Satellyptus: analysis and database of microsatellites from ESTs of Eucalyptus

The main goal of our research was to search for SSRs in the Eucalyptus EST FORESTs database (using a software for mining SSR-motifs). With this objective, we created a database for cataloging Eucalyptus EST-derived SSRs, and developed a bioinformatics tool, named Satellyptus, for finding and analyzing microsatellites in the Eucalyptus EST database. The search for microsatellites in the FORESTs database containing 71,115 Eucalyptus EST sequences (52.09 Mb) revealed 20,530 SSRs in 15,621 ESTs. The SSR abundance detected on the Eucalyptus ESTs database (29% or one microsatellite every four sequences) is considered very high for plants. Amongst the categories of SSR motifs, the dimeric (37%) and trimeric ones (33%) predominated. The AG/CT motif was the most frequent (35.15%) followed by the trimeric CCG/CGG (12.81%). From a random sample of 1,217 sequences, 343 microsatellites in 265 SSR-containing sequences were identified. Approximately 48% of these ESTs containing microsatellites were homologous to proteins with known biological function. Most of the microsatellites detected in Eucalyptus ESTs were positioned at either the 5 or 3 end. Our next priority involves the design of flanking primers for codominant SSR loci, which could lead to the development of a set of microsatellite-based markers suitable for marker-assisted Eucalyptus breeding programs.

Comparison between S-ketamine and clonidine in caudal analgesia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Malignant lesions in the ventral prostate of alloxan-induced diabetic rats

The aim of this study was to evaluate the changes caused by chronic diabetes in the rat ventral prostate and to establish a correlation between diabetes and the development of prostatic lesions. Male rats received alloxan (42 mg/kg b.w.) to induce diabetes. Ninety days after diabetes diagnosis, animals were sacrificed and the ventral prostate was removed and prepared for general and immunohistochemical analyses. The total area showing different types of lesions was estimated. Diabetes led to a decrease in the body and prostatic weights, as well as in testosterone levels. The prostate morphology and stereology showed high variation in the diabetic group. Some animals had light changes; the great majority had an intense epithelial atrophy; and other rats showed premalignant and malignant lesions in the prostate. Such epithelial atrophy was, in some samples, combined with chronic inflammation, similar to proliferative inflammatory atrophy (PIA). The diabetic group also presented high incidence of prostatitis, adenocarcinoma and prostatic intra-epithelial neoplasia (PIN). Samples with adenocarcinoma had poorly differentiated acini with high levels of cellular proliferation and nuclear atypia. These lesions exhibited an invasive feature showing Bcl-2-positive cells and interruptions in the basement membrane. An association of PIA, PIN and adenocarcinoma was detected in one sample. Reduced androgen levels have a synergic effect to insulin dysfunction promoting negative effects in the rat prostate. Diabetic individuals had a high incidence of prostatitis, and this inflammation could stimulate the incidence of other forms of prostatic pathology.

Comunidade fitoplanctônica como discriminador ambiental em açude eutrófico tropical semiárido (Barragem Armando Ribeiro Gonçalves, RN) e divulgação científica para reflexão social

The knowledge of the phytoplankton community, as an integral and dynamic processes of eutrophication, provides information essential for proper management and handling. A growing problem of cyanobacteria in reservoirs around the world as a result of artificial eutrophication processes, generating a particular concern, because some species produce cyanotoxins, which can cause adverse effects on human health. The present work aims to characterize the spatial and temporal dynamics of phytoplankton, assessing their potential as ecological indicator of water quality in reservoirs semiarid region. The samples of water were collected monthly between 2009 and 2011, at three points along the dam Armando Ribeiro Gonçalves / RN. In each sample were measured physico - chemical analysis of water and biological components. We conducted a scientific dissemination activity, with distribution and reading primer on eutrophication, informative talk about water quality, questionnaires and performing a play in a public school in the city of Itajá / RN. The reservoir was considered eutrophic in three points, taking into account the values of chlorophyll -a and phosphorus, adopted to characterize eutrophic environments of semi-arid areas. High density of cyanobacteria, with a maximum value of 2.227.862 cél.ml- 1 and minimum of 43.456 cél.ml- 1 was recorded in lentic and semilêntico points throughout the study, exceeding the levels of drinking water (20.000 cél.ml- 1) established in 2.914/2011 Ordinance of the Ministry of Health of Brazil. All samples contained microcystin, and 44 % had values superiores1μg L- 1. The thermal pattern of the water column showed micro stratifications with differences of less than 1 ° C from five feet deep. The distribution pattern was the type profile clinogrado with oxygen deficit in the bottom of the reservoir. Oxiclina from 10 meters depth was observed during the rainy season (May-June) in the two years of study. The phytoplankton community was represented by 10 functional groups: S1, M, H1, Lo, P, F, Sn, P, W2 and R. The assessment of the ecological status of the system by the index Q showed poor water quality. The results of the study show that the vertical variations were less pronounced than the seasonal variations of cyanobacteria and phytoplankton community in general in the reservoir. The presence of cyanotoxins confirms the need for the monitoring of water quality and measures to reduce eutrophication in water supply reservoirs semiarid RN and demonstrates the challenge for water managers and health authorities to ensure water quality and consequently minimize risks to human health. Compared to the lecture, the primer was considered more efficient in sensitizing the participants, featuring a dynamic practice, differentiated learning, create opportunities for students to rethink attitudes of respect and care for the environment, and shall have the opportunity to learn the subject content from your reality and living environment. The knowledge generated from the activity of scientific were seen as essential for raising awareness of some of the region`s environmental problems , such as eutrophication

