The CATH Hierarchy Revisited-Structural Divergence in Domain Superfamilies and the Continuity of Fold Space

This paper explores the structural continuum in CATH and the extent to which superfamilies adopt distinct folds. Although most superfamilies are structurally conserved, in some of the most highly populated superfamilies (4% of all superfamilies) there is considerable structural divergence. While relatives share a similar fold in the evolutionary conserved core, diverse elaborations to this core can result in significant differences in the global structures. Applying similar protocols to examine the extent to which structural overlaps occur between different fold groups, it appears this effect is confined to just a few architectures and is largely due to small, recurring super-secondary motifs (e.g., alpha beta-motifs, alpha-hairpins). Although 24% of superfamilies overlap with superfamilies having different folds, only 14% of nonredundant structures in CATH are involved in overlaps. Nevertheless, the existence of these overlaps suggests that, in some regions of structure space, the fold universe should be seen as more continuous.

The CATH classification revisited-architectures reviewed and new ways to characterize structural divergence in superfamilies

The latest version of CATH (class, architecture, topology, homology) (version 3.2), released in July 2008 (http://www.cathdb.info), contains 1 14215 domains, 2178 Homologous superfamilies and 1110 fold groups. We have assigned 20 330 new domains, 87 new homologous superfamilies and 26 new folds since CATH release version 3.1. A total of 28 064 new domains have been assigned since our NAR 2007 database publication (CATH version 3.0). The CATH website has been completely redesigned and includes more comprehensive documentation. We have revisited the CATH architecture level as part of the development of a `Protein Chart` and present information on the population of each architecture. The CATHEDRAL structure comparison algorithm has been improved and used to characterize structural diversity in CATH superfamilies and structural overlaps between superfamilies. Although the majority of superfamilies in CATH are not structurally diverse and do not overlap significantly with other superfamilies, similar to 4% of superfamilies are very diverse and these are the superfamilies that are most highly populated in both the PDB and in the genomes. Information on the degree of structural diversity in each superfamily and structural overlaps between superfamilies can now be downloaded from the CATH website.

Obfuscation and Strict Online Anonymity

I consider the case for genuinely anonymous web searching. Big data seems to have it in for privacy. The story is well known, particularly since the dawn of the web. Vastly more personal information, monumental and quotidian, is gathered than in the pre-digital days. Once gathered it can be aggregated and analyzed to produce rich portraits, which in turn permit unnerving prediction of our future behavior. The new information can then be shared widely, limiting prospects and threatening autonomy. How should we respond? Following Nissenbaum (2011) and Brunton and Nissenbaum (2011 and 2013), I will argue that the proposed solutions—consent, anonymity as conventionally practiced, corporate best practices, and law—fail to protect us against routine surveillance of our online behavior. Brunton and Nissenbaum rightly maintain that, given the power imbalance between data holders and data subjects, obfuscation of one’s online activities is justified. Obfuscation works by generating “misleading, false, or ambiguous data with the intention of confusing an adversary or simply adding to the time or cost of separating good data from bad,” thus decreasing the value of the data collected (Brunton and Nissenbaum, 2011). The phenomenon is as old as the hills. Natural selection evidently blundered upon the tactic long ago. Take a savory butterfly whose markings mimic those of a toxic cousin. From the point of view of a would-be predator the data conveyed by the pattern is ambiguous. Is the bug lunch or potential last meal? In the light of the steep costs of a mistake, the savvy predator goes hungry. Online obfuscation works similarly, attempting for instance to disguise the surfer’s identity (Tor) or the nature of her queries (Howe and Nissenbaum 2009). Yet online obfuscation comes with significant social costs. First, it implies free riding. If I’ve installed an effective obfuscating program, I’m enjoying the benefits of an apparently free internet without paying the costs of surveillance, which are shifted entirely onto non-obfuscators. Second, it permits sketchy actors, from child pornographers to fraudsters, to operate with near impunity. Third, online merchants could plausibly claim that, when we shop online, surveillance is the price we pay for convenience. If we don’t like it, we should take our business to the local brick-and-mortar and pay with cash. Brunton and Nissenbaum have not fully addressed the last two costs. Nevertheless, I think the strict defender of online anonymity can meet these objections. Regarding the third, the future doesn’t bode well for offline shopping. Consider music and books. Intrepid shoppers can still find most of what they want in a book or record store. Soon, though, this will probably not be the case. And then there are those who, for perfectly good reasons, are sensitive about doing some of their shopping in person, perhaps because of their weight or sexual tastes. I argue that consumers should not have to pay the price of surveillance every time they want to buy that catchy new hit, that New York Times bestseller, or a sex toy.

