Accessing indoor fungal contamination using conventional and molecular methods in Portuguese poultries

Epidemiological studies showed increased prevalence of respiratory symptoms and adverse changes in pulmonary function parameters in poultry workers, corroborating the increased exposure to risk factors, such as fungal load and their metabolites. This study aimed to determine the occupational exposure threat due to fungal contamination caused by the toxigenic isolates belonging to the complex of the species of Aspergillus flavus and also isolates fromAspergillus fumigatus species complex. The study was carried out in seven Portuguese poultries, using cultural and molecularmethodologies. For conventional/cultural methods, air, surfaces, and litter samples were collected by impaction method using the Millipore Air Sampler. For the molecular analysis, air samples were collected by impinger method using the Coriolis μ air sampler. After DNA extraction, samples were analyzed by real-time PCR using specific primers and probes for toxigenic strains of the Aspergillus flavus complex and for detection of isolates from Aspergillus fumigatus complex. Through conventional methods, and among the Aspergillus genus, different prevalences were detected regarding the presence of Aspergillus flavus and Aspergillus fumigatus species complexes, namely: 74.5 versus 1.0% in the air samples, 24.0 versus 16.0% in the surfaces, 0 versus 32.6% in new litter, and 9.9 versus 15.9%in used litter. Through molecular biology, we were able to detect the presence of aflatoxigenic strains in pavilions in which Aspergillus flavus did not grow in culture. Aspergillus fumigatus was only found in one indoor air sample by conventional methods. Using molecular methodologies, however, Aspergillus fumigatus complex was detected in seven indoor samples from three different poultry units. The characterization of fungal contamination caused by Aspergillus flavus and Aspergillus fumigatus raises the concern of occupational threat not only due to the detected fungal load but also because of the toxigenic potential of these species.

Molecular imprinted nanoelectrodes for ultra sensitive detection of ovarian cancer marker

The relentless discovery of cancer biomarkers demands improved methods for their detection. In this work, we developed protein imprinted polymer on three-dimensional gold nanoelectrode ensemble (GNEE) to detect epithelial ovarian cancer antigen-125 (CA 125), a protein biomarker associated with ovarian cancer. CA 125 is the standard tumor marker used to follow women during or after treatment for epithelial ovarian cancer. The template protein CA 125 was initially incorporated into the thin-film coating and, upon extraction of protein from the accessible surfaces on the thin film, imprints for CA 125 were formed. The fabrication and analysis of the CA 125 imprinted GNEE was done by using cyclic voltammetry (CV), differential pulse voltammetry (DPV) and electrochemical impedance spectroscopy (EIS) techniques. The surfaces of the very thin, protein imprinted sites on GNEE are utilized for immunospecific capture of CA 125 molecules, and the mass of bound on the electrode surface can be detected as a reduction in the faradic current from the redox marker. Under optimal conditions, the developed sensor showed good increments at the studied concentration range of 0.5–400 U mL−1. The lowest detection limit was found to be 0.5 U mL−1. Spiked human blood serum and unknown real serum samples were analyzed. The presence of non-specific proteins in the serum did not significantly affect the sensitivity of our assay. Molecular imprinting using synthetic polymers and nanomaterials provides an alternative approach to the trace detection of biomarker proteins.

O complexo Myosotella 'myosotis/denticulata': uma perspetiva morfológica, molecular e ecológica

Dissertação de Mestrado, Biodiversidade e Ecologia Insular, 29 de Maio de 2013, Universidade dos Açores.

Mould and yeast identification in archival settings: preliminary results on the use of traditional methods and molecular biology options in Portuguese archives

This project was developed to fully assess the indoor air quality in archives and libraries from a fungal flora point of view. It uses classical methodologies such as traditional culture media – for the viable fungi – and modern molecular biology protocols, especially relevant to assess the non-viable fraction of the biological contaminants. Denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC) has emerged as an alternative to denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and has already been applied to the study of a few bacterial communities. We propose the application of DHPLC to the study of fungal colonization on paper-based archive materials. This technology allows for the identification of each component of a mixture of fungi based on their genetic variation. In a highly complex mixture of microbial DNA this method can be used simply to study the population dynamics, and it also allows for sample fraction collection, which can, in many cases, be immediately sequenced, circumventing the need for cloning. Some examples of the methodological application are shown. Also applied is fragment length analysis for the study of mixed Candida samples. Both of these methods can later be applied in various fields, such as clinical and sand sample analysis. So far, the environmental analyses have been extremely useful to determine potentially pathogenic/toxinogenic fungi such as Stachybotrys sp., Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, and Fusarium sp. This work will hopefully lead to more accurate evaluation of environmental conditions for both human health and the preservation of documents.

