An ultrasound based computer-aided diagnosis tool for steatosis detection

Liver steatosis is a common disease usually associated with social and genetic factors. Early detection and quantification is important since it can evolve to cirrhosis. In this paper, a new computer-aided diagnosis (CAD) system for steatosis classification, in a local and global basis, is presented. Bayes factor is computed from objective ultrasound textural features extracted from the liver parenchyma. The goal is to develop a CAD screening tool, to help in the steatosis detection. Results showed an accuracy of 93.33%, with a sensitivity of 94.59% and specificity of 92.11%, using the Bayes classifier. The proposed CAD system is a suitable graphical display for steatosis classification.

Global and local detection of liver steatosis from ultrasound

Liver steatosis is a common disease usually associated with social and genetic factors. Early detection and quantification is important since it can evolve to cirrhosis. Steatosis is usually a diffuse liver disease, since it is globally affected. However, steatosis can also be focal affecting only some foci difficult to discriminate. In both cases, steatosis is detected by laboratorial analysis and visual inspection of ultrasound images of the hepatic parenchyma. Liver biopsy is the most accurate diagnostic method but its invasive nature suggest the use of other non-invasive methods, while visual inspection of the ultrasound images is subjective and prone to error. In this paper a new Computer Aided Diagnosis (CAD) system for steatosis classification and analysis is presented, where the Bayes Factor, obatined from objective intensity and textural features extracted from US images of the liver, is computed in a local or global basis. The main goal is to provide the physician with an application to make it faster and accurate the diagnosis and quantification of steatosis, namely in a screening approach. The results showed an overall accuracy of 93.54% with a sensibility of 95.83% and 85.71% for normal and steatosis class, respectively. The proposed CAD system seemed suitable as a graphical display for steatosis classification and comparison with some of the most recent works in the literature is also presented.

Image upsampling algorithms applied on Nuclear Medicine: comparision of hqnx and nxSaI algorithms families with two interpolation algorithms - nearest neighbour and bicubic interpolation

Introduction: Image resizing is a normal feature incorporated into the Nuclear Medicine digital imaging. Upsampling is done by manufacturers to adequately fit more the acquired images on the display screen and it is applied when there is a need to increase - or decrease - the total number of pixels. This paper pretends to compare the “hqnx” and the “nxSaI” magnification algorithms with two interpolation algorithms – “nearest neighbor” and “bicubic interpolation” – in the image upsampling operations. Material and Methods: Three distinct Nuclear Medicine images were enlarged 2 and 4 times with the different digital image resizing algorithms (nearest neighbor, bicubic interpolation nxSaI and hqnx). To evaluate the pixel’s changes between the different output images, 3D whole image plot profiles and surface plots were used as an addition to the visual approach in the 4x upsampled images. Results: In the 2x enlarged images the visual differences were not so noteworthy. Although, it was clearly noticed that bicubic interpolation presented the best results. In the 4x enlarged images the differences were significant, with the bicubic interpolated images presenting the best results. Hqnx resized images presented better quality than 4xSaI and nearest neighbor interpolated images, however, its intense “halo effect” affects greatly the definition and boundaries of the image contents. Conclusion: The hqnx and the nxSaI algorithms were designed for images with clear edges and so its use in Nuclear Medicine images is obviously inadequate. Bicubic interpolation seems, from the algorithms studied, the most suitable and its each day wider applications seem to show it, being assumed as a multi-image type efficient algorithm.

Quality assurance and quality control in mammography: a review of available guidance worldwide

Objectives - Review available guidance for quality assurance (QA) in mammography and discuss its contribution to harmonise practices worldwide. Methods - Literature search was performed on different sources to identify guidance documents for QA in mammography available worldwide in international bodies, healthcare providers, professional/scientific associations. The guidance documents identified were reviewed and a selection was compared for type of guidance (clinical/technical), technology and proposed QA methodologies focusing on dose and image quality (IQ) performance assessment. Results - Fourteen protocols (targeted at conventional and digital mammography) were reviewed. All included recommendations for testing acquisition, processing and display systems associated with mammographic equipment. All guidance reviewed highlighted the importance of dose assessment and testing the Automatic Exposure Control (AEC) system. Recommended tests for assessment of IQ showed variations in the proposed methodologies. Recommended testing focused on assessment of low-contrast detection, spatial resolution and noise. QC of image display is recommended following the American Association of Physicists in Medicine guidelines. Conclusions - The existing QA guidance for mammography is derived from key documents (American College of Radiology and European Union guidelines) and proposes similar tests despite the variations in detail and methodologies. Studies reported on QA data should provide detail on experimental technique to allow robust data comparison. Countries aiming to implement a mammography/QA program may select/prioritise the tests depending on available technology and resources.

