Changing patterns of cancer incidence in the early- and late-HAART periods: the Swiss HIV Cohort Study.

BACKGROUND: The advent of highly active antiretroviral therapy (HAART) in 1996 led to a decrease in the incidence of Kaposi's sarcoma (KS) and non-Hodgkin's lymphoma (NHL), but not of other cancers, among people with HIV or AIDS (PWHA). It also led to marked increases in their life expectancy. METHODS: We conducted a record-linkage study between the Swiss HIV Cohort Study and nine Swiss cantonal cancer registries. In total, 9429 PWHA provided 20,615, 17,690, and 15,410 person-years in the pre-, early-, and late-HAART periods, respectively. Standardised incidence ratios in PWHA vs the general population, as well as age-standardised, and age-specific incidence rates were computed for different periods. RESULTS: Incidence of KS and NHL decreased by several fold between the pre- and early-HAART periods, and additionally declined from the early- to the late-HAART period. Incidence of cancers of the anus, liver, non-melanomatous skin, and Hodgkin's lymphoma increased in the early- compared with the pre-HAART period, but not during the late-HAART period. The incidence of all non-AIDS-defining cancers (NADCs) combined was similar in all periods, and approximately double that in the general population. CONCLUSIONS: Increases in the incidence of selected NADCs after the introduction of HAART were largely accounted for by the ageing of PWHA.

In leishmaniasis due to Leishmania guyanensis infection, distinct intralesional interleukin-10 and Foxp3 mRNA expression are associated with unresponsiveness to treatment.

The presence of intralesional natural regulatory T cells, characterized by the expression of Foxp3 mRNA, was analyzed in patients with localized leishmaniasis due to Leishmania guyanensis infection that was unresponsive to treatment with pentamidine isethionate. Foxp3 mRNA levels were associated with unresponsiveness to treatment among patients with a lesion duration of 1 month, but this association was not observed among patients with a lesion duration of <1 month. In conclusion, high intralesional expression of Foxp3 might be an indicator of poor response to treatment, depending on the duration of lesions.

Relações empíricas entre características dendrométricas da Caatinga brasileira e dados TM Landsat 5

O objetivo deste trabalho foi ajustar modelos para estimar características dendrométricas da Caatinga brasileira a partir de dados do sensor TM do Landsat 5. Medidas de diâmetro e altura das árvores foram obtidas de 60 parcelas de inventário (400 m2), em dois municípios do Estado de Sergipe. A área basal e o volume de madeira foram estimados com uso de equação alométrica e de fator de forma (f = 0,9). As variáveis explicativas foram obtidas do sensor TM, após correção radiométrica e geométrica, tendo-se considerado, na análise, seis bandas espectrais, com resolução espacial de 30 m, além dos índices de razão simples (SR), de vegetação por diferença normalizada (NDVI) e de vegetação ajustado ao solo (Savi). Na escolha das melhores variáveis explicativas, foram considerados coeficiente de determinação (R2), raiz do erro quadrático médio (RMSE) e critério bayesiano de informação (CBI). A área basal por hectare não apresentou correlação significativa com nenhuma das variáveis explicativas utilizadas. Os melhores modelos foram ajustados à altura média das árvores por parcela (R2 = 0,4; RMSE = 13%) e ao volume de madeira por hectare (R2 = 0,6; RMSE = 42%). As métricas derivadas do sensor TM do Landsat 5 têm grande potencial para explicar variações de altura média das árvores e do volume de madeira por hectare, em remanescentes de Caatinga situados no Nordeste brasileiro.

Seleção de linhagens de sorgo granífero eficientes e responsivas à aplicação de fósforo

O objetivo deste trabalho foi selecionar linhagens de sorgo simultaneamente responsivas ao fósforo e com elevada eficiência produtiva quanto a esse nutriente. Foram avaliadas 36 linhagens endogâmicas, em delineamento de blocos ao acaso, com duas repetições. Os caracteres usados para avaliação da eficiência produtiva foram produtividade média e eficiências de absorção, de utilização e de uso de fósforo, com e sem adubação fosfatada. Para análise da responsividade ao nutriente, foram avaliados caracteres de produtividade relativa e de eficiências de recuperação aparente, fisiológica e agronômica. Há variabilidade genética entre as linhagens quanto às eficiências de absorção, de utilização e de uso do fósforo, e quanto à responsividade ao nutriente, o que sugere a possibilidade de produção de híbridos destinados a nichos de mercado diferentes. As linhagens mais responsivas foram P9401, BR007B, BR008B, SC414-12E e SC566, e as mais eficientes, sob baixa disponibilidade de fósforo, foram ATF40B, SC566, BR005R, CMSXS225 e BR012 (R6). As linhagens ATF40B, ATF54 (f61), ATF54 (f596), QL3 e SC566 apresentaram melhor desempenho simultâneo das diferentes eficiências avaliadas e da responsividade ao fósforo. Apenas a avaliação do caráter produtividade, sob diferentes disponibilidades de fósforo, já permite identificar linhagens eficientes e responsivas ao fósforo.