Effects of swim training on liver carcinogenesis in male Wistar rats fed a low-fat or high-fat diet

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Dimensão educativa do trabalho: estudo de caso da associação de bordadeiras do Seridó ABS- Caicó/ Rio Grande do Norte

This current work s contains issues about the educative dimension of work and its organization s process and managing for it own professionals. It aims to understand how the skills and pedagogic process, in a educative praxis perspective. Are based in a new culture of work of education process an work managing by workers in Handcraft Association of Serido/ Caicó/ RN. It uses as a methodologic-theoric reference cases s study approach, selecting the procedures of part extructure interview. It was done with six embroidereses from the Handcraft Association. The research shows that the educative process of learning and knowledges construction, in the work and by the work. Those processes develop in exchange experiences net in a friendly economic environment and raise elements of a work culture personal that work there. The embroidereses learn how to embroid doing the job and this learning, a lot of times, is influenced by the life conditions, residence local and infantile work in the country area and the living to the urban area, particularly to Caicó. The knowledge relation between them is the matter fact in the embroider learning process that means a social relation based on the knowledge differences between their position in its structure involving the work division, that each handcraft maker knows every part of the embroider, type of work or machine type, step by step until the work is done. It involves decision, execution and machine movements repetition, the focus are the categories that fit in current flexible financial issue. They schedule the work at home so they have time to do other stuff. Most part of the production currently is done to obey de a certain request that aims as production target, being a homework. Another important issue is the embroider work time: time and experience that is within in the professional life and its knowledge representation of job/profession. This time is got as a acquisition process of certain a work dominion and self knowing; time added to changes that were being there practicing from the new characteristics in the furniture, clothes and towels that are in the introduction communicative and its effect. In this way this work include articulations process among skills, educative process and handcraft work organization that allowed the interpretation and finish, that are related to the case study and its developments: handcraft embroidered considered as a profession, money source not conventional where is not work available and a temporary activity while studyng, homework and flexible work

Arquitetura hardware/software de um núcleo NCAP segundo o padrão IEEE 1451.1: uma prova de conceito

Os sensores inteligentes são dispositivos que se diferenciam dos sensores comuns por apresentar capacidade de processamento sobre os dados monitorados. Eles tipicamente são compostos por uma fonte de alimentação, transdutores (sensores e atuadores), memória, processador e transceptor. De acordo com o padrão IEEE 1451 um sensor inteligente pode ser dividido em módulos TIM e NCAP que devem se comunicar através de uma interface padronizada chamada TII. O módulo NCAP é a parte do sensor inteligente que comporta o processador. Portanto, ele é o responsável por atribuir a característica de inteligência ao sensor. Existem várias abordagens que podem ser utilizadas para o desenvolvimento desse módulo, dentre elas se destacam aquelas que utilizam microcontroladores de baixo custo e/ou FPGA. Este trabalho aborda o desenvolvimento de uma arquitetura hardware/software para um módulo NCAP segundo o padrão IEEE 1451.1. A infra-estrutura de hardware é composta por um driver de interface RS-232, uma memória RAM de 512kB, uma interface TII, o processador embarcado NIOS II e um simulador do módulo TIM. Para integração dos componentes de hardware é utilizada ferramenta de integração automática SOPC Builder. A infra-estrutura de software é composta pelo padrão IEEE 1451.1 e pela aplicação especí ca do NCAP que simula o monitoramento de pressão e temperatura em poços de petróleo com o objetivo de detectar vazamento. O módulo proposto é embarcado em uma FPGA e para a sua prototipação é usada a placa DE2 da Altera que contém a FPGA Cyclone II EP2C35F672C6. O processador embarcado NIOS II é utilizado para dar suporte à infra-estrutura de software do NCAP que é desenvolvido na linguagem C e se baseia no padrão IEEE 1451.1. A descrição do comportamento da infra-estrutura de hardware é feita utilizando a linguagem VHDL

