Physiopathologie des maladies métaboliques héréditaires des acyls-Coenzyme A révélée par l’étude d’un modèle animal déficient en 3-hydroxy-3-méthylglutaryl-Coenzyme A lyase

La plupart des conditions détectées par le dépistage néonatal sont reliées à l'une des enzymes qui dégradent les acyls-CoA mitochondriaux. Le rôle physiopathologique des acyls-CoA dans ces maladies est peu connue, en partie parce que les esters liés au CoA sont intracellulaires et les échantillons tissulaires de patients humains ne sont généralement pas disponibles. Nous avons créé une modèle animal murin de l'une de ces maladies, la déficience en 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA lyase (HL), dans le foie (souris HLLKO). HL est la dernière enzyme de la cétogenèse et de la dégradation de la leucine. Une déficience chronique en HL et les crises métaboliques aigües, produisent chacune un portrait anormal et distinct d'acyls-CoA hépatiques. Ces profils ne sont pas prévisibles à partir des niveaux d'acides organiques urinaires et d'acylcarnitines plasmatiques. La cétogenèse est indétectable dans les hépatocytes HLLKO. Dans les mitochondries HLLKO isolées, le dégagement de 14CO2 à partir du [2-14C]pyruvate a diminué en présence de 2-ketoisocaproate (KIC), un métabolite de la leucine. Au test de tolérance au pyruvate, une mesure de la gluconéogenèse, les souris HLLKO ne présentent pas la réponse hyperglycémique normale. L'hyperammoniémie et l'hypoglycémie, des signes classiques de plusieurs erreurs innées du métabolisme (EIM) des acyls-CoA, surviennent de façon spontanée chez des souris HLLKO et sont inductibles par l'administration de KIC. Une charge en KIC augmente le niveau d'acyls-CoA reliés à la leucine et diminue le niveau d'acétyl-CoA. Les mitochondries des hépatocytes des souris HLLKO traitées avec KIC présentent un gonflement marqué. L'hyperammoniémie des souris HLLKO répond au traitement par l'acide N-carbamyl-L-glutamique. Ce composé permet de contourner une enzyme acétyl-CoA-dépendante essentielle pour l’uréogenèse, le N-acétylglutamate synthase. Ceci démontre un mécanisme d’hyperammoniémie lié aux acyls-CoA. Dans une deuxième EIM des acyls-CoA, la souris SCADD, déficiente en déshydrogénase des acyls-CoA à chaînes courtes. Le profil des acyls-CoA hépatiques montre un niveau élevé du butyryl-CoA particulièrement après un jeûne et après une charge en triglycérides à chaîne moyenne précurseurs du butyryl-CoA.

A la rencontre de l'animal sauvage : dynamiques, usages et enjeux du récréotourisme faunique

