BarraCUDA – a Fast Sequence Mapping Software using Graphics Processing Units

High-throughput DNA sequencing (HTS) instruments today are capable of generating millions of sequencing reads in a short period of time, and this represents a serious challenge to current bioinformatics pipeline in processing such an enormous amount of data in a fast and economical fashion. Modern graphics cards are powerful processing units that consist of hundreds of scalar processors in parallel in order to handle the rendering of high-definition graphics in real-time. It is this computational capability that we propose to harness in order to accelerate some of the time-consuming steps in analyzing data generated by the HTS instruments. We have developed BarraCUDA, a novel sequence mapping software that utilizes the parallelism of NVIDIA CUDA graphics cards to map sequencing reads to a particular location on a reference genome. While delivering a similar mapping fidelity as other mainstream programs , BarraCUDA is a magnitude faster in mapping throughput compared to its CPU counterparts. The software is also capable of supporting multiple CUDA devices in parallel to further accelerate the mapping throughput. BarraCUDA is designed to take advantage of the parallelism of GPU to accelerate the mapping of millions of sequencing reads generated by HTS instruments. By doing this, we could, at least in part streamline the current bioinformatics pipeline such that the wider scientific community could benefit from the sequencing technology. BarraCUDA is currently available at http://seqbarracuda.sf.net

Resumos...

