How reporting and controlling systems can be effectively designed to support the decision-making process: The case of a Software SME

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Software for pattern recognition of the larvae of Aedes aegypti and Aedes albopictus

Software for pattern recognition of the larvae of mosquitoes Aedes aegypti and Aedes albopictus, biological vectors of dengue and yellow fever, has been developed. Rapid field identification of larva using a digital camera linked to a laptop computer equipped with this software may greatly help prevention campaigns.

Spectrum sensing through software defined radio

Dissertação apresentada para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores, pela Universidade Nova de Lisboa, Faculdade de Ciências e Tecnologia

Ressonância magnética nuclear com recurso a um transreceptor rádio controlado por software

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Electrotécnica e de Computadores

The Evolution of Function in the Rab family of Small GTPases

Dissertation presented to obtain the PhD degree in Computational Biology.

Clinical and laboratory findings related to a favorable evolution of hantavirus pulmonary syndrome

The medical records of 27 patients with hantavirus pulmonary syndrome were analyzed according to the need for invasive mechanical ventilation in relation to the following data up on hospital admission: age, gender, fever, cough, dyspnea, systolic arterial blood pressure, heart rate, levels of hemoglobin, hematocrit, leukocytes, lymphocytes, platelets, creatinine and arterial blood gases. The volume infused during the first 24 hours after admission, the use of inotropic agents, the use of corticosteroids and the patient outcomes were also evaluated. A favorable outcome was related to systolic blood pressure³ 100mmHg, heart rate lower than 100 beats per minute, creatinine below 1.6mg/dl, arterial blood pH³ 7.35, bicarbonate higher than 15mEq/dl, oxygen saturation higher than 84.1%, lower rehydration volume in the first 24 hours of hospitalization and no use of inotropic agents. Absence of clinical and laboratory signs of circulatory shock up on admission was associated with a favorable outcome of the patients.

Formação em Gestão, Tradução, Localização e Testes de Projetos de Software

Relatório de Estágio apresentado para cumprimento dos requisitos necessários à obtenção do grau de Mestre em Tradução – Especialização em Inglês

Evolution of Diplodocid Sauropod dinosaurs with emphasis on specimens from Howe Ranch, Wyoming (USA)

Diplodocidae are among the best known sauropod dinosaurs. Several species were described in the late 1800s or early 1900s. Since then, numerous additional specimens were recovered in the USA, Tanzania, Portugal, as well as possibly Spain, England, and Asia. To date, the clade includes about 12 to 15 different species, some of them with questionable taxonomic status (e.g. ‘Diplodocus’ hayi or Dyslocosaurus polyonychius). However, intrageneric relationships of the multi-species, iconic genera Apatosaurus and Diplodocus are still poorly known. The way to resolve this issue is a specimen-based phylogenetic analysis, which was done for Apatosaurus, but is here performed for the first time for the entire clade of Diplodocidae. New material from different localities and stratigraphic levels on the Howe Ranch (Shell,Wyoming, USA) sheds additional light on the evolution of Diplodocidae. Three new specimens are described herein, considerably increasing our knowledge of the anatomy of the group. The new specimens (SMA 0004, SMA 0011, and SMA 0087) represent two, to possibly three new diplodocid species. They preserve material from all parts of the skeleton, including two nearly complete skulls, as well as fairly complete manus and pedes, material which is generally rare in diplodocids. Thereby, they considerably increase anatomical overlap between the sometimes fragmentary holotype specimens of the earlier described diplodocid species, allowing for significant results in a specimenbased phylogenetic analysis. Furthermore, clavicles and interclavicles are identified, the latter for the first time in dinosaurs. Their presence seems restricted to early sauropods, flagellicaudatans, and early Macronaria, and might thus be a retained plesiomorphy, with the loss of these bones being synapomorphic for Titanosauriformes and possibly Rebbachisauridae. The new material allows to test previous hypotheses of diplodocid phylogeny. In order to do so, any type specimen previously proposed to belong to Diplodocidae was included in the study, as are relatively complete referred specimens, in order to increase the degree of overlapping material. For specimens subsequently suggested to be non-diplodocid sauropods, their hypothesized sister taxa were included as outgroups. The current phylogenetic analysis thus includes 76 operational taxonomic units, 45 of which belong to Diplodocidae. The specimens were scored for 477 morphological characters, representing one of the most extensive phylogenetic analyses done within sauropod dinosaurs. The resulting cladogram recovers the classical arrangement of diplodocid relationships. Basing on a newly developed numerical approach to reduce subjectivity in the decision of specific or generic separation, species that have historically been included into well-known genera like Apatosaurus or Diplodocus, were detected to be actually generically different. Thereby, the famous genus Brontosaurus is resuscitated, and evidence further suggests that also Elosaurus parvus (previously referred to Apatosaurus) or ‘Diplodocus’ hayi represent unique genera. The study increases our knowledge about individual variation, and helps to decide how to score multi-species genera. Such a specimen-based phylogenetic analysis thus proves a valuable tool to validate historic species in sauropods, and in paleontology as a whole.

