Lung function in idiopathic pulmonary fibrosis--extended analyses of the IFIGENIA trial.

BACKGROUND The randomized placebo-controlled IFIGENIA-trial demonstrated that therapy with high-dose N-acetylcysteine (NAC) given for one year, added to prednisone and azathioprine, significantly ameliorates (i.e. slows down) disease progression in terms of vital capacity (VC) (+9%) and diffusing capacity (DLco) (+24%) in idiopathic pulmonary fibrosis (IPF). To better understand the clinical implications of these findings we performed additional, explorative analyses of the IFGENIA data set. METHODS We analysed effects of NAC on VC, DLco, a composite physiologic index (CPI), and mortality in the 155 study-patients. RESULTS In trial completers the functional indices did not change significantly with NAC, whereas most indices deteriorated with placebo; in non-completers the majority of indices worsened but decline was generally less pronounced in most indices with NAC than with placebo. Most categorical analyses of VC, DLco and CPI also showed favourable changes with NAC. The effects of NAC on VC, DLco and CPI were significantly better if the baseline CPI was 50 points or lower. CONCLUSION This descriptive analysis confirms and extends the favourable effects of NAC on lung function in IPF and emphasizes the usefulness of VC, DLco, and the CPI for the evaluation of a therapeutic effect. Most importantly, less progressed disease as indicated by a CPI of 50 points or lower at baseline was more responsive to therapy in this study.

Abstracting qualitative information for process supervision

Supervisory systems evolution makes the obtaining of significant information from processes more important in the way that the supervision systems' particular tasks are simplified. So, having signal treatment tools capable of obtaining elaborate information from the process data is important. In this paper, a tool that obtains qualitative data about the trends and oscillation of signals is presented. An application of this tool is presented as well. In this case, the tool, implemented in a computer-aided control systems design (CACSD) environment, is used in order to give to an expert system for fault detection in a laboratory plant

Homology modeling and metabolism prediction of human carboxylesterase-2 using docking analyses by GriDock: a parallelized tool based on AutoDock 4.0.

Metabolic problems lead to numerous failures during clinical trials, and much effort is now devoted to developing in silico models predicting metabolic stability and metabolites. Such models are well known for cytochromes P450 and some transferases, whereas less has been done to predict the activity of human hydrolases. The present study was undertaken to develop a computational approach able to predict the hydrolysis of novel esters by human carboxylesterase hCES2. The study involved first a homology modeling of the hCES2 protein based on the model of hCES1 since the two proteins share a high degree of homology (congruent with 73%). A set of 40 known substrates of hCES2 was taken from the literature; the ligands were docked in both their neutral and ionized forms using GriDock, a parallel tool based on the AutoDock4.0 engine which can perform efficient and easy virtual screening analyses of large molecular databases exploiting multi-core architectures. Useful statistical models (e.g., r (2) = 0.91 for substrates in their unprotonated state) were calculated by correlating experimental pK(m) values with distance between the carbon atom of the substrate's ester group and the hydroxy function of Ser228. Additional parameters in the equations accounted for hydrophobic and electrostatic interactions between substrates and contributing residues. The negatively charged residues in the hCES2 cavity explained the preference of the enzyme for neutral substrates and, more generally, suggested that ligands which interact too strongly by ionic bonds (e.g., ACE inhibitors) cannot be good CES2 substrates because they are trapped in the cavity in unproductive modes and behave as inhibitors. The effects of protonation on substrate recognition and the contrasting behavior of substrates and products were finally investigated by MD simulations of some CES2 complexes.

The long and painful path towards arthroplasty: A qualitative study

Hip or knee arthroplasty is proposed after osteoarthritis or an accident. It is decided after a long path of pain and decrease in the quality of life. This research explores the period of illness until surgery. Twenty-four semi-structured interviews were conducted one month before surgery and a thematic discourse analysis performed. The diversity and complexity of the patient experience, in a commonly performed surgical intervention underlines important topics, requiring attention in order to improve patient preparations and information prior to arthroplasty: information adapted to individual concerns, needs and representations. Psychological and physical acceptance is necessary for integration of the prosthesis.