Análise dos custos de produção de soja nos estados do Paraná e Santa Catarina para a safra 2007/08; Resumo das exportações do complexo da soja em 2007; Atuação da Embrapa e instituições parceiras no programa de difusão de cultivares e tecnologias associadas a cultura da soja, nos estados do Paraná, Santa Catarina, Mato Grosso do Sul e São Paulo - safra 2007/08; Desenvolvimento de cultivares de soja em pré-lançamento da parceria Embrapa e Fundação Meridional nos estados do Paraná, Santa Catarina e São Paulo - safra 2007/2008; Caracterização dos produtores de soja da região de Unaí - MG; Resultados de produtividade de soja obtidos em unidades demonstrativas e de observação, na safra 2007/08, em Mato Grosso do Sul; Secagem de resíduo do leite de soja "Okara" em secador de cilindro rotativo assistido a microondas; Rendimento de grãos de soja em sucessão a espécies forrageiras solteiras ou consorciadas com milho safrinha; Interações entre forrageiras tropicais e a soja em sistemas de integração lavoura-pecuária no arenito paranaense; Plantio direto de cultivares de soja RR na renovação de cana crua em condição de argissolo; Efeito de diferentes sistemas de manejo sobre o crescimento inicial de duas cultivares da soja; Influência da insolação e do horário de aplicação de glifosato sobre a fitotoxidez na soja BRS Valiosa RR; Teores de óleo e de proteína de genótipos de soja em duas épocas de plantio e dois tipos de solo em Frutal- MG; Leitura SPAD e teor de e proteína nos grãos de genótipos de soja obtidos em quatro épocas de plantio em Viçosa -MG; Influência da época e da população de plantas no rendimento de soja hortaliça; Avaliação de cultivares de soja semeadas em duas épocas em Rolim de Moura - RO; Avaliação regional de cultivares de soja no estado de São Paulo em 2007/08: região do médio Paranapanema; Avaliação regional de cultivares de soja no estado de São Paulo em 2006/07: região do médio Paranapanema; Avaliação regional de cultivares de soja no estado de São Paulo em 2005/06: região do médio Paranapanema; Avaliação regional de cultivares de soja no estado de São Paulo em 2004/05: região do médio Paranapanema; Comparação dos níveis de danos de larvas de Liogenys fuscus (Coleoptera: Melolonthidae) na produção de massa seca de soja; Avaliação da eficiência de inseticidas, em tratamento de sementes, no manejo do coró Liogenys fuscus, em soja; Eficiência do tratamento de sementes com inseticidas no controle da lagarta-elasmo Elasmopalpus lignosellus, na cultura da soja; Tratamento de sementes e a população de percevejos fitófagos na fase vegetativa da soja; Impacto de fungicidas aplicados contra a ferrugem asiática da soja sobre populações da lagarta da soja, Anticarsia gemmatalis Hubner; Eficácia biológica do Chorantraniliprole & Lambdacialotrina no controle de Spodoptera eridania (Lepidoptera: Noctuidae) na cultura da soja no sudoeste goiano; Eficácia biológica do Chorantraniliprole & Lambdacialotrina no controle da lagarta enroladeira (Omiodes indicatus) (Lepidoptera: Cydnidae) na cultura da soja na região sudoeste do estado de Goiás; Avaliação de inseticidas no controle da lagarta falsa medideira (Pseudoplusia includens Walker, 1857) na cultura da soja; Avaliação de inseticidas/acaricidas no controle do ácaro vermelho Tetranychus desertorum (Banks, 1900) na cultura da soja; Eficiência de acaricidas no controle do ácaro rajado Tetranychus urticae (Koch, 1836) na cultura da soja; Estudos de eficiência e praticabilidade agronômica do produto Abamectin Nortox (Abamectin), no controle de Tetranychus urticae (ácaro rajado) na cultura da soja; Avaliação da eficiência de inseticidas e acaricidas para controle do ácaro verde, em soja; Expansão de uso do inseticida teflubenzuron e de sua mistura de pronto uso com o inseticida alfacipermetrina para o controle de lagartas de Spodoptera frugiperda (Smith, 1797) na cultura da soja; Eficácia de inseticidas no controle de ninfas de mosca-branca Bemisia tabaci (Genn, 1889) e validação do método de amostragem; Controle químico de Bemisia tabaci biótipo B na cultura da soja em Chapadão do Sul (MS); Manejo da mosca-branca Bemisia tabaci biotipo B, na cultura da soja na região dos Chapadões; Controle químico da mosca-branca, na cultura da soja, e o impacto dos inseticidas em Encarsia sp.; Estudos de seletividade de inseticidas a parasitóides de ovos, realizados para a cultura da soja; Estudos de