SDAR: a package for plotting and analyzing stratigraphy data in R

Stratigraphic Columns (SC) are the most useful and common ways to represent the eld descriptions (e.g., grain size, thickness of rock packages, and fossil and lithological components) of rock sequences and well logs. In these representations the width of SC vary according to the grain size (i.e., the wider the strata, the coarser the rocks (Miall 1990; Tucker 2011)), and the thickness of each layer is represented at the vertical axis of the diagram. Typically these representations are drawn 'manually' using vector graphic editors (e.g., Adobe Illustrator®, CorelDRAW®, Inskape). Nowadays there are various software which automatically plot SCs, but there are not versatile open-source tools and it is very di cult to both store and analyse stratigraphic information. This document presents Stratigraphic Data Analysis in R (SDAR), an analytical package1 designed for both plotting and facilitate the analysis of Stratigraphic Data in R (R Core Team 2014). SDAR, uses simple stratigraphic data and takes advantage of the exible plotting tools available in R to produce detailed SCs. The main bene ts of SDAR are: (i) used to generate accurate and complete SC plot including multiple features (e.g., sedimentary structures, samples, fossil content, color, structural data, contacts between beds), (ii) developed in a free software environment for statistical computing and graphics, (iii) run on a wide variety of platforms (i.e., UNIX, Windows, and MacOS), (iv) both plotting and analysing functions can be executed directly on R's command-line interface (CLI), consequently this feature enables users to integrate SDAR's functions with several others add-on packages available for R from The Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Effects of isometric elbow flexion on electromyographic spike analysis

The main objective of this research was to examine the relationship between surface electromyographic (SEMG) spike activity and force. The secondary objective was to determine to what extent subcutaneous tissue impacts the high frequency component of the signal, as well as, examining the relationship between measures of SEMG spike shape and their traditional time and frequency analogues. A total of96 participants (46 males and 50 females) ranging in age (18-35 years), generated three 5-second isometric step contractions at each force level of 40, 60, 80, and 100 percent of maximal voluntary contraction (MVC). The presentation of the contractions was balanced across subjects. The right arm of the subject was positioned in the sagittal plane, with the shoulder and elbow flexed to 90 degrees. The elbow rested on a support in a neutral position (mid pronation/mid supination) and placed within a wrist cuff, fastened below the styloid process. The wrist cuff was attached to a load cell (JR3 Inc., Woodland, CA) recording the force produced. Biceps brachii activity was monitored with a pair of Ag/AgCI recording electrodes (Grass F-E9, Astro-Med Inc., West Warwick, RI) placed in a bipolar configuration, with an interelectrode distance (lED) of 2cm distal to the motor point. Data analysis was performed on a I second window of data in the middle of the 5-second contraction. The results indicated that all spike shape measures exhibited significant (p < 0.01) differences as force increase~ from 40 to 100% MVC. The spike shape measures suggest that increased motor unit (MU) recruitment was responsible for increasing force up to 80% MVC. The results suggested that further increases in force relied on MU III synchronization. The results also revealed that the subcutaneous tissue (skin fold thickness) had no relationship (r = 0.02; P > 0.05) with the mean number of peaks per spike (MNPPS), which was the high frequency component of the signal. Mean spike amplitude (MSA) and mean spike frequency (MSF) were highly correlated with their traditional measures root mean square (RMS) and mean power frequency (MPF), respectively (r = 0.99; r = 0.97; P < 0.01).

A qualitative analysis of reflection in undergraduate and graduate programs

The purpose ofthis study was to explore various types ofreflection and to explore reflection on action, reflection as a practice, and reflection as a process. In doing this, the intent was to discover the perceived benefits of reflection in the classroom and to provide guidelines for future use at the undergraduate and graduate level. The qualitative components in this study included the data collection strategy of semistructured interviews with 2 undergraduate students, 2 graduate students, 1 undergraduate studies professor, and 1 graduate studies professor. The data analysis strategies included a within-case analysis and a cross-case analysis. Through the interviews participants discussed their experiences with the use ofreflection in the classroom. Through the completion ofthis analysis the researcher expected to discover the benefits ofreflection at this level of education, as well as provide suggestions for future use. Both undergraduate and graduate students and professors were found to benefit from the use of reflection in the classroom. The use ofreflection in the undergraduate and graduate classroom was found to improve student/teacher and student/peer relationships, foster critical thinking, allow for connections between learned theory and life experience, and improve students' writing abilities. Based on the results ofthe study the implications ofreflection for the undergraduate and graduate classroom and for further research are provided.

