Development of techniques for testing the effect of the E1 region on adenovirus integration /

Adenoviral vectors are currently the most widely used gene therapeutic vectors, but their inability to integrate into host chromosomal DNA shortened their transgene expression and limited their use in clinical trials. In this project, we initially planned to develop a technique to test the effect of the early region 1 (E1) on adenovirus integration by comparing the integration efficiencies between an E1-deleted adenoviral vector (SubE1) and an Elcontaining vector (SubE3). However, we did not harvest any SubE3 virus, even if we repeated the transfection and successfully rescued the SubE1 virus (2/4 transfections generated viruses) and positive control virus (6/6). The failure of rescuing SubE3 could be caused by the instability of the genomic plasmid pFG173, as it had frequent intemal deletions when we were purifying It. Therefore, we developed techniques to test the effect of E1 on homologous recombination (HR) since literature suggested that adenovirus integration is initiated by HR. We attempted to silence the E1 in 293 cells by transfecting E1A/B-specific small interfering RNA (siRNA). However, no silenced phenotype was observed, even if we varied the concentrations of E1A/B siRNA (from 30 nM to 270 nM) and checked the silencing effects at different time points (48, 72, 96 h). One possible explanation would be that the E1A/B siRNA sequences are not potent enough to Induce the silenced phenotype. For evaluating HR efficiencies, an HR assay system based on bacterial transfonmatJon was designed. We constmcted two plasmids ( designated as pUC19-dl1 and pUC19-dl2) containing different defective lacZa cassettes (forming white colonies after transformation) that can generate a functional lacZa cassette (forming blue colonies) through HR after transfecting into 293 cells. The HR efficiencies would be expressed as the percentages of the blue colonies among all the colonies. Unfortunately, after transfonnation of plasmid isolated from 293 cells, no colony was found, even at a transformation efficiency of 1.8x10^ colonies/pg pUC19, suggesting the sensitivity of this system was low. To enhance the sensitivity, PCR was used. We designed a set of primers that can only amplify the recombinant plasmid fomied through HR. Therefore, the HR efficiencies among different treatments can be evaluated by the amplification results, and this system could be used to test the effect of E1 region on adenovirus integration. In addition, to our knowledge there was no previous studies using PCR/ Realtime PCR to evaluate HR efficiency, so this system also provides a PCR-based method to carry out the HR assays.

Transfection of newt blastema mesenchyme using the techniques of lipofection and direct gene transfer

The regenerating amphibian limb provides a useful system for studying genes involved in the establishment of positional information. While a number of candidate genes that may playa role in pattern formation have been identified, their function in vivo is unknown in this system. To better ascertain the role of these genes, it would be useful to be able to alter their normal patterns of expression in vivo and to assess the effects of this misexpression on limb pattern. In order to achieve this, a method of introducing a plasmid containing the eDNA of a gene of interest into a newt blastema (a growth zone of mesenchymal progenitor cells) is needed. Unfortunately, most commonly used transfection techniques cannot be used with newt blastema cells. In this study, I have used the techniques of lipofection and direct gene transfer to introduce plasmid DNA containing reporter genes into the cells of a regenerating newt limb. The technique of lipofection was most effective when the blastema cells were transfected in vitro. The optimal ratio for transfection was shown to be 1:3 DNA:Lipofectin (W/w) , and an increase in the amount of DNA present in the mixture (1:3 ratio maintained) resulted in a corresponding increase in gene expression. The technique of direct gene transfer was used to transfect newt blastema cells with and without prior complex formation with Lipofectin. Injection of plasmid DNA alone provided the most 3 promising results. It was possible to introduce plasmid DNA containing the reporter gene ~-galactosidase and achieve significant gene expression in cells associated with the injection site. In the future, it would be interesting to use this technique to inject plasmid DNA containing a gene which may have a role in pattern formation into specific areas of the newt blastema and to analyze the resulting limb pattern that emerges.

Remembering Lessons Learned: knowledge management techniques for building generational memory

A presentation made at the CAUT Librarians Conference in Ottawa, Ontario in October 2005.