seletividade de herbicidas e fungicidas a parasitóides de ovos, realizados para a cultura da soja; Avanços no uso do parasitóide de ovos Trichogramma pretiosum Riley (Hymenoptera:Trichogrammatidae) na cultura da soja; Ação de alguns manejos químicos no controle de pragas na cultura da soja; Efeito de doses de herbicidas e sistemas de semeadura na incidência de retenção foliar e haste verde, em cultivares de soja, no Maranhão e Tocantins; Avaliação da reação de genótipos de soja ao nematóide das lesões radiculares (Pratylenchus brachyurus); Reação de cultivares de soja a Pratylenchus brachyurus em área naturalmente infestada; Efeito do espaçamento entrelinhas na severidade da ferrugem da soja; Curva populacional de Phakopsora pachyrhizi, agente causal da ferrugem asiática da soja, através de armadilha caça-esporos na safra 2007-08, em Costa Rica, MS; Efeito curativo de fungicidas triazóis no controle da ferrugem asiática da soja -Phakopsora pachyrhizi Sydow; Efeito de fungicidas triazóis no controle do oídio da soja; Efeito de fungicidas no controle da ferrugem da soja; Eficiência de controle químico de doenças da soja no Maranhão - safra 2007/08; Efeito do fungicida opera associado a adjuvantes no controle de Phakopsora pachyrhizi, agente causal da ferrugem asiática da soja, em Uberlândia, MG, na safra 2007-08; Efeito de adjuvantes oleosos (Assist e Adash) ao fungicida Piraclostrobina + epoxiconazole no controle da ferrugem da soja; Informações preliminares sobre lesão de causa desconhecida (LCD) em soja; Eficiência de Picoxistrobina + Ciproconazole no controle da ferrugem asiática da soja; Cultivar de soja BRS 278RR: indicação para cultivo nas regiões sul do Maranhão, sudoeste do Piauí e norte do Tocantins; Cultivar de soja BRS 279RR: indicação para cultivo nas regiões sul do Maranhão, sudoeste do Piauí e norte do Tocantins; BRS 282: nova cultivar de soja resistente a nematóides de galha; Cultivar de soja BRS 283: indicação para os estados do PR, de SP, de SC e sul do estado do Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja BRS 284: indicação para os estados do PR, SP, SC e sul do estado do Mato Grosso do Sul; BRS 285: nova cultivar de soja convencional indicada para o estado de Mato Grosso do Sul; Extensão da cultivar de soja CD 225RR para as regiões sul do estado do Mato Grosso do Sul, oeste e sul do estado de São Paulo; Extensão da cultivar de soja CD 226RR para as regiões oeste e sul do estado de São Paulo; Recomendação da cultivar de soja CD 228 para os estados de Goiás, Minas Gerais, região norte do estado do Mato Grosso do Sul e região sul do estado do Mato Grosso; Recomendação da cultivar de soja CD 229RR para o estado de Goiás, região norte do estado do Mato Grosso do sul e região sul do estado do Mato Grosso; Recomendação da cultivar de soja CD 231RR para os estados do Paraná, São Paulo e região sul do estado do Mato Grosso do Sul; Recomendação da cultivar de soja CD 232 para os estados do Paraná, São Paulo e região sul do estado do Mato Grosso do Sul; NK7074 RR: cultivar de soja recomendada para a região centro do Brasil; NK 7059RR: cultivar de soja de excelente desempenho nos estados do sul do Brasil e nas regiões sul do MS e centro-sul de SP; Cultivar de soja BRSMG 752S; Cultivar de soja BRSMG 811CRR; Cultivar de soja BRSMG 790A; Cultivar de soja BRSGO 7960: indicação para os estados de Goiás e Minas Gerais; Indicação da cultivar BRSGO 7961 para os estados de Goiás, Distrito Federal e Minas Gerais; Indicação da cultivar de soja BRSGO 7962 para os estados de Goiás e Minas Gerais; Indicação da cultivar BRSGO 7963 para os estados de Goiás, Distrito Federal e Minas Gerais; Indicação da cultivar de soja BRSGO 8060 para os estados de Goiás, Distrito Federal, Minas Gerais e Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja BRSGO 8360 indicação para os estados de Minas Gerais, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Goiás e Distrito Federal; Indicação da cultivar de soja BRSGO 7760RR para o estado de Goiás; Cultivar de soja BRS 7860: indicação para o estado de Goiás e Distrito Federal; Cultivar de soja BRS 7860RR: indicação para o estado de Minas Gerais; Cultivar de soja BRS 7860RR: indicação para os estados de São Paulo e Mato Grosso do Sul; Cultivar de soja BRS 8160RR: indicação para o estado de Minas Gerais; Cultivar de soja BRS 8160RR: indicação para o estado de Goiás (sul e leste) e Distrito