Inclusive teaching practice in the Jewish day school: general studies teachers' experiences /

Little research has been done on inclusive education in the context of the Jewish day school general studies classroom. This qualitative case study research examines the inclusive teaching experiences of 2 general studies teachers in their respective grade 4 classrooms in 2 traditionally structured dual curriculum Jewish day schools. Data analysis of qualitative open-ended interviews, classroom observations, postobservation discxissions, and school and formal curriculum documents yielded understandings about the participants' inclusive practice and the challenges of the traditional Jewish day school structure. Eight themes that emerged related to understandings and questions about time limitations, an emphasis on efficiency, the day school structure, inclusion models, the need for increased teacher collaboration, and tension between curriculum-as-plan and curriculum-as-lived. Discussion of the findings suggests the need for further research in inclusion and integrated curriculimi in order to better understand possible restructuring of the traditional Jewish day school fi-om the time efficiency constrained dual curriculiun structure to a more flexible structure conducive of a meaningful and dynamic lived curriculum.

Cognitive Behavior Therapy for Obsessive-Compulsive Behavior in Children with Autism Spectrum Disorder: A Comparison of Hierarchical Linear Modelling and Visual Analysis

Behavioral researchers commonly use single subject designs to evaluate the effects of a given treatment. Several different methods of data analysis are used, each with their own set of methodological strengths and limitations. Visual inspection is commonly used as a method of analyzing data which assesses the variability, level, and trend both within and between conditions (Cooper, Heron, & Heward, 2007). In an attempt to quantify treatment outcomes, researchers developed two methods for analysing data called Percentage of Non-overlapping Data Points (PND) and Percentage of Data Points Exceeding the Median (PEM). The purpose of the present study is to compare and contrast the use of Hierarchical Linear Modelling (HLM), PND and PEM in single subject research. The present study used 39 behaviours, across 17 participants to compare treatment outcomes of a group cognitive behavioural therapy program, using PND, PEM, and HLM on three response classes of Obsessive Compulsive Behaviour in children with Autism Spectrum Disorder. Findings suggest that PEM and HLM complement each other and both add invaluable information to the overall treatment results. Future research should consider using both PEM and HLM when analysing single subject designs, specifically grouped data with variability.

Dynamics in large scale networks

In this thesis we study the properties of two large dynamic networks, the competition network of advertisers on the Google and Bing search engines and the dynamic network of friend relationships among avatars in the massively multiplayer online game (MMOG) Planetside 2. We are particularly interested in removal patterns in these networks. Our main finding is that in both of these networks the nodes which are most commonly removed are minor near isolated nodes. We also investigate the process of merging of two large networks using data captured during the merger of servers of Planetside 2. We found that the original network structures do not really merge but rather they get gradually replaced by newcomers not associated with the original structures. In the final part of the thesis we investigate the concept of motifs in the Barabási-Albert random graph. We establish some bounds on the number of motifs in this graph.

AnaBench: a Web/CORBA-based workbench for biomolecular sequence analysis

Affiliation: Département de biochimie, Faculté de médecine, Université de Montréal

Analyse des ressources de développement de la résilience éducationnelle devant la violence scolaire chez des enseignants québécois et roumains

S’inscrivant dans le paradigme de la recherche qualitative, cette étude fait état d’une investigation des ressources mobilisées par cinq enseignantes québécoises et cinq enseignantes roumaines pour le développement de la résilience éducationnelle devant la violence scolaire, évaluée comme facteur de risque. L’analyse des données révèle le rôle des compétences professionnelles dans le développement de la résilience éducationnelle, en tant que ressources, chez les enseignantes rencontrées. En tant que recherche exploratoire comparative, cette étude s’intéresse à l’influence des différences culturelles sur la perception et l’impact des expériences de violence vécues, à la mise en pratique des compétences professionnelles, aux sentiments d’efficacité et de satisfaction professionnelle, au développement et au fonctionnement du processus de résilience éducationnelle chez les enseignantes de deux groupes nationaux. L’approche écosystémique met en lumière le caractère de processus dynamique de la résilience éducationnelle qui exige des ressources et repose sur des facteurs dont l’interaction assure son fonctionnement.

