été déterminés comme des inhibiteurs sélectifs prometteurs pour la DHFR R67.