Synthesis of 3 '-S-phosphorothiolate oligonucleotides for their potential use in RNA interference

The potency of RNA interference (RNAi) undoubtedly can be improved through chemical modifications to the small interfering RNAs (siRNA). By incorporation of the 3′-S-phosphorothiolate modification into strands of RNA, it is hoped that specific regions of a siRNA duplex can be stabilised to enhance the target binding affinity of a selected antisense strand into the activated RNA-induced silencing complex (RISC*). Oligonucleotides composed entirely of this modification are desirable so unconventional 5′ → 3′ synthesis is investigated, with initial solution-phase testing proving successful. The phosphoroamidite monomer required for solid-phase synthesis has also been produced.

Trends in adult body-mass index in 200 countries from 1975 to 2014: a pooled analysis of 1698 population-based measurement studies with 19·2 million participants

Background Underweight and severe and morbid obesity are associated with highly elevated risks of adverse health outcomes. We estimated trends in mean body-mass index (BMI), which characterises its population distribution, and in the prevalences of a complete set of BMI categories for adults in all countries. Methods We analysed, with use of a consistent protocol, population-based studies that had measured height and weight in adults aged 18 years and older. We applied a Bayesian hierarchical model to these data to estimate trends from 1975 to 2014 in mean BMI and in the prevalences of BMI categories (<18·5 kg/m2 [underweight], 18·5 kg/m2 to <20 kg/m2, 20 kg/m2 to <25 kg/m2, 25 kg/m2 to <30 kg/m2, 30 kg/m2 to <35 kg/m2, 35 kg/m2 to <40 kg/m2, ≥40 kg/m2 [morbid obesity]), by sex in 200 countries and territories, organised in 21 regions. We calculated the posterior probability of meeting the target of halting by 2025 the rise in obesity at its 2010 levels, if post-2000 trends continue. Findings We used 1698 population-based data sources, with more than 19·2 million adult participants (9·9 million men and 9·3 million women) in 186 of 200 countries for which estimates were made. Global age-standardised mean BMI increased from 21·7 kg/m2 (95% credible interval 21·3–22·1) in 1975 to 24·2 kg/m2 (24·0–24·4) in 2014 in men, and from 22·1 kg/m2 (21·7–22·5) in 1975 to 24·4 kg/m2 (24·2–24·6) in 2014 in women. Regional mean BMIs in 2014 for men ranged from 21·4 kg/m2 in central Africa and south Asia to 29·2 kg/m2 (28·6–29·8) in Polynesia and Micronesia; for women the range was from 21·8 kg/m2 (21·4–22·3) in south Asia to 32·2 kg/m2 (31·5–32·8) in Polynesia and Micronesia. Over these four decades, age-standardised global prevalence of underweight decreased from 13·8% (10·5–17·4) to 8·8% (7·4–10·3) in men and from 14·6% (11·6–17·9) to 9·7% (8·3–11·1) in women. South Asia had the highest prevalence of underweight in 2014, 23·4% (17·8–29·2) in men and 24·0% (18·9–29·3) in women. Age-standardised prevalence of obesity increased from 3·2% (2·4–4·1) in 1975 to 10·8% (9·7–12·0) in 2014 in men, and from 6·4% (5·1–7·8) to 14·9% (13·6–16·1) in women. 2·3% (2·0–2·7) of the world's men and 5·0% (4·4–5·6) of women were severely obese (ie, have BMI ≥35 kg/m2). Globally, prevalence of morbid obesity was 0·64% (0·46–0·86) in men and 1·6% (1·3–1·9) in women. Interpretation If post-2000 trends continue, the probability of meeting the global obesity target is virtually zero. Rather, if these trends continue, by 2025, global obesity prevalence will reach 18% in men and surpass 21% in women; severe obesity will surpass 6% in men and 9% in women. Nonetheless, underweight remains prevalent in the world's poorest regions, especially in south Asia.

