PDB Goodies - a web-based GUI to manipulate the Protein Data Bank file

PDB Goodies is a web-based graphical user interface (GUI) to manipulate the Protein Data Bank file containing the three-dimensional atomic coordinates of protein structures. The program also allows users to save the manipulated three-dimensional atomic coordinate file on their local client system. These fragments are used in various stages of structure elucidation and analysis. This software is incorporated with all the three-dimensional protein structures available in the Protein Data Bank, which presently holds approximately 18 000 structures. In addition, this program works on a three-dimensional atomic coordinate file (Protein Data Bank format) uploaded from the client machine. The program is written using CGI/PERL scripts and is platform independent. The program PDB Goodies can be accessed over the World Wide Web at http:// 144.16.71.11/pdbgoodies/.

An appraisal of electric automobile power sources

Road transportation, as an important requirement of modern society, is presently hindered by restrictions in emission legislations as well as the availability of petroleum fuels, and as a consequence, the fuel cost. For nearly 270 years, we burned our fossil cache and have come to within a generation of exhausting the liquid part of it. Besides, to reduce the greenhouse gases, and to obey the environmental laws of most countries, it would be necessary to replace a significant number of the petroleum-fueled internal-combustion-engine vehicles (ICEVs) with electric cars in the near future. In this article, we briefly describe the merits and demerits of various proposed electrochemical systems for electric cars, namely the storage batteries, fuel cells and electrochemical supercapacitors, and determine the power and energy requirements of a modern car. We conclude that a viable electric car could be operated with a 50 kW polymer-electrolyte fuel cell stack to provide power for cruising and climbing, coupled in parallel with a 30 kW supercapacitor and/or battery bank to deliver additional short-term burst-power during acceleration.

CFD Based Design Optimizations of the Diffuser of a Gas Dynamically Driver Laser Cavity

Based on the an earlier CFD analysis of the performance of the gas-dynamically controlled laser cavity [1]it was found that there is possibility of optimizing the geometry of the diffuser that can bring about reductions in both size and cost of the system by examining the critical dimensional requirements of the diffuser. Consequently,an extensive CFD analysis has been carried out for a range of diffuser configurations by simulating the supersonic flow through the arrangement including the laser cavity driven by a bank of converging – diverging nozzles and the diffuser. The numerical investigations with 3D-RANS code are carried out to capture the flow patterns through diffusers past the cavity that has multiple supersonic jet interactions with shocks leading to complex flow pattern. Varying length of the diffuser plates is made to be the basic parameter of the study. The analysis reveals that the pressure recovery pattern during the flow through the diffuser from the simulation, being critical for the performance of the laser device shows its dependence on the diffuser length is weaker beyond a critical lower limit and this evaluation of this limit would provide a design guideline for a more efficient system configuration.The observation based on the parametric study shows that the pressure recovery transients in the near vicinity of the cavity is not affected for the reduction in the length of the diffuser plates up to its 10% of the initial size, indicating the design in the first configuration that was tested experimentally has a large factor of margin. The flow stability in the laser cavity is found to be unaffected since a strong and stable shock is located at the leading edge of the diffuser plates while the downstream shock and flow patterns are changed, as one would expect. Results of the study for the different lengths of diffusers in the range of 10% to its full length are presented, keeping the experimentally tested configuration used in the earlier study [1] as the reference length. The conclusions drawn from the analysis is found to be of significance since it provides new design considerations based on the understanding of the intricacies of the flow, allowing for a hardware optimization that can lead to substantial size reduction of the device with no loss of performance.

Zero-crossing approach to high-resolution reconstruction in frequency-domain optical-coherence tomography

We address the problem of high-resolution reconstruction in frequency-domain optical-coherence tomography (FDOCT). The traditional method employed uses the inverse discrete Fourier transform, which is limited in resolution due to the Heisenberg uncertainty principle. We propose a reconstruction technique based on zero-crossing (ZC) interval analysis. The motivation for our approach lies in the observation that, for a multilayered specimen, the backscattered signal may be expressed as a sum of sinusoids, and each sinusoid manifests as a peak in the FDOCT reconstruction. The successive ZC intervals of a sinusoid exhibit high consistency, with the intervals being inversely related to the frequency of the sinusoid. The statistics of the ZC intervals are used for detecting the frequencies present in the input signal. The noise robustness of the proposed technique is improved by using a cosine-modulated filter bank for separating the input into different frequency bands, and the ZC analysis is carried out on each band separately. The design of the filter bank requires the design of a prototype, which we accomplish using a Kaiser window approach. We show that the proposed method gives good results on synthesized and experimental data. The resolution is enhanced, and noise robustness is higher compared with the standard Fourier reconstruction. (c) 2012 Optical Society of America

