Conformation-specific crosslinking of mitochondrial complex I

Complex I is the only component of the eukaryotic respiratory chain of which no high-resolution structure is yet available. A notable feature of mitochondrial complex I is the so-called active/de-active conformational transition of the idle enzyme from the active (A) to the de-active, (D) form. Using an amine- and sulfhydryl-reactive crosslinker of 6.8 Å length (SPDP) we found that in the D-form of complex I the ND3 subunit crosslinked to the 39 kDa (NDUFA9) subunit. These proteins could not be crosslinked in the A-form. Most likely, both subunits are closely located in the critical junction region connecting the peripheral hydrophilic domain to the membrane arm of the enzyme where the entrance path for substrate ubiquinone is and where energy transduction takes place.

Towards Utilizing Model-Driven Engineering of Composite Applications for Business Performance Analysis

Composite Applications on top of SAPs implementation of SOA (Enterprise SOA) enable the extension of already existing business logic. In this paper we show, based on a case study, how Model-Driven Engineering concepts are applied in the development of such Composite Applications. Our Case Study extends a back-end business process which is required for the specific needs of a demo company selling wine. We use this to describe how the business centric models specifying the modified business behaviour of our case study can be utilized for business performance analysis where most of the actions are performed by humans. In particular, we apply a refined version of Model-Driven Performance Engineering that we proposed in our previous work and motivate which business domain specifics have to be taken into account for business performance analysis. We additionally motivate the need for performance related decision support for domain experts, who generally lack performance related skills. Such a support should offer visual guidance about what should be changed in the design and resource mapping to get improved results with respect to modification constraints and performance objectives, or objectives for time.

Interpretation on Humphrey's visual field tests. Is it glaucoma?

This article describes a step-wise approach for the understanding and interpretation of Humphrey's SITA visual field tests. The goal of this article is to help the reader to differentiate between non-specific abnormalities of the visual field and changes of the visual field that are suggestive of glaucoma.

The role of semantic interference in limiting memory for the details of visual scenes

Many studies suggest a large capacity memory for briefly presented pictures of whole scenes. At the same time, visual working memory (WM) of scene elements is limited to only a few items. We examined the role of retroactive interference in limiting memory for visual details. Participants viewed a scene for 5?s and then, after a short delay containing either a blank screen or 10 distracter scenes, answered questions about the location, color, and identity of objects in the scene. We found that the influence of the distracters depended on whether they were from a similar semantic domain, such as "kitchen" or "airport." Increasing the number of similar scenes reduced, and eventually eliminated, memory for scene details. Although scene memory was firmly established over the initial study period, this memory was fragile and susceptible to interference. This may help to explain the discrepancy in the literature between studies showing limited visual WM and those showing a large capacity memory for scenes.

Dorsal and ventral stream mediated visual processing in genetic subtypes of Prader-Willi syndrome

Previous work has suggested that there are specific deficits in dorsal stream processing in a variety of developmental disorders. Prader-Willi syndrome (PWS) is associated with two main genetic subtypes, deletion and disomy. Relative strengths in visual processing are shown in PWS, although these strengths may be specific to the deletion subtype. We investigated visual processing in PWS using an adapted Simon task which contrasted location (dorsal stream) and shape identity (ventral stream) tasks. Compared to a group of typically developing children, children with PWS deletion showed a greater degree of impairment in the dorsal stream task than in the ventral stream task, a pattern similar to that shown in a group of boys with Fragile-X syndrome. When matched on a measure of non-verbal ability, children with PWS disomy showed the opposite pattern with better performance in the location compared to the shape task, although these task performance asymmetries may have been linked to executive control processes. It is proposed that children with PWS deletion show a relative strength in visual processing in the ventral stream along with a specific deficit in dorsal stream processing. In contrast, children with PWS disomy show neither effect. (C) 2009 Published by Elsevier Ltd.

Towards utilizing Model-Driven Engineering of Composite Applications for business performance analysis

Composite Applications on top of SAPs implementation of SOA (Enterprise SOA) enable the extension of already existing business logic. In this paper we show, based on a case study, how Model-Driven Engineering concepts are applied in the development of such Composite Applications. Our Case Study extends a back-end business process which is required for the specific needs of a demo company selling wine. We use this to describe how the business centric models specifying the modified business behaviour of our case study can be utilized for business performance analysis where most of the actions are performed by humans. In particular, we apply a refined version of Model-Driven Performance Engineering that we proposed in our previous work and motivate which business domain specifics have to be taken into account for business performance analysis. We additionally motivate the need for performance related decision support for domain experts, who generally lack performance related skills. Such a support should offer visual guidance about what should be changed in the design and resource mapping to get improved results with respect to modification constraints and performance objectives, or objectives for time.