Skolans demokratiska fostrande roll : Undersökning om gymnasieelevers uppfattning av skolans demokratiska fostrande roll samt om elevernas egna roll i skoldemokratin.

Syftet med denna uppsats är att undersöka hur gymnasieelever uppfattar skolans demokratiska fostrande roll samt hur den lokala skolan har lyckats i sin roll som demokratiska fostrare. För att svara på syftet har vi ställt följande frågeställningar: Hur medvetna är eleverna egentligen om skolans demokratiska fostrande roll? Vilken typ av regler anser eleverna vara de viktigaste? Stämmer de demokratiska mål som presenteras i den undersökta skolans arbetsplan och skolplan väl överens med de mål som finns i läroplanen Lpf 94 och skollagen?Det använda källmaterialet består av enkätundersökningar gjorda med elever som går årskurs 3 på gymnasiet samt även arbetsplan och skolplan från den undersökta skolan. Resultaten visar på att eleverna är medvetna om skolans demokratiska fostrande roll i de flesta aspekterna. Däremot visar undersökningen på att det praktiska arbetet kring skolans demokratiska fostran är bristfällig. Enligt resultaten är det regler som rör moraliska värderingar viktigast i skolan. Undersökningen visar även på att de demokratiska mål som presenteras i den undersökta skolans arbetsplan samt skolplan stämmer väl överens med de mål som finns i Lpf 94 samt skollagen. Generellt kan man säga att eleverna uppfattar skolans demokratiska fostrande roll positivt. Den undersökta skolan lyckas med att förmedla de demokratiska idéerna till eleverna men inte ge dem de rätta verktygen för att uppnå målen.

Utveckling av System för att Kartlägga Cykelbanor

Cykeln har på senare år fått en allt större roll inom transportpolitiska sammanhang. Det finns ettintresse att öka användningen av cykel, framförallt av miljö- och hälsoskäl. Därmed finns detockså ett intresse för att kartlägga cykelvägar på samma sätt bilvägar är kartlagda. Om Sverigescykelvägar fanns samlade i en databas skulle utveckling och underhåll förenklas. Det skulle ävenvara möjligt att ta fram informationstjänster som t.ex. ruttplanering för cykelvägnätet.Målet med det här arbetet var att utveckla en applikation för att kartlägga cykelbanor.Applikationen skulle kunna köras på en PC under Windows XP. Koordinater skulle hämtas frånen GPS-enhet ansluten till datorn och plottas på en karta. Insamlade koordinater skulle ävenkunna omvandlas till noder och länkar för att beskriva vägnätets utsträckning och logiskakopplingar. Projektet genomfördes i samarbete med WM-data.WM-data tillhandahöll ett antal färdiga moduler för uppritning av karta samt hantering avdatabas och GPS-enhet. Problemet kunde grovt delas i tre sektioner; utveckla användargränssnittför applikationen, integrera tillhandahållna moduler i applikationen och utveckla den internalogiken för hantering av länkar och noder. Uppgifterna löstes mer parallellt än sekventiellt.Resultat blev ett program där de tre huvudfunktionerna från användarperspektivet är starta/stoppakartläggning samt upprätta kopplingspunkt (nod). Den applikation som utvecklades under det härprojektets gång har möjliggjort kartläggning av cykelbanor, och det finns ett flertal alternativ förvidareutveckling.

Flexibelt lärande? : En intervjustudie med lärare och rektorer angående deras uppfattningar, möjliggöranden och förverkliganden av flexibelt lärande samt dess påverkan på elevers lärande

