Genomic screen for genes involved in mammalian craniofacial development

Using a subtractive hybridisation approach, we enriched for genes likely to play a role in embryonic development of the mammalian face and other structures. This was achieved by subtracting cDNA derived from adult mouse liver from that derived from 10.5 dpc mouse embryonic branchial arches 1 and 2. Random sequencing of clones from the resultant library revealed that a high percentage correspond to genes with a previously established role in embryonic development and disease, while 15% represent novel or uncharacterised genes. Whole mount in situ hybridisation analysis of novel genes revealed that approximately 50% have restricted expression during embryonic development. In addition to expression in branchial arches, these genes showed a range of expression domains commonly including neural tube and somites. Notably, all genes analysed were found to be expressed not only in the branchial arches but also in the developing limb buds, providing support for the hypothesis that development of the limbs and face is likely to involve analogous molecular processes. (C) 2003 Wiley-Liss, Inc.

DNA vaccine coding for the full-length infectious Kunjin virus RNA protects mice against the New York strain of West Nile virus

A plasmid DNA directing transcription of the infectious full-length RNA genome of Kunjin (KUN) virus in vivo from a mammalian expression promoter was used to vaccinate mice intramuscularly. The KUN viral cDNA encoded in the plasmid contained the mutation in the NS1 protein (Pro-250 to Leu) previously shown to attenuate KUN virus in weanling mice. KUN virus was isolated from the blood of immunized mice 3-4 days after DNA inoculation, demonstrating that infectious RNA was being transcribed in vivo; however, no symptoms of virus-induced disease were observed. By 19 days postimmunization, neutralizing antibody was detected in the serum of immunized animals. On challenge with lethal doses of the virulent New York strain of West Nile (WN) or wild-type KUN virus intracerebrally or intraperitoneally, mice immunized with as little as 0.1-1 mug of KUN plasmid DNA were solidly protected against disease. This finding correlated with neutralization data in vitro showing that serum from KUN DNA-immunized mice neutralized KUN and WN,viruses with similar efficiencies. The results demonstrate that delivery of an attenuated but replicating KUN virus via a plasmid DNA vector may provide an effective vaccination strategy against virulent strains of WN virus.

Promiscuous CTL recognition of viral epitopes on multiple human leukocyte antigens: Biological validation of the proposed HLA A24 supertype

Multiple HLA class I alleles can bind peptides with common sequence motifs due to structural similarities in the peptide binding cleft, and these groups of alleles have been classified into supertypes. Nine major HLA supertypes have been proposed, including an A24 supertype that includes A*2301, A*2402, and A*3001. Evidence for this A24 supertype is limited to HLA sequence homology and/or similarity in peptide binding motifs for the alleles. To investigate the immunological relevance of this proposed supertype, we have examined two viral epitopes (from EBV and CMV) initially defined as HLA-A*2301-binding peptides. The data clearly demonstrate that each peptide could be recognized by CTL clones in the context of A*2301 or A*2402; thus validating the inclusion of these three alleles within an A24 supertype. Furthermore, CTL responses to the EBV epitope were detectable in both A*2301(+) and A*2402(+) individuals who had been previously exposed to this virus. These data substantiate the biological relevance of the A24 supertype, and the identification of viral epitopes with the capacity to bind promiscuously across this supertype could aid efforts to develop CTL-based vaccines or immunotherapy. The degeneracy in HLA restriction displayed by some T cells in this study also suggests that the dogma of self-MHC restriction needs some refinement to accommodate foreign peptide recognition in the context of multiple supertype alleles.

Epitope map for a growth hormone receptor agonist monoclonal antibody, MAb 263

Monoclonal antibody (MAb) 263 is a widely used monoclonal antibody that recognizes the extracellular domain (ECD) of the GH receptor. It has been shown to act as a GH agonist both in vitro and in vivo, and we report here that it must be divalent to exert its effect on the full-length receptor. To understand the mechanism of its agonist action, we have determined the precise epitope for this antibody using a novel random PCR mutagenesis approach together with expression screening in yeast. A library of 5200 clones of rabbit GH receptor ECD mutants were screened both with MAb 263 and with an anticarboxy-tag antibody to verify complete ECD expression. Sequencing for clones that expressed complete ECD but were not MAb 263 positive identified 20 epitope residues distributed in a discontinuous manner throughout the ECD. The major part of the epitope, as revealed after mapping onto the crystal structure model of the ECD molecule, was located on the side and upper portion of domain 1, particularly within the D - E strand disulfide loop 79 - 96. Molecular dynamics docking of an antibody of the same isotype as MAb 263 was used to dock the bivalent antibody to the 1528-Angstrom(2) epitope and to visualize the likely consequences of MAb binding. The minimized model enables the antibody to grasp two receptors in a pincer-like movement from opposite sides, facilitating alignment of the receptor dimerization domains in a manner similar to, but not identical with, GH.