On fuzzy ideals and fuzzy filters of fuzzy lattices

In the literature there are several proposals of fuzzi cation of lattices and ideals concepts. Chon in (Korean J. Math 17 (2009), No. 4, 361-374), using the notion of fuzzy order relation de ned by Zadeh, introduced a new notion of fuzzy lattice and studied the level sets of fuzzy lattices, but did not de ne a notion of fuzzy ideals for this type of fuzzy lattice. In this thesis, using the fuzzy lattices de ned by Chon, we de ne fuzzy homomorphism between fuzzy lattices, the operations of product, collapsed sum, lifting, opposite, interval and intuitionistic on bounded fuzzy lattices. They are conceived as extensions of their analogous operations on the classical theory by using this de nition of fuzzy lattices and introduce new results from these operators. In addition, we de ne ideals and lters of fuzzy lattices and concepts in the same way as in their characterization in terms of level and support sets. One of the results found here is the connection among ideals, supports and level sets. The reader will also nd the de nition of some kinds of ideals and lters as well as some results with respect to the intersection among their families. Moreover, we introduce a new notion of fuzzy ideals and fuzzy lters for fuzzy lattices de ned by Chon. We de ne types of fuzzy ideals and fuzzy lters that generalize usual types of ideals and lters of lattices, such as principal ideals, proper ideals, prime ideals and maximal ideals. The main idea is verifying that analogous properties in the classical theory on lattices are maintained in this new theory of fuzzy ideals. We also de ne, a fuzzy homomorphism h from fuzzy lattices L and M and prove some results involving fuzzy homomorphism and fuzzy ideals as if h is a fuzzy monomorphism and the fuzzy image of a fuzzy set ~h(I) is a fuzzy ideal, then I is a fuzzy ideal. Similarly, we prove for proper, prime and maximal fuzzy ideals. Finally, we prove that h is a fuzzy homomorphism from fuzzy lattices L into M if the inverse image of all principal fuzzy ideals of M is a fuzzy ideal of L. Lastly, we introduce the notion of -ideals and - lters of fuzzy lattices and characterize it by using its support and its level set. Moreover, we prove some similar properties in the classical theory of - ideals and - lters, such as, the class of -ideals and - lters are closed under intersection. We also de ne fuzzy -ideals of fuzzy lattices, some properties analogous to the classical theory are also proved and characterize a fuzzy -ideal on operation of product between bounded fuzzy lattices L and M and prove some results.

Comparison between qualitative and semiquantitative catheter-tip cultures: laboratory diagnosis of catheter-related infection in newborns

Este estudo prospectivo avaliou os métodos semiquantitativo e qualitativo de cultura de cateter para o diagnóstico de infecção relacionada a cateter (IRC) em recém-nascidos (RN). Foram incluídas pontas de cateteres provenientes de recém-nascidos internados na Unidade Neonatal do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP. Foram utilizadas as técnicas semiquantitativa e qualitativa de cultura de cateter. Para o diagnóstico de IRC, os microrganismos isolados das culturas de cateteres e de hemoculturas periféricas foram identificados e submetidos ao teste de sensibilidade a antimicrobianos. O padrão ouro correspondeu ao diagnóstico de certeza de IRC, com o isolamento do mesmo microrganismo (espécie e perfil de sensibilidade a antimicrobianos) isolado em hemocultura periférica. Foram estudados 85 cateteres provenientes de 63 RN. A cultura semiquantitativa, embora tenha apresentado menor sensibilidade (90%), apresentou uma maior especificidade (71%) em comparação à sensibilidade de 100% e especificidade de 60% encontradas na cultura qualitativa. Através da identificação dos microrganismos obtidos nas culturas de cateteres, observou-se uma predominância de espécies de Estafilococos coagulase-negativa (ECN). A espécie Staphylococcus epidermidis foi a prevalente (77,5%) nos cateteres com culturas semiquantitativas positivas. Dos 11 episódios de IRC diagnosticados, 8 (72,7%) foram associados a espécies de ECN, dos quais 6 eram da espécie S. epidermidis. Também foram detectados dois casos de IRC por S. aureus e um caso por Candida parapsilosis. O método de cultura semiquantitativo cateter apresentou vantagens para o diagnóstico de IRC em RN quando comparado com o método qualitativo tradicional.