Leisure connections : a case study to understand facilitation techniques with survivors of trauma

Leisure-based therapy is a potentially effective approach to supporting survivors of trauma in their healing. The purpose ofthis qualitative case study was to describe the recreation therapist's facilitation techniques of Leisure Connections, a unique leisurebased psycho-educational group for survivors of trauma, and explore how the facilitation was experienced by participants. Qualitative case study design, following the methods of Yin (1994) was used. One two week, three session Leisure Connections group was observed. Six participants completed the Group· Therapy Alliance Scale (pinsof & Catherall, 1986) and reflection cards. In-depth, semi-structured interviews were conducted with the recreation therapist and four participants. Six themes emerged describing group leader interventions, recreation therapist's actions, recreation therapist's preparation and reflections, group members' experience of a therapeutic alliance, group cohesion, and prior influences and assumptions. Therapeutic alliance and group cohesion were influenced by the recreation therapist's group leader interventions (drawing out, processing, protecting) and actions. The context of the group within a therapeutic community milieu was an important influence.

Strategies and Techniques for Teaching Children with Learning Disabilities: A Case Study of the Spring Reading Program

This case study explored strategies and techniques in order to assist individuals with learning disabilities in their academic achievement. Of particular focus was how a literacy-based program, titled The Spring Reading Program, utilizes effective tactics and approaches that result in academic growth. The Spring Reading Program, offered by the Learning Disabilities Association of Niagara Region (LDANR) and partnered with John McNamara from Brock University, supports children with reading disabilities academically. In addition, the program helps children increase their confidence and motivation towards literacy. I began this study by outlining the importance of reading followed by and exploration of what educators and researchers have demonstrated regarding effective literacy instruction for children with learning disabilities. I studied effective strategies and techniques in the Spring Reading Program by conducting a qualitative case study of the program. This case study subsequently presents in depth, 4 specific strategies: Hands-on activities, motivation, engagement, and one-on-one instruction. Each strategy demonstrates its effectiveness through literature and examples from the Spring Reading Program.

Changements techniques dirigés dans le commerce international: une comparaison d'approches pour les États-Unis.

Rapport de recherche

Techniques alternatives d'estimation et tests en presence d'erreurs de mesure sur les variables explicatives.

Rapport de recherche

Numérisation des dossiers de santé et protection des renseignements personnels: Impératifs techniques, intérêts économiques, considérations politiques et émergence de nouvelles normes

Un résumé en anglais est également disponible.

Développement de techniques analytiques pour la détermination des agents anti-infectieux dans les eaux environnementales

Les agents anti-infectieux sont utilisés pour traiter ou prévenir les infections chez les humains, les animaux, les insectes et les plantes. L’apparition de traces de ces substances dans les eaux usées, les eaux naturelles et même l’eau potable dans plusieurs pays du monde soulève l’inquiétude de la communauté scientifique surtout à cause de leur activité biologique. Le but de ces travaux de recherche a été d’étudier la présence d’anti-infectieux dans les eaux environnementales contaminées (c.-à-d. eaux usées, eaux naturelles et eau potable) ainsi que de développer de nouvelles méthodes analytiques capables de quantifier et confirmer leur présence dans ces matrices. Une méta-analyse sur l’occurrence des anti-infectieux dans les eaux environnementales contaminées a démontré qu’au moins 68 composés et 10 de leurs produits de transformation ont été quantifiés à ce jour. Les concentrations environnementales varient entre 0.1 ng/L et 1 mg/L, selon le composé, la matrice et la source de contamination. D’après cette étude, les effets nuisibles des anti-infectieux sur le biote aquatique sont possibles et ces substances peuvent aussi avoir un effet indirect sur la santé humaine à cause de sa possible contribution à la dissémination de la résistance aux anti-infecteiux chez les bactéries. Les premiers tests préliminaires de développement d’une méthode de détermination des anti-infectieux dans les eaux usées ont montré les difficultés à surmonter lors de l’extraction sur phase solide (SPE) ainsi que l’importance de la sélectivité du détecteur. On a décrit une nouvelle méthode de quantification des anti-infectieux utilisant la SPE en tandem dans le mode manuel et la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS). Les six anti-infectieux ciblés (sulfaméthoxazole, triméthoprime, ciprofloxacin, levofloxacin, clarithromycin et azithromycin) ont été quantifiés à des concentrations entre 39 et 276 ng/L dans les échantillons d’affluent et d’effluent provenant d’une station d’épuration appliquant un traitement primaire et physico- chimique. Les concentrations retrouvées dans les effluents indiquent que la masse moyenne totale de ces substances, déversées hebdomadairement dans le fleuve St. Laurent, était de ~ 2 kg. En vue de réduire le temps total d’analyse et simplifier les manipulations, on a travaillé sur une nouvelle méthode de SPE couplée-LC-MS/MS. Cette méthode a utilisé une technique de permutation de colonnes pour préconcentrer 1.00 mL d’échantillon dans une colonne de SPE couplée. La performance analytique de la méthode a permis la quantification des six anti-infectieux dans les eaux usées municipales et les limites de détection étaient du même ordre de grandeur (13-60 ng/L) que les méthodes basées sur la SPE manuelle. Ensuite, l’application des colonnes de SPE couplée de chromatographie à débit turbulent pour la préconcentration de six anti-infectieux dans les eaux usées a été explorée pour diminuer les effets de matrice. Les résultats obtenus ont indiqué que ces colonnes sont une solution de réchange intéressante aux colonnes de SPE couplée traditionnelles. Finalement, en vue de permettre l’analyse des anti-infectieux dans les eaux de surface et l’eau potable, une méthode SPE couplée-LC-MS/MS utilisant des injections de grand volume (10 mL) a été développée. Le volume de fuite de plusieurs colonnes de SPE couplée a été estimé et la colonne ayant la meilleure rétention a été choisie. Les limites de détection et de confirmation de la méthode ont été entre 1 à 6 ng/L. L’analyse des échantillons réels a démontré que la concentration des trois anti-infectieux ciblés (sulfaméthoxazole, triméthoprime et clarithromycine) était au dessous de la limite de détection de la méthode. La mesure des masses exactes par spectrométrie de masse à temps d’envol et les spectres des ions produits utilisant une pente d’énergie de collision inverse dans un spectromètre de masse à triple quadripôle ont été explorés comme des méthodes de confirmation possibles.