Effects of soil water availability on water use efficiency of Eucalyptus cloeziana and Eucalyptus argophloia plants

Effects of soil water availability on transpiration efficiency (WUET), instantaneous water use efficiency (WUEi) and carbon isotope composition (delta(13)C) were investigated in 7-month-old plants of humid coastal (Gympie) and dry inland ( Hungry Hills) provenances of Eucalyptus cloeziana F. Muell. and in a dry inland provenance of E. argophloia Blakely (Chinchilla), supplied with 100 (W-100), 70 (W-70) and 50% (W-50) of their water requirements. At W-100, WUET of the three provenances were not significantly different but as available soil moisture decreased, E. argophloia produced greater biomass and demonstrated significantly higher WUET than either E. cloeziana provenance. Midday WUEi was not significantly affected by watering regime within each provenance but was lowest in E. argophloia. A decrease in soil water availability caused a consistent increase in delta(13)C values in all three provenances; however, delta(13)C values of E. argophloia in all three water regimes were significantly lower than those of E. cloeziana provenances, which did not differ significantly from each other. For all three provenances, delta(13)C was not correlated with WUEi but height and root collar diameter were negatively correlated to delta(13)C. There was little evidence of differences in delta(13)C, WUET and WUEi between E. cloeziana provenances but clear differences between E. cloeziana and E. argophloia. The high WUET, low WUEi and low delta(13)C for E. argophloia may have implications in the selection of Eucalyptus provenances for commercial forestry in low-rainfall regions.

Efeito da geometria dos dentes da serra de fita na produção de madeira serrada de eucalipto

O objetivo deste trabalho foi determinar o efeito dos parâmetros que compõem os dentes de serra de fita na produção e qualidade da madeira serrada de eucalipto. Analisou-se o efeito de dois passos de dentes (57,15 mm e passo variado: 50,8 - 50,8 - 50,39 - 50,71 - 60,03 - 60,35 mm), de dois ângulos de ataque (26 e 270) e de duas alturas (22 e 25,4 mm) em duas classes diamétricas (25 a 34 cm e 35 e 47 cm) de clones de híbridos Eucalyptus grandis x Eucalyptus urophylla com 15 anos de idade. Não houve ganho de qualidade quando se trabalhou com passo variado. As lâminas de serra que possuíam ângulo de ataque de 270 e passo único tanto com altura do dente de 22 mm quanto com 25,4 mm geraram desvios acima da espessura-meta. A menor variação em torno da espessura-meta foi obtida quando se utilizaram lâminas de serra de ângulo de ataque de 270 e altura do dente de 25,4 mm. O maior desvio ocorreu quando o desdobro foi efetuado com passo variado e ângulo de ataque de 260. A utilização de passo variado, de modo geral, foi o que apresentou maiores desvios na espessura das tábuas em relação à espessura desejada.

Eficiência de absorção e utilização de boro, zinco, cobre e manganês em mudas enxertadas de cafeeiro

