The importance of reactant positioning in enzyme catalysis: A hybrid quantum mechanics/molecular mechanics study of a haloalkane dehalogenase

Hybrid quantum mechanics/molecular mechanics calculations using Austin Model 1 system-specific parameters were performed to study the SN2 displacement reaction of chloride from 1,2-dichloroethane (DCE) by nucleophilic attack of the carboxylate of acetate in the gas phase and by Asp-124 in the active site of haloalkane dehalogenase from Xanthobacter autotrophicus GJ10. The activation barrier for nucleophilic attack of acetate on DCE depends greatly on the reactants having a geometry resembling that in the enzyme or an optimized gas-phase structure. It was found in the gas-phase calculations that the activation barrier is 9 kcal/mol lower when dihedral constraints are used to restrict the carboxylate nucleophile geometry to that in the enzyme relative to the geometries for the reactants without dihedral constraints. The calculated quantum mechanics/molecular mechanics activation barriers for the enzymatic reaction are 16.2 and 19.4 kcal/mol when the geometry of the reactants is in a near attack conformer from molecular dynamics and in a conformer similar to the crystal structure (DCE is gauche), respectively. This haloalkane dehalogenase lowers the activation barrier for dehalogenation of DCE by 2–4 kcal/mol relative to the single point energies of the enzyme's quantum mechanics atoms in the gas phase. SN2 displacements of this sort in water are infinitely slower than in the gas phase. The modest lowering of the activation barrier by the enzyme relative to the reaction in the gas phase is consistent with mutation experiments.

Complex flexibility of the transforming growth factor beta superfamily.

The transforming growth factors beta (TGF-beta s) are important modulators of growth and differentiation. They are intermolecular disulfide-bonded homodimeric molecules. The monomer fold has a conserved cystine knot and lacks a hydrophobic core. The biological specificity of a given member of the family is believed to be determined by the conformational flexibility of the variable loop regions of the monomer. The monomer subunit assembly in the dimer is stabilized mainly by hydrophobic contacts and a few hydrogen bonds. Since these interactions are nondirectional, we examined subunit assemblies of TGF-beta by using conformational analysis. The different subunit assemblies in TGF-beta 2 dimer were characterized in terms of the intersubunit disulfide torsion. Our analyses show that the subunit assemblies fall into two states: the crystallographically observed gauche+conformation and the previously not reported gauche--conformation, both having almost identical interaction energies. Furthermore, there is significant flexibility in the subunit assembly within the gauche+ and the gauche- states of the disulfide bond. The monomer subunit assembly is independent of the variations about the loop regions. The variations in the loop regions, coupled with flexibility in the monomer assembly, lead to a complex flexibility in the dimer of the TGF-beta superfamily. For the TGF-beta superfamily, the cystine knot acts as a scaffold and complex flexibility provides for biological selectivity. Complex flexibility might provide an explanation for the diverse range of biological activities that these important molecules display.

Análise Conformacional e estudo das interações eletrônicas de algumas α-fenilseleno-α-dietóxifosforilacetofenonas para-substituídas

A presente Dissertação relata a síntese e o estudo conformacional das α-fenilseleno-α-dietóxifosforilacetofenonas para-substituídas p-X-Φ-C(O)CH[SeΦ][P(O)(OEt2] (X=OMe 1, Me 2, H 3, F 4, Cl 5, Br 6 e NO2 7) através da banda de estiramento da carbonila no infravermelho, em solventes de polaridade crescente apoiado por cálculos ab initio HF/6-3IG**. A comparação entre a freqüência e a intensidade relativa dos componentes do dubleto, para os derivados 6 e 7, e do singleto para os derivados 1-5, no solvente apolar tetracloreto de carbono, e dos componentes do dubleto, nos solventes de polaridade crescente (clorofórmio, diclorometano e acetonitrila), para os derivados 1-7, com os dados do cálculo ab initio de 3 (composto de referência), indicou que ambas as conformações estáveis (g1 e g2) apresentam a ligação C-Se na geometria anti-clinal (gauche) em relação à carbonila (C=O), enquanto que a ligação C-P assume uma geometria sin-periplanar (cis) em relação à carbonila. A análise dos contatos interatômicos de átomos relevante em comparação com a soma de seus raios de van der Waals, indicou que ambas as conformações g1 e g2 são fortemente estabilizadas pelo sinergismo das interações orbitalares e eletrostáticas π*(CO) / nSe e Oδ-[CO].....Pδ+[PO]. Analogamente, as interações mais fracas Oδ-[OR]..... Cδ+[CO], 0-Hδ+[SeΦ]....Oδ-[PO] e 0-Hδ+[ΦC(O)]....Oδ-[CO] estabilizam as conformações g1 e g2, aproximadamente na mesma extensão. No entanto, somente a conformação g1 é estabilizada pela interação eletrostática (ligação de hidrogênio) Hδ+[α-CH].....Oδ-[OR], enquanto que sómente a conformação g2 é desestabilizada pelo Efeito de Campo Repulsivo entre os dipolos Cδ+=.Oδ- e Pδ+-ORδ- Assim sendo, pode-se concluir que no dubleto de VCO no IV, o componente de maior freqüência e de menor intensidade corresponde à conformação menos estável g2 (do cálculo) enquanto que o componente de menor freqüência e mais intenso corresponde à conformação mais estável g1 (do cálculo). Estes dados estão de pleno acordo com os deslocamentos de freqüência mais negativos da carbonila (ΔVCO) do confôrmero mais estável g1 em relação ao menos estável g2.