Besnoitia besnoiti protein disulfide isomerase (BbPDI): molecular characterization, expression and in silico modelling

Besnoitia besnoiti is an apicomplexan parasite responsible for bovine besnoitiosis, a disease with a high prevalence in tropical and subtropical regions and re-emerging in Europe. Despite the great economical losses associated with besnoitiosis, this disease has been underestimated and poorly studied, and neither an effective therapy nor an efficacious vaccine is available. Protein disulfide isomerase (PDI) is an essential enzyme for the acquisition of the correct three-dimensional structure of proteins. Current evidence suggests that in Neosporacaninum and Toxoplasmagondii, which are closely related to B. besnoiti, PDI play an important role in host cell invasion, is a relevant target for the host immune response, and represents a promising drug target and/or vaccine candidate. In this work, we present the nucleotide sequence of the B. besnoiti PDI gene. BbPDI belongs to the thioredoxin-like superfamily (cluster 00388) and is included in the PDI_a family (cluster defined cd02961) and the PDI_a_PDI_a'_c subfamily (cd02995). A 3D theoretical model was built by comparative homology using Swiss-Model server, using as a template the crystallographic deduced model of Tapasin-ERp57 (PDB code 3F8U chain C). Analysis of the phylogenetic tree for PDI within the phylum apicomplexa reinforces the close relationship among B. besnoiti, N. caninum and T. gondii. When subjected to a PDI-assay based on the polymerisation of reduced insulin, recombinant BbPDI expressed in E. coli exhibited enzymatic activity, which was inhibited by bacitracin. Antiserum directed against recombinant BbPDI reacted with PDI in Western blots and by immunofluorescence with B. besnoiti tachyzoites and bradyzoites.

Importância relativa do Índice de Massa Corporal e da circunferência abdominal na predição da hipertensão arterial

OBJETIVO: Avaliar a importância relativa do Índice de Massa Corporal (IMC) e da circunferência abdominal na determinação da hipertensão arterial em adultos. MÉTODOS: Estudo transversal com amostra de funcionários (N=1.584), entre 18 e 64 anos de idade, de hospital geral privado do município de São Paulo. A coleta de dados envolveu questionário estruturado, medida da pressão arterial, peso, altura e circunferência abdominal. A hipertensão foi diagnosticada com pressão arterial > 140/90 mmHg ou uso de medicação anti-hipertensiva. A importância relativa do IMC e da circunferência abdominal foi calculada pela fração atribuível de hipertensão correspondente a cada indicador antropométrico, empregando-se níveis de cortes usuais e baseados na distribuição observada na população estudada. Adicionalmente, foi desenvolvido um indicador que combinou simultaneamente valores de IMC e circunferência abdominal. RESULTADOS: A prevalência de hipertensão foi de 18,9% (26,9% em homens e 12,5% em mulheres). Em homens, a fração de hipertensão atribuível ao IMC superou aquela atribuível à circunferência abdominal segundo níveis de corte usuais (56% x 48%, respectivamente) e quartis da distribuição observada (73% x 69%, respectivamente). Para mulheres, a fração de hipertensão atribuível à circunferência abdominal superou ligeiramente aquela atribuível ao IMC nos níveis de corte usuais (44% x 41%, respectivamente); mas se observou situação inversa empregando a classificação em quartis (41% x 57%, respectivamente). Somente em mulheres a fração de hipertensão atribuível ao indicador que combinou IMC e circunferência abdominal (64%) superou a fração atribuível a cada medida isolada. CONCLUSÕES: Tanto o IMC quanto a circunferência abdominal se associaram positiva e independentemente com a ocorrência de hipertensão arterial, sendo superior a influência exercida pelo IMC em homens.

A molecular perspective of the Laurencia complex (Ceramiales, Rhodophyta) in Macaronesia region

IV Congress of Marine Sciences. Las Palmas de Gran Canaria, June 11th to 13th 2014.