Conceptualising 'precarious prosperity' - Empirical and Theoretical Elements for Debate

Empirical studies have recently pointed towards a socio-structural category largely overlooked in social inequality research: the dynamic positions of households adjacent to those of the poor and yet not representing those of the established, more prosperous positions in society. These results suggest that the population in this category fluctuates into and out of poverty more often than moving into and out of secure prosperity. This category - still lacking theoretical conceptualization - is characterized by both precariousness and a certain degree of prosperity; despite a restricted and uncertain living standard it holds a range of opportunities for action. We seek analytical elements to conceptualize 'precarious prosperity' for comparative empirical research by subjecting various concepts of social inequality research to critical scrutiny. We then operationally define 'precarious prosperity' to screen for this population in three countries. Based on qualitative interviews with households in precarious prosperity, we present first analyses of perceptions and household strategies that underline the relevance of the concept in different countries.

Les troubles alimentaires atypiques : recherche qualitative auprès d'adolescentes suivies dans un groupe thérapeutique

RESUMELes troubles des conduites alimentaires atypiques (TCAA) représentent une catégorie diagnostique émergente, relativement peu décrite. Ils regroupent des tableaux cliniques ne satisfaisant pas entièrement aux critères des troubles alimentaires typiques anorexie et boulimie. Désignés par le terme de EDNOS' dans le DSM-IV2 (American Psychiatrie Association, 1994), ils sont appelés troubles atypiques dans la CIM-103 (World Health Organization, 1993).Les TCAA représentent la majorité des demandes dans les consultations pour troubles alimentaires, concernent une grande proportion de la population non-consultante et constituent un enjeu de santé publique prioritaire.Cette étude se penche sur le parcours de 24 jeunes filles présentant de tels troubles, qui ont été suivies dans le cadre d'un groupe thérapeutique à l'UMSA (Unité Multidisciplinaire de Santé des Adolescents, CHUV, Lausanne). Elle a pour but de mieux connaître ces troubles alimentaires atypiques.Deux axes de questions de recherche organisent ce travail: le premier, orienté autour du trouble alimentaire atypique, de sa définition (avec les questions de classification diagnostique) et de son évolution (avec les questions de passages d'une catégorie à une autre), le second autour du groupe thérapeutique, de son utilité et de ses indications.1. Résultats cliniquesLes résultats de l'analyse thématique décrivent un trouble important, qui induit une souffrance plus intense que ne tendraient à le laisser penser la relative banalité de la présentation clinique en comparaison des troubles typiques ainsi que la catégorisation en tant que troubles résiduels. Des moyens compensatoires -qui visent au maintien d'un poids stable en dépit des crises alimentaires ainsi qu'à la perte de poids, soit par des méthodes non-purgatives (restrictions massives, diètes, jeûnes, pratique du sport à outrance), soit par des méthodes purgatives (vomissements auto-induits, usage de laxatifs, diurétiques) - sont présents chez 15 participantes, sous forme de vomissements chez 6 d'entre elles. Seize participantes ont présenté des troubles des menstruations. Des difficultés de la lignée anxio-dépressive sont relevées chez la moitié des participantes, alliées à un perfectionnisme important. L'estime de soi apparaît globalement basse, excessivement influencée par l'insatisfaction attachée au poids et aux formes corporelles. L'analyse fait clairement apparaître le lien complexe unissant les attitudes face à l'alimentation et le désir de maigrir aux crises de frénésie alimentaire. Les crises permettent aux patientes de moduler leurs émotions, tant .positives que négatives. Le vécu de la maladie et des préoccupations pour le corps et l'alimentation semble généralisable. et «transcatégorique», bien que les troubles alimentaires de l'ordre de l'anorexie atypique restrictive, du fait de l'absence de crises de frénésie, semblent appartenir à un registre différent des troubles avec perte de contrôle sur l'alimentation et crises, notamment en termes d'implications dans la vie quotidienne.Lorsque les participantes sont