Rolling-circle transposons in eukaryotes

All eukaryotic DNA transposons reported so far belong to a single category of elements transposed by the so-called “cut-and-paste” mechanism. Here, we report a previously unknown category of eukaryotic DNA transposons, Helitron, which transpose by rolling-circle replication. Autonomous Helitrons encode a 5′-to-3′ DNA helicase and nuclease/ligase similar to those encoded by known rolling-circle replicons. Helitron-like transposons have conservative 5′-TC and CTRR-3′ termini and do not have terminal inverted repeats. They contain 16- to 20-bp hairpins separated by 10–12 nucleotides from the 3′-end and transpose precisely between the 5′-A and T-3′, with no modifications of the AT target sites. Together with their multiple diverged nonautonomous descendants, Helitrons constitute ≈2% of both the Arabidopsis thaliana and Caenorhabditis elegans genomes and also colonize the Oriza sativa genome. Sequence conservation suggests that Helitrons continue to be transposed.

Research in speech communication.

Advances in digital speech processing are now supporting application and deployment of a variety of speech technologies for human/machine communication. In fact, new businesses are rapidly forming about these technologies. But these capabilities are of little use unless society can afford them. Happily, explosive advances in microelectronics over the past two decades have assured affordable access to this sophistication as well as to the underlying computing technology. The research challenges in speech processing remain in the traditionally identified areas of recognition, synthesis, and coding. These three areas have typically been addressed individually, often with significant isolation among the efforts. But they are all facets of the same fundamental issue--how to represent and quantify the information in the speech signal. This implies deeper understanding of the physics of speech production, the constraints that the conventions of language impose, and the mechanism for information processing in the auditory system. In ongoing research, therefore, we seek more accurate models of speech generation, better computational formulations of language, and realistic perceptual guides for speech processing--along with ways to coalesce the fundamental issues of recognition, synthesis, and coding. Successful solution will yield the long-sought dictation machine, high-quality synthesis from text, and the ultimate in low bit-rate transmission of speech. It will also open the door to language-translating telephony, where the synthetic foreign translation can be in the voice of the originating talker.

Genetic determinants of human hypertension.

Hypertension is a common trait of multifactorial determination imparting an increased risk of myocardial infarction, stroke, and end-stage renal disease. The primary determinants of hypertension, as well as the factors which determine specific morbid sequelae, remain unknown in the vast majority of subjects. Knowledge that a large fraction of the interindividual variation in this trait is genetically determined motivates the application of genetic approaches to the identification of these primary determinants. Success in this effort will afford insights into pathophysiology, permit preclinical identification of subjects with specific inherited susceptibility, and provide opportunities to tailor therapy to specific underlying abnormalities. To date, mutations in three genes have been implicated in the pathogenesis of human hypertension: mutations resulting in ectopic expression of aldosterone synthase enzymatic activity cause a mendelian form of hypertension known as glucocorticoid-remediable aldosteronism; mutations in the beta subunit of the amiloride-sensitive epithelial sodium channel cause constitutive activation of this channel and the mendelian form of hypertension known as Liddle syndrome; finally, common variants at the angiotensinogen locus have been implicated in the pathogenesis of essential hypertension in Caucasian subjects, although the nature of the functional variants and their mechanism of action remain uncertain. These early findings demonstrate the feasibility and utility of the application of genetic analysis to dissection of this trait.

Alterazione della proteostasi a livello del reticolo endoplasmatico: un potenziale target terapeutico nel carcinoma prostatico