Strand Analysis, a free online program for the computational identification of the best RNA interference (RNAi) targets based on Gibbs free energy

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Risco de cárie e estado nutricional de escolares da rede pública de ensino de Boa Esperança do Sul-SP

Pós-graduação em Alimentos e Nutrição - FCFAR

Compilação para arquitetura reconfigurável

Pós-graduação em Ciência da Computação - IBILCE

Analysis of energetically biased transcripts of viruses and transposable elements

RNA interference (RNAi) is a natural endogenous process by which double-stranded RNA molecules trigger potent and specific gene silencing in eukaryotic cells and is characterized by target RNA cleavage. In mammals, small interfering RNAs (siRNAs) are the trigger molecules of choice and constitute a new class of RNA-based antiviral agents. In an efficient RNAi response, the antisense strand of siRNAs must enter the RNA-induced silencing complex (RISC) in a process mediated by thermodynamic features. In this report, we hypothesize that silent mutations capable of inverting thermodynamic properties can promote resistance to siRNAs. Extensive computational analyses were used to assess whether continuous selective pressure that promotes such mutations could lead to the emergence of viral strains completely resistant to RNAi (i.e., prone to transfer only the sense strands to RISC). Based on our findings, we propose that, although synonymous mutations may produce functional resistance, this strategy cannot be systematically adopted by viruses since the longest RNAi-refractory sequence is only 10 nt long. This finding also suggests that all mRNAs display fluctuating thermodynamic landscapes and that, in terms of thermodynamic features, RNAi is a very efficient antiviral system since there will always be sites susceptible to siRNAs.

La fortaleza mental en deportistas de alto rendimiento con deficiencia visual

Programa de doctorado: Comportamiento humano en contextos deportivos, de ejercicio y actividad física

Die funktionelle Bedeutung von MSP und Lactadherin im Rahmen der Atherosklerose

Im Rahmen dieser Arbeit wurde der Einfluss zweier möglicher Biomarker auf die Atherosklerose untersucht.rnMilk fat globule-EGF factor 8 (MFG-E8, Lactadherin) ist ein Glycoprotein, das vornehmlich von Makrophagen, glatten Muskelzellen und Endothelzellen sezerniert wird. MFG-E8-/--Mäuse zeigen vermehrt apoptotische Zellen in der atherosklerotischen Plaque, verstärkte Inflammationszeichen und vergrößerte Läsionen. In situ-Hybridisierung und Immunfluoreszenz zeigen eine starke Lactadherin-Expression in den Schaumzellen atherosklerotischer Plaques von Apo E-/-, Apo E-/-/GPx 1-/-und LDLR-/- Mäusen, vor allem in der Nähe des Lipid Core. Dort kolokalisiert Lactadherin mit dem Makrophagenmarker CD 68 und dem Chemokin Fraktalkin, das die MFG-E8 Sekretion stimuliert und so die Phagocytose forciert. Untersuchungen mittels RTD-PCR ergaben, dass Peritonealmakrophagen der Genotypen Apo E-/-, Apo E-/-/GPx 1-/- und GPx 1-/-, deren Gemeinsamkeit eine höhere Empfindlichkeit gegenüberrnoxidativem Stress ist, mehr Lactadherin exprimieren als andere Genotypen (B6, LDLR-/-). Die Inkubation muriner oder humaner Makrophagen mit oxLDL und eLDL hat keinen Einfluss auf die Expression der MFG-E8 mRNA. Der Kontakt mit apoptotischer Zellen hingegen erhöht die Expression signifikant. Lactadherin ist entscheidend für die effektive Phagozytose apoptotischer Zellen in der atherosklerotischen Läsion. Seine Expression wird vermutlich durch die Apoptose in der Nähe liegender Zellen und das verstärkte Vorkommen von ROS reguliert. Macrophage stimulating protein (MSP) übt Einfluss auf Migration, Proliferation und Phagocytose von Makrophagen aus. Seine Beteiligung an inflammatorischen Vorgängen und der Karzinogenese ist intensiv untersucht worden, nicht jedoch der Einfluss auf die Atherosklerose. Es ist bekannt, dass der SNP rs3197999 mit chronisch entzündlichen Darmerkrankungen (CED) assoziiert ist. Zudem geht er vermutlich mit einem erniedrigten Atheroskleroserisiko einher. Der Polymorphismus c2078t hat den Aminosäureaustausch R689C zur Folge. Rekombinant erzeugtes, mutantes und wildtypisches MSP induziert Migration und Proliferation bei THP-1-Makrophagen. MSPmut vermittelt dies jedoch wesentliche effektiver als MSPwt. Apoptose hingegen wird durch keine der Formen induziert. R689C führt zu einem “gain of function” des MSP-Proteins in Bezug auf die Proliferations- und Migrationsfähigkeit von Makrophagen und verändert vermutlich deren Cytokinfreisetzung. Dies führt möglicherweise zu einer erhöhten Phagocytoseeffizienz in der atherosklerotischen Läsion (erniedrigtes Atherosklerose-Risiko), und zu einer aberranten immunologischen Reaktion im Rahmen der CED (erhöhtes CED-Risiko).