revues (au minimum un an après la sortie du groupe thérapeutique), 15 d'entre elles sont indemnes de tout symptôme, 5 présentent encore un TCAA type boulimie atypique, et 4 ont parfois des crises résiduelles. Des préoccupations pour l'alimentation et le poids subsistent. Le pronostic d'évolution n'apparaît lié ni à la durée de participation au groupe, ni uniquement à la catégorie diagnostique ou aux seuls éléments de co-morbidité, mais davantage à un investissement rapidement positif du groupe, ainsi qu'à la qualité des prises en charge parallèles en présence d'éléments de co-morbidité importants ou d'antécédents d'autres troubles alimentaires.Notre collectif atteste de passages d'une catégorie de trouble à une autre (anorexie puis boulimie, comme décrit dans la littérature) et de changements d'intensité (trouble typique puis atypique) au cours de la maladie, confirmant un continuum possible, tant entre les troubles typiques, qu'entre les troubles typiques et atypiques. Néanmoins, la multiplicité des parcours possibles dans la maladie, ainsi que l'existence de formes stables, sans passages d'une catégorie à une autre, incite à la prudence et ne permet pas de confirmer en tout point l'hypothèse de la nature dimensionnelle (même nature, intensité différente) des troubles alimentaires.Le trouble atypique représente parfois une étape dans l'évolution à partir d'un trouble typique, pouvant être envisagé comme moment sur le chemin de la guérison, ce qui pose la question des critères de guérison.2. Nature des troubles alimentaires atypiquesDu collectif émergent 4 catégories diagnostiques de troubles alimentaires atypiques: hyperphagie boulimique, boulimie atypique non-purgative, boulimie atypique purgative et anorexie atypique restrictive. Le tableau clinique.de l'hyperphagie boulimique comporte des crises de boulimie, mais peu de préoccupations concernant le poids et les formes corporelles en compá= raison des 3 autres catégories, et pas de moyens de compensation des crises, ce qui induit fréquemment un surpoids voire une obésité pour les patientes concernées. Les moyens de compensation des crises de boulimie demeurent non-purgatives (jeûne, sport) dans la boulimie atypique non-purgative, alors que vomissements et usage de laxatifs suite aux crises caractérisent la boulimie atypique purgative. Le tableau clinique de l'anorexie atypique restrictive ne présente ni crises de boulimie ni moyens de compensation purgatifs type vomissements. Ces catégories sont retrouvées dans la littérature.Nos résultats rejoignent la littérature actuelle qui envisage la nécessité d'une reclassification des troubles alimentaires en vue du DSM-V. Dans l'intervalle, adopter la classification de la CIM et parler d'anorexie atypique, de -type restrictif ou avec crises, de boulimie atypique, purgative ou non, et y ajouter l'hyperphagie boulimique, rendrait mieux compte de la réalité clinique des troubles alimentaires atypiques que ne le fait la classe des EDNOS du DSM, peu différenciée, mêlant des tableaux très divers et au final insatisfaisante.3. Utilité et indication du groupeLe groupe recèle un fort pouvoir thérapeutique pour les patientes qui s'y impliquent. L'étayage sur les autres émerge comme facteur thérapeutique principal, ainsi que le décrit la littérature. Cette prise en charge thérapeutique convient particulièrement à des patientes présentant un trouble alimentaire sur le versant boulimique, comprenant l'hyperphagie boulimique, la boulimie atypique, purgative ou non, ainsi que certaines boulimies de moyenne gravité. Les patientes du collectif qui présentent des difficultés de l'ordre de l'anorexie atypique restrictive bénéficient moins du groupe que les participantes qui expérimentent des pertes de contrôle sur la nourriture.4. ImplicationsL'intensité de la souffrance, la complexité des tableaux symptomatiques, la diversité des parcours et les multiples répercussions sur la vie sociale démontrent l'importance de repérer et prendre en charge ces troubles alimentaires qui demeurent souvent banalisés. Dans cette perspective, la formation au dépistage, à l'évaluation et à la prise en charge des divers intervenants confrontés à ces troubles représente un enjeu majeur. .Enfin, dénoncer les pressions socioculturelles à la minceur et le dictat des régimes, promouvoir une notion de bien-être et une bonne estime de soi qui ne soient pas liées à l'apparence contribuera à prévenir les troubles alimentaires atypiques.