Balkan Peninsula Region, 1700-1709 (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Estats de l'Empire des Turqs en Europe : divisés suivant l'estendue des beglerbeglicz, ou gouvernements dans lequels sont marquées les residences, des sangiacs qui'en dependent : ou sont encor la Transylvanie, La Valaquie, la Modavie, La Petite Tartarie &tc, tributaires des Turqs : à l'usage de monseigneur le Duc de Bourgogne, par H. Jaillot. It was published by Chez P. Mortier, between 1700 and 1709. Scale [ca. 1:5,000,000]. Covers the Balkan Peninsula region. Map in French and Latin. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the Europe Lambert Conformal Conic coordinate system. All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as drainage, cities and other human settlements, roads, territorial boundaries, shoreline features, and more. Relief shown pictorially.This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps from the Harvard Map Collection. These maps typically portray both natural and manmade features. The selection represents a range of originators, ground condition dates, scales, and map purposes.

Geneva, Switzerland, 1910-1911 (Image 1 of 2) (Raster Image)

This layer is a georeferenced raster image of the historic paper map entitled: Ville de Genève ..., dressé par le Service des Travaux. It was published by Service des Travaux in 1910-1911. Scale 1:1,000. This layer is image 1 of 2 total images of the two sheet source map, sheet entitled: Plan partiel de la rive gauche. 1910. Covers Geneva, Switzerland. Map in French. The image inside the map neatline is georeferenced to the surface of the earth and fit to the 'CH1903_LV03' coordinate system. All map collar and inset information is also available as part of the raster image, including any inset maps, profiles, statistical tables, directories, text, illustrations, index maps, legends, or other information associated with the principal map. This map shows features such as roads, railroads, drainage, built-up areas and selected buildings, sidewalks, staircases, ground cover, parks, and more. This layer is part of a selection of digitally scanned and georeferenced historic maps from The Harvard Map Collection as part of the Imaging the Urban Environment project. Maps selected for this project represent major urban areas and cities of the world, at various time periods. These maps typically portray both natural and manmade features at a large scale. The selection represents a range of regions, originators, ground condition dates, scales, and purposes.

Royme., et désert de Barca et l'Égypte divisée en ses douze Cassifs, ou Gouvernemens

par le Sr. Sanson d'Abbeville.

Modélisation de l’activité électrique des oreillettes avant et après ablation par cathéter

- Réalisé au centre de recherche de l'hospital du Sacré-Coeur de Montréal. - Programme conjoint entre Université de Montréal et École Polytechnique de Montréal.