Usefulness of catheter tip culture in the diagnosis of neonatal infections

Objective: To determine the number of colony-forming units (CFU) that best correlates with catheter-related infections (CRI) in newborns.Methods: This was a prospective study of semiquantitative cultures of catheter tips obtained from newborns in the neonatal unit at Faculdade de Medicina de Botucatu, state of São Paulo, Brazil. The microorganisms isolated from catheter and peripheral blood cultures were identified and submitted to a drug susceptibility test. The optimal cutoff point was determined by the receiver operating characteristic (ROC) curve.Results: A total of 85 catheters obtained from 63 newborns were studied. Staphylococcus epidermidis was the predominant species in the catheters (75%). Eight of 11 (72.7%) CRI episodes were associated with coagulase-negative staphylococci, six of which were of the S. epidermidis type. ROC curve analysis indicated that the optimal cutoff point for the diagnosis of CRI was 122 CFU.Conclusions: The cutoff point of 122 CFU correlated best with the diagnosis of CRI in newborns.

Associação deagentes patogênicos isolados emanálise microbiológica da água, coma presença de mastite clínica ou subclínica, em vacas de propriedades leiteiras da região de Cerqueira César - SP

Objetivou-se, neste trabalho, pesquisar a relação entre os microrganismos patogênicos isolados e identificados em água utilizada na ordenha, com o isolamento e identificação dos mesmos em amostras de leite, de quartos mamários apresentando mastite clínica ou subclínica nas mesmas propriedades. Foram utilizadas 16 propriedades rurais leiteiras, escolhidas aleatoriamente, na região de Cerqueira César - SP, que utilizavam ordenha mecânica. A água utilizada na ordenha foi classificada em relação à presença de coliformes totais e fecais, como dentro dos padrões ou fora dos padrões de potabilidade humana. Nos resultados obtidos, 94% das amostras foram classificadas como fora dos padrões em relação a coliformes totais e fecais. Os microrganismos identificados foram: Escherichia coli (51%), Enterobacter spp. (25%), Enterobacter cloacae (8%) Edwardsiella tarda (8%) e Klebsiella oxytoca (8%). em relação ao leite, foram analisadas 373 amostras provenientes de vacas em lactação, com mastite clínica (n=19; 5%) e subclínica (n=354; 95%). Os animais com mastite subclínica foram identificados pela contagem de células somáticas (CCS), utilizando-se o aparelho eletrônico (Somacount 300, Bentley), onde a média observada foi de 1.631 x 10³ células/mL. Os principais microrganismos identificados foram: Staphylococcus aureus (30%), Corynebacterium bovis (23%) e Staphylococcus spp. (15%). Conforme os dados obtidos, os agentes coliformes encontrados na água, utilizada na ordenha, não estavam presentes nas análises das amostras de leite dos quartos mamários com mastite clínica ou subclínica das respectivas propriedades, demonstrando não haver associação entre a qualidade da água e a ocorrência de mastite.

Melhoramento e estrutura populacional em bubalinos da raça Mediterrâneo no Brasil

O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura populacional e os progressos genéticos, fenotípicos e ambientais de características de desenvolvimento ponderal, em bubalinos da raça Mediterrâneo. Foram utilizadas informações dos pesos ajustados aos 205, 365 e 550 dias de idade, de 6.243 bubalinos nascidos no período de 1974 a 2003, provenientes de quatro fazendas. As estimativas dos coeficientes de herdabilidade foram altas para os pesos ajustados nas três idades. Os rebanhos apresentaram ganho genético positivo quanto a essas três características, porém, aquém do possível, provavelmente em razão da seleção baseada somente no fenótipo, realizada pelos produtores. Para aumento nos ganhos genéticos, são necessários a redução do intervalo de geração, o aumento do tamanho efetivo, o uso de reprodutores avaliados com base nos valores genéticos preditos pelo BLUP e o controle dos acasalamentos de animais aparentados.

