Molecular characterization of a retrotransposon in the Rhynchosciara americana genome and its association with telomere

Non-LTR retrotransposons, also known as long interspersed nuclear elements (LINEs), are transposable elements that encode a reverse transcriptase and insert into genomic locations via RNA intermediates. The sequence analysis of a cDNA library constructed from mRNA of the salivary glands of R. americana showed the presence of putative class I elements. The cDNA clone with homology to a reverse transcriptase was the starting point for the present study. Genomic phage was isolated and sequenced and the molecular structure of the element was characterized as being a non-LTR retrotransposable element. Southern blot analysis indicated that this transposable element is represented by repeat sequences in the genome of R. americana. Chromosome tips were consistently positive when this element was used as probe in in-situ hybridization. Real-time RT-PCR showed that this retrotransposon is transcribed at different periods of larval development. Most interesting, the silencing of this retrotransposon in R. americana by RNA interference resulted in reduced transcript levels and in accelerated larval development.

Mariner-like elements in Rhynchosciara americana (Sciaridae) genome: molecular and cytological aspects

Two mariner-like elements, Ramar1 and Ramar2, are described in the genome of Rhynchosciara americana, whose nucleotide consensus sequences were derived from multiple defective copies containing deletions, frame shifts and stop codons. Ramar1 contains several conserved amino acid blocks which were identified, including a specific D,D(34)D signature motif. Ramar2 is a defective mariner-like element, which contains a deletion overlapping in most of the internal region of the transposase ORF while its extremities remain intact. Predicted transposase sequences demonstrated that Ramar1 and Ramar2 phylogenetically present high identity to mariner-like elements of mauritiana subfamily. Southern blot analysis indicated that Ramar1 is widely represented in the genome of Rhynchosciara americana. In situ hybridizations showed Ramar1 localized in several chromosome regions, mainly in pericentromeric heterochromatin and their boundaries, while Ramar2 appeared as a single band in chromosome A.

Analysis of the genome of Spodoptera frugiperda nucleopolyhedrovirus (SfMNPV-19) and of the high genomic heterogeneity in group II nucleopolyhedroviruses

The genome of the most virulent among 22 Brazilian geographical isolates of Spodoptera frugiperda nucleopolyhedrovirus, isolate 19 (SfMNPV-1 9), was completely sequenced and shown to comprise 132 565 bp and 141 open reading frames (ORFs). A total of 11 ORFs with no homology to genes in the GenBank database were found. Of those, four had typical baculovirus; promoter motifs and polyadenylation sites. Computer-simulated restriction enzyme cleavage patterns of SfMNPV-1 9 were compared with published physical maps of other SfMNPV isolates. Differences were observed in terms of the restriction profiles and genome size. Comparison of SfMNPV-1 9 with the sequence of the SfMNPV isolate 3AP2 indicated that they differed due to a 1427 bp deletion, as well as by a series of smaller deletions and point mutations. The majority of genes of SfMNPV-1 9 were conserved in the closely related Spodoptera exigua NPV (SeMNPV) and Agrotis segetum NPV (AgseMNPV-A), but a few regions experienced major changes and rearrangements. Synthenic maps for the genomes of group 11 NPVs revealed that gene collinearity was observed only within certain clusters. Analysis of the dynamics of gene gain and loss along the phylogenetic tree of the NPVs showed that group 11 had only five defining genes and supported the hypothesis that these viruses form ten highly divergent ancient lineages. Crucially, more than 60% of the gene gain events followed a power-law relation to genetic distance among baculoviruses, indicative of temporal organization in the gene accretion process.