Specificity of immunoblotting analyses in eosinophilic meningitis

Angiostrongylus cantonensis and Gnathostoma spinigerum are the two most common causative parasites of eosinophilic meningitis (EOM). Serological tests are helpful tools for confirming the identity of the pathogen. Recent reports determined the specificity of such tests by using normal healthy controls. There have been limited studies done to rule out the cross-reactivity between these two causative parasites of EOM. This study aims to assess the specificity of the serological test in EOM by using each condition as a control for the other. Thirty-three patients with a diagnosis of EOM were enrolled. Sera from 22 patients with a positive 29-kDa antigenic diagnostic band of A. cantonensis were tested for the 21 and 24-kDa antigenic bands of G. spinigerum. Similarly, sera of 11 gnathostomiasis patients were tested for the 29-kDa diagnostic band for A. cantonensis. Only one patient in the angiostrongyliasis group had a positive result for the 21 and 24-kDa antigenic bands of G. spinigerum, while no gnathostomiasis patients showed a positive result for the 29-kDa antigenic band of A. cantonensis. The specificity of the 21 and 24-kDa antigenic bands for gnathostomiasis and the 29-kDa antigenic band for A. cantonensis was 95.5% and 100%, respectively. The antigenic bands for the diagnosis of gnathostomiasis and angiostrongyliasis in EOM were highly specific.

Existential values transformation in all organ transplantation: A qualitative prospective study.

Organ transplantation offers a treatment of choice for patients suffering from end stage illnesses. The aim of this IRB approved prospective qualitative study was to analyze patients’ psychological concerns from their inclusion on the waiting list for first organ transplantation (TX) (T1; N=71; kidney, K=30; liver, Li=11; lung, Lu=15; heart, H=15) and six months after TX (T2; N=49; K=15; Li=10; Lu=14; H=10). Semi-structured interviews were conducted at home or in a place selected by patients. Qualitative pattern analysis (QUAPA) of the verbatim transcriptions was applied. T1 (K) Patients maintained an apparent normality (87%), building emotional protection (23%), and developing a fatalist attitude towards life (43%). (Li) Physical limits were set to spare energy until TX (73%). Illness led to reevaluation of life values (66%). (Lu) Physical and psychological self-protection was prioritized when health declined (67%). Modified life values, fatalism (33%) and spirituality (27 %) were mentioned. (H) Patients husbanded physical (80%) and psychological (67%) resources and self-protection. Modified life values and fatalist attitude towards life were reported (40%). T2 (K) New perspective on life was described, with increase of empathy towards others (20%). (Li) Positive identity and life values modifications (60%), greater openness towards others, closeness to significant ones (30%) and a more self-centered attitude (30%) prioritizing the essential (20%) were reported. Lack of respect of life values generated anger (40%). (Lu) Setting existential priorities and increase in spirituality (64%), along with the development of new life values, greater openness to others (57%) and closeness to significant ones (21%) were underlined. Lack of respect of human values induced negative feelings (36%). Self-centered attitudes, setting limits to other people were mentioned (29%). (H) Change in life values with setting life priorities was reported (70%) with increase in spirituality, and the lack of respect of life values generated anger (50%). Self-centered attitudes were reported (60%). TX not only comes with positive physical benefits, but also with positive existential values and psychological transformation, and the development of a more altruistic attitude and humanistic values.