A role for local mechanisms in perceived duration of brief visual events

Background: Spatially localized duration compression of a briefly presented moving stimulus following adaptation in the same location is taken as evidence for modality-specific neural timing mechanisms.

Aims: The present study used random dot motion stimuli to investigate where these mechanisms may be located.

Method: Experiment 1 measured duration compression of the test stimulus as a function of adaptor speed and revealed that duration compression is speed tuned. These data were then used to make predictions of duration compression responses for various models which were tested in experiment 2. Here a mixed-speed adaptor stimulus was used with duration compression being measured as a function of the adaptor’s ‘speed notch’ (the removal of a central band from the speed range).

Results: The results were consistent with a local-mean model.

Conclusions: Local-motion mechanisms are involved in duration perception of brief events.

Application of the pMHC Array to Characterise Tumour Antigen Specific T Cell Populations in Leukaemia Patients at Disease Diagnosis

Immunotherapy treatments for cancer are becoming increasingly successful, however to further improve our understanding of the T-cell recognition involved in effective responses and to encourage moves towards the development of personalised treatments for leukaemia immunotherapy, precise antigenic targets in individual patients have been identified. Cellular arrays using peptide-MHC (pMHC) tetramers allow the simultaneous detection of different antigen specific T-cell populations naturally circulating in patients and normal donors. We have developed the pMHC array to detect CD8+ T-cell populations in leukaemia patients that recognise epitopes within viral antigens (cytomegalovirus (CMV) and influenza (Flu)) and leukaemia antigens (including Per Arnt Sim domain 1 (PASD1), MelanA, Wilms' Tumour (WT1) and tyrosinase). We show that the pMHC array is at least as sensitive as flow cytometry and has the potential to rapidly identify more than 40 specific T-cell populations in a small sample of T-cells (0.8-1.4 x 106). Fourteen of the twenty-six acute myeloid leukaemia (AML) patients analysed had T cells that recognised tumour antigen epitopes, and eight of these recognised PASD1 epitopes. Other tumour epitopes recognised were MelanA (n = 3), tyrosinase (n = 3) and WT1126-134 (n = 1). One of the seven acute lymphocytic leukaemia (ALL) patients analysed had T cells that recognised the MUC1950-958 epitope. In the future the pMHC array may be used provide point of care T-cell analyses, predict patient response to conventional therapy and direct personalised immunotherapy for patients.

Causes and prevalence of visual impairment among adults in the United States.

OBJECTIVES: To estimate the cause-specific prevalence and distribution of blindness and low vision in the United States by age, race/ethnicity, and gender, and to estimate the change in these prevalence figures over the next 20 years. METHODS: Summary prevalence estimates of blindness (both according to the US definition of < or =6/60 [< or =20/200] best-corrected visual acuity in the better-seeing eye and the World Health Organization standard of < 6/120 [< 20/400]) and low vision (< 6/12 [< 20/40] best-corrected vision in the better-seeing eye) were prepared separately for black, Hispanic, and white persons in 5-year age intervals starting at 40 years. The estimated prevalences were based on recent population-based studies in the United States, Australia, and Europe. These estimates were applied to 2000 US Census data, and to projected US population figures for 2020, to estimate the number of Americans with visual impairment. Cause-specific prevalences of blindness and low vision were also estimated for the different racial/ethnic groups. RESULTS: Based on demographics from the 2000 US Census, an estimated 937 000 (0.78%) Americans older than 40 years were blind (US definition). An additional 2.4 million Americans (1.98%) had low vision. The leading cause of blindness among white persons was age-related macular degeneration (54.4% of the cases), while among black persons, cataract and glaucoma accounted for more than 60% of blindness. Cataract was the leading cause of low vision, responsible for approximately 50% of bilateral vision worse than 6/12 (20/40) among white, black, and Hispanic persons. The number of blind persons in the US is projected to increase by 70% to 1.6 million by 2020, with a similar rise projected for low vision. CONCLUSIONS: Blindness or low vision affects approximately 1 in 28 Americans older than 40 years. The specific causes of visual impairment, and especially blindness, vary greatly by race/ethnicity. The prevalence of visual disabilities will increase markedly during the next 20 years, owing largely to the aging of the US population.

Reducing the visual burden of glaucoma in Asia: what we know and what we need to know.

