Visualitzador de molècules d'ADN per laboratori virtual

RESUM Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual. Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar. A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula que nosaltres creem o modificar una ja existent. Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi (classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i la resta de parts.

"V.N. Volochinov en contexte: essai d'épistémologie historique"

Cette thèse de doctorat porte sur la pensée de Valentin Volochinov (1895-1936) et le contexte intellectuel russe du début du XXe siècle dans lequel elle a été élaborée. Le cadre spatial de l'étude est la Russie. Le cadre temporel correspond aux années 1890-1920. Fait dans le cadre des « études bakhtiniennes », ce travail propose une démarche inverse de celle utilisée jusqu'à présent dans ce domaine. Son objectif est d'explorer les conséquences pratiques de trois hypothèses : 1) Valentin Volochinov (et non pas Mikhaïl Bakhtine) est l'auteur des textes parus sous son nom dans les années 1920 ; 2) Valentin Volochinov est un chercheur indépendant de Mikhaïl Bakhtine et de Pavel Medvedev (et non pas seulement un des membres du « Cercle de Bakhtine » ou du « groupe B.M.V. » dont le projet scientifique serait incompréhensible sans le recours aux textes bakhtiniens et/ou de Medvedev) ; 3) la connaissance du contexte intellectuel général dans lequel a travaillé Valentin Volochinov (c'est-à-dire l'ensemble des textes et des discussions scientifiques qui se sont déroulées dans les revues et les institutions scientifiques autour des thèmes abordés dans les textes signés dans les années 1920 par Volochinov) joue un rôle de premier plan dans l'interprétation de sa conception. L'analyse de la terminologie utilisée dans les travaux de Volochinov (en particulier de la notion d'« idéologie » et de méthode « marxiste »), ainsi que l'examen des idées ayant trait à la philosophie du langage (la réception des idées de Saussure, la polémique avec Rozalija Chor sur des principes de la science du langage « marxiste », la critique de la conception du «mot» de Gustav Chpet), psychologiques (la critique de la théorie psychanalytique de Sigmund Freud, l'élaboration de la notion de conscience, la recherche des bases de la psychologie « marxiste ») et sociologiques (l'analyse de l'interaction socio-verbale et l'élaboration de la théorie de l'énoncé) amènent à la conclusion que les hypothèses avancées sont justes et le mode de lecture adopté dans le travail est rentable : il suscite des interprétations différentes de celles proposées jusqu'à présent. Il permet, par exemple, de mettre en évidence les particularités du marxisme russe des années 1920 considéré par les intellectuels de l'époque, d'une part, comme une méthode des recherches dont les principes fondamentaux sont le matérialisme, le monisme, le déterminisme (y compris social), la dialectique et, d'autre part, comme une doctrine sociologique. Compris en ce sens, le marxisme fait partie de l'histoire de la sociologie russe qui comprend également des conceptions dites « bourgeoises » ou « positivistes » comme, par exemple, celle d'Eugène de Roberty, qui insiste dans ses travaux sur le primat du social sur l'individuel, autrement dit qui met en avant le principe du déterminisme social souvent associé uniquement au «sociologisme marxisant». L'oeuvre de Volochinov ne contient pas, par conséquent, d'éléments de «sociologisme vulgaire», elle s'inscrit dans l'histoire des idées sociologiques russes où il n'y a pas de rupture nette entre les conceptions dites «bourgeoises» et marxistes. Le marxisme de Volochinov n'est pas révolutionnaire. Il ne peut pas non plus être associé aux idées psychanalytiques. La preuve est le refus radical de l'existence de l'inconscient (ou plutôt d'une force inconsciente) qui déterminerait le comportement des individus sans qu'ils s'en rendent compte. Le projet scientifique de Volochinov consiste à analyser la conscience (les faits psychiques), ainsi que le langage, l'énoncé et les structures syntaxiques dans lesquelles l'énoncé se réalise en tant qu'éléments constitutifs de l'échange social et/ou verbal, qui se trouve au centre de vives discussions menées à la charnière des XIXe-XXe siècles par les chercheurs russes d'orientation marxiste et non marxiste. Pour comprendre ce projet il n'est pas nécessaire de faire appel aux idées de Bakhtine et de Medvedev : la lecture en contexte des textes signés dans les années 1920 par Volochinov met ainsi en doute l'idée qui domine actuellement dans le monde francophone que Bakhtine serait leur véritable auteur.

