Cross-species and cross-platform gene expression studies with the Bioconductor-compliant R package 'annotationTools'.

Background: The variety of DNA microarray formats and datasets presently available offers an unprecedented opportunity to perform insightful comparisons of heterogeneous data. Cross-species studies, in particular, have the power of identifying conserved, functionally important molecular processes. Validation of discoveries can now often be performed in readily available public data which frequently requires cross-platform studies.Cross-platform and cross-species analyses require matching probes on different microarray formats. This can be achieved using the information in microarray annotations and additional molecular biology databases, such as orthology databases. Although annotations and other biological information are stored using modern database models ( e. g. relational), they are very often distributed and shared as tables in text files, i.e. flat file databases. This common flat database format thus provides a simple and robust solution to flexibly integrate various sources of information and a basis for the combined analysis of heterogeneous gene expression profiles.Results: We provide annotationTools, a Bioconductor-compliant R package to annotate microarray experiments and integrate heterogeneous gene expression profiles using annotation and other molecular biology information available as flat file databases. First, annotationTools contains a specialized set of functions for mining this widely used database format in a systematic manner. It thus offers a straightforward solution for annotating microarray experiments. Second, building on these basic functions and relying on the combination of information from several databases, it provides tools to easily perform cross-species analyses of gene expression data.Here, we present two example applications of annotationTools that are of direct relevance for the analysis of heterogeneous gene expression profiles, namely a cross-platform mapping of probes and a cross-species mapping of orthologous probes using different orthology databases. We also show how to perform an explorative comparison of disease-related transcriptional changes in human patients and in a genetic mouse model.Conclusion: The R package annotationTools provides a simple solution to handle microarray annotation and orthology tables, as well as other flat molecular biology databases. Thereby, it allows easy integration and analysis of heterogeneous microarray experiments across different technological platforms or species.

Revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere (GAT-VIG-R)

L’actual document és el resultat final d’un treball engegat l’any 2009 per la comunitat de pràctica dels Psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal arran de la implementació progressiva del programa Compartim, de gestió del coneixement al Departament de Justícia. És en aquest marc de treball col·laboratiu que els psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal vam decidir que el contingut del producte de coneixement a elaborar havia de centrar-se en una tasca en què tots i totes ens hi sentíssim vinculats i motivats perquè respongués a una necessitat tècnica important: l’anàlisi de la credibilitat dels testimonis en violència de gènere atesa l’increment demanda per part dels òrgans judicials sobre el testimoni en violència de gènere, des de la creació l’any 2004 del Jutjat de Violència vers la Dona. Així és en aquest camp en què decidim, l’any 2009, fer un pas endavant i analitzar en profunditat les tècniques que hi ha actualment sobre l’anàlisi de la credibilitat del testimoni adult en violència de gènere per tal de valorar la seva possible eficàcia i la seva posterior administració mitjançant la revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere, instrument de Juárez, J.R., Mateu, A. i Sala, E. el 2007 (publicat pel CEJFE, Departament de Justícia, 2007). Ja el novembre de 2010 publicàvem un primer estudi on es presentaven unes primeres conclusions fetes arran de la revisió de la Guia d’avaluació del testimoni en violència de gènere esmentada. Després d’aquests 3 anys, a hores d’ara ja estem en disposició de poder presentar els resultats d’un treball que, independentment dels seus resultats, de la seva futura aplicació i de la seves possibles repercussions en l’àmbit de la justícia, volem remarcar que és fruit d’un treball conjunt, col·laboratiu i cooperatiu, fruit del debat, de l’intercanvi de coneixements, de la reflexió i de l’optimització tècnica de professionals especialitzats en l’àmbit com són el conjunt dels psicòlegs dels equips d’assessorament tècnic penal de Catalunya. Així en aquest espai s’ha aconseguit el que ja s’havia iniciat a l’anterior estudi: convertir el coneixement implícit en explícit, l’informal en formal, de privat a públic, en definitiva socialitzar i compartir el coneixement dels membres individuals de la comunitat per tal de poder dotar la nostra organització d’un patrimoni intel·lectual col·lectiu de més qualitat i, finalment, poder donar un millor servei públic des de la globalitat del territori. D’aquesta manera, i en la mateixa línia de treball, des de la publicació de l’anterior estudi (novembre 2010) i fins ara, es va continuar amb l’ampliació de la mostra incrementat aquesta de 31 a 83 casos cosa que ja ens permet amb més seguretat dibuixar un perfil sociodemogràfic, psicològic i del testimoni en casos de violència de gènere sobre els quals els òrgans judicials demanen pericials psicològiques de la denunciant.

Flow-R, a model for susceptibility mapping of debris flows and other gravitational hazards at a regional scale

The development of susceptibility maps for debris flows is of primary importance due to population pressure in hazardous zones. However, hazard assessment by processbased modelling at a regional scale is difficult due to the complex nature of the phenomenon, the variability of local controlling factors, and the uncertainty in modelling parameters. A regional assessment must consider a simplified approach that is not highly parameter dependant and that can provide zonation with minimum data requirements. A distributed empirical model has thus been developed for regional susceptibility assessments using essentially a digital elevation model (DEM). The model is called Flow-R for Flow path assessment of gravitational hazards at a Regional scale (available free of charge under www.flow-r.org) and has been successfully applied to different case studies in various countries with variable data quality. It provides a substantial basis for a preliminary susceptibility assessment at a regional scale. The model was also found relevant to assess other natural hazards such as rockfall, snow avalanches and floods. The model allows for automatic source area delineation, given user criteria, and for the assessment of the propagation extent based on various spreading algorithms and simple frictional laws.We developed a new spreading algorithm, an improved version of Holmgren's direction algorithm, that is less sensitive to small variations of the DEM and that is avoiding over-channelization, and so produces more realistic extents. The choices of the datasets and the algorithms are open to the user, which makes it compliant for various applications and dataset availability. Amongst the possible datasets, the DEM is the only one that is really needed for both the source area delineation and the propagation assessment; its quality is of major importance for the results accuracy. We consider a 10m DEM resolution as a good compromise between processing time and quality of results. However, valuable results have still been obtained on the basis of lower quality DEMs with 25m resolution.