Federal; Cultivar de soja BRS 8160RR: indicação para o estado do Mato Grosso do Sul; Indicação da cultivar de soja BRS 8460RR, para os estados de Goiás e Distrito Federal; Indicação da cultivar de soja BRS 8560RR para os estados de Goiás(região sul e leste), Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Minas Gerais e Distrito Federal; Indicação da cultivar de soja EMGOPA 313RR para os estados de Goiás e Tocantins; Cultivar de soja BRS Gisele RR: extensão de indicação para os estados da Bahia, do Tocantins e do Maranhão; Cultivar de soja BRS Juliana RR: extensão de indicação para os estados da Bahia, do Tocantins e do Maranhão; UFU capim branco: nova cultivar para o estado de Mato Grosso; Indicação da nova cultivar UFU Carajás para o estado de Mato Grosso; Extensão de indicação da cultivar UFU Imperial para o estado de Minas Gerais; Indicação da cultivar UFU Mineira para o estado de Minas Gerais; UFU Guará: nova cultivar para a região sul e leste de Mato Grosso; Indicação da cultivar UFU Tikuna para cultivo em Goiás; Eficiência de novos descritores na caracterização de soja pela análise multivariada; Agrupamento de cultivares de soja para o caráter tipo de crescimento; Avaliação de cultivares de soja na região centro-sul do estado do Tocantins - safra 2007/08; Comportamento de cultivares de soja em Palmas-TO, safra 2007/08; Produtividade de cultivares de soja sob épocas e densidades de semeadura no nordeste maranhense; Avaliação de cultivares de soja no cerrado de Rondônia nas safras 2006/07 e 2007/08; Indicação da cultivar de soja BRSGO Luziânia RR para o estado de Goiás e o Distrito Federal; Indicação da cultivar de soja BRSGO Mineiros RR para o estado de Goiás e o Distrito; Tolerância de linhagens de soja a diferentes doses de glifosate; Produtividade e componentes de produção da soja após a aplicação de gesso agrícola incorporado e em superfície; Formas de antecipação da adubação na cultura da soja; Produção de grãos e controle de plantas daninhas em pós-emergência com a utilização de fontes de manganês junto ao glifosato em pós-emergência; Produtividade da soja em resposta a aplicação de micro nutrientes; Avaliação do efeito de aplicação foliar de soluções contendo ácidos humicos sobre a produtividade e a absorção de nutrientes pela soja; Faixas de suficiência de nutrientes em folhas de soja, em Mato Grosso do Sul e Mato Grosso, definidas pelo uso do método DRIS de diagnose do estado nutricional; Alterações na nutrição mineral da soja induzidas pela transgenia e o manejo com herbicidas; Níveis críticos de manganês, em três solos de cerrado; Efeito da população de células na nodulação e rendimento da soja; Avaliação do herbicida Spider aplicado na dessecação na cultura da soja resistente ao herbicida glifosato; Efeito do 2,4 d no controle de plantas voluntárias de soja Roundup Ready®; Controle químico de buva resistente ao glyphosate, com herbicidas aplicados na operação de manejo, em pré-semeadura da cultura da soja; Manejo de soja voluntária resistente ao glyphosate; Identificação de biótipo de picão-preto (Bidens subalternans) resistente a atrazine; Qualidade e produtividade de sementes de soja produzidas em área de cerrado de Roraima, em plantio direto sobre braquiária; Qualidade de sementes de dois genótipos de soja hortaliça cultivados em cerrado de Roraima 2007/2008; Qualidade de sementes de soja produzidas em área de cerrado de Roraima em função de manejos do solo - 2007; Qualidade e produtividade de sementes de soja em função de doses de potássio produzidas em cerrado de Roraima 2007; Qualidade de sementes de soja BRS Candeia e BRS Tracajá produzidas em cerrados de Roraima, em função do tamanho; Tamanho da semente de soja: efeito sobre o desenvolvimento e produtividade; Influência do tamanho da semente na produtividade da cultura da soja; Dano por embebição em sementes de soja em função do teor de água inicial, cultivar e local de produção; Velocidade de hidratação de sementes de soja em função de características do tegumento; Pré-condicionamento e qualidade fisiológica de lotes de semente de soja armazenados sob condições de baixa umidade relativa do ar; Qualidade da semente de soja tolerante ao glifosato; Efeito da aplicação de glyphosate como dessecante em pré-colheita em semente de soja sobre a produtividade; Efeito do teor de lignina no potencial fisiológico de sementes de diferentes cultivares de soja.