Aplicações web multimédia com realidade aumentada “Magic Catalog”

A Realidade Aumentada veio alterar a percepção que o ser humano tem do mundo real. A expansão da nossa realidade à Realidade Virtual possibilita a criação de novas experiencias, cuja aplicabilidade é já tida como natural em diversas situações. No entanto, potenciar este tipo de interacção pode ser um processo complexo, quer por limitações tecnológicas, quer pela gestão dos recursos envolvidos. O desenvolvimento de projectos com realidade aumentada para fins comerciais passa assim muitas vezes pela optimização dos recursos utilizados tendo em consideração as limitações das tecnologias envolventes (sistemas de detecção de movimento e voz, detecção de padrões, GPS, análise de imagens, sensores biométricos, etc.). Com a vulgarização e aceitação das técnicas de Realidade Aumentada em muitas áreas (medicina, educação, lazer, etc.), torna-se também necessário que estas técnicas sejam transversais aos dispositivos que utilizamos diariamente (computadores, tablets, telemóveis etc.). Um dominador comum entre estes dispositivos é a internet uma vez que as aplicações online conseguem abarcar um maior número de pessoas. O objectivo deste projecto era o de criar uma aplicação web com técnicas de Realidade Aumentada e cujos conteúdos fossem geridos pelos utilizadores. O processo de investigação e desenvolvimento deste trabalho passou assim por uma fase fundamental de prototipagem para seleccionar as tecnologias que melhor se enquadravam no tipo de arquitectura pretendida para a aplicação e nas ferramentas de desenvolvimento utilizadas pela empresa onde o projecto foi desenvolvido. A aplicação final é composta por um FrontOffice, responsável por mostrar e interpretar as aplicações criadas e possibilitar a integração com outras aplicações, e um BackOffice que possibilita aos utilizadores, sem conhecimentos de programação, criar novas aplicações de realidade aumentada e gerir os conteúdos multimédia utilizados. A aplicação desenvolvida pode servir de base para outras aplicações e ser reutilizável noutros âmbitos, sempre com o objectivo de reduzir custos de desenvolvimento e de gestão de conteúdos, proporcionando assim a implementação de uma Framework que permite a gestão de conteúdos em diferentes áreas (medicina, educação, lazer, etc.), onde os utilizadores podem criar as suas próprias aplicações, jogos e ferramentas de trabalho. No decorrer do projecto, a aplicação foi validada por especialistas garantindo o cumprimento dos objectivos propostos.

Controlador dedicado de Ecrãs LCD/TFT

Para dar resposta aos grandes avanços tecnológicos e, consequentemente, à postura mais exigente dos clientes, a empresa Francisco Parracho – Electrónica Industrial, Lda., que tem actividade no ramo dos elevadores, decidiu introduzir no mercado um controlador dedicado de ecrãs Liquid Crystal Display / Thin Film Transistor (LCD / TFT). O objectivo é substituir um sistema suportado por um computador, caracterizado pelas suas elevadas dimensões e custos, mas incontornável até à data, nomeadamente para resoluções de ecrã elevadas. E assim nasceu este trabalho. Com uma selecção criteriosa de todos os componentes e, principalmente, sem funcionalidades inúteis, obteve-se um sistema embebido com dimensões e custos bem mais reduzidos face ao seu opositor. O ecrã apontado para este projecto é um Thin Film Transistor – Liquid Crystal Display (TFT-LCD) da Sharp de 10.4” de qualidade industrial, com uma resolução de 800 x 600 píxeis a 18 bits por píxel. Para tal, foi escolhido um micro-controlador da ATMEL, um AVR de 32 bits que, entre outras características, possui um controlador LCD que suporta resoluções até 2048 x 2048 píxeis, de 1 a 24 bits por píxel. Atendendo ao facto deste produto ser inserido na área dos elevadores, as funcionalidades, quer a nível do hardware quer a nível do software, foram projectadas para este âmbito. Contudo, o conceito aqui exposto é adjacente a quaisquer outras áreas onde este produto se possa aplicar, até porque o software está feito para se tornar bem flexível. Com a ajuda de um kit de desenvolvimento, foram validados os drivers dos controladores e periféricos base deste projecto. De seguida, aplicou-se esse software numa placa de circuito impresso, elaborada no âmbito deste trabalho, para que fossem cumpridos todos os requisitos requeridos pela empresa patrocinadora: - Apresentação de imagens no ecrã consoante o piso; - Possibilidade de ter um texto horizontalmente deslizante;Indicação animada do sentido do elevador; - Representação do piso com deslizamento vertical; - Descrição sumária do directório de pisos também com deslizamento vertical; - Relógio digital; - Leitura dos conteúdos pretendidos através de um cartão SD/MMC; - Possibilidade de actualização dos conteúdos via USB flash drive.

