Multilocus molecular phylogeny of Gasteropelecidae (Ostariophysi: Characiformes) reveals the existence of an unsuspected diversity

The characiform family Gasteropelecidae, the so-called freshwater hatchetfishes, is comprised of three genera and nine species found in Panama and all South American countries except Chile. Our goal was to investigate the molecular characteristics, phylogenetic relationships among the species and genera of Gasteropelecidae and phylogenetic relationships between the Gasteropelecidae family with other Characiformes. DNA fragments from two mitochondrial (16S rRNA and Cytochrome B) and three nuclear genes (Rag1, Rag2 and Myh6) were sequenced. Our results corroborate the morphology-based hypothesized monophyly of the Gasteropelecidae family and most of the relationships among its genera. However, the genus Gasteropelecus is polyphyletic because G. maculatus is placed as the sister group to all other gasteropelecids, whereas G. sternicla is more closely related to species of Carnegiella. Similarly, the species Carnegiella strigata is not monophyletic, which suggests that the family needs a taxonomic review. Moreover, the species Thoracocharax stellatus was composed by four distinct lineages suggesting the this species may represents a species complex. © 2013 Elsevier Inc.

Caracterização fenotípica, genotípica e termorressistência à fervura em linhagens de Nocardia spp isoladas de animais domésticos e humanos

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Análise das relações entre gêneros da subfamília neoplecostominae (Siluriformes: Loricariidae) com base em sequências de DNA

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Caracterização molecular da estrutura genética de populações e espécies camarões palemonídeos Macrobrachium do gênero Macrobrachium

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Análise por sequências multilocus de Xanthomonas fuscans subsp. aurantifolii

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Biodegradação de naftaleno, fenantreno e diesel por isolados do gênero Burkholderia da Amazônia

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Filogeografia das espécies de tainha, Mugil liza e M. platanus (Teleostei: Mugiliformes)

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Análise filogenética da subfamília Callichthyinae (Teleostei: Siluriformes: Callichthyidae) com base em seqüências de DNA nuclear e mitocondrial

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)

Clonagem do gene p28 e análise da expressão da proteína recombinante a partir da amostra Jaboticabal de Ehrlichia canis e sua aplicação no diagnóstico da erliqueose canina

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Estudos filogenéticos na subfamília hypoptopomatinae (Teleostei: Siluriformes: Loricariidae) com base em sequências de DNA

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Taxonomic implications of molecular studies on Northern Brazilian Teredinidae (Mollusca: Bivalvia) specimens

The current taxonomy of the Teredinidae (shipworms) is wholly based on morphology and up to now no molecular studies of the phylogeny of this group have been published. In the present study the relationships between four genera of the subfamilies Teredininae and Bankiinae were established and the efficiency of the 16S rRNA gene in characterizing four Teredinidae species was tested. Phylogenetic trees support the grouping of Bankia fimbriatula with Nausitora fusticula and of Neoteredo reynei with Psiloteredo healdi, but the genetic distances do not justify the classification of these species into two distinct subfamilies. The results show that B. fimbriatula, N. reynei and P. healdi specimens from the coast of the Brazilian state of Pará have five distinct 16S rRNA haplotypes, with one N. reynei haplotype differing from the other haplotypes in respect to at least seven sequences sites, indicating the existence of two very distinct sympatric lineages.

Genetic differentiation of Macrodon ancylodon (Sciaenidae, Perciformes) populations in Atlantic coastal waters of South America as revealed by mtDNA analysis

The king weakfish (pescada-gó in Portuguese - Macrodon ancylodon (Sciaenidae), a demersal (bottom-feeding) species found in South America Atlantic coastal waters from the Gulf of Paria in Venezuela to Baia Blanca in Argentina, is an economically important species because of its abundance and wide acceptance by consumers. Because of its wide distribution this fish may be subject to geographic isolation and this may have resulted in distinct populations along its coastal range. Considering that this species represents an important economic resource, confirmation of whether M. ancylodon is a single species or there are different genetic stocks spread over its wide distribution would be an important contribution to conservation policies and population management of the king weakfish. To investigate differences between king weakfish populations we used the cytochrome b and 16S rRNA genes to characterize M. ancylodon specimens caught throughout its South American range from Venezuela to Argentina. Our results clearly distinguished two genetically different groups which show nucleotide divergence and genetic structuring patterns that strongly suggest they may be different species, disagreeing with the widely accepted traditional taxonomy that accepts only one species of Macrodon in the western Atlantic.

