Cytochrome b haplotype divergences in West European Apodemus

Sequencing of the cytochrome b mitochondrial gene (732 base pairs) in samples of Apodemus sylvaticus from Central Europe (eastern France, Switzerland, southern Germany and western Austria) revealed significant molecular variation not reflected in previous morphological and genetic studies of this species. A comparison with the sequences (150 bp) of 54 specimens available from GenBank (NCBI) showed that two problematic individuals originating from southern Germany have to be assigned to A. fulvipectus, a species not yet known in western Europe. A. sylvaticus specimens (n = 14) sampled north of the Alps exhibited a maximum intraspecific sequence divergence of about 5.1%, whereas the maximum divergence is much Lower in A. flavicollis (1%, n = 5) and in A. alpicola (0.5%, n = 4), although the samples originate from a similar geographic range of about 350 km. We also found a high rate of erroneously assigned specimens in GenBank, which indicates that the discrimination of Apodemus species remains a problem and requires further investigations.

Expression of E-Selectin and Vascular Cell Adhesion Molecule-1 in So-Called 'Negative' Appendices: First Results to Support the Pathological Diagnosis in Borderline Cases.

Background: Since the rate of histologically 'negative' appendices still ranges between 15 and 20%, appendicitis in 'borderline' cases remains a challenging disease. As previously described, cell adhesion molecule expression correlates with different stages of appendicitis. Therefore, it was of interest to determine whether the 'negative' appendix correlated with the absence of E-selectin or vascular cell adhesion molecule-1 (VCAM-1). Methods: Nineteen grossly normal appendices from a series of 120 appendectomy specimens from patients with suspected appendicitis were analysed in frozen sections for the expression of E-selectin and VCAM-1. As control, 5 normal appendices were stained. Results: This study showed a coexpression of E-selectin and VCAM-1 in endothelial cells in early and recurrent appendicitis. In patients with symptoms for less than 6 h, only E-selectin was detected. Cases with fibrosis and luminal obliteration were only positive for VCAM-1. In cases of early appendicitis with symptoms of less than 6 h duration, a discordance between histological and immunohistochemical results was found. Conclusions: This report indicates that E-selectin and VCAM-1 expression could be useful parameters in the diagnosis of appendicitis in borderline cases.

Relações da rugosidade superficial do solo com o volume de chuva e com a estabilidade de agregados em água

A rugosidade superficial do solo é afetada, dentre outros fatores, pelo tipo de preparo, volume de chuva e estabilidade dos agregados estruturais diante da ação destrutiva da água. Em um Inceptisol, num experimento de erosão sob chuva natural realizado há 15 anos, no Sul da região do Planalto Catarinense, Brasil, avaliou-se a rugosidade superficial, a qual foi expressa por meio dos índices: rugosidade (RR), tortuosidade (T) e diferença de elevação limite (LD), no cultivo do milho, em 2003, e no cultivo da aveia, em 2004, em cujos períodos experimentais precipitaram 229 e 350 mm de chuva, respectivamente. Além disso, em 2004, entre os dois cultivos, avaliou-se a estabilidade dos agregados em água, expressa pelo diâmetro médio ponderado (DMP) e diâmetro médio geométrico (DMG) dos agregados. Os tratamentos de sistemas de manejo do solo foram: preparo convencional (PC) com uma aração + duas gradagens; cultivo mínimo (CM) com uma escarificação + uma gradagem, e semeadura direta (SD), ambos cultivados com milho e aveia, além de um tratamento adicional sem cultivo do solo (SC) em preparo convencional com uma aração + duas gradagens. A rugosidade foi avaliada em cinco oportunidades no cultivo do milho e em quatro da aveia, sendo a primeira avaliação imediatamente após o preparo do solo, e as demais, em intervalos sucessivos de 15 dias. A rugosidade inicial do solo foi alta e diminuiu com o aumento do volume das chuvas nos tratamentos SC, PC e CM, enquanto, na SD, a rugosidade foi alta apenas no cultivo da aveia e apresentou variação muito pequena com o aumento da chuva. O SC apresentou a maior redução da rugosidade ao acaso, enquanto a menor redução ocorreu na SD. A rugosidade superficial foi reduzida da condição original, na qual não se retiraram os efeitos da pendente e das marcas do preparo do solo, para a condição ao acaso, na qual esses efeitos foram retirados. A rugosidade superficial ao acaso relacionou-se inversamente com o volume das chuvas naturais. O decaimento máximo da rugosidade ao acaso relacionou-se inversamente com o DMP e com o DMG dos agregados estruturais.