Représentations d'un pouvoir magique des mots

RÉSUMÉLa thèse présentée ici ambitionne de fournir un panorama de la croyance magicoverbale, autrement dit la croyance que les signes verbaux pourraient posséder un pouvoir surnaturel intrinsèque : souhaits, choses ou événements imaginés, pourraient s'actualiser du simple fait de leur énonciation, qu'elle soit oralisée ou non ; les prénoms pourraient avoir une influence sur la personnalité, voire sur le cours de la destinée de qui les porte.Cette thèse a non seulement une visée descriptive, mais également élucidante. Il s'agira, en effet, d'étudier les représentations d'un pouvoir magique des mots dans le but, non seulement d'en documenter les manifestations, mais également de comprendre en quoi elles pourraient dicter certains comportements ou réactions et avec quelles implications.Qui sont ces personnes paraissant manifester une croyance magicoverbale ? Sont-elles aussi frustes qu'on a tendance à le croire ou s'agit-il simplement d'un préjugé particulièrement tenace ? La représentation magique du langage est-elle homogène ou présente-t-elle des variations ? De quels facteurs dépend-elle ? Quels en sont les mécanismes et les modalités d'apparition ? Autant de questions auxquelles cette thèse se propose de répondre. À cet effet, la présentation du travail est divisée en trois parties : la première porte sur le terrain d'enquête, avec une description de la méthodologie utilisée (chapitre 1) et la présentation des résultats obtenus (chapitre 2). L'analyse et l'interprétation des résultats (chapitre 3) font l'objet de la deuxième partie de la thèse. Quant à la troisième partie, elle rend compte des mécanismes de la croyance magicoverbale (chapitre 4).

Daisy: un libro digital abierto, multimodal y accesible

Se presenta el formato de libro multimedia Daisy que permite integrar texto, sonido, imágenes y vídeo de forma sincronizada y con una navegación avanzada por el texto y el audio que lo hace altamente usable para lecturas en digital. También se presenta su componente principal DTBook xml, disposición estructurada del texto que permite generar formatos alternativos. El artículo detalla las diferencias de Daisy respecto a otros audiolibros, los dispositivos de lectura existentes y su adopción en el mercado y en la enseñanza. Si se abaratan los costes de los aparatos lectores y se soluciona la gestión de derechos digitales, tiene muchas posibilidades de convertirse en estrella para editar libros digitales.

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions.

BACKGROUND: Molecular interaction Information is a key resource in modern biomedical research. Publicly available data have previously been provided in a broad array of diverse formats, making access to this very difficult. The publication and wide implementation of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Molecular Interactions (HUPO PSI-MI) format in 2004 was a major step towards the establishment of a single, unified format by which molecular interactions should be presented, but focused purely on protein-protein interactions. RESULTS: The HUPO-PSI has further developed the PSI-MI XML schema to enable the description of interactions between a wider range of molecular types, for example nucleic acids, chemical entities, and molecular complexes. Extensive details about each supported molecular interaction can now be captured, including the biological role of each molecule within that interaction, detailed description of interacting domains, and the kinetic parameters of the interaction. The format is supported by data management and analysis tools and has been adopted by major interaction data providers. Additionally, a simpler, tab-delimited format MITAB2.5 has been developed for the benefit of users who require only minimal information in an easy to access configuration. CONCLUSION: The PSI-MI XML2.5 and MITAB2.5 formats have been jointly developed by interaction data producers and providers from both the academic and commercial sector, and are already widely implemented and well supported by an active development community. PSI-MI XML2.5 enables the description of highly detailed molecular interaction data and facilitates data exchange between databases and users without loss of information. MITAB2.5 is a simpler format appropriate for fast Perl parsing or loading into Microsoft Excel.