Impact de l'haploinsuffisance du gène Sim1 sur le développement et la fonction du noyau paraventriculaire de l'hypothalamus

L’obésité provient d’un déséquilibre de l’homéostasie énergétique, c’est-à-dire une augmentation des apports caloriques et/ou une diminution des dépenses énergétiques. Plusieurs données, autant anatomiques que physiologiques, démontrent que l’hypothalamus est un régulateur critique de l’appétit et des dépenses énergétiques. En particulier, le noyau paraventriculaire (noyau PV) de l’hypothalamus intègre plusieurs signaux provenant du système nerveux central (SNC) et/ou de la périphérie, afin de contrôler l’homéostasie énergétique via des projections axonales sur les neurones pré-ganglionnaires du système autonome situé dans le troc cérébral et la moelle épinière. Plusieurs facteurs de transcription, impliqués dans le développement du noyau PV, ont été identifiés. Le facteur de transcription SIM1, qui est produit par virtuellement tous les neurones du noyau PV, est requis pour le développement du noyau PV. En effet, lors d’une étude antérieure, nous avons montré que le noyau PV ne se développe pas chez les souris homozygotes pour un allèle nul de Sim1. Ces souris meurent à la naissance, probablement à cause des anomalies du noyau PV. Par contre, les souris hétérozygotes survivent, mais développent une obésité précoce. De façon intéressante, le noyau PV des souris Sim1+/- est hypodéveloppé, contenant 24% moins de cellules. Ces données suggèrent fortement que ces anomalies du développement pourraient perturber le fonctionnement du noyau PV et contribuer au développement du phénotype d’obésité. Dans ce contexte, nous avons entrepris des travaux expérimentaux ayant pour but d’étudier l’impact de l’haploinsuffisance de Sim1 sur : 1) le développement du noyau PV et de ses projections neuronales efférentes; 2) l’homéostasie énergétique; et 3) les voies neuronales physiologiques contrôlant l’homéostasie énergétique chez les souris Sim1+/-. A cette fin, nous avons utilisé : 1) des injections stéréotaxiques combinées à des techniques d’immunohistochimie afin de déterminer l’impact de l’haploinsuffisance de Sim1 sur le développement du noyau PV et de ses projections neuronales efférentes; 2) le paradigme des apports caloriques pairés, afin de déterminer l’impact de l’haploinsuffisance de Sim1 sur l’homéostasie énergétique; et 3) une approche pharmacologique, c’est-à-dire l’administration intra- cérébroventriculaire (i.c.v.) et/ou intra-péritonéale (i.p.) de peptides anorexigènes, la mélanotane II (MTII), la leptine et la cholécystokinine (CCK), afin de déterminer l’impact de l’haploinsuffisance de Sim1 sur les voies neuronales contrôlant l’homéostasie énergétique. Dans un premier temps, nous avons constaté une diminution de 61% et de 65% de l’expression de l’ARN messager (ARNm) de l’ocytocine (Ot) et de l’arginine-vasopressine (Vp), respectivement, chez les embryons Sim1+/- de 18.5 jours (E18.5). De plus, le nombre de cellules produisant l’OT et la VP est apparu diminué de 84% et 41%, respectivement, chez les souris Sim1+/- adultes. L’analyse du marquage axonal rétrograde des efférences du noyau PV vers le tronc cérébral, en particulier ses projections sur le noyau tractus solitaire (NTS) aussi que le noyau dorsal moteur du nerf vague (X) (DMV), a permis de démontrer une diminution de 74% de ces efférences. Cependant, la composition moléculaire de ces projections neuronales reste inconnue. Nos résultats