Superoxide Dismutase 1-mediated Production of Ethanol- and DNA-derived Radicals in Yeasts Challenged with Hydrogen Peroxide MOLECULAR INSIGHTS INTO THE GENOME INSTABILITY OF PEROXIREDOXIN-NULL STRAINS

Peroxiredoxins are receiving increasing attention as defenders against oxidative damage and sensors of hydrogen peroxide-mediated signaling events. In the yeast Saccharomyces cerevisiae, deletion of one or more isoforms of the peroxiredoxins is not lethal but compromises genome stability by mechanisms that remain under scrutiny. Here, we show that cytosolic peroxiredoxin-null cells (tsa1 Delta tsa2 Delta) are more resistant to hydrogen peroxide than wildtype (WT) cells and consume it faster under fermentative conditions. Also, tsa1 Delta tsa2 Delta cells produced higher yields of the 1-hydroxyethyl radical from oxidation of the glucose metabolite ethanol, as proved by spin-trapping experiments. A major role for Fenton chemistry in radical formation was excluded by comparing WT and tsa1 Delta tsa2 Delta cells with respect to their levels of total and chelatable metal ions and of radical produced in the presence of chelators. The main route for 1-hydroxyethyl radical formation was ascribed to the peroxidase activity of Cu, Zn-superoxide dismutase (Sod1), whose expression and activity increased similar to 5- and 2-fold, respectively, in tsa1 Delta tsa2 Delta compared with WT cells. Accordingly, overexpression of human Sod1 in WT yeasts led to increased 1-hydroxyethyl radical production. Relevantly, tsa1 Delta tsa2 Delta cells challenged with hydrogen peroxide contained higher levels of DNA-derived radicals and adducts as monitored by immuno-spin trapping and incorporation of (14)C from glucose into DNA, respectively. The results indicate that part of hydrogen peroxide consumption by tsa1 Delta tsa2 Delta cells is mediated by induced Sod1, which oxidizes ethanol to the 1-hydroxyethyl radical, which, in turn, leads to increased DNA damage. Overall, our studies provide a pathway to account for the hypermutability of peroxiredoxin-null strains.

Genome-wide association mapping in a wild avian population identifies a link between genetic and phenotypic variation in a life-history trait

Understanding the genetic basis of traits involved in adaptation is a major challenge in evolutionary biology but remains poorly understood. Here, we use genome-wide association mapping using a custom 50 k single nucleotide polymorphism (SNP) array in a natural population of collared flycatchers to examine the genetic basis of clutch size, an important life-history trait in many animal species. We found evidence for an association on chromosome 18 where one SNP significant at the genome-wide level explained 3.9% of the phenotypic variance. We also detected two suggestive quantitative trait loci (QTLs) on chromosomes 9 and 26. Fitness differences among genotypes were generally weak and not significant, although there was some indication of a sex-by-genotype interaction for lifetime reproductive success at the suggestive QTL on chromosome 26. This implies that sexual antagonism may play a role in maintaining genetic variation at this QTL. Our findings provide candidate regions for a classic avian life-history trait that will be useful for future studies examining the molecular and cellular function of, as well as evolutionary mechanisms operating at, these loci.

Avaliação da qualidade de vida dos funcionários do cartório do 1º Ofício da cidade de Diamantino-MT através do questionário SF-36

O objetivo desta pesquisa foi analisar a qualidade de vida dos funcionários do Cartório de 1º Ofício da cidade de Diamantino, em Mato Grosso. Foi utilizada a versão brasileira do Short Form-36 (SF-36) em dez funcionários do Cartório de 1º Ofício, que colaboraram voluntariamente para a coleta da análise dos dados do questionário. O estudo obteve a análise dos oito domínios do escore do SF-36, onde pôde ser observado que o primeiro domínio, relativo à capacidade funcional, foi aquele que apresentou o maior escore, enquanto os demais domínios (D2, D3, D4, D5, D6, D7 e D8), respectivamente relacionados à saúde mental, também estão acima da metade do valor máximo esperado no escore do SF-36. O questionário SF-36 foi um instrumento adequado, de aplicação relativamente rápida e de fácil uso para a avaliação da qualidade de vida dos funcionários do Cartório de 1º Ofício, pois, na amostra estudada, os oito domínios apresentaram resultado médio entre 51,9 (menor escore = domínio 4) e 71,8 (maior escore = domínio 1).