Charakterisierung der Proteine CEP164 und ppdpf sowie deren Einordnung in den mitotischen Kontext

Eine regelgerechte bipolare Mitose und die fehlerfreie Aufteilung duplizierter DNA ist die Voraussetzung für die Entwicklung aller Lebewesen. Treten Fehler bei diesem grundsätzlichen Prozess auf, ist entweder der Zelltod oder die maligne Entartung der Zelle die Folge. Daher ist es von zentraler Bedeutung, die Vorgänge während der Zellteilung zu verstehen und die Funktion der an diesem Prozess beteiligten Proteine aufzudecken. Im Vorfeld dieser Arbeit wurden im Rahmen eines siRNA-Screens genomweit alle Proteine durch RNA-Interferenz depletiert und die Mitosen nach erfolgter RNAi phänotypisch untersucht. Ein besonderes Augenmerk lag dabei auf der Entwicklung multipolarer Spindeln durch Defekte in der Zentrosomenbündelung. Dadurch wurden unter anderem die Proteine CEP164 und ppdpf identifiziert. Da weder für CEP164 noch für ppdpf mitotische Funktionen bekannt sind, war es Ziel dieser Arbeit, die beiden Proteine eingehender zu charakterisieren und in den Kontext der Mitose einzuordnen. rnIm Rahmen der vorliegenden Arbeit konnte gezeigt werden, dass CEP164 einer komplexen mitotischen Regulation unterliegt. Die in Interphase durchweg zentrosomale Lokalisation von CEP164 geht in der Mitose verloren. Es wird demonstriert, dass CEP164 während der Mitose unter anderem von CDK1 phosphoryliert wird und des Weiteren ubiquitinyliert wird. Als Interaktionspartner wurde das zentrosomale Protein Ninein identifiziert und demonstriert, dass sich CEP164 mit diesem in einem Komplex von ~2MDA befindet. Als weiterer Interaktionspartner wurde das Ninein-like-Protein ermittelt. Im Hinblick auf die Induktion multipolarer Mitosen wurde gezeigt, dass die Depletion von CEP164 nicht dafür verantwortlich ist. Die Induktion multipolarer Spindeln ist stattdessen darin begründet, dass durch die Transfektion einer siRNA gegen CEP164 auch ein für die Ausbildung der mitotischen Spindel elementares Protein, Ch-TOG, depletiert wird.rnIm Gegensatz dazu wurde im Rahmen dieser Arbeit bestätigt, dass das Protein ppdpf eine wichtige mitotische Funktion übernimmt. Zwar führt die Depletion von ppdpf nur zu einer sehr geringen Zunahme multipolarer Mitosen, allerdings steigt die Zahl aberranter Mitosen deutlich an, während die Spannung innerhalb mitotischer Spindeln abnimmt. Desweiteren konnte nachgewiesen werde, dass ppdpf-RNAi die Entwicklung von „lagging chromosomes“ und nachfolgend von Mikrokernen begünstigt. Es wurde gezeigt, dass ppdpf während der Mitose an Spindelmikrotubuli lokalisiert und spezifisch acetyliertes Tubulin bindet. Diese Interaktion hatte allerdings keinen Einfluss auf die Stabilität von Mikrotubuli während der Mitose. Das Protein ppdpf interagiert zudem mit dem Kinesin Eg5, wobei ppdpf-RNAi allerdings nicht zu einer Modulation der Aktivität von Eg5 zu führen scheint. Inwiefern diese Eigenschaften die Entwicklung von „lagging chromosomes“ begünstigen ist derzeit noch offen.