Design and Application of a new Multiscale Multidirectional Non-subsampled Filter Bank

We propose a new method for design of computationally efficient nonsubsampled multiscale multidirectional filter bank with perfect reconstruction (PR). This filter bank is composed of two nonsubsampled filter banks, for multiscale decomposition and for directional expansion. For multiscale decomposition, we transform the 1-D equivalent subband filters directly into 2-D equivalent subband filters. The computational cost is considerably reduced by avoiding the computation of 2-D convolutions. The multidirectional decomposition utilizes fan filters. A new method for design of 2-D zero phase FIR fan filter transformation function is developed. This method also aids the transformation of a 1-D filter bank to a 2-D multidirectional filter bank. The potential application of the proposed filter bank is illustrated by comparing the image denoising performance of the proposed filter bank with other design method that exist in available literature.

Design of substrate-integrated lead-carbon hybrid ultracapacitor and experimental validation

Suitability of substrate-integrated lead-carbon hybrid ultracapacitors for low-power back-up applications is studied. A practical application that provides 30 W power back-up to low-power medical gadgets for use in grid-power-deficient rural areas is presented. An ultracapacitor bank is designed for this application and the sizing calculations are provided. Experimental validation and results are also discussed.

Iterated stochastic filters with additive updates for dynamic system identification: Annealing-type iterations and the filter bank

A nonlinear stochastic filtering scheme based on a Gaussian sum representation of the filtering density and an annealing-type iterative update, which is additive and uses an artificial diffusion parameter, is proposed. The additive nature of the update relieves the problem of weight collapse often encountered with filters employing weighted particle based empirical approximation to the filtering density. The proposed Monte Carlo filter bank conforms in structure to the parent nonlinear filtering (Kushner-Stratonovich) equation and possesses excellent mixing properties enabling adequate exploration of the phase space of the state vector. The performance of the filter bank, presently assessed against a few carefully chosen numerical examples, provide ample evidence of its remarkable performance in terms of filter convergence and estimation accuracy vis-a-vis most other competing filters especially in higher dimensional dynamic system identification problems including cases that may demand estimating relatively minor variations in the parameter values from their reference states. (C) 2014 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Influence of Anisotropy on Pavement Responses Using Adaptive Sparse Polynomial Chaos Expansion

Modeling the spatial variability that exists in pavement systems can be conveniently represented by means of random fields; in this study, a probabilistic analysis that considers the spatial variability, including the anisotropic nature of the pavement layer properties, is presented. The integration of the spatially varying log-normal random fields into a linear-elastic finite difference analysis has been achieved through the expansion optimal linear estimation method. For the estimation of the critical pavement responses, metamodels based on polynomial chaos expansion (PCE) are developed to replace the computationally expensive finite-difference model. The sparse polynomial chaos expansion based on an adaptive regression-based algorithm, and enhanced by the combined use of the global sensitivity analysis (GSA) is used, with significant savings in computational effort. The effect of anisotropy in each layer on the pavement responses was studied separately, and an effort is made to identify the pavement layer wherein the introduction of anisotropic characteristics results in the most significant impact on the critical strains. It is observed that the anisotropy in the base layer has a significant but diverse effect on both critical strains. While the compressive strain tends to be considerably higher than that observed for the isotropic section, the tensile strains show a decrease in the mean value with the introduction of base-layer anisotropy. Furthermore, asphalt-layer anisotropy also tends to decrease the critical tensile strain while having little effect on the critical compressive strain. (C) 2015 American Society of Civil Engineers.

Evaluacion de alternativas quimicas y botanicas para el manejo del acaro blanco (Poliphagotarsonemus latus, Bank) en chiltoma (Capsicum annum L.) Tisma, Masaya