Desenvolvimento e validação de um sistema de recolha de sinal eletromiográfico baseado em placa de aquisição

A eletromiografia é, hoje em dia, uma das técnicas mais utilizadas no estudo dos músculos, estando presente em áreas como a medicina, a biomecânica e a fisiologia, possibilitando o desenvolvimento científico e contribuindo para proporcionar melhorias na qualidade da vida humana. Sendo assim, este trabalho apresenta um protótipo de um aparelho de aquisição de sinais eletromiográficos, explicando também toda a teoria, técnicas, componentes utilizadas e softwares que estiveram presentes na sua implementação. De uma forma sucinta, para a aquisição do sinal eletromiográfico usou-se uma placa de aquisição NI-USB 6009 e para a visualização do mesmo recorreu-se ao software LabVIEW. Para validar o sinal adquirido com o equipamento desenvolvido, utilizou-se um outro equipamento, o Biopac MP36 Student Lab System, fazendo-se assim recolhas de sinais eletromiográficos com ambos os equipamentos. Os sinais recolhidos pelos dois equipamentos foram analisados no software Acknowledge 3.9.0 (Biopac Systems, Inc.), podendo observar-se os espetros de frequência correspondentes a cada sinal e retirar valores para posterior análise estatística. Feita essa análise, concluiu-se que não foram detetadas diferenças significativas entre os sinais eletromiográficos recolhidos com ambos os equipamentos, validando-se assim, o equipamento desenvolvido.

Hijacking, hitchhiking and burglary behaviors of pelagic octopuses

Cephalopod International Advisory Council Conference: Recent Advances in Cephalopod Science, November 6-14, 2015, Hakodate, Japan.

Avaliação da necessidade em cal em andossolos da ilha Terceira - Açores

Dissertação de Mestrado, Engenharia Agronómica, 16 de Outubro de 2015, Universidade dos Açores.

Design de cenários de aprendizagem

A cada instante surgem novas soluções de aprendizagem, resultado da evolução tecnológica constante com que nos deparamos. Estas inovações potenciam uma transmissão do conhecimento entre o educador e o educando cada vez mais simplificada, rápida e eficiente. Alguns destes avanços têm em vista a centralização no aluno, através da delegação de tarefas e da disponibilização de conteúdos, investindo na autonomia e na auto-aprendizagem, de modo a que cada aluno crie o seu próprio método de estudo, e evolua gradualmente, com o acompanhamento de um professor ou sistema autónomo de aprendizagem. Com esta investigação, é pretendido fazer um estudo dos métodos de aprendizagem ao longo do tempo até à actualidade, enumerando algumas das ferramentas utilizadas no processo de aprendizagem, indicando os vários benefícios, bem como contrapartidas do uso das mesmas. Será também analisado um caso de estudo baseado numa destas ferramentas, descrevendo o seu funcionamento e modo de interacção entre as várias entidades participantes, apresentando os resultados obtidos. O caso de estudo consistirá na criação de um cenário específico de aprendizagem, na área da saúde, analisando-o em diferentes contextos, e evidenciando as características e benefícios de cada ambiente analisado, no processo aprendizagem. Será então demonstrado como é possível optimizar os processos de aprendizagem, utilizando ferramentas de informatização e automatização desses mesmos processos, de forma tornar o processo de ensino mais célere e eficaz, num ambiente controlável, e com as funcionalidades que a tecnologia actual permite.

Preparação para a performance instrumental: problemáticas e estratégias: relatório de estágio

Resumo I (Prática Pedagógica) - Nesta seção do relatório de estágio pretende-se caraterizar e apresentar todos os elementos referentes à prática pedagógica, que fizeram parte do estágio do ensino especializado da música, realizado na Escola de Música do Orfeão de Leiria no ano letivo de 2013/2014. De uma forma geral, o relatório de estágio pretende colocar em evidência aspetos pedagógicos como metodologias de ensino, questões motivacionais, estilos de aprendizagem, entre outros. Durante um ano letivo completo foram analisados, com especial atenção, três alunos que foram envolvidos no estágio, construindo e modelando os seus processos de aprendizagem. Para cada um deles foi realizado, ao longo do ano letivo, 30 planos de aula, uma planificação anual e três gravações vídeo/áudio em contexto de aula. Não foi uma tarefa nada fácil de realizar, mas que trouxe inúmeros conhecimentos não só de caráter pedagógico mas também de caráter pessoal. A parte inicial desta seção será dedicada à descrição e caraterização da escola onde foi realizado o estágio, a Escola de Música do Orfeão de Leiria/Conservatório de Artes. Será feita uma pequena abordagem histórica da instituição, bem como do seu projeto educativo, dacomunidade escolar, do seu contexto sociocultural e da classe de saxofone. Será apresentada também uma caraterização dos alunos, segundo vários parâmetros. Posteriormente, serão descritas algumas das práticas educativas desenvolvidas, com os alunos, em contexto de estágio. Para tal, serão utilizados como instrumentos, não só a experiência ativa do docente/estagiário, mas também todas as gravações, planos de aulas e planificações anuais, realizados em contexto de estágio do ensino especializado. Por fim, será realizada uma reflexão crítica do desempenho como docente de saxofone no âmbito do estágio e uma conclusão de toda a seção da prática pedagógica.