Structural and mean level analyses of the Five-Factor Model and Locus of Control: Further evidence from Africa

The present study examines the Five-Factor Model (FFM) of personality and locus of control in French-speaking samples in Burkina Faso (N = 470) and Switzerland (Ns = 1,090, 361), using the Revised NEO Personality Inventory (NEO-PI-R) and Levenson's Internality, Powerful others, and Chance (IPC) scales. Alpha reliabilities were consistently lower in Burkina Faso, but the factor structure of the NEO-PI-R was replicated in both cultures. The intended three-factor structure of the IPC could not be replicated, although a two-factor solution was replicable across the two samples. Although scalar equivalence has not been demonstrated, mean level comparisons showed the hypothesized effects for most of the five factors and locus of control; Burkinabè scored higher in Neuroticism than anticipated. Findings from this African sample generally replicate earlier results from Asian and Western cultures, and are consistent with a biologically-based theory of personality.

Natural abundance of stable isotopes (15N and 13C) and isotopic fractionation of sea bream muscle as markers of food and culture conditions and its relationship with metabolic and proteomic analyses

Els isòtops estables com a traçadors de la cadena alimentària, s'han utilitzat per caracteritzar la relació entre els consumidors i els seus aliments, ja que el fraccionament isotòpic implica una discriminació en contra de certs isòtops. Però les anàlisis d'isòtops estables (SIA), també es poden dur a terme en peixos cultivats amb dietes artificials, com la orada (Sparus aurata), la especie más cultivada en el Mediterráneo. Canvis en l'abundància natural d'isòtops estables (13C i 15N) en els teixits i les seves reserves poden reflectir els canvis en l'ús i reciclatge dels nutrients ja que els enzims catabòlics implicats en els processos de descarboxilació i desaminació mostren una preferència pels isòtops més lleugers. Per tant, aquestes anàlisis ens poden proporcionar informació útil sobre l'estat nutricional i metabòlic dels peixos. L'objectiu d'aquest projecte va ser determinar la capacitat dels isòtops estables per ser utilitzats com a marcadors potencials de la capacitat de creixement i condicions de cria de l'orada. En aquest sentit, les anàlisis d'isòtops estables s'han combinat amb altres metabòlics (activitats citocrom-c-oxidasa, COX, i citrat sintasa, CS) i els paràmetres de creixement (ARN/ADN). El conjunt de resultats obtinguts en els diferents estudis realitzats en aquest projecte demostra que el SIA, en combinació amb altres paràmetres metabòlics, pot servir com una eina eficaç per discriminar els peixos amb millor potencial de creixement, així com a marcador sensible de l'estat nutricional i d'engreix. D'altra banda, la combinació de l'anàlisi d'isòtops estables amb les eines emergents, com ara tècniques de proteòmica (2D-PAGE), ens proporciona nous coneixements sobre els canvis metabòlics que ocorren en els músculs dels peixos durant l‟increment del creixement muscular induït per l'exercici.

Histology-driven data mining of lipid signatures from multiple imaging mass spectrometry analyses: application to human colorectal cancer liver metastasis biopsies.

Imaging mass spectrometry (IMS) represents an innovative tool in the cancer research pipeline, which is increasingly being used in clinical and pharmaceutical applications. The unique properties of the technique, especially the amount of data generated, make the handling of data from multiple IMS acquisitions challenging. This work presents a histology-driven IMS approach aiming to identify discriminant lipid signatures from the simultaneous mining of IMS data sets from multiple samples. The feasibility of the developed workflow is evaluated on a set of three human colorectal cancer liver metastasis (CRCLM) tissue sections. Lipid IMS on tissue sections was performed using MALDI-TOF/TOF MS in both negative and positive ionization modes after 1,5-diaminonaphthalene matrix deposition by sublimation. The combination of both positive and negative acquisition results was performed during data mining to simplify the process and interrogate a larger lipidome into a single analysis. To reduce the complexity of the IMS data sets, a sub data set was generated by randomly selecting a fixed number of spectra from a histologically defined region of interest, resulting in a 10-fold data reduction. Principal component analysis confirmed that the molecular selectivity of the regions of interest is maintained after data reduction. Partial least-squares and heat map analyses demonstrated a selective signature of the CRCLM, revealing lipids that are significantly up- and down-regulated in the tumor region. This comprehensive approach is thus of interest for defining disease signatures directly from IMS data sets by the use of combinatory data mining, opening novel routes of investigation for addressing the demands of the clinical setting.