Genetic Variants of Serum Uric Acid and Gout: An Analysis of > 170,000 Individuals

Background/Purpose: Gout is a common and excruciatingly painful inflammatory arthritis caused by hyperuricemia. In addition to various lifestyle risk factors, a substantial genetic predisposition to gout has long been recognized. The Global Urate Genetics Consortium (GUGC) has aimed to comprehensively investigate the genetics of serum uric acid and gout using data from _ 140,000 individuals of European-ancestry, 8,340 individuals of Indian ancestry, 5,820 African-Americans, and 15,286 Japanese. Methods: We performed discovery GWAS meta-analyses of serum urate levels (n_110,347 individuals) followed by replication analyses (n_32,813 different individuals). Our gout analysis involved 3,151 cases and 68,350 controls, including 1,036 incident gout cases that met the American College of Rheumatology Criteria. We also examined the association of gout with fractional excretion of uric acid (n_6,799). A weighted genetic urate score was constructed based on the number of risk alleles across urate-associated loci, and their association with the risk of gout was evaluated. Furthermore, we examined implicated transcript expression in cis (expression quantitative trait loci databases) for potential insights into the gene underlying the association signal. Finally, in order to further identify urate-associated genomic regions, we performed functional network analyses that incorporated prior knowledge on molecular interactions in which the gene products of implicated genes operate. Results: We identified and replicated 28 genome-wide significant loci in association with serum urate (P 5_10_8), including all previously-reported loci as well as 18 novel genetic loci. Unlike the majority of previouslyidentified loci, none of the novel loci appeared to be obvious candidates for urate transport. Rather, they were mapped to genes that encode for purine production, transcription, or growth factors with broad downstream responses. Besides SLC2A9 and ABCG2, no additional regions contained SNPs that differed significantly (P _ 5_10_8) between sexes. Urateincreasing alleles were associated with an increased risk of gout for all loci. The urate genetic risk score (ranging from 10 to 45) was significantly associated with an increased odds of prevalent gout (OR per unit increase, 1.11; 95% CI, 1.09-1.14) and incident gout (OR, 1.10; 95% CI, 1.08-1.13). Associations for many of the loci were of similar magnitude in individuals of non-European ancestry. Detailed characterization of the loci revealed associations with transcript expression and the fractional excretion of urate. Network analyses implicated the inhibins-activins signaling pathways and glucose metabolism in systemic urate control. Conclusion: The novel genetic candidates identified in this urate/gout consortium study, the largest to date, highlight the importance of metabolic control of urate production and urate excretion. The modulation by signaling processes that influence metabolic pathways such as glycolysis and the pentose phosphate pathway appear to be central mechanisms underpinned by the novel GWAS candidates. These findings may have implications for further research into urate-lowering drugs to treat and prevent gout.

Biases of the ordinary least squares and instrumental variables estimators of the intergenerational earnings elasticity : revisited in the light of panel data

The OLS estimator of the intergenerational earnings correlation is biased towards zero, while the instrumental variables estimator is biased upwards. The first of these results arises because of measurement error, while the latter rests on the presumption that the education of the parent family is an invalid instrument. We propose a panel data framework for quantifying the asymptotic biases of these estimators, as well as a mis-specification test for the IV estimator. [Author]

Metallogenic model of the Trepca Pb-Zn-Ag skarn deposit, Kosovo: Evidence from fluid inclusions, Rare Earth Elements, and stable isotope data