Trypanocide treatment among adults with chronic Chagas disease living in Santa Fe city (Argentina), over a mean follow-up of 21 years: parasitological, serological and clinical evolution

The efficacy of treatment with nifurtimox and/or benznidazole among adults with chronic Chagas disease with no previous electrocardiographic disturbances was evaluated over a mean follow-up of 21 years, by means of conventional serology, xenodiagnosis, clinical examination, electrocardiograms and chest X-ray. One hundred and eleven patients, between 17 and 46 years old, were studied: 54 underwent treatment (nifurtimox 27, benznidazole 27) and 57 remained untreated (control group). Xenodiagnosis was performed on 65% of them: 36/38 of the treated and 9/34 of the untreated patients had previous positive xenodiagnosis. Post-treatment, 133 xenodiagnoses were performed on 41 patients, all resulting negative. In the control group, 29 xenodiagnoses were performed on 14 patients; 2 resulted positive. Sera stored during the follow-up were simultaneously analyzed through conventional serology tests (IHA; DA-2ME; IIF). The serological evolution in the treated group was: a) 37% underwent negative seroconversion (nifurtimox 11, benznidazole 9); b) 27.8% decreased titers (nifurtimox 9, benznidazole 6), 9 showed inconclusive final serology (nifurtimox 7, benznidazole 2); c) 35.2% remained positive with constant titers (nifurtimox 7; benznidazole 12). The control group conserved the initial antibody levels during the follow-up. In the clinical evolution, 2/54 (3.7%) of the treated and 9/57 (15.8%) of the untreated patients showed electrocardiographic disturbances attributable to Chagas myocardiopathy, with a statistically relevant difference (p<0.05). Treatment caused deparasitation in at least 37% of the chronically infected adults and a protective effect on their clinical evolution.

How enterprise 2,0 firms take advantage of emergent social software platforms to manage knowledge

This research aims to provide a better understanding on how firms stimulate knowledge sharing through the utilization of collaboration tools, in particular Emergent Social Software Platforms (ESSPs). It focuses on the distinctive applications of ESSPs and on the initiatives contributing to maximize its advantages. In the first part of the research, I have itemized all types of existing collaboration tools and classify them in different categories according to their capabilities, objectives and according to their faculty for promoting knowledge sharing. In the second part, and based on an exploratory case study at Cisco Systems, I have identified the main applications of an existing enterprise social software platform named Webex Social. By combining a qualitative and quantitative approach, as well as combining data collected from survey’s results and from the analysis of the company’s documents, I am expecting to maximize the outcome of this investigation and reduce the risk of bias. Although effects cannot be universalized based on one single case study, some utilization patterns have been underlined from the data collected and potential trends in managing knowledge have been observed. The results of the research have also enabled identifying most of the constraints experienced by the users of the firm’s social software platform. Utterly, this research should provide a primary framework for firms planning to create or implement a social software platform and for firms willing to increase adoption levels and to promote the overall participation of users. It highlights the common traps that should be avoided by developers when designing a social software platform and the capabilities that it should inherently carry to support an effective knowledge management strategy.

Criação de software para análise do batimento ciliar em peixe-zebra

O peixe-zebra é utilizado como modelo vertebrado para estudos in vivo de diversas patologias de origem genética. Neste trabalho pretendeu-se estudar a discinesia ciliar primária através do estudo in vivo do organizador da esquerda-direita destes peixes, conhecido por vesícula de Kupffer. Em particular, após análise de sequências de imagens captadas a alta velocidade, avaliou-se o com-portamento dinâmico de cílios normais e comparou-se com o de cílios com alte-rações genéticas com o objectivo de melhor compreender os processos que in-fluenciam a localização assimétrica dos órgãos internos, associados a esta doen-ça. De vídeos obtidos por microscopia de alta velocidade do interior da vesí-cula de Kupffer foram analisados 32 cílios, sendo 8 normais e os restantes cílios pertencentes a três alterações genéticas diferentes: subexpressão de Pkd2, so-brexpressão de Arl13b e mutação no gene deltaD. Para cada cílio calculou-se a frequência de batimento e caracterizou-se quantitativamente o movimento. Esta última análise teve como base a segmentação manual do cílio em quatro pontos definindo a base, o meio e a ponta. De seguida, estudou-se a dinâmica de cada uma das rectas constituídas por estas três estruturas ao longo do tempo. Com recurso à análise estatística ANOVA podemos comprovar diferenças no movi-mento entre os cílios alterados quando comparados com os normais. A análise da frequência demonstrou que todos os cílios estudados possu-em uma frequência média 34,9 Hz. Demonstrou-se ainda que, quando compa-rados com cílios normais, os cílios Pkd2 possuem um movimento 60% mais rí-gido, os Alr13b são caracterizados por amplitudes angulares 26% superiores no seu movimento e, por fim, a relação entre as amplitudes base/meio é 23% supe-rior nos cílios Delta D. Para implementar estes estudos, desenvolveu-se uma ferramenta baseada num plugin para ImageJ conjuntamente com códigos em R, que poderá vir a ser utilizada em investigações da discinesia ciliar primária em peixes-zebra.

