Genetic heterogeneity of residual variance : estimation of variance components using double hierarchical generalized linear models

Background: The sensitivity to microenvironmental changes varies among animals and may be under genetic control. It is essential to take this element into account when aiming at breeding robust farm animals. Here, linear mixed models with genetic effects in the residual variance part of the model can be used. Such models have previously been fitted using EM and MCMC algorithms. Results: We propose the use of double hierarchical generalized linear models (DHGLM), where the squared residuals are assumed to be gamma distributed and the residual variance is fitted using a generalized linear model. The algorithm iterates between two sets of mixed model equations, one on the level of observations and one on the level of variances. The method was validated using simulations and also by re-analyzing a data set on pig litter size that was previously analyzed using a Bayesian approach. The pig litter size data contained 10,060 records from 4,149 sows. The DHGLM was implemented using the ASReml software and the algorithm converged within three minutes on a Linux server. The estimates were similar to those previously obtained using Bayesian methodology, especially the variance components in the residual variance part of the model. Conclusions: We have shown that variance components in the residual variance part of a linear mixed model can be estimated using a DHGLM approach. The method enables analyses of animal models with large numbers of observations. An important future development of the DHGLM methodology is to include the genetic correlation between the random effects in the mean and residual variance parts of the model as a parameter of the DHGLM.

Utilizando conceitos como descritores de textos para o processo de identificação de conglomerados (clustering) de documentos

A descoberta e a análise de conglomerados textuais são processos muito importantes para a estruturação, organização e a recuperação de informações, assim como para a descoberta de conhecimento. Isto porque o ser humano coleta e armazena uma quantidade muito grande de dados textuais, que necessitam ser vasculhados, estudados, conhecidos e organizados de forma a fornecerem informações que lhe dêem o conhecimento para a execução de uma tarefa que exija a tomada de uma decisão. É justamente nesse ponto que os processos de descoberta e de análise de conglomerados (clustering) se insere, pois eles auxiliam na exploração e análise dos dados, permitindo conhecer melhor seu conteúdo e inter-relações. No entanto, esse processo, por ser aplicado em textos, está sujeito a sofrer interferências decorrentes de problemas da própria linguagem e do vocabulário utilizado nos mesmos, tais como erros ortográficos, sinonímia, homonímia, variações morfológicas e similares. Esta Tese apresenta uma solução para minimizar esses problemas, que consiste na utilização de “conceitos” (estruturas capazes de representar objetos e idéias presentes nos textos) na modelagem do conteúdo dos documentos. Para tanto, são apresentados os conceitos e as áreas relacionadas com o tema, os trabalhos correlatos (revisão bibliográfica), a metodologia proposta e alguns experimentos que permitem desenvolver determinados argumentos e comprovar algumas hipóteses sobre a proposta. As conclusões principais desta Tese indicam que a técnica de conceitos possui diversas vantagens, dentre elas a utilização de uma quantidade muito menor, porém mais representativa, de descritores para os documentos, o que torna o tempo e a complexidade do seu processamento muito menor, permitindo que uma quantidade muito maior deles seja analisada. Outra vantagem está no fato de o poder de expressão de conceitos permitir que os usuários analisem os aglomerados resultantes muito mais facilmente e compreendam melhor seu conteúdo e forma. Além do método e da metodologia proposta, esta Tese possui diversas contribuições, entre elas vários trabalhos e artigos desenvolvidos em parceria com outros pesquisadores e colegas.

Endogenous wage compression and aggregation boundaries in a model of hierarchical human capital

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Private label supply chains: a model for competitiveness?