Nel sesso maschile il carcinoma della prostata (CaP) è la neoplasia più frequente ed è tra le prime cause di morte per tumore. Ad oggi, sono disponibili diverse strategie terapeutiche per il trattamento del CaP, ma, come comprovato dall’ancora alta mortalità, spesso queste sono inefficaci, a causa soprattutto dello sviluppo di fenomeni di resistenza da parte delle cellule tumorali. La ricerca si sta quindi focalizzando sulla caratterizzazione di tali meccanismi di resistenza e, allo stesso tempo, sull’individuazione di combinazioni terapeutiche che siano più efficaci e capaci di superare queste resistenze. Le cellule tumorali sono fortemente dipendenti dai meccanismi connessi con l’omeostasi proteica (proteostasi), in quanto sono sottoposte a numerosi stress ambientali (ipossia, carenza di nutrienti, esposizione a chemioterapici, ecc.) e ad un’aumentata attività trascrizionale, entrambi fattori che causano un accumulo intracellulare di proteine anomale e/o mal ripiegate, le quali possono risultare dannose per la cellula e vanno quindi riparate o eliminate efficientemente. La cellula ha sviluppato diversi sistemi di controllo di qualità delle proteine, tra cui gli chaperon molecolari, il sistema di degradazione associato al reticolo endoplasmatico (ERAD), il sistema di risposta alle proteine non ripiegate (UPR) e i sistemi di degradazione come il proteasoma e l’autofagia. Uno dei possibili bersagli in cellule tumorali secretorie, come quelle del CaP, è rappresentato dal reticolo endoplasmatico (RE), organello intracellulare deputato alla sintesi, al ripiegamento e alle modificazioni post-traduzionali delle proteine di membrana e secrete. Alterazioni della protestasi a livello del RE inducono l’UPR, che svolge una duplice funzione nella cellula: primariamente funge da meccanismo omeostatico e di sopravvivenza, ma, quando l’omeostasi non è più ripristinabile e lo stimolo di attivazione dell’UPR cronicizza, può attivare vie di segnalazione che conducono alla morte cellulare programmata. La bivalenza, tipica dell’UPR, lo rende un bersaglio particolarmente interessante per promuovere la morte delle cellule tumorali: si può, infatti, sfruttare da una parte l’inibizione di componenti dell’UPR per abrogare i meccanismi adattativi e di sopravvivenza e dall’altra si può favorire il sovraccarico dell’UPR con conseguente induzione della via pro-apoptotica. Le catechine del tè verde sono composti polifenolici estratti dalle foglie di Camellia sinesis che possiedono comprovati effetti antitumorali: inibiscono la proliferazione, inducono la morte di cellule neoplastiche e riducono l’angiogenesi, l’invasione e la metastatizzazione di diversi tipi tumorali, tra cui il CaP. Diversi studi hanno osservato come il RE sia uno dei bersagli molecolari delle catechine del tè verde. In particolare, recenti studi del nostro gruppo di ricerca hanno messo in evidenza come il Polyphenon E (estratto standardizzato di catechine del tè verde) sia in grado, in modelli animali di CaP, di causare un’alterazione strutturale del RE e del Golgi, un deficit del processamento delle proteine secretorie e la conseguente induzione di uno stato di stress del RE, il quale causa a sua volta l’attivazione delle vie di segnalazione dell’UPR. Nel presente studio su due diverse linee cellulari di CaP (LNCaP e DU145) e in un nostro precedente studio su altre due linee cellulari (PNT1a e PC3) è stato confermato che il Polyphenon E è capace di indurre lo stress del RE e di determinare l’attivazione delle vie di segnalazione dell’UPR, le quali possono fungere da meccanismo di sopravvivenza, ma anche contribuire a favorire la morte cellulare indotta dalle catechine del tè verde (come nel caso delle PC3). Considerati questi effetti delle catechine del tè verde in qualità di induttori dell’UPR, abbiamo ipotizzato che la combinazione di questi polifenoli bioattivi e degli inibitori del proteasoma, anch’essi noti attivatori dell’UPR, potesse comportare un aggravamento dell’UPR stesso tale da innescare meccanismi molecolari di morte cellulare programmata. Abbiamo quindi studiato l’effetto di tale combinazione in cellule PC3 trattate con epigallocatechina-3-gallato (EGCG, la principale tra le catechine del tè verde) e due diversi inibitori del proteasoma, il bortezomib (BZM) e l’MG132. I risultati hanno dimostrato, diversamente da quanto ipotizzato, che l’EGCG quando associato agli inibitori del proteasoma non produce effetti sinergici, ma che anzi, quando viene addizionato al BZM, causa una risposta simil-antagonistica: si osserva infatti una riduzione della citotossicità e dell’effetto inibitorio sul proteasoma (accumulo di proteine poliubiquitinate) indotti dal BZM, inoltre anche l’induzione dell’UPR (aumento di GRP78, p-eIF2α, CHOP) risulta ridotta nelle cellule trattate con la combinazione di EGCG e BZM rispetto alle cellule trattate col solo BZM. Gli stessi effetti non si osservano invece nelle cellule PC3 trattate con l’EGCG in associazione con l’MG132, dove non si registra alcuna variazione dei parametri di vitalità cellulare e dei marcatori di inibizione del proteasoma e di UPR (rispetto a quelli osservati nel singolo trattamento con MG132). Essendo l’autofagia un meccanismo compensativo che si attiva in seguito all’inibizione del proteasoma o allo stress del RE, abbiamo valutato che ruolo potesse avere tale meccanismo nella risposta simil-antagonistica osservata in seguito al co-trattamento con EGCG e BZM. I nostri risultati hanno evidenziato, in cellule trattate con BZM, l’attivazione di un flusso autofagico che si intensifica quando viene addizionato l’EGCG. Tramite l’inibizione dell’autofagia mediante co-somministrazione di clorochina, è stato possibile stabilire che l’autofagia indotta dall’EGCG favorisce la sopravvivenza delle cellule sottoposte al trattamento combinato tramite la riduzione dell’UPR. Queste evidenze ci portano a concludere che per il trattamento del CaP è sconsigliabile associare le catechine del tè verde con il BZM e che in futuri studi di combinazione di questi polifenoli con composti antitumorali sarà importante valutare il ruolo dell’autofagia come possibile meccanismo di resistenza.

