ExpressionView--an interactive viewer for modules identified in gene expression data.

SUMMARY: ExpressionView is an R package that provides an interactive graphical environment to explore transcription modules identified in gene expression data. A sophisticated ordering algorithm is used to present the modules with the expression in a visually appealing layout that provides an intuitive summary of the results. From this overview, the user can select individual modules and access biologically relevant metadata associated with them. AVAILABILITY: http://www.unil.ch/cbg/ExpressionView. Screenshots, tutorials and sample data sets can be found on the ExpressionView web site.

Resting-brain functional connectivity predicted by analytic measures of network communication.

The complex relationship between structural and functional connectivity, as measured by noninvasive imaging of the human brain, poses many unresolved challenges and open questions. Here, we apply analytic measures of network communication to the structural connectivity of the human brain and explore the capacity of these measures to predict resting-state functional connectivity across three independently acquired datasets. We focus on the layout of shortest paths across the network and on two communication measures-search information and path transitivity-which account for how these paths are embedded in the rest of the network. Search information is an existing measure of information needed to access or trace shortest paths; we introduce path transitivity to measure the density of local detours along the shortest path. We find that both search information and path transitivity predict the strength of functional connectivity among both connected and unconnected node pairs. They do so at levels that match or significantly exceed path length measures, Euclidean distance, as well as computational models of neural dynamics. This capacity suggests that dynamic couplings due to interactions among neural elements in brain networks are substantially influenced by the broader network context adjacent to the shortest communication pathways.

Komik, Ernst und Mise en page. Zum Problem der Farblinien in Heinrich Wittenwilers "Der Ring"

Der Aufsatz nähert sich dem Interpretationsproblem des ,Ring', eines seit Forschungsbeginn ausserordentlich konträr diskutierten Textes, aus wissenschaftsanalytischer Perspektive. Er führt die Zersplitterung und die Extremisierung der Deutungsansätze, die die breite Forschung zu Wittenwilers Werk kennzeichnet, auf einen vergleichsweise simplen Befund zurück: die ungeklärte Frage nach dem Verhältnis von Komik und Didaktik und der Ernsthaftigkeit des lehrhaften Angebots im ,Ring'. Die so auf grundlegendster Ebene offen gebliebene Erfassung des Textes führt in einen interpretatorischen Leerraum, in dem die widersprüchlichsten, oft wissenschaftsideologisch begründeten Positionen Platz finden. Ihre Analyse zeigt, dass sie sich in wiederkehrende Gruppierungen ordnen. Als Schlüsselglied sowohl der Befunddaten als auch der konträren Vernetzungen von Befund und Deutung wird die wechselnd rote und grüne Initialenlinie der Münchner Handschrift identifiziert. Als im Prolog eingeführte Markierung von Ernst auf der einen und Komik auf der anderen Seite ist sie nicht nur visueller Ausdruck des Deutungsproblems des ,Ring', sondern sie hat es wegen der scheinbaren Unstimmigkeit ihrer Zuweisungen auch wesentlich bedingt. Der Aufsatz zeigt ihren bisher übersehenen Aufschluss für das Verständnis des Werks. Nimmt man die Linie als graphisches Verfahren ernst, stellt sie sich als strukturelle Markierung zum Auffinden von Text im diskontinuierlichen Zugriff dar - nicht aber, wie man sie bisher ausnahmslos verstand, als semantische Kommentierung eines laufenden, kontinuierlich zu lesenden Textes. Die strukturierende Funktion des Farbwechsels ist auf zwei Ebenen nachzuweisen: Auf Makroebene trennen seine Zuweisungen vorwiegend narrative und vorwiegend wissensvermittelnde Grosspartien des ,Ring' durch eine jeweilige Grundfarbe. Auf Mikroebene wird diese Grundfarbe durch die jeweils andere Farbe durchbrochen, um formale Einschnitte wie etwa Sprecherwechsel, Ortswechsel, Handlungsneueinsätze, Beginn und Ende eines eingeschalteten Binnentextes oder einer Sentenz anzuzeigen. Dem Benutzer der autornahen Handschrift sollte so in einem ersten Schritt (makrostrukturell) ermöglicht werden, gezielt auf gewünschte Stellen des Textes zuzugreifen und ihn in einem zweiten Schritt (mikrostrukturell) schneller zu erfassen. Nicht in seiner Umsetzung, sehr wohl aber in seiner Funktion steht dieses ungewöhnliche Layout zeitgenössischen Techniken der Buchgliederung durchaus nahe. Auch im Profil der Zusammenstellung seiner Binnentexte rückt der ,Ring' damit in die Nähe der im Spätmittelalter beliebten Sammelhandschriften mit Ziel einer Wissenssumme, die hier narrativ verbundenen wird. Es scheint, als möchte der ,Ring' in einem ungewöhnlichen Experiment beides sein: Kompilation und Werkganzes, Wissenssammlung und Erzählwerk - Texte und Text. Als Ergebnis einer Neuuntersuchung des Münchner codex unicus des ,Ring' weist der Beitrag schliesslich darauf hin, dass auch zahlreiche Markierungszeichen am Spaltenrand formale und strukturelle Texteinschnitte anzeigen und somit die gleiche Funktion haben wie der Farbwechsel auf Mikroebene. Ein kausaler, produktionstechnischer Zusammenhang zwischen diesen Zeichen und der Verteilung des Farbwechsels ist nicht auszuschliessen, zumal beide Verfahren etwa im letzten Fünftel des Textes zunehmend zusammenfallen. Möglicherweise war nur die makrostrukturelle Funktion des Farbwechsel ursprünglich indendiert und mit der Erläuterung im Prolog bezeichnet, während seine mikrostrukturelle Funktion erst Resultat des Abschreibprozesses ist.