O estudo da eficiência nutricional de plantas enxertadas de cafeeiro é importante para a seleção de combinações enxerto/porta-enxerto, visando atingir melhor desenvolvimento e produção. Este trabalho teve como objetivo avaliar as diferenças na eficiência de absorção e utilização de B, Zn, Cu e Mn em mudas enxertadas de cafeeiro. O experimento foi conduzido em vasos de 20 litros contendo como substrato terra, areia e esterco na proporção de 3:1:1, onde as plantas permaneceram por um período de 18 meses. Utilizaram-se como enxerto quatro genótipos de Coffea arabica L.: os cultivares Catuaí-Vermelho IAC 15 ('Catuaí 15') e Oeiras MG 6851 ('Oeiras') e os híbridos H419-10-3-4-4 ('H419') e H514-5-5-3 ('H514') do programa de melhoramento da EPAMIG/UFV. Como porta-enxerto foram empregados cinco progênies de famílias de meio-irmãos de clones de Coffea canephora Pierre ex Froenher cv. Conilon: ES 21, ES 36, ES 26, ES 23 e ES 38 do programa de melhoramento de café robusta do Incaper. O delineamento experimental foi inteiramente casualizado, com 24 tratamentos e três repetições, sendo quatro pés-francos e 20 combinações de enxertia. A eficiência nutricional das plantas variou conforme a combinação enxerto/porta-enxerto. O cultivar Oeiras não foi beneficiado por nenhuma enxertia, apresentando redução da produção total de matéria seca em todas as combinações comparativamente ao respectivo pé-franco. O cultivar Catuaí 15 foi mais eficiente na produção de matéria seca e utilização de B e Zn quando combinado com os materiais genéticos de conilon ES 26 e ES 23.

Avaliação de genótipos de morangueiro quanto à qualidade e potencial de armazenamento

O objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade de cultivares e clones de morangos e o seu potencial de armazenamento sob refrigeração. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, com quatro repetições de aproximadamente 150g. Os tratamentos consistiram na avaliação de três cultivares e quatro clones, sendo eles: LBH 15.1.Arazá, SGH 140.3. Guenoa, LBF 236.3 Yvapitá, LBG 121.4, LBK 16.1, LBK 35.1 e LBK 28.1. As avaliações foram realizadas na colheita e dez dias após o armazenamento a -0,5ºC, mais dois dias em temperatura de 20ºC. As características avaliadas foram: firmeza de polpa, acidez total titulável, sólidos solúveis totais, relação SST/ATT , ácido ascórbico, podridões e perda de peso. Quanto à qualidade, o cv. Guenoa destaca-se pelo baixo teor de acidez e altos teores de SST e ácido ascórbico, pela alta relação SST/ATT e, também, apresenta melhor conservação, com baixa ocorrência de podridões durante o armazenamento. O cultivar LBF 236.3 Yvapitá e o clone LBK 28.1 apresentam os menores teores de vitamina C e ratio, o que compromete sua qualidade, bem como menor firmeza de polpa e maior susceptibilidade a podridões, apresentando menor potencial de conservação. Os cultivares e clones que apresentaram melhor qualidade na colheita também apresentaram melhor conservação pós-colheita.

Avaliação de genótipos de cana-de-açúcar para início de safra na microrregião Centro de Pernambuco

As diferentes respostas dos genótipos de cana-de-açúcar (Saccharum spp.), em relação à produtividade, quando submetidos a mudanças nos diferentes ciclos de colheita, representam problema para os agricultores e grande desafio para os melhoristas, sendo de interesse comum a identificação e obtenção de variedades que apresentem como características alta produtividade agroindustrial, ampla estabilidade, longevidade e excelente viabilidade econômica em sua exploração comercial. Objetivou-se, com este trabalho, avaliar o desempenho agroindustrial de 11 clones e 15 variedades de cana-de-açúcar, na microrregião canavieira da Zona Centro de Pernambuco, considerando-se os cultivos de cana planta, soca e ressoca, e eleger os genótipos mais produtivos. O experimento foi conduzido na área agrícola da Usina Petribú, município de Lagoa de Itaenga. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos casualizados, com quatro repetições. Foram avaliadas as variáveis toneladas de pol por hectare (TPH), toneladas de cana por hectare (TCH), fibra (FIB), pol % corrigida (PCC), pureza (PZA), teor de sólidos solúveis (BRIX) e açúcar total recuperável (ATR). Pela análise de variância, foram detectadas diferenças significativas entre os genótipos, indicando variabilidade genética. A alta estimativa da herdabilidade média para a variável TCH indicou elevada possibilidade de êxito na seleção, baseando-se neste importante componente de produção. Por meio da análise econômica, constata-se que as variedades RB92579 e RB93509 apresentam melhor desempenho para colheita no início da safra.