The Trepca Pb-Zn-Ag skarn deposit (29 Mt of ore at 3.45% Pb, 2.30% Zn, and 80 g/t Ag) is located in the Kopaonik block of the western Vardar zone, Kosovo. The mineralization, hosted by recrystallized limestone of Upper Triassic age, was structurally and lithologically controlled. Ore deposition is spatially and temporally related with the postcollisional magmatism of Oligocene age (23-26 Ma). The deposit was formed during two distinct mineralization stages: an early prograde closed-system and a later retrograde open-system stage. The prograde mineralization consisting mainly of pyroxenes (Hd(54-100)Jo(0-45)Di(0-45)) resulted from the interaction of magmatic fluids associated with Oligocene (23-26 Ma) postcollisional magmatism. Whereas there is no direct contact between magmatic rocks and the mineralization, the deposit is classified as a distal Pb-Zn-Ag skarn. Abundant pyroxene reflects low oxygen fugacity (<10(-31) bar) and anhydrous environment. Fluid inclusion data and mineral assemblage limit the prograde stage within a temperature range between 390 degrees and 475 degrees C. Formation pressure is estimated below 900 bars. Isotopic composition of aqueous fluid, inclusions hosted by hedenbergite (delta D = -108 to -130 parts per thousand; delta O-18 = 7.5-8.0 parts per thousand), Mn-enriched mineralogy and high REE content of the host carbonates at the contact with the skarn mineralization suggest that a magmatic fluid was modified during its infiltration through the country rocks. The retrograde mineral assemblage comprises ilvaite, magnetite, arsenopyrite, pyrrhotite, marcasite, pyrite, quartz, and various carbonates. Increases in oxygen and sulfur fugacities, as well as a hydrous character of mineralization, require an open-system model. The opening of the system is related to phreatomagmatic explosion and formation of the breccia. Arsenopyrite geothermometer limits the retrograde stage within the temperature range between 350 degrees and 380 degrees C and sulfur fugacity between 10(-8.8) and 10(-7.2) bars. The principal ore minerals, galena, sphalerite, pyrite, and minor chalcopyrite, were deposited from a moderately saline Ca-Na chloride fluid at around 350 degrees C. According to the isotopic composition of fluid inclusions hosted by sphalerite (delta D = -55 to -74 parts per thousand; delta O-18 = -9.6 to -13.6 parts per thousand), the fluid responsible for ore deposition was dominantly meteoric in origin. The delta S-31 values of the sulfides spanning between -5.5 and +10 parts per thousand point to a magmatic origin of sulfur. Ore deposition appears to have been largely contemporaneous with the retrograde stage of the skarn development. Postore stage accompanied the precipitation of significant amount of carbonates including the travertine deposits at the deposit surface. Mineralogical composition of travertine varies from calcite to siderite and all carbonates contain significant amounts of Mn. Decreased formation temperature and depletion in the REE content point to an influence of pH-neutralized cold ground water and dying magmatic system.

Ex XIIII. T. Livii Decadibus. Prima, tertia, quarta, in qua praeter fragmenta III, & X libri, quae in Germania nuper reperta, hic etiam continentur, multa adulterina expunximus, multa vera recepimus, quae in aliis non habentur. Epitome singulorum librorum XIIII Decadum. Historia omnium XIIII Decadum in compendium redacta ab L. Floro. Polybii lib. V de rebus Romanis latinitate donati à Nicolao Perotto. Index copiosissimus rerum omnium memorabilium...

[Histoire romaine (latin). 1518-1533]

Ex XIIII. T. Livii Decadibus. Prima, tertia, quarta, in qua praeter fragmenta III, & X libri, quae in Germania nuper reperta, hic etiam continentur, multa adulterina expunximus, multa vera recepimus, quae in aliis non habentur. Epitome singulorum librorum XIIII Decadum. Historia omnium XIIII Decadum in compendium redacta ab L. Floro. Polybii lib. V de rebus Romanis latinitate donati à Nicolao Perotto. Index copiosissimus rerum omnium memorabilium...

[Histoire romaine (latin). 1518-1533]

Fertilizer 15N balance in a coffee cropping system: a case study in Brazil

Knowledge about the fate of fertilizer nitrogen in agricultural systems is essential for the improvement of management practices in order to maximize nitrogen (N) recovery by the crop and reduce N losses from the system to a minimum. This study involves fertilizer management practices using the 15N isotope label applied in a single rate to determine the fertilizer-N balance in a particular soil-coffee-atmosphere system and to deepen the understanding of N plant dynamics. Five replicates consisting of plots of about 120 plants each were randomly defined within a 0.2 ha coffee plantation planted in 2001, in Piracicaba, SP, Brazil. Nine plants of each plot were separated in sub-plots for the 15N balance studies and treated with N rates of 280 and 350 kg ha-1 during 2003/2004 and 2004/2005, respectively, both of them as ammonium sulfate enriched to a 15N abundance of 2.072 atom %. Plant shoots were considered as separate parts: the orthotropic central branch, productive branches, leaves of productive branches, vegetative branches, leaves of vegetative branches and fruit. Litter, consisting of dead leaves accumulated below the plant canopy, was measured by the difference between leaves at harvest and at the beginning of the following flowering. Roots and soil were sampled down to a depth of 1.0 at intervals of 0.2 m. Samples from the isotopic sub-plots were used to evaluate total N and 15N, and plants outside sub-plots were used to evaluate dry matter. Volatilization losses of NH3 were estimated using special collectors. Leaching of fertilizer-N was estimated from deep drainage water fluxes and 15N concentrations of the soil solution at 1 m soil depth. At the end of the 2-year evaluation, the recovery of 15N applied as ammonium sulfate was 19.1 % in aerial plant parts, 9.4 % in the roots, 23.8 % in the litter, 26.3 % in the fruit and 12.6 % remaining in the 0_1.0 m soil profile. Annual leaching and volatilization losses were very small (2.0 % and 0.9 %, respectively). After two years, only 6.2 % N were missing in the balance (100 %) which can be attributed to other non-estimated compartments and experimental errors. Results show that an enrichment of only 2 % atom 15N allows the study of the partition of fertilizer-N in a perennial crop such as coffee during a period of two years.