Dalla catalisi all’inibizione della crescita da contatto: le molteplici funzioni di O-acetilserina sulfidrilasi batterica

CysK, uno degli isoenzimi di O-acetilserina sulfidrilasi (OASS) presenti in piante e batteri, è un enzima studiato da molto tempo ed il suo ruolo fisiologico nella sintesi della cisteina è stato ben definito. Recentemente sono state scoperte altre funzioni apparentemente non collegate alla sua funzione enzimatica (moonlighting). Una di queste è l’attivazione di una tossina ad attività tRNAsica, CdiA-CT, coinvolta nel sistema di inibizione della crescita da contatto (CDI) di ceppi patogeni di E. coli. In questo progetto abbiamo studiato il ruolo di CysK nel sistema CDI e la formazione di complessi con due differenti partner proteici: CdiA-CT e CysE (serina acetiltransferasi, l’enzima che catalizza la reazione precedente nella biosintesi della cisteina). I due complessi hanno le stesse caratteristiche spettrofluorimetriche e affinità molto simili, ma la cinetica di raggiungimento dell’equilibrio per il complesso tossina:CysK è più lenta che per il complesso CysE:CysK (cisteina sintasi). In entrambi i casi la formazione veloce di un complesso d’incontro è seguita da un riarrangiamento conformazionale che porta alla formazione di un complesso ad alta affinità. L’efficienza di formazione del complesso cisteina sintasi è circa 200 volte maggiore rispetto al complesso CysK:tossina. Una differenza importante, oltre alla cinetica di formazione dei complessi, è la stechiometria di legame. Infatti mentre CysE riesce a legare solo uno dei due siti attivi del dimero di CysK, nel complesso con CdiA-CT entrambi i siti attivi dell’enzima risultano essere occupati. Le cellule isogeniche esprimono un peptide inibitore della tossina (CdiI), e sono quindi resistenti all’azione tRNAsica. Tuttavia, siccome CdiI non altera la formazione del complesso CdiA-CT:CysK, CdiA-CT può esercitare comunque un ruolo nel metabolismo della cisteina e quindi nella fitness dei batteri isogenici, attraverso il legame e l'inibizione di CysK e la competizione con CysE. La via biosintetica della cisteina, un precursore di molecole riducenti, risulta essere molto importante per i batteri soprattutto in condizioni avverse come all’interno dei macrofagi nelle infezioni persistenti. Perciò questa via metabolica è di interesse per lo sviluppo di nuovi antibiotici, e in particolare le due isoforme dell’OASS negli enterobatteri, CysK e CysM, sono potenziali target per lo sviluppo di nuove molecole ad azione antibatterica. Partendo dall’analisi delle modalità di interazione con CysK del suo partner ed inibitore fisiologico, CysE, si è studiato dapprima l’interazione di pentapeptidi che mimassero la regione C-terminale di quest'ultimo, e in base ai dati ottenuti sono stati sviluppati piccoli ligandi sintetici. La struttura generale di questi composti è costituita da un gruppo acido ed un gruppo lipofilo, separati da un linker ciclopropanico che mantiene questi due gruppi in conformazione trans, ottimale per l’interazione col sito attivo dell’enzima. Sulla base di queste considerazioni, di docking in silico e di dati sperimentali ottenuti con la tecnica dell’STD-NMR e con saggi di binding spettrofluorimetrici, si è potuta realizzare una analisi di relazione struttura-attività che ha portato via via all’ottimizzazione dei ligandi. Il composto più affine che è stato finora ottenuto ha una costante di dissociazione nel range del nanomolare per entrambe le isoforme, ed è un ottimo punto di partenza per lo sviluppo di nuovi farmaci.