The search for efficiency in supply chains has usually focused on logistic optimization aspects. Initiatives like the ECR are an example. This research questions the appropriateness of this focus comparing detailed cost structures of fifteen consumer products, covering five different product categories. It compares supply chains of private label products, presumably more efficient due to closer collaboration between chain members, to national brands supply chains. The major source of cost differences lies in other indirect costs incurred by the national brands and not directly assignable to advertising. Results indicate that a complete reconception of the supply chain, exploring different governance structures offers greater opportunities for cost savings than the logistic aspect in isolation. Research was done in the UK in 1995-1997, but results are only now publishable due to confidentiality agreements

Processing of hierarchical syntactic strusture in music

Hierarchical structure with nested nonlocal dependencies is a key feature of human language and can be identified theoretically in most pieces of tonal music. However, previous studies have argued against the perception of such structures in music. Here, we show processing of nonlocal dependencies in music. We presented chorales by J. S. Bach and modified versions inwhich the hierarchical structure was rendered irregular whereas the local structure was kept intact. Brain electric responses differed between regular and irregular hierarchical structures, in both musicians and nonmusicians. This finding indicates that, when listening to music, humans apply cognitive processes that are capable of dealing with longdistance dependencies resulting from hierarchically organized syntactic structures. Our results reveal that a brain mechanism fundamental for syntactic processing is engaged during the perception of music, indicating that processing of hierarchical structure with nested nonlocal dependencies is not just a key component of human language, but a multidomain capacity of human cognition.

Análise de agrupamentos dos dados de DFA oriundos de perfis elétricos de indução de poços de petróleo

The main objective of this study is to apply recently developed methods of physical-statistic to time series analysis, particularly in electrical induction s profiles of oil wells data, to study the petrophysical similarity of those wells in a spatial distribution. For this, we used the DFA method in order to know if we can or not use this technique to characterize spatially the fields. After obtain the DFA values for all wells, we applied clustering analysis. To do these tests we used the non-hierarchical method called K-means. Usually based on the Euclidean distance, the K-means consists in dividing the elements of a data matrix N in k groups, so that the similarities among elements belonging to different groups are the smallest possible. In order to test if a dataset generated by the K-means method or randomly generated datasets form spatial patterns, we created the parameter Ω (index of neighborhood). High values of Ω reveals more aggregated data and low values of Ω show scattered data or data without spatial correlation. Thus we concluded that data from the DFA of 54 wells are grouped and can be used to characterize spatial fields. Applying contour level technique we confirm the results obtained by the K-means, confirming that DFA is effective to perform spatial analysis

Níveis nutricionais de cálcio para aves de corte ISA Label criadas sob semiconfinamento

Determinaram-se os níveis nutricionais de cálcio (Ca) para aves, machos e fêmeas, da linhagem ISA Label, nas fases inicial (um a 28 dias), crescimento (28 a 56 dias) e final (56 a 84 dias). Foram realizados três ensaios, um para cada fase, e, em cada ensaio, 480 aves com idade correspondente à fase de criação foram alojadas em 24 unidades experimentais com áreas de abrigo e de pastejo. Foi utilizado delineamento inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 4x2 (Ca e sexo), totalizando oito tratamentos com três repetiç ões de 20 aves. Avaliaram-se: ganho de peso (GP); consumo de dieta (CD); conversão alimentar (CA); teores de fósforo (PT), de cálcio (CaT) e de cinzas na tíbia (CT) e resistência à quebra óssea (RQO). Na fase inicial, recomenda-se 1,16% de Ca na dieta, para aves de ambos os sexos, na fase de crescimento, 0,78 e 0,88% de Ca para machos e fêmeas, respectivamente, e, na fase final, 0,69% de Ca na dieta para ambos os sexos.