Historiquement, les animaux sauvages ont toujours représenté une ressource pour les hommes, assurant la sécurité alimentaire des sociétés locales et traditionnelles. L’exploitation touristique de la faune implique dès lors une évolution dans les modes de vie, la culture et les identités locales. L’objectif de cette recherche doctorale est d’analyser le récréotourisme faunique. Les activités récréotouristiques autour de la faune sauvage traduisent une requalification de la ressource faune, ce qui a des impacts à la fois sur les espaces humains et non humains, les jeux de construction territoriale et sur les rapports développés à la faune sauvage. Ce travail analyse les rapports que les sociétés entretiennent avec la faune sauvage à travers les activités récréotouristiques de chasse et de vision. Ces deux formes de tourisme sont généralement opposées car le tourisme de vision est présenté comme un usage non-consomptif de la ressource alors que le tourisme de chasse est reconnu comme un usage consomptif de la ressource. Dépassant certaines idées reçues sur les pratiques de la chasse et une approche manichéenne entre ces différentes activités, il convient d’interroger les distinctions et / ou le rapport dialogique entre ces pratiques. Afin de conduire cette recherche, le choix d’une analyse comparative a été retenu, laquelle se propose de mettre en perspective différentes études de cas en France et au Canada. Ce travail comparatif permet de mieux comprendre les enjeux touristiques et territoriaux associés à la gestion de la faune sauvage et de penser la transférabilité des processus observés entre différents terrains d’études. D’un point de vue méthodologique, ce travail doctoral nous a conduite à définir un cadre analytique organisé autour de quatre entrées croisant des (i) aspects conceptuels, (ii) l’analyse d’archives, (iii) des méthodes d’observation ainsi que (iv) des outils d’analyse des rapports homme / faune via l’analyse de discours des populations touristiques. La première partie de ce travail présente le contexte théorique de l’étude et la démarche systémique de cette recherche (chapitre 1, 2 et 3). En termes de résultat, ces présupposés méthodologiques et théoriques nous ont permis d’analyser comment les dynamiques du récréotourisme faunique agissent, réagissent et rétroagissent sur l’ensemble du système territorial. Ainsi, la deuxième partie interroge l’organisation socio-spatiale des activités récréotouristiques de chasse et de vision (chapitre 4 et 5). Ces différentes formes de tourisme sont analysées en prenant en compte l’implantation de ces activités au sein des territoires, les attentes touristiques de la part des visiteurs, et les effets des différentes pratiques sur les populations fauniques. La troisième et dernière partie s’intéresse à l’évolution des rapports hommes / faune sauvage dans le temps et l’espace au regard des activités récréotouristiques développées. Le chapitre 6 s’intéresse aux rapports dialectiques entre processus de patrimonialisation et les usages acceptés ou non de la ressource faunique, alors que le chapitre 7 propose une réflexion sur les rapports hommes / animaux à l’échelle de l’individu en interrogeant l’éthique de chacun dans ses usages, ses comportements et ses pratiques développés autour de la faune sauvage.

Effets motivationnels des cannabinoïdes dans un modèle animal de la schizophrénie

Depuis quelques décennies, la consommation de cannabis et son usage thérapeutique sont le sujet de nombreux débats. Le cannabis est la drogue illicite la plus consommée au monde et cette consommation se trouve dix fois plus élevée chez les patients atteints de schizophrénie que dans la population générale. L’hypothèse d’une automédication initialement proposée afin d’expliquer la consommation élevée de cannabis chez les patients atteints de schizophrénie est maintenant remise en question. En effet, les rapports indiquant une aggravation des symptômes plutôt qu’une amélioration suite à une consommation à long terme sont de plus en plus nombreux. Sachant que le cannabis peut induire des effets soit plaisants soit aversifs, la question se pose à savoir si une prédominance de la valence motivationnelle positive ou une diminution de la valence négative du cannabis peut expliquer la consommation élevée parmi les individus ayant un diagnostic de schizophrénie? Bien qu’un grand nombre de recherches pré-cliniques aient été menées chez l’animal normal pour évaluer l’effet motivationnel du Δ9-tétrahydrocannabinol (THC) et autres cannabinoïdes synthétiques, aucune n’a abordé cette problématique dans un modèle animal de la schizophrénie. Cette lacune nous a donc amené à étudier la valence motivationnelle du THC et de l’agoniste cannabinoïde WIN55,212-2 (WIN) dans un modèle animal de la schizophrénie: la lésion néonatale de l’hippocampe ventral (NVHL). Dans le premier article, nous présentons les résultats de quatre expériences. Une première avait pour objectif de déterminer si la procédure expérimentale que nous avons utilisée permettait de reproduire des signes distinctifs du modèle animal de la schizophrénie. Par la suite, nous avons évalué i) l’effet d’une dose de WIN sur l’activité locomotrice spontanée et ii) la valence motivationnelle du THC (0.5 mg/kg, i.p) et du WIN (1 mg/kg, i.p) chez les rats adolescents (jour post-natal 28-40, PD28-40) et adultes (PD56) au moyen du paradigme de préférence de place conditionnée (PPC). Tel qu’attendu, la réponse locomotrice à l’amphétamine (0.75 et 1.5 mg/kg) chez les rats NVHL adultes était supérieure à celle des rats contrôles (test distinctif du modèle). Le THC a induit une tendance aversive chez les rats contrôles adultes. Enfin, le WIN a stimulé l’activité locomotrice et induit une aversion significative chez les rats adultes NVHL. Dans un deuxième article, nous avons évalué la valence motivationnelle du THC (0.5 mg/kg), du WIN (1 et 3 mg/kg) et l’effet de l’amphétamine au moyen du paradigme d’autostimulation électrique intracérébrale (ASI). Les résultats montrent que : i) l’effet amplificateur de l’amphétamine sur l’ASI était de plus courte durée chez les rats NVHL; ii) le THC produit une légère atténuation de la récompense chez les rats contrôles tandis que le WIN a produit une atténuation plus prononcée de la récompense chez les rats NVHL, un effet qui a été bloqué par l’antagoniste aux récepteurs CB1, le AM251 (3 mg/kg). Pour la première fois les résultats suggèrent une altération du système endocannabinoïde dans un modèle animal de la schizophrénie. Ils indiquent qu’une exposition aigüe conduit à une prédominance de la valence négative. Bien qu’en apparente contradiction avec les études cliniques, ces résultats soulignent l’importance du contexte socio-environnemental pour expliquer les effets du cannabis chez les patients. De plus ils encouragent les futures études à évaluer cette valence sur un modèle d’exposition chronique.