Modelação não linear de estruturas metálicas e mistas em situação de incêndio no software OpenSees

Os incêndios em edifícios representam um fenómeno que pode ter consequências devastadoras quando não controlado, não só em termos de perdas de vidas humanas, como em termos económicos. No passado, a ocorrência de incêndios de grandes dimensões mostrou os efeitos do fogo descontrolado nos edifícios, assim como a ineficiência dos meios de segurança ativa ao fogo. Nas últimas duas décadas, estas questões motivaram o estudo e compreensão da ação dos incêndios nas estruturas dos edifícios. Neste trabalho estuda-se a modelação da ação do fogo em estruturas metálicas e mistas, com o objetivo de contribuir para a sua melhor caracterização. A presente tese foca-se na validação e compreensão da implementação de análises termo-mecânicas a estruturas mistas no software de elementos finitos OpenSees (Open System for Earthquake Engineering Simulation), contribuindo assim para futuros estudos, não só de análises de estruturas mistas sujeitas a incêndio, mas também de análises de estruturas mistas sujeitas a eventos consecutivos, como sismo seguido de incêndio. Neste trabalho é feita uma breve descrição do fenómeno fogo, assim como dos processos inerentes à dinâmica de um incêndio que constituem uma fonte de incerteza para a modelação de cenários de incêndio num edifício. Posto isto, são abordados alguns modelos de incêndios presentes nos Eurocódigos, assim como o recente modelo de fogos móveis(“Travelling fires”). São realizados exemplos de aplicação no software e dois casos de estudo. O primeiro consiste na modelação de dois ensaios ao fogo realizados na Alemanha em 1986 em estruturas metálicas à escala 1/4. O segundo consiste na modelação de um ensaio ao fogo a uma viga de betão armado simplesmente apoiada, realizado no Instituto Superior Técnico em 2010. Os modelos numéricos desenvolvidos no OpenSees contabilizam as não linearidades físicas e geométricas, com elementos finitos de plasticidade distribuída e com uma formulação baseada em deslocamentos. Os resultados numéricos são então comparados com os experimentais, de modo a validar as análises termo-mecânicas no OpenSees.

Morphological diversification through the evolution of developmental hierarchies

Changes in development impact the final form of organisms and compose the natural variation that is the raw material for evolution. Development is hierarchically structured in progressive series of cell fate determination and differentiation. How does variation in different stages of development contribute to morphological diversification?

Novo Software para análise do epitélio nasal humano

A discinesia ciliar primária (DCP) resulta de disfunção ciliar no ser humano, estando associada a um conjunto de sintomas muito diversificados. É uma doença respiratória rara caracterizada por infecções respiratórias, situs inversus, infertilidade e hidrocefalia. Em Portugal não existe nenhum centro de diagnóstico da doença. Mas a inten-ção de criar um surgiu, seguindo o método de centros de diagnóstico para DCP utilizado noutros países. Este diagnóstico consiste em recolher amostras dos cílios do nariz, através do método de escovagem nasal e obter a gravação do batimento das células ciliadas por uma câmara de alta velocidade acoplada a um microscópio com objectivas de alta resolução. É possível estudar a DCP através da análise do comportamento físico dos cílios, e, para uma melhor abordagem, foi desenvolvido um programa executável, em C#, para análise destas amostras. Este, após a escolha de uma zona de interesse da sequência de imagens pelo utilizador (ROI), detecta as frequências do bati-mento ciliar, indicando uma lista com as percentagens das frequências obtidas e cria um mapa de frequências do ROI. A ferramenta permite ainda calcular o comprimento do cílio e realizar um estudo do movimento do mesmo, algo que ainda não foi abordado por outros programas. O código desenvolvido permitirá, assim, obter um diagnóstico de DCP em Por-tugal, rápido e nalguns casos com um melhor desempenho do que a inspecção visual seguida noutros centros de diagnóstico.

Plataforma online de partilha e comparação de software para análise de imagens da retina

Nesta Tese foi desenvolvida uma plataforma online multiutilizador, que tem como objetivo principal comparar algoritmos de análise de imagens para de-terminar o seu grau de eficácia. Um exemplo de aplicação é a comparação de algoritmos de análise de imagens da retina para deteção de drusas. A compa-ração é feita considerando um dos algoritmos como referência padrão e sobre o este são avaliados os restantes. O funcionamento da plataforma é semelhante à de um fórum, onde é possível a um utilizador criar tópicos publicando imagens e seu descritivo. Após a cria-ção do tópico qualquer utilizador pode visualizar o mesmo, dando a hipótese de comentar ou de acrescentar imagens processadas com os seus próprios al-goritmos de análise. Com o aumento de imagens processadas, obtém-se uma base de dados de algoritmos de análise de imagens sobre a qual é possível avaliar o seu grau de eficácia. A plataforma pretende também criar comunidades onde os utilizadores pos-sam interagir uns com os outros comentando sobre os tópicos, contribuindo assim para o melhoramento dos algoritmos. Deste modo, além de uma base de dados que qualquer utilizador pode usar, obtém-se uma fonte de informação disponibilizada por outros profissionais da área.