El ácaro blanco ( Poliphagotarsonemus latus, Bank) se ha convertido en un severo proble ma fitosanitario y socioeconómico para los productores de chiltoma ( Capsicum annum L.) del municipio de Tisma, Masaya. Esta plaga ha provocado grandes e importantes pérdidas económicas al reducir los rendimientos hasta en un 90%, disminuyendo así la calid ad y aumentando los costos de producción de la chiltoma. Ante la problemática existente en el municipio de Tisma y con el objetivo de encontrar una solución, se realizó un estudio en el periodo comprendido entre el mes de Agosto del 2007 a Enero del 2008, donde se evaluaron cuatro alternativas químicas y una botánica para el manejo del acaro blanco. Las alternativas evaluadas fueron: Oberón, Caldo sulfacálcico, Nim, Azufre y Vertimec en comparación con el testigo (aplicación de agua). Las variables evaluada s en el estudio fueron: Identificación del acaro blanco y sus daños en las plantas de chiltoma, Acaro blanco ( Poliphagotarsonemus latus, Bank ) por planta, Incidencia y Severidad del daño de acaro blanco, rendimiento en (kg ha - 1 ), altura de la planta (cm). Para decidir el momento de las aplicaciones de los productos se realizaron monitoreos semanales con una lupa de 16x tomando como nivel crítico un acaro por hoja tierna. Los resultados obtenidos en el estudio indican que el tratamiento Oberón fue el que pr esentó las poblaciones más bajas del acaro blanco, además de ser el más efectivo en el manejo, ya que las plantas tratadas con este producto presentaron el porcentaje de severidad más bajo en comparación con los demás tratamientos en estudio. El análisis e conómico realizado en este estudio determinó que el tratamiento Oberón fue el que presentó el mayor rendimiento, menor costo variable y fue el que obtuvo el mayor beneficio neto en comparación con los demás tratamientos en estudio

Evaluación de alternativas botánicas y químicas para el manejo del acaro blanco (Poliphagotarsonemus latus, Bank)(Acarina: Tarsonemidae) e insectos plagas en el cultivo de chiltoma (Capsicum annuum L.) Tisma, Masaya

El ácaro blanco (Poliphagotarsonemus latus , Bank), es uno de los problemas fitosanitarios más severos para los productores de chiltoma ( Capsicum annuum , L.) en el municipio de Tisma, Masaya. Esta plaga ha provocado importantes pérdidas económicas, disminuyendo así la calidad de los frutos y aumentando los costos de producción. En vista de este problema en el municipio de Tisma, se realizó un estudio en el periodo comprendido entre los meses de Septiembre a Diciembre del año 2009, donde se evaluaron algunas alternativas botánicas y químicas para el manejo del acaro blanco. Las alternativas evaluadas fueron: Oberon, Chile+Ajo+Jabón, Rienda, Vertimec, Sulfato de Amonio. Los resultados obtenidos en el estudio indican que el tratamiento Rienda fue el tratamiento con mejor control en el manejo del acaro blanco (39%) comparado con el testigo, ya que las plantas tratadas con este producto presentaron el menor número de ácaros por planta (2.73), menor porcentaje de incidencia (33%) y severidad (19%) en comparación con los demás tratamientos evaluados. Los tratamientos que obtuvieron los mejores rendimientos en k/Ha fueron Vertimec con (12237) y Oberon con (10944), Sulfato de Amonio obtuvo (9353). En el análisis de tasa de retorno marginal el tratamiento Vertimec es el que obtuvo mejor resultado con 659.53%.

Evaluación de productos botánicos y químicos para el manejo del acaro blanco (Poliphagotarsonemus latus, Bank) y otras plagas claves en el cultivo de chiltoma (Capsicum annuum L.) y su efecto en los enemigos naturales en Tisma, Masaya

El ácaro blanco ( Poliphagotarsonemus latus , Bank), es uno de los problemas fitosanitarios más severos para los productores de chiltoma ( Capsicum annuum , L.) en el municipio de Tisma, Masaya. Esta plaga ha ocasionado importantes pérdidas económicas, ya que reduce los rendimientos, disminuyendo así la calidad de los frutos y aumenta los costos de producción. En vista de este problema en el municipio de Tisma, se realizó un estudio con en el objetivo de evaluar productos botánicos y químicos para el manejo del ácaro blanco en chiltoma en el período comprendido entre los meses de Julio a Octubre del año 2009, donde se evaluaron algunos productos botánicos y químicos para el manejo del ácaro blanco. Los productos evaluados fueron: Chile + Jabón, Oberón, Neem, Vertimec, Ajo + jabón en comparación con el Testigo. Las variables evaluadas fueron: Fluctuación poblacional del ácaro blanco , Incidencia y Severidad de daño de ácaro por planta, rendimiento (Kg/ha-1) y fluctuación poblacional de organismos plagas y benéficos asociados al cultivo de la chiltoma como: Mosca blanca ( Bemisia tabaci), Áfidos (Aphis gossypii ), Minador de la hoja ( Liriomyza sp ), Mariquitas ( Coccinella sp ), Hormigas ( Atta sp ) y Arañas. Los resultados obtenidos en el estudio indican que el tratamiento Oberón presento la menor fluctuación poblacional de ácaro blanco seguido por los tratamientos Vertimec y Chile + jabón, el tratamiento Oberón fue el tratamiento con menor incidencia y severidad del daño de ácaro. El análisis económico realizado en este estudio determinó que el tratamiento Oberón fue el que presentó el mayor rendimiento y obtuvo el mayor beneficio neto, por el contrario el tratamiento que presentó los mayores costos variables fue el tratamiento Vertimec, seguido por el Neem. Además en este estudio se muestrearon las fluctuaciones poblacionales de otros organismos plagas y benéficos relacionados al cultivo de la chiltoma, donde resultados de este estudio demuestran que los productos utilizados para el manejo del ácaro blanco no tienen ningún efecto en las poblaciones de estos insectos.