Complementarity of conventional and molecular methods in the assessment of fungal contamination caused by Aspergillus fumigatus complex in one Portuguese composting plant

The handling of waste and compost that occurs frequently in composting plants (compost turning, shredding, and screening) has been shown to be responsible for the release of dust and air borne microorganisms and their compounds in the air. Thermophilic fungi, such as A. fumigatus, have been reported and this kind of contamination in composting facilities has been associated with increased respiratory symptoms among compost workers. This study intended to characterize fungal contamination in a totally indoor composting plant located in Portugal. Besides conventional methods, molecular biology was also applied to overcome eventual limitations.

Determinação de germânio em alimentos por espectrometria de massa ligada a um plasma acoplada indutivamente (ICP-MS)

Nos dias de hoje existe uma grande preocupação da população em fazer uma alimentação mais saudável, uma alimentação que tenha nos seus alimentos elementos que não prejudiquem a saúde mas sim que a tornem mais forte. Um desses elementos que pode trazer benefício para a saúde é o Germânio, elemento de estudo no presente trabalho. Neste trabalho determinou-se a concentração de Germânio em alguns alimentos. Os alimentos usados foram: espargos, ginseng, cogumelos, rabanete, gengibre, aloé vera e alho. Para se fazer a decomposição das amostras foi usada uma solução de ácido nítrico concentrado (67%) e peróxido de hidrogénio (30%), de seguida as soluções resultantes foram analisadas por espectrometria de massa ligado a um plasma acoplado indutivamente (Inductive Coupled Plasma - Mass Spectrometry (ICP-MS)). Esta técnica permitiu estudar os três isótopos mais abundantes de germânio (Ge70, Ge72 e Ge74). Como principais resultados deste trabalho pode-se referir que o alimento que apresenta uma maior concentração de Germânio é o ginseng (243,0 ng/g), seguindo-se o alho (152,6 ng/g). Com concentrações bastante próximas ficaram os espargos, gengibre e cogumelos com um valor aproximado de 75 ng/g. As concentrações mais baixas formam encontradas no aloé vera e rabanete, com valores de 38,16 e 21,85ng/g respectivamente. Com estes resultados podemos concluir que para ter uma alimentação rica neste elemento deve-se ingerir ginseng e alho pois dos alimentos estudados são os mais ricos em Germânio.

Sensibilidade e especificidade de critérios de classificação do índice de massa corporal em adolescentes

OBJETIVO: Estimar a prevalência de excesso de peso em adolescentes conforme critérios de classificação do índice de massa corporal (IMC) e respectivas sensibilidade e especificidade. MÉTODOS: Foram realizadas medidas de peso, estatura e dobras cutâneas, subescapular e triciptal, em 934 adolescentes (masculino= 462 e feminino= 472) de 14 a 18 anos de idade (média= 16,2; dp= 1,0) da cidade de Florianópolis (SC), em 2001. O percentual de gordura estimado a partir das dobras cutâneas (e"25% no masculino e e"30% no feminino) foi utilizado como critério padrão-ouro para determinar a sensibilidade e especificidade dos critérios de classificação do IMC em adolescentes. RESULTADOS: A aplicação de diferentes pontos de corte de classificação do IMC, em geral, resultou em prevalências de excesso de peso similares (p>0,05). A sensibilidade dos critérios avaliados foi elevada nos adolescentes do sexo masculino (85,4% a 91,7%) e baixa nas do sexo feminino (33,8% a 52,8%). A especificidade foi elevada em todos os critérios, para ambos os sexos (83,6% a 98,8%). CONCLUSÕES: As estimativas de prevalência de excesso de peso pelos critérios de classificação do IMC em adolescentes foram similares e apresentaram especificidade elevada para ambos os sexos, mas baixa sensibilidade nos adolescentes do sexo feminino.

Development of triplet repeat primed PCR (TP-PCR) technique as a support of molecular test in Machado-Joseph disease

Dissertação de Mestrado, Ciências Biomédicas, 3 de Fevereiro de 2016, Universidade dos Açores.

Host-symbiont interactions in the deep-sea vent mussel Bathymodiolus azoricus : a molecular approach

Tese de Doutoramento, Ciências do Mar, especialidade de Biologia Marinha, 19 de Dezembro de 2015, Universidade dos Açores.