Da resistência à luta pela visibilidade: um estudo sobre o modo de vida de jovens de comunidades faxinalenses

Esta pesquisa tem como objetivo central compreender as perspectivas de futuro de jovens faxinalenses. Para isso, buscamos entender as particularidades de sua forma de vida, desafios, problemas, potencialidades, sua relação com as comunidades e os possíveis fatores que influenciam na aproximação ou distanciamento entre eles e seus territórios. Os faxinais constituem uma forma particular de organização camponesa reconhecida como Comunidade Tradicional. Possuem como principal característica o uso de áreas em comum, chamadas de criadouro comunitário. Neste espaço, as famílias criam seus animais à solta, preservam grande parte da vegetação nativa, constroem suas casas e mantêm a dinâmica comunitária. Quanto ao uso comum das áreas, muitos proprietários permitem que não proprietários de terras morem e usufruam da área do criador comunitário, a partir de acordos estabelecidos entre os envolvidos. Historicamente, os faxinais vêm sofrendo fortes pressões por grande parte do sistema econômico, do modelo de agricultura considerada moderna e do poder público, que invadem seus territórios, destroem a natureza, geram preconceito, forçam a diminuição e o fechamento das áreas de uso comum, e expulsam famílias das comunidades. Apesar de intensas pressões, inúmeras famílias seguem resistindo e dando continuidade ao seu tradicional modo de vida. Para compreender as estratégias de resistência e as perspectivas de futuro, participamos de espaços coletivos das comunidades, empreendemos oficinas, conversas informais com lideranças comunitárias e com os jovens, sendo que com os jovens ainda realizamos, em grupos, a técnica percurso comentado. A partir das análises dos dados obtidos em campo, sistematizamos algumas estratégias que as comunidades faxinalenses utilizaram e utilizam para resistir a condições sociais e econômicas degradantes, que, no limite, visam à sua finalização. Interpretamos a relação das comunidades com o Movimento Articulação Puxirão dos Povos Faxinalenses (APF) como essencial para o desenvolvimento das estratégias, que se manifestam na educação, na geração de renda, nas associações comunitárias, na produção agroecológica, nos espaços coletivos, na religiosidade e no enraizamento, que promovem relações diferenciadas com o território e com o modo de vida. Fatores que mobilizam formas de resistência, fortalecimento das comunidades, reorganização das tradições e, consequentemente, contribuem com a construção de planos e perspectivas de futuro dos jovens faxinalenses, que lutam e resistem pela manutenção e desenvolvimento de suas comunidades