La culture du travail de rue : une construction quotidienne

La présente étude propose d’éclairer la dynamique interactive de construction quotidienne de la culture du travail de rue. Tel qu’elle est présentée au premier chapitre, cette piste de recherche fait écho à différentes préoccupations soulevées par l’indétermination des conditions d’existence et d’exercice du travail de rue aux niveaux de la légitimation sociale de cette pratique, de sa consolidation organisationnelle, de son articulation méthodologique et de l’identification professionnelle de ses praticiens. Après avoir mis en relief les contraintes et défis engendrés par ces différentes formes d’incertitude, la problématique met en lumière l’opportunité de voir dans cette indétermination un révélateur des processus quotidiens de construction culturelle du travail de rue. Un deuxième chapitre présente le cadre théorique constructiviste, interactionniste et ethnométhodologique qui a inspiré la conception de la culture adoptée dans cette recherche. Un troisième chapitre résume la stratégie ethnographique de l’enquête de terrain menée dans l’univers du travail de rue par le biais d’une démarche d’observation participante d’une année au sein d’une équipe locale de travailleurs de rue et des espaces associatifs fréquentés par ces acteurs à l’échelle régionale, provinciale et internationale. Empruntant la métaphore dramaturgique d’Erving Goffman pour décrire « la mise en scène de la vie quotidienne » des travailleurs de rue, une deuxième section d’analyse des données décrit en trois chapitres les interactions sociales des travailleurs de rue dans les « coulisses » de leurs espaces entre pairs, « dans le décor du milieu » à la rencontre de leurs « publics » ainsi que lors de « représentation de leur rôle » en situation d’intervention. Recourant à des récits d’observation et à divers exemples, chacun de ces chapitres explicite les activités routinières et les conversations ordinaires qui prennent forme dans ces différents contextes d’interaction sociale. Le quatrième chapitre décrit la quotidienneté de ma propre incursion comme chercheure dans l’univers des travailleurs de rue et celle dont j’ai été témoin dans la dynamique de l’équipe qui m’a accueillie pendant une année sur une base hebdomadaire. Le cinquième chapitre raconte la vie de tous les jours ayant cours à travers l’intégration des travailleurs de rue sur le terrain et l’activation de leur rôle dans le milieu. Le sixième chapitre reflète différentes manières dont les travailleurs de rue s’inscrivent au quotidien dans des situations d’intervention avec les personnes du milieu et avec les acteurs de la communauté. Un septième chapitre dégage de la description de cet assemblage de routines et de codes de langage des travailleurs de rue une interprétation des processus et des produits de la « culturation » de cette pratique, c’est-à-dire une certaine lecture des processus interactifs de production de cette culture et de la constellation de significations produites et mobilisées par les acteurs impliqués.

Perceptions et attentes d’enseignants du primaire et de parents d’élèves à risque à l’égard de la collaboration école-famille dans l’élaboration des plans d’intervention