Plaguicidas botánicos y químicos para el control del ácaro blanco (Polyphagotarsonemus latus Bank) (Acarina: Tarsonemidae) en chiltoma (Capsicum annuum L.), Tisma, Masaya

El ácaro blanco (Polyphagotarsonemus latus Bank), es uno de los problemas fitosanitarios más severos para los productores de chiltoma (Capsicum annuum L.) en el municipio de Tisma, Masaya.Esta plaga ha ocasionado importantes pérdidas económicas, ya que reduce los rendimientos, disminuye la calidad de los frutos y aumenta los costos de producción. Por esta razón, en el municipio de Tisma, se realizó este estudio con en el objetivo de evaluar productos botánicos y químicos para el manejo del ácaro blanco en el cultivo de chiltoma durante el período de julio a octubre del año 2009. Los productos evaluados fueron: Chile + Jabón, Oberón, Neem, Vertimec, Ajo + jabón en comparación con el testigo. Las variables evaluadas fueron: fluctuación poblacional del ácaro blanco, incidencia y severidad de daño de ácaro por planta, y rendimiento en kg ha-1. Los resultados obtenidos indican que el tratamiento Oberón presentó la menor fluctuación poblacional de ácaro blanco, seguido por los tratamientos Vertimec y Chile + jabón, el tratamiento Oberón fue el tratamiento con menor incidencia y severidad del daño causado por el ácaro. El análisis económico realizado en este estudio determinó que el tratamiento Oberón fue el que presentó mayor rendimiento y beneficio neto, por el contrario el tratamiento que presentó los mayores costos variables fue el tratamiento Vertimec, seguido por el Neem.

Manejo del complejo plagas raspadores chupadores ácaro blanco (Polyphagotarsonemus latus, Bank) y trips (Frankliniella occidentalis, Pergande.) en chiltoma (Capsicum annum L.) en campo abierto, Managua, Nicaragua 2014

El ácaro blanco ( Polyphagotarsonemus latus, Bank ) y Trips ( Frankliniella occidentalis , Pergande ) se han convertido en problemas fitosanitarios importantes en el cultivo de Chiltoma ( Capsicum annuum , L.), e stas plagas han provocado importantes pérdidas e conómicas, disminuyendo así la calidad de los frutos y aumentando los costos de producción. Se realizó un e studio entre los meses de octubre del 2014 y enero del 2015 en la finca el plantel de la Universidad Nacional Agraria, con el propósito de encontrar alternativas que den solución al problema. Se utilizó un diseño bifactorial en parcelas divididas con un arreglo en BCA. El factor cobertura plástica mulch con dos niveles (con y sin cobert ura) y el factor tipo de manejo con cuatro niveles (Químico sintético, Entomopatógenos , Químico sintético + Entomopatógenos y testigo) para un total de ocho tratamientos con tres repeticiones. Se evaluó el uso de plástico mulch en la parcela grande y el tipo de manejo en la parcela pequeña. El tipo de manejo Químico sintético (Spiromesifen, Imidacloprid, Spinosad, Muralla delt a y Abamectina), manejo Entomopatógenos ( Beauveria bassiana y Metarhizium anisopliae ) y un manejo con productos Químico sintético + Entomopatógenos . Los resultados demostraron diferencias significativas en la interacción de los tratamientos para la variab le número de ácaros por planta . De acuerdo a la prueba de Tuckey aplicada para el factor manejo , los tratamientos evaluados se ubican en la misma categoría estadística a excepción del testigo . Los mismos factores y sus respectivos niveles evaluados , no t uvieron efecto sobre la variable número de Trips por planta. En el análisis de rendimiento mostró diferencias significativas en el factor cobertura ( α= 0.00013336 ) ; el uso de plástico mulch obtuvo mayor rendimiento con 7,405 kg/ha . Segú n la tasa de retorno marginal , el tratamiento más rentable fue con cobertura testigo ya que presentó una ta sa de retorno marginal de 743.82 %