Cell lines and animal model in the analysis of pharmacogenomics markers in childhood acute lymphoblastic leukemia

La leucémie aiguë lymphoblastique (LAL) est le cancer pédiatrique le plus fréquent. Elle est la cause principale de mortalité liée au cancer chez les enfants due à un groupe de patient ne répondant pas au traitement. Les patients peuvent aussi souffrir de plusieurs toxicités associées à un traitement intensif de chimiothérapie. Les études en pharmacogénétique de notre groupe ont montré une corrélation tant individuelle que combinée entre les variants génétiques particuliers d’enzymes dépendantes du folate, particulièrement la dihydrofolate réductase (DHFR) ainsi que la thymidylate synthase (TS), principales cibles du méthotrexate (MTX) et le risque élevé de rechute chez les patients atteints de la LAL. En outre, des variations dans le gène ATF5 impliqué dans la régulation de l’asparagine synthetase (ASNS) sont associées à un risque plus élevé de rechute ou à une toxicité ASNase dépendante chez les patients ayant reçu de l’asparaginase d’E.coli (ASNase). Le but principal de mon projet de thèse est de comprendre davantage d’un point de vue fonctionnel, le rôle de variations génétiques dans la réponse thérapeutique chez les patients atteints de la LAL, en se concentrant sur deux composants majeurs du traitement de la LAL soit le MTX ainsi que l’ASNase. Mon objectif spécifique était d’analyser une association trouvée dans des paramètres cliniques par le biais d’essais de prolifération cellulaire de lignées cellulaires lymphoblastoïdes (LCLs, n=93) et d’un modèle murin de xénogreffe de la LAL. Une variation génétique dans le polymorphisme TS (homozygosité de l’allèle de la répétition triple 3R) ainsi que l’haplotype *1b de DHFR (défini par une combinaison particulière d’allèle dérivé de six sites polymorphiques dans le promoteur majeur et mineur de DHFR) et de leurs effets sur la sensibilité au MTX ont été évalués par le biais d’essais de prolifération cellulaire. Des essais in vitro similaires sur la réponse à l’ASNase de E. Coli ont permis d’évaluer l’effet de la variation T1562C de la région 5’UTR de ATF5 ainsi que des haplotypes particuliers du gène ASNS (définis par deux variations génétiques et arbitrairement appelés haplotype *1). Le modèle murin de xénogreffe ont été utilisé pour évaluer l’effet du génotype 3R3R du gène TS. L’analyse de polymorphismes additionnels dans le gène ASNS a révélé une diversification de l’haplotype *1 en 5 sous-types définis par deux polymorphismes (rs10486009 et rs6971012,) et corrélé avec la sensibilité in vitro à l’ASNase et l’un d’eux (rs10486009) semble particulièrement important dans la réduction de la sensibilité in vitro à l’ASNase, pouvant expliquer une sensibilité réduite de l’haplotype *1 dans des paramètres cliniques. Aucune association entre ATF5 T1562C et des essais de prolifération cellulaire en réponse à ASNase de E.Coli n’a été détectée. Nous n’avons pas détecté une association liée au génotype lors d’analyse in vitro de sensibilité au MTX. Par contre, des résultats in vivo issus de modèle murin de xénogreffe ont montré une relation entre le génotype TS 3R/3R et la résistance de manière dose-dépendante au traitement par MTX. Les résultats obtenus ont permis de fournir une explication concernant un haut risque significatif de rechute rencontré chez les patients au génotype TS 3R/3R et suggèrent que ces patients pourraient recevoir une augmentation de leur dose de MTX. À travers ces expériences, nous avons aussi démontré que les modèles murins de xénogreffe peuvent servir comme outil préclinique afin d’explorer l’option d’un traitement individualisé. En conclusion, la connaissance acquise à travers mon projet de thèse a permis de confirmer et/ou d’identifier quelques variants dans la voix d’action du MTX et de l’ASNase qui pourraient faciliter la mise en place de stratégies d’individualisation de la dose, permettant la sélection d’un traitement optimum ou moduler la thérapie basé sur la génétique individuelle.

