Restauração de imagens de microscopia de força atômica com uso da regularização de Tikhonov via processamento em GPU

A Restauração de Imagens é uma técnica que possui aplicações em várias áreas, por exemplo, medicina, biologia, eletrônica, e outras, onde um dos objetivos da restauração de imagens é melhorar o aspecto final de imagens de amostras que por algum motivo apresentam imperfeições ou borramentos. As imagens obtidas pelo Microscópio de Força Atômica apresentam borramentos causados pela interação de forças entre a ponteira do microscópio e a amostra em estudo. Além disso apresentam ruídos aditivos causados pelo ambiente. Neste trabalho é proposta uma forma de paralelização em GPU de um algoritmo de natureza serial que tem por fim a Restauração de Imagens de Microscopia de Força Atômica baseado na Regularização de Tikhonov.

Effects of rapid decompression and exposure to bright light on visual function in black rockfish (Sebastes melanops) and Pacific halibut (Hippoglossus stenolepis)

Demersal fishes hauled up from depth experience rapid decompression. In physoclists, this can cause overexpansion of the swim bladder and resultant injuries to multiple organs (barotrauma), including severe exophthalmia (“pop-eye”). Before release, fishes can also be subjected to asphyxia and exposure to direct sunlight. Little is known, however, about possible sensory deficits resulting from the events accompanying capture. To address this issue, electroretinography was used to measure the changes in retinal light sensitivity, flicker fusion frequency, and spectral sensitivity in black rockfish (Sebastes melanops) subjected to rapid decompression (from 4 atmospheres absolute [ATA] to 1 ATA) and Pacific halibut (Hippoglossus stenolepis) exposed to 15 minutes of simulated sunlight. Rapid decompression had no measurable influence on retinal function in black rockfish. In contrast, exposure to bright light significantly reduced retinal light sensitivity of Pacific halibut, predominately by affecting the photopigment which absorbs the green wavelengths of light (≈520–580 nm) most strongly. This detriment is likely to have severe consequences for postrelease foraging success in green-wavelength-dominated coastal waters. The visual system of Pacific halibut has characteristics typical of species adapted to low light environments, and these characteristics may underlie their vulnerability to injury from exposure to bright light.

Rediseño de la identidad visual corporativa de Sunlight Consultores S.L

[ES] Como proyecto de fin de carrera se ha elaborado el manual de identidad corporativa de la empresa Sunlight Consultores S.L. Es un trabajo práctico funcional, desarrollado para un cliente real.

Validation of a method for estimating realized annual fecundity in a multiple spawner, the long-snouted seahorse (Hippocampus guttulatus), using underwater visual census

The long-snouted seahorse (Hippocampus guttulatus) (Cuvier, 1829), was used to validate the pre-dictive accuracy of three progressively realistic models for estimating the realized annual fecundity of asyn-chronous, indeterminate, multiple spawners. Underwater surveys and catch data were used to estimate the duration of the reproductive season, female spawning frequency, male brooding frequency, and batch fecun-dity. The most realistic model, a generalization of the spawning fraction method, produced unbiased estimates of male brooding frequency (mean ±standard deviation [SD]=4.2 ±1.6 broods/year). Mean batch fecundity and realized annual fecundity were 213.9 (±110.9) and 903.6 (±522.4), respectively. However, females prepared significantly more clutches than the number of broods produced by males. Thus, methods that infer spawning frequency from patterns in female egg production may lead to significant overestimates of realized annual fecundity. The spawning fraction method is broadly applicable to many taxa that exhibit parental care and can be applied nondestructively to species for which conservation is a concern.

Precision and accuracy of fish length measurements obtained with two visual underwater methods

During the VITAL cruise in the Bay of Biscay in summer 2002, two devices for measuring the length of swimming fish were tested: 1) a mechanical crown that emitted a pair of parallel laser beams and that was mounted on the main camera and 2) an underwater auto-focus video camera. The precision and accuracy of these devices were compared and the various sources of measurement errors were estimated by repeatedly measuring fixed and mobile objects and live fish. It was found that fish mobility is the main source of error for these devices because they require that the objects to be measured are perpendicular to the field of vision. The best performance was obtained with the laser method where a video-replay of laser spots (projected on fish bodies) carrying real-time size information was used. The auto-focus system performed poorly because of a delay in obtaining focus and because of some technical problems.

Proposição de um indicador global de funcionalidade operacional para sistemas de processamento primário em instalações marítimas de produção de petróleo: estudo de caso para o sistema de separação e tratamento de óleo

Este texto verificou o tema de monitoramento de processos de produção de petróleo em plataformas no mar de forma a propor indicadores globais para monitoramento da funcionalidade dos equipamentos que envolvem estes processos, permitindo a antecipação da tomada de decisão sobre suas eminentes quedas de disponibilidade. Para tal, buscando conhecer as áreas envolvidas na gestão de uma plataforma de petróleo no mar, foram identificados os principais sistemas relacionados ao processo de produção de petróleo e optou-se pelo Sistema de Separação e Tratamento de Óleo para desenvolvimento e validação dos indicadores propostos. O Indicador Global de Funcionalidade Operacional (IGFO) foi desenvolvido a partir dos dados disponíveis para monitoramento dos processos de produção de petróleo, focado nas visões das principais áreas envolvidas na gestão da plataforma. Este indicador foi elaborado com objetivo de simplificar a análise dos processos, permitindo assim aferir o desempenho das ações de monitoramento de processos em plataformas de petróleo, de modo a atuar de forma antecipativa, contribuindo com a identificação e a disseminação das melhores práticas de manutenção preditiva. Neste aspecto, os indicadores na forma de normalização utilizada permitem comparações em diversos níveis, tanto em relação as plataformas dentro de uma empresa, como plataformas de empresas diferentes. Os indicadores globais propostos obtiveram resultados que permitiram avaliar a queda de funcionalidade dos equipamentos do Sistema de Separação e Tratamento de Óleo durante o período avaliado, servindo de base para identificação das causas das falhas destes equipamentos. Assim sendo, pôde-se perceber que a utilização dos indicadores globais identificados pode responder com sucesso às necessidades propostas