Caracterização fenotípica e genética da produção de leite e do intervalo entre partos em bubalinos da raça Murrah

O objetivo deste trabalho foi estimar as correlações, herdabilidades, repetibilidades, tendências genéticas e fenotípicas, e avaliar as distribuições univariada e bivariada da produção de leite e do intervalo entre partos, em fêmeas bubalinas da raça Murrah, paridas no período de 1982 a 2003. As tendências genéticas e fenotípicas foram estimadas pelas regressões das variáveis dependentes sobre o ano de parto, pelos métodos: regressão linear e regressão não paramétrica, utilizando-se a função de alisamento Spline. As herdabilidades estimadas foram 0,21 e 0,02, e as repetibilidades, 0,32 e 0,06, para a produção de leite e intervalo entre partos, respectivamente. As correlações genética, fenotípica e ambiental foram -0,22, 0,01 e 0,03, respectivamente. As tendências genéticas (regressão linear) foram significativas e iguais a 1,57 kg por ano e 0,085 dia por ano, e as tendências fenotípicas foram 27,74 kg por ano e 0,647 dia por ano, para a produção de leite e intervalo entre partos, respectivamente, tendo sido significativa apenas para a produção de leite. A correlação negativa sugere a existência de antagonismo favorável entre produção de leite e intervalo entre partos; assim é possível selecionar animais com altos valores genéticos para a produção de leite e com menores valores para o intervalo entre partos.

Use of vitamin C in delayed tooth replantation

O objetivo deste trabalho foi avaliar microscopicamente, em reimplantes tardios de dentes de rato, os efeitos do tratamento da superfície radicular com diferentes soluções. Foram utilizados 30 ratos Rattus norvegicus albinos da linhagem Wistar que tiveram seus incisivos centrais extraídos e deixados sobre a bancada por 6 h. As polpas foram extirpadas e os canais irrigados com solução de hipoclorito de sódio a 1%. Após o preparo endodôntico, a superfície radicular de cada dente foi tratada com solução de hipoclorito de sódio a 1% por 10 min (trocada a cada 5 min) seguida de soro fisiológico por 10 min, e os dentes foram divididos em três grupos com 10 espécimes em cada um. Nos Grupos I, II e III, respectivamente, a superfície radicular foi tratada com fluoreto de sódio fosfato acidulado a 2%, vitamina C e vitamina C efervescente (2 g, Redoxon®). Após obturação com pasta de hidróxido de cálcio os dentes foram reimplantados e os animais foram sacrificados aos 10 e 60 dias. O Grupo I apresentou maiores áreas de reabsorção por substituição e anquilose. Comparando as formas de vitamina C utilizadas, a efervescente (Grupo III) foi a que apresentou resultados mais favoráveis com mais áreas de anquilose e reabsorção por substituição que áreas de reabsorção inflamatória.

Variabilidade genética de Sugarcane mosaic virus, causando mosaico em milho no Brasil

O objetivo deste trabalho foi caracterizar biológica e molecularmente três isolados de Sugarcane mosaic virus (SCMV) de lavouras de milho, analisá-los filogeneticamente e discriminar polimorfismos do genoma. Plantas com sintomas de mosaico e nanismo foram coletadas em lavouras de milho, no Estado de São Paulo e no Município de Rio Verde, GO, e seus extratos foliares foram inoculados em plantas indicadoras e submetidos à análise sorológica com antissoros contra o SCMV, contra o Maize dwarf mosaic virus (MDMV) e contra o Johnsongrass mosaic virus (JGMV). Mudas de sorgo 'Rio' e 'TX 2786' apresentaram sintomas de mosaico após a inoculação dos três isolados, e o DAS-ELISA confirmou a infecção pelo SCMV. O RNA total foi extraído e usado para amplificação por transcriptase reversa seguida de reação em cadeia de polimerase (RT-PCR). Fragmentos específicos foram amplificados, submetidos à análise por polimorfismo de comprimento de fragmento de restrição (RFLP) e sequenciados. Foi possível discriminar os genótipos de SCMV isolados de milho de outros isolados brasileiros do vírus. Alinhamentos múltiplos e análises dos perfis filogenéticos corroboram esses dados e mostram diversidade nas sequências de nucleotídeos que codificam para a proteína capsidial, o que explica o agrupamento separado desses isolados e sugere sua classificação como estirpes distintas, em lugar de simples isolados geográficos.