Análise de associação quanto à produtividade e seus caracteres componentes em linhagens e cultivares de arroz de terras altas

O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados e considerados como candidatos para uso na seleção assistida por marcadores. Os marcadores NP914540, Q6ZGD1 e Q69JE3, associados ao número de grãos por panícula, ainda não foram anotados no arroz e podem constituir o ponto de partida para estudos de genômica funcional. Entre os marcadores derivados de sequências transcritas, NP914526 e NP914533 destacam-se por pertencer a rotas metabólicas relacionadas ao aumento do potencial produtivo de arroz.

Correlações do índice de área do cladódio com características morfogênicas e produtivas da palma forrageira

O objetivo deste trabalho foi avaliar as correlações do índice de área do cladódio com características morfogênicas e produtivas da palma forrageira (Nopalea sp. e Opuntia sp.). Foram avaliados três clones de palma forrageira, em condições de sequeiro: IPA Sertânia, Miúda e Orelha de Elefante Mexicana. Dados morfológicos dos cladódios e da planta, índice de área do cladódio e biomassa acumulada foram obtidos na ocasião da colheita. A relação entre os dados coletados foi avaliada por meio da análise de trilha, após a aplicação da matriz de correlação de Pearson e do teste de multicolinearidade. Foram observadas maiores correlações das características morfogênicas com o rendimento da cultura do que com o índice de área do cladódio, com R2 entre 0,5930 e 0,9502. As variáveis altura x largura e número total de cladódios foram as que melhor explicaram a variação do índice de área do cladódio. O número total de cladódios, o índice de área do cladódio e a morfologia dos cladódios de quarta ordem são as variáveis que melhor explicam a variabilidade do rendimento dos clones de palma forrageira avaliados em ambiente semiárido.

Seleção de acessos de tomateiro resistentes à pinta-preta pela análise de agrupamento das curvas de progresso da doença

O objetivo deste trabalho foi selecionar acessos resistentes à pinta-preta (Alternaria tomatophila) por meio da análise de agrupamento das curvas de progresso da doença em tomateiro (Solanum lycopersicum). Foram avaliados 134 acessos de tomateiro do Banco de Germoplasma de Hortaliças da Universidade Federal de Viçosa (BGH-UFV), no delineamento de blocos ao acaso, além das testemunhas suscetíveis 'Débora' e 'Santa Clara'. As plantas foram inoculadas com uma mistura de conídios de diferentes isolados de Alternaria spp. e avaliadas regularmente quanto à severidade da doença a cada três dias após a inoculação, no total de seis avaliações. Ajustou-se o modelo logístico aos dados de severidade da pinta-preta, e as estimativas obtidas para a incidência final da doença (B1) e a taxa de progresso da doença (B3) foram submetidas à análise de variância multivariada (Manova). As médias dessas estimativas, para cada acesso, foram submetidas à análise de agrupamento. Foram formados 24 grupos distintos com base no agrupamento das curvas de progresso da doença, o que possibilitou identificar os acessos BGH-2143, BGH-2235, BGH-2270 e BGH-2118 de tomateiro como potenciais fontes de resistência à pinta-preta.

Caracterização físico-química de frutos de novos híbridos e linhagens de mamoeiro