Bananas, Dark Worlds, and AspectH: (Group 5 Discussion)

This report summarises our idea of code clone detection in Haskell code and refactorings based on identified clones as it evolved in our group-of-three discussion

Agronomic performance of 27 cocoa progenies and plant selection based on productivity, self-compatibility and disease resistance

The objective of the present work was to evaluate 27 progenies of cocoa crosses considering the agronomic traits and select F1 plants within superior crosses. The experiment was installed in March 2005, in the Experimental Station Joaquim Bahiana (ESJOB), in Itajuipe, Bahia. The area of the experiment is of approximately 3 ha, with a total of 3240 plants. Thirteen evaluations of vegetative brooms, five of cushion brooms and 15 of number of pods per plant were accomplished. Thirty pollinations were made for each selected plant to test for self-compatibility. The production, based on the number of pods per plant, and resistance to witches´ broom indicated CEPEC 94 x CCN 10, RB 39 x CCN 51 and CCN 10 x VB 1151 as superior progenies. All selections tested were self-compatible. The analyses of progenies and individual tree data, associated to visual field observations, allowed the selection of 17 plants which were included in a network of regional tests to determine the phenotypic stability.

Parasitismo de ovos de Leptopharsa heveae Drake & Poor por Erythmelus tingitiphagus (Soares) em plantios de seringueira com aplicação de produtos fitossanitários

O percevejo-de-renda Leptopharsa heveae Drake & Poor (Hemiptera: Tingidae) é uma das principais pragas da heveicultura no Brasil, podendo causar prejuízos de até 30% na produtividade de látex. Seu controle é realizado principalmente com uso de produtos fitossanitários e uma das alternativas a seu uso seria a utilização de inimigos naturais. O parasitoide Erythmelus tingitiphagus (Soares) (Hymenoptera: Mymaridae) é um importante inimigo natural de L. heveae, por parasitar seus ovos em condições naturais. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência e o parasitismo de E. tingitiphagus, em ovos de L. heveae, em talhões comerciais de cinco clones de seringueira onde se realizaram aplicações regulares de produtos fitossanitários, no município de Itiquira, MT. Semanalmente, entre agosto de 2006 a janeiro de 2007, foram coletadas aleatoriamente quatro folhas maduras em cinco árvores dos clones RRIM 600, PR 255, GT 1, PB 235 e PB 217. Na área de estudo, E. tingitiphagus ocorreu em todos os clones estudados, com pico populacional em outubro de 2006. A porcentagem de parasitismo nos diferentes clones variou de 13,8% no clone PB 235 a 30,8% no RRIM 600 e a porcentagem média de parasitismo foi de 24,2%. Os produtos fitossanitários, no método em que foram aplicados nos talhões, não atuaram negativamente no parasitismo de E. tingitiphagus.

Correlação fenotípica entre caracteres agronômicos em população segregante de mandioca de mesa

Um dos principais entraves do melhoramento genético de mandioca é a dificuldade de seleção precoce de indivíduos superiores nas primeiras gerações do melhoramento. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi estimar correlações fenotípicas entre caracteres agronômicos de interesse em uma população segregante de mandioca nas gerações de propagações vegetativa e sexual e entre as duas, a fim de contribuir na geração de indicadores fenotípicos para elevar a eficiência do processo de seleção de genótipos superiores de mandioca de mesa em populações segregantes. Na população segregante obtida por meio do cruzamento entre as variedades de mandioca de mesa IAC 576-70 e BRS Japonesa, foi estimada a correlação fenotípica entre sete caracteres agronômicos avaliados individualmente na população de propagação sexual e na população clonal e entre as duas populações. Nenhum caráter na geração de propagação sexual apresentou correlação de elevada magnitude com a produtividade de raízes na geração de propagação clonal. Essa fraca associação entre caracteres na geração de propagação por sementes e o seu potencial produtivo, quando da propagação clonal, revelaram a dificuldade de se prever com acurácia, por meio de avaliações fenotípicas, o potencial produtivo de determinado genótipo precocemente, mesmo quando da sua avaliação a partir de sementes. Entretanto, a associação elevada observada entre o tempo para a cocção na geração de propagação por sementes e na geração de propagação clonal é um indicativo da possibilidade da seleção precoce de clones com baixo tempo para o cozimento.