Detecção da Helicobacter pylori através da técnica de reação em cadeia da polimerase em amostras fecais de crianças da cidade de Belém-Pará

A infecção pela Helicobacter pylori é uma das mais comuns em humanos, admite-se que é adquirida na infância e que é uma das principais causas de gastrite e úlcera gástrica na vida adulta. Entre os vários métodos de diagnósticos da infecção pela H. pylori, a reação e cadeia da polimerase (PCR) tem mostrado alta sensibilidade para a detecção desta bactéria em amostras gástricas, orais fecais. Com o objetivo de padronizar a técnica de PCR para detectar a presença da H. pylori nas fezes e comparar com o método de diagnóstico sorológico, utilizou-se uma amostra de 79 crianças provenientes de um estudo soroepidemiológico realizado em Belém-Pará, no ano de 2003. O DNA total foi extraído das fezes através de um protocolo padronizado neste estudo baseado na associação dos métodos de fervura em resina quelante e digestão por proteinase, seguido por fenol-clorofórmio. Para a amplificação do DNA utilizou-se iniciadores para o gene 16S rRNA para o gênero Helicobacter e para detecção específica da H. pylori utilizou-se iniciadores para trecho do gene ureA. O fragmento foi visualizado em gel de agarose 2% corado com brometo de etídio. A presença da H. pylori foi verificada em 69,62% (55/79) dos pacientes. A análise comparativa entre o ensaio sorológico e a PCR ureA, revelou que a técnica molecular apresenta um melhor desempenho no diagnóstico de H. pylori em fezes (p = 0,0246). A aplicação da técnica da PCR em amostras fecais de crianças, por ser um procedimento não invasivo e altamente eficiente pode ser utilizada para detecção da infecção pela H. pylori tanto na rotina laboratorial como em pesquisas de interesse epidemiológico.

Detecção sorológica e caracterização moleculares de agentes anaplasmataceae, micoplasmas hemotróficos, piroplasmas e Hepatozoon sp. em carnívoros selvagens mantidos em cativeiro no Brasil

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)

Características epidemiológicas relativas à doença dental e infecção por Helicobacter pylori na cavidade oral de estudantes em Belém-Pará

A infecção pela Helicobacter pylori é uma das mais comuns em humanos e apesar de possuir tropismo pelo estômago, pode ser encontrada na cavidade oral, mantendo uma relação comensal com o hospedeiro, enquanto a cárie dental também é uma doença infecciosa e resulta do metabolismo da placa bacteriana. Ambas as infecções apresentam alta prevalência em países em desenvolvimento, pois estas populações estão mais expostas a fatores ambientais de risco, e normalmente são adquiridas durante a infância. A prevalência destas infecções foi investigada na cavidade oral de escolares assintomáticos para doenças gástricas, provenientes de uma população de Belém-Pa, relacionando-se a alguns parâmetros de higiene e saúde bucal, condição socioeconômica e fatores de susceptibilidade genética como os grupos sanguíneos ABO e Lewis. Foram investigados 104 indivíduos, com idade média de 17 anos. De todos os participantes foram coletadas amostras de saliva e placa dental. A saliva foi coletada para identificação do estado secretor ABO e Lewis e estimação dos parâmetros salivares, e ambas, saliva e placa dental, foram coletadas para analise molecular dos genes 16S RNAr da H. pylori e FUT2. A H. pylori foi detectada em 79,8% dos escolares, com freqüência de 66,35% na placa dental e 58,65% na saliva. A prevalência de cárie foi de 82,8% na população estudada. A avaliação clínica da saúde bucal mostrou que o CPO-D médio encontrado foi de 3,53. Observou-se que a experiência de cárie tende a aumentar à medida que acresce a idade e que a infecção por H. pylori foi maior na primeira infância. O grau de instrução e o número de visitas ao dentista mostraram diferenças significantes em relação a presença de H. pylori. A distribuição fenotípica dos grupos sanguíneos ABO e Lewis não mostrou diferenças significantes entre indivíduos infectados e não-infectados, que expliquem haver maior susceptibilidade genética para infecção por H. pylori e cárie dental. No conjunto desta analise as elevadas freqüências encontradas denotam a necessidade de cuidados e tratamento das doenças dentais, como a cárie e sugere-se que a H. pylori na cavidade oral pode contribuir para a infecção e re-infecção do estômago após tratamento.