Emergence of a New Swine H3N2 and Pandemic (H1N1) 2009 Influenza A Virus Reassortant in Two Canadian Animal Populations, Mink and Swine

A swine H3N2 (swH3N2) and pandemic (H1N1) 2009 (pH1N1) influenza A virus reassortant (swH3N2/ pH1N1) was detected in Canadian swine at the end of 2010. Simultaneously, a similar virus was also detected in Canadian mink based on partial viral genome sequencing. The origin of the new swH3N2/pH1N1 viral genes was related to the North American swH3N2 triple-reassortant cluster IV (for hemagglutinin [HA] and neuraminidase [NA] genes) and to pH1N1 for all the other genes (M, NP, NS, PB1, PB2, and PA). Data indicate that the swH3N2/pH1N1 virus can be found in several pigs that are housed at different locations.

The ‘Is’ in Animal-is-m

Eric T. Olson argues for a position in personal identity called Animalism. Olson's definition of ‘what we are’ is what the biological community currently defines as the ‘human animal’. While Olson argues his definition is determinate and anti-relativist, I object by maintaining that his definition is fundamentally soft relativist. This is accomplished by asking : 1) why favour the biological definition over other cultural definitions ? – and by arguing : 2) that nothing stops the biological definition from changing ; 3) that the biological definition is classificatory and not ontologically explanatory ; 4) that biology may drop the concept ‘human animal’ leaving no definition of ‘what we are’. Finally, I look at which ontological decisions Olson makes and ask if there is any hope for Animalism and for the human philosopher with no proven ontology. In my conclusion, I follow Olson’s surprising admission by suggesting that I have no idea what we are.

Mécanismes moléculaires de l’hypertrophie vasculaire dans le modèle animal d’hypertension essentielle (SHR)