Diane Arbus: the wonderful wizard of odds or the poetics of the i (eye)

Diane Arbus‘ photographs are mainly about difference. Most of the time she is trying ‗[…] to suppress, or at least reduce, moral and sensory queasiness‘ (Sontag 1977: 40) in order to represent a world where the subject of the photograph is not merely the ‗other‘ but also the I. Her technique does not coax her subjects into natural poses. Instead she encourages them to be strange and awkward. By posing for her, the revelation of the self is identified with what is odd. This paper aims at understanding the geography of difference that, at the same time, is also of resistance, since Diane Arbus reveals what was forcefully hidden by bringing it into light in such a way that it is impossible to ignore. Her photographs display a poetic beauty that is not only of the ‗I‘ but also of the ‗eye‘. The world that is depicted is one in which we are all the same. She ―atomizes‖ reality by separating each element and ‗Instead of showing identity between things which are different […] everybody is shown to look the same.‘ (Sontag 1977: 47). Furthermore, this paper analyses some of Arbus‘ photographs so as to explain this point of view, by trying to argue that between rejecting and reacting against what is standardized she does not forget the geography of the body which is also a geography of the self. While creating a new imagetic topos, where what is trivial becomes divine, she also presents the frailty of others as our own.

Automatic diagnosis of liver steatosis by ultrasound using autoregressive tissue characterization

Liver steatosis is mainly a textural abnormality of the hepatic parenchyma due to fat accumulation on the hepatic vesicles. Today, the assessment is subjectively performed by visual inspection. Here a classifier based on features extracted from ultrasound (US) images is described for the automatic diagnostic of this phatology. The proposed algorithm estimates the original ultrasound radio-frequency (RF) envelope signal from which the noiseless anatomic information and the textural information encoded in the speckle noise is extracted. The features characterizing the textural information are the coefficients of the first order autoregressive model that describes the speckle field. A binary Bayesian classifier was implemented and the Bayes factor was calculated. The classification has revealed an overall accuracy of 100%. The Bayes factor could be helpful in the graphical display of the quantitative results for diagnosis purposes.

Antitumor activity of hierridin B, a cyanobacterial secondary metabolite found in both filamentous and unicellular marine strains

Cyanobacteria are widely recognized as a valuable source of bioactive metabolites. The majority of such compounds have been isolated from so-called complex cyanobacteria, such as filamentous or colonial forms, which usually display a larger number of biosynthetic gene clusters in their genomes, when compared to free-living unicellular forms. Nevertheless, picocyanobacteria are also known to have potential to produce bioactive natural products. Here, we report the isolation of hierridin B from the marine picocyanobacterium Cyanobium sp. LEGE 06113. This compound had previously been isolated from the filamentous epiphytic cyanobacterium Phormidium ectocarpi SAG 60.90, and had been shown to possess antiplasmodial activity. A phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene from both strains confirmed that these cyanobacteria derive from different evolutionary lineages. We further investigated the biological activity of hierridin B, and tested its cytotoxicity towards a panel of human cancer cell lines; it showed selective cytotoxicity towards HT-29 colon adenocarcinoma cells.

Antitumor activity of hierridin B, a cyanobacterial secondary metabolite found in both filamentous and unicellular marine strains

Cyanobacteria are widely recognized as a valuable source of bioactive metabolites. The majority of such compounds have been isolated from so-called complex cyanobacteria, such as filamentous or colonial forms, which usually display a larger number of biosynthetic gene clusters in their genomes, when compared to free-living unicellular forms. Nevertheless, picocyanobacteria are also known to have potential to produce bioactive natural products. Here, we report the isolation of hierridin B from the marine picocyanobacterium Cyanobium sp. LEGE 06113. This compound had previously been isolated from the filamentous epiphytic cyanobacterium Phormidium ectocarpi SAG 60.90, and had been shown to possess antiplasmodial activity. A phylogenetic analysis of the 16S rRNA gene from both strains confirmed that these cyanobacteria derive from different evolutionary lineages. We further investigated the biological activity of hierridin B, and tested its cytotoxicity towards a panel of human cancer cell lines; it showed selective cytotoxicity towards HT-29 colon adenocarcinoma cells.