Débattre : l'argumentation et l'identité au coeur d'une pratique verbale

Pratique verbale à la fois familière et fondamentale dans les sociétés démocratiques contemporaines, le débat reste paradoxalement peu connu et peu étudié en tant que tel. L'ouvrage propose de plonger au coeur de cette pratique et d'opérer ce travail à deux niveaux étroitement articulés. À un niveau théorique, le débat pose certaines questions aux sciences du langage et à la sociologie de l'action. L'auteur s'attache à y répondre en approchant les pratiques verbales à l'articulation des perspectives textuelle (problématique de l'enchaînement des énoncés) et interactionnelle (problématique des dynamiques au travers desquelles les agents gèrent leur relation). Le caractère multimodal de ces pratiques est également considéré, qu'il s'agisse de l'articulation oral-écrit, du lien entre parole et mimo-gestualité ou encore de la répartition des participants dans l'espace. À un niveau pratique, la spécificité du débat repose sur certains observables qu'il s'agit d'identifier et de décrire et qui permettent de distinguer le débat d'autres formes de comportement, telles que l'anecdote, la discussion ou la dispute. Par l'analyse de nombreux exemples tirés d'interactions publiques, l'ouvrage montre en quoi la pratique de l'argumentation et l'inscription langagière de certaines identités apparaissent comme les deux ressources fondamentales d'accomplissement et de reconnaissance de la pratique du débat.

La conception de schémas relationnels en analyse criminelle: au-delà de la maîtrise des outils

Des techniques de visualisation sont exploitées dans les enquêtes judiciaires afin de faciliter le traitement d'affaires d'envergure. Les éléments pertinents de l'enquête sont représentés par des schémas décrivant les relations entre les évènements et les entités d'intérêt. Les exploitations classiques de ces techniques qui s'apparentent à la construction de graphes sont par exemple : la représentation de réseaux criminels, de trafics de marchandises, de chronologies d'évènements, ainsi que la visualisation de relations téléphoniques et financières. Dans ce contexte, la visualisation soutient un nombre important d'objectifs, tels qu'analyser les traces et les informations collectées, évaluer à posteriori une investigation, aider à qualifier les infractions, faciliter l'appréhension d'un dossier et la prise de décisions au cours d'une enquête, voire soutenir une argumentation lors du procès. La pratique intègre des outils logiciels simples qui produisent des graphiques élégants et souvent percutants. Cette recherche tend à montrer qu'il existe des disparités étonnantes lors de l'exploitation de ces techniques. Des biais de raisonnement et de perception peuvent être induits, allant jusqu'à provoquer des décisions aux conséquences parfois désastreuses. Pour mettre en évidence ces difficultés, des évaluations ont été effectuées avec des praticiens et des étudiants. Elles ont permis d'établir une image empirique de l'étendue des variations de conception et d'interprétation des représentations, ainsi que de leurs impacts sur la prise de décision. La nature et la diversité des concepts à représenter, l'absence de consensus sur la manière de représenter les données, la diversité des solutions visuelles envisageables, les contraintes imposées par les outils exploités et l'absence d'une formalisation claire du langage, sont autant de causes supposées des difficultés. Ce constat révèle la nécessiter de consolider les méthodes pratiquées.

Hommes et femmes: la même organisation cérébrale ? [Men and women: the same cerebral organisation ?]

Des différences entre les hommes et les femmes en ce qui concerne la taille du cerveau, les compétences dans des domaines particuliers et la récupération suite aux lésions cérébrales ont soulevé la question des dissimilitudes d'organisation cérébrale entre les deux sexes. Interprétée tout d'abord comme touchant à la latéralisation des fonctions cognitives, cette différence se révèle aujourd'hui davantage liée au fonctionnement des réseaux neuronaux.

Voir le monde comme une image : le schème de l'image mimétique dans la philosophie de Platon (Cratyle, Sophiste, Timée)