Syftet med detta examensarbete är att undersöka hur lärare och rektorer på ett specifikt utbildningscentrum uppfattar, möjliggör och förverkligar flexibelt lärande samt få deras insikt i vad flexibelt lärande bidrar till när det gäller elevers lärande. För att uppnå syftet med denna undersökning har följande frågeställnings ställts: Hur uppfattas flexibelt lärande av lärare och rektorer, vad uppfattar rektorer och lärare som positivt samt negativt med flexibelt lärande, hur möjliggörs och förverkligas utbildningscentrumets vision om flexibelt lärande av lärare och rektorer samt hur ser lärare och rektorer på det flexibla lärandets funktion när det gäller elevers lärande?Det använda källmaterialet består av intervjuer gjorda med 2 rektorer och 4 lärare som arbetar med flexibelt lärande på ungdomsgymnasiet och vuxenutbildning på ett utbildningscentrum i mellersta Sverige. Resultaten visar på att den generella uppfattningen om flexibelt lärande hos rektorerna och lärarna är positiv. Man kan se utifrån intervjuerna att de positiva sakerna med flexibelt lärande ofta cirkulerar kring relationen mellan lärare och eleven, medan de negativa sakerna ofta berör mer praktiska saker som angår både lärare och elev. Möjliggörandet och förverkligandet kan man säga består till största del att tillgodose elevers önskemål och behov. Detta innebär att man inte begränsar sig på något sätt, eleverna erbjuds alla möjligheter till studier. Utifrån intervjuerna kan man dra slutsatsen att flexibelt lärande bidrar till elevers lärande på ett sådant sätt att kunskapen fördjupas och eleverna får en annan förståelse för den kunskap som dom skapar. Den problematik vi kan se när det gäller det flexibla lärandet utifrån intervjuerna är att det saknas en allmän rådande definition av begreppet flexibelt lärande och att den socialkonstruktivistiska teorin inte är tillräckligt förankrad. Detta är nödvändigt för att projektet Flexibelt lärande ska lyckas.

Implementing Policy Management through BDI

The requirement for Grid middleware to be largely transparent to individual users and at the same time act in accordance with their personal needs is a difficult challenge. In e-science scenarios, users cannot be repeatedly interrogated for each operational decision made when enacting experiments on the Grid. It is thus important to specify and enforce policies that enable the environment to be configured to take user preferences into account automatically. In particular, we need to consider the context in which these policies are applied, because decisions are based not only on the rules of the policy but also on the current state of the system. Consideration of context is explicitly addressed, in the agent perspective, when deciding how to balance the achievement of goals and reaction to the environment. One commonly-applied abstraction that balances reaction to multiple events with context-based reasoning in the way suggested by our requirements is the belief-desire-intention (BDI) architecture, which has proven successful in many applications. In this paper, we argue that BDI is an appropriate model for policy enforcement, and describe the application of BDI to policy enforcement in personalising Grid service discovery. We show how this has been implemented in the myGrid registry to provide bioinformaticians with control over the services returned to them by the service discovery process.

Colby News

Blair Offers Seven Lessons to Grads Writing for Everyone On the Job Front Brown's Organization SPARKs Change Seven Students Receive 2012 Fulbright Grants Faculty Awarded Named Professorships Focus on Humanities Bold Reflections TwitterFEED Two Hundred and Counting

Colby News

Tony Blair to Speak at Commencement Science Building Gets Go-Ahead Spike Lee Does the Colby Thing Historian Leonard Awarded Lincoln Prize Presidential Preview Show by Mike Daisey Creates Nationwide Controversy President Adams as Art Curator Chen Wins Peace Grant--Again Qin Awarded Watson Fellowship Roots in Slavery Tell Bigger Story TwitterFEED A (Real) Virtual Community Corrado Tapped as Expert on Super PACs

Modernização da administração tributária em Pernambuco: o novo modelo de ação fiscal sob uma perspectiva crítica

Esta pesquisa tem como objetivo analisar como o processo de reforma ou modernização da administração tributária e do seu modelo de ação fiscal, repercute internamente - nas novas formas de organização, nas relações entre os órgãos e entre os funcionários – bem como avaliar os resultados econômicos e sociais decorrentes das mudanças na forma de atuação do fisco, a partir do estudo do caso da Secretaria da Fazenda do Estado de Pernambuco. A perspectiva crítica referencia uma compreensão da realidade tomando como orientação as melhores potencialidades irrealizadas, para identificarmos o que nos impede de desenvolver plenamente todas as tendências positivas de uma sociedade. Assim, buscamos uma explicação do modelo levando em consideração os ideais de justiça que legitimam a tributação e que estão presentes no âmbito do discurso dos políticos e da alta administração fazendária, contrapondo-os ao que se realiza no cotidiano. Analisamos os impactos do processo de modernização na forma de atuação do fisco. Revelamos as diferenças entre a visão da organização pelo ângulo do corpo funcional e pelo prisma da alta administração. A ação fiscal é entendida como ação social, e, ao analisá-la, revelamos os valores, princípios e promessas que a justificam, e buscamos responder se o novo modelo incorpora verdadeiramente esses valores e princípios, e se cumpre suas promessas.