Contemplative Education CenterStage: Training the Mindful Performer

In the late 20th century and early 21st century, contemplative education/studies courses, concentrations, and initiatives have emerged in the academy. Although there has been significant discussion of postsecondary courses and programs that have integrated contemplative views and practices in the literature, there have been few studies of contemplative curricula and pedagogy in higher education. Additionally, there have been even fewer inquiries of the influence of contemplative education on performing arts training within conservatories and college and university departments. The aim of this qualitative study was two-fold: (1) to describe, interpret, and appraise the impact of contemplative education on the curricula of an interdisciplinary conservatory level performing arts program, MFA Contemporary Performance, at Naropa University; and (2) to disclose, compare, and analyze MFA student perceptions of the influence of contemplative education on their professional and personal development. The following questions guided this study: (1) How do faculty and students characterize contemplative education within the MFA in Theater: Contemporary Performance Program? (2) How does contemplative education impact the intended and operational curricula of courses within the MFA Contemporary Performance Program? (3) How do graduate students perceive the effects of contemplative education, offered by the MFA Contemporary Performance Program, on the development of their communication abilities, presence-in-performance, sociolinguistic perspectives, and aesthetic perspectives? Based on the research methodology of educational criticism and connoisseurship, this investigation provides a vivid description and interpretation of the intended and operational curricula of three core courses within the MFA program. These curricula were examined through five dimensions: intentional, curricular, pedagogical, structural, and evaluative. In order to shape our understanding of the contemplative and performative nature of the curricula, the significant and subtle qualities of the courses were further captured by preparation, context-building, reflective, showing, and closing conventions. Since the courses were grounded in postmodern view, they were evaluated according to Doll's criteria of richness, recursion, relations, and rigor for the evaluation of postmodern curricula. MFA first- and second-year students primarily characterized contemplative education as body/mind training for performance and personal development, sitting meditation, and cultivation of mindfulness and awareness. Student perceptions of the impact of contemplative education on the development of their communication abilities, presence-in-performance, sociolinguistic perspectives, and aesthetic perspectives, throughout the course of their two-year training, are presented in a dimensional analysis. The research reveals eight different themes that intersect the three core curricula and interviews with MFA students and faculty. These thematics include inclusivity, nowness, silence, improvisation, goodness, heart, training, and space. The beginning letter of each theme combines to form the acronym, insights. The framework of insights connects and illuminates the most potent aspects of MFA Contemporary Performance values and training.

Cumprimento das orientações acerca dos bufetes escolares para as escolas do 2º e 3º ciclos e ensino secundário de Portugal

Tese de mestrado, Doenças Metabólicas e Comportamento Alimentar, Universidade de Lisboa, Faculdade de Medicina, 2016

Banks at the Service of the Economy? European Policy Brief No. 17, November 2013

This Policy Brief discusses a few simple measures to improve both the commercial and investment banking landscapes, with or without formal separation. Covering deposits with quality collateral would make them safer and would help create an easier guarantee and resolution mechanism at the larger eurozone level. Strong central counterparties and transparency requirements would improve market mechanisms and market discipline in capital markets and investment banking. Specific governance measures would also help improve the financial sector. Finally, a better control of bank solvency, together with improved capital market transparency and accessibility, should encourage the progressive deleveraging of commercial banks, and enhance the long term funding of the economy by capital markets.