Decision support systems in wood procurement. A Review

Summary

A Local DLP-GIS-LP system for geographically decentralized wood procurement planning and decision making

Summary

Tiimit opettajien perinteisten työkäytäntöjen murtajina

Artikkelin kirjoittaja kertoo väitöskirjastaan, joka käsittelee opettajatiimissä tapahtuvan opetuksen suunnittelun onnistumisen edellytyksiä ja esteitä

Sediment Control in Bridge Waterways, February 1990

The objective of this study was to develop guidelines for use of the Iowa Vanes technique for sediment control in bridge waterways. Iowa Vanes are small flow-training structures (foils) designed to modify the near-bed flow pattern and redistribute flow and sediment transport within the channel cross section. The structures are installed at an angleof attack of 15 - 25' with the flow, and their initial height is 0.2 - 0.5 times water depth at design stage. The vanes function by generating secondary circulation in the flow. The circulation alters magnitude and direction of the bed shear stress and causes a reduction in velocity and sediment transport in the vane controlled area. As a result, the river bed aggrades in the vane controlled area and degrades outside. This report summarizes the basic theory, describes results of laboratory and field tests, and presents the resulting design procedure. Design graphs have been developed based on the theory. The graphs are entered with basic flow variables and desired bed topography. The output is vane layout and design. The procedure is illustrated with two numerical examples prepared with data that are typical for many rivers in Iowa and the midwest. The report also discusses vane material. In most applications, the vane height will be between 30% and 50% of bankfull flow depth and the vane length will be two to three times vane height. The vanes will be placed in arrays along the bank of the river. Each array will contain two or more vanes. The vanes in an array will be spaced laterally a distance of two to three times vane height. The streamwise spacing between the arrays will be 15 to 30 times vane height, and the vane-to-bank distance will be three to four times vane height. The study also show that the first (most upstream) array in the vane system must be located a distance of at least three array spacings upstream from the bridge, and there must be at least three arrays in the system for it to be effective at and downstream from the third array.

Library buildings : Selection of an architect ... A paper read before the Iowa Library Association at Grinnell, Iowa. October 30, 1902.

This leaflet, no. 7, by Grant C. Miller, of Patton & Miller Architects in Chicago, contains information on how to plan the erection of a new library building. It discusses how to select a librarian, architect, location and surroundings design and layout needed to best serve the library users.