Estabilidade de vertentes nas formações vulcânicas da Ilha da Madeira

Esta dissertação pretende aprofundar o conhecimento da actual situação das vertentes da Ilha da Madeira, uma vez que tem sido um problema que muito tem afectado a ilha dado os inúmeros acidentes que ocorrem todos os anos principalmente na altura do inverno. A permanente instabilidade que muitas vertentes e escarpas da ilha da Madeira estão sujeitas, resultam da sua evolução geológica, com consequências por vezes trágicas, levam à necessidade de aprofundamento dos fenómenos envolvidos no processo evolutivo e à busca de soluções técnicas economicamente viáveis dentro do quadro de conhecimento do dimensionamento de taludes. A Ilha da Madeira possui uma estratigrafia composta por três complexos vulcânicos, constituído cada um deles por várias unidades estratigráficas, o que a torna uma ilha heterogénea e anisotrópica no que à geologia diz respeito, sendo diversos os materiais que podemos encontrar na mesma vertente, mesmo possuindo dimensões não muito elevadas. Torna-se por isso essencial encontrar o método de estabilização que mais se adequa a cada um desses materiais. Para além da variedade ao nível geológico, existem também uma série de movimentos de vertentes associados que ocorrem na Madeira, sendo a queda de rochas, aquele que mais se observa e que mais danos tem provocado ao longo dos últimos anos. É aqui que surge a importância da contenção executada através do recurso a pregagens e ancoragens, sendo as primeiras as mais utilizadas no processo de contenção das escarpas. Uma vez identificado o principal movimento de vertente, a estabilidade global dos taludes raramente é posta em causa, ainda assim é feita a análise aos diversos métodos de análise estabilização onde se destacam os métodos das fatias principalmente o de Fellenius e o de Bishop. Numa parte teórico-prática é feita a análise mais elaborada do talude do Caniçal e às escarpas do Lugar de Baixo e do Porto da Cruz, que apresentam processos construtivos diferentes: os dois últimos distinguem-se do primeiro pela execução de banquetas, ainda que as medidas adoptadas para a contenção dos materiais sejam semelhantes para todos.

Efeito do ganho da antena nas perdas de percurso de uma ligação

O presente trabalho tem como objectivo principal a realização de um estudo do efeito do ganho das antenas nas perdas de percurso de uma ligação na banda de frequência ISM (Insdustrial Scientific and Medical) nos 2,4 GHz. Para tal, foram utilizadas 14 antenas de 7 tipos diferentes (2 monopolo, 2 colineares, 2 grelhas, 2 Yagi, 2 painéis, 2 parabólicas e 2 helicoidais) com ganhos a variar desde os 1,3 a 23 dBi. Inicialmente, obtiveram-se os parâmetros fundamentais das antenas utilizadas, nomeadamente o diagrama de radiação e o ganho. Desenvolveu-se um sistema, que permite a medição do diagrama de radiação de forma automática através de um motor passo a passo. Uma aplicação desenvolvida em ambiente Matlab realiza o controlo do motor e desenha o respectivo diagrama em tempo real. Para a realização das medições da propagação do sinal desenvolveu-se um sistema que interliga a antena receptora a um computador portátil através de um analisador de espectros. À medida que as medições são efectuadas, a atenuação do sinal em função da distância é determinada e apresentada graficamente no computador sendo, ainda, representada a atenuação esperada no espaço livre. Para isto, implementou-se uma aplicação em ambiente Matlab que faz o tratamento e representação dos dados. Tendo-se conhecimento dos parâmetros das antenas, e com o sistema de medição implementado, passou-se às medições da propagação do sinal em diferentes meios, tais como, meio sem obstáculos, meio urbano, meio florestal caracterizado por troncos no percurso de propagação e meio florestal caracterizado por folhagem no percurso de propagação. Em cada meio foram efectuadas medições para 37 combinações de antenas, com ganhos conjuntos a variar desde os 2,6 até o 46 dBi. As medições foram efectuadas com a colocação da antena emissora numa posição fixa e com o afastamento da antena receptora em intervalos de 5 metros, até os 150 metros, seguindo a linha de máxima radiação entre ambas as antenas. Ainda, para os meios sem obstáculos e florestais, foram efectuadas medições para dois ângulos em relação à linha indicada, sendo estes de 30° e 330°, respectivamente. Com base nos resultados obtidos, verificou-se um aumento da atenuação à medida que se passou para meios mais obstruídos, sendo que, para o meio sem obstáculos a atenuação aproxima-se da curva do espaço livre. No meio urbano observou-se que a atenuação aumentou ligeiramente. No entanto, esta não é muito significativa quando comparada com a atenuação no espaço livre. Por último, notou-se um grande aumento da atenuação nos meios florestais, ao nível dos troncos e da vegetação, sendo superior para esta última. Relativamente às antenas, verificou-se que existe um aumento da atenuação na medida que o ganho destas aumenta, sendo mais visível para meios com maior obstrução (florestais). Para a situação em que as antenas encontram-se com desvios de 30° e 330°, verificou-se que este aumento é mais significativo para as antenas directivas (ganhos superiores).