Calibração de sondas capacitivas, funções físico-hídricas e variação do armazenamento de água em um argissolo cultivado com palma forrageira

Objetivou-se, com este trabalho, realizar a calibração de três sondas capacitivas, visando a utilizá-las na definição de funções físico-hídricas e na análise da variação espacial e temporal do conteúdo (q) e do armazenamento de água, em um Argissolo Vermelho-Amarelo, cultivado com três clones de palma forrageira, no Semiárido pernambucano. O estudo foi executado numa área experimental situada em Serra Talhada, PE. Para isso, foi realizada a calibração de três sondas capacitivas, usando-se dados de densidade aparente do solo, de umidade gravimétrica e de frequências relativas, em cinco condições de umidade do solo. Aplicou-se o método do perfil instantâneo, para determinação do fluxo vertical de água, e do potencial matricial de água no solo. Em seguida, analisou-se a variação espaço-temporal do q e do armazenamento de água no solo. As medidas de frequência relativa das sondas capacitivas apresentaram elevada relação com os dados de q (R2 > 0,87). A partir do método do perfil instantâneo, foi possível determinar as funções da condutividade hidráulica e do potencial total de água no solo, em relação ao q, com elevados coeficientes de determinação (R2 > 0,91). Não houve diferenças significativas do q entre os clones de palma forrageira.

Imunorreatividade em material histológico arquivado durante um, quatro e sete anos

Quando aplicada no âmbito da Anatomia Patológica, a imuno-histoquímica tem constituído um poderoso meio de identificação/caracterização de várias estruturas histológicas, permitindo delinear prognóstico e terapêutica para várias patologias. Tendo em conta que as amostras histológicas analisadas podem ser conservadas ao longo de vários anos, interessa avaliar a manutenção da antigenicidade ao longo do tempo, de forma a garantir a qualidade final da técnica quando aplicada em material de arquivo. Assim, o principal objetivo deste trabalho foi comparar a imunorreatividade do material histológico arquivado durante um, quatro e sete anos. Foi utilizado material histológico de próstata, pulmão e mama, no qual se procedeu à imunomarcação de citoqueratinas (Clones AE1/AE3), CD34 e proteína p63, por método de multímero/HRP no sistema Ventana BenchMark Ultra®. Foi realizado um ensaio com recuperação antigênica por alta temperatura (RAAT) e outro sem esta etapa. As imunomarcações (n=162) foram classificadas por três avaliadores independentes num escore quantitativo final (escala 0-100). O par média/desvio-padrão do escore final para os casos com sete anos foi de 69,06/19,05, para os casos com quatro anos foi de 66,47/20,73 e para os casos com um ano foi de 69,08/19,35, não se tendo encontrado diferenças estatisticamente significativas. Os casos sem RAAT obtiveram um par média/desvio-padrão de 54,90/17,00, enquanto os casos com RAAT obtiveram 81,50/11,60, o que revelou diferenças estatisticamente significativas (p=0,000). Para os casos em estudo conclui-se que o fator “tempo de arquivo” não está associado a alterações da imunorreatividade. A importância da RAAT na obtenção de imunomarcação de qualidade sai fortemente realçada. ABSTRACT - When applied within the framework of Pathology, immunohistochemistry has been a powerful means of identification/characterization of various histological structures, allowing to outline prognosis and therapy for various diseases. Given that the analyzed histological samples can be preserved for several years, it is interesting to assess the retention of antigenicity over time in order to ensure the quality of the final technique, when applied to stored material. Thus, the main objective of this study was to compare the immunoreactivity of the histological material archived for one, four and seven years. It was used histological material from prostate, lung and breast, in which it was performed the immunostaining of cytokeratins (clones AE1/AE3), CD34 and p63 protein by the method of multimer/HRP system on a Ventana BenchMark Ultra®. It was conducted a test with heat induced epitope retrieval (HIER) and another one without this step. The stained slides (n=162) were classified by three independent assessors using a quantitative score (scale 0-100). The pair mean/standard deviation of the score for cases with seven years was 69,06/19,05, for cases with four years was 66,47/20,73 and for cases with one year was 69,08/19,35, which did not revealed any statistically significant differences. The cases without HIER had a couple mean/standard deviation of 54.90/17.00 while the cases with HIER obtained 81.50/11.60, which revealed statistically significant differences (p=0.000). For this case study it was concluded that the factor archive period is not associated with changes in immunoreactivity. The importance of HIER in obtaining high quality immunostaining comes out strongly highlighted.