Dans le contexte actuel de l’éducation, l’enfant est davantage placé au cœur des relations entre la famille, l’école et la communauté, et les parents sont invités à accompagner leur enfant tout au long de son parcours scolaire. Quant aux enseignants, ils sont conviés à collaborer de façon systématique avec les familles. La collaboration entre les enseignants et les parents devient donc une condition essentielle à la réussite scolaire des élèves, notamment avec ceux qui éprouvent des difficultés d’apprentissage. Actuellement, dans nos écoles, la collaboration se situe principalement au niveau des communications obligatoires de base prescrites par le Régime pédagogique. En ce sens, Kalubi et Lesieux (2006) soulignent que le partenariat tant souhaité dans les documents officiels des ministères concernés ne transparaît pas toujours dans les pratiques quotidiennes. D’ailleurs, la littérature scientifique montre qu’il existe de nombreux obstacles liés à la collaboration école-famille-communauté, tout particulièrement lorsqu’il s’agit d’entretenir des relations harmonieuses avec les parents d’élèves à risque. À cet égard, une plus grande participation parentale est sollicitée en vue d’intensifier la collaboration entre l’école et la famille. Effectivement, les enseignants désirent que les parents s’impliquent davantage auprès de leur enfant dans les travaux et les devoirs à la maison et, du côté des parents, ils se demandent souvent comment agir pour aider encore mieux leurs enfants dans leur apprentissage (Gouvernement du Québec, 2000). Le plan d’intervention est un outil reconnu par les milieux scolaires pour aider l’élève à risque dans son cheminement scolaire puisqu’il sollicite la participation des parents et encourage la collaboration école-famille-communauté. De fait, il s’inscrit dans une démarche dynamique et prend appui sur une vision systémique de la situation de l’élève, ce qui permet de mieux identifier les besoins de l’élève à risque et d’y répondre adéquatement (Gouvernement du Québec, 2004). En prolongement à ce que l’on connaît déjà sur la participation parentale et la collaboration école-famille-communauté, nous orientons cette recherche sur les perceptions et les attentes d’enseignants au primaire en classe ordinaire et de parents d’élèves à risque à l’égard de la participation parentale et de la collaboration école-famille dans le cadre de l’élaboration et du suivi du plan d’intervention. Cette étude emprunte une approche de recherche qualitative de type exploratoire et elle est menée auprès de huit enseignants au primaire et de sept parents d’élèves à risque. Les participants ont délibérément été choisis pour leur représentativité par rapport à l’objet d’étude (Mongeau, 2009). Une procédure d’échantillonnage par volontariat a été appliquée et les données ont été recueillies par le biais d’entrevues semi-dirigées. L’analyse des entrevues révèle que les parents participent au plan d’intervention parce qu’ils veulent soutenir et aider leur enfant dans leur cheminement scolaire. Il existe cependant de multiples façons pour les parents de participer à la réussite scolaire de leur enfant, celles-ci variant particulièrement selon leurs intérêts, leurs compétences et leurs disponibilités. En ce qui concerne les enseignants, les entrevues nous dévoilent qu’ils ont globalement des perceptions positives à l’égard des parents, ce qui favorise grandement l’établissement de relations harmonieuses. Par contre, ils s’attendent à une plus grande participation parentale dans le suivi scolaire de l’enfant à la maison. Tant d’un côté que de l’autre, les résultats indiquent qu’il faut favoriser davantage la participation des parents à l’élaboration et au suivi du plan d’intervention de l’élève à risque. Idéalement, les enseignants et les parents devraient s’enrichir mutuellement de leurs ressources et de leurs expertises complémentaires en créant des relations collaboratives plutôt que hiérarchiques. Ce niveau de collaboration est sans aucun doute celui qui favoriserait avantageusement la réussite scolaire des élèves à risque.

Musique, immigration et intégration au Québec

La version intégrale de ce mémoire est disponible uniquement pour consultation individuelle à la Bibliothèque de musique de l'Université de Montréal (www.bib.umontreal.ca)

Contraintes et conditions d’émergence de l’engagement des jeunes en situation de marginalité