Despite great progress in elucidating risk factors and effective treatments for eye disease in the last decades, blindness prevalence in the developing and developed world is either static or rising. A research agenda is needed to develop and test specific strategies to reduce the burden of blindness from glaucoma and other common eye diseases. Current knowledge about open and closed-angle glaucoma is reviewed and a strategy to reduce glaucoma blindness in Asia is suggested. A critical component of this strategy is enhanced training in the detection of narrow angles and optic nerve damage by direct examination. Specific research topics that could inform such a strategy are outlined.

Níveis de actividade e participação das pessoas com afasia: desenvolvimento de instrumentos de avaliação portugueses

A International Classification of Functioning, Disability and Health (ICF) (WHO 2001) realça a necessidade dos profissionais de saúde considerarem, na intervenção que realizam com a pessoa, as possíveis consequências de uma doença em diferentes domínios, nomeadamente nas suas Funções e Estruturas do Corpo, nas suas Actividades diárias e na sua Participação em situações da vida real. Realça ainda a possível interferência dos Factores Contextuais neste processo. Em Portugal, os instrumentos existentes utilizados pelos terapeutas da fala (TFs) na sua prática clínica com pessoas com afasia (PCAs), não permitem avaliar estes domínios, o que poderá limitar uma intervenção mais alargada, que integre estas directivas. Pretendeu-se com este estudo efectuar a tradução e adaptação à língua portuguesa do Communication Disability Profile (CDP) (Swinburn and Byng 2006) e do Participation Objective Participation Subjective (POPS) (Brown, Dijkers et al. 2004), ambos desenvolvidos à luz da ICF, de modo a apetrechar os TFs do país, com instrumentos de avaliação que lhes permitam abordar os diferentes domínios referidos. Pretendeu-se ainda conhecer as reais necessidades de PCAs portuguesas, ou seja, efectuar um levantamento das consequências dos AVCs e da afasia na sua vida diária e verificar de que modo os instrumentos escolhidos permitem identificar com precisão estas necessidades. Foram envolvidos três grupos distintos de participantes, nomeadamente catorze PCAs, catorze familiares e amigos (F/A) e dez TFs, consultados em três fases distintas. Recorreu-se ao uso de diferentes métodos e instrumentos de recolha de dados, nomeadamente o brainstorming e o uso de entrevistas aprofundadas semiestruturadas, realizadas individualmente e em grupo. Construíram-se dois instrumentos de raiz (o TAPP e a GABF) que permitiram complementar os dados recolhidos junto das PCAs. A análise dos dados foi predominantemente qualitativa (Análise Temática). Da análise dos resultados obtidos nestas três fases, resultaram as primeiras versões portuguesas do CDP e do POPS. No que diz respeito às consequências dos AVCs e da afasia na vida diária das PCAs na componente das Funções e Estruturas do Corpo, os três grupos consideraram a categoria das Funções Mentais Especificas como sendo a mais perturbada. Relativamente à componente das Actividades/Participação, as consequências relatadas centram-se nas categorias das Interacções e Relacionamentos Pessoais, Vida Comunitária Social e Cívica e Áreas Principais da Vida. Quanto às Barreiras e Facilitadores, os TFs valorizam as Barreiras de Informação e as Barreiras Estruturais como as que mais interferem com a Participação social das PCAs, enquanto estas e os F/A valorizam os Factores Pessoais, as Barreiras Ambientais e as Barreiras Atitudinais. Os TFs realçam a importância de existirem “redes de suporte familiar” como Facilitadores. As PCAs e os F/A valorizam os Facilitadores Ambientais e os Facilitadores Atitudinais. No que diz respeito aos instrumentos em estudo, a maioria dos TFs assim como o grupo dos F/A considerou a apresentação visual do POPS e mais especificamente as escalas de notação usadas como sendo muito complexas, enquanto as PCAs envolvidas no estudo não fizeram qualquer referência ou crítica às mesmas. A maioria dos TFs considerou os itens do POPS como sendo relevantes para a população portuguesa com afasia. Contudo, metade destes mostrou preocupação com a ambiguidade de alguns dos seus itens e cerca de um terço considerou as instruções difíceis de compreender. As PCAs, assim como os F/A consideraram os itens do POPS, na sua generalidade, como sendo claros, relevantes e não ambíguos. A maioria dos TFs e dos F/A referem falta de clareza de algumas das imagens utilizadas no CDP. Contudo, o grupo das PCAs considera que estas são claras e facilitam a compreensão dos itens. Nenhum dos três grupos consultados fez referência ao tipo e tamanho de letra usada no CDP pelo que se considera ser adequada. A maior parte dos TFs não faz qualquer referência à falta de clareza dos itens do CDP, contudo metade considera alguns dos seus itens ambíguos e um terço questiona também a sua relevância. Os itens do CDP são considerados claros, relevantes e não ambíguos quer pelo grupo das PCAs quer pelo grupo dos F/A. Conclui-se que ambos os instrumentos vão, de uma forma geral, ao encontro das necessidades apresentadas pelas PCAs envolvidas no nosso estudo. Poderá afirmar-se também que estes mostraram ser ferramentas terapêuticas importantes para utilizar em Portugal. Contudo, ambos deixam a descoberto algumas áreas consideradas importantes pelos grupos envolvidos e pela literatura internacional, sugerindo-se a sua utilização simultânea de modo a poderem complementar-se, assim como o recurso a outras formas de avaliação disponíveis, no sentido de colmatar possíveis lacunas encontradas após a sua utilização. Sugere-se o desenvolvimento de investigações futuras que permitam o seu aperfeiçoamento.

