Type-based protocol conformance and aliasing control in concurrent java programs

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Evolution of the Human Immunodeficiency Virus Type 2 Envelope in the First Years of Infection is Associated with the Dynamics of the Neutralizing Antibody Response

Background: Differently from HIV-1, HIV-2 disease progression usually takes decades without antiretroviral therapy and the majority of HIV-2 infected individuals survive as elite controllers with normal CD4+ T cell counts and low or undetectable plasma viral load. Neutralizing antibodies (Nabs) are thought to play a central role in HIV-2 evolution and pathogenesis. However, the dynamic of the Nab response and resulting HIV-2 escape during acute infection and their impact in HIV-2 evolution and disease progression remain largely unknown. Our objective was to characterize the Nab response and the molecular and phenotypic evolution of HIV-2 in association with Nab escape in the first years of infection in two children infected at birth. Results: CD4+ T cells decreased from about 50% to below 30% in both children in the first five years of infection and the infecting R5 viruses were replaced by X4 viruses within the same period. With antiretroviral therapy, viral load in child 1 decreased to undetectable levels and CD4+ T cells recovered to normal levels, which have been sustained at least until the age of 12. In contrast, viral load increased in child 2 and she progressed to AIDS and death at age 9. Beginning in the first year of life, child 1 raised high titers of antibodies that neutralized primary R5 isolates more effectively than X4 isolates, both autologous and heterologous. Child 2 raised a weak X4-specific Nab response that decreased sharply as disease progressed. Rate of evolution, nucleotide and amino acid diversity, and positive selection, were significantly higher in the envelope of child 1 compared to child 2. Rates of R5-to-X4 tropism switch, of V1 and V3 sequence diversification, and of convergence of V3 to a β-hairpin structure were related with rate of escape from the neutralizing antibodies. Conclusion: Our data suggests that the molecular and phenotypic evolution of the human immunodeficiency virus type 2 envelope are related with the dynamics of the neutralizing antibody response providing further support for a model in which Nabs play an important role in HIV-2 pathogenesis.

Artefacts induced on c-type haem proteins by electrode surfaces

J Biol Inorg Chem (2011) 16:209–215 DOI 10.1007/s00775-010-0717-z

Kinetics studies of the superoxide-mediated electron transfer reactions between rubredoxin-type proteins and superoxide reductases

J Biol Inorg Chem (2006) 11: 433–444 DOI 10.1007/s00775-006-0090-0

Structural and functional studies of PpcA: a key protein in the electron transfer pathways of Geobacter sulfurreducens

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica, ramo de Biotecnologia

Vascular Malformation and Common Keratinocytic Nevus of the Soft Type: Phacomatosis Pigmentovascularis Revisited

Phacomatosis pigmentovascularis is a rare syndrome characterized by the coexistence of a pigmented nevus and a cutaneous vascular malformation. We report a 5-year-old boy with all the typical findings of phacomatosis pigmentovascularis type Ia. Although its existence according to the traditional classification has been questioned, this case represents a very rare association of a capillary vascular malformation and a common keratinocytic nevus of the soft type.

Molecular determinants of ligand specificity in carbohydrate-binding modules: an NMR and X-ray crystallography integrated study

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Bioquímica – Ramo Bioquímica Estrutural

The avirulence of the cultivated P F strain of T. cruzi: VI. introduced immunotolerance in mice by a veryhigh inoculum

Immunosuppression bp immunotolerance was obtained in mice by inoculating Trypanosoma cruzi avirulent PF strain in high doses to mice. Direct and indirect laboratory tests loere used to demoiistrate the above statements.

Two Novel CMY-2-Type β-Lactamases Encountered in Clinical Escherichia Coli Isolates

BACKGROUND: Chromosomally encoded AmpC β-lactamases may be acquired by transmissible plasmids which consequently can disseminate into bacteria lacking or poorly expressing a chromosomal bla AmpC gene. Nowadays, these plasmid-mediated AmpC β-lactamases are found in different bacterial species, namely Enterobacteriaceae, which typically do not express these types of β-lactamase such as Klebsiella spp. or Escherichia coli. This study was performed to characterize two E. coli isolates collected in two different Portuguese hospitals, both carrying a novel CMY-2-type β-lactamase-encoding gene. FINDINGS: Both isolates, INSRA1169 and INSRA3413, and their respective transformants, were non-susceptible to amoxicillin, amoxicillin plus clavulanic acid, cephalothin, cefoxitin, ceftazidime and cefotaxime, but susceptible to cefepime and imipenem, and presented evidence of synergy between cloxacilin and cefoxitin and/or ceftazidime. The genetic characterization of both isolates revealed the presence of bla CMY-46 and bla CMY-50 genes, respectively, and the following three resistance-encoding regions: a Citrobacter freundii chromosome-type structure encompassing a blc-sugE-bla CMY-2-type -ampR platform; a sul1-type class 1 integron with two antibiotic resistance gene cassettes (dfrA1 and aadA1); and a truncated mercury resistance operon. CONCLUSIONS: This study describes two new bla CMY-2-type genes in E. coli isolates, located within a C. freundii-derived fragment, which may suggest their mobilization through mobile genetic elements. The presence of the three different resistance regions in these isolates, with diverse genetic determinants of resistance and mobile elements, may further contribute to the emergence and spread of these genes, both at a chromosomal or/and plasmid level.