La voie de signalisation des phosphoinositides joue un rôle clé dans la régulation du tonus vasculaire. Plusieurs études rapportent une production endogène de l’angiotensin II (Ang II) et de l’endothéline-1 (ET-1) par les cellules musculaires lisses vasculaires (CMLVs) de rats spontanément hypertendus (spontaneously hypertensive rats : SHR). De plus, l’Ang II exogène induit son effet prohypertrophique sur les CMLVs selon un mécanisme dépendant de la protéine Gqα et de la PKCẟ. Cependant, le rôle de l’axe Gqα/PLCβ/PKCẟ dans l’hypertrophie des CMLVs provenant d’un modèle animal de l’hypertension artérielle n’est pas encore étudié. L’objectif principal de cette thèse est d’examiner le rôle de l’axe Gqα/PLCβ1 dans les mécanismes moléculaires de l’hypertrophie des CMLVs provenant d’un modèle animal d’hypertension artérielle essentielle (spontaneously hypertensive rats : SHR). Nos premiers résultats indiquent que contrairement aux CMLVs de SHR âgés de 12 semaines (absence d’hypertrophie cardiaque), les CMLVs de SHR âgés de 16 semaines (présence d’hypertrophie cardiaque) présentent une surexpression protéique endogène de Gqα et de PLCβ1 par rapport aux CMLVs de rats WKY appariés pour l’âge. L’inhibition du taux d’expression protéique de Gqα et de PLCβ1 par des siRNAs spécifiques diminue significativement le taux de synthèse protéique élevé dans les CMLVs de SHR. De plus, la surexpression endogène des Gqα et PLCβ1, l’hyperphosphorylation de la molécule ERK1/2 et le taux de synthèse protéique élevé dans les CMLVs de SHR de 16 semaines ont été atténués significativement par des antagonistes des récepteurs AT1 (losartan) et ETA (BQ123), mais pas par l’antagoniste du récepteur ETB (BQ788). L’inhibition pharmacologique des MAPKs par PD98059 diminue significativement la surexpression endogène de Gqα/PLCβ1 et le taux de synthèse protéique élevé dans les CMLVs de SHR. D’un côté, l’inhibition du stress oxydatif (par DPI, inhibiteur de la NAD(P)H oxidase, et NAC , molécule anti-oxydante), de la molécule c-Src (PP2) et des récepteurs de facteurs de croissance (AG1024 (inhibiteur de l’IGF1-R), AG1478 (inhibiteur de l’EGFR) et AG1295 (inhibiteur du PDGFR)) a permis d’atténuer significativement la surexpression endogène élevée de Gqα/PLCβ1 et l’hypertrophie des CMLVs de SHR. D’un autre côté, DPI, NAC et PP2 atténuent significativement l’hyperphosphorylation de la molécule c-Src, des RTKs (récepteurs à activité tyrosine kinase) et de la molécule ERK1/2. Dans une autre étude, nous avons aussi démontré que la PKCẟ montre une hyperphosphorylation en Tyr311 dans les CMLVs de SHR comparées aux CMLVs de WKY. La rottlerin, utilisée comme inhibiteur spécifique de la PKCẟ, inhibe significativement cette hyperphosphorylation en Tyr311 dépendamment de la concentration. L’inhibition de l’activité de la PKCẟ par la rottlerin a été aussi associée à une atténuation significative de la surexpression protéique endogène de Gqα/PLCβ1 et l’hypertrophie des CMLVs de SHR. De plus, l’inhibition pharmacologique de l’activité de la PKCẟ, en amont du stress oxydatif, a permis d’inhiber significativement l’activité de la NADPH, le taux de production élevée de l’ion superoxyde ainsi que l’hyperphosphorylation de la molécule ERK1/2, de la molécule c-Src et des RTKs. À notre surprise, nous avons aussi remarqué une surexpression protéique de l’EGFR et de l’IGF-1R dans les CMLVs de SHR à l’âge de 16 semaines. L’inhibition pharmacologique de l’activité de la PKCẟ, de la molécule c-Src et du stress oxydatif a permis d’inhiber significativement la surexpression protéique endogène de ces RTKs. De plus, l’inhibition de l’expression protéique de l’EGFR et de la molécule c-Src par des siRNA spécifiques atténue significativement le taux d’expression protéique élevé de Gqα et de PLCβ1 ainsi que le taux de synthèse protéique élevé dans les CMLVs de SHR. Des siRNAs spécifiques à la PKCẟ ont permis d’atténuer significativement le taux de synthèse protéique élevé dans les CMLVs de SHR et confirment le rôle important de la PKCẟ dans les mécanismes moléculaires de l’hypertrophie des CMLVs selon une voie dépendante du stress oxydatif. En conclusion, ces résultats suggèrent un rôle important de l’activation endogène de l’axe Gqα-PLCβ-PKCẟ dans le processus d’hypertrophie vasculaire selon un mécanisme impliquant une activation endogène des récepteurs AT1/ETa, de la molécule c-Src, du stress oxidatif, des RTKs et des MAPKs.