Exigências de metionina + cistina digestível para aves de corte ISA Label criadas em semiconfinamento

Foram realizados três experimentos para determinação das exigências de metionina+cistina (met+cis) digestível para aves da linhagem ISA Label. As aves foram criadas em semiconfinamento nas fases inicial (1 a 28 dias), crescimento (28 a 56 dias) e final (56 a 84 dias). em cada experimento, foram utilizadas 480 aves (metade de cada sexo) alojadas em 24 piquetes. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado, em esquema fatorial 4 × 2 (níveis de met+cis e sexos) com três repetições de 20 aves. Os níveis de met+cis digestível avaliados foram: 0,532; 0,652; 0,772; 0,892% na fase inicial; 0,515; 0,635; 0,755; 0,875% na fase de crescimento; e 0,469; 0,589; 0,709; 0,829% na fase final. Foram avaliados o desempenho, as características de carcaça, a deposição de proteína e gordura corporal, o peso e o teor de proteína das penas. Na fase inicial, os níveis de met+cis digestível na ração recomendados para machos e fêmeas foram 0,76 e 0,80%, que correspondem a 0,252 e 0,268% de met+cis por Mcal de energia metabolizável da ração, respectivamente. Para aves ISA Label na fase de crescimento, recomenda-se 0,716% de met+cis digestível na ração, independentemente do sexo, que corresponde a 0,235% de met+cis por Mcal de em da ração. Na fase final, recomendam-se níveis de met+cis digestível de 0,756 e 0,597%, que correspondem a 0,244 e 0,193% de met+cis por Mcal de energia metabolizável na ração para machos e fêmeas, respectivamente.

Exigências de lisina digestível para aves de corte da linhagem ISA Label criadas em semiconfinamento

Foram realizados três experimentos para determinar as exigências de lisina digestível para aves da linhagem ISA Label, de ambos os sexos, criadas em semiconfinamento durante as fases: inicial (1 a 28 dias), de crescimento (28 a 56 dias) e final (56 a 84 dias). em cada experimento, foram utilizadas 480 aves, alojadas em 24 piquetes, cada um contendo abrigo coberto de 3,13m² e área de pastejo de 72,87m². O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente ao acaso, em esquema fatorial 4x2 (níveis de lisina e sexo) com três repetições de 20 aves cada. Os níveis de lisina digestível avaliados foram: 0,850; 0,970; 1,090 e 1,210% na fase inicial; 0,750; 0,870; 0,990 e 1,110% na fase de crescimento e 0,640; 0,760; 0,880 e 1,000% na fase final. Foram mensuradas as variáveis de desempenho, característica de carcaça, deposição de proteína e gordura corporal, peso e teor de proteína das penas. Com base nos resultados de desempenho, recomendam-se 1, 041; 1,006 e 0,760% de lisina digestível em rações para aves ISA Label nas fases inicial, de crescimento e final, respectivamente.

Evaluation of an average numerator relationship matrix model and a Bayesian hierarchical model for growth traits in Nellore cattle with uncertain paternity

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Digestible methionine plus cystine requirements of ISA Label broilers reared in free-range system

Three assays were carried out to determine the digestible methionine+cystine (Met+Cys) requirement for ISA Label broilers from both sexes. The birds were reared in free range system on starting phase (1 to 28 days), growing phase (28 to 56 days) and finishing phase (56 to 84 days). Four hundred and eighty birds were distributed into 24 pens, each one composed of shelter (3.13 m(2)) and pasture (72.87 m(2)). The experimental design was completely randomized with eight treatments as factorial arrangement (four Met+Cys levels and two sexes) with three replicates of 20 birds. The digestible Met+Cys levels were 0.532; 0.652; 0.772; 0.892% for starting phase; 0.515; 0.635; 0.755; 0.875% for growing phase and 0.469; 0.589; 0.709; 0.829% for finishing phase. The analyzed parameters were performance, carcass yield, body protein and fat deposition, weight and protein concentration in feathers. In the starting phase, the digestible Met+Cys level estimated for males was 0.765 and 0.803% for females, corresponding to 0.252 and 0.268% of Met+Cys/Mcal of ME, respectively. For the growing phase, the digestible Met+Cys level estimated was 0.716% for both sexes, corresponding to 0.235% of Met+Cys/Mcal of ME. For the finishing phase, the Met+Cys levels were 0.756 and 0.597% for males and females, corresponding to 0.244 and 0.193% of Met+Cys/Mcal of ME respectively.