Avaliação da disponibilidade de nitrogênio no solo para o trigo em Latossolo Vermelho do Distrito Federal

Em razão da grande importância do nitrogênio na nutrição mineral das plantas, instalou-se um experimento em condições de campo em um Latossolo Vermelho, no ano agrícola 2005, no campo experimental da Embrapa Cerrados, Planaltina (DF), com o objetivo de realizar a calibração de métodos de determinação desse nutriente no solo para a cultura do trigo. Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso com seis repetições, e os tratamentos foram seis doses de N: 0, 70, 140, 210, 280 e 350 kg ha-1. Amostras de solo das camadas de 0-20 e 20-40 cm foram retiradas, e três diferentes extratores químicos foram utilizados para avaliação da disponibilidade de N no solo. Os maiores coeficientes de determinação, obtidos pela regressão quadrática entre a produtividade do trigo e o N do solo extraído pelos diferentes extratores, foram observados nas análises das amostras da camada de 0-20 cm, de acordo com a seguinte ordem: KCl 2 mol L-1 a 100 °C (R2 = 0,997**) > H2O2/MnO2 (R² = 0,992**) > tampão pH 11,2 + NO3- (R² = 0,985**) > tampão pH 11,2 (R² = 0,960**). Os elevados valores dos coeficientes de determinação indicam que a camada de 0-20 cm é a mais recomendada em análises de rotina de N no solo para o trigo. Considerando a simplicidade de análise e o elevado coeficiente de determinação, o método da solução-tampão pH 11,2 + NO3- pode ser indicado para análise de rotina de N no solo. Os níveis críticos econômicos de N no solo calculados pelos diferentes extratores químicos, para as relações preço do quilograma de N/preço do quilograma do trigo de 5 a 7, foram: 90 a 68 mg kg-1 (H2O2/MnO2), 87 a 66 mg kg-1 (KCl 2M a 100 ºC), 81 a 62 mg kg-1 (tampão pH 11,2 + NO3-) e 64 a 47 mg kg-1 (tampão pH 11,2). Já os níveis críticos calculados pelo método matemático de Cate - Nelson foram: 94 mg kg-1 (H2O2/MnO2), 90 mg kg-1 (KCl 2M a 100 ºC), 82 mg kg-1 (tampão pH 11,2 + NO3-) e 61 mg kg-1 (tampão pH 11,2).

Fósforo em solos representativos do estado da paraíba: II- disponibilidade de fósforo para plantas de milho

Os laboratórios de fertilidade do solo do Estado da Paraíba utilizam apenas o extrator Mehlich-1 para avaliar o teor de P disponível, independente do grau de intemperismo do solo. Como os solos pouco intemperizados representam a maioria dos solos do Estado, é necessário avaliar a eficiência do Mehlich-1 e de outros extratores usados para avaliação da disponibilidade de P para as plantas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência dos extratores Mehlich-1 (M-1), Mehlich-3 (M-3), Bray-1 (B-1) e resina de troca iônica mista (RTI) na quantificação do P disponível para plantas de milho em solos do Estado da Paraíba. Amostras de 12 solos representativos do Estado da Paraíba foram coletadas na camada de 0-30 cm de profundidade, sendo seis solos mais intemperizados e seis solos menos intemperizados, com ampla variação de características físicas e químicas. Para os solos PA, PVe, LA, RL, TX, SX e RY, aplicaram-se as doses 0; 43,75; 87,5; 175 e 350 mg dm-3 de P. Para os solos PAC e RR, aplicaram-se as doses 0; 37,5; 75; 150 e 300 mg dm-3 de P. Para os solos PVA, PVd e VX, as doses de P foram 0; 51,25; 102,5; 205 e 410 mg dm-3 de P. O experimento foi conduzido em casa de vegetação e as doses de P aplicadas foram homogeneizadas em 100 % do volume de solo de cada vaso (3 dm³). Foi cultivado milho por um período de 35 dias e foram determinados os níveis críticos de P no solo pelos extratores e o nível crítico de P na planta. Independente da dose de P aplicada, o extrator M-3 foi o que extraiu mais P dos solos e o B-1 o que extraiu menos. Quando se aplicaram pequenas doses de P aos solos, o M-1 e a RTI extraíram quantidades semelhantes de P, mas, nas maiores doses, a RTI extraiu mais P que o M-1. Ao contrário do que foi verificado para a planta e para a RTI, para os extratores M-1, M-3 e B-1 a taxa de recuperação do P aplicado ao solo correlacionou-se com o fator capacidade de fósforo (FCP). Por outro lado, os níveis críticos de P no solo pelos extratores M-1, M-3 e B-1 e os níveis críticos de P na planta não se correlacionaram com características do solo relacionadas com o FCP, diferentemente do que foi verificado para os níveis críticos de P no solo pela RTI. Em casa de vegetação, qualquer um dos extratores avaliados mostrou-se eficiente para avaliação da disponibilidade de P para plantas de milho em solos representativos do Estado da Paraíba, uma vez que o P extraído por esses extratores apresentou boa correlação com o P acumulado na planta.