O objetivo deste trabalho foi avaliar genótipos de mamoeiro quanto às suas características físicas e físico-químicas, para identificar os mais promissores como novas cultivares comerciais. Foram realizadas análises de comprimento, diâmetro, diâmetro da cavidade interna, massa do fruto, espessura da polpa, firmeza do fruto com casca, firmeza da polpa, cor da polpa, acidez titulável, sólidos solúveis, pH, carotenoides totais e vitamina C em 22 genótipos. Observou-se variação significativa entre os genótipos para as características comprimento e massa dos frutos. Em relação à firmeza dos frutos com casca, 12 genótipos apresentaram firmeza superior à das cultivares comerciais Tainung No 1 e Sunrise Solo. A análise de correlação indicou que frutos com maior comprimento, diâmetro e diâmetro da cavidade interna tendem a apresentar maior peso e espessura de polpa, enquanto frutos com maiores teores de sólidos solúveis tendem a apresentar maior razão sólidos solúveis/acidez titulável, vitamina C e carotenoides totais. A linhagem L72, do grupo Solo, e o híbrido H36.45, do grupo Formosa, apresentam frutos com características físicas e físico-químicas semelhantes ou superiores às das cultivares comerciais Sunrise Solo e Tainung No 1, respectivamente, e, portanto, são promissoras para o mercado.

Análise de trilha em caracteres de frutos de jabuticabeira

O objetivo deste trabalho foi identificar os efeitos diretos e indiretos de caracteres dos frutos de jabuticabeira (Plinia cauliflora) sobre o rendimento de polpa e o teor de antocianinas na casca. Foram coletados frutos de 36 jabuticabeiras, em cinco locais de ocorrência, na região Sudoeste do Paraná. Diferentes estratégias de análise de trilha foram utilizadas na avaliação dos seguintes caracteres dos frutos: peso e diâmetro; rendimento de polpa; percentual de sementes e casca; teores de sólidos solúveis totais, acidez titulável, antocianinas e flavonoides; e número de sementes por fruto. A estratégia de análise de trilha com regressão em crista teve melhor desempenho que a de análise com exclusão de caracteres, principalmente sob presença de multicolinearidade severa no conjunto de dados. O percentual de polpa e o teor de sólidos solúveis totais podem servir de critérios de seleção indireta no aumento do teor de antocianinas na casca da jabuticaba. O percentual de casca é a principal característica com efeito determinante no percentual de polpa de jabuticabas, e a seleção indireta para frutos com menor quantidade de casca pode ser eficaz para aumentar o rendimento de polpa.

Metodologia para análise de adaptabilidade e estabilidade por meio de regressão quantílica

O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar uma metodologia de análise da adaptabilidade e da estabilidade fenotípica baseada em regressão quantílica (RQ). Para tanto, foram simulados valores fenotípicos com distribuição simétrica e com distribuição assimétrica à direita e à esquerda, com ou sem a presença de "outliers". A metodologia proposta foi aplicada a um conjunto de dados provenientes de um experimento com 92 genótipos de alfafa (Medicago sativa), avaliados em 20 ambientes, e comparada às metodologias de Eberhart & Russell e de regressão não paramétrica. A metodologia da RQ proporcionou resultados iguais ou superiores aos obtidos com as metodologias alternativas avaliadas. No entanto, a ocorrência de resultados discordantes entre as metodologias evidencia a importância de se avaliar a simetria na distribuição dos valores fenotípicos. Para distribuições simétricas, na presença de "outliers", deve-se utilizar a RQ com valor de quantil estimado (τ) em 0,50; na ausência de "outliers", pode-se utilizar tanto a metodologia de Eberhart & Russell quanto a RQ (τ = 0,50). Para distribuições assimétricas, indica-se o uso da RQ com τ = 0,25, para assimetria à direita, e com τ = 0,75, para assimetria à esquerda, independentemente da presença de "outliers".

Excedente hídrico em diferentes solos e épocas de semeadura do girassol no Rio Grande do Sul

O objetivo deste trabalho foi identificar datas de semeadura com menor ocorrência média de dias com excedente hídrico para a cultura do girassol, e determinar a persistência de dias consecutivos com excedente hídrico ao se considerar a capacidade de armazenamento de água disponível de diferentes solos da região central do Rio Grande do Sul. O desenvolvimento da cultura e o aprofundamento do sistema radicular foram simulados de acordo com a soma térmica para 14 datas de semeadura, de agosto até meados de fevereiro, com dados de 1968 até 2011. A partir da capacidade de armazenamento de água disponível para as diferentes classes de solos da região, calculou-se o balanço hídrico sequencial diário para determinar os dias com excesso hídrico. Avaliou-se a ocorrência de dias com excesso hídrico em diferentes subperíodos de desenvolvimento da cultura, e procedeu-se à análise exploratória com gráficos box-plot para determinação da persistência de dias consecutivos com excesso hídrico durante todo o ciclo da cultura. O excedente hídrico limita o cultivo de girassol em determinadas áreas e períodos na região central do Rio Grande do Sul. A persistência de dias consecutivos com excedente hídrico e a duração do ciclo de desenvolvimento da cultura são influenciados pela data de semeadura.