The Digital Market for Local Services: A one-night stand for workers? An example from the on-demand economy. CEPS Special Report, No. 133/April 2016

This case study provides a snapshot of the dynamics in the digital market for locally provided personal services. Based on a case study for a Belgium platform with 14,113 identified workers and 9,459 posted tasks, the findings suggest that the current intermediation is inefficient. Only a limited share of the tasks posted on the platform are being completed, whereas the characteristics of the not-completed tasks are fairly limited. Moreover, just a small share of the workers participating in the platform is actually performing the completed tasks. Their average earnings per hour are in most cases above the minimum wage and even above the median wage in the offline market. At the present time, however, the limited earnings for individual workers prevent this mode of working from becoming an alternative to a conventional job. In addition to the standard determinants of workers’ earnings (e.g. gender, age, occupation, etc.), the characteristics and evaluation mechanism of the platform have a large influence on the distribution of tasks and earnings.

ROVIM T2D: Um robô autónomo de vigilância de instalações militares

Os avanços técnológicos da última década permitiram um crescimento nas aplicações militares de veículos autónomos. Com o objetivo de explorar o seu potêncial na vigilância de instalações militares, a Academia Militar encomendou o desenvolvimento e construção de um protótipo funcional de um veículo autónomo. Nesta dissertação os sistemas de tração, travagem e direção desse protótipo são abordados. A literatura atual foca-se em aplicações comerciais de veículos rodoviários, onde a autonomia é o principal problema. No entanto, equipas não profissionais lidam antes disso com dificuldades em capturar uma visão clara do projecto e fracos procedimentos de segurança. Uma moto-quatro com um módulo de baterias elétricas e atuadores embarcados para os sistemas da tração, travagem e direção, assim como os mecanismos de controlo e interface, é aqui proposta e avaliada, numa abordagem focada na flexibilidade de desenho e na segurança dos utilizadores. As limitações da solução proposta são identificadas e são propostas correções.

[Calligraphic specimen, 1206, i.e. 1791 or 1792].

Exquisite album of calligraphy (muraqqaʻ / murakkaa) employing ḥadīth of the Prophet executed by the celebrated Ottoman calligrapher Mahmud Celâleddin Efendi (d.1829) in imitation of a model executed by the master calligrapher Hafız Osman Efendi (d.1698).

[Calligraphic specimen, early to mid 18th century].

Exquisite album of calligraphy (muraqqaʻ or murakkaa) comprising kıt'alar employing ḥadīth of the Prophet executed by the celebrated Ottoman calligrapher Eğrikapılı Mehmet Râsim Efendi (d.1756), renowned student of Seyyid Abdullah of Yedikule (d.1731).

Travaux du IXe congrès international de médecine vétérinaire à La Haye, 13-19 septembre 1909 ... = Arbeiten des IXten internationalen tierärztlichen kongresses im Haag, 13-19 september 1909 ... = Transactions of the IXth international veterinary congress at The Hague, 13-19 September 1909 ...

v. 1. Reports of the general meetings.--v. 2. Reports of the meetings of the sections.--v. 3. Organization; opening and closing meetings; general meetings.--v. 4. Meetings of the sections.

Transactions of the sixth International congress on tuberculosis. Washington, September 28 to October 5, 1908.

v. 1, pt. 1. Proceedings of Section I: Pathology and bacteriology. Proceedings of joint session of Sections I and II: Opsonic index. Conjunctival and cutaneous tuberculin reactions. Serum diagnosis.--v. 1, pt. 2 Proceedings of Section II: Clinical study and therapy of tuberculosis, sanatoria, hospitals, and dispensaries.--v. 2. Proceedings of Section III: Surgery and orthopedics. Proceedings of Section IV: Tuberculosis in infancy.--v. 3. Proceedings of Section V: Hygienic, social, industrial, and economic aspects of tuberculosis.--v. 4, pt. 1. Proceedings of Section VI: State and municipal control of tuberculosis.--v. 4, pt. 2. Proceedings of Section VII: Tuberculosis in animals and its relations to man.--v. 5. The opening and closing ceremonies. Report of the Secretary-General. Officers, committees, and members.--[v. 6] A series of public lectures Specially prepared for the sixth International congress on tuberculosis, by A. Calmette...Louis Landouzy...[and others] Ed. by the secretary-general, and printed as a supplement to the Transactions of the Congress.