Cette recherche doctorale vise à comprendre et interpréter les conditions d’émergence d’un engagement chez des jeunes en situation de marginalité. Des études ont montré que cette situation peut-être un frein important à l’engagement, en raison d’un manque de ressources personnelles, organisationnelles, ou culturelles. Généralement, on a tendance à insister sur le fait que « les jeunes » ne veulent plus militer. Pourtant, d’importantes actions collectives (mouvements étudiants ou communautaires) ou initiatives citoyennes personnelles (écriture de blogues ou signature de pétitions) viennent contredire cette affirmation. En fait, certaines prises de position, dans la sphère privée notamment, échappent à toute analyse classique et sont prises pour un non-engagement, de l’individualisme voire de l’apathie. À partir d’une approche qualitative, exploratoire et interprétative, le dispositif méthodologique de cette thèse privilégie l’observation participante et les entretiens de groupe afin de recueillir le point de vue des jeunes et d’observer un certain nombre d’actions collectives. C’est par le truchement d’organismes communautaires de jeunesse (OCJ) montréalais qu’une centaine de jeunes ont été rencontrés, de septembre 2010 à décembre 2011. L’analyse itérative du corpus de données s’est inspirée des principes de la théorisation ancrée (grounded theory). Un premier niveau d’analyse descriptive a permis de mettre en exergue les contraintes et les conditions d’émergence de l’engagement ainsi que les performances des jeunes en situation de marginalité. Les différentes formes d’engagement ont ensuite été explorées puis mises en perspective dans différents espaces : « original », « intermédiaire » et « négatif ». L’espace original correspond, dans cette thèse, aux moyens d’actions traditionnels (vote, militantisme politique). Nos résultats montrent que le positionnement des jeunes dans ce cadre est très tranché. En fait, non seulement ces modes d’actions émergent rarement mais, s’ils existent, sont le plus souvent soutenus par des intervenants. Dans un autre espace, les jeunes développent parfois des postures particulières, plus radicales ou, au contraire, des postures de retrait, de non-engagement. Cela se rapporte à ce qu’il conviendrait d’appeler l’espace négatif. Dans ce cas, les contraintes de la situation de marginalité poussent certains jeunes à mettre à distance l’engagement et à se situer aux marges des espaces de participation. L’opposition à toutes formes traditionnelles d’engagement amène des jeunes à envisager des moyens d’action plus radicaux que l’on peut également circonscrire dans cet espace négatif. On trouve au final une tout autre dynamique selon laquelle des jeunes prennent position au sein de ce que l’on a appelé l’espace intermédiaire. Les territoires et les modes d’action sont alors aussi éclectiques que la rue, l’entourage personnel, ou la création artistique underground. Si les rapports à l’engagement des jeunes rencontrés sont complexes, parfois ambivalents, ils révèlent toutefois la recherche d’une alternative, la construction de modes d’action particuliers. Une analyse dynamique des contraintes et des conditions d’émergence de l’engagement des jeunes en difficulté montre que leurs prises de position dépassent la simple dialectique engagement/non-engagement. Ainsi, ce que l’on pourrait appeler un « alter-engagement » se dessine à travers les prises de position de ces jeunes, particulièrement au sein de l’espace intermédiaire. Ce concept est développé pour mettre en évidence les formes d’engagement plus intimes, plus communautaires ou plus artistiques. L’alter-engagement se définit alors comme une forme de prise de position critique, impolitique, en réaction à la fois à l’engagement traditionnel, à une posture de retrait et à une posture plus radicale.

Les patterns de Christopher Alexander appliqués aux cuisines domiciliaires modernes

La présente recherche traite des conflits d’aménagement pouvant être décelés dans les cuisines domiciliaires modernes. L’ajout d’objets mécanisés au rituel alimentaire quotidien a su changer la dynamique du lieu. En effet, l’architecture des cuisines modernes en Occident présente de grandes contradictions. Basées sur des standards architecturaux, les cuisines modulaires ne reflètent pas la variété et l’unicité des aliments auxquels les cuisines sont dédiées. Les cuisines devraient être le miroir de la vivacité naturelle des aliments et des échanges humains que la nourriture génère à travers le plaisir et le partage. Dans l’espoir de proposer des outils afin de rééquilibrer la dynamique de cette pièce, un cadre théorique basé sur les théories architecturales de l’architecte et mathématicien anglais Christopher Alexander a été établi. Supportant la présente recherche, ces théories architecturales s’inspirent de la structure et de la composition des choses de la nature et des monuments anciens afin d’établir des balises d’aménagement simples et équilibrées (qualité de vie, patterns, configuration des événements, configurations de l’espace, ...). Ces théories ont aidé à concevoir une formule d’ateliers participatifs qui visent à outiller les occupants, qui sont très souvent des non-professionnels du domaine de l’architecture et du design. Ces ateliers proposent un cheminement bien encadré qui permet aux participants de retravailler leur espace de cuisine respectif selon leurs goûts et leurs besoins. En fournissant un plan de l’étage où se situe la cuisine, quelques crayons, règles et autres matériel de dessin, les participants ont pour tâche de réaménager leur cuisine en un espace de cuisine idéal. La deuxième étape, qui elle se réalise en équipe avec tous les occupants participants de la demeure, consiste à réduire l’ampleur des changements afin d’arriver à un résultat réaliste. L’enthousiasme noté tout au long de ce processus a ainsi permis de confirmer que les non-professionnels du domaine de l’architecture et du design peuvent développer un intérêt marqué pour l’amélioration de leurs interactions quotidiennes, avec l’espace et entre les occupants, lorsque bien accompagnés dans cette tâche. Grâce aux propos et aux plans recueillis durant les séances d’ateliers participatifs ainsi qu’à l’analyse de ces données, une série d’interprétations ont émergé. Les données ont notamment démontrées l’influence positive de l’utilisation des patterns d’Alexander. L’analyse permet, en outre, de noter les tendances d’aménagement ayant émergé de l’utilisation des patterns dans les espaces de cuisine : définitivement, les cuisines se sont transformées en espace de vie partagé et polyvalent. Finalement, la présente recherche se conclut grâce à une série de recommandations qui traitent de la structure des cuisines, des ateliers participatifs et des patterns. Tout d’abord, l’impact de ces notions sur les espaces retravaillés par les participants est impressionnant. Les espaces sont bien organisés, vastes et, surtout, reflètent les occupants qui y vivent au quotidien. De plus, ayant démontré la facilité d’utilisation et la polyvalence des patterns, il a été jugé que certains aspects devraient être améliorés tels que l’actualisation de certains patterns, le prolongement du processus d’ateliers, le perfectionnement de la méthode et la diffusion des résultats.