Nutritional responses in Indian white shrimp Fenneropenaeus indicus to varying protein: energy combinations in compounded artificial feeds

Department of Marine Biology, Microbiology and Biochemistry, Cochin University of Science and Technology

Studies on Synthesis And Nutritional Evaluation of Prawn Feeds

Chemical Oceanography Division, School of Marine Sciences, Cochin University of Science and Technology

Application of Biofloc Technology (BFT) in the nursery rearing and farming of giant freshwater prawn, Macrobrachium rosenbergii (deMan)

In India a study conducted by CIFE and CIBA (1997), concluded that shrimp farming does more good than harm and it is not eco-unfriendly (Krishnan and Birthal, 2002). Upsurge in coastal aquaculture activity induced by high profitability is reported to have caused adverse impacts on coastal ecosystems and social environments (Parthasarathy and Nirmala, 2000). The crustacean farming sector has received criticism for excessive use of formulated feed containing high protein, of which around 50% gets accumulated at the pond bottom as unconsumed (Avnimelech, 1999; Hari et al., 2004, 2006). The wasted feeds undergo the process of degradation and results in the release of toxic metabolites to the culture system. Reduction of protein in the feed, manipulation and utilisation of natural food in the culture system are the remedy for the above problems. But before reducing the feed protein, it should be confirmed that the feed with reduced protein is not affecting the growth and health of the cultured animal. In the present study, biofloc technology is identified as one of the innovative technologies for ensuring the ecological and environmental Sustainability and examines the compatibility of BFT for the sustainable aquaculture of giant prawn, M. rosenbergii. This thesis starts with a general introduction (Chapter-1), a brief review of the most relevant literature (Chapter-2), results of various experiments (Chapter-3-6), summary (Chapter-7) and recommendations and future research perspectives in the field of biofloc based aquaculture (Chapter – 8). The major objectives of this thesis are, to improve the ecological and economical sustainability of prawn farming by the applicationof BFT and to improve the nutrient utilisation in aquaculture systems.

Modifications of secondary reflector antenna patterns due to shaped beams from flanged primary horn feeds

With the advent of satellite communication and radio astronomy, the need for large and efficient reflector antennas had triggered a widespread investigation in reflector feed design techniques. Major improvements sought are reduction in spill-over, cross polarization losses and the enhancement of aperture efficiency. The search for such a feed culminated in the corrugated horn. The main idea behind the present work is to use the H-plane sectoral horns fitted with,corrugated flanges as feeds of a paraboloid and see how the secondary pattern of the reflector antenna varies with different parameters of the feed. An offset paraboloid is used as the secondary reflector in order to avoid the adverse effect of aperture ‘blocking by the feed horn structure on the secondary radiation pattern. The measurements were repeated for three different H-plane sectoral horns with the same set of corrugated flanges at various X-band frequencies. The following parameters of the whole system are studied: (a) Beam shaping. (b) Gain. (c) Variation of VSWR and (d) Cross polarization

Alkaline protease from a non-toxigenic mangrove isolate of Vibrio sp. V26 with potential application in animal cell culture

Vibrio sp. V26 isolated from mangrove sediment showed 98 % similarity to 16S rRNA gene of Vibrio cholerae, V. mimicus, V. albensis and uncultured clones of Vibrio. Phenotypically also it resembled both V. cholerae and V. mimicus.Serogrouping, virulence associated gene profiling, hydrophobicity, and adherence pattern clearly pointed towards the non—toxigenic nature of Vibrio sp. V26. Purification and characterization of the enzyme revealed that it was moderately thermoactive, nonhemagglutinating alkaline metalloprotease with a molecular mass of 32 kDa. The application of alkaline protease from Vibrio sp. V26 (APV26) in sub culturing cell lines (HEp-2, HeLa and RTG-2) and dissociation of animal tissue (chick embryo) for primary cell culture were investigated. The time required for dissociation of cells as well as the viable cell yield obtained by while administeringAPV26 and trypsin were compared. Investigations revealed that the alkaline protease of Vibrio sp. V26 has the potential to be used in animal cell culture for subculturing cell lines and dissociation of animal tissue for the development of primary cell cultures, which has not been reported earlier among metalloproteases of Vibrios.