From Perception to Cognition of Objects

X. Zhang and M.H. Lee, 'From Perception to Cognition of Objects', Proceedings of Towards Autonomous Robotic Systems, (TAROS-06), pp 262-67, University of Guildford, Surrey, 2006.

Psychologically Inspired Sensory-Motor Development in Early Robot Learning

M.H. Lee and Q. Meng, 'Psychologically Inspired Sensory-Motor Development in Early Robot Learning', in proceedings of Towards Autonomous Robotic Systems 2005 (TAROS-05), Nehmzow, U., Melhuish, C. and Witkowski, M. (Eds.), Imperial College London, 157-163, September 2005. See published version: http://hdl.handle.net/2160/485

Reading the rhetoric of nationhood in two Reformation pamphlets by Richard Morison and Nicholas Bodrugan

Mottram, S. (2005). Reading the rhetoric of nationhood in two Reformation pamphlets by Richard Morison and Nicholas Bodrugan. Renaissance Studies. 19(4), pp.523-540. RAE2008

The French Second Empire: an anatomy of political power

Price, Roger, The French Second Empire: an anatomy of political power (Cambridge: Cambridge University Press, 2001), pp.x+507 RAE2008

Welsh Missionary Journalism in India, 1880-1947

Jones, Aled, 'Welsh Missionary Journalism in India, 1880-1947', In: 'Imperial Co-Histories: National Identities and the British and Colonial Press', (Cranbury, NJ: Fairleigh Dickinson University Press), pp.242-272, 2003 RAE2008

Soldiers, Peasants, Industry and Towns. The Roman Army in Britain: A Welsh Perspective

Davies, Jeffrey. 'Soldiers, Peasants, Industry and Towns. The Roman Army in Britain: A Welsh Perspective', In: The Roman Army and the Economy (Amsterdam: J.C. Gieben, 2002), pp.169-203 RAE2008

Japonia w życiu i w twórczości Amélie Nothomb

Wydział Neofilologii: Instytut Filologii Romańskiej

Przyszłość amerykańskiej potęgi

W artykule autor analizuje percepcję potęgi amerykańskiej. Nie zgadza się z założeniem innych badaczy, iż nastąpi upadek siły Stanów Zjednoczonych. Nawet gdyby do tego doszło, USA nadal będą „Primus Inter Pares” wśród innych członków Wielkiej Szachownicy. Przygląda się On uważnie wadom i zaletom polityki tego mocarstwa. Dzieli potęgę imperium na trzy płaszczyzny: segment siły militarnej, potencjał ekonomiczny oraz soft power. Jego zdaniem tylko rozsądne użycie odpowiedniego zasobu siły „miękkiej” lub „twardej” prowadzi do smart power, czyli rozważnej polityki. Na tym właśnie powinno się opierać amerykańskie mocarstwo, a nie na nadużywaniu siły. USA powinny określić swoją rolę na arenie międzynarodowej, nie bać się „nadwyrężenia imperialnego” oraz stać się prawdziwym przywódcą a nie tylko hegemonem. Takie właśnie postępowanie, polegające na właściwym użyciu swojej potęgi doprowadzi do wzajemnej kooperacji, jak również wzrostu bezpieczeństwa międzynarodowego.

Religijne motywy w tworczości syberyjskiego pisarza Wiktora Astafjewa

Wydział Neofilologii: Instytut Filologii Rosyjskiej

Antyk w prozie J. R. R. Tolkiena

Tolkien’s oeuvre and its problematic relationships with classical tradition serve in my paper as an illustration of the diverse approaches, methods, and styles of lecture concerning the nature of literary allusivity. As a point of departure in the paper has been taken the reflection on the common phrase about “antiquity in something” deployed broadly in the reception studies. T he questions raised here are as follows: what does precisely “in” mean in that metaphor? O r, to put it in more general terms, when an allusion to another text can be treated as an inherent part of interpretation? Answer to these questions was possible due to U mberto E co’s statements in the well-known dispute relating to the interpretation and overinterpretation; in conclusion I was trying to show that his criterion of textual economy in interpretation justifies somehow (as I believe) the new look on the essential T olkien’s symbol, i.e. the ring of power, as a symbol of the R oman imperial rule. This means (in the context of the translatio imperii and cultural change from pagan to Christian empire) that The Lord of the Rings can be seen in a way as a novelistic version of Augustine’s The City of God.