Promoção da acessibilidade em televisão interativa (iTV) : proposta de um serviço adaptado a utilizadores com défice visual

As infraestruturas de televisão interativa atualmente existentes possibilitam a integração de uma grande variedade de recursos e serviços, possibilitando aos utilizadores novas experiências de interação e participação. Para a maioria dos telespetadores, o uso de serviços interativos não acarreta grandes dificuldades; no entanto, para públicos com necessidades especiais, por exemplo para pessoas com défice visual, essa tarefa torna-se complexa, dificultando, ou mesmo impedindo, que estes utilizadores possam beneficiar deste tipo de serviços. Portugal não é uma exceção neste contexto, existindo um número significativo de utilizadores com défice visual (UDV) que não beneficiam totalmente das potencialidades do paradigma televisivo atual. Neste âmbito, o projeto de investigação que suporta esta tese explora a problemática do Design Universal aplicado à Televisão Interativa (iTV) e tem como objetivos a conceptualização, prototipagem e validação de um serviço de iTV adaptado especificamente a UDV, visando promover a sua inclusão digital. Para cumprir estes objetivos, a investigação dividiu-se em três etapas distintas. Na primeira etapa, a partir da Teoria Fundamentada nos Dados, foram identificadas as dificuldades e necessidades dos UDV enquanto consumidores de conteúdos televisivos e serviços de audiodescrição; foi selecionada a plataforma tecnológica mais adequada para o suporte do serviço prototipado; e foi definido um conjunto de princípios orientadores de design (POD’s) de interfaces de televisão interativa específico para este público-alvo. Inicialmente foram efetuadas duas entrevistas a 20 participantes com défice visual, para determinar as suas dificuldades e necessidades enquanto consumidores de conteúdos televisivos e serviços de audiodescrição. De seguida, foi realizada uma entrevista a um perito responsável pelo processo de transição para a TDT em Portugal (inicialmente considerou-se que a TDT seria uma plataforma promissora e poderia suportar o protótipo) e efetuada a revisão da literatura sobre POD’s para o desenvolvimento de interfaces para serviços iTV dirigidos a pessoas com défice visual. A partir dos resultados obtidos nesta etapa foi possível definir os requisitos funcionais e técnicos do sistema, bem como os seus PODs, tanto ao nível da componente gráfica, como de interação. Na segunda etapa foi concetualizado e desenvolvido o protótipo iTV adaptado a UDV ‘meo ad+’, com recurso à plataforma tecnológica IPTV da Portugal Telecom, seguindo os requisitos e os princípios de design definidos. Relativamente à terceira etapa, esta contemplou a avaliação do serviço prototipado, por parte de um grupo de participantes com défice visual. Esta fase do trabalho foi conduzida através do método de Estudo Avaliativo, possibilitando, através de testes de usabilidade e acessibilidade, complementados com entrevistas, compreender se o serviço prototipado ia efetivamente ao encontro das necessidades deste tipo de utilizadores, tendo-se observado que os participantes que estiveram envolvidos nos testes ao protótipo mostraram-se satisfeitos com as funcionalidades oferecidas pelo sistema, bem como com o design da sua interface.

Automatic extraction of definitions

Tese de doutoramento, Informática (Engenharia Informática), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014

"Entre a sala de aula e a viagem : o diário gráfico como auxiliar na aprendizagem dos códigos de expressão visual presentes nas disciplinas artísticas e no quotidiano"

Relatório da prática de ensino supervisionada, Mestrado em Ensino de Artes Visuais, Universidade de Lisboa, 2014

Open-domain web-based multiple document : question answering for list questions with support for temporal restrictors

Tese de doutoramento, Informática (Ciências da Computação), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015