Utilisation de tissus de cancer de vessie archivés en paraffine pour l'analyse de l'expression de gènes immunorégulateurs

Introduction : Le cancer de la vessie est la 4ème cause de cancer en Europe, chez l'homme. Dans 70% des¦cas, le diagnostic initial de cancer transitionnel de la vessie est non-musculo invasif mais jusqu'à 45%¦progresseront en tumeur musculo-invasive selon des facteurs de risques qui ont été scorés par¦l'Organisation européenne de recherche sur le traitement du cancer (EORTC). Après résection¦endoscopique transuréthrale vésicale (RTUV) de la tumeur, une instillation intravésicale (ives) d'agents¦chimiothérapeutiques ou d'immunomodulateurs tel que le Bacille Calmette Guérin (BCG) permet de¦réduire les récurrences/progressions. Cependant l'utilisation du BCG est limitée aux patients avec un risque¦de progression haut et intermédiaire au vu des effets secondaires occasionnés. Le système immunitaire¦joue un rôle certain dans l'évolution d'un processus néoplasique. Toutefois, les cancers adoptent différents¦mécanismes pour supprimer la réponse antitumorale. La variation de l'environnement immunologique¦tumoral pourrait avoir une valeur pronostique pour l'évolution naturelle de la maladie. Le but de notre¦étude est d'utiliser des coupes paraffines archivées de RTUV afin de définir l'environnement immunitaire¦des carcinomes urothéliaux non musculo-invasifs, en particulier les caractéristiques immunosuppressives,¦comme prédictif d'un comportement de progression néoplasique.¦Méthodologie : L'exploration d'une base de données de patients suivis pour le cancer de la vessie au¦CHUV afin de faire un choix des coupes de RTUV à examiner a été réalisée. Une approche transversale a été¦abordée en regroupant des patients de stades tumoraux différents ou en évaluant des foyers tumoraux¦multiples au sein de la vessie d'un même patient à un moment donné (i.e lors d'une même RTUV). Une¦approche longitudinale a également été adoptée avec comme objectif de comparer, chez le même patient,¦des tumeurs de stades, de grades et de score de risque de progression de l'EORTC différents au cours du¦temps. L'ARN des tissus de RTUV fixés au formol et enrobés en paraffine a été extrait et purifié. Un kit¦d'amplification en temps réel par réaction en chaîne par polymérase (RCP) pour 84 gènes impliqués dans¦l'anergie des cellules T et la tolérance immunitaire a été utilisé.¦Résultat : Nous avons réuni les informations cliniques de 157 sujets atteints de tumeur vésicale non¦musculo-invasive. 35% des sujets ont reçu une chimiothérapie ives et 40 % ont reçu du BCG ives. Les troisquarts¦de ces derniers ont reçu un cycle de BCG complet (6 semaines). Néanmoins, 38 % d'entre eux vont¦tout de même subir une progression de leur cancer. Les scores de progression de l'EORTC ont pu être¦calculés pour 94 sujets (39% haut risque, 42 % risque intermédiaire et 19% bas risque). 76% des patients à¦haut risque a été traité avec du BCG ives. Parmi les patients avec un risque intermédiaire de progression,¦seuls 15 % ont effectivement progressé incluant 2 patients avec des échantillons de RTUV disponibles pour¦analyse. L'analyse par RCP s'est focalisée sur une approche longitudinale incluant 6 patients suivis sur une¦longue période avec de multiples RTUV. 29 échantillons ont été sélectionnés, leur ARN purifiés, mais seuls¦16 ARN se sont révélés en quantité et qualité suffisante pour être analysé par RCP. L'analyse par RCP¦quantitative en temps réel a montré des problèmes dans la quantification de l'ADN génomique, ainsi que¦des gènes domestiques. Ceci a grandement handicapé nos analyses et n'a pas permis la mise en évidence¦convaincante de gènes immuno-modulateurs associés à la progression du cancer de la vessie.¦Discussion : Notre analyse du suivi des patients au CHUV montre que les chirurgiens façonnent leur prise¦en charge durant l'intervention selon des critères adaptés à la situation et tendent ainsi à une stratification¦des risques permettant un traitement adapté, de la même manière que le permet le score de l'EORTC, en¦tous cas en ce qui concerne les patients à haut risque de progression. Les nombreux facteurs impliqués¦dans le cancer de la vessie montrent néanmoins qu'il y aurait des avantages à rationaliser la prise en charge. L'archivage de tissus fixé au formol et enrobé en paraffine a l'avantage de représenter une source¦de matériel considérable et de grande valeur pour la recherche. Néanmoins, malgré l'évolution des¦techniques et la publicité des fabricants, il s'est avéré difficile d'exploiter ce matériel délicat pour en¦obtenir des résultats convaincants.