Avaliação clínico visual de três técnicas de clareamento dental

O objetivo deste estudo in vivo foi avaliar comparativamente três técnicas de clareamento de dentes polpados quanto ao grau de cor final alcançado, sensibilidade dental e satisfação pessoal de operadores e pacientes. Indivíduos jovens de mesma faixa etária e padrão de higiene bucal foram selecionados e divididos aleatoriamente entre os grupos (G1; n=7) caseiro, com regime de uso de 8 h/dia/4 semanas; (G2; n=7) consultório, com regime de clareamento de 4 sessões semanais de 2 aplicações de 15 min cada e; (G3; n=6) associado, com caseiro e consultório combinados. Para as técnicas caseira e de consultório foram utilizados peróxido de carbamida a 16% (WhitegoldHome/Dentsply) e peróxido de hidrogênio a 35% (Whitegold Office/Dentsply), respectivamente. Os registros de cor foram obtidos por um único operador antes e após o emprego da cada técnica utilizando escala de cores Vita Bleachedguide 3D-Master e máquina fotográfica digital profissional (EOS Rebel XT Canon), com ajustes de iluminação, flash e distância focal padronizados. O nível de clareamento foi avaliado por unidades de mudança de cor (luminosidade) na escala de cores, além do número de tons alcançados nas imagens digitais e mudança de cor no sistema CIE L*a*b* por meio do software ScanWhite. Os dados foram tratados estatisticamente pelos testes não paramétricos de Kruskal Wallis e dos sinais (p≤0,05). Os registros de sensibilidade dental trans e pós operatória e da satisfação pessoal dos operadores e pacientes foram preenchidos individualmente em questionário unidimensional ao final de cada sessão. Foram atribuídos escores para a avaliação final da sensibilidade dental, conforme: 0=ausente; 1=leve; 2=moderada e; 3=severa. Os dados foram tratados estatisticamente pelo teste Kruskal Wallis. As médias das variações de unidades de mudança de cor da escala Vita e do software foram, respectivamente: G1) 4,57 (IC1,34), 27,14 (IC12,03); G2) 2,86 (IC0,99), 21,29 (IC14,27); G3) 4 (IC1,82), 25,33 (IC10,70). Na comparação entre os métodos de avaliação de cor, os p-valores do teste dos sinais foram 0,453, 0,453 e 0,687 para os grupos 1, 2 e 3, respectivamente. As médias da variação total de cor (∆E) foram, respectivamente: G1) 8,79(IC4,18), G2) 7,10(IC3,53) e G3) 9,74 (IC4,07). Não foi determinada diferença estatisticamente significante entre os grupos. Os postos médios do nível de sensibilidade foram: G1 = 9,64; G2 = 11,58; e G3 = 10,43, e o p-valor = 0,807. Não houve diferença estatisticamente significante entre grupos. Conclui-se que as técnicas caseiro, consultório e associada foram igualmente eficazes quanto ao nível de cor final, de acordo com os métodos objetivos e subjetivos utilizados. O nível de sensibilidade dental foi o mesmo independentemente da técnica utilizada. Todos os indivíduos registraram satisfação ao final do clareamento.

Hardware paralelo reconfigurável para identificação de alinhamentos de sequências de DNA.

Amostras de DNA são encontradas em fragmentos, obtidos em vestígios de uma cena de crime, ou coletados de amostras de cabelo ou sangue, para testes genéticos ou de paternidade. Para identificar se esse fragmento pertence ou não a uma sequência de DNA, é necessário compará-los com uma sequência determinada, que pode estar armazenada em um banco de dados para, por exemplo, apontar um suspeito. Para tal, é preciso uma ferramenta eficiente para realizar o alinhamento da sequência de DNA encontrada com a armazenada no banco de dados. O alinhamento de sequências de DNA, em inglês DNA matching, é o campo da bioinformática que tenta entender a relação entre as sequências genéticas e suas relações funcionais e parentais. Essa tarefa é frequentemente realizada através de softwares que varrem clusters de base de dados, demandando alto poder computacional, o que encarece o custo de um projeto de alinhamento de sequências de DNA. Esta dissertação apresenta uma arquitetura de hardware paralela, para o algoritmo BLAST, que permite o alinhamento de um par de sequências de DNA. O algoritmo BLAST é um método heurístico e atualmente é o mais rápido. A estratégia do BLAST é dividir as sequências originais em subsequências menores de tamanho w. Após realizar as comparações nessas pequenas subsequências, as etapas do BLAST analisam apenas as subsequências que forem idênticas. Com isso, o algoritmo diminui o número de testes e combinações necessárias para realizar o alinhamento. Para cada sequência idêntica há três etapas, a serem realizadas pelo algoritmo: semeadura, extensão e avaliação. A solução proposta se inspira nas características do algoritmo para implementar um hardware totalmente paralelo e com pipeline entre as etapas básicas do BLAST. A arquitetura de hardware proposta foi implementada em FPGA e os resultados obtidos mostram a comparação entre área ocupada, número de ciclos e máxima frequência de operação permitida, em função dos parâmetros de alinhamento. O resultado é uma arquitetura de hardware em lógica reconfigurável, escalável, eficiente e de baixo custo, capaz de alinhar pares de sequências utilizando o algoritmo BLAST.