Na fronteira : os atuais dilemas da escola indígena em aldeias Paresi de Tangará da Serra-MT, num olhar dos Estudos Culturais

O presente trabalho apresenta algumas reflexões, de inspiração nos Estudos Culturais, a partir de análise textual de vozes indígenas, sobre os atuais dilemas da escola indígena em aldeias Paresi de Tangará da Serra-MT, tendo em vista a alternativa de se propor um modelo de escolarização formal, de valorização à diferença frente ao atual modelo de princípios homogeneizantes. Utilizando-se de conceitos de Stuart Hall, Nestor Canclini e outros autores pós-estruturalistas, discute-se a cultura numa perspectiva dinâmica de movimento contínuo de (re)construções de identidades, principalmente sob efeitos do fenômeno da globalização, quando o avanço da tecnologia da comunicação e transporte permitem, com maior freqüência, as relações e os fluxos migratórios entre as diversas culturas construindo identidades e culturas híbridas. A partir da discussão sobre como os Paresi entendem a função da escola da aldeia amplia-se a reflexão sobre a valorização da língua portuguesa nas rotinas escolares, assim como a relevância do comportamento disciplinar dos alunos daquelas escolas.

Formação de professores : um olhar sobre a pesquisa educacional como espaço curricular em ação : UNEMAT - Sinop/MT

Esta dissertação objetiva compreender a relevância e as contribuições da Disciplina Pesquisa Educacional, definida como elemento integrador e teorizador das práticas pedagógicas, da formação de professor do Curso de Pedagogia da Universidade do Estado de Mato Grosso - Campus de Sinop. Para tal intento lança um olhar sobre seu currículo, implantado em 1997, para verificar em que medida os propósitos desta disciplina, definida como eixo curricular, foram ou estão sendo alcançados. Para tanto, este estudo percorre a trajetória acerca da formação inicial de professores enfatiza a função da universidade e o papel da pesquisa como elemento formador na graduação no contexto brasileiro. Realiza um estudo teórico sobre a formação de professores e sobre o currículo; mostra suas vertentes e define o nível do currículo em ação como possibilidade de compreender o alcance e os propósitos da disciplina. É uma pesquisa com enfoque qualitativo, seguindo referenciais do estudo de caso e envolve como sujeitos, professores universitários, alunos e egressos do curso de Pedagogia de Sinop. Também realiza uma análise documental do currículo que iniciou em 1990; da proposta curricular reformulada; das produções monográficas dos seus alunos e seus egressos. O resultado deste estudo revela que a disciplina Pesquisa Educacional é espaço curricular privilegiado para se promover a integração dos conhecimentos e teorizar as práticas pedagógicas mediadas por atividades e/ou tarefas acadêmicas que são elos entre os pressupostos teóricos e a ação.

Programa Nacional de Educação na Reforma Agrária : o caso do curso "Pedagogia da Terra" da Universidade do Estado de Mato Grosso, Cáceres/MT

O principal objetivo da pesquisa Programa Nacional de Educação na Reforma Agrária: o caso do curso Pedagogia da Terra da UNEMAT é analisar a experiência do convênio do curso Pedagogia da Terra, realizado no período de julho de 1999 a julho de 2003, focalizando as relações entre os sujeitos sociais envolvidos, principalmente entre a UNEMAT e o MST, também incluindo instituições e órgãos governamentais. A pesquisa é de abordagem qualitativa e faz uma análise histórica das lutas de resistência camponesa no Brasil e das mais recentes ações do MST na luta por terra e por Reforma Agrária. Analisa articulações com outros sujeitos sociais e entidades da sociedade civil em busca de políticas públicas de educação do campo, resultando no Programa Nacional de Educação na Reforma Agrária em 1998 e na possibilidade de se desenvolverem ações nessa área, em parcerias com universidades, instituições e órgãos governamentais. A pesquisa, que levou em conta o contexto de crise do capitalismo e de reforma do Estado no Brasil a partir dos anos de 1990, foi conduzida através de análise documental e bibliográfica e entrevistas semi-estruturadas. Os resultados apontaram para alguns avanços, limites e contradições relacionados com os aspectos metodológicos, de gestão e de financiamento, também indicando relações entre as tendências teórico-metodológicas do Projeto Político Pedagógico do curso e aquelas que influenciam os trabalhos educativos do MST. Este estudo pode contribuir para subsidiar políticas educacionais resultantes de projetos em parcerias hoje no país.