Molecular screening of 246 Portuguese Aspergillus isolates among different clinical and environmental sources

Clinical and environmental samples from Portugal were screened for the presence of Aspergillus and the distributions of the species complexes were determined in order to understand how their distributions differ based on their source. Fifty-seven Aspergillus isolates from clinical samples were collected from 10 health institutions. Six species complexes were detected by internal transcribed spacer sequencing; Fumigati, Flavi, and Nigri were found most frequently (50.9%, 21.0%, and 15.8%, respectively). β-tubulin and calmodulin sequencing resulted in seven cryptic species (A. awamorii, A. brasiliensis, A. fructus, A. lentulus, A. sydowii, A. tubingensis, Emericella echinulata) being identified among the 57 isolates. Thirty-nine isolates of Aspergillus were recovered from beach sand and poultry farms, 31 from swine farms, and 80 from hospital environments, for a total 189 isolates. Eleven species complexes were found in these 189 isolates, and those belonging to the Versicolores species complex were found most frequently (23.8%). There was a significant association between the different environmental sources and distribution of the species complexes; the hospital environment had greater variability of species complexes than other environmental locations. A high prevalence of cryptic species within the Circumdati complex was detected in several environments; from the isolates analyzed, at least four cryptic species were identified, most of them growing at 37ºC. Because Aspergillus species complexes have different susceptibilities to antifungals, knowing the species-complex epidemiology for each setting, as well as the identification of cryptic species among the collected clinical isolates, is important. This may allow preventive and corrective measures to be taken, which may result in decreased exposure to those organisms and a better prognosis.

Análise multinível das variações no índice de massa corporal entre adultos, Brasil, 2006

OBJETIVO: Analisar variações do índice de massa corporal (IMC) entre adultos segundo fatores individuais e características ambientais das cidades. MÉTODOS: Foram utilizados dados de 2006 do Sistema de Vigilância de Fatores de Risco e Proteção para Doenças Crônicas por Inquérito Telefônico (VIGITEL). Trata-se de inquérito baseado em entrevistas telefônicas realizadas em amostras probabilísticas da população com idade >18 anos nas 26 capitais estaduais brasileiros e no Distrito Federal. A análise de fatores associados incluiu variáveis socioeconômicas e demográficas, individuais e ambientais da cidade referentes a 49.395 participantes do VIGITEL. O consumo alimentar foi avaliado por escore de alimentação saudável e pelo consumo de frutas e hortaliças cinco ou mais vezes por dia. Atividade física foi avaliada pela freqüência e duração de exercícios, e pela presença local de equipamentos para realizá-los. As associações foram testadas em modelos lineares multinível (p<0,05). RESULTADOS: As associações do IMC com as variáveis explicativas individuais diferiram entre os sexos. Escolaridade associou-se positivamente ao IMC em homens e negativamente em mulheres. Consumo de frutas e hortaliças associou-se positivamente ao IMC em homens. Para ambos, a existência de localidades para realizar exercícios associou-se negativamente com o IMC. CONCLUSÕES: Embora haja grande discrepância nas médias de IMC entre as cidades brasileiras, a existência de local para atividade física, características econômicas e de consumo alimentar pouco explicaram a variação no IMC.

Comparação da fixação em formalina e em fixador molecular e sua influência em técnicas histoquímicas em tecido hepático

A Formalina 10% Tamponada (FNT 10%) é considerada o fixador de eleição nos Laboratórios de Anatomia Patológica. Contudo, a exposição a esta substância acarreta riscos para a saúde dos técnicos. A International Agency for Research on Cancer (IARC) classificou-a como cancerígeno humano e estudos relevam uma correlação positiva entre a exposição a formaldeído e o desenvolvimento de leucemia e leucemia mielóide. Torna-se relevante alterar o processo de fixação substituindo a FNT 10% por outros fixadores melhorando estas questões. Como tal, desenvolveram-se fixadores à base de outros compostos químicos que não formaldeído, como o Fixador Molecular Universal (UMFIX) que tem como base metanol e polietilenoglicol e que é usualmente utilizado com um processador rápido de micro-ondas. Pretende-se comparar as diferenças entre a fixação por FNT 10% e a fixação por UMFIX, em tecido hepático processado em processador rápido de micro-ondas, para as colorações de Hematoxilina-Eosina (H&E), Tricrómio de Gomori, Reticulina e PAS, através da qualidade final das lâminas testadas. A coloração de H&E foi a única que apresentou diferenças estatisticamente significativas entre os dois fixadores (p=0,032; α<0,05; Mann-Whitney). O UMFIX apresenta-se como um substituto da FNT 10% para o processamento rápido em micro-ondas, pois além de apresentar lâminas com uma qualidade final semelhante ou superior às da FNT 10%, ultrapassa os riscos referidos.