Effet des acides gras polyinsaturés EPA et DHA dans un modèle d’infarctus du myocarde

Plusieurs études montrent que les acides gras (AG) oméga-3 sont bénéfiques pour la santé cardiovasculaire. Une étude antérieure dans notre laboratoire a montré que l’administration des acides gras oméga-3 réduit la taille de l'infarctus du myocarde (IM). Cependant, la question demeure de savoir si les deux principaux acides gras oméga-3 à longue chaîne, l'acide eicosapentaénoïque (EPA) et l'acide docosahexaénoïque (DHA) possèdent la même efficacité à réduire la taille de l'infarctus. Le but de ce projet sera de déterminer l’efficacité relative de chacun de ces acides gras oméga-3 à protéger le cœur dans un modèle d’ischémie/reperfusion et d’étudier certaines voies de cardioprotection. Des rats mâles adultes Sprague-Dawley ont été nourris pendant 14 jours avec une diète comprenant l'un: 1- aucun AG oméga-3; 2- 5 g d'EPA / kg de nourriture; 3- 5 g de DHA / kg de nourriture; 4- 2,5 g de chaque oméga-3 AG / kg de nourriture; 5- 5 g chaque AG oméga-3 / kg de nourriture. Par la suite, les animaux ont été soumis à une ischémie pendant 40 minutes, causée par l'occlusion de l'artère coronaire gauche descendante. Au bout de 24 heures de reperfusion, la taille de l'infarctus est déterminée. Dans un sous-groupe d'animaux, l'activité d’Akt et des caspase-3 sont mesurées dans la région ischémique après 30 minutes de reperfusion. Finalement, à 15 minutes de reperfusion, l'ouverture du pore de transition de perméabilité mitochondriale mPTP est déterminée dans un autre sous-groupe. Les résultats indiquent que les diètes EPA ou DHA réduisent de manière significative la taille de l'infarctus par rapport à la diète sans AG oméga-3, tandis que la combinaison de deux acides gras oméga-3 n'a pas montré de diminution de la taille de l'infarctus. L'activité de la caspase-3 est réduite pour le groupe DHA puis, l'activité d'Akt est augmentée avec les diètes EPA et DHA seules. Finalement, en présence d’une diète enrichie uniquement de DHA, l'ouverture des mPTP est retardée comparativement aux autres diètes.

Effets de la stimulation magnétique transcrânienne dans la maladie de Parkinson avec déficits cognitifs légers

Beaucoup de patients atteints de la maladie de Parkinson (MP) peuvent souffrir de troubles cognitifs dès les étapes initiales de la maladie et jusqu’à 80% d’entre eux vont développer une démence. Des altérations fonctionnelles au niveau du cortex préfrontal dorsolatéral (CPFDL), possiblement en relation avec le noyau caudé, seraient à l’origine de certains de ces déficits cognitifs. Des résultats antérieurs de notre groupe ont montré une augmentation de l’activité et de la connectivité dans la boucle cortico-striatale cognitive suite à la stimulation magnétique transcrânienne (SMT) utilisant des paramètres « theta burst » intermittent (iTBS) sur le CPFDL gauche. Pour cette étude, 24 patients atteints de la MP avec des troubles cognitifs ont été séparées en 2 groupes : le groupe iTBS active (N=15) et le groupe sham (stimulation simulée, N=9). Une batterie neuropsychologique détaillée évaluant cinq domaines cognitifs (attention, fonctions exécutives, langage, mémoire et habiletés visuo-spatiales) a été administrée lors des jours 1, 8, 17 et 37. Le protocole iTBS a été appliqué sur le CPFDL gauche durant les jours 2, 4 et 7. Les scores z ont été calculés pour chaque domaine cognitif et pour la cognition globale. Les résultats ont montré une augmentation significative de la cognition globale jusqu’à 10 jours suivant l’iTBS active, particulièrement au niveau de l’attention, des fonctions exécutives et des habiletés visuo-spatiales. Cet effet sur la cognition globale n’est pas répliqué dans le groupe sham. Ces résultats suggèrent donc que l’iTBS peut moduler la performance cognitive chez les patients atteints de MP avec des déficits cognitifs.

Effet du CP-3(iv), un ligand du récepteur CD36, sur le stress oxydatif suite à une ischémie cardiaque transitoire chez la souris