Integración del descodificador OpenSVC en el DSP del OMAP3530

Hoy en día el uso de dispositivos portátiles multimedia es ya una realidad totalmente habitual. Además, estos dispositivos tienen una capacidad de cálculo y unos recursos gráficos y de memoria altos, tanto es así que por ejemplo en un móvil se pueden reproducir vídeos de muy alta calidad o tener capacidad para manejar entornos 3D. El precio del uso de estos recursos es un mayor consumo de batería que en ocasiones es demasiado alto y acortan en gran medida la vida de la carga útil de la batería. El Grupo de Diseño Electrónico y Microelectrónico de la Universidad Politécnica de Madrid ha abierto una línea de trabajo que busca la optimización del consumo de energía en este tipo de dispositivos, concretamente en el ámbito de la reproducción de vídeo. El enfoque para afrontar la solución del problema se basa en obtener un mayor rendimiento de la batería a costa de disminuir la experiencia multimedia del usuario. De esta manera, cuando la carga de la batería esté por debajo de un determinado umbral mientras el dispositivo esté reproduciendo un vídeo de alta calidad será el dispositivo quien se autoconfigure dinámicamente para consumir menos potencia en esta tarea, reduciendo la tasa de imágenes por segundo o la resolución del vídeo que se descodifica. Además de lo citado anteriormente se propone dividir la descodificación y la representación del vídeo en dos procesadores, uno de propósito general y otro para procesado digital de señal, con esto se consigue que tener la misma capacidad de cálculo que con un solo procesador pero a una frecuencia menor. Para materializar la propuesta se usará la tarjeta BeagleBoard basada en un procesador multinúcleo OMAP3530 de Texas Instrument que contiene dos núcleos: un ARM1 Cortex-A8 y un DSP2 de la familia C6000. Este procesador multinúcleo además permite modificar la frecuencia de reloj y la tensión de alimentación dinámicamente para conseguir reducir de este modo el consumo del terminal. Por otro lado, como reproductor de vídeos se utilizará una versión de MPlayer que integra un descodificador de vídeo escalable que permite elegir dinámicamente la resolución o las imágenes por segundo que se decodifican para posteriormente mostrarlas. Este reproductor se ejecutará en el núcleo ARM pero debido a la alta carga computacional de la descodificación de vídeos, y que el ARM no está optimizado para este tipo de procesado de datos, el reproductor debe encargar la tarea de la descodificación al DSP. El objetivo de este Proyecto Fin de Carrera consiste en que mientras el descodificador de vídeo está ejecutándose en el núcleo DSP y el Mplayer en el núcleo ARM del OMAP3530 se pueda elegir dinámicamente qué parte del vídeo se descodifica, es decir, seleccionar en tiempo real la calidad o capa del vídeo que se quiere mostrar. Haciendo esto, se podrá quitar carga computacional al núcleo ARM y asignársela al DSP el cuál puede procesarla a menor frecuencia para ahorrar batería. 1 ARM: Es una arquitectura de procesadores de propósito general basada en RISC (Reduced Instruction Set Computer). Es desarrollada por la empresa inglesa ARM holdings. 2 DSP: Procesador Digital de Señal (Digital Signal Processor). Es un sistema basado en procesador, el cual está orientado al cálculo matemático a altas velocidad. Generalmente poseen varias unidades aritmético-lógicas (ALUs) para conseguir realizar varias operaciones simultáneamente. SUMMARY. Nowadays, the use of multimedia devices is a well known reality. In addition, these devices have high graphics and calculus performance and a lot of memory as well. In instance, we can play high quality videos and 3D environments in a mobile phone. That kind of use may increase the device's power consumption and make shorter the battery duration. Electronic and Microelectronic Design Group of Technical University of Madrid has a research line which is looking for optimization of power consumption while these devices are playing videos. The solution of this trouble is based on taking more advantage of battery by decreasing multimedia user experience. On this way, when battery charge is under a threshold while device is playing a high quality video the device is going to configure itself dynamically in order to decrease its power consumption by decreasing frame per second rate, video resolution or increasing the noise in the decoded frame. It is proposed splitting decoding and representation tasks in two processors in order to have the same calculus capability with lower frecuency. The first one is specialized in digital signal processing and the other one is a general purpose processor. In order to materialize this proposal we will use a board called BeagleBoard which is based on a multicore processor called OMAP3530 from Texas Instrument. This processor includes two cores: ARM Cortex-A8 and a TMS320C64+ DSP core. Changing clock frequency and supply voltage is allowed by OMAP3530, we can decrease the power consumption on this way. On the other hand, MPlayer will be used as video player. It includes a scalable video decoder which let us changing dynamically the resolution or frames per second rate of the video in order to show it later. This player will be executed by ARM core but this is not optimized for this task, for that reason, DSP core will be used to decoding video. The target of this final career project is being able to choose which part of the video is decoded each moment while decoder is executed by DSP and Mplayer by ARM. It will be able to change in real time the video quality, resolution and frames per second that user want to show. On this way, reducing the computational charge within the processor will be possible.