Fauna triatomenae do estado da Bahia, Brasil: VI - prevalência geográfica da infecção dos tratomíneos por T. cruzi

Durante os anos de 1957 a 1971 foram coletados 35.588 triatomíneos em domicílios de 11.045 localidades do Estado da Bahia. Entre 29.156 exemplares examinados, 2.354 estavam infectados por tripanasomas do tipo T. cruzi (8%). Entretanto o índice de infecção natural variou de 0 a 100%, dependendo da espécie do triatomíneo e da localidade em que foi coletado. A maioria das localidades com triatomíneos infectados abrangeu aquelas infestadas por P. magistus, e estavam distribuídas com maior densidade no litoral norte do Estado. A espécie de triatomíneo que acusou maior índice de infecção global foi P. megistus (11,4%), vindo em seguida T. infestans (3,4%) e T. brasiliensis (3%). T. rubrofasciata, embora com índice de infecção elevado, foi considerada sem importância, desde que na maior parte era infectada por T. conorhini. Os Autores julgam que só o encontro de triatomíneos infectados justifica a ação profilática, pois traduz a existência simultânea de portadores humanos de T. cruzi. Chamam a atenção para a importância da disseminação intensa de T. infestans no Estado da Bahia, em vista dos hábitos hematofágicos acentuadamente antropofílicos dessa espécie, ao lado de sua elevada susceptibilidades para infectar com T. cruzi e capacidade de rápida proliferação e colonização intradomiciliar.

The avirulence of the cultivated PF strain of Trypanosoma cruzi: VI - The effect of antilymphocytic serum in dogs

The use of antilymphocytic serum (ALS) in dogs suppressed the immune response of a vacclnated and simultaneously ALS treated animal, increased the infectivity of a virulent strain and did not induce a typical infectian-disease in 3 dogs receiving the serum and the avirulent PF strain.

Gain-of-Function Mutations in IFIH1 Cause a Spectrum of Human Disease Phenotypes Associated with Upregulated Type I Interferon Signaling

The type I interferon system is integral to human antiviral immunity. However, inappropriate stimulation or defective negative regulation of this system can lead to inflammatory disease. We sought to determine the molecular basis of genetically uncharacterized cases of the type I interferonopathy Aicardi-Goutières syndrome, and of other patients with undefined neurological and immunological phenotypes also demonstrating an upregulated type I interferon response. We found that heterozygous mutations in the cytosolic double-stranded RNA receptor gene IFIH1 (MDA5) cause a spectrum of neuro-immunological features consistently associated with an enhanced interferon state. Cellular and biochemical assays indicate that these mutations confer a gain-of-function - so that mutant IFIH1 binds RNA more avidly, leading to increased baseline and ligand-induced interferon signaling. Our results demonstrate that aberrant sensing of nucleic acids can cause immune upregulation.

Estudos sobre a epidemiologia da doença de Chagas no estado do Ceará - Brasil VI - estudos em uma micro-área de russas

Do Ceará, estado com problema de Doença de Chagas, Russas tem recebido a maior soma de investigações, verificando-se 11,6% de infecção humana, em 1959. Recentemente foram examinados cães, gatos e outros animais encontrando-se altas taxas de infecção. Selecionou-se, na presente pesquisa, uma micro-área (Fazenda Boa Vista) na região, onde haviam sido antes examinados 52 cães e 21 gatos, com 11 cães e 10 gatos positivos. Foram examinados mais 12 cães e 10 gatos, com 1 e 5 positivos, respectivamente, elevando-se a taxa de positividade global para 29,5%. Nessa micro-área foram examinados 125 pessoas pela RFC e pelo xenodiagnóstico, encontrando-se uma positividade de 7,2%. Desses positivos, 55% residem em casas com animal positivo, sendo que duas casas apresentaram duas pessoas positivas cada. Do total de xenos somente dois foram positivos. Na micro-área foram capturados 405 triatomíneos, com 27,7% positivos, dentro e fora das casas (galinheiros, currais, paredes externas, telheiros e alpendres). A espécie prevalente é o Triatoma brasiliensis (93,5%), encontrada dentro das casas (52,8%) com taxa de infecção de 30,2% e fora das casas (47,2%) com 24,6% de infecção. No total da região examinada na pesquisa anterior, as taxas de infecção foram 19,6% dentro das casas e 21,8% fora. A segunda espécie é o T. pseudomaculata (5,4%), encontrado mais fora das casas (72,8%) e infectado 25%. Foram capturados 8 exemplares de P. megistus sempre fora das casas, sendo 4 na micro-área; 5 exemplares estavam infectados. Na micro-área, tal como em 2 outras áreas da região, foram encontrados roedores domésticos e marsupiais com T. cruzi: 4 em 10 Rattus rattus e 1 em 3 Didelphis azarae, tal como já havia sido verificado por um dos AA. em outras áreas do Estado. Conclui-se pela existência de um dinâmico ciclo doméstico e paradoméstico de circulação do T. cruzi na micro-área, com abundantes oportunidades de infecção do homem e dos animais domésticos.

Leishmaniose tegumentar americana na Ilha Grande, Rio de Janeiro: VI. observações sobre a freqüência horária e variação mensal dos transmissores

Para estudo da freqüência horária dos principais vetores da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA), na Ilha Grande, durante os anos de 1976 a 1977, foram realizadas 4 capturas de 24 horas com isca animal (cão), ao ar livre, e 5 capturas de 24 horas em um único domicilio da área. Observou-se que a espécie Lutzomyia intermedia ocorreu durante todo o período noturno, com densidade constante no domicílio humano, enquanto a espécie Lutzomyia migonei apresentou maiores densidades no período da madrugada, nas capturas com isca animal (cão). Em 156 horas de estudo sobre variação mensal, durante o período de março de 1976 a fevereiro de 1977, a espécie L. intermedia ocorreu durante todo o ano, sendo abril, maio, outubro e dezembro os meses de maior densidade; a espécie L. migonei apresentou-se com baixa densidade, chegando a desaparecer no mês de setembro. As elevadas densidades das espécies L. intermedia e L. migonei indicam-nas como as prováveis vetoras de LTA na Ilha Grande.