indiquent que l’haploinsuffisance de Sim1 : i) perturbe spécifiquement le développement des cellules produisant l’OT et la VP; et ii) abolit le développement d’une portion importante des projections du noyau PV sur le tronc cérébral, et notamment ses projections sur le NTS et le DMV. Ces observations soulèvent donc la possibilité que ces anomalies du développement du noyau PV contribuent au phénotype d’hyperphagie des souris Sim1+/-. En second lieu, nous avons observé que la croissance pondérale des souris Sim1+/- et des souris Sim1+/+ n’était pas significativement différente lorsque la quantité de calories présentée aux souris Sim1+/- était la même que celle consommée par les souris Sim1+/+. De plus, l’analyse qualitative et quantitative des tissus adipeux blancs et des tissus adipeux bruns n’a démontré aucune différence significative en ce qui a trait à la taille et à la masse de ces tissus chez les deux groupes. Finalement, au terme de ces expériences, les souris Sim1+/--pairées n’étaient pas différentes des souris Sim1+/+ en ce qui a trait à leur insulinémie et leur contenu en triglycérides du foie et des masses adipeuses, alors que tous ces paramètres étaient augmentés chez les souris Sim1+/- nourries ad libitum. Ces résultats laissent croire que l’hyperphagie, et non une diminution des dépenses énergétiques, est la cause principale de l’obésité des souris Sim1+/-. Par conséquent, ces résultats suggèrent que : i) l’haploinsuffisance de Sim1 est associée à une augmentation de l’apport calorique sans toutefois moduler les dépenses énergétiques; ii) l’existence d’au moins deux voies neuronales issues du noyau PV : l’une qui régule la prise alimentaire et l’autre la thermogénèse; et iii) l’haploinsuffisance de Sim1 affecte spécifiquement la voie neuronale qui régule la prise alimentaire. En dernier lieu, nous avons montré que l’injection de MTII, de leptine ainsi que de CCK induit une diminution significative de la consommation calorique des souris des deux génotypes, Sim1+/+ et Sim1+/-. De fait, la consommation calorique cumulative des souris Sim1+/- et Sim1+/+ est diminuée de 37% et de 51%, respectivement, durant les 4 heures suivant l’administration i.p. de MTII comparativement à l’administration d’une solution saline. Lors de l’administration i.c.v. de la leptine, la consommation calorique cumulative des souris Sim1+/- et Sim1+/+ est diminuée de 47% et de 32%, respectivement. Finalement, l’injection i.p. de CCK diminue la consommation calorique des souris Sim1+/- et Sim1+/+ de 52% et de 36%, respectivement. L’ensemble des résultats suggère ici que l’haploinsuffisance de Sim1 diminue l’activité de certaines voies neuronales régulant l’homéostasie énergétique, et particulièrement de celles qui contrôlent la prise alimentaire. En résumé, ces travaux ont montré que l’haploinsuffisance de Sim1 affecte plusieurs processus du développement au sein du noyau PV. Ces anomalies du développement peuvent conduire à des dysfonctions de certains processus physiologiques distincts régulés par le noyau PV, et notamment de la prise alimentaire, et contribuer ainsi au phénotype d’obésité. Les souris hétérozygotes pour le gène Sim1 représentent donc un modèle animal unique, où l’hyperphagie, et non les dépenses énergétiques, est la principale cause de l’obésité. En conséquence, ces souris pourraient représenter un modèle expérimental intéressant pour l’étude des mécanismes cellulaires et moléculaires en contrôle de la prise alimentaire.