Résumé de la thèse Le travail de thèse «VOIR LE MONDE COMME UNE IMAGE. Le schème de l'image mimétique dans la philosophie de Platon (Cratyle, Sophiste, Timée) » d'Alexandre NEVSKY étudie la conception philosophique de l'image chez Platon. En posant la question : qu'est-ce que l'image pour Platon? l'étude se propose, dans un premier temps, d'analyser la manière précise dont l'idée de l'image fonctionne dans l'articulation logique de l'enquête platonicienne, en se basant avant tout sur trois dialogues majeurs où cette idée est explicitement thématisée par Platon lui-même, à savoir le Cratyle, le Sophiste et le Timée. Par une analyse détaillée de ces textes, Alexandre Nevsky essaie de démontrer que l'idée de l'image fonctionne comme un schème euristique dont la logique interne détermine les moments clés dans le déroulement de chaque dialogue examiné, et constitue ainsi une véritable méthode d'investigation philosophique pour Platon. En suivant cette stratégie platonicienne, l'auteur nous montre quel rôle le schème de l'image joue selon Platon d'abord dans la constitution du langage (le Cratyle), puis, dans celle du discours (le Sophiste) et, enfin, dans celle du monde (le Timée). Une telle approche lui permet de revoir l'interprétation traditionnelle de certains passages clés, célèbres pour leurs difficultés, en mettant en évidence la façon dont la nouvelle perspective platonicienne, introduite grâce au schème de l'image, permet de formuler une solution philosophique originale du problème initial. On y trouve ainsi rediscutés, pour ne citer que quelques exemples, la théorie curieuse de l'imitation phonétique et le problème de la justesse propre du nom-image, la définition philosophique de la notion d'image et la distinction platonicienne entre limage-ressemblance et l'image-apparence, la logique paradoxale de l'introduction d'un troisième genre dans la structure ontologique de l'être et la question du sens exact à donner au «discours vraisemblable » de Platon sur la naissance de l'univers. Dans un deuxième temps, cette étude tente de dégager, derrière la méthode heuristique basée sur le schème de l'image, une véritable conception de l'image mimétique chez Platon. L'une des idées principales de la thèse est ici de montrer que cette conception présente une solution philosophique de Platon au problème de l'apparence archaïque. Car, face à la question sophistique : comment une chose - que ce soit le discours ou le monde - peut-elle être une apparence, quelque chose qui n'existe pas? Platon apporte une réponse tout à fait originale elle le peut en tant qu'image. Or, l'image n'est pas une simple apparence illusoire, elle est le reflet d'une autre réalité, indépendante et véritable, que l'on doit supposer, selon Platon, même quand sa nature exacte nous échappe encore. La conception platonicienne de l'image apparaît ainsi comme un pendant indispensable de la théorie des Formes intelligibles et aussi comme son étape préalable au niveau de laquelle l'âme du philosophe, dans son ascension vers la vérité, se retrouve dans un espace intermédiaire, déjà au-delà des illusions du monde phénoménal, mais encore en-deçà des engagements métaphysiques de la théorie des Formes.

Du sens du jeu à la raison d'agir : comment est-ce qu'un enfant apprend le sens des mots à partir de mots dont il ne comprend pas le sens ?

Du sens du jeu à la raison d'agirComment est-ce qu'un enfant apprend le sens des mots à partir de mots dont il ne comprend pas le sens ?La thèse « Du sens du jeu à la raison» défend une conception de l'acquisition du langage chez l'enfant. Inspirée de la philosophie de Wittgenstein, elle conteste une représentation empiriste qui voudrait que l'enfant apprenne d'abord la signification des mots dans son expérience prélinguistique du monde pour ensuite associer des noms à des objets - qu'ils soient internes ou qu'ils soient externes - pour revendiquer une représentation profondément anthropologique : celle-ci veut que l'enfant apprenne à parler dans des jeux verbaux dans lesquels il fait usage des mots qu'il hérite d'un mode de vie particulier.«Il ne s'agit pas d'expliquer un jeu de langage par nos expériences vécues, mais de constater un jeu de langage» (Wittgenstein, Recherches philosophiques, Gallimard, Paris, §655).La méthode de recherche est aussi originale. Elle ne se veut pas empirique, mais grammaticale. Il s'agit au moyen d'une série d'exemples - des vidéos d'enfants qui apprennent à parler - de proposer une représentation synoptique de nos usages ordinaires du langage comme «dire maman ou papa», «reconnaître une couleur», «dire aïe!»,. La description de ces jeux de langage n'a pas pour but de nous faire découvrir quelque chose de nouveau, mais de nous faire voir ce que nous avons constamment sous les yeux et qui reste inaperçu. La méthode vise donc une certaine éducation du regard.Ce retour aux jeux de langage de ceux qui apprennent à parler permet de mieux comprendre les possibilités de notre langage et contribue à nous en faire voir les impossibilités. C'est un combat contre les fausses images que nous nous faisons de notre langage, qui nous empêchent de voir le réel usage que nous faisons de nos propres mots.Pour peu que l'on s'accorde avec Wittgenstein pour considérer comme purement mythique la conception de la signification comme quelque chose qui serait associé au mot, on est alors amené à voir autrement - dans l'ordre - nos concepts d'apprentissage, de compréhension et de sujet parlant. En suivant ces étapes, différents types de descriptions (sous forme de texte, de transcription d'interactions, d'images au format de bande dessinée, de vidéos sur DVD en annexe de la thèse) se chevauchent vous invitant à voir autrement comment un enfant apprend le sens des mots à partir de mots dont il ne comprend pas le sens en évoluant progressivement du «sens du jeu à la raison d'agir».