Intégration de méthodes de data mining dans le renseignement criminel : analyse par des structures issues de la théorie des graphes dans le profilage des stupéfiants

Data mining can be defined as the extraction of previously unknown and potentially useful information from large datasets. The main principle is to devise computer programs that run through databases and automatically seek deterministic patterns. It is applied in different fields of application, e.g., remote sensing, biometry, speech recognition, but has seldom been applied to forensic case data. The intrinsic difficulty related to the use of such data lies in its heterogeneity, which comes from the many different sources of information. The aim of this study is to highlight potential uses of pattern recognition that would provide relevant results from a criminal intelligence point of view. The role of data mining within a global crime analysis methodology is to detect all types of structures in a dataset. Once filtered and interpreted, those structures can point to previously unseen criminal activities. The interpretation of patterns for intelligence purposes is the final stage of the process. It allows the researcher to validate the whole methodology and to refine each step if necessary. An application to cutting agents found in illicit drug seizures was performed. A combinatorial approach was done, using the presence and the absence of products. Methods coming from the graph theory field were used to extract patterns in data constituted by links between products and place and date of seizure. A data mining process completed using graphing techniques is called ``graph mining''. Patterns were detected that had to be interpreted and compared with preliminary knowledge to establish their relevancy. The illicit drug profiling process is actually an intelligence process that uses preliminary illicit drug classes to classify new samples. Methods proposed in this study could be used \textit{a priori} to compare structures from preliminary and post-detection patterns. This new knowledge of a repeated structure may provide valuable complementary information to profiling and become a source of intelligence.

Pouvoir discrétionnaire et redevabilité de la bureaucratie de guichet : les taxateurs d'une caisse de chômage comme acteurs de mise en oeuvre

Résumé en français La thèse de doctorat porte, de manière générale, sur le rôle des acteurs administratifs dans la mise en oeuvre de l'action publique. En particulier, dans le contexte de l'implémentation de la politique suisse d'assurance-chômage, la recherche se focalise sur l'étude de la bureaucratie de guichet, à savoir un type spécifique d'administrations et d'agents publics situés aux premières lignes de l'action étatique et qui sont en contact direct et quotidien avec les usagers. La thèse a pour objectif principal d'obtenir une compréhension détaillée des impacts concrets dont sont porteurs deux types de réformes majeures du secteur public : les réformes de Nouvelle Gestion Publique (NGP) et les nouvelles technologies informatiques. Le questionnement central de la recherche consiste en une étude approfondie des effets de ces réformes sur les bureaucraties de guichet, et en particulier sur deux aspects centraux les concernant : d'une part, le niveau de pouvoir discrétionnaire que les agents publics de base disposent dans l'application de la loi fédérale sur l'assurance-chômage, autrement dit leur marge de manoeuvre ; d'autre part, les manières au travers desquelles ces mêmes agents sont appelés à rendre des comptes quant à leurs actions et leurs décisions, à savoir l'enjeu plus large de la redevabilité publique des acteurs administratifs. Ces enjeux ont été analysés au niveau empirique dans le contexte organisationnel d'une caisse publique cantonale de chômage ayant expérimenté les réformes évoquées ci-dessus. L'organisation choisie a été investiguée au travers d'une étude de cas ethnographique approfondie (observation directe du travail quotidien des agents, entretiens semi-directifs, analyse de documents) pendant une période de six mois environ entre 2008 et 2009. L'analyse empirique fournit quatre résultats : a) de manière générale, les taxateurs de la caisse de chômage disposent d'un faible niveau de pouvoir discrétionnaire ; b) le degré de pouvoir discrétionnaire varie selon le type de tâche ; c) les agents sur le terrain rendent des comptes auprès d'une multiplicité d'acteurs, sur une variété d'aspects de leur travail et au travers de différents mécanismes de contrôle ; d) les outils de NGP et les nouvelles technologies informatiques ont peu d'impact sur l'étendue du pouvoir discrétionnaire des agents mais contribuent à influencer le type de redevabilité publique pratiquée à ce niveau. Summary in English This PhD dissertation deals with the role of public administration in policy implementation. In the Swiss context of unemployment insurance policy, it focuses on street-level bureaucracy, a specific type of public organisations and agents located at the frontline of public action, that is to say low-level civil servants who are in direct, daily and face-to-face contact with citizens. The dissertation aims at a deep understanding of what are the concrete impacts of two main important changes touching public sector organizations : New Public Management reforms (NPM) and Information and Communication technologies (ICT). The main research question consists in assessing the impacts of those reforms on two central issues regarding street-level bureaucrats : on the one hand, the effective degree of discretion frontline agents do have in implementing the federal law on unemployment insurance ; on the other hand, the ways through which these bureaucrats are held accountable about their action and decisions, i.e. accountability regimes at the street-level. These issues have been empirically addressed in the organisational context of a cantonal Unemployment Insurance Funds having experienced the above mentioned reforms. The organisation has been investigated through an in-depth ethnographic case-study (direct observation of daily work, semi-structured interwiews, documentary analysis) in 2008 and 2009 for approximately six months. The empirical analysis indicates that a) in general, street-level agents do exert low degree of policy discretion; b) the level of discretion is variable from one specific task to another ; c) frontline workers are held accountable to many actors, on various aspects of their work and through different mechanisms of control ; d) NPM and ICT instruments have few impact on the issue of policy discretion but more on the type of street-level accountability which is concretely practised at this level.

Traité élémentaire d'hygiène privée et publique, par A. Becquerel,... 3e édition avec additions et bibliographie, par le Dr E. Beaugrand,...

Comprend : Additions et bibliographies...