Electrochemical sensor for sulfite determination based on a nanostructured copper-salen film modified electrode

The electrochemical preparation described herein involved the electrocatalytic oxidation of sulfite on a platinum electrode modified with nanostructured copper salen (salen=N,N'-ethylenebis(salicylideneiminato)) polymer films. The complex was prepared and electropolymerized at a platinum electrode in a 0.1 mol L-1 solution of tetrabutylammonium perchlorate in acetonitrile by cyclic voltammetry between 0 and 1.4V vs. SCE. After cycling the modified electrode in a 0.50 mol L-1 KCI solution, the estimated surface concentration was found to be equal to 2.2 x 10(-9) Mol cm(-2). This is a typical behavior of an electrode surface immobilized with a redox couple that can usually be considered as a reversible single-electron reduction/oxidation of the copper(II)/copper(III) couple. The potential peaks of the modified electrode in the electrolyte solution (aqueous) containing the different anions increase with the decrease of the ionic radius, demonstrating that the counter-ions influence the voltammetric behavior of the sensor. The potential peak was found to be linearly dependent upon the ratio [ionic charge]/[ionic radius]. The oxidation of the sulfite anion was performed at the platinum electrode at +0.9V vs. SCE. However, a significant decrease in the overpotential (+0.45V) was obtained while using the sensor, which minimized the effect of oxidizable interferences. A plot of the anodic current vs. the sulfite concentration for chronoamperometry (potential fixed = +0.45V) at the sensor was linear in the 4.0 x 10(-6) to 6.9 x 10(-5) mol L-1 concentration range and the concentration limit was 1.2 x 10(-6) mol L-1. The reaction order with respect to sulfite was determined by the slope of the logarithm of the current vs. the logarithm of the sulfite concentration. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Development of an electrochemical sensor for determination of dissolved oxygen by nickel-salen polymeric film modified electrode

An amperometric oxygen sensor based on a polymeric nickel-salen (salen = N,N'-ethylene bis(salicylideneiminato)) film coated platinum electrode was developed. The sensor was constructed by electropolymerization of nickel-salen complex at platinum electrode in acetonitrile/tetrabutylammonium perchlorate by cyclic voltammetry. The voltammetric behavior of the sensor was investigated in 0.5 mol L-1 KCl solution in the absence and presence of molecular oxygen. Thus, with the addition of oxygen to the solution, the increase of cathodic peak current (at -0.25 V vs. saturated calomel electrode (SCE)) of the modified electrode was observed. This result shows that the nickel-salen film on electrode surface promotes the reduction of oxygen. The reaction can be brought about electrochemically, where the nickel(II) complex is first reduced to a nickel(I) complex at the electrode surface. The nickel(I) complex then undergoes a catalytic oxidation by the molecular oxygen in solution back to the nickel(II) complex, which can then be electrochemically re-reduced to produce an enhancement of the cathodic current. The Tafel plot analyses have been used to elucidate the kinetics and mechanism of the oxygen reduction. A plot of the cathodic current vs. the dissolved oxygen concentration for chronoamperometry (fixed potential = -0.25 V vs. SCE) at the sensor was linear in the 3.95-9.20 mg L-1 concentration range and the concentration limit was 0.17 mg L-1 O-2. The proposed electrode is useful for the quality control and routine analysis of dissolved oxygen in commercial samples and environmental water. The results obtained for the levels of dissolved oxygen are in agreement with the results obtained with a commercial O-2 sensor. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.