Horizontal nutrient fluxes and production efficiencies in urban and peri-urban crop and livestock husbandry of Niamey, Niger

Urban and peri-urban agriculture (UPA) increasingly supplies food and non-food values to the rapidly growing West African cities. However, little is known about the resource use efficiencies in West African small-scale UPA crop and livestock production systems, and about the benefits that urban producers and retailers obtain from the cultivation and sale of UPA products. To contribute to filling this gap of knowledge, the studies comprising this doctoral thesis determined nutrient use efficiencies in representative urban crop and livestock production system in Niamey, Niger, and investigated potential health risks for consumers. Also assessed was the economic efficiency of urban farming activities. The field study, which was conducted during November 2005 to January 2008, quantified management-related horizontal nutrient flows in 10 vegetable gardens, 9 millet fields and 13 cattle and small ruminant production units. These farms, selected on the basis of a preceding study, represented the diversity of UPA crop and livestock production systems in Niamey. Based on the management intensity, the market orientation and especially the nutrient input to individual gardens and fields, these were categorized as high or low input systems. In the livestock study, high and low input cattle and small ruminant units were differentiated based on the amounts of total feed dry matter offered daily to the animals at the homestead. Additionally, economic returns to gardeners and market retailers cultivating and selling amaranth, lettuce, cabbage and tomato - four highly appreciated vegetables in Niamey were determined during a 6-months survey in forty gardens and five markets. For vegetable gardens and millet fields, significant differences in partial horizontal nutrient balances were determined for both management intensities. Per hectare, average annual partial balances for carbon (C), nitrogen (N), phosphorus (P) and potassium (K) amounted to 9936 kg C, 1133 kg N, 223 kg P and 312 kg K in high input vegetable gardens as opposed to 9580 kg C, 290 kg N, 125 kg P and 351 kg K in low input gardens. These surpluses were mainly explained by heavy use of mineral fertilizers and animal manure to which irrigation with nutrient rich wastewater added. In high input millet fields, annual surpluses of 259 kg C ha-1, 126 kg N ha-1, 20 kg P ha-1 and 0.4 kg K ha-1 were determined. Surpluses of 12 kg C ha-1, 17 kg N ha-1, and deficits of -3 kg P ha-1 and -3 kg K ha-1 were determined for low input millet fields. Here, carbon and nutrient inputs predominantly originated from livestock manure application through corralling of sheep, goats and cattle. In the livestock enterprises, N, P and K supplied by forages offered at the farm exceeded the animals’ requirements for maintenance and growth in high and low input sheep/goat as well as cattle units. The highest average growth rate determined in high input sheep/goat units was 104 g d-1 during the cool dry season, while a maximum average gain of 70 g d-1 was determined for low input sheep/goat units during the hot dry season. In low as well as in high input cattle units, animals lost weight during the hot dry season, and gained weight during the cool dry season. In all livestock units, conversion efficiencies for feeds offered at the homestead were rather poor, ranging from 13 to 42 kg dry matter (DM) per kg live weight gain (LWG) in cattle and from 16 to 43 kg DM kg-1 LWG in sheep/goats, pointing to a substantial waste of feeds and nutrients. The economic assessment of the production of four high value vegetables pointed to a low efficiency of N and P use in amaranth and lettuce production, causing low economic returns for these crops compared to tomato and cabbage to which inexpensive animal manure was applied. The net profit of market retailers depended on the type of vegetable marketed. In addition it depended on marketplace for amaranth and lettuce, and on season and marketplace for cabbage and tomato. Analysis of faecal pathogens in lettuce irrigated with river water and fertilized with animal manure indicated a substantial contamination by Salmonella spp. with 7.2 x 104 colony forming units (CFU) per 25 g of produce fresh matter, while counts of Escherichia coli averaged 3.9 x 104 CFU g-1. In lettuce irrigated with wastewater, Salmonella counts averaged 9.8 x 104 CFU 25 g-1 and E. coli counts were 0.6 x 104 CFU g-1; these values exceeded the tolerable contamination levels in vegetables of 10 CFU g-1 for E. coli and of 0 CFU 25 g-1 for Salmonella. Taken together, the results of this study indicate that Niamey’s UPA enterprises put environmental safety at risk since excess inputs of N, P and K to crop and livestock production units favour N volatilisation and groundwater pollution by nutrient leaching. However, more detailed studies are needed to corroborate these indications. Farmers’ revenues could be significantly increased if nutrient use efficiency in the different production (sub)systems was improved by better matching nutrient supply through fertilizers and feeds with the actual nutrient demands of plants and animals.