ReefBase - a global database of coral reef systems and their resources

ReefBase a global database of coral reefs systems and their resources was initiated at International Center for Living Aquatic Resources Management (ICLARM), Philippines in November 1993. The CEC has provided funding for the first two years and the database was developed in collaboration with the World Conservation Monitoring Centre in Cambridge, UK, as well as other national, regional, and international institutions. The ReefBase project activities and what ICLARM will do to accomplish the project objectives are briefly discussed.

A database for the industrial trawl fishery of Cote d'Ivoire

Fishery statistics for the industrial trawl fishery of Cote d'Ivoire have been well documented since 1968. However, data processing has changed significantly with time and some of the data files have been lost. In 1997, the Centre de Recherches Oceanologiques d'Abidjan decided to retrieve and process all trawl data available from different sources. This paper gives an overview of the database covering the period 1968 to 1997 and describes its coverage, format, structure and use. The database was developed using MS ACCESS and is a powerful tool for storing information about this fishery, and for analysis of its dynamics over a period of 30 years.

A relational database of post-harvest fish losses

The article describes FISHLOSS, a database of post-harvest fish losses devised by the Natural Resources Institute (NRI), UK. The database contains 450 records of post-harvest fish losses from 150 sources. The majority of the estimates are shelf-life estimates. Designed to be a reference for people studying post-harvest fish losses, it draws attention to areas requiring future research to identify significant losses and the factors which cause them. All researchers and users are encouraged to send NRI their own estimates for inclusion in revised versions of FISHLOSS.

Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.