Le récepteur éboueur CD36 facilite l’internalisation des acides gras libres non estérifiés (AGNE) au niveau des tissus cardiaque et périphériques. Lors d’une ischémie-reperfusion du myocarde (MI/R), les dommages produits sont en partie liés à l’internalisation des AGNE et à la production d’espèces réactives de l’oxygène, contrairement à ce qui est observé chez des souris déficientes en CD36 (CD36-/-). Nous avons émis l’hypothèse selon laquelle le CP-3(iv), un ligand synthétique du récepteur CD36, exercerait un effet cardioprotecteur en réduisant la taille de la zone myocardique infarcie lors d’une ischémie transitoire du myocarde. Nos objectifs étaient 1) de déterminer l’effet cardioprotecteur du CP-3(iv) et 2) de définir son mécanisme. Pour cela, des études in vivo et ex vivo ont été faites. Des souris de type sauvage ont été traitées avec le CP-3(iv) (289 nmol/kg) par voie sous-cutanée pendant 14 jours avant d’être soumises à 30 minutes d’ischémie suivant la ligature de l’artère coronaire gauche descendante et de sa reperfusion pendant une période de 6 ou 48 heures. De plus, des coeurs isolés de souris ont été perfusés 30 minutes, suivi de 40 minutes à faible débit (10%) et de 30 minutes de reperfusion pendant laquelle le coeur est perfusé avec le CP-3(iv) à une concentration de 10-6 M. Nos travaux ont montré que l’effet cardioprotecteur d’un traitement préventif par le CP-3(iv) permet de diminuer la taille de l’infarctus et préserve l’hémodynamie cardiaque de façon dépendante du CD36 puisque cet effet est non visible chez les souris CD36-/-. De plus, le CP-3(iv) exerce non seulement un effet systémique, mais aussi un effet cardioprotecteur direct sur le coeur isolé.

Transfert de voix, flux électoraux et électeurs mobiles

Ruth Dassonneville et Pierre Baudewyns révèlent que, derrière les pourcentages des résultats électoraux, se cachent bien des mouvements et transferts d’électeurs. Ils se penchent sur la « volatilité nette », c’est-à-dire sur la somme des avancées et reculs des différents partis. Ils regardent également au niveau des individus (les électeurs) et observent que les électeurs et électrices votent différemment en 2014. Sur la base de ces analyses des transferts de voix, les auteurs démontrent également que, du côté wallon, on a assisté à un certain éparpillement des votes, surtout entre les partis de gauche. En Flandre, par contre, les électeurs et électrices de centre-droit ont fortement convergé vers la N-VA. Les auteurs établissent aussi un portrait précis de qui sont les électeurs stables (« stayers ») et les électeurs mobiles (« movers »).

Quand le tabac s’affiche au Parlement. Débats sur les limitations en matière de publicité de la cigarette dans les cantons romands

Cette contribution porte sur les politiques d’interdiction de la publicité pour les cigarettes, l’un des axes-clé de la prévention structurelle du tabagisme. Nous nous intéressons à la rapide et récente dissémination de ces politiques dans les cantons suisses, qui contraste avec l’immobilisme fédéral. Nous attirons alors l’attention sur le rôle moteur du niveau d’action cantonal, au sein d’un domaine de santé publique qui avait pourtant connu, cette dernière décennie, ses plus formidables avancées dans le sillage de mouvements d’essence supranationaux. L’analyse des débats parlementaires romands nous permet finalement d’élaborer une typologie des argumentaires en présence, et de mettre en évidence les axes les plus à mêmes de provoquer une scission gauche/droite.

Rosas y Montevideo devant la Cour d'assises, le 14 octobre 1851.

M. Pacheco y Obes contre les gérants des journaux Des débats et Revue des deux-mondes; compte-rendu.--Notes.--dernières nouvelles, et actes officiels des gouvernements alliés, contre le dictateur de Buénos-Ayres, publiés par ordre de la Légation orientale, à Paris.

De Fenestella historico et poeta scripsit Ludovicus Mercklin ...

"Als einladung zu den öffentlichen prüfungen im Gouvernements-gymnasium und in den übrigen öffentlichen schulen zu Dorpat."

A Allemanha (dias idos e vividos)

Prefacio.--A Europa depois da paz.--Aspectos do socialismo germanico.--Á jornada constitucional.--O problema das reparações.--A Alta Silesia.--O desarmamento.--Tirpitz, o eterno.--Harden.--Gustavo Killian.--Tres generaes.--A propaganda anti-germanica.--Gothein.--O Cesar loiro da Germania.--Haber.--O bloqueio e as suas consequencias.--Helfferich e Erzberger.--B. Dernberg.--Groener.--Falkenhayn, o fascinador.--Hindenburg.--Wassermann.--Kautsky e Ledebour.--Spa.--Theodor Wolff.--A rive gauche.--A. Müller.--Rathenau, o animador espiritual.--Ernst zu Reventlow e Stinnes.--Os Estados Unidos e a Europa.