Assessment of Tandem Mass Spectrometry and High Resolution Mass Spectrometry for the Analysis of Bupivacaine in Plasma

Triple quadrupole mass spectrometers coupled with high performance liquid chromatography are workhorses in quantitative bioanalyses. It provides substantial benefits including reproducibility, sensitivity and selectivity for trace analysis. Selected Reaction Monitoring allows targeted assay development but data sets generated contain very limited information. Data mining and analysis of non-targeted high-resolution mass spectrometry profiles of biological samples offer the opportunity to perform more exhaustive assessments, including quantitative and qualitative analysis. The objectives of this study was to test method precision and accuracy, statistically compare bupivacaine drug concentration in real study samples and verify if high resolution and accurate mass data collected in scan mode can actually permit retrospective data analysis, more specifically, extract metabolite related information. The precision and accuracy data presented using both instruments provided equivalent results. Overall, the accuracy was ranging from 106.2 to 113.2% and the precision observed was from 1.0 to 3.7%. Statistical comparisons using a linear regression between both methods reveal a coefficient of determination (R2) of 0.9996 and a slope of 1.02 demonstrating a very strong correlation between both methods. Individual sample comparison showed differences from -4.5% to 1.6% well within the accepted analytical error. Moreover, post acquisition extracted ion chromatograms at m/z 233.1648 ± 5 ppm (M-56) and m/z 305.2224 ± 5 ppm (M+16) revealed the presence of desbutyl-bupivacaine and three distinct hydroxylated bupivacaine metabolites. Post acquisition analysis allowed us to produce semiquantitative evaluations of the concentration-time profiles for bupicavaine metabolites.

Epoxy-modiWed, unsaturated polyester hybrid networks

Hybrid polymer networks (HPNs) based on unsaturated polyester resin (UPR) and epoxy resins were synthesized by reactive blending. The epoxy resins used were epoxidised phenolic novolac (EPN), epoxidised cresol novolac (ECN) and diglycidyl ether of bisphenol A (DGEBA). Epoxy novolacs were prepared by glycidylation of the novolacs using epichlorohydrin. The physical, mechanical, and thermal properties of the cured blends were compared with those of the control resin. Epoxy resins show good miscibility and compatibility with the UPR resin on blending and the co-cured resin showed substantial improvement in the toughness and impact resistance. Considerable enhancement of tensile strength and toughness are noticed at very low loading of EPN. Thermogravimetric analysis (TGA), dynamic mechanical analysis (DMA) and diVerential scanning calorimetry (DSC) were employed to study the thermal properties of the toughened resin. The EPN/ UPR blends showed substantial improvement in thermal stability as evident from TGA and damping data. The fracture behaviour was corroborated by scanning electron microscopy (SEM). The performance of EPN is found to be superior to other epoxy resins