Análise de trilha da contaminação por aflatoxinas em grãos de milho armazenados

O objetivo deste trabalho foi determinar a magnitude dos efeitos diretos e indiretos de parâmetros físico-químicos e microbiológicos sobre a ocorrência de aflatoxinas em grãos de milho armazenados, por meio da análise de trilha. Os dados foram coletados em dois experimentos: um cultivo de inverno (colheita do milho em julho de 2012) e um cultivo de verão (colheita em fevereiro de 2013). Os grãos foram armazenados por 12 meses, em dois tipos de acondicionamentos: em sacarias convencionais de polipropileno e a granel em silo metálico. Avaliaram-se 14 características dos grãos. Calculou-se a matriz de correlações de Pearson entre todos os parâmetros, realizou-se o diagnóstico de multicolinearidade e, posteriormente, aplicou-se a análise de trilha com regressão em crista. Observou-se forte influência das condições ambientais entre as safras de inverno e de verão, e entre época e tipo de armazenagem, nos coeficientes de análise de trilha. As variáveis teor de umidade, conteúdo de cinzas, proteínas, lipídios, grãos sem defeitos, massa volumétrica, incidência de Penicillium sp., Aspergillus sp. e Fusarium sp. devem ser consideradas conjuntamente na definição da possibilidade de ocorrência de aflatoxinas na massa de grãos armazenados.

Contribuição da heterogeneidade de linhas de regressão para a recomendação de novas cultivares

O objetivo deste trabalho foi evidenciar a contribuição da análise da heterogeneidade das linhas de regressão para a recomendação de novas cultivares, pela metodologia de Eberhart & Russell. Um experimento com dez genótipos de arroz, avaliados em oito ambientes, foi utilizado para ilustração da metodologia. Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso com três repetições. A soma dos quadrados da interação genótipo x ambiente (GxA) foi decomposta para avaliação da heterogeneidade das linhas de regressão e dos desvios acumulados da linearidade. A heterogeneidade das linhas de regressão foi analisada com o uso do teste t sobre os coeficientes de regressão linear dos genótipos. Os dois componentes ortogonais da interação GxA foram significativos. A análise da heterogeneidade das linhas de regressão permitiu detectar incoerências na adaptabilidade dos genótipos, o que diminui as chances de recomendações equivocadas de cultivares. Os genótipos foram classificados de acordo com a eficiência da metodologia de Eberhart & Russell em explicar a natureza do desempenho genotípico diante das mudanças nos ambientes. A avaliação da heterogeneidade das linhas de regressão contribui para a recomendação mais efetiva de novas cultivares com a metodologia de Eberhart & Russell.

Desempenho agronômico de videiras com e sem sintomas de viroses, e comparação molecular de isolados virais

Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos de viroses em videiras sintomáticas e assintomáticas sobre as variáveis agronômicas relacionadas ao vigor das plantas e à qualidade enológica da uva, e comparar os isolados virais obtidos nessas duas condições. Realizaram-se dois experimentos com quatro cultivares. Todas as plantas foram indexadas, por meio da reação em cadeia da polimerase via transcrição reversa (RT-PCR) em tempo real, quanto à provável ocorrência dos seguintes vírus: Grapevine virus A (GVA), Grapevine virus B (GVB), Grapevine virus D (GVD), Grapevine leafroll-associated virus (GLRaV-1 ao -4, GLRaV-4 estirpe 5), Grapevine rupestris stem pitting-associated virus (GRSPaV) e Grapevine fleck virus (GFkV). As variáveis avaliadas foram: número de gemas brotadas e não brotadas, número de ramos com ou sem cachos, número total de gemas, número de cachos, massa de cachos frescos, massa total de bagas, massa do engaço, número de bagas por cacho, massa média de baga, sólidos solúveis totais, acidez total titulável, pH, massa de ramos podados ou diâmetros do tronco do porta-enxerto e da copa. Os efeitos negativos foram mais pronunciados nas plantas com sintomas de viroses; no entanto, constatou-se frequentemente que plantas sem sintomas também estavam infectadas. A análise molecular de GRSPaV, GVA e GLRaV-2, isolados de plantas sintomáticas e assintomáticas, resultou em alta percentagem de identidade de nucleotídeos entre isolados homólogos.