Provisión de servicios de procesado de imágenes basados en arquitecturas orientadas a servicios

Con este proyecto se pretende crear un procedimiento general para la implantación de aplicaciones de procesado de imágenes en cámaras de video IP y la distribución de dicha información mediante Arquitecturas Orientadas a Servicios (SOA). El objetivo principal es crear una aplicación que se ejecute en una cámara de video IP y realice un procesado básico sobre las imágenes capturadas (detección de colores, formas y patrones) permitiendo distribuir el resultado del procesado mediante las arquitecturas SOA descritas en la especificación DPWS (Device Profile for Web Services). El estudio se va a centrar principalmente en la transformación automática de código de procesado de imágenes escrito en Matlab (archivos .m) a un código C ANSI (archivos .c) que posteriormente se compilará para la arquitectura del procesador de la cámara (arquitectura CRIS, similar a la RISC pero con un conjunto reducido de instrucciones). ABSTRACT. This project aims to create a general procedure for the implementation of image processing applications in IP video cameras and the distribution of such information through Service Oriented Architectures (SOA). The main goal is to create an application that runs on IP video camera and carry out a basic processing on the captured images ( color detection, shapes and patterns) allowing to distribute the result of process by SOA architectures described in the DPWS specification (Device Profile for Web Services). The study will focus primarily on the automated transform of image processing code written in Matlab files (. M) to ANSI C code files (. C) which is then compiled to the processor architecture of the camera (CRIS architecture , similar to the RISC but with a reduced instruction set).