Turfeiras da Serra do Espinhaço Meridional - MG: I - caracterização e classificação

As turfeiras são ambientes especiais para estudos relacionados com a dinâmica da matéria orgânica, evolução das paisagens, mudanças climáticas e ciclos de poluição atmosférica locais, regionais e globais. Elas contribuem para o sequestro global de carbono, funcionam como reservatórios de água e constituem o ambiente de uma biodiversidade endêmica. A Serra do Espinhaço Meridional (SdEM), "Reserva da Biosfera Terrestre", apresenta uma área significativa formada por diferentes tipos de turfeira, que foram descritas em três perfis, situados a 1.250 m (P1), 1.800 m (P2) e 1.350 m (P4) de altitude e classificados respectivamente como Organossolo Háplico Sáprico térrico (P1), Organossolo Háplico Fíbrico típico (P2) e Organossolo Háplico Hêmico típico (P4), de acordo com o Sistema Brasileiro de Classificação de Solos. Os três perfis foram caracterizados morfologicamente e, nas amostras coletadas, foram realizadas análises químicas, físicas e microbiológicas. Verificou-se que a localização, a altitude e a drenagem influenciaram os atributos morfológicos, físicos, químicos e microbiológicos das turfeiras da SdEM. O estádio de decomposição da matéria orgânica é mais avançado com a melhoria da drenagem nas turfeiras. O teor de metais pesados está relacionado com o teor e a composição granulométrica da fração mineral e com a localização das turfeiras. O perfil P1 apresentou os mais elevados teores médios de Ti, Zr e Pb; em P2 foram detectados os teores médios mais elevados de Mn, Zn e Cu; e o teor médio de Fe é mais elevado em P4. A intensidade da atividade microbiológica das turfeiras P2 e P4 relacionou-se com sua drenagem e com o teor de metais pesados de suas camadas.

Turfeiras da Serra do Espinhaço Meridional - MG: II - influência da drenagem na composição elementar e substâncias húmicas

As turfeiras são Organossolos que resultam de condições ecológicas ideais ao acúmulo de material orgânico, controladas pelos sistemas geomorfológicos e processos geológicos e climáticos globais. Sua constituição física, química e biológica é pouco conhecida. No presente trabalho foi realizado um estudo sobre as turfeiras da Serra do Espinhaço Meridional (SdEM) - MG, por meio da descrição e coleta de amostras em três perfis situados a 1.250 m (P1), 1.350 m (P4) e 1.800 m (P2) de altitude. Os três perfis foram caracterizados morfologicamente e, nas amostras coletadas, foram realizadas análises químicas e fracionamento da matéria orgânica em ácidos húmicos, ácidos fúlvicos e humina. A matéria orgânica dos perfis de Turfeiras da SdEM apresentou marcantes diferenças entre si em relação à sua composição química e ao teor das substâncias húmicas e à composição química dos ácidos húmicos. A variação das condições de drenagem foi preponderante para a diferenciação qualitativa e quantitativa da matéria orgânica. A turfeira P1, com moderadas condições de drenagem, apresentou matéria orgânica com maiores relações C/N e O/C, predomínio de ácidos fúlvicos entre as substâncias húmicas e ácidos húmicos e elevada relação C/N. Nas turfeiras P2 e P4, com muito más condições de drenagem, as relações C/N e O/C da matéria orgânica foram mais baixas, a humina predominou amplamente entre as substâncias húmicas e os ácidos húmicos apresentaram a mais baixa relação C/N.