PERCEPÇÃO DE SUCESSO NA CARREIRA E RESILIÊNCIA: UM ESTUDO COM ADMINISTRADORES

Sucesso profissional está relacionado à satisfação do indivíduo com a sua carreira em longo prazo. Essa satisfação deriva de aspectos intrínsecos e extrínsecos, referentes a uma dimensão objetiva - aspectos mais visíveis do sucesso na carreira - que inclui: salários, progressão profissional, status e oportunidades de desenvolvimento de carreira, como promoção; e outra subjetiva, que se refere à interpretação pessoal do que seja sucesso, em especial na carreira: satisfação com o trabalho, orgulho, sentimentos de autorrealização, dentre outros. A percepção do sucesso com a carreira pode estar associada a características individuais como, por exemplo, a resiliência, que representa o processo dinâmico de adaptação positiva frente às adversidades. Na literatura, não foram localizados estudos que relacionem ambas as variáveis, isto é, sobre o quanto a resiliência pessoal pode contribuir para a percepção de sucesso na carreira. A fim de investigar essa influência, esta pesquisa tem como objetivo principal identificar se resiliência pessoal de administradores prediz sua percepção de sucesso na carreira. Participaram 137 administradores, formados em diversas instituições, sendo 56,1% do sexo feminino e 43,7% do sexo masculino, com idade média de 33 anos, divididos entre casados ou solteiros (44,5% para ambos). Os dados foram coletados por meio de um questionário sociodemográfico, baseado na Escala de Percepção de Sucesso na Carreira e da Connor-Davidson Resilience Scale (CD-RISC). As respostas compuseram um banco eletrônico de dados e foram analisados por meio do Statistical Package for the Social Sciences (SPSS). Resultados de análises de regressão hierárquica revelaram que resiliência prediz 5,5% da percepção do sucesso na carreira objetiva e 9% da percepção de sucesso na carreira subjetiva. Ao acrescentar a interação entre idade e tempo de trabalho, o poder de predição de ambos os modelos, tanto para sucesso objetivo, quanto para o subjetivo, elevou-se substancialmente, chegando ao dobro. Resiliência contribui para que os participantes percebam sucesso na carreira em ambas as dimensões, objetiva e subjetiva, e a predição é potencializada pela interação entre idade e tempo de trabalho. Os achados deste estudo confirmaram a hipótese levantada. O estudo trouxe contribuições para a área, mas também foram reconhecidas limitações, em função das quais foi proposta uma agenda de pesquisa para estudos futuros.

RESILIÊNCIA EM TRABALHADORES: IMPACTO DA AUTO- EFICÁCIA E DA PERCEPÇÃO DE SUPORTE SOCIAL

Resiliência representa o processo dinâmico envolvendo a adaptação positiva no contexto de adversidade significativa. Estudos sobre o conceito têm aumentado com o advento da Psicologia Positiva, pelos potenciais efeitos na saúde e no desempenho dos trabalhadores. Outros conceitos importantes para a saúde circunscritos no escopo da Psicologia Positiva no contexto de trabalho são os de auto-eficácia, definida como crenças das pessoas sobre suas capacidades e/ou seu exercício de controle sobre os eventos que afetam sua vida e o de suporte social no trabalho, que compreende a percepção do quanto o contexto laborativo oferece apoio aos trabalhadores. Pouca literatura existe sobre resiliência no contexto de trabalho e nenhum estudo envolvendo os três construtos foi encontrado. Por isto, esta investigação analisou o impacto da auto-eficácia e da percepção de suporte social no trabalho sobre a resiliência de trabalhadores. Participaram 243 universitários trabalhadores da região metropolitana de São Paulo, com idade média de 23 anos (DP=6,2 anos), em sua maioria do sexo feminino (69,5%), cristãos (católicos=51,5%; protestantes=18,1%), atuantes em cargos de apoio administrativo e técnico (49,1%), oriundos de organizações de diversos ramos. Foi aplicado um questionário para coletar dados sócio-demográficos dos participantes e três escalas brasileiras válidas para medir a percepção de suporte social no trabalho (Escala de Percepção de Suporte Social no Trabalho EPSST), as crenças de auto-eficácia (Escala de Auto-eficácia Geral Percebida) e nível de resiliência (Escala de Resiliência de Connor-Davidson CD-RISC-10). Foram realizadas análises estatísticas exploratórias e descritivas, análises de regressão stepwise, análises de variância (ANOVA) e teste t para descrever participantes, variáveis e testar o modelo. Os dados revelaram que os universitários trabalhadores apresentam níveis de resiliência e auto-eficácia acima da média e de suporte social no trabalho, na média. Auto-eficácia se confirmou como preditor significativo de resiliência ao contrário dos três tipos de percepção de suporte social no trabalho (informacional, emocional e instrumental). Os achados indicaram a necessidade de aprofundamento sobre o tema e foi apontada a necessidade de novos estudos que auxiliem na compreensão dos resultados desta investigação.

ARM processor modeling at a cycle accurate level in systemC